1G9BA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 1)
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9bA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9bA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9bA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9bA01
3WG3A 3BWIA 2PELA 1PZ8A 1FX5A 1Z0HA 4UW4A 3ZSJA 3R05A 4EFPA 5G00A 4QD2B 1FWVA 4ZKTB 1EPWA 4I30A 4QC4A 3OGFA 4I1EA 5FZYA 3FBYA 2V5YA 3IM5A 1BA7A 4XJAA 3PG0A 3IMNA 3P53A 3LCPA 2X2TA 2HW9A 2XG3A 4LBJA 1ENRA 3MW4A 2A5ZA 2AGSA 5DZFA 1WBCA 2DREA 5HPZA 1JYCA 2DV9A 2WSUA 2E7QA 2WT1A 1URXA 3AXEA 3C2UA 5H9PA 5GLTA 2DWRA 2VLCA 4R9AA 1LOCA 2WJSA 4H55A 4ISQA 1JW6A 4OWJA 3ZXGA 5GZDA 2HYKA 3WMVA 4AVVA 3WO4A 2Q5TA 1PWAA 2I1BA 2E51A 1G7YA 1Z2VA 1Q8QA 2AYHA 4KC3A 3WO3A 1W0PA 4FP2A 4LO1A 1WD4A 4HJJA 4AN7B 1W6MA 2ZR1B 3AH4A 1AJKA 1S0GA 2HWMA 3WDWA 2JE7A 4L4HA 1FGAA 4YW5A 1UMZA 2YUGA 4YZ2A 3AJ5A 4YLZA 1JT5A 2E6VA 1JY0A 3UK9A 4A7YA 4YGEA 4XBNA 1N3PA 1ISYA 3FJ9A 5JVVA 1Q8OA 3CRIA 4R6UB 1CONA 1TFMB 3N7LA 3H6RB 4L4IA 3FJJA 3QIXA 3OJMA 4I4SA 5BQUA 3BAQA 4LO7B 1WLCA 1SLAA 3OGGA 2D6LX 4SLIA 3AZWA 1MZ6A 4D0TA 1QQLA 2CTVA 1FV2A 4FPGA 4G6MA 2C9AA 3WV6A 3ZUSA 5T54A 3VKMA 5F8YA 5LK5A 3A0NA 3MALA 1IS3A 3VT1A 1ULCA 4II0A 2ZACA 1T9FA 4Y1YA 4YM2A 3AZVA 2A3WA 3NBNA 1QMJA 1QKQA 2DTWA 1YBIA 4YGCA 4ZXKA 1C1LA 3BAHA 1JN2P 3VSFA 3V79C 2W39A 5GZCA 4C1XA 1JTCA 2Y9WC 5JOWA 4EJ5A 3BRDA 5BQMB 1IRPA 3FUOA 3BADA 2ZMKA 1X50A 2W52A 3H0OA 5BXTA 2ESUA 4P0LA 1IT0A 4M3CA 1LOAA 4FVVA 1BFBA 5GZFA 5BP5C 1LODA 3ILRA 4LBMA 3O0VA 1OQLB 1AVBA 3RG0A 2VXRA 5DZUA 3INAA 3TC2A 5T5PA 5GALA 1W6NA 2WKKA 4X38A 5F9TA 3NV3A 2P34A 3N7KA 1KQRA 1Q1UA 4GKXA 2J3PA 1Z4SA 2DRYA 2A6ZA 1M2TB 2VSEA 4BLIA 4DRVA 3HMYA 2DU1A 1LHOA 1WBAA 5IK7A 1CESA 3V0AA 2A3XA 4GWMA 3E8LC 1CVSA 4Z9WB 1KITA 1IOBA 1WW5A 4BMEA 3A21A 4R9CA 4ZA3B 3MW2A 1W3FA 3VKNA 2D7RA 2PHTA 1HKNA 2K43A 1AXMA 4JCKA 3CA0A 4G1RA 1BQPA 1Z7HA 4GP0A 3D5OA 