The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
242
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sequence length |
674
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structure length |
674
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Chain Sequence |
GTAELIMKRVMLDLKKPLRNMDKVAEKNLNTLQPDGSWKDVPYKDDAMTNWLPNNHLLQLETIIQAYIEKDSHYYGDDKVFDQISKAFKYWYDSDPKSRNWWHNEIATPQALGEMLILMRYGKKPLDEALVHKLTERMKRGEPEKKTGANKTDIALHYFYRALLTSDEALLSFAVKELFYPVQFVHYEEGLQYDYSYLQHGPQLQISSYGAVFITGVLKLANYVRDTPYALSTEKLAIFSKYYRDSYLKAIRGSYMDFNVEGRGVSRPDILNKKAEKKRLLVAKMIDLKHTEEWADAIARTDSTVAAGYKIEPYHHQFWNGDYVQHLRPAYSFNVRMVSKRTRRSESGNKENLLGRYLSDGATNIQLRGPEYYNIMPVWEWDKIPGITSRDYLTDRPLTKLWGEQGSNDFAGGVSDGVYGASAYALDYDSLQAKKAWFFFDKEIVCLGAGINSNAPENITTTLNQSWLNGPVISTAGKTGRGKITTFKAQGQFWLLHDAIGYYFPEGANLSLSTQSQKGNWFHINNSHSKDEVSGDVFKLWINHGARPENAQYAYIVLPGINKPEEIKKYNGTAPKVLANTNQLQAVYHQQLDMVQAIFYTAGKLSVAGIEIETDKPCAVLIKHINGKQVIWAADPLQKEKTAVLSIRDLKTGKTNRVKIDFPQQEFAGATVEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of chondroitin AC lyase, a representative of a family of glycosaminoglycan degrading enzymes.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| molecule keywords |
PROTEIN (CHONDROITINASE AC)
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| total genus |
242
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| structure length |
674
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| sequence length |
674
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| ec nomenclature |
ec
4.2.2.5: Chondroitin AC lyase. |
| pdb deposition date | 1999-03-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02278 | Lyase_8 | Polysaccharide lyase family 8, super-sandwich domain |
| A | PF02884 | Lyase_8_C | Polysaccharide lyase family 8, C-terminal beta-sandwich domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Chondroitin AC/alginate lyase | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3 | Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4D6G A; 1MMZ A; 1NSS A; 1LXM A; 1SO0 A; 1UG9 A; 2CIS A; 4DUX A; 2ZQ0 A; 2CIQ A; 3VD7 A; 3T2Q A; 1J0M A; 4D71 A; 1JOV A; 1L7K A; 3MV1 1; 1MMX A; 4DUW A; 4MMH A; 1JZ8 A; 1HV6 A; 1OJO A; 2HTB A; 2WW3 A; 1QAZ A; 1N7N A; 3VDC A; 3VD5 A; 1MMY A; 2CIR A; 3NNB A; 3K25 A; 