The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
134
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sequence length |
347
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structure length |
347
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Chain Sequence |
ADLPAPDDTGLQAVLHTALSQGAPGAMVRVDDNGTIHQLSEGVADRATGRAITTTDRFRVGSVTKSFSAVVLLQLVDEGKLDLDASVNTYLPGLLPDDRITVRQVMSHRSGLYDYTNDMFAQTVPGFESVRNKVFSYQDLITLSLKHGVTNAPGAAYSYSNTNFVVAGMLIEKLTGHSVATEYQNRIFTPLNLTDTFYVHPDTVIPGTHANGYLTPDEAGGALVDSTEQTVSWAQSAGAVISSTQDLDTFFSALMSGQLMSAAQLAQMQQWTTVNSTQGYGLGLRRRDLSCGISVYGHTGTVQGYYTYAFASKDGKRSVTALANTSNNVNVLNTMARTLESAFCGKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Binding of cephalothin and cefotaxime to D-ala-D-ala-peptidase reveals a functional basis of a natural mutation in a low-affinity penicillin-binding protein and in extended-spectrum beta-lactamases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase-transpeptidase
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| molecule keywords |
D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE TRANSPEPTIDASE
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| total genus |
134
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| structure length |
347
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| sequence length |
347
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 1995-01-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HDR A; 3CJM A; 1KDS A; 5DF7 A; 4BEN A; 4DDS A; 3V3R A; 3MZD A; 5E43 A; 2XH9 A; 1I5Q A; 2J9O A; 4U3T A; 2ZC5 B; 1Z6F A; 1YM1 A; 1ESU A; 4YIN A; 1GHM A; 2DCF A; 4FH4 A; 1L2S A; 1BUL A; 2XFT A; 1IKI A; 3MFD A; 4KZ8 A; 3VFH A; 4OOL A; 1IYS A; 1XA7 A; 2WYX A; 3HRE A; 1L0D A; 3CMZ A; 1U60 A; 3RXW A; 4HBT A; 1PW8 A; 3FV7 A; 4BD0 A; 3G31 A; 2J7V A; 3AGD A; 3G2Y A; 2BG1 A; 2Y2L A; 1MWU A; 5DTT A; 2ZMA A; 1S6R A; 1SHV A; 3PBR A; 2FFF B; 2IWD A; 3BEB A; 1GHP A; 4GB7 A; 1WYC A; 1EWZ A; 1FCN A; 5HAR A; 5EE8 A; 5HFO A; 4DXB A; 1K57 C; 3ZG8 B; 4JF4 A; 5FQQ A; 4BLM A; 5M1A A; 3W4P A; 2ZQ9 A; 3Q07 A; 2JCH A; 3BFF A; 2EXB A; 1VM1 A; 4FSF A; 3JYI A; 1E3U A; 2Y2I A; 4X56 A; 2A49 A; 