2ET2A 3CQAA 1IS4A 3BRFA 3QIYA 4I4VA 5EHAA 3RMYA 1YIFA 4GP3A 4AVSA 4FQZA 4IZXA 4ATEA 1NXD1 1LECA 4XJWA 2GNMA 3UJ0A 1V6OA 1G82A 1Q8PA 3I29B 1ZL5A 2D22A 3CU1B 3PHZA 4BOWA 4Y1ZA 1ULDA 3O4DA 4AVTA 3WDUA 2D20A 2JE9A 4EFRA 3PVNA 1SBDA 3ZYRA 3HSMA 1LJ7A 1IHKA 3WHTA 3PMEA 2NTDA 1JXNA 3PVOA 1V6UA 1SBEA 3OY8A 4K1ZA 4TYSA 1L2HA 1CJPA 2R9KB 3WZ1A 3T1LA 3DDBA 3V65A 5BXPA 1ULEA 3AZXA 4XJUA 2ZMLA 1UKGA 3UJOA 3OYWB 2G7KA 1HCEA 4FP3A 1HQLA 3DUIA 5EXOA 1DQOA 1NZKA 2DVAA 2ES3A 2D3PA 3ZYPA 5DUWA 4EEEB 2ARXA 3D7WB 2FMDA 1JT3A 1W6OA 3AP5A 4PF5A 4P9WA 2D7FA 4DFSA 4NOTA 3C89A 2PHUA 3ZURA 5DUXA 1LOFA 3FIEA 3OJBA 4XTPA 3Q9OA 1KJLA 1EVTA 3ILFA 1GNZA 1TEIA 4BLJA 2GALA 3M3EA 2D6PA 3ILNA 3UJ4A 1HKDA 2LTNA 1LCLA 1PC8B 1IRAX 1JBCA 5HCAA 1MZ5A 2GDFA 3SISA 1LU1A 1C1FA 4I4XA 4FPFA 3LTQA 4LO0C 1F5FA 3QW8A 3A22A 4WVWA 4FOVA 5E89A 5IK8A 1YF8B 1XHBA 5GLVA 3KMVA 3NV1A 5F8SA 3FJCA 3NBCA 4Y20A 5GZGA 2ISGA 2NMOA 3QLQA 2P39A 3BAOA 1DQ1A 3IPVA 2JECA 1IJTA 1WBLA 4XFTA 2PHRA 1LENA 4YM1A 2YZ4A 2R0HA 1BFFA 1OKQA 1QQKA 4XYXA 1ZB7A 3M2MA 2DVBA 4Q9GA 2AENA 2ZGUA 4GAFA 3AP7A 2FFUA 1KDMA 3AX4A 4GKYA 4CRQA 3CRGA 4QALA 5JMCA 5IUQA 2NM1A 3RQ0A 4AGVA 5IK4A 2ZGPA 4M3CE 2GN7A 1PZZA 1I3HA 3APBA 2ARBA 1EYLA 4OEEA 4Y22A 1A3KA 1UZZA 4IHZA 4XJ9A 2WQZC 3SH5A 4WZFA 1MS9A 5HCFA 3GNEA 2UU8A 1DBNA 5L73A 2G7NA 1FQ9A 4J2KA 1CN1A 1AX0A 2A97A 3A0KA 5FRAA 3C8AA 2CY6A 3AP6A 4I7IA 1MS5A 1AXZA 3O4OA 2AAIB 2L5XA 5DSSB 2HWAA 4BPZA 1I1EA 3N3HA 2QN4A 4KUFA 3FJDA 3VKLA 4X39A 3KQRA 3PVEA 2GNDA 5KXDA 3POYA 3FUQA 3ASIA 1GICA 5AVAA 1UX6A 4KTXA 4XIKA 3C88A 1LU2A 2GZBA 1DLLA 4I4RA 3QJ0A 1V6LA 4EFQA 4A7KA 1ULFA 4LO8B 4YFWA 2YV8A 2ZZJA 2GO2A 4I3NA 4HEVA 1N1TA 3S8JA 5FNWA 1SR4C 3AZZA 4U36A 4I4PA 1IS6A 3L2YA 3OBRA 1XZZA 3ZXEA 1QOTA 4P9YA 3AKHA 4QD2C 1JT7A 1PUMB 4KEIA 1BLAA 4OWLA 3WDYA 1F31A 1APNA 3LSEA 1KJRA 1NUNA 4Y1XA 2UWCA 1WW6A 1TIEA 3N36A 1RMLA 3IM0A 3QR5A 4J2SA 3T2TA 4AYUA 3NV2A 1DYPA 3VWCA 2UWBA 