1BVEA

Hiv-1 protease-dmp323 complex in solution, nmr, 28 structures
Total Genus 8
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
8
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Aspartyl protease
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Three-dimensional solution structure of the HIV-1 protease complexed with DMP323, a novel cyclic urea-type inhibitor, determined by nuclear magnetic resonance spectroscopy.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 8
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1bveA00
1FQ4A 2PQZA 3UHLA 1EPNE 4LXKA 4JP9A 4J1HA 4S1GA 5P0GA 5P2YA 4X2LA 5P0IA 3ER5E 4RCFA 3VSWA 3LPJA 5P0QA 5P0SA 3INEA 5P89A 5P7NA 2V16C 5DR7A 4R5NA 4BEKA 2WF3A 3VF3A 5P1LA 3QAAA 1ZAPA 5P0WA 2QMDA 2XYEA 2UXZA 1XE6A 5I3XA 3APPA 4Y3EA 5P8NA 3VSXA 5P2XA 1YG9A 2ASIA 4GJ9A 4JPCA 3O9DA 3EC0A 3BUGA 1YM4A 2R3WA 1G6LA 3PCWA 4GJ7A 2I4XA 4FIVA 4DJVA 1QBSA 3I6OA 4GZFA 4Y3HA 4Y3GA 3WZ6A 3DV1A 1E81E 5P0NA 2FS4A 4Z22A 5ISJA 2B42A 5P50A 2G22A 3ZKSA 1LYBB 3S56A 3SA9A 4EP2A 2AVQA 4PHVA 5P15A 3ZL7A 4FRKA 5P05A 3O9GA 3QROA 1RL8A 4GJCA 1M43A 2VJ9A 5P1FA 3BVBA 1D4SA 5P28A 1MPPA 3QRVA 4Y3AA 1QBRA 4LXMA 3TPPA 2ZYEA 3TPRA 4ZPEA 4Y4EA 3EKTA 5I70A 1HTRB 1T3RA 2OHSA 3NXNA 4I12A 3O9BA 4OBJA 1F7AA 2AVMA 5P3RA 1FQ6A 5OYYA 2G20A 4XXSA 5OZAA 3TPJA 1AZ5A 5DR1A 1Q9PA 1HSGA 2BPVA 2I0DA 3UTLA 5OZWA 1SDUA 3L5EA 5AHAA 3S7LA 5OYSA 1IIQA 3QRSA 4QJ2A 4YCKA 5KQXA 5P3FA 3OU4A 3LPKA 1A9MA 1A30A 3HBOA 4Y3RA 4Y4XA 5P54A 5P8MA 2WEZA 3WZ8A 3OQAA 1IZDA 1HVKA 3IVIA 3GGXA 4Y5CA 4ZSMA 2Q11A 3OOTA 3EL4A 5P8GA 1EEDP 5JFPA 5P6QA 5BRYA 3KT2A 5P4DA 5P71A 2Q15A 4OBFA 4LAPA 3OHFA 3S8IA 2P83A 3BGBA 4Y9WA 5P39A 5P83A 3FSMA 2VA6A 4Y35A 5P4TA 5OZCA 4B72A 2P3CA 3OGQA 4OC6A 3ZLQA 2IL2A 3OHHA 5P2UA 4IVSA 3URLA 1W5YA 1APTE 2ZJHA 5P4PA 