The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
56
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structure length |
56
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Chain Sequence |
MVYDKIAAQGEVVRKLKAEKAPKAKVTEAVECLLSLKAEYKEKTGKEYVPGLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ligase
|
| molecule keywords |
TRNA SYNTHETASE
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| publication title |
A recurrent RNA-binding domain is appended to eukaryotic aminoacyl-tRNA synthetases.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Cricetulus griseus
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| total genus |
18
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| structure length |
56
|
| sequence length |
56
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.15: Proline--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 1999-09-23 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DR5 O; 4JI3 O; 2Z0A A; 4DR2 O; 4JI2 O; 1IBL O; 1HNW O; 2JRI A; 1D2D A; 4KHP O; 2LW7 A; 1N36 O; 2N74 A; 3J80 N; 3J81 N; 4JI4 O; 2FKX A; 2UU9 O; 1G1X B; 1YZB A; 4JI1 O; 4DUZ O; 4LFA O; 4JV5 O; 3OTO O; 3F5T A; 5LMU O; 1HR0 O; 1XEQ A; 1AB3 A; 4X65 O; 2ZKO A; 3M8A A; 4K0K O; 1N34 O; 4X66 O; 3RT3 C; 4NXN O; 4B3M O; 4DV7 O; 2F4V O; 2VQE O; 1J5E O; 1NS1 A; 4JI7 O; 5H5N A; 5BR8 O; 4DV0 O; 4AQY O; 5BY1 A; 2E5L O; 2HHH O; 4DV6 O; 4X64 O; 4B3R O; 4NXM O; 4OPH A; 4OX9 O; 5A2Q N; 2UUC O; 1XNR O; 3SDL A; 1R6T A; 1N33 O; 1A32 A; 4LF4 O; 4B3T O; 4B3S O; 3O65 A; 5IWA O; 2UUB O; 4DV1 O; 1IBK O; 1HNX O; 4LF7 O; 4JI8 O; 1DK1 A; 3T1H O; 4LFB O; 4OPA A; 4JI5 O; 5BXZ A; 4DV3 O; 4DR4 O; 2UXD O; 1IBM O; 4JYA O; 1I94 O; 4YY3 O; 2VQF O; 4DUY O; 1FKA O; 1KUQ A; 3JAM N; 4DR1 O; 4LF5 O; 1F7Y A; 3J7A U; 2UXC O; 1HNZ O; 4JI6 O; 4A5U B; 2UXB O; 2UUA O; 3T1Y O; 5FLX N; 2AGA A; 4DV2 O; 4DR7 O; 4LF6 O; 1XNQ O; 4GKJ O; 4JI0 O; 4LF9 O; 2ZM6 O; 2DJV A; 4LFC O; 4DR6 O; 4GKK O; 4DV5 O; 5LL6 Y; 1XMO O; 5LMN O; 5IT9 N; 4LF8 O; 1N32 O; 3R66 A; 4X62 O; 1FYJ A; 1X59 A; 1AIL A; 2DOS