1G9DA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with an inhibitor (experiment 2)
Total Genus 393
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
393
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title A Novel Mechanism for Clostridium botulinum Neurotoxin Inhibition
pubmed doi rcsb
total genus 393
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2000-11-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1g9dA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1g9dA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1g9dA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1g9dA01
2Q9XA 2X2TA 4Z9WB 4EFQA 3C8BA 1FQ9A 1LEDA 3FJCA 1FYUA 4EL4A 4D69A 1YBIA 3RMYA 3AP6A 4P9YA 2P23A 2V73A 3VUOA 3NV4A 3WUDA 4FPJA 1ZKXA 3WMUA 2XG3A 4ZLBB 1DIWA 4I4QA 4K1YA 3OYWB 3WG4A 3AYAA 1AXYA 1W6PA 3AKGA 4Q26A 1IILA 1RZOB 4ZBVB 3TC2A 3UJ0A 3I2AA 2YMZA 4ASMB 4LO7C 2SLIA 1YO8A 4YG0A 3LTQA 4UW3A 4XJ8A 3BRGC 4Q8LA 2CWMA 1PC8B 3PG0A 3R4SA 5KXEA 4AVSA 1MD6A 2RSTA 1OQ1A 1N1TA 5DVHA 6I1BA 2K4AB 4XFUA 1H30A 1APNA 2Y9FA 1VIWB 2FMDA 5CB7A 2ESUA 4XJZA 2Z42A 2DTWA 3ILFA 1QNYA 2DVBA 1YI7A 4FOVA 2UUSA 1C4RA 2A6ZA 1TOOA 1MS9A 3FJFA 1ISWA 2VSEA 5CA6A 1ONAA 1SLAA 3SNMA 5F90A 3C9ZA 1W0OA 4A7KA 3AP5A 3N35A 3IAGC 3ZYPA 1BQPA 1ZM1A 4ZA3B 1UN1A 4YGBA 2VXRA 4I4YA 3AJZA 2MIBA 1AXMA 1W3FA 4ZFYB 2PHTA 4AGRA 1DZCA 1CPMA 4QKRA 4AN7B 3N7JA 4GAIA 1ENSA 1AXKA 4FPCA 1IS4A 1S0EA 2ZGQA 5DUUA 3L2YA 3BAHA 2ZGOA 1VAVA 2FDBM 5FRAA 3ZYRA 4AWDA 3OPZA 3OYWA 3RTJB 1PWAA 4FOYA 2DU1A 3WO2A 4KEIA 1NUNA 5H9PA 2V5YA 3QCWA 2QN4A 2YV8A 4XHXA 4A7YA 4Q1RA 1VCLA 4Q8KA 1LCLA 1G9BA 2EXIA 4HEVA 2IWTB 4LBJA 2A3XA 1T3CA 3DDBA 5FZUA 2K8RA 3AP9A 31BIA 3K3QB 3JUTA 1GV9A 2FFVA 4GOVA 4I6IA 1SBDA 4IZEA 3OJ2A 2R16A 3ZXJA 1SR4C 2ZGMA 4Z8SB 1GKBA 3RMXA 2B7YA 3UL2A 1IHKA 4BMEA 5EHAA 2EAKA 3O4DA 2E4MC 3O12A 3CA1A 1DZDA 2R9KB 4OWLA 2ZGNA 2KM2A 4XBNA 1DFQA 4XOGA 5JOWA 3AZYA 3M3EA 1G9CA 1QQLA 3O3QA 4Y22B 1L2HA 3VKOA 1FATA 1RMLA 4XFTA 1IKQA 1QDOA 3Q7XA 4U36A 