3LZYA 1HPSA 4Y3LA 4OD9A 4Y38A 5P7PA 1BV7A 2VIZA 3TH9A 4DQFA 5OZMA 4F74A 2ZJKA 3ZKIA 1ODYA 1MT9A 1ODWA 4I0EA 4YBFA 4WTUA 5P3SA 1HVIA 3QS1A 2JE4A 5P66A 1NH0A 3QRMA 4J0YA 5P4MA 1D4LA 1C6YA 3PHVA 4EHCA 3OQ7A 1W5XA 2BQVA 1PSAA 2PH6A 5P5RA 3VUCA 4TRYA 4NPTA 2XFJA 1EBWA 3EKXA 4KUPA 5P23A 5P4EA 2H6TA 5P48A 5JFUA 3D1XA 3KF0A 3MSKA 4GYEA 4D89A 1PFZA 1YTHA 3GGUA 5IS4A 3PMUA 1T7JA 3Q70A 4B0QA 2WECA 5P1XA 4Y51A 3LZUA 4LHHA 1T6EX 1D4KA 4NJTA 4R95A 5P8DA 5P7LA 4JOOA 5P8FA 5HD0A 1BXOA 2ANLA 5P1YA 1ZPAA 4I0DA 3VV8A 3AUPA 4CPUA 4LBTA 1OHRA 4CPTA 3NWXA 1HVRA 2G94A 5P6CA 5P5AA 3T3CA 3UDKA 2IENA 2G24A 5P45A 3DUYA 3KN0A 4R8YA 3VCMA 1ODXA 3SA6A 5P4LA 1HHPA 3NWQA 5ENMA 2VJ6A 4RZ1A 3FV3A 3PI0A 2FXEA 5IVQA 5P7GA 4B1CA 4E43A 5P6YA 5OZVA 2R5QA 2AOEA 4H1EA 5P5CA 5HDVA 4DPIA 3SKGA 5P8HA 4EXHA 1G2KA 5P7VA 3C9XA 5P3EA 3U71A 5P30A 3OAGA 4UPJA 1OEXA 5P3IA 3HDKA 4Y56A 1EPQE 2QHZA 5PEPA 2NMYA 4J5JA 1FQ8A 2G1YA 1FGCC 1LF2A 3EM3A 5P4CA 4MC9A 4TVHA 3SFCA 2QD6A 1M0BA 1N49A 2VS2A 3L58A 3NDUA 5IVSA 3TTPA 4CKUA 4LL3A 2G1RA 5P64A 5P44A 4Y4BA 2JJIA 2AZCA 5P2SA 5P8RA 5P69A 2ZE1A 5APRE 4DH6A 4RYGA 2I4WA 1XS7D 4Y3NA 3PCZA 1TQFA 3QVCA 1FEJC 4Y3PA 4LC7A 4AUCA 4U7VA 5P1GA 1K2BA 5P5EA 4QJ8A 3FIVA 4L1AB 3PBZA 5DQ5A 5P2MA 3RTMA 2OHKA 3K1WA 3B80A 5P0FA 3SM1A 5P3BA 5P0CA 3IXOA 4OBKA 5B18A 5P4JA 4Y3XA 4JPEA 5KQZA 5P00A 5P4BA 5OYUA 1UH9A 3PI5A 1C6XA 4DPFA 1TSQA 2P8HA 4Y5LA 5DQ4A 5P6XA 3TLHA 3IN3A 1EAGA 4EQJA 1BVGA 5P6FA 3VEUA 5P62A 1K1TA 1EC3A 5P1AA 1YT9A 3PSGA 4Y3MA 5P6ZA 3EL5A 5AH9A 3N3IA 3I8WA 5P07A 3GI4A 5AH7A 1D4HA 3FNTA 4Y57A 5P7YA 3GGAA 5P2EA 5P7WA 4Y53A 4J1FA 1HPVA 5P0PA 5P57A 4Y41A 3GI5A 5P5FA 1B6MA 5P7TA 2XFKA 3VYDA 3Q5HA 3ZKGA 4FAFA 1BVEA 4Y4WA 2G1OA 5OZ1A 5P2OA 3TL9A 2J9JA 5P1DA 1LEEA 3KA2A 4A4QA 3OUDA 4YOAA 3NDTA 1HPXA 3NU3A 3NUJA 1EBYA 3HAUA 5P4XA 5P53A 