3EQV A; 5E2F A; 4OLG A; 1O7E A; 3TSG A; 1JWP A; 5CTM A; 3HLG A; 4UA9 A; 2QMI A; 1K57 A; 2J8Y A; 4A5R A; 4QJG A; 3OCL A; 3VMA A; 2Y2P A; 5TGF A; 4OH0 A; 4OPY A; 3FWL A; 5U47 A; 4KG2 A; 1ZG4 A; 4WEJ A; 2R9X A; 1K55 C; 2WGV A; 4E6X A; 1K6R A; 4IVI A; 5FAS A; 1JTG A; 4MBK A; 5I94 A; 1PWG A; 3VOZ A; 4R4R A; 3ZDJ A; 3GV9 A; 4K0X A; 4LV0 A; 1SDN A; 2XLN A; 5F82 A; 3ZFZ A; 1SDE A; 4LV3 A; 1IYO A; 1K55 A; 1BZA A; 4S2I A; 1OME A; 3NC8 A; 4KG5 A; 4EWF A; 3CZD A; 4ID4 A; 2ZQ7 A; 5DVA A; 3P98 A; 2BLS A; 3SS4 A; 3GRJ A; 4MLL A; 2ZC7 A; 4XUX A; 2IWB A; 3M2J A; 5F1F A; 4OLD A; 1TVF A; 1W5D A; 4IVK A; 3GSG A; 4JKT A; 5FAP A; 3VSK A; 5CHU A; 2PU4 A; 1YLJ A; 3W4Q A; 1M40 A; 5BOH A; 2XGN A; 5GLC A; 5EVI B; 4IBR A; 3S4X A; 1SCW A; 1AXB A; 2WKI A; 4ZTK A; 3ZG7 B; 1XPB A; 3ZNY A; 1DY6 A; 4NK3 A; 1CEG A; 2Y2G A; 1CI8 A; 4WZ5 C; 4BD1 A; 1HTZ A; 3PBS A; 5EVI D; 4RX2 A; 3VP2 A; 5M18 A; 3WWX A; 4C6Y A; 5CRF A; 3LY4 A; 3IF6 C; 2WZX A; 3G2Z A; 4OP5 A; 1DJA A; 1BLC A; 4N1H A; 4WZ5 A; 4C3Q A; 5GHY A; 1GA0 A; 3IT9 A; 3HLF A; 3QNB A; 1J9M A; 4QY6 A; 4JXW A; 4X68 A; 5CEC A; 1Q2P A; 5DF9 A; 3HLC A; 3PAG A; 3IF6 A; 2V20 A; 5GHZ A; 3V5M A; 2DNS A; 2HP5 A; 3QHY A; 5FAQ A; 4GD6 A; 2WUQ A; 1W7F A; 3VSL A; 2XFS A; 3NIA A; 3A3I A; 3BM6 A; 5J8X A; 3HUN A; 1PI4 A; 4U0T A; 3GR2 A; 5A93 A; 3AGE A; 4D2O A; 4DXC A; 1YQS A; 4ZJ3 A; 3NCK A; 4OQG A; 4P6B A; 4S2J A; 5FI6 A; 1FSW A; 2OLU A; 4EV4 A; 1PZO A; 4PM7 A; 1PIO A; 2E8I A; 2EX9 A; 3BRM A; 3NY4 A; 4R0Q A; 4UA7 A; 5FAT A; 1KGG A; 1KGF A; 2EFX A; 2HP9 A; 3GTC A; 3ZVW A; 3M6B A; 2Q9N A; 4QY5 A; 3ZG0 A; 1S0W A; 2Y55 A; 3BFE A; 3FZC A; 5E2E A; 5EPH A; 3UE1 A; 4LV2 A; 5GHX A; 1O07 A; 3E2K A; 2UWX A; 3DWZ A; 2WGW B; 4LEN A; 4MBH A; 4UAA A; 4LCL A; 4JBF A; 3GQZ A; 5A90 A; 3VP0 A; 3ZG5 A; 3NDG A; 1ERQ A; 3IHB A; 5CHM A; 5EVI A; 3QNC A; 3HUO A; 3WS2 A; 4GZB A; 2EXA A; 4BJP A; 4X6T A; 1DJB A; 1XP4 A; 1NJ4 A; 3A3F A; 3N4I A; 5E2G A; 4EBN A; 1MBL A; 4K0W A; 4GOG A; 4P87 A; 3TOI A; 2G2W A; 2IWC A; 2ZQD A; 3O86 A; 1K25 A; 1FQG A; 3IF5 A; 3DTM A; 3O88 A; 4KZ9 A; 4RYE A; 4S2O A; 4X53 A; 3MKE A; 5HL1 A; 2ZC6 B; 2QPN A; 4QU3 A; 3UO9 A; 3FYZ A; 3WS1 A; 4IED A; 3E2L A; 4WMC D; 1KE3 A; 1KDW