1FV3A

The hc fragment of tetanus toxin complexed with an analogue of its ganglioside receptor gt1b
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
451
structure length
451
Chain Sequence
KNLDCWVDNEEDIDVILKKSTILNLDINNDIISDISGFNSSVITYPDAQLVPGINGKAIHLVNNESSEVIVHKAMDIEYNDMFNNFTVSFWLRVPKVSASHLEQYGTNEYSIISSMKKHSLSIGSGWSVSLKGNNLIWTLKDSAGEVRQITFRDLPDKFNAYLANKWVFITITNDRLSSANLYINGVLMGSAEITGLGAIREDNNITLKLDRCNNNNQYVSIDKFRIFCKALNPKEIEKLYTSYLSITFLRDFWGNPLRYDTEYYLIPVASSSKDVQLKNITDYMYLTNAPSYTNGKLNIYYRRLYNGLKFIIKRYTPNNEIDSFVKSGDFIKLYVSYNNNEHIVGYPKDGNAFNNLDRILRVGYNAPGIPLYKKMEAVKLRDLKTYSVQLKLYDDKNASLGLVGTHNGQIGNDPNRDILIASNWYFNHLKDKILGCDWYFVPTDEGWTND
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The crystal structure of tetanus toxin Hc fragment complexed with a synthetic GT1b analogue suggests cross-linking between ganglioside receptors and the toxin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Toxin
source organism Clostridium tetani
molecule keywords TETANUS TOXIN HEAVY CHAIN
total genus 108
structure length 451
sequence length 451
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.24.68: Tentoxilysin.
pdb deposition date 2000-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1fv3A01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1fv3A02
4Q1PA 4OW4A 3KQRA 4NOTA 1FAYA 4LO0C 5H9SA 2GMPA 1C57A 1GANA 5D63A 3ZSKA 4JKQA 1W3GA 3ZYRA 1NLSA 2A6VA 3ILNA 4P14A 2F8XC 3HR9A 3WUDA 1AFCA 4J23B 1S0BA 1JTCA 2DUOA 4R9BA 4JAWA 2ARBA 4I4XA 2D24A 2DTYA 1IS6A 3RMXA 3AP7A 4XFTA 4DRRA 4FOYA 3MEPA 1MS3A 2ZGLA 3OYWB 2DURA 4XILA 3V79C 3OGGA 2LIEA 1N3PA 1Q04A 3TC2A 1A78A 1WW7A 3V0AA 4ENDA 2FO1A 3WV6A 4XJAA 4XFSA 1SFYA 3ILAA 4FOQA 3BA5A 5DUYA 4ISQA 4OZXA 2Y9XE 5BQUA 4XMAA 3WINA 5T5LA 1DQOA 3B9CA 1Q8SA 3LSDA 