A; 4DR3 O; 1XMQ O; 1FJG O; 4YHH O; 4DV4 O; 1R1B A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DXR B; 3GB7 C; 1YJ9 V; 1JCH A; 4OGQ B; 1K8A W; 5BR8 B; 5CMU A; 3A2F A; 2KB1 A; 4DV6 B; 2H8P C; 2FTK A; 3CRR A; 1MAB G; 3IJ4 A; 3ZHT A; 4LFA O; 3E86 A; 4J7J A; 4OX9 B; 3RYC B; 5B3S B; 1FFT B; 5L3E A; 4UCU A; 5FNV A; 3M8A A; 1H2N A; 4O4L A; 3RT3 C; 1B04 A; 1M90 W; 2CUG A; 1VIB A; 1J5E O; 3T1H B; 5CA0 A; 3JCU Z; 4CZZ A; 4X64 O; 1U96 A; 3D3Q A; 2N04 A; 4WFH A; 3SDL A; 2IBZ H; 4FFB B; 1K97 A; 1EFR G; 1GKF A; 2EJR A; 4G27 B; 4B08 A; 1IBK O; 2H3O A; 3JAR A; 1Y67 A; 1HNZ B; 3SYC A; 5BZB A; 4PA9 A; 4EFB A; 2BOB C; 2LJ2 A; 2WPD G; 4DR7 B; 1IVS A; 2KKW A; 4JYA O; 2Q69 A; 1IBM B; 1J95 A; 2PI5 A; 4K35 A; 2DW4 A; 1XMO B; 1VQP V; 2ZXW B; 4G28 B; 5L3G A; 4PDR A; 3CSX A; 1F7Y A; 4LF5 B; 2GBO A; 1XMQ B; 1N4C A; 2Q4P A; 1FD9 A; 1PNK A; 2DYR C; 3T1C A; 1TUB B; 2AHZ A; 2RQ6 A; 1V54 C; 4R50 A; 1WNS A; 2P22 C; 2YIB A; 4KHP B; 1F4M A; 1L0N H; 1AJN A; 2XOK G; 4W4K A; 2PYJ A; 2RMK B; 4GKK O; 1W59 A; 2YSU B; 3N27 A; 1P84 F; 3CCJ V; 2HVJ C; 4J11 A; 4Z2W A; 4TV8 A; 1FJG O; 4X88 A; 2CTR A; 2GTA A; 2ZR2 A; 3BA9 A; 1GN3 A; 1Y74 B; 2D3O W; 4MTG A; 2IH3 C; 2EIM C; 2YID A; 2HHH B; 2FKX A; 4I50 B; 3LNN A; 1ZSP A; 2ILM A; 5B1A C; 4I7Z B; 5KHI A; 3FAV A; 1EZJ A; 3TET A; 1XEQ A; 5J9P C; 4FK5 C; 4LF4 B; 3C90 A; 2DE0 X; 2P6J A; 2GUZ A; 4D6T H; 2PI4 A; 2NR5 A; 1YIT V; 4AQY O; 2JS3 A; 1M93 A; 5GTI Z; 5KHH A; 5KA5 A; 4BIZ A; 4IIJ B; 2XAG A; 1R6T A; 1JA8 A; 2DMX A; 4B3T O; 3H1I H; 4Z1V A; 4AIL C; 1N33 B; 5IWA O; 2WLI A; 2X6B A; 4DV1 O; 5IE9 A; 5K1P A; 3A0H Z; 3K57 A; 1HNX O; 1WJZ A; 1DK1 A; 2OCC B; 5FPO A; 1MMM A; 1UPG A; 4OPA A; 4DO2 A; 3CRA A; 3F7Y C; 4UV8 A; 2FL4 A; 1KMI Z; 3S3X A; 1SA0 B; 4CH4 A; 5GTH Z; 2W0F C; 1VQ5 V; 4MTO A; 4X1K A; 4YHH B; 5LOV A; 4ZOL A; 2FB5 A; 1K4C C; 1QLE B; 4JZ2 A; 2JJ1 G; 2CTQ A; 4J7Z A; 5JCO C; 4DV2 O; 4FLX A; 3FB7 C; 1NT2 B; 5HFL A; 2JVD A; 1VQ6 V; 4IHJ A; 4X89 A; 1TUE B; 5DM6 V; 1YHQ V; 1AR1 B; 5CB4 A; 1KP2 A; 3APQ A; 4OXS A; 4PI2 A; 1H8H G; 2HJF C; 4X1I A; 1NQT A; 4PDL A; 1WN7 