2JKA A; 1OJP A; 1HMW A; 2ZXQ A; 1HM3 A; 2WW2 A; 3DYP A; 3IAQ A; 3T09 A; 4OK4 A; 1EGU A; 1HN1 A; 1NKG A; 1NS2 A; 1NS8 A; 3E80 A; 3I3B A; 4TTG A; 1JZ4 A; 1MMU A; 1JZ3 A; 1RW9 A; 4D6I A; 2WMI A; 2WMK A; 1N7Q A; 1HN0 A; 4OK2 A; 3DYO A; 2BRV X; 3ECQ A; 2E24 A; 3NFV A; 1NS4 A; 2WMG A; 1JYX A; 3NJV A; 3T2P A; 1F1S A; 3DEC A; 3VD4 A; 1LUR A; 2XHN A; 4E1Y A; 4D6E A; 1NSV A; 1NSR A; 3T08 A; 3MWX A; 2WMF A; 4AQ0 A; 1NSM A; 3T0B A; 1OJN A; 1JZ7 A; 2WMI B; 1N7P A; 2WVX A; 4NEI A; 3Q1N A; 4D6D A; 3VD9 A; 2WW0 A; 1J0N A; 1F9G A; 2WMH A; 1L7J A; 1DP0 A; 2HTA A; 3BGA A; 1JZ6 A; 4OZV A; 3T2O A; 2D73 A; 3IMH A; 3OS7 A; 4FNV A; 1LF6 A; 4OZW A; 3AFL A; 4BZF A; 2JKP A; 2WVX B; 4BZG A; 2E22 A; 4RNL A; 3I3D A; 3OB8 A; 1RWC A; 2WDA A; 2FUQ A; 1OJM A; 2WCO A; 1SNZ A; 1ULV A; 1W3Y A; 4F13 A; 3VSN A; 4D72 A; 3A24 A; 1I8Q A; 1K1W A; 1C82 A; 3J7H A; 1X1J A; 1NSZ A; 1X1I A; 3E7J A; 3MV0 1; 1MN0 A; 4D6C A; 3I3E A; 3VDA A; 3MUY 1; 5JMD A; 4D6H A; 4D6F A; 5JMF A; 1Z45 A; 2XSG A; 1NS7 A; 1NS0 A; 1NSX A; 3DYM A; 1LF9 A; 3CZJ A; 1YGA A; 4MMI A; 3IAP A; 1TXK A; 1K1Y A; 1PX4 A; 2WW1 A; 3T0A A; 1JYN A; 3WFA A; 3VSM A; 3MUZ 1; 1JZ5 A; 2BRP A; 2JKE A; 3OBA A; 3SEP A; 1JYV A; 4OJZ A; 3DCD A; 3A0O A; 1HMU A; 3NRE A; 2BRW A; 4F10 A; 5E1Q A; 4BZE A; 3VDB A; 1YQ2 A; 1HM2 A; 4DUV A; 1JZ2 A; 1N7R A; 1N7O A; 2X03 A; 1RWG A; 1LXK A; 4BZH A; 2WMJ A; 1CB8 A; 3T0D A; 2WVZ A; 2WZS A; 1JYW A; 2WVY A; 1RWH A; 1F4A A; 1K1X A; 4D6J A; 1LOH A; 1NSU A; 5A1A A; 3VD3 A; 3E1F 1; 1RWF A; 1F4H A; 1X1H A; 3NJX A; 1RWA A; 2FUT A; 2Q1F A; 1PX3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SO0 A; 1UG9 A; 1V5D A; 3S4D A; 4DLQ A; 2ZQ0 A; 3VD7 A; 3KSQ B; 5IKH A; 1GXN A; 4GTT B; 2Y73 A; 3EJU A; 1JZ8 A; 2WGQ A; 1S63 B; 1GLM A; 2V3N A; 3DSS B; 2CFK A; 1QAZ A; 5IM1 A; 2WW3 A; 2H6G B; 3X41 A; 1N7N A; 1QAF A; 3WKG A; 2GOX A; 4Q88 A; 3VD5 A; 2NOJ A; 1MMY A; 1G9J A; 2B39 A; 3NNB A; 3QXF A; 2V3P A; 3OED A; 2J5C A; 3EJP A; 2ZXQ A; 1HM3 A; 3AFJ A; 1AVK A; 3DYP A; 3T09 A; 2SQC A; 1FT2 B; 1TNY B; 1NS2 A; 3BVV A; 4ONT A; 1NS8 A; 1VD5 A; 3W5N A; 4GTO B; 1JZ3 A; 2F18 A; 1IU7 A; 4D6I A; 4KKI A; 3LVT A; 2FUZ A; 4XUV A; 1NS4 A; 3EQA A; 2WMG A; 3D50 A; 3NJV A; 5ILH A; 3DEC A; 2JF4 A; 3VD4 A; 2FV0 A; 5IL8 A; 4GTQ B; 4MBG B; 3H7L A; 4AQ0 A; 3E6U A; 3ANJ A; 4D8O A; 3REN A; 5EAU A; 3S4B A; 1IVV