2Y9GA 2DVBA 5F90A 1SACA 1AVUA 2GNDA 4F83A 2D3PA 3MPPG 4YW3A 4BOWA 1SLTA 2R49A 2E6VA 1AJKA 3PMEA 1G86A 1BYHA 3VKMA 2P3KA 2PHRA 2DU0A 4NO4A 2Y9FA 3VSFA 1BA7A 4YZ5A 4I37A 3AZVA 5HCFA 4ZKTB 4FGFA 1ABRB 1CQ9A 4R6UB 1LOEA 2ZHKA 1ITBA 1W6NB 3P53A 1PZ9A 3ZXLA 3M1HA 1FNYA 1V6VA 1LEDA 1S0JA 1V6LA 2DVAA 3FJEA 2VLCA 4QBVA 3BODA 1DYPA 1WBLA 2D44A 1GZ9A 2NVHA 1KDMA 3AFKA 4AVVA 4ASMB 2UWCA 4I1BA 3S8KA 1MVQA 1M16A 3M3CA 1HKNA 3WG4A 2ZHMA 3FGMA 4UW5A 3BRFA 3QYDA 2I2SA 4AN6A 2WBCA 5DG1A 1DBNA 4M3CB 1LGNA 4XHXA 1IOAA 1SBDA 3OYWA 1Q8QA 3POYA 2V5YA 3ZSMA 2J3PA 3AH2A 1JQZA 1Z4SA 1FGAA 4QKRA 3I29B 2A70A 1Z2VA 4GWMA 4IZEA 3N36A 1R8OA 1LODA 1XQNA 4EFPA 4QBCA 1S0CA 1YRZA 4CJMA 1D0HA 2NZ9A 3POKA 2WSUA 2GMEA 2GNTA 3T1MA 2CTVA 2Z48A 4XTPA 2CWMA 3FJKA 4EB2B 3ZC9A 1S0GA 2CYFA 4I7IA 2GMMA 2YV8A 4Q9PA 3KMVA 2DU1A 1PUMB 4JPZA 2PHXA 3Q9OA 4XYXA 2ZGSA 2ZR1B 4M00A 4A7YA 1AX2A 4KEJA 4YGCA 2JDZA 3ZSLA 3FBYA 2HWAA 3PHZA 4DQAA 3CQAA 7I1BA 1APNA 1GICA 2UWBA 2KM2A 5IK8A 4USPA 5T5JA 1U0AA 4GOYA 4WVWA 4XBQA 5GZDA 1A3KA 1WCSA 5F9TA 4AN7B 1BJQA 1LU1A 4J2YA 1AXMA 2D1ZA 5KXCA 1XG6A 3H0OA 3NBNA 3W58A 2Y9WC 4LO1A 4Y1XA 1LGBA 4P9XA 1EV2A 3MW3A 2VSEA 3NV1A 4FQZA 3AYAA 4OEGA 5H9PA 1II4A 4H9WA 3N7KA 1W6QB 1LHWA 1EYLA 4I2SA 1S0IA 3NBDA 1IS4A 3BA7A 1LHNA 1QDCA 4PQ9A 2ARXA 3AKHA 1QGLA 1JYIA 3IMNA 3CNAA 4BMBA 1JT4A 3NWKA 4P0LA 2CY6A 1XZZA 3AJ5A 1MS5A 1QMJA 2DVGA 3N7JA 4F34A 4Q1RA 3V0BB 1Z0HA 5D62A 4BLIA 5JDBA 4XXPA 2D20A 4WZFA 2ZKNA 4LO1C 4JC1A 4LO3C 4YG3A 1X50A 1DQ6A 1QOOA 1C1LA 1S0FA 1W6MB 3VUOA 3B00A 1BARA 4DFSA 1JY0A 3SH4A 3VWCA 2LIQA 3SNMA 3C2UA 1GZCA 2EAKA 1MD6A 3WG2A 1DIWA 1S0EA 5KXDA 1BLDA 3O4DA 4JQ0A 2FFUA 1ISWA 5DUWA 1O4ZA 1LOFA 1WBAA 3WHUA 3ZC8A 3R05A 4EEEB 4FP2A 2D6LX 3POWA 5GZEA 1K5UA 8I1BA 4I4PA 1PZZA 4PC4A 5FRAA 2ZGNA 1DQ5A 2ESUA 3LSEA 