1I1EA

Crystal structure of clostridium botulinum neurotoxin b complexed with doxorubicin
Total Genus 401
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
401
sequence length
1290
structure length
1287
Chain Sequence
PVTINNFNYNDPIDNNNIIMMEPPFARGTGRYYKAFKITDRIWIIPERYTFGYKPEDFNKSSGIFNRDVCEYYDPDYLNTNDKKNIFLQTMIKLFNRIKSKPLGEKLLEMIINGIPYLGDRRVPLEEFNTNIASVTVNKLISNPGEVERKKGIFANLIIFGPGPVLNENETIDIGIQNHFASREGFGGIMQMKFCPEYVSVFNNVQENKGASIFNRRGYFSDPALILMHELIHVLHGLYGIKVDDLPIVPNEKKFFMQSTDAIQAEELYTFGGQDPSIITPSTDKSIYDKVLQNFRGIVDRLNKVLVCISDPNININIYKNKFKDKYKFVEDSEGKYSIDVESFDKLYKSLMFGFTETNIAENYKIKTRASYFSDSLPPVKIKNLLDNEIYTIEEGFNISDKDMEKEYRGQNKAINKQAYEEISKEHLAVYKIQMCKSVGICIDVDNEDLFFIADKNSFSDDLSKNERIEYNTQSNYIENDFPINELILDTDLISKIELPSENTESLTDFNVDVPVYEKQPAIKKIFTDENTIFQYLYSQTFPLDIRDISLTSSFDDALLFSNKVYSFFSMDYIKTANKVVEAGLFAGWVKQIVNDFVIEANKSNTMDKIADISLIVPYIGLALNVGNETAKGNFENAFEIAGASILLEFIPELLIPVVGAFLLESYIDNKNKIIKTIDNALTKRNEKWSDMYGLIVAQWLSTVNTQFYTIKEGMYKALNYQAQALEEIIKYRYNIYSEKEKSNINIDFNDINSKLNEGINQAIDNINNFINGCSVSYLMKKMIPLAVEKLLDFDNTLKKNLLNYIDENKLYLIGSAEYEKSKVNKYLKTIMPFDLSIYTNDTILIEMFNKYNSEILNNIILNLRYKDNNLIDLSGYGAKVEVYDGVELNDKNQFKLTSSANSKIRVTQNQNIIFNSVFLDFSVSFWIRIPKYKNDGIQNYIHNEYTIINCMKNNSGWKISIRGNRIIWTLIDINGKTKSVFFEYNIREDISEYINRWFFVTITNNLNNAKIYINGKLESNTDIKDIREVIANGEIIFKLDGDIDRTQFIWMKYFSIFNTELSQSNIEERYKIQSYSEYLKDFWGNPLMYNKEYYMFNAGNKNSYIKLKKDSPVGEILTRSKYNQNSKYINYRDLYIGEKFIIRRKSNSQSINDDIVRKEDYIYLDFFNLNQEWRVYTYKYFKKEEEKLFLAPISDSDEFYNTIQIKEYDEQPTYSCQLLFKKDEESTDEIGLIGIHRFYESGIVFEEYKDYFCISKWYLKEVKRKPYNLKLGCNWQFIPKDEGWTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords BOTULINUM NEUROTOXIN TYPE B
publication title Crystallographic evidence for doxorubicin binding to the receptor-binding site in Clostridium botulinum neurotoxin B.
pubmed doi rcsb
total genus 401
structure length 1287
sequence length 1290
ec nomenclature ec 3.4.24.69: Bontoxilysin.