A; 2ADP A; 2VQE B; 4K8X A; 1GM9 A; 2JS5 A; 3JAK B; 1VQ4 V; 4WFE A; 3HKD B; 2WA3 A; 2XAQ A; 2YI8 A; 4FLW A; 3D36 A; 4DRX A; 3BA8 A; 5LMU B; 3K59 A; 3D8C A; 3SJB C; 5EIB D; 4R8C A; 3ZHR A; 2JIZ G; 4XDJ A; 2ZNJ A; 3K0D A; 2Y4T A; 5B1B C; 1M5I A; 3UQ8 A; 3OM3 B; 2WLH A; 4FM0 A; 2Q7E A; 4DUY B; 2GV9 A; 2YIC A; 1L1F A; 1BT8 A; 3OUS A; 4CBC A; 1QVG U; 1KU9 A; 2QR4 A; 3HKB B; 4TUY A; 3L73 H; 1QU7 A; 2DYR B; 3L75 H; 5J2T B; 3VQX A; 1TVK A; 5KA6 A; 2WWW A; 1P49 A; 1IBM O; 2R9R B; 4LF6 B; 1LNQ A; 1I94 O; 4LF9 B; 2ZM6 B; 2UXX A; 4BIU A; 5LGN A; 3CCL V; 2EIL B; 4I55 A; 1KUQ A; 4LF5 O; 1RM1 C; 2QE7 G; 3M7M X; 3B8N A; 1IXB A; 5A9G A; 1DF4 A; 4JYC A; 3B40 A; 2RDC A; 4K8Z A; 1X4T A; 2EUL A; 5J2U A; 1JFF B; 3OEH G; 4C7U A; 4RQE A; 4GUN A; 5D5P A; 2DJV A; 5B1A B; 1WPB A; 3AG2 B; 3IC7 A; 1X59 A; 2Q5Z A; 1HR0 B; 4PDV A; 4IYH A; 2BTQ B; 3ZRS A; 5FPR A; 1R1B A; 4DR5 B; 2QJ1 A; 1MG1 A; 4AI8 A; 3CX5 F; 3JD0 A; 3P3N A; 1BL8 A; 4JI4 O; 1M56 B; 1P7B A; 4NR1 A; 3KCX A; 4XDL A; 2W6I G; 2QTO A; 3N2K B; 3OTO O; 5JH7 A; 4JV5 B; 2BE3 A; 5K1X A; 4MVU A; 1GAX A; 1FFX A; 3AG3 C; 5TIS Z; 3UM7 A; 4GYC B; 2NNU A; 2UUB B; 5EBL C; 5E1A C; 3QG5 A; 4QJF B; 3I55 V; 1NBM G; 4JI8 B; 1AR4 A; 4JYB A; 3W7W A; 2A79 B; 5H5N A; 4I9Q A; 3K5L A; 3FD9 A; 3VOU A; 5DED A; 1YXB A; 5JWP A; 2M7W A; 4CC5 A; 4UXN A; 1N33 O; 1A32 A; 4B3S O; 3BHP A; 4UCS A; 3CXH F; 1EBO A; 3B8M A; 4LFB O; 3FYI B; 1OCR B; 5BMV A; 2XND G; 3WFV A; 1GK9 A; 3JAL A; 1D5N A; 3AG1 B; 3LSU A; 5CBH A; 4DR6 B; 2JGD A; 1I7F A; 4I4T A; 3ZMS A; 3K06 A; 3OGI B; 4ZKI A; 1Z2G A; 2HG5 C; 3RYF B; 1Y76 B; 1NU1 H; 2QM7 A; 3QO7 A; 2EZO A; 1AP5 A; 5EZY A; 4FM2 A; 1ENV A; 2HFE C; 2UUA O; 2IJJ A; 3ZIA G; 1XOU A; 3TCU A; 1U97 A; 1Q6U A; 2HEP A; 4GX2 A; 4UCO A; 5KAI Z; 2QKA A; 3K5N A; 4KUM A; 2P90 A; 3K3W A; 4PA6 A; 3K04 A; 1WAZ A; 1QR8 A; 4TQF A; 1VQM V; 4JTD B; 3E22 B; 3CRM A; 4DR2 O; 1XL6 A; 1S5J A; 4UVB A; 1N36 O; 1WA8 B; 2BCC H; 5KUM A; 1THZ A; 2B1G A; 4CH3 A; 1VF7 A; 2P67 A; 3FB6 C; 4D7S A; 5IYC O; 4O4J A; 5LMU O; 5LHG A; 1H2K A; 3G71 V; 1VQ8 V; 5HFM A; 4K0K O; 1N34 