4L4IA 1HQWA 1DJSB 1DYKA 2HW9A 1SBEA 2KKIA 1TEIA 2Q9XA 1S0LA 4M3CF 2DV9A 1QNYA 1BKZA 3M3QA 3WOGA 3IN9A 1UMZA 3BRDA 1JT7A 1W6QA 3IPVB 2JJ6A 4ITCA 3LCPA 2KI6B 4GALA 1IHKA 4J2XA 3IIRA 1UKGA 2BFHA 4JKXB 4QKSA 4A7KA 3AP4A 1QU0A 1MZ5A 2OVUA 3JRRA 2NN8A 1DQ0A 2WNEA 3IAGC 5DZFA 2Z42A 5CA6A 1LENA 2D7FA 5T50A 3BAVA 5I1BA 1KJLA 3V0BA 3HMYA 4D0ZA 2HWMA 5DZEA 1GNZA 4L8QA 4TYSA 3D6EA 4GAFA 2F2FC 1QKQA 5JOZA 1MS0A 1M2TB 2LALA 1UL9A 3O4AA 2V73A 2E4MC 4WVVA 1NZKA 1LULA 1GKBA 1TWMA 1W6MA 1HDKA 2BEAA 4P0KA 2SBAA 1G9DA 5GLTA 1V6KA 1WW5A 4R9AA 2WKKA 1V6OA 4XJUA 1S0DA 3NV4A 3EF2A 4TZDA 4I4OA 1SR4C 3UJ0A 1RINA 2X2TA 1QXMA 1N1VA 1F9KA 5HPZA 2ERMA 2HZ9A 2D43A 3QR5A 3WCRA 3Q7XA 1KQRA 2ENRA 2VW1A 3V64A 2YMZA 1SLLA 4K20A 5F5QA 1AVWB 4QC4A 3TB0A 2IHOA 1T4QA 4YW5A 4IZXA 4AGGA 2VW0A 3O0XA 4FQ4A 4USOA 2MLLB 2EALA 4YLZA 3BAOA 4Q26A 2UUSA 3BADA 3WA1A 1QNWA 3WNXA 4Y1VA 3BIWE 4PCRA 3LTQA 3WDVA 3IPVA 4QD2C 2AR6A 3W59A 3SISA 3UDAA 1RG8A 3WZ1A 1C1FA 2ZMLA 4YGEA 2VXTI 3AXEA 2ZMKA 2PHWA 2GDFA 4OEEA 2W68A 1WD4A 3AKIA 1LHOA 4I4RA 3DGTA 3UD8A 1JHNA 1DQ2A 2R16A 1VLNA 4YW4A 1XYFA 5G00A 1JYCA 1JT5A 1WBFA 2IWTB 1ULGA 2RQ9A 3WG3A 3AP5A 1AJOA 4GKXA 4DPNA 1SLIA 1TWEA 1CJPA 1QOSA 1L2HA 3FJBA 5FZYA 1KNMA 2L5XA 3WMVA 2ERFA 1FMZA 4OWLA 4GP3A 2PHFA 4XMIA 4Q8KA 1IOBA 21BIA 2YZ4A 2A3WA 1J0SA 3O0VA 4XIKA 1W6PB 2D6NA 2VW2A 4Z8BA 4I4UA 3AYCA 4W65A 3ATGA 4D69A 2WLQA 3N35A 3FJHA 3AX4A 5DUVA 1H30A 3FUQA 3P6IA 2QYIB 3OY8A 2CNAA 3F62B 2UU8A 5GLWA 3HOMA 4G9MA 1Q56A 3VEQA 4YFZA 1GZWA 1Q8VA 4L4HA 2D6MA 5FNXA 4Q91A 4YM0A 1LU2A 5DSSB 3OJ2A 1HWMB 1HWNB 1H9PA 1B09A 5E8AA 3FFZA 5EYXA 5BQUC 1FX5A 4I3NA 3WINC 3FJAA 4EFQA 2Q5TA 4FPCA 4MYEA 3QCWA 3RS6A 1FYUA 4YZ1A 1N1TA 4ZFYB 3AZZA 3N3HA 1FMMS 3AKFA 3NV3A 3N7MA 3CU1B 4YG0A 1ONAA 3CA0A 5AVAA 5GLUA 2PHTA 3O49A 1VCLA 5BXPA 4LBOA 