4FPCA 4EL4A 3WO2A 3AK0A 4DRRA 3T8SA 2ENRA 3LSDA 2E53A 4ZOTA 2M49A 1FNYA 1S1AA 1WUVA 4Z8SB 2EF6A 3W9TA 4XOGA 3WCRA 3AJZA 3V0BB 9ILBA 2PHXA 2P2KA 5DUUA 1S0CA 4EB2B 4UW3A 1N47A 2ISHA 2WRYA 4J23B 1DJSB 1ISXA 4XMAA 3SH4A 1F82A 1JYIA 3BODA 4I2SA 3ZPYA 3UD8A 1JHNA 3SNMA 4G6JA 1UN1A 3ZC9A 3FJ8A 3EF2A 1AVUA 2UURA 5H9QA 1VAVA 6I1BA 3AJ6A 2D1ZA 2A7AA 2B7YA 4USOA 2VH9A 3WDTA 2SBAA 1ULGA 4ATFA 1MC9A 4KS6A 3USUA 1MS0A 5D61A 4YW2A 4USPA 4DQAA 1DQ0A 3ZSMA 1W6MB 4M3CF 2ERMA 4R9BA 3P6JA 1DQGA 3CA3A 1LHNA 3R4SA 1ONKB 1CPNA 4FPKA 2H0BA 5CB7A 4QKSA 3H6RA 4I0YA 4ELCA 1RIRA 2ZGQA 3U4XA 2Q9XA 2PHFA 5H9RA 1H9PA 5E8AA 3N0KA 4YZ3A 4LO7C 2FFVA 2KM2A 3AKIA 2AQZA 2EALA 3W59A 3B00A 3WDXA 4ASMB 4QBVA 1PUUB 4XFSA 1BJQA 1QXMA 4YOLA 5B2HA 2MIBA 4QBCA 3NJ5A 2OVUA 1VIWB 5CNAA 1R1ZA 1AJOA 4Y1UA 1JLYA 4AN6A 3POWA 3OBTA 4FOQA 1IOAA 1JQZA 3M3QA 2QN0A 4BQ1A 4K21A 3ZXJA 2VW2A 4IY8A 5FZUA 1FATA 2EAKA 1M16A 3VUOA 3MEPA 2LIQA 4JC1A 4IZEA 4LO2C 5BP5A 1WBFA 1CE7B 2ZKNA 2A6VA 2VW1A 2DUOA 4FOYA 3FGMA 4FPHA 4OUJA 3M1HA 3B9UA 2AREA 4IONA 4XIOA 4PC4A 1AVAC 3WUCA 3FLTA 1WLWA 1RZOB 3VSZA 2WSVA 4M00A 5BXRA 2XOAA 3ZX7A 4M01A 4GOVA 1AXKA 3WA1A 3H6QA 5GM0A 2VU9A 5KXCA 2EXIA 1W6PA 4Q26A 3ZSLA 1AX1A 1LOGA 4PBPA 4Q9PA 1W6NB 2XHLA 4Y24A 4JRAA 3B9CA 4G9NA 1MS3A 3BA4A 1ZN3A 1DYKA 4BMBA 3FJBA 1UL9A 3O49A 4FPEA 4YZ5A 2Y9FA 1FV3A 1DFCA 1DFQA 4D0ZA 1XYFA 3RMXA 4XHBA 2ZHLA 2ZA9A 2D23A 3FJFA 4ZFUB 4YZ4A 3O0XA 4I96A 2ZGMA 2AR6A 1GLHA 3CAHA 3IN9A 4YM3A 1HWPB 4P14A 1GYKA 1LHUA 5SV8A 1N1VA 4LO3C 2F8XC 2UWAA 5D62A 4I1BA 1FWUA 4YGDA 4MYEA 1MR5A 1W6QB 2D3SA 1TOOA 1LOBA 1WLDA 4YM0A 3ZXFA 3WNXA 1CIWA 1BFCA 1IKPA 2RG9B 1HIBA 1QOOA 2NP0A 1MS4A 4UW5A 1K5VA 4Y1VA 1MACA 4G9MA 4UW6A 2ZGLA 3WINA 1YI7A 3BONA 3WINC 3QW7A 4DS0A 5T5JA 1VAMA 5BVPI 4PQ9A 3SNVA 2V73A 3WG1A 4FPYA 1HWOB 2DVFA 3I2XA 4Z8BA 2OUHA 3O4BA 3ZXDA 4CJMA 4U2AA 5DG1A 2DRZA 3WOGA 1HLCA 1V00A 4HANA 1ENSA 4FGFA 3OYWA 1J1TA 2CL2A 