1GNXA

B-glucosidase from streptomyces sp
Total Genus 171
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
171
sequence length
463
structure length
447
Chain Sequence
ALTFPEGFLWGSATASYQIEGAAAEDGRTPSIWDTYARTPGRVRNGDTGDVATDHYHRWREDVALMAELGLGAYRFSLAWPRIQPTGRGPALQKGLDFYRRLADELLAKGIQPVATLYHWDLPQELENAGGWPERATAERFAEYAAIAADALGDRVKTWTTLNEPWCSAFLGYGSGVHAPGRTDPVAALRAAHHLNLGHGLAVQALRDRLPADAQCSVTLNIHHVRPLTDSDADADAVRRIDALANRVFTGPMLQGAYPEDLVKDTAGLTDWSFVRDGDLRLAHQKLDFLGVNYYSPTLVSAHSPWPGADRVAFHQPPGETTAMGWAVDPSGLYELLRRLSSDFPALPLVITENGAAFHDYADPEGNVNDPERIAYVRDHLAAVHRAIKDGSDVRGYFLWSLLDNFEWAHGYSKRFGAVYVDYPTGTRIPKASARWYAEVARTGVLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Beta-Glucosidase from Streptomyces
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 171
structure length 447
sequence length 463
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2001-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gnxA00
4N42A 1UZ1A 2CHNA 4P7LA 5A3HA 1C8QA 3CIVA 1CEOA 3RM8A 4HTYA 3NYDA 4U2YA 4PMUA 1JGIA 1VENA 3ARTA 1V3IA 4PCTA 1KXQA 1BGAA 3AMKA 1JDCA 1V0KA 4UFLA 4E8CA 2NT1A 1B3YA 4Z2GA 4U5IA 3WUBA 1H2JA 2XPKA 4PMYA 7TAAA 1QI0A 3CHDA 2VOTA 3AHYA 1BG4A 1XD1A 1AQMA 3PZNA 2B31A 3ALGA 4D1JA 3MUY1 1PZ3A 3T2PA 1NM9A 2G41A 1UKOA 4MPKA 3TONA 1KBKA 4YPJA 3UG3A 1E73M 1KQYA 2XIBA 2ZXBA 2WSKA 2CEQA 1L0PA 2PB1A 2NT0A 3UESA 5FKYA 3HMCA 1NWRA 1PAMA 2W63A 4OKDA 5C70A 1JD7A 4H8UA 2BHYA 3W82A 1RD6A 4KRTA 5CXPA 1J0IA 1Q6DA 4E8DA 4UTFA 3AHZA 1WDSA 4J27A 3DYOA 2CITA 2UWFA 1E43A 2WZHA 1R86A 3VX0A 1JYVA 2BY2A 3PTMA 4F9JA 1CXEA 1HJUA 2UY4A 3FW6A 3AXHA 4X0VA 2RGMA 1GHSA 3THCA 1LLOA 4TOQA 5D9NA 2PBOA 2V5DA 1UWQA 1BYAA 2DGAA 2VVNA 5GNYA 3SCUA 1R85A 2BVYA 5HPCA 5CQ1A 1ZJAA 1MWOA 3GZAA 4WSKA 3OA5A 2WMJA 3MSGA 2Y8VA 1A47A 3GXFA 1NQ6A 2NW0A 1XCXA 4WSJA 3ZJKA 4TVDA 3WL0A 1B3WA 3WF3A 1J0YA 2EXOA 4TX8A 3W24A 1W1VA 2ZOXA 2J8FA 