3T1MA 1M2TB 3C8AA 4DEPA 1QNWA 3BA4A 1LGNA 5L73A 4M3CE 4I4VA 1IRAX 4G6MA 3IM7A 3PJQA 2OUHA 1D2SA 3SH4A 1ISXA 4PQ9A 1MR5A 2A7AA 3KMVA 3ASIA 3BTAA 4XBLA 1JW6A 3ZXFA 1BFGA 4DCKC 2WLQA 1GZ9A 2GNDA 3A4UA 1K5UA 4C1WA 5DUVA 3WDTA 1ZKWA 2WT2A 3H0OA 5IK8A 3B01A 2AFGA 1S0BA 2DVDA 2A71A 4WZFA 3DSEA 1QMJA 2P39A 5BQUC 3C2UA 1W0PA 2ETFA 1PZ9A 4I4XA 3OBTA 4BLIA 4Q91A 3FJ9A 1W6NB 4ELCA 2NZ9A 1RITA 2P3JA 3VV1A 5GZDA 3I8TA 4P0JA 3QIYA 5IT6A 4YGCA 3NV3A 1G86A 2R1DA 2YXSA 1LTEA 1FMMS 1DLLA 4J2YA 3N36A 3WNXA 3WMVA 3DUIA 2G7KA 4USPA 1IOAA 1BYHA 2WNEA 3TB0A 2BEAA 4Y1ZA 1JYIA 1DQ4A 1BFFA 4Y22A 2X2SA 4LO2A 4FPYA 2G7NA 1HQLA 3USUB 1EPWA 4CJMA 5GZFA 5BQNA 4XDQA 1JN2P 2WSVA 3WG1A 1EYLA 4XJAA 3BWIA 4JKQA 3HMYA 2GO2A 3POKA 1LGCA 2DVFA 3WV6A 2HZ9A 3MW4A 2ZGSA 5DG2A 2A3YA 2AYHA 3WHUA 3FGMA 5KXDA 2NMNA 2OW4A 2PHUA 5JOXA 1ULGA 1V6XA 5BYNA 3CAHA 4EFPA 4CRQA 4F83A 5F5QA 3NV2A 4CZSA 3P6IA 5FNXA 5E24E 4OZXA 4GKYA 1C1LA 3RS6A 1DJSB 2AAIB 4Q9PA 2PELA 3A22A 3PMEA 1ISZA 2NM1A 1QOOA 2RG9B 3AP7A 4YW2A 2ZQNA 3FUQA 2D7IA 4AVVA 1AVUA 4WVVA 4YM2A 2SBAA 3BAGA 1W6NA 4QD2B 5EYYA 2Y9XE 1DYKA 1IT0A 3BAOA 2Y9GA 3OBRA 3ZXEA 4LBQB 3O5WB 2LALA 3SH5A 1YXWA 3T8SA 2ZMKA 1I1EA 5DUXA 1LHOA 3FJAA 1NXD1 2ZA9A 3IM5A 1VAMA 1W6OB 4K1ZA 3WDUA 4WBCA 3K1XA 3NBCA 1MS5A 4YZ1A 1LOGA 4UW6A 1LOCA 1W6QB 2JE9A 3AX4A 2ET2A 3Q7YA 4YZ4A 4NO4A 1BXHA 4M00A 3EF2A 2YUGA 3USUA 3APBA 3O44A 1JXNA 4M01A 5JMCA 4GKXA 5HCBA 4DS0A 3FJ8A 5F8SA 4J2SA 1AVXB 3IMNA 1YYNA 3R05A 2VY0A 5DXDA 2ISHA 4XMIA 4R9BA 3SH3A 5F8YA 2C9AA 4I1EA 5GLVA 2GMPA 3CA0A 2DV9A 3DDAA 3VT2A 2A6WA 1V6OA 2DUQA 2E7TA 2NMOA 1UX6A 1BZWA 2GMEA 1QF3A 2VW1A 5JDBA 1XTGA 3QR5A 4OWKA 4LO0A 4FQ4A 4YOLA 1N1YA 1CONA 1CN1A 3PVEA 4YLZA 3LCPA 1GLHA 2P3KA 1PUUB 5T5PA 2ZKNA 2W68A 4LBLA 3ZSJA 4IONA 3V65A 1SCSA 5LK5A 4G9MA 1Z7HA 3FLTA 1JY0A 4LBQA 4ENDA 1WLCA 3N3HA 4WV8A 1AX1A 3C88A 4I1BA 4XTMA 3AZVA 1ULDA 1HWPB 1E1HA 5G00A 3DEBA 2D1ZA 1QQKA 3MW2A 3NBEA 1XQNA 4YW3A 1W6OA 1IRPA 2A75A 5BP5A 3CA5A 1BA7A 2DURA 3ZSLA 5GLZA 2KKIA 5E88A 