3VT2A 1MS1A 1W3GA 3OY8B 1MD6A 2FO1A 3QIZA 3AP4A 5JOYA 2KH2A 1F9KA 1N4KA 2NMNA 4KBBA 2R49A 4K1YA 4P6AA 4IQPA 3WMUA 4AGRA 1LGNA 1RITA 1ZKXA 4DEPA 3A23A 1N3QA 4YFZA 3LLPA 3T1MA 1LESA 1SLTA 3WCSA 4GOYA 3DDAA 5FNXA 1QDCA 3DS9A 3RTIB 3WDVA 4OW4A 4XBQA 1SFYA 1V6VA 1G86A 4LO0A 4YG0A 4ITCA 4P0KA 1W0OA 2IMBA 5BQNA 2A8AA 3VV1A 1E0OA 1RG8A 4Q1RA 1JLXA 21BIA 4LBQB 3DSEA 4PCRA 3IKWA 3N7JA 1IS5A 3JUUA 3ILAA 2IMAA 4YGBA 3IAGC 2ISEA 1AF9A 1QDOA 5EWSA 2DVDA 3R4UA 2FPQA 1DZQA 5IK5A 4RA0A 2DU0A 4WBCA 1Q8VA 2AH2A 2WT0A 4XKIA 1DQ4A 4Y20B 5DVHA 1E1HA 2G7PA 1LGCA 1GKBA 2Z49A 1ZA4A 4ZJXA 5F8WA 1LEMA 2XB6C 3BA7A 2GNTA 2P3IA 5F5QA 2R0FA 4K20A 3IM7A 2AFGA 3IIRA 1HQWA 4J1LA 2BEBA 5GLWA 1QOSA 2RHPA 1S0DA 2FHRA 3SLIA 3BAVA 3JRRA 3A4UA 4P9XA 3BX1C 2UUSA 4KEJA 3D4KA 1R8NA 1LULA 4Y22B 4JKXB 3F1RA 3N35A 3FJHA 5E88A 2SLIA 4TZDA 3BTAA 5CAZA 4I8MA 3UDAA 2Z48A 7I1BA 1NLSA 1O4ZA 4ZBVB 1CPMA 1GZWB 1GGPB 1I1BA 1Q56A 3PUBA 3NWKA 5KXBA 2D24A 2EXHA 4YZ1A 1N3OA 3I2AA 3FJEA 1FNZA 1D2SA 1V6NA 3D6EA 3O4CA 3O0WA 3O12A 4IYBA 1LEDA 1FN0A 2DVGA 3CRHA 1KRIA 3CNAA 2CNAA 3RSJA 1UZYA 2W2DB 3K1XA 5KXEA 3BA5A 4XXPA 1TWMA 2D44A 4DPNA 1SR4A 2DUQA 4FQ4A 3B3QE 2NVHA 4DCKC 2WNEA 4AGGA 2DURA 1WW4A 5DG2A 1YRZA 4XHXA 2ETFA 3K3QB 2DTYA 1ISVA 1G8WA 1LHWA 2ERFA 3QW5A 3AYDA 2CWSA 1GZ9A 4LBKA 2YY1A 5T5LA 4YG6A 5DZEA 3WG4A 1KDKA 3FIIA 1XQNA 4GAIA 3HN1A 4A7ZA 3O4AA 4JPZA 3VT0A 2A75A 3AJYA 1BXHA 3FLPA 3NBDA 1S0IA 3TB0A 2R1DA 1IILA 5DUYA 1ZM1A 3AZYA 5D63A 3V0BA 3GALA 1BYHA 3O5WB 1V6IA 3OJ2A 2R16A 3VKFC 1K5UA 2X2SA 4LBQD 1G9AA 2WLQA 1EV2A 2P23A 3BB2A 2MC2A 4Q2FA 1YXWA 1II4A 4F83A 4I4UA 31BIA 1GSLA 4XXAA 1FMMS 2VW0A 5T50A 1SCRA 5T52A 2EXJA 4I6IA 2EIGA 1AFCA 1VCLA 3CA4A 2D43A 1XTFA 2BQPA 4LO1C 4OZXA 1S0FA 2IWTB 2DS0A 2K8RA 4LBLA 4D69A 2D6NA 2GMMA 2WBCA 4QO3A 3NF3A 3FJIA 4YW3A 2EXKA 4YG3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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