4BCEA 4PMDA 3AIRA 4W88A 1B3XA 3L4UA 3T2QA 4MJ4A 2WMIA 4LYRA 2VZSA 1QHPA 2J7EA 1VRXA 2VCCA 3OB8A 2J7GA 3BLKA 2FDMA 1UR4A 1XCWA 3UG5A 3ARWA 3GNOA 5CLTA 2VL4A 1GQJA 1V3KA 1OCQA 1YQ2A 1KGUA 1V6VA 1WO2A 4JL2A 1V0NA 2ZXDA 4ACZB 4HA1A 5HPOA 1E1EA 4D6JA 4UR9A 1FH9A 4CN4A 1D2KA 2V3FA 2WKLA 2CHOA 4P8UA 3WMSA 3WF4A 2OWWA 2WVVA 1OB0A 3WBAA 5A8PA 2DT3A 2PWFA 3A47A 4A3HA 2WHMA 1V02E 5LA1A 2EJ1A 4GI8A 4CVWA 4PSPA 3N04A 1B2YA 5A2BA 4BF7A 2JF7A 1WDRA 2WLYA 2GJPA 2YLLA 2CIPA 3T0AA 1TVPA 2GDUA 4L4PA 5BWFA 4ZEPA 3B8SA 5C8BB 1W3JA 4RE2A 1U30A 3W53A 1DWHM 3VOCA 1LF1A 2QMJA 3I3EA 1BGGA 5CSUA 3AXIA 1ZS2A 4M82A 2W61A 3KL0A 4F79A 3VIJA 4MAVA 4HOXA 3L4YA 1UH2A 1GQLA 4UOJA 4AW7A 3DHUA 2EPMX 4K68A 2XFFA 2WHKA 1H41A 3KL3A 1W9DM 3ZT7A 2WCSA 1U2YA 1GJWA 1SR0A 1JFHA 4ACZA 1CDGA 3VMOA 1E6RA 1RP8A 3WNOA 3PZ9A 4D6GA 1MFUA 4U3CA 3AFBA 3MKKA 1GPFA 1CXIA 1X6LA 5A8MA 1CTNA 5A2AA 3WEZA 3AXXA 2BNJA 3F4VA 1FH7A 1N82A 4OJYA 3T08A 3TTOA 2VMFA 5I23A 1B9ZA 4JKLA 2VX7A 3M6DA 2YIHA 1ISZA 1F4HA 1AQHA 3ARPA 3EDDA 1PJ9A 3VKKA 4AIEA 1BPLB 1Q6EA 4BA0A 4Q22A 3TTQA 3PZMA 3BAYA 5HXMA 1QNOA 3VD3A 2G8ZA 2QPSA 2Y4SA 3M7SA 4JHZA 1OGBA 3RM9A 3W81A 1XH1A 2XTKA 5A6AA 3CZ8A 1JDAA 3AIBA 1E3XA 4D6CA 1H09A 1FP9A 4JCMA 1E6PA 1BG9A 3VUPA 3AHXA 3U5UA 5CG0A 3GTNA 3SCWA 4Z2LA 4BS0A 4QCEA 3CZEA 4XUYA 1H4PA 3CZGA 4P7QA 5ABHA 3AROA 2YDRA 2D2OA 5E09A 3VNZA 1J12A 1H0IA 2A3CA 2D22A 3RCNA 4GQQA 1C91A 5EMYA 3U7VA 5M03A 1GVIA 1CWYA 1V6WA 2D3NA 4PTMA 4AIUA 2DIJA 2EPOA 1ZJBA 4RE4A 2JALA 5DO8A 1JZ5A 3SUVA 3WENA 2ZE0A 3CZKA 2XFRA 4PMOA 5JBEA 3BMVA 4ATWA 4MNJA 5HNNA 1OT2A 2FH6A 1NH6A 4CD8A 5KZ6A 3I3BA 1BVNP 5A8NA 3NIYA 2GFTA 1UR1A 2DSWA 2VURA 1E40A 4RE3A 4FLSA 4CD4A 4W87A 1UA3A 2YBTA 2J25A 5AY7A 1I1XA 1JXJA 1RPKA 1OGSA 2A3AA 3WNPA 2WNWA 5GNXA 3NJ3A 1E0XA 1B3VA 4Z2HA 1VBRA 4GZIA 4URIA 4AZGA 2Y5EA 3VDAA 1WZMA 3FAWA 3BSGA 2J77A 2WVSA 1JF6A 2OYLA 1YHTA 1M01A 2VQUA 1DHKA 