1W0PA 4UW3A 1I1BA 2NYYA 2DVFA 3GALA 5SV8A 3O5SA 3SITA 1JLXA 3A4UA 1V6JA 2P3JA 3JUUA 4ZXKA 1FWVA 4AWDA 4QALA 4Y22B 3A23A 3PVEA 3INAA 3RRDA 3IM0A 1KRIA 2WT2A 5JOWA 4XJ9A 2PELA 4I4SA 4PBPA 3B01A 1LEMA 3PG0A 1AF9A 4I1EA 1AX1A 31BIA 2AAIB 4IYBA 1ULDA 4Y20B 5T5OA 5EG6C 1DQ4A 4FPKA 1MZ6A 3WDTA 2DYCA 5EWSA 1F31A 1WUVA 2UWAA 4Q2FA 2KI4A 1F5FA 3BA4A 1Q8OA 3ZXJA 4KBBA 2GZBA 3MW4A 3B69A 1W6NA 3A0KA 4XTMA 3KM5A 1PZ8A 9ILBA 4XJZA 4CTEA 1GBGA 1QQKA 3CRGA 5FNWA 1LGCA 1AVAC 1AZDA 4I96A 3HALA 3I2AA 5L73A 3AJZA 5GZFA 4LBJA 1JBCA 1QQLA 1HQLA 3LLPA 3UJQA 2BQPA 2AYHA 4LBNA 2E53A 4LBQD 4XBLA 1MS9A 3A22A 3O5WB 1SLBA 1N3QA 1OQLB 5GZGA 5CAZA 2DTWA 1ISZA 5JOYA 2E7TA 2YY1A 4K1ZA 1G9AA 1JT3A 1G9BA 4D0TA 1DFCA 3I2XA 5IUQA 1LOCA 1MS8A 3VKLA 4M3CA 2ZMNA 3OJVA 1MR5A 5EYYA 1CVNA 3IM5A 3OJBA 4BLJA 3ZXEA 1UZYA 2NMOA 3WDUA 1FQ9A 3ILRA 2D7RA 3VT0A 1CE7B 1V6XA 4Y22A 3L2YA 2YROA 2FHRA 1AVXB 4XE9A 1UN1A 4XKIA 3RSJA 3FJ8A 2ZGPA 4M3CE 4GWNA 1G7YA 4X39A 2R1BA 4FP3A 1IRAX 4Y20A 3AP9A 2CL2A 3M2MA 1ULEA 4BMEA 2E7QA 1FN0A 3A07A 4KC3A 3ZXKA 2WSVA 4UW6A 3D7WB 3NV2A 1V6MA 5GM0A 4I4QA 3O0WA 3BAQA 4XDQA 1JW6A 4FPJA 5BXTA 4K21A 1BASA 1AX0A 2CWSA 1DFQA 1TIEA 5IK5A 3WDYA 2B7YA 3PUBA 1V6NA 3E8LC 4LO7B 2ZBJA 3OGFA 3H6QA 4ATFA 5IT6A 5FZZA 2WQZC 2NMNA 1N4KA 1UX6A 3Q7WA 1IS5A 1I3HA 3QLQA 2X2SA 4PF5A 3AJYA 4WV8A 1DZDA 1V6UA 2GNBA 1OKQA 1GYKA 2EXKA 4QD2B 2ZQNA 4LBLA 4P9WA 3AZWA 1NXD1 3UD7A 2DREA 1ENRA 3SLIA 1HWPB 1RZOB 2AQZA 2DVDA 4SLIA 2D6PA 1MACA 1RY7A 4YOLA 1AXZA 3AH4A 2PHUA 4FOWA 1MS4A 5D61A 4Z9WB 3ASIA 4DS0A 1GGPB 1N1YA 1YTOA 1TP0A 1Y7BA 4FPHA 1G9FA 4HANA 1P63A 3UD9A 4KEKA 5GALA 4YW2A 2BEBA 1FATA 1IJTA 4G1RA 1LOFC 2ZACA 4Y1ZA 1LTEA 1YIFA 3WO3A 3OBRA 3OPZA 4YG6A 2AH2A 4KEIA 2NTDA 4LBMA 1N47A 3ILFA 4FPOB 4YW1A 1DLLA 3AYDA 1NUNA 1WD3A 2Q3NB 4G9NA 1FWUA 