1BGGA

Glucosidase a from bacillus polymyxa complexed with gluconate
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
447
structure length
447
Chain Sequence
TIFQFPQDFMWGTATAAYQIEGAYQEDGRGLSIWDTFAHTPGKVFNGDNGNVACDSYHRYEEDIRLMKELGIRTYRFSVSWPRIFPNGDGEVNQEGLDYYHRVVDLLNDNGIEPFCTLYHWDLPQALQDAGGWGNRRTIQAFVQFAETMFREFHGKIQHWLTFNEPWCIAFLSNMLGVHAPGLTNLQTAIDVGHHLLVAHGLSVRRFRELGTSGQIGIAPNVSWAVPYSTSEEDKAACARTISLHSDWFLQPIYQGSYPQFLVDWFAEQGATVPIQDGDMDIIGEPIDMIGINYYSMSVNRFNPEAGFLQSEEINMGLPVTDIGWPVESRGLYEVLHYLQKYGNIDIYITENGACINDEVVNGKVQDDRRISYMQQHLVQVHRTIHDGLHVKGYMAWSLLDNFEWAEGYNMRFGMIHVDFRTQVRTPKESYYWYRNVVSNNWLETRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of beta-glucosidase A from Bacillus polymyxa: insights into the catalytic activity in family 1 glycosyl hydrolases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Family 1 beta-glucosidase complex
source organism Paenibacillus polymyxa
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 175
structure length 447
sequence length 447
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 1997-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1bggA00
3F4VA 2J78A 2YL8A 4W85A 1W3LA 3TOPA 4OOZA 3CGTA 2DH2A 1CTNA 3I3DA 3L4ZA 5A6BD 1R7AA 3ZR5A 2J7GA 4CKQA 3OGRA 3WELA 5A6BA 1KXQA 4M1RA 1MFVA 3UCQA 3EDFA 3OIHA 4UFKA 4KGJA 5LA2A 3AHYA 1CGXA 3ZSTA 4PMXA 1QOXA 2UY2A 3IJ7A 3WH7A 2GK1A 1GHSA 3SCSA 2PWDA 1B30A 4PMDA 3ARWA 3ARSA 4PTMA 5BXRA 4PRWA 4U3CA 1JDDA 2TAAA 4KWUA 4AZGA 3E1F1 1LWJA 2WHLA 3VMNA 1W1PA 2WZIA 3GM8A 3ZM8A 3VNYA 3AOFA 4M82A 1W9DM 2PBGA 5I78A 1C3FA 4D1JA 4AZ6A 1M01A 3L4VA 5IHSA 1AQ0A 1GONA 2BVDA 3VDAA 1ZBKA 4GKLA 1HP5A 3UG4A 4UCFA 1JGIA 3VX1A 1HKKA 2VZOA 1H3GA 1HT6A 2WMGA 2D3LA 3LPPA 2WBKA 1H4PA 4P8XA 5CSUA 1JZ4A 4HPHA 1B31A 2XM2A 2WW5A 1VF8A 2ZUWA 3EDKA 1BHGA 3WN6A 2J7CA 4WKAA 4JFSA 3WNLA 3AS0A 4EK7A 1J0JA 4U5KA 3RJXA 1CNVA 1J0HA 4AY1A 4BCEA 5A8PA 2PWGA 1E6XM 2WMKA 