A; 1N95 B; 3X3Y A; 2WYN A; 3A3V A; 1O6Q A; 2F0Y B; 1N7P A; 2WMI B; 2G02 A; 2WY7 A; 4NEI A; 2B4F A; 3SDU A; 4UFC A; 3Q75 B; 3X3X A; 3S9V A; 1F9G A; 4LIX A; 2WMH A; 3N0G A; 2E2T A; 1L7J A; 2IEJ B; 1FO3 A; 1DP0 A; 4LNV A; 2WY8 A; 3K11 A; 2HTA A; 4KFD A; 3T2O A; 1JZ6 A; 1L1Y A; 3HXE B; 2KXR A; 3BVX A; 5GY3 A; 1QSJ A; 3AFL A; 4OZW A; 1QWN A; 1JS4 A; 4GTV B; 2WVX B; 1R34 A; 3BVT A; 4RNL A; 3HI7 A; 4BZG A; 1O1T B; 2EAB A; 2FUQ A; 4CJ1 A; 1A2V A; 1K72 A; 1ULV A; 2ONG A; 2XWB B; 1H12 A; 3E7J A; 1H3B A; 1IA6 A; 1TNB B; 4LNB B; 5IKA A; 1IVW A; 1MN0 A; 4FNQ A; 1RKY A; 2C10 A; 1XW2 A; 5JMD A; 1V7W A; 2H6I B; 1Z45 A; 3K5T A; 4K35 A; 3DYM A; 3BUQ A; 4J5T A; 4ZH5 A; 5EAT A; 4MMI A; 1YGA A; 2ZIS B; 2XWJ B; 1TXK A; 3T0A A; 1TU5 A; 1QAL A; 3WFA A; 1TNO B; 1LD8 B; 1CEM A; 1JZ5 A; 2BRP A; 2JKE A; 3QRY A; 4OJZ A; 1DOG A; 3NRE A; 2BRW A; 3D4Y A; 2GH4 A; 2FV1 A; 3VW5 A; 2F6D A; 4GTR B; 3AMO B; 1JZ2 A; 2F7P A; 3BLC A; 1RWG A; 4BZH A; 3M76 A; 2WMJ A; 3QPF A; 2KXS A; 3T0D A; 3DSU B; 2CG1 A; 1JYW A; 3M78 A; 3W7X A; 3ALA A; 3DX2 A; 1TN8 B; 3N9H A; 2CFL A; 1HXA A; 1QX1 A; 1W4N A; 1JCQ B; 3Q7F B; 4KTR A; 1L2A A; 4EV5 A; 5C05 A; 2WYI A; 3E1F 1; 3VD3 A; 3S4C A; 3M77 A; 1TN6 B; 2OW6 A; 5AGD A; 4C1S A; 4GTP B; 1MMZ A; 2CIS A; 1LXM A; 3PMM A; 4DUX A; 2WIN B; 4ZRP A; 3SQC A; 1D6Y A; 4MMH A; 1OJO A; 2F7R A; 1W6G A; 3QSP A; 2HTB A; 1UI7 A; 4KFF A; 3ON6 A; 1WU4 A; 2VN4 A; 1H14 A; 3WKH A; 3VDC A; 2EAD A; 1AVL A; 2D1W A; 2YFO A; 4KFE A; 1HMW A; 4D4A A; 2WW2 A; 1SQC A; 2D8L A; 3E32 B; 3M75 A; 3N0F A; 1N20 A; 1FAE A; 3M72 A; 3HXB B; 2BED B; 3BUP A; 1JZ4 A; 2CQS A; 1MZC B; 3E34 B; 2NVP A; 4EV2 A; 1HN0 A; 1GAH A; 1TN7 B; 4TF4 A; 1W6K A; 1IQX A; 3X40 A; 1GXM A; 1JYX A; 5ILJ A; 1KRF A; 4QT9 A; 1LD7 B; 2XHN A; 1N94 B; 1HXG A; 2A73 B; 3LZ9 A; 4D6E A; 1NSR A; 2XQW A; 1WMO A; 1DL2 A; 3PGB A; 3G4F A; 2AFA A; 1NSM A; 4FNS A; 1N4S B; 1JCR B; 1H13 A; 1TQU A; 2CWU A; 4DOD A; 4V1S A; 3P5P A; 4BTX A; 1G6I A; 4BOK A; 2XN1 A; 1IVX A; 4FUS A; 1KSC A; 1HTY A; 4BOJ A; 3SXX A; 2F1A A; 5JPN B; 3BGA A; 4TXT A; 2CWV A; 4Z4L A; 2R2L B; 2D73 A; 3WIQ A; 3H3K A; 5FOB B; 1TF4 A; 3DDF A; 1KFG A; 1LF6 A; 3ACS A; 2JKP A; 4WVA A; 4FNU A; 2OOV A; 2WO0 A; 3I3D A; 3DSW B; 3OB8 A; 1RWC A; 3CU7 A; 2WDA A; 1N4P B; 4V1R A; 1OJM A; 1RQ5 A; 2WCO A; 3E33 B; 2E2U A; 3D4Z A; 4F13 A; 3X17 A; 