A; 4KQR A; 2CC1 A; 4CJN A; 2ZJ9 A; 2Y2M A; 3VP3 A; 4EBP A; 1I2S A; 1RP5 A; 2WAD A; 1BLH A; 5JYO A; 1XX2 A; 4R1G A; 3UDI A; 4OQI A; 4S2K A; 2FFY A; 4P0M A; 3WS4 A; 1NZO A; 1N9B A; 3WS5 A; 2XR0 A; 1KVL A; 2Y2H A; 4C75 A; 3DWK A; 1GCE A; 5AQB A; 2C5W B; 1ONG A; 1WYB A; 1FCM A; 2WZZ A; 4OQ0 A; 4PPR A; 1NY0 A; 4DDY A; 4Y0T A; 5HAP A; 4E6W A; 1HZO A; 1K4F A; 2ZQC A; 3BFC A; 3BFG A; 4KZ3 A; 4O7D A; 4S2N C; 4WM9 A; 4XXR A; 3ISG A; 3BLS A; 5M19 A; 3C7U A; 3MZF A; 4KQQ A; 4KG6 A; 4FH2 A; 4P85 A; 5CTN A; 3UPO A; 5KZH A; 2X01 A; 1PWD A; 2ZM2 A; 3S22 A; 1IYP A; 4R3B A; 3OPR A; 4OPQ A; 4IBX A; 3ZG9 B; 2RCX A; 4Y7P A; 5EEC A; 3ZCZ A; 3VP4 A; 3W8K A; 2P74 A; 4GDB A; 4S2N A; 5FA7 A; 3AGF A; 3IWQ A; 1C3B A; 1NYM A; 4XUZ A; 4S2M A; 3C4O A; 3HLE A; 4GDN A; 4DE3 A; 1MWR A; 2WGW A; 1QME A; 3V3S A; 3VFF A; 2C6W B; 3G35 A; 5E2H A; 4Q8I A; 3SH8 A; 2P9V B; 3IXB A; 3VP1 A; 5FQJ A; 4ZDX A; 5FDH A; 2HDQ A; 2Z2L B; 1JVJ A; 2XQZ A; 3O3V A; 4JXS A; 4MEZ A; 4OOM A; 5AQ9 A; 3BFD A; 1MWS A; 4OON A; 1XA1 A; 4ZJ1 A; 1SKF A; 4WMC A; 4N1X A; 4NET A; 3A3J A; 5HAQ A; 3OCN A; 2PU2 A; 4OKP A; 2ZQA A; 5AQA A; 1PI5 A; 4WEK A; 2OV5 A; 2B5R A; 4BL2 A; 3HVF A; 3PBT A; 5GLB A; 1W8Y A; 4WZ4 A; 2VGJ A; 3A3D A; 2OSU A; 3HBR A; 3UPP A; 4DRT A; 4PMA A; 3ITB A; 1IYQ A; 4PM5 A; 3TG9 A; 3UNW A; 1K54 C; 4PM9 A; 2I72 A; 4B4Z A; 4BL3 A; 4WBG A; 1JWV A; 2EX8 A; 1YLT A; 1FSY A; 2Y2N A; 5D3O A; 4RVA A; 3N6I A; 4ZBE A; 1ALQ A; 1K4E A; 4OPZ A; 4Y0U A; 5FQI A; 1NYY A; 4HBU A; 2Y2K A; 1NRF A; 3UPN A; 1BUE A; 1LL5 A; 2HPB A; 1K54 A; 2ZD8 A; 4OP8 A; 4E3K A; 2ZQ8 A; 1I2W A; 1JTD A; 4BQM A; 1L0G A; 3C7V A; 1BTL A; 4E3L A; 3S1Y A; 2JBF A; 3C4P A; 4KZ6 A; 4JF6 A; 3OC2 A; 5CER A; 3SH9 A; 1YMX A; 2H0T A; 1BT5 A; 1TDG A; 1W79 A; 2JE5 A; 3LCE A; 2VGK A; 5L2F A; 1ZC2 A; 4ZJ2 A; 4E3O A; 1TEM A; 5CED A; 1CEF A; 4H8R A; 3C5A A; 3Q82 A; 3G32 A; 4FCF A; 3HLD A; 4L0L A; 3NBL A; 2DRW A; 1DJC A; 3OPP A; 2ZC4 B; 3PBN A; 3RXX A; 4DE0 A; 3UDX A; 3VOY A; 2EX6 A; 2GDN A; 2Z2M B; 3N8L A; 1K6S A; 5FI2 A; 3N8R A; 4EUZ A; 3HLW A; 3M2K A; 5CHJ A; 4B88 A; 1CI9 A; 4K91 A; 4EQI A; 3CG5 A; 5EVI C; 3Q1F A; 1PW1 A; 1RGY A; 2Y59 A; 1IEM A; 3UE0 A; 4GKU A; 4EBL A; 3UDF A; 