1W6QA 2VW2A 4H04A 2A5ZA 1E0OA 3BAQA 1PUMB 1LOFA 1HKDA 1WW7A 1BASA 3OJVA 4XYXA 2D3RA 4YW1A 4YG3A 2UWAA 3WLUA 1KJRA 4CTEA 1XYFA 2G7PA 4BOWA 3ILNA 4I2SA 3ZXGA 2ZMLA 3INAA 2ZHNA 1FN0A 3UK9A 3PHZA 5D61A 4YZ5A 4I96A 3C89A 4YG6A 2E7QA 3T2TA 1WLDA 5DZUA 1ZN3A 2NVHA 3P53A 2D23A 1AVAC 3AKFA 1KQRA 1WBFA 2CL2A 4LO7B 2AENA 4JP0A 5JOYA 4LO8B 2NN8A 1CIWA 3AH1A 3ZC8A 3VT0A 1AX0A 4XFSA 1SFYA 3MW3A 5EC5A 4PBOA 4DPNA 4P9WA 4R9DA 2OVUA 2P2KA 5T52A 3ZXLA 2ISGA 4XIOA 3HSMA 3UDAA 4IHZA 4FPHA 1G9FA 3A07A 2NP0A 5EXOA 4EJ5A 3ZPYA 2VW0A 3DS9A 1Z4SA 3U4XA 1JYCA 1N3OA 1F5FA 2A6YA 2LIQA 4J2XA 3I2XA 2D6OX 3OJMA 4FGFA 1URXA 4XJWA 2YROA 3MEPA 2AXMA 1SACA 4IQPA 4LO1A 2ZGPA 1HCEA 3O0VA 1JT7A 4XXAA 3WO4A 1IS5A 2P37A 1LHUA 1N4KA 4ZKTB 1WD3A 1DQ0A 2GNMA 1S1AA 4KUFA 5CBLA 4FPOB 2XHLB 2BFHA 1EVTA 1C57A 1V6WA 2G4IA 4KEKA 1LHNA 4AN6A 1CPNA 2ERFA 1B09A 2YY1A 4JKXB 1SLTA 2EXKA 1WLWA 2WT0A 5EG6C 1ZL6A 2LIEA 1FMZA 3ZSMA 5T5LA 5DG1A 2I1BA 1DQ6A 1AZDA 1KDKA 4XHBA 4J23B 3LSDA 1YRZA 3IM6A 2JJ6A 3ZC9A 3PVOA 2EALA 2VSAA 1OFSA 1N47A 3W59A 3V0AB 1HWNB 4AGVA 41BIA 3WUCA 4EFRA 3FIEA 4KS6A 3OY8B 3QW5A 1R8NA 5FREA 3FJIA 3FLPA 4JQ0A 3FJEA 4P14A 3BODA 1MZ5A 2QN0A 4ATFA 2D6MA 4OEFA 2Q3NB 4HR6C 3VSFA 4M3CF 1MVEA 2Z49A 4ZJXA 2A70A 4KC3A 3S8JA 2PHRA 3O0XA 4DFSA 1LESA 3AXEA 5B2HA 2ZABA 2E6VA 2DUOA 4PF5A 5GLUA 3H6SE 1WCSA 4DQAA 3B3QE 1G7YA 1N3QA 1Q8SA 2HWMA 4WVWA 4TLPA 2ZACA 1Q04A 1IS3A 1S0IA 2D3PA 3AKIA 4YM0A 2YZ4A 4RA0A 2C5DA 2MLLB 2OUJA 1BLDA 2AH2A 1I1BA 1ABRB 3POSA 3UJQA 2A8AA 1J0SA 4FPGA 1LEMA 4X39A 2XHLA 3H6RB 3VSZA 2D24A 3OJBA 3WDXA 2PHXA 4GWMA 1HDKA 2EXHA 1RY7A 2AGSA 1V6MA 5JLVA 3NF3A 4FPFA 1D0HA 1RIRA 2F2FC 2D3SA 1JHNA 1N3PA 2XOAA 3FJHA 4XXPA 1HIBA 1LU1A 1BKZA 5KXBA 1LECA 2UWBA 2RQ9A 4D0ZA 3V0AA 3AYEA 2HW9A 5BXRA 1DQ1A 3OY8A 3CQAA 5KXCA 1T9FA 3WCRA 1EV2A 4FVVA 3IIRA 1ITBA 1WW5A 2DVAA 1Y7BA 1V00A 4LO3C 4FPLA 1HWOB 2UU8A 4OW4A 3ZUSA 3KM5A 1SR4A 1SBFA 4I4PA 5BXPA 1KITA 1XG6A 4U2AA 3VKLA 4FPEA 4LO0C 4BLJA 1BJQA 3T1LA 1C1FA 4Y20B 1U0AA 1ILR1 1W3AA 2E4MA 