4WIWA 1VFUA 3AXIA 3WDQA 3WF2A 4MB4A 2XIBA 3WDHA 3SUSA 3NSXA 1XD0A 5IHRA 1UD6A 5I24A 4UOJA 3MUIA 4UQDA 1QW9A 1Q6DA 4D6EA 1E1EA 3PBGA 1EA9C 2ESCA 2Y8KA 2VVSA 5CSYA 1IZJA 4UQEA 2W67A 4PUEA 3U5UA 3ARUA 4Z2GA 4UFJA 1UD2A 3WL1A 4W89A 4BS0A 1DTUA 1WP6A 3IANA 4QLKA 3UERA 3MUZ1 2OYMA 3OGSA 5M17A 1SMAA 3LMYA 5D8ZA 1JIBA 4PMUA 5FCZA 1JAEA 4GI8A 2EPNA 2CCRA 1ZJBA 4B9YA 2CERA 3W26A 3ARPA 4BF7A 4PMVA 3DYMA 1X6LA 3AXXA 3SCOA 2YIHA 2EPKX 2DGAA 2VCCA 1X1NA 1MW0A 1V0NA 3T09A 2QLYA 1J11A 1WDRA 1BYAA 3A4XA 4W8AA 3WH9A 3NUKA 2CBJA 4TX8A 2WAGA 1KR0A 2NW0A 5AC4A 3AHZA 2RGLA 2BHUA 2D23A 1D7FA 4M29A 4DWSC 4KRTA 4MJ4A 3CHDA 3U7BA 1QNRA 1V02E 4Z2JA 4W7UA 1KB3A 4CD7A 1QNSA 1GOKA 3WFZA 9CGTA 4UNIA 1R86A 1UD3A 3NSMA 4PMQA 3TTOA 5LYRA 4AD0A 3RM9A 2WVSA 2XPKA 1E4NA 2VUYA 3ZO9A 4A3YA 1UZ1A 4P8UA 4JIEA 3WNNA 3MMUA 2O9RA 3L4UA 4NSBA 4D71A 1VFFA 4AD4A 1CYGA 4TVCA 3O9NA 2DIJA 1D3CA 4H41A 4CN4A 1UHVA 4QFUA 1JF6A 4IUGA 1GVYA 1W1TA 4UOZA 3MV11 3L4WA 4B3LA 1C93A 2V3FA 3VDHA 1IV8A 1LL7A 1TR1A 2WZHA 3SCQA 1E73M 4ZEPA 1ZB5A 1NARA 2CNCA 3CHCA 3MMWA 1TZ7A 3WF0A 4CU8A 3CZGA 4Y7EA 2PC8A 3W6MA 2ZXBA 1BYBA 2VRJA 4H7VA 5DT7A 1IZKA 3AIRA 1XSKA 2HVMA 2OSXA 3AZRA 3CPUA 3NYDA 3PZ9A 2YBUA 3AS3A 3WUFA 1H1NA 1SR0A 5A6AA 1DWGM 1DWAM 2A3EA 4RE2A 5A94A 3WEMA 4N0RA 1M04A 1UR9A 1W91A 1PIGA 1E4IA 2GJXB 3SCTA 1A3HA 1AMYA 5E0CA 5FL1A 3J7HA 3CZJA 1V6WA 1EQCA 5A8NA 3UESA 1G0CA 3DHPA 5FD0A 3WIJA 2XFFA 4X0NA 2W92A 4WKHA 3VTRA 1MVYA 3UR8A 2VR4A 3A3HA 4ACYA 5BXSA 2C7FA 1UZ4A 1DWIM 4LYPA 1QBAA 3MSGA 2BY2A 2D24A 4GI6A 1HIZA 2WLYA 5E6YA 2AAAA 3CUHA 4AISA 1B3VA 2NT1A 1E6ZA 2GFTA 2UWFA 2WCGA 2XYLA 1CLXA 3HN3A 1XHGA 3ARXA 2RGMA 5IXEA 2VX4A 1UR4A 2OLHA 3W38A 1JNEA 2VZTA 1GQKA 5HPOA 1ISWA 4J3WA 3ZSSA 2DDXA 3IJ8A 2ZUMA 4EKJA 4LX4A 1VEOA 2DIEA 2GSJA 3A6OA 2J79A 2PF0A 2J47A 1W2VA 2J7EA 1NP0A 3ZJ7A 1QW8A 3HMCA 1UR0A 1J0YA 4J3SA 3BCDA 3WD4A 4M8UA 2QV4A 2W63A 1OIFA 3VKKA 5CG0A 4U2YA 1DWFM 4H04A 1ECEA 