4OBGA 4I1CA 1EPPE 2OAHA 5P22A 2IKOA 3TKGA 2O4PA 3O9LA 4AA9A 4J17A 5P6LA 1TW7A 4WY1A 3OU1A 3S43A 1EBKC 1HSHA 3TOGA 1LYAA 5P2KA 4ACUA 3OQDA 4Y3FA 5HU1A 5P32A 4HA5A 5P60A 4DJXA 9HVPA 3FKTA 3I25A 2AOIA 5P7CA 1B6PA 2PC0A 2R38A 2RKFA 4CMSA 2QAKA 4FLGA 3JVWA 3WB5A 3EL9A 4I0FA 1EPME 2FDEA 1K6VA 4FRJA 1YTJA 4OBZA 5P5HA 2AOJA 1U8GA 2NNPA 2JXRA 5OZ0A 3CKTA 3BHEA 5ER2E 3D91A 3DM6A 5P85A 3RTNA 2I4UA 4Y43A 2BPYA 1Z8CA 5SY2A 2HS2A 1HEGE 2R9BA 4ZPFA 3DCKA 4GMIA 1CZIE 5P03A 3SA8A 3PLLA 4CPSA 2UPJA 5P6BA 2I4VA 5P5MA 2VIJA 4Y3WA 2IDWA 1ENTE 4HEGA 4YCTA 4MC1A 3S54A 3MWSA 5P08A 2P3AA 3INDA 1W5VA 4Q1WA 3ZKQA 2OHUA 5P6RA 4Y4DA 1GNOA 4HLAA 2HB3A 3TNEA 3OTSA 4J0TA 5P7AA 4L7GA 5P0RA 3D3TA 4J1EA 1E80E 4ZSPA 5P7EA 4DQBA 5BS4A 4J1KA 4KB9A 4XKXA 2OF0A 3VV6A 3SA5A 5P63A 3I7EA 1K6CA 5ISKA 5P75A 4YHQA 3RSVA 2PH8A 5FIVA 5P2RA 3L3AA 4TRZA 5P5KA 2WKZA 4Y50A 1LYWB 3D20A 2WJOA 4Y5MA 5OZZA 2ER9E 2IGYA 1FLHA 3ZKNA 1PPLE 2OHPA 5JG1A 5P4KA 5P5VA 5OZPA 2QZWA 3D1ZA 1ZJ7A 1FMXA 4FL8A 5P3XA 5P4GA 2HPEA 5P4UA 2QNPA 4TRWA 2O4SA 1BWAA 5P82A 3ZPTA 2WF0A 1GKTA 3TKWA 4RCEA 4EP3A 4H3FA 4DV9A 5P5QA 2ZHVA 5P7KA 3NDWA 2QU2A 1Z1HA 4RCDA 1QS8A 2I0AA 4I0GA 2QI6A 5P81A 1MRWA 4RYCA 1HRNA 3IVHA 4Y58A 1TCWA 1B5FA 3O9CA 4Y47A 3VLAA 3T6IA 1PPME 5DR4A 5P3ZA 2PK6A 1MSMA 1UH7A 5TOLA 3K5GA 5P16A 2WEDA 1RNEA 1EC2A 5P2FA 1HIIA 2P3BA 5P38A 5P7XA 5P6WA 2JJJA 2VIYA 2Z54A 3PGIA 7HVPA 5HE4A 1FG6C 5P1SA 5P5LA 2R8NA 2RENA 1MSNA 1LZQA 1ER8E 1D4YA 3LIQA 5P7DA 5P2LA 1FQXA 2AOGA 4Y5BA 1BIMA 5P0KA 3KYRA 2OHNA 5DQCA 3IXKA 3OWNA 5P6TA 1ZLFA 1A8GA 2ZJIA 3JVYA 5P5WA 3PWWA 1EC1A 3DV5A 4CPQA 4FM6A 2IGXA 1K6TA 2QP8A 5COPA 1FQ5A 5OZTA 3MXDA 1K2CA 2VKMA 4Y36A 4KE0A 4M8YA 5OYRA 4YDGA 5OYZA 4J54A 5KQFA 3S7MA 5P5GA 3VV7A 5P0MA 1FFIC 3OADA 3CIDA 3VFBA 4EJKA 5P5SA 3HZCA 4ACXA 2R5PA 1BV9A 4J0PA 1KJ4A 