2CKRA 3PN8A 1W1PA 1JG9A 2VNCA 1V02A 3U7BA 1JIBA 1B1YA 4D6IA 1PPIA 1VIWA 4PRWA 3U5YA 2WYSA 4UFKA 4CU8A 2XVKA 3LPOA 3SEPA 1W3LA 1CXKA 4FMVA 1JL8A 4XX6A 2J4GA 3M07A 4QCFA 3MANA 3PZOA 1TVNA 4TTGA 5DEZA 4NRRA 1QW8A 3T0BA 3WF0A 2DT2A 1UD2A 2XGIA 1UWIA 3K46A 1W9BM 4CGTA 1V3JA 5A6MA 1CXFA 2DIEA 2VRKA 1JZ4A 4LYPA 1HP4A 3GDBA 4U5KA 2DSVA 4TVUA 1EOKA 2A3EA 1WE5A 2UY3A 5DT5A 5I5RA 1VEPA 3WNNA 1UYQA 4HMCA 3IJ7A 2VTFA 1U33A 3LPPA 2MANA 1NOFA 1ISVA 1MQRA 2NSXA 3W29A 3OIHA 2BFGA 1BQCA 2J78A 1E6XM 4C7DA 2CBIA 1UWSA 5E9AA 3VU2A 2W4XA 1NARA 2CKSA 4EK7A 1Q6GA 4OUEA 5E6ZA 3GXDA 4R27A 2FHFA 2VZUA 1LG1A 4JZ5A 2JFEX 3O2LA 5D9OA 3RDKA 3WMBA 1QHZA 1CZ1A 4ATLA 3WY1A 1EQPA 7A3HA 4DWSA 4DUVA 4QDMA 1WNOA 2BY1A 1FFQA 1KB3A 1UQYA 2E8YA 3LPFA 2XWDA 2WC7A 3L2MA 3WKZA 3QR3A 3O6AA 4HU0A 1CLXA 3OGRA 3WFZA 3S2CA 3WF2A 5F7UA 1Q6FA 1W32A 1NOWA 1TZ7A 2G3IA 1E4LA 2WMGA 3B9EA 2V3GA 1OBAA 4WJXA 3IANA 3TTYA 1JYXA 1UD5A 4UOQA 3RIKA 5LA2A 2BS9A 4TTUA 1ZB5A 3F5KA 3L4WA 4EKJA 1LG2A 1QNQA 2J75A 3EDKA 2W91A 3GXMA 3WN6A 2D0GA 3EDFA 1EIBA 2CNCA 3ARQA 3ECQA 3WH8A 1KWKA 2BY0A 1UWUA 2E0PA 1WDQA 2C7FA 2FHBA 1B90A 3VGDA 3VD4A 1KGWA 1ISXA 1WZLA 2VZTA 1PBGA 2GJRA 4J3WA 3PZGA 4W5UA 1XH2A 3S6TA 3SCQA 4AZHA 4P8VA 2YJQA 3GH5A 1ESWA 2E3ZA 4CD6A 1MW0A 5E70A 2WMIB 4JIEA 3WEOA 2WZIA 4LPCA 4ZE5A 3CHFA 2EEXA 3WD3A 4PTVA 3CO4A 4MJ2A 2PWGA 4HMDA 4UQ9A 4M24A 2CERA 4TX6A 5DF0A 2VX6A 1X6NA 1HNYA 2CBJA 1OINA 3WD0A 1MXGA 4JHOA 3ZJ7A 4HA3A 1J0HA 4CCDA 5AC5A 1KFWA 3MMUA 1C90A 1QNRA 4A4AA 3EMQA 4X0NA 4DWSC 5A1AA 1CGUA 1JF5A 2IUZA 3LPGA 1XSKA 5CGMA 1QW9A 1NP0A 1GJUA 3OLEA 4HOWA 2J7FA 2VUYA 3GBEA 1UR0A 5JUVA 2CESA 3VTRA 2VQTA 3TOPA 3DYMA 3A4AA 2WVVB 1FP8A 1KQZA 5CPTA 2WBGA 3CHCA 5M3WA 1XH0A 2YDQA 3WL1A 2HISA 4ZE4A 4Y7EA 4D6EA 4FF5A 4EANA 4BQ2A 3BAJA 2OSXA 3ZJ6A 3A6OA 3TA9A 3WH5A 4PUEA 4DUWA 3NDYA 4LX4A 1JXKA 5A6SA 2X05A 3FHQA 2OYMA 4W89A 2ZX6A 3VIMA 3BAXA 1E6NA 