2WMIA 2D1ZA 3ZT7A 2Y8VA 3BSGA 4ACZA 4QAWA 1KBBA 2VCAA 2G3MA 4DM1A 3TP4A 4V28A 1WDSA 3AMLA 1EOMA 3WH6A 1E55A 7A3HA 3EMQA 1V08A 5BWFA 1TUXA 4AYSA 1UR2A 3GXMA 3EMCA 1LL6A 4AZIA 3L2LA 1ISXA 3N04A 3QR3A 1R8LA 1MQRA 5CPQA 1HKJA 3D5HA 1VFMA 2JF7A 2DT0A 4AXNA 1NQ6A 5JBEA 4K68A 1GQLA 1MW1A 4MNLA 3VIJA 4MPKA 3SURA 5HXMA 3OZOA 3WUEA 1H0IA 1VB9A 1WZLA 5BRQA 4C7FA 3VGHA 1KGWA 4NI3A 1V02A 3SCRA 1VAHA 4AZ7A 2J4GA 1DEDA 2JIEA 1VEMA 1KR1A 4PBGA 3BAKA 3K4AA 1CXIA 5ABEA 1ZBWA 1LG2A 3WNKA 5JIWA 4HA4A 1C7TA 1TVNA 5CQ1A 5C8BB 3W28A 1US2A 1NWTA 3VIOA 2XTKA 5EMYA 3SCWA 1UWRA 3N12A 1JDAA 2YJQA 5M5DA 4C7GA 3HU7A 2GJPA 2XSAA 1TVPA 1WB0A 1MFUA 4J3UA 4UOQA 1B9ZA 1JD9A 2YOCA 1FA2A 1W3HA 1BLIA 4QLJA 1Y7VA 1GOIA 1OB0A 3WKZA 3IAPA 4HMDA 4P7QA 1UOKA 4PCTA 4XV0A 2BVTA 2WVVA 2XUCA 1W3JA 2XIIA 1V3HA 1EDGA 4F79A 2DEPA 3BAIA 5A3HA 3OLGA 3CZ8A 2WVUA 5GNYA 4UFIA 2O92A 4JKLA 1B3XA 2WWDA 3WEOA 2DT1A 5FOOA 1KFWA 4AW7A 1MW2A 2X05A 1HJSA 2DSKA 2EXOA 5AY7A 3W25A 4NF7A 2A3HA 3CHEA 4TOQA 1WO2A 1L0PA 4AD1A 3CLWA 4ZXLA 1CWYA 3G6MA 1UWQA 1WZAA 4CN1A 3CMGA 3TTQA 2CBIA 4WSJA 1TE1A 1J0KA 1MXDA 1FP8A 2FHBA 3AIUA 3N15A 4FLOA 3L4XA 3NIYA 1NWUA 1GNXA 1LL4A 4AZCA 1B0IA 1W9UA 4FK9A 2EEXA 1R7OA 3BGAA 1GQIA 4JL2A 4M80A 2BHZA 1DP0A 2WHMA 1MYRA 5M03A 4MADA 3WH5A 3RM4A 1G9HA 2Y5EA 1KXTA 1C8YA 2D22A 4FF5A 5CGTA 3LPOA 3WDRA 3VIHA 2G8ZA 1J12A 3SCPA 2EPMX 4YPJA 1W9XA 3M7SA 4ZENA 5D9OA 3MO4A 1CGWA 1ZBVA 2BNJA 4DWSA 5EBAA 3GYCA 2XVNA 4PUDA 2JE8A 3TA9A 1V3IA 1XV8A 3RO8A 1EHAA 4HZ6A 3U5YA 2OWWA 3WNPA 4H8UA 3QHMA 5E6ZA 3ZT5A 4V27A 4E8CA 1JYWA 1GUVA 1F4HA 1ZBCA 4Q7NA 3GNPA 5A2BA 1EO5A 2CXGA 1PIFA 1PZ2A 1VJSA 4MAZA 1UH3A 2WB5A 2WKLA 1C7SA 1JD7A 4UFMA 2VL4A 1C91A 3TTSA 3ZR6A 2GK1B 3RMEA 3N18A 2VQTA 3GXFA 1DWHM 1H09A 1JZ6A 2OSWA 2DT2A 3RIKA 1C90A 4S3KA 2XJ7A 4R27A 3WMCA 1FP9A 2A3AA 1OD0A 1XYZA 1K9DA 2ZUTA 3SUUA 1HJWA 4HMCA 1RPKA 3VVGA 3WH8A 4WLCA 4HP5A 2X2YA 1MQQA 2NT0A 5CXPA 2W4XA 2VTFA 1MXGA 