2Q5KA 2R43A 4BFDA 5P8OA 4RVXA 4Y5KA 4ZE6A 4J1CA 2QD8A 1BILA 5EZXA 3IAWA 1RQ9A 4Y3QA 5P1ZA 5P1RA 5P7FA 5P5JA 2V00A 5P8KA 1B11A 1META 4APRE 3SPKA 1CPIA 3O9IA 4CP7A 5OZEA 5P49A 5OZ2A 5KR0A 3SQFA 4Y4GA 3L5FA 2HB2A 5DQ2A 1QDMA 4Y45A 5P06A 3EKVA 3PJ6A 1M4HA 3GGVA 3CICA 2V11C 3OY4A 5OZ3A 1AAQA 4Y4UA 1BDQA 3UDNA 5P5NA 3R2FA 4I0HA 4NJSA 5HCOA 2QMGA 2QI7A 3VFAA 1ZSRA 4ER2E 4Y5GA 2AVSA 1SMEA 5P7OA 3CMSA 3LITA 1FKNA 5P5BA 5P14A 5P09A 2G27A 5P5XA 4IVTA 4ZPGA 5P3VA 1TSUA 1GNMA 4EJDA 1W5WA 2HM1A 4WY6A 4NJVA 5DPZA 1AVFA 5KAOA 4ZIPA 2VA5A 5P04A 2HS1A 3UQRA 4GJBA 2PYNA 4YA8A 1SGZA 2FNSA 5C9DA 3UDMA 3ZPSA 3RSXA 2AVVA 3OOZA 5P6OA 4Y5AA 1LF3A 4J1IA 4DJPA 4ZLSA 3NU6A 3INFA 3EKYA 5P7UA 2NPHA 2P4JA 4Y6MA 4FM7A 5P2VA 5P43A 4D85A 2SAMA 5OZFA 3K5CA 2QI3A 3L59A 3OUAA 2O4NA 1T7KA 3PWMA 1HWRA 2BJUA 2QHCA 5P76A 1W6IA 1MTRA 3UFLA 4Y3DA 3BC4A 3KMXA 3G72A 4YDFA 5HCTA 3O9FA 3EXOA 1APWE 4X7IA 5P0AA 2G1NA 5C9BA 4Y4AA 5OYTA 3U6AA 4YCYA 1HBVA 5OZ8A 3DCRA 5OZ6A 2HB4A 3PSUA 3OGPA 2V0ZC 2WF1A 3BUHA 1FF0C 5P6MA 4PPHA 4K9HA 5P5TA 3O9AA 5P34A 2QCIA 5P2AA 1MEUA 4HDBA 4RVJA 2WEBA 1LV1A 3K5DA 5P31A 1PSNA 2O40A 3O9EA 4GB2A 3BUFA 3KDCA 1FFFC 1HTEA 2F3EA 1EPLE 5P1EA 2FNTA 3SA3A 3NU4A 5SXNA 2QHYA 5E5KA 1DP5A 3L5CA 5P0EA 1T6GA 1NPWA 1SP5A 2PMAA 3PM4A 5P52A 5P29A 5P7IA 4RLDA 3SLZA 4U7QA 3EMYA 3NU5A 2BBBA 2WF2A 5F00A 2RKGA 3QP0A 2ZJLA 1W50A 1C70A 4B00A 3EKWA 3QBFA 5P73A 4DJRA 2PSVA 5P3PA 1IZHA 4Y44A 1WBKA 4R91A 4OC6B 5P8IA 3Q3TA 4HDFA 1MIQA 3VLBA 4J55A 1SBGA 2VNNA 5P3HA 1SIPA 4ZSRA 5P6KA 4OD9B 5KQYA 5P4SA 1VIJA 5P3AA 4DJQA 4Q1XA 3IXJA 1XL5A 3QBHA 1MESA 4K4QA 5P4HA 4YBIA 2B60A 4FSEA 1LF4A 4MC6A 4QJ9A 4DQEA 1B6JA 5P2WA 2OHRA 1HIHA 3L38A 4Q5MA 3PLDA 5P5UA 1G0VA 4FRSA 2WL0A 3GI6A 4D8CA 3KFNA 3LPIA 4Y48A 4DQGA 3TOHA 3ZPUA 4HZTA 3NSHA 2V12C 2G21A 5P86A 2Q63A 1XDHA 4QJ6A 