2XB6C 1FNYA 3BB2A 4GOYA 4Q2FA 5FZZA 4GWNA 4OEEA 2ZHMA 1TFMB 4II0A 3D6EA 2TEPA 4R9CA 1W3GA 1WBLA 3AH2A 1WUVA 1S0CA 3WDVA 5IK7A 2W39A 3SITA 3JRRA 3H6RA 1JLXA 3CA4A 2A97A 2R0FA 4QO3A 1JQZA 3NBDA 4ZFUB 4ZGRB 1CR7A 4FOQA 4ATEA 4AVTA 1V6KA 5BP5C 1TWMA 5GLWA 1T4QA 2M49A 3MPPG 4K21A 4UW4A 4Y1VA 3F62B 3HR9A 3AYCA 1GYKA 1WD4A 1LOAA 3ZVXA 2JECA 2GZBA 1JTCA 3W9TA 1VALA 4I4SA 2GNBA 3RRDA 3VKMA 2D22A 2GALA 2KLLA 1LOEA 2VH9A 5EYXA 2IHOA 1Q8OA 3S8KA 1O4YA 1X50A 5GALA 1WW6A 1FGAA 1LODA 3IM0A 3WG3A 2WJSA 4D8HA 2W2DB 2AR6A 2DYCA 1Q1UA 2Z48A 3AP4A 2Y9WC 1HQWA 2D44A 4FP2A 1PZ8A 4P0KA 3FJDA 3WG2A 4BPZA 1DQ2A 4X38A 1AJKA 2D7FA 3QW8A 3CNAA 3M3OA 4FPKA 3AH4A 1JBCA 2D20A 5GZGA 4XKIA 4A7ZA 1CVNA 3SISA 2UURA 2A6XA 4Y20A 2HWAA 3O4OA 3JU9A 3M1HA 1SLCA 2ARXA 4AYUA 5DZGA 1QDCA 2CY6A 4JC1A 1ULCA 2P34A 1DFCA 1ZA4A 4IZXA 2D43A 1UMZA 4YZ2A 1CJPA 4Q1PA 5H9RA 1ZL5A 4JCKA 1DBNA 4ITCA 1LENA 2ARBA 3FLRA 2ENRA 1MS1A 3AJ6A 2E51A 3AYDA 1DQGA 4KEJA 5BXSA 4ZXKA 3CRGA 3O4AA 3CA3A 5DSSB 3RTIB 1G9AA 3A0NA 3IKWA 1WW4A 3A0KA 4YW4A 4QBCA 5I1BA 1DGLA 3PUBA 1OQLB 1S0DA 3ZXDA 1MS4A 1DQ5A 1AVWB 2ZBJA 1SZ6B 1G9DA 4Q9GA 2ZGKA 3BADA 1Q56A 5E8AA 1MS3A 1IOBA 3BX1C 3HALA 1RINA 1F31A 3B9CA 4YZ3A 3TAYA 3QW7A 1LHWA 2ZHKA 3O4BA 2EIGA 4DENA 1JT4A 5BVPI 3WO3A 3D7WB 1G8WA 3SNVA 2W2DA 1PZZA 3N0KA 1CESA 5DZEA 3ZURA 4P0LA 2CTVA 1AFCA 1Z2VA 1LHVA 1ENRA 1QXMA 1FNZA 3AKHA 1GNHA 1OKQA 5IK5A 1HKNA 3LLPA 3GALA 5CNAA 4X37A 3ENRA 3UD8A 2KH2A 1GANA 4M3CB 4JPZA 2DS0A 1FAYA 1WBCA 2ZAAA 2ZGRA 4Y1YA 4I4UA 2KI4A 3BOOA 1ZB7A 3PVNA 2D7RA 1YIFA 3ILAA 4XTPA 1TIEA 5GZEA 3QW6A 3WDYA 1BFBA 1S0FA 1II4A 5D62A 1Q8VA 4BMBA 5DUYA 4IY8A 4X3AA 3ZX7A 1AF9A 4GAFA 4F34A 5BOWA 2EF6A 4G6JA 2JDZA 4P9XA 1P63A 1T3AA 4XJUA 1GZWB 1V6IA 3D4KA 3RSJA 1N1SA 4AGGA 4LBQD 3CU1B 4QC4A 2R0HA 5GM0A 1ONKB 1LOBA 1TWEA 1UKGA 2FFUA 1MC9A 4Y1UA 3IN9A 1V6NA 4Z8BA 1XTFA 5EWSA 1S0JA 3NWKA 4NOTA 4QKSA 4HA2A 5HPZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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