4KZ7 A; 3ZHH A; 4E3I A; 2HDS A; 4U0X A; 1L0E A; 1NXY A; 2Y2Q A; 4E3J A; 4UA6 A; 4JXV A; 4S2P A; 3V39 A; 4KEN B; 2H0Y A; 3PAE A; 1CK3 A; 4JXG A; 3MKF A; 2J9P A; 4RX3 A; 2ZM8 A; 3SS3 A; 2Y4A A; 1GA9 A; 3EQU A; 2EX2 A; 3O87 A; 3IXH A; 4QD4 A; 2ZC3 B; 4ZAM A; 1K56 D; 4DKI A; 2EFU A; 3MBZ A; 1W8Q A; 4F94 A; 2WK0 A; 4Z9Q A; 3BLM A; 1KE4 A; 5EOE A; 3BYD A; 2V2F F; 3ITA A; 3V50 A; 3N7W A; 3UN7 A; 3IHA A; 3FKW A; 2OLV A; 5DTS A; 5G18 A; 4N9L A; 3IWO A; 1Q2Q A; 1MXO A; 1LLB A; 4X55 A; 4Y0O A; 1XKZ A; 3OZH A; 4HEF A; 3SH7 A; 3ZNT A; 2A3U A; 3SOI A; 3MXR A; 1PZP A; 4N9K A; 3IQA A; 4QHC A; 4JPM A; 3OPL A; 3ZGA B; 4JLF A; 1G6A A; 4OOY A; 3IWI A; 3MXS A; 1ZKJ A; 5AQ7 A; 2XDM A; 3HLB A; 5IHV A; 1NZU A; 5FSR A; 4MNR A; 1JWZ A; 3HUM A; 2XK1 A; 1WE4 A; 3LEZ A; 3OPH A; 3BEC A; 1H8Z A; 2WAE A; 2ZLY A; 4S2L A; 1MWT A; 1KGE A; 3P09 A; 1QMF A; 1GHI A; 4KQO A; 2H5S A; 1FOF A; 3Q7V B; 3W4O A; 5CEB A; 3LO7 A; 4R4S A; 2G2U A; 4R23 A; 4UHU A; 3IF6 B; 4JF5 A; 3PBO A; 1L0F A; 5KSH A; 1YLW A; 5FAO A; 4LCM A; 3N8S A; 4R3J A; 2WKE A; 2Y2O A; 3WRT A; 3M6H A; 3IH8 A; 2WKH A; 4DE1 A; 3NI9 A; 1MKI A; 5FI7 A; 5FQ9 A; 2WGI A; 5HAI A; 5CXW A; 3SS5 A; 5CGX A; 3IXG A; 3UE3 A; 3FKV A; 1K56 A; 1Y54 A; 1ES3 A; 5GLD A; 1LI0 A; 5JYP A; 5EUA A; 1BLS A; 3UY6 A; 5EOO A; 4GD8 A; 1ERM A; 1MPL A; 1YMS A; 2PBY A; 5A92 A; 1HD8 A; 1KVM A; 4E3N A; 5FQK A; 3Q81 A; 2V1Z A; 2Y2J A; 1ERO A; 1XGJ A; 1K38 A; 1LHY A; 3D4F A; 4PM6 A; 1FR1 A; 1M6K A; 4WYY A; 5GL9 A; 3RJU A; 2XEP A; 1ES2 A; 2HP6 A; 5EVL A; 1BLP A; 3HL9 A; 1RGZ A; 1IEL A; 2XF3 A; 1ONH A; 1ES4 A; 1ES5 A; 2Q9M A; 4OQH A; 5CGW A; 1YT4 A; 4YFM A; 1BSG A; 2RL3 A; 3WRZ A; 2XD1 A; 4FD8 A; 1MY8 A; 1XGI A; 1N4O A; 1E4D A; 2WAF A; 1ZG6 A; 1RCJ A; 1YLP A; 3B3X A; 4HES A; 4E3M A; 4KZA A; 1PWC A; 2QZ6 A; 5DTK A; 3WS0 A; 4OPR A; 4CPK A; 5CGS A; 5F1G A; 1KE0 A; 3PBQ A; 5A91 A; 4DF6 A; 3G30 A; 1E25 A; 4MBF A; 4KZ4 A; 4WEL A; 2JC7 A; 3LY3 A; 4RA7 A; 2Y91 A; 3GVB A; 1H8Y A; 2X71 A; 3A3E A; 1XXM A; 3DW0 A; 4QB8 A; 5TR7 A; 3Q7Z A; 3Q7V A; 3ZVT A; 5KSC A; 3GMW A; 1LI9 A; 4LV1 A; 3IH9 A; 5KMW A; 4N92 A; 4KZB A; 4KZ5 A; 5DF8 A; 1HVB A; 2H10 A; 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