4M8UA 2CCRA 2BXZA 1UD3A 5BXRA 2WPGA 1PX3A 4M56A 1NWUA 2XSBA 5EFFA 1CBGA 3W6LA 2E8ZA 2W67A 3RPMA 4CN6A 2WLZA 3WQVA 4QLLA 2X0HA 3DC0A 4PMQA 2JIWA 1DWJM 1H49A 1RH9A 3CLWA 3VD9A 4PTWA 2ZUUA 2EO7A 3VIGA 3AQUA 1OGGA 3L4XA 2XVLA 4LQ1A 3ZM8A 1UHVA 1JI1A 3APGA 4BQ5A 4J3VA 1CYGA 1B31A 2ZUVA 1OD8A 3ZQ9A 3WQ5A 1C8YA 1HXJA 5CPSA 3L4TA 2ZXAA 3DYPA 4MB4A 2WZEA 3ZSTA 4P7OA 2VCAA 2GSJA 4MNLA 3BC9A 1CLVA 3SUTA 4ACYA 4B9YA 1MQQA 3RILA 1W1TA 4W8AA 4CCCA 1HJWA 3AYSA 3CUJA 3WF1A 1M7XA 1GZJA 1TR1A 3ALFA 5FCZA 2IXVA 4GI6A 2ZUMA 1JAEA 1TFVA 1GONA 2X09A 2YKKA 3VGGA 3WH9A 3FY1A 1FHDA 1JDDA 2YA0A 4EAMA 4W7WA 1PIGA 3PBGA 4MB3A 1A3HA 1JZ6A 1FHLA 3SUUA 7CGTA 5BRPA 1EHNA 4DWSD 1KGXA 4HZ7A 1KXHA 4Z2IA 1W3KA 2BHZA 1QI5A 2DH3A 3U57A 1H11A 3WDHA 1V0LA 1HKIA 1EOMA 3ZT6A 3AS2A 4U31A 1BHGA 4ML4A 5A6BA 2OSYA 1ISWA 2CPUA 1W9PA 2G3NA 3K8LA 1LWJA 2O92A 2XYLA 5ECUA 5TD4A 4F66A 2J7BA 2PWDA 1QVBA 1TUXA 1OIFA 3VDBA 3SCTA 4KH2A 5GNZA 1UWRA 4AMCA 4CCEA 2YDSA 3WELA 4UQCA 1DWFM 2EPLX 4KWUA 3BXWA 4WIWA 3GYCA 4PTXA 3RM4A 1UKPA 3BCFA 1V08A 1E0WA 5M5DA 5IFPA 3EDJA 1C8XA 4AZ7A 3A3HA 5EB8A 4U3AA 1TA3B 3AIVA 1HIZA 3VIKA 3DECA 2ZUSA 2WSPA 4ZXLA 4OZOA 2DT1A 3WUFA 1QI2A 3PZTA 1KXVA 2D3LA 4FK9A 1QOXA 3GH7A 1VJSA 2C0HA 5I79A 2E9MA 4P8XA 1DWIM 1AMYA 3VIHA 3ARUA 3MSDA 4UQAA 1ZBCA 2EPNA 3K8MA 3PZVA 1J10A 2PWHA 1HP5A 3IJ9A 3WNMA 5I78A 5IFTA 2DH2A 2X8RA 5D8WA 2D20A 4PYSA 1HJXA 1MQPA 1UWTA 4QP0A 4ZFMA 6A3HA 4AD1A 4MDPA 4HMEA 3W27A 4EE9A 5BXSA 3IAQA 2YL9A 3NSMA 1E5NA 3ARRA 3VVGA 5JBFA 3SIMA 2ZUNA 4AZ6A 1UR9A 1X1NA 4Z2JA 1ISYA 1H1NA 4HU8A 2YL5A 4W7VA 5IXEA 1TG7A 3UR8A 4BQ4A 3M46A 4AD0A 2W5FA 4UQEA 1V3HA 1VEOA 1BAGA 2VR4A 2RGLA 1JYWA 1NOUA 1OM0A 1RP9A 4M29A 1JI2A 1KCKA 4OOUA 3SCRA 2E9LA 1JD9A 1ODUA 3SCNA 1G5AA 3IK2A 3N12A 2A3BA 3W28A 2F2HA 3WSUA 1TA3A 3KL5A 1G1YA 1E70M 1E55A 2PC8A 1H0GA 5E0FA 2EQDA 5A6KA 3ARYA 2D24A 3OGSA 4B3LA 2F8QA 4LYQA 3ZO9A 