3B3QE 3ZSJA 4YGBA 3M3EA 3ZXDA 1ULFA 5F8WA 3H6SE 3AZYA 3AXDA 3PVNA 2P3IA 3O12A 3O3QA 1LECA 2D3RA 5JOXA 3T1LA 3CA6A 3AJ6A 1LHUA 3R4SA 3O44A 1DGLA 5JLVA 4LO0A 3WDWA 1WLDA 4JP0A 4GA9A 3UJ4A 1ZA4A 1CR7A 1WBCA 4G6JA 1JN2P 2K8RA 2HYKA 4FVVA 1DZQA 2JE9A 4LO8B 1W6OB 2VU9A 4YM2A 2YXSA 1YO8A 4RL7A 1K5VA 3PVOA 1SCSA 4I4YA 1MVEA 4OUJA 2MC2A 6I1BA 4TLPA 1ISVA 4XXAA 1Q8PA 2GO2A 1HIBA 5FREA 2WT1A 3R4UA 5E88A 3BAGA 3CA4A 4IY8A 5DZUA 3BRGC 4OEFA 3W9TA 1S1AA 2ZQOA 4II0A 2P23A 2D3SA 4X37A 1IS3A 5IK4A 1BLAA 2FMDA 3CRIA 3BOPA 1FV3A 3ZX7A 3T2TA 4XFUA 4FPYA 2KLLA 1GNHA 1SZ6B 4I8MA 1D2SA 3IKWA 3U4XA 3VT1A 3ENRA 3USUB 3C9ZA 2D22A 4ZLBB 1IKPA 4YZ4A 3OBTA 3HN1A 3OJMA 3RMYA 3IM7A 3CA5A 1JUIA 2C5DA 4HL0A 4I4VA 5E24E 3UK9A 3BAUA 4Y26A 1Q1UA 2OUHA 1UAIA 1DZCA 2VSAA 4H55A 4ZGRB 4JCKA 3CRHA 1SLAA 3S8JA 1BFGA 3BTAA 5GZCA 1HCDA 1PC8B 1TTUA 4FPGA 2EXJA 2RG9B 1CESA 1JOJA 2MIBA 2OW4A 1ULCA 1LJ7A 4BM8A 3WO2A 1LOAA 3CA3A 2ES3A 5DUXA 2QN4A 1V6IA 1VALA 3WHTA 3ZYPA 1G9CA 4UW4A 5KXEA 1WW6A 1Q03A 3HBWA 1DQ1A 3D4KA 1V6WA 2TEPA 1AXKA 4YFWA 1W6OA 1BFCA 3CAHA 2WRYA 1H9WA 5DZGA 3WLUA 5T5PA 5BXSA 3AKGA 3N7LA 1WLCA 4C1WA 4QO3A 4OWJA 5EXOA 3O4CA 4AVSA 3TAYA 4Q8LA 2GALA 1SCRA 1A8DA 2DS0A 2Z49A 1EPWA 1PUUB 1LOGA 4I6IA 2ZGMA 1KITA 1N3OA 2DWRA 3WCSA 1QF3A 5KXBA 4JRAA 4YM1A 5CBLA 5IK7A 3USUA 3WMUA 2A6YA 3SH3A 2A75A 2C9AA 4PBOA 4HR6C 3K1XA 4XJ8A 4LBQB 3A0NA 3VV1A 5GJ6A 1E0OA 3FLRA 3O4OA 3MW2A 1SLCA 1PWAA 2I1BA 4J2SA 3SH5A 2ZHNA 1CONA 4CZSA 5GAQA 1VIWB 4GKYA 3WO4A 1W6PA 5F8SA 2AGSA 3ZXGA 3HSMA 2AREA 4WBCA 1KJRA 4EKXB 4P9YA 4C1XA 4RA0A 5HCBA 3JUTA 1BZWA 4ZA3B 1FNZA 3APBA 3RQ0A 1TOOA 2WT0A 2A3YA 5DXDA 1VAMA 4X38A 3V65A 1GLHA 3A21A 1BFBA 3WUCA 4XOGA 4IONA 3M3OA 2A6WA 3RTIB 4M01A 2R0FA 2UURA 5BXRA 4XZPA 1CN1A 2NP0A 5DUUA 2H0BA 2ZGUA 2D23A 5EHAA 3DUIA 3ZXFA 