3M74 A; 4D72 A; 2AHG A; 1N9A B; 3CZN A; 1K1W A; 1C82 A; 3J7H A; 1X1J A; 3MV0 1; 2V8J A; 3W7W A; 4DI5 A; 3GT5 A; 4D6C A; 5DGQ A; 3RSY A; 3DST B; 2F1B A; 4FNP A; 3KQ4 A; 4D4B A; 4WU0 A; 3W5M A; 4Q2B A; 2FYV A; 4EL8 A; 2OW7 A; 3CZS A; 4AYO A; 1TQT A; 1RJO A; 1G9G A; 2XSG A; 1WU5 A; 2AHF A; 1LF9 A; 3ANI A; 3M7B A; 5ILI A; 1NSX A; 3CZJ A; 3IAP A; 4BTY A; 2WW1 A; 2CFD A; 1N21 A; 1JYN A; 1W6C A; 3PYB A; 3MUZ 1; 1HX9 A; 3SEP A; 3OBA A; 3QG0 A; 3VD9 A; 1NL4 B; 2JG0 A; 5EAS A; 1WZZ A; 3DX0 A; 3SFX B; 4K3A A; 3D5S A; 2WYH A; 4BTW A; 5ILK A; 3VDB A; 4DUV A; 3WKF A; 1N7R A; 1JZ7 A; 1X9D A; 5CD2 A; 3WA3 A; 3CV5 A; 2PN5 A; 1FBO A; 2BB5 A; 3Q73 B; 2WZS A; 1FBW A; 1JRQ A; 1GA2 A; 3CIH A; 1WMP A; 3H2W A; 3GLY A; 4GAX A; 1F4A A; 4D6J A; 3W7S A; 5FO8 B; 1NI1 B; 1NSU A; 1FMI A; 3NJX A; 1N4R B; 1F4H A; 2Z07 A; 1UI8 A; 1N1Z A; 1NSS A; 3EJT A; 4D1J A; 2XN2 A; 3T2Q A; 1J0M A; 2ZBL A; 3E30 B; 1JOV A; 3WC3 A; 1MMX A; 1US1 A; 2BT3 A; 4DUW A; 3VXD A; 1HV6 A; 3BUD A; 3Q78 B; 3WA2 X; 4ZH1 A; 1GHQ A; 3OXU A; 1GXO A; 1SA4 B; 1N1B A; 1LTX B; 1XWT A; 2RI9 A; 3K7X A; 2RDY A; 4GTM B; 3K25 A; 3Q7A B; 2OQE A; 1SA5 B; 3E73 A; 3M71 A; 3QXQ A; 3KSL B; 4LNG B; 4OK4 A; 1EGU A; 3RX8 A; 5ILD A; 1HN1 A; 1G87 A; 4FNR A; 3GZK A; 3M7C A; 3NBJ A; 2OKX A; 3LOY A; 3HIG A; 1MMU A; 1JCS B; 3PYA A; 3PQI A; 1RW9 A; 2C11 A; 2WMI A; 1N7Q A; 2WMK A; 4OK2 A; 5M7I A; 3DYO A; 2BRV X; 3DSX B; 1D8D B; 3SFY B; 1OAC A; 2WOF A; 3F59 A; 3NFV A; 3DX1 A; 3HXC B; 3RX5 A; 3P5R A; 1NC5 A; 1LVN A; 4FXK B; 3RX7 A; 3M7L A; 3PZ4 B; 3EU5 B; 3D5R A; 4E1Y A; 3ANK A; 1D6Z A; 1TQV A; 3T08 A; 1H3C A; 1FPP B; 3BLB A; 1HCU A; 3QT3 A; 1AV4 A; 1N4Q B; 1FT1 B; 2WVX A; 4CE7 A; 3Q1N A; 1J0N A; 1O5M B; 3UD1 A; 2CG0 A; 4AYR A; 3DDG A; 1EKM A; 4MU9 A; 3QDE A; 3NBB A; 1DCE B; 2DRQ A; 2D5J A; 2V8I A; 3WIR A; 1O6H A; 5GW7 A; 4FNV A; 2H6H B; 1V5C A; 3W7U A; 1KWF A; 2VN7 A; 4BZF A; 2RI8 A; 2I07 B; 5IK6 A; 2RGK A; 4ZG8 A; 3G6J B; 1FP3 A; 3WUX A; 1HXC A; 4FJQ A; 3PZ2 B; 1NSZ A; 3I3E A; 3MUY 1; 1D6U A; 4D6H A; 4D6F A; 5JMF A; 3RRS A; 1NS7 A; 4DOE A; 3AMO A; 4YDE B; 3BUB A; 1O6R A; 1H35 A; 4L9P B; 3VSM A; 3PZ1 B; 4YCR A; 1N22 A; 3EJR A; 1JYV A; 5E2J A; 3A0O A; 2EAE A; 3UD2 A; 1O7D D; 3MPH A; 4AYQ A; 3KN4 A; 4D4D A; 1PS3 A; 4F10 A; 5E1Q A; 3TY1 A; 1QQF A; 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