1EXPA 3T0AA 4W7VA 1BAGA 1JXKA 1QI5A 3WQVA 2WSPA 4LPCA 3WNOA 4UQCA 3VIIA 4HZ8A 4D6CA 1NM9A 1VENA 4XUYA 3WENA 3PZNA 1Q6EA 3S6TA 5A2AA 3NSNA 3GBEA 2XWDA 2WSKA 1OGBA 5DO8A 3VMPA 5AYIA 1G01A 3T0BA 2Y24A 3WQ4A 4A4AA 7TAAA 3SCVA 3AIEA 1H5VA 3VD5A 3LPGA 4TVDA 1P6WA 5DEZA 5IFTA 4EAMA 4GXPA 5ABHA 1U33A 1HF6A 1XSJA 3AIVA 1CPUA 1FOBA 2J25A 2ZX7A 3T0DA 3DHUA 4KRUA 2X0HA 3AMKA 3ARZA 4CVUA 2D0HA 3VIFA 4P7NA 1U30A 4AZ5A 2CKRA 5GPRA 1XH2A 3POHA 2B31A 1YHTA 2FHFA 3AJ7A 1W9PA 4TX6A 3DYPA 3WMBA 1HN1A 3ZIZA 1JG9A 2ZWYA 2EBNA 1JI1A 2V38A 3HJEA 2IUZA 1BFNA 5GQBA 4TVUA 3BMWA 1H41A 3WQ8A 1CXLA 3CZKA 1FFRA 4PTWA 4MDPA 1QPKA 1UWSA 1GCYA 4JKMA 3QOMA 1CLVA 2EPLX 2CITA 1F4AA 1HP4A 4P7RA 2HISA 2VR5A 1UH2A 5IDIA 4YHEA 3RPMA 1FH8A 2E9LA 3AYRA 3WF1A 4CD8A 1ESWA 2W66A 4UQBA 1DHKA 4W8LA 1UR8A 5ABFA 4CCDA 2G3IA 4HA3A 1V0KA 4P7OA 1WDPA 5D8WA 1B3WA 1CXEA 4J28A 3VM7A 4D6JA 3AYSA 3VINA 1ODZA 3AQUA 2X8RA 1V6YA 1CECA 3FAXA 1IT0A 3PTKA 5FKYA 3PZGA 4XZBA 4J27A 2QPSA 3I3EA 1QHOA 2AOSA 5I3DA 1PJ9A 3PN8A 4MNJA 4RE3A 3VM5A 4D6FA 2NSXA 4HMEA 5CPSA 4M56A 3WY1A 5HOSA 3PTQA 3AMGA 4JFVA 5BRPA 1BVNP 1GQJA 2VNCA 1WE5A 3AROA 3VIKA 3GTNA 1LWHA 1NH6A 2XVLA 3B9DA 4AIOA 3AMDA 3ZQ9A 1AVAA 5E09A 2WCSA 2WMFA 3AZSA 5BXPA 4AIUA 2ZWZA 4Z2KA 3SUVA 2ZUUA 5JUVA 2WC4A 5E70A 2D0FA 4AD2A 2EJ1A 2CBVA 4ATWA 1J9YA 4Z2IA 1CXHA 1WPCA 3N1AA 4LXFA 1LQ0A 1HVQA 2ZUVA 3GDBA 2E9MA 3FHQA 3WBAA 3ARQA 1MQPA 5A8QA 2GUYA 3T08A 1QVBA 3EDDA 1OIMA 2XFRA 5A6SA 3AS2A 1XH1A 4PMZA 2G3JA 4PMYA 5BYWA 4LQ1A 4X0VA 3ECQA 2JFEX 4TTUA 5BXTA 3VIGA 2VT0A 4U31A 5E9AA 4DM2A 3O6AA 2BFGA 3G6LA 1SYTA 1UUQA 3BC9A 1CDGA 2XSBA 2QHAA 2W91A 3EDEA 3GNRA 5HPCA 1JZ2A 2J7BA 1E1FA 1UG6A 2E4TA 1D2KA 2GJXA 2F61A 1H2JA 2BS9A 4IPNB 3BCFA 1PBGA 4PTVA 1C8XA 2IXVA 1TA3A 2JF6A 4AC1X 2E3ZA 4KGLA 3PZUA 3SCNA 3VD3A 1CXKA 2VOTA 1BVZA 3VOCA 1PX8A 3IJ9A 4E8DA 4GZEA 3WFLA 1BQCA 1E40A 4OOUA 3CH9A 3PZMA 4JKKA 4W5ZA 2QMKA 2XM1A 2WMIB 1GPFA 1GOWA 2OWXA 2XVKA 