O; 5JQG B; 2X6C A; 2B9Z A; 1XDC A; 3UCS C; 1SER A; 2ZIM A; 4BW5 A; 3W7X A; 4MVM A; 1NR1 A; 3MHS C; 4QPK A; 3ETE A; 2YXL A; 1BGY H; 2QGN A; 4UVC A; 4I0X B; 3DTU B; 4NTY A; 1WB8 A; 1AR5 A; 5LA6 B; 5IYZ A; 1OCO B; 2LFS A; 2Q0A A; 5EK0 A; 4WCE V; 1VQN V; 4FZ1 A; 4JI5 O; 3K03 A; 4O2A B; 2WLL A; 3HB3 B; 5GON B; 3SYQ A; 2UXD O; 4ABM A; 3CCR V; 2IJK A; 4NB5 A; 4TV9 A; 3U0Z A; 4H44 B; 4YY3 O; 4U3J A; 4PEL A; 4LFC B; 2R72 A; 5LMN B; 1N32 B; 5DEC A; 1ZWI C; 2YIB D; 5FNV B; 2B1I A; 2OT5 A; 3AG7 A; 4O4L B; 1AJP A; 4F4L A; 4A5U B; 3CYO A; 4Q6G A; 3T1Y O; 4J7K A; 5CA0 B; 1Q86 W; 3IGA C; 1RP3 B; 3JYC A; 2ZNI A; 1M4U A; 3ZRW A; 1G8M A; 1YSC A; 2JEU A; 1KQS U; 3BEH A; 5IT9 N; 3D36 C; 2PGG A; 1R6K A; 4DR5 O; 1DF5 A; 3CWB H; 3JAR B; 2OCC C; 1HNW O; 3K08 A; 3O9O A; 1Q81 W; 3ZMV A; 1FXK A; 2E5L B; 1ZAU A; 5LP6 A; 4DUZ O; 3FYE B; 4B3R B; 1VF6 C; 4JV5 O; 5CBG A; 1R6N A; 1K5Q A; 1YI2 V; 4UB6 Z; 4UVA A; 3EHB B; 4NXN O; 4B3M O; 2E74 B; 2Q68 A; 1XRE A; 2CDY A; 4JI7 O; 2FYU H; 5LXT A; 1G4Y B; 2W6J G; 1QLE C; 3LDC A; 5KUK A; 1FXH A; 2YIA A; 3BVO A; 1W0K G; 1K5S A; 2KG7 A; 3SPI A; 2UUC B; 2LP7 A; 5CN0 A; 1WLE A; 2N05 A; 3G67 A; 3W7T A; 3CD6 V; 3L71 H; 2G38 A; 1YJN V; 1XQ8 A; 4O4H A; 2XUM A; 1LUV A; 1JPX A; 1URF A; 1MOF A; 1AI5 A; 4FIP C; 4U3F H; 2ZE7 A; 1Y66 A; 1H2M A; 1CEZ A; 5LHI A; 1FKA O; 3ETG A; 3FAV B; 4J80 A; 4HYO A; 1PKX A; 4DV4 B; 2GUZ B; 3GWK C; 3H9V A; 2Y0I A; 2ZCE A; 2JGU A; 2LFR A; 4QIW F; 3RYI B; 4J9Y B; 3DC5 A; 4GKJ O; 4GX1 A; 2GSM B; 2UU9 B; 1Q7Y W; 4BW9 A; 3E8B A; 3STZ C; 3L70 H; 1ROP A; 1AIL A; 5IJ9 A; 2WLI B; 4YXW G; 3OR6 C; 4JI3 O; 4DK0 A; 4JI2 O; 1D5A A; 4O2B A; 3SJQ C; 3J80 N; 1AI4 A; 4UCT A; 1RPR A; 2WLJ A; 1FPO A; 1YZB A; 1B3Q A; 4JI1 O; 3ZHV A; 3E35 A; 2EIL C; 1GO3 F; 3CC4 V; 3OUF A; 5ITZ B; 4X20 B; 1IXM A; 3JAT B; 4X1K B; 2Z5U A; 1WP7 A; 4LF7 B; 4HNA A; 3G80 A; 5LOV B; 4LCU C; 4PD4 F; 4ZOL B; 4DV3 B; 3JAW A; 4J41 A; 4MS2 A; 3RVZ A; 1Z5W A; 4NXM O; 4OPH A; 3L74 H; 3RYC A; 4LWS A; 3AG2 C; 5EIB C; 1K9M W; 4IHJ B; 4ASU G; 1W2B U; 5D5Q A; 5CB4 B; 2ARH A; 3JD1 A; 2QM8 A; 