2WC3A 1UKQA 4AXNA 5AC4A 1HT6A 5IHRA 1KXTA 3UG4A 1G0CA 3O9NA 2BHUA 3AMCA 2Y8KA 1UQZA 2AMGA 2ZICA 2XM2A 4MB5A 4J3TA 1GOMA 1TE1A 2E4TA 3CUGA 1KR1A 1M53A 2W62A 3BAIA 1LWHA 3LMYA 4Z2KA 1EO5A 3ZJ8A 1J0KA 5GQBA 1R87A 5FOOA 1CGYA 4QLJA 5A94A 4J7RA 1J9YA 1CENA 1BYCA 1VFMA 1JYNA 2D1ZA 1EXPA 5HDRA 3VDHA 4MAZA 3AZRA 3D3AA 3GBDA 4GO9A 3B9DA 2GJXA 4DWSB 1UH4A 4GINA 1K9EA 3ARXA 2JF6A 1E72M 2QLYA 2WMKA 2FGZA 3CBWA 3K4AA 3AHTA 4HOZA 2YA1A 3L4ZA 4P7NA 4LGXA 5GPRA 4PMRA 4CD5A 2ZIDA 1QI4A 2WBKA 2WCGA 1GVYA 1JNEA 2J7DA 4WK9A 1W2VA 3ARVA 2PWEA 3PZUA 2DSKA 5A95A 2V38A 1R7AA 1I75A 1WZKA 4KMQA 2C8NA 1BYBA 2BVTA 1HF6A 1XHGA 3AYRA 3BH4A 4UFHA 2CBUA 2HVMA 5CZKA 2X0YA 1MFVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4N42 A;  1UZ1 A;  2CHN A;  4P7L A;  5A3H A;  1C8Q A;  3CIV A;  1CEO A;  3RM8 A;  4HTY A;  3NYD A;  4U2Y A;  4PMU A;  1JGI A;  1VEN A;  3ART A;  1V3I A;  4PCT A;  1KXQ A;  1BGA A;  3AMK A;  1JDC A;  1V0K A;  4UFL A;  4E8C A;  2NT1 A;  1B3Y A;  4Z2G A;  4U5I A;  3WUB A;  1H2J A;  2XPK A;  4PMY A;  7TAA A;  1QI0 A;  3CHD A;  2VOT A;  3AHY A;  1BG4 A;  1XD1 A;  1AQM A;  3PZN A;  2B31 A;  3ALG A;  4D1J A;  3MUY 1;  1PZ3 A;  3T2P A;  1NM9 A;  2G41 A;  1UKO A;  4MPK A;  3TON A;  1KBK A;  4YPJ A;  3UG3 A;  1E73 M;  1KQY A;  2XIB A;  2ZXB A;  2WSK A;  2CEQ A;  1L0P A;  2PB1 A;  2NT0 A;  3UES A;  5FKY A;  3HMC A;  1NWR A;  1PAM A;  2W63 A;  4OKD A;  5C70 A;  1JD7 A;  4H8U A;  2BHY A;  3W82 A;  1RD6 A;  4KRT A;  5CXP A;  1J0I A;  1Q6D A;  4E8D A;  4UTF A;  3AHZ A;  1WDS A;  4J27 A;  3DYO A;  2CIT A;  2UWF A;  1E43 A;  2WZH A;  1R86 A;  3VX0 A;  1JYV A;  2BY2 A;  3PTM A;  4F9J A;  1CXE A;  1HJU A;  2UY4 A;  3FW6 A;  3AXH A;  4X0V A;  2RGM A;  1GHS A;  3THC A;  1LLO A;  4TOQ A;  5D9N A;  2PBO A;  2V5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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