3VKFC 3FJFA 5BP5A 4BPZA 3B9UA 4GOVA 4I30A 4DENA 4U2AA 3WVJA 3NBCA 1RIRA 4HA2A 3AYEA 3FJ9A 41BIA 1ISYA 2DRYA 1HLCA 2FGFA 2W39A 3RTJB 2A3XA 2GNMA 4FPLA 1IT0A 4D8HA 1YI7A 1URXA 5CNAA 4P6AA 1RITA 3WDXA 1CIWA 4ISRA 2DUQA 1ZM1A 2A71A 5LK5A 3SNVA 3NBEA 2JE7A 2P39A 1QOTA 1TFMB 2P34A 1N1SA 2NM1A 1DQGA 3I8TA 1UPSA 5JMCA 1ENQA 1J1TA 2JKBA 2VUAA 1XHBA 4LO2A 2K43A 3CA1A 4GXLA 1O4YA 2RHPA 4LBQA 1YXWA 4HJJA 3I4IA 1W0OA 2R0HA 4ZFUB 2KH2A 5T54A 5BP5C 4U36A 3IM6A 4LO3A 1OQ1A 4IHZA 4GP0A 1KDKA 3Q7YA 1Z78A 2DUPA 4AGRA 1YF8B 4FPEA 4DEPA 2SLIA 3AH1A 1JXNA 5B2HA 2A7AA 4OWKA 2ZGOA 4ZBVB 3D5OA 1AXYA 3VKOA 5E89A 3POSA 4A7ZA 4ZOTA 2R1DA 3PJQA 4H04A 3MALA 1ILR1 5HCAA 4I0YA 1BQPA 4YGDA 2ZABA 1GSLA 1LHVA 5GLZA 4YZ2A 2XOAA 1YYNA 1ISXA 4DRVA 2AENA 5JVVA 1RMLA 5H9RA 5T52A 2GN3A 3T8SA 4EFRA 1WLWA 4IY9A 5DG2A 1LESA 2EIGA 2A6XA 4Q27A 4LO2C 3RG0A 2VY0A 5F8YA 2WJSA 4ATEA 1LCLA 3H6RB 2G4IA 2LTNA 3ZPYA 2ET2A 1UZZA 4AGVA 2A6ZA 1DHKB 2JD4A 3N0KA 2P37A 3BX1C 2E51A 1MS1A 1W3FA 2FFVA 1HKDA 4XHBA 3AZXA 5BOWA 3FJCA 2A5ZA 5BYNA 3FJDA 1SBFA 2EXHA 2R9KB 3AK0A 2JECA 5T55A 2AUYA 1FV2A 2D6OX 1BXHA 1W3AA 4XIOA 2VH9A 4ZFWB 1G8WA 4Y24A 4FOVA 2F2FA 3P6JA 4Z8SB 3VSZA 4P0JA 1R1ZA 4YM3A 2W08A 1EVTA 1V00A 3VKNA 2E4MA 3FLPA 1GV9A 2DRZA 4CRQA 1R8NA 2ZGKA 2GN7A 5EC5A 3BB2A 1HCEA 1CPNA 2ZHLA 3FLTA 4J2KA 4XBNA 2XB6C 2ZGRA 4Y1UA 3F1RA 1YBIA 1SR4A 3ZVXA 2ZZJA 1ONKB 2AFGA 3FJJA 3UL2A 4AVTA 4BQ1A 2M49A 4LBKA 3VT2A 1G82A 4IQPA 2W52A 3WG1A 1C4RA 5H9QA 1MC9A 1IKQA 3O4BA 1LOBA 1BFFA 1ENSA 1VAVA 3V0AB 2ZA9A 4K1YA 1IILA 1CVSA 2D6KA 2AXMA 1T9FA 2ZAAA 1IRPA 3AP6A 4YZ3A 3H6RA 2FDBM 1WW4A 5CB7A 4R9DA 3FUOA 4G6MA 2P2KA 5DVHA 1HWOB 2D7IA 3UJOA 2K4AB 5BVPI 4Y1YA 1I1EA 3GNEA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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