2A9H A; 3CE2 A; 1RPO A; 5H6R A; 4JI6 B; 3K79 A; 3ABK C; 1NH2 D; 2RCV A; 2PF4 E; 1SQX H; 3B4S A; 1Y4M A; 4JI0 B; 1M56 C; 2UXN A; 4TWK A; 1VQK V; 4NTX A; 4LF8 B; 3KZI Z; 2YXY A; 4ZI7 A; 4DRX B; 4DR3 B; 4GLX A; 4EFE A; 2OTL V; 3AK3 A; 5CA1 A; 1XBL A; 2QA4 V; 1NJI W; 2UXC O; 3OMI B; 4U7N A; 1Q43 A; 4ZHQ A; 1IBL B; 4MVO A; 1K34 A; 1OCC C; 2PYL A; 1SZX A; 1O9H A; 1AP6 A; 1OHH G; 4GX5 A; 2EJ7 A; 5JJJ B; 2ZE8 A; 4E4E A; 1UJW B; 3OT7 A; 4P9P A; 2Y69 C; 4X62 O; 3WB0 A; 1M57 B; 1S77 D; 4MVS A; 2Q8V A; 2P5O A; 2ZDI C; 4TUY B; 5JVD A; 1OCR C; 3JD2 A; 5C8Y B; 1TVK B; 4F6R B; 1S0V A; 3AG1 C; 2ZD9 A; 2HLD G; 4WBN B; 3OMN B; 4KP4 A; 1M9N A; 3TK1 A; 4EB6 A; 1XNR B; 5H9C A; 4I55 B; 1NH2 B; 4X65 O; 3SJA C; 4TQD A; 1E1Q G; 1QLN A; 4LH6 A; 3QTC A; 5GW7 A; 2Q7H A; 4JPR A; 5BR8 O; 4R6Z A; 4DV6 O; 1GMG A; 3U10 A; 5J2U B; 1NTM H; 2JDI G; 1ORQ C; 4OX9 O; 1S5L Z; 4PI0 A; 2ZE5 A; 3AEI A; 2UUC O; 1JJ2 U; 1VQL V; 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4WFA V; 3SPH A; 2ZQM A; 3TJT A; 4FLT A; 3G4S V; 3E83 A; 4JYY A; 3ICX A; 3MDS A; 4QNH B; 2IW5 A; 3Q4H B; 4JTC B; 3RVY A; 5DN6 G; 1OCC B; 3HKE A; 1XNQ B; 2AXT Z; 1YVW A; 4G2K A; 4JAU A; 2EIN B; 1VEW A; 1XHZ A; 3ZRX A; 4DV5 B; 4MT8 A; 2Y69 B; 1SET A; 2ADQ B; 3CCS V; 4O4J B; 5KMG A; 3AG4 C; 3ABL C; 1Q5O A; 2CK3 G; 3TXS A; 3CP1 A; 2DQ0 A; 5EC2 C; 3DC6 A; 2C2A A; 3ASO B; 1JVM A; 2IU3 A; 1K3E A; 4LFA B; 3AK1 A; 5B5E Z; 2YUA A; 4YJ3 A; 1Q3E A; 1YJW V; 3CRC A; 1QCE A; 3C3T A; 3GVM A; 1GM7 A; 4TOI A; 2OIG A; 1P4R A; 4YHH O; 1M1K W; 1ZLZ A; 1R3J C; 1EN6 A; 1PNM A; 1J5E B; 3CEI A; 4YJ2 B; 2VRZ A; 2LW7 A; 2WLL B; 3SPC A; 1VQ7 V; 4X64 B; 4B7E A; 4TV9 B; 3S3W A; 1IUR A; 4U3J B; 2JK5 C; 2EIK B; 3RN4 A; 1R73 A; 3APO A; 3BAB A; 3LDE A; 4MVR A; 1LR1 A; 4XDK A; 2PTM A; 5LYJ A; 1IBK B; 1HW7 A; 2VQE O; 1KB9 F; 3JAS A; 2ZE6 A; 5LGT A; 4GT1 A; 2XTA A; 2YEV A; 1XI1 A; 2V4D A; 1B06 A; 3CCU V; 2OTJ V; 4UUJ C; 1FXV A; 2AZ2 A; 3CS5 A; 2HKO A; 4QGP A; 3N2G A; 4J42 A; 2F66 C; 4AHC A; 3ZN1 A; 2QWO B; 4FPP A; 3UT5 A; 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