1XYFA 2QF8A 2XGBA 3CUIA 4JCLA 3EDJA 1KWGA 3MMDA 4HA1A 1QI2A 1KGXA 1ISYA 2FGZA 2BY3A 4JHZA 1GHRA 1GJWA 4ZFMA 5CGMA 5GNZA 2VURA 1J0IA 4P8VA 3FNDA 6TAAA 3CZLA 2FH6A 1E72M 5A6LA 1E5NA 3F5KA 3VNZA 3VIMA 1JYXA 5AC5A 4CVWA 5CPTA 3PTMA 4CD6A 1V6UA 5I23A 1XCXA 4AD5A 1UWIA 3GXIA 4PSRA 3KWXA 5BROA 2ZX5A 1B2YA 1ZJAA 5TD4A 3IK2A 1LLOA 4OJYA 5HBFA 1QI4A 3KL3A 1HL9A 4F66A 1K6AA 2XHYA 3K8KA 4UFHA 1E43A 4JCMA 1JZ5A 3VGEA 3K4DA 1L8NA 2Q8XA 1PX3A 1BYDA 3AIBA 3MV01 4UZUA 1I75A 5C70A 2ZOXA 1JL8A 2DPEA 3EMZA 1BYCA 3M6DA 3VDBA 4L4OA 4PMRA 4J7RA 1NOWA 3WD2A 1UKOA 1E3XA 4AEEA 1XGZA 2PB1A 4W86A 5DFAA 2WVVB 4N42A 1NOUA 1JXJA 3FW6A 1Q6CA 2X0YA 3AXHA 1CEOA 1KGUA 1VEPA 2ZIDA 4AIEA 3BMVA 3B9AA 4PCSA 1OBAA 2VMFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F4V A;  2J78 A;  2YL8 A;  4W85 A;  1W3L A;  3TOP A;  4OOZ A;  3CGT A;  2DH2 A;  1CTN A;  3I3D A;  3L4Z A;  5A6B D;  1R7A A;  3ZR5 A;  2J7G A;  4CKQ A;  3OGR A;  3WEL A;  5A6B A;  1KXQ A;  4M1R A;  1MFV A;  3UCQ A;  3EDF A;  3OIH A;  4UFK A;  4KGJ A;  5LA2 A;  3AHY A;  1CGX A;  3ZST A;  4PMX A;  1QOX A;  2UY2 A;  3IJ7 A;  3WH7 A;  2GK1 A;  1GHS A;  3SCS A;  2PWD A;  1B30 A;  4PMD A;  3ARW A;  3ARS A;  4PTM A;  5BXR A;  4PRW A;  4U3C A;  1JDD A;  2TAA A;  4KWU A;  4AZG A;  3E1F 1;  1LWJ A;  2WHL A;  3VMN A;  1W1P A;  2WZI A;  3GM8 A;  3ZM8 A;  3VNY A;  3AOF A;  4M82 A;  1W9D M;  2PBG A;  5I78 A;  1C3F A;  4D1J A;  4AZ6 A;  1M01 A;  3L4V A;  5IHS A;  1AQ0 A;  1GON A;  2BVD A;  3VDA A;  1ZBK A;  4GKL A;  1HP5 A;  3UG4 A;  4UCF A;  1JGI A;  3VX1 A;  1HKK A;  2VZO A;  1H3G A;  1HT6 A;  2WMG A;  2D3L A;  3LPP A;  2WBK A;  1H4P A;  4P8X A;  5CSU A;  1JZ4 A;  4HPH A;  1B31 A;  2XM2 A;  2WW5 A;  1VF8 A;  2ZUW A;  3EDK A;  1BHG A;  3WN6 A;  2J7C A;  4WKA A;  4JFS A;  3WNL A;  3AS0 A;  4EK7 A;  1J0J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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