5OZUA 5CONA 3JW2A 3UF3A 3O99A 1DW6C 2XFIA 5I3YA 1AM5A 2PSUA 4J0VA 1F34A 5ENKA 1W6HA 3NLSA 4H3IA 3Q6YA 3ST5A 4Q1YA 1ZP8A 5DGUA 1KJGA 5P77A 5OZLA 1IVQA 5P17A 5DR3A 5P01A 5P1BA 1QRPE 4R93A 4COEA 5P4OA 3D1YA 3BXSA 1SDTA 2ER0E 4L7JA 5P8SA 1LYBA 5P2IA 4GJ5A 4MC2A 5P11A 2OHLA 3UDPA 3NU9A 5DGWA 5HTZA 3T11A 3HW1A 3UDYA 3BVAA 3IA9A 3VG1A 4K8SA 2FXDA 5COOA 5P4ZA 2VIEA 1K1UA 3H0BA 2QK5A 4PEPA 3SKFA 3PVKA 5OZ4A 3NYGA 3OAGB 4ER1E 2WHHA 5P6IA 4HDPA 2B8VA 3EL1A 5JODA 6APRE 5P3CA 1EBZA 4ZSQA 2ER7E 2IS0A 2J9KA 2BB9A 2R3TA 3BGCA 2QI4A 3CKRA 5OZSA 4LXAA 5AHBA 4EWOA 3ZMGA 4D88A 1LS5A 3CYXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FQ4 A;  2PQZ A;  3UHL A;  1EPN E;  4LXK A;  4JP9 A;  4J1H A;  4S1G A;  5P0G A;  5P2Y A;  4X2L A;  5P0I A;  3ER5 E;  4RCF A;  3VSW A;  3LPJ A;  5P0Q A;  5P0S A;  3INE A;  5P89 A;  5P7N A;  2V16 C;  5DR7 A;  4R5N A;  4BEK A;  2WF3 A;  3VF3 A;  5P1L A;  3QAA A;  1ZAP A;  5P0W A;  2QMD A;  2XYE A;  2UXZ A;  1XE6 A;  5I3X A;  3APP A;  4Y3E A;  5P8N A;  3VSX A;  5P2X A;  1YG9 A;  2ASI A;  4GJ9 A;  4JPC A;  3O9D A;  3EC0 A;  3BUG A;  1YM4 A;  2R3W A;  1G6L A;  3PCW A;  4GJ7 A;  2I4X A;  4FIV A;  4DJV A;  1QBS A;  3I6O A;  4GZF A;  4Y3H A;  4Y3G A;  3WZ6 A;  3DV1 A;  1E81 E;  5P0N A;  2FS4 A;  4Z22 A;  5ISJ A;  2B42 A;  5P50 A;  2G22 A;  3ZKS A;  1LYB B;  3S56 A;  3SA9 A;  4EP2 A;  2AVQ A;  4PHV A;  5P15 A;  3ZL7 A;  4FRK A;  5P05 A;  3O9G A;  3QRO A;  1RL8 A;  4GJC A;  1M43 A;  2VJ9 A;  5P1F A;  3BVB A;  1D4S A;  5P28 A;  1MPP A;  3QRV A;  4Y3A A;  1QBR A;  4LXM A;  3TPP A;  2ZYE A;  3TPR A;  4ZPE A;  4Y4E A;  3EKT A;  5I70 A;  1HTR B;  1T3R A;  2OHS A;  3NXN A;  4I12 A;  3O9B A;  4OBJ A;  1F7A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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