pdb deposition date 2001-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01742 Peptidase_M27 Clostridial neurotoxin zinc protease
A PF07951 Toxin_R_bind_C Clostridium neurotoxin, C-terminal receptor binding
A PF07952 Toxin_trans Clostridium neurotoxin, Translocation domain
A PF07953 Toxin_R_bind_N Clostridium neurotoxin, N-terminal receptor binding
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1120.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Clostridium botulinum neurotoxin B, "coiled-coil" domain Clostridium botulinum neurotoxin b, "coiled-coil" domain 1i1eA02
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1i1eA03
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1i1eA04
3.90.1240.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Zincin-like Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like 1i1eA01
4NO4A 3TAYA 5EHAA 1G86A 1JLXA 1DYPA 3H6RA 4ASMB 3IPVB 4XHXA 2F2FA 1ILR1 4DRVA 1W6PB 4I2SA 3DSEA 3W9TA 4I30A 3HN1A 4YZ5A 3FJFA 4XDQA 3F1RA 2XHLA 1DQ2A 4I1BA 2W2DB 3B9CA 1DQ0A 3FFZA 2GNBA 3WA1A 1W6MB 1SZ6B 3NWKA 1DQOA 4A7ZA 3O4OA 2ZGNA 2OUJA 3O5SA 5EWSA 3KMVA 4XXAA 4L8QA 4XILA 4XTPA 1MZ5A 3KQRA 1S0CA 1A8DA 2FMDA 3KM5A 4ZXKA 1KQRA 1MVQA 4OW4A 1SLAA 3AJYA 4PF5A 3C8BA 2WKKA 2R9KB 2VSEA 4JP0A 2ZGMA 2ZGOA 4FOWA 3CA6A 4F83A 3AKHA 2EXKA 5CNAA 1W6NB 1LCLA 4PCRA 1W3GA 4IZEA 4OEFA 1V6OA 3AKIA 1MD6A 1YBIA 2GZBA 2G7NA 3NV3A 1I1BA 2A5ZA 3VKFC 1TWEA 2ZGQA 1LU2A 1IT0A 4FQ4A 1CPNA 1W3FA 3NJ5A 4GA9A 1LHVA 1JT5A 3CA5A 3K3QB 1G82A 3SH5A 4FPHA 4J2SA 1TIEA 3N35A 2QYIB 1R1ZA 3POKA 3L2YA 4FP2A 3BTAA 4OEGA 4ZFYB 4R9BA 5FRAA 2D6NA 2EALA 3FJ8A 4YW4A 3AZWA 1WW6A 1JQZA 2DURA 4XFSA 3AH1A 1TWMA 1QU0A 4BQ1A 3AH4A 2NN8A 3JU9A 5F90A 3T1LA 3WDYA 2FFUA 5GLWA 1GZWA 1QDOA 4KEIA 2C9AA 1WUVA 2WNEA 3N3HA 4QO3A 4J1LA 1EYLA 1EV2A 3AP9A 5KXEA 1VAMA 3ZYRA 2Y9WC 1VCLA 5D63A 2YZ4A 3SH4A 3I2XA 2ZGPA 2Q5TA 5DUUA 1G9CA 3O4DA 1QF3A 4P6AA 5F8WA 2W68A 1MZ6A 3IIRA 2Y9FA 3A23A 5H9RA 2ESUA 1SCRA 1LENA 1N1SA 1S0GA 3VUOA 2XOAA 3HOMA 2DUOA 3BAOA 1BFGA 5DZUA 4I4XA 3LCPA 2DVFA 1N1TA 4AN6A 4GAIA 2DTWA 3OJVA 1DYKA 3AYEA 3QIYA 2R0FA 4YG6A 4G9MA 1AXMA 3R4SA 1I1EA 1GV9A 4XTMA 2QN0A 5FNWA 3WHUA 1GYKA 1QOTA 2A70A 5D62A 3U4XA 3M3CA 4OZXA 3WCSA 1AVXB 1G9AA 4YM2A 1SBEA 3ILRA 1LTEA 5GLVA 1AVWB 2D3SA 7I1BA 3FJCA 4I3NA 4L4HA 2Z48A 2JECA 4DS0A 2ZZJA 5GLTA 3PUBA 3GNEA 2UWAA 1YF8B 1AX0A 4XJ8A 4DFSA 2ZGKA 3ZXKA 5JDBA 1GANA 1AVAC 1BJQA 5KXBA 5SV8A 1CR7A 3QW5A 2ZAAA 3MW2A 4YGCA 2HWAA 2AH2A 2DVAA 2MC2A 2P2KA 3BA4A 3AKGA 3ZSLA 1WD4A 4AGGA 3MEPA 4DRRA 3QYDA 4K21A 4OWLA 2KH2A 3OY8A 2ET2A 2NMOA 2D23A 3I2AA 1LOAA 4AGRA 3PVNA 4JKXB 3H6SE 1IS5A 2BQPA 3ASIA 3M3EA 4I4QA 1LOBA 4TZDA 1WBFA 4OEEA 2ZQOA 2D6LX 5BQMA 4P9XA 1SBFA 2ZQNA 1JN2P 2ZGTA 1CVNA 2P39A 2ZR1B 3FJ9A 3FGMA 1N4KA 5EYXA 3ZC9A 1EVTA 1EPWA 1AFCA 4LO8B 4J23B 1IJTA 3H6RB 1S0FA 1LECA 3E8LC 2UWBA 1II4A 4YGBA 3VKMA 2Q9XA 3H6QA 3AZYA 5GZFA 5BXPA 3ZSMA 1JUIA 1CESA 4UW6A 3ZUSA 2W08A 4FGFA 5BQNA 5GZDA 3FJDA 1KDMA 1IS6A 4LO3C 2FO1A 5LK5A 2Z49A 1BYHA 1IS4A 3AYCA 2D6MA 3WUCA 3O5WB 4XJWA 1O4ZA 1V6XA 2AR6A 5FZZA 3BONA 4Y1YA 3IM7A 4UW3A 3Q7XA 4XIKA 4QC4A 4DENA 4YW5A 4LBKA 3AP5A 3ZYPA 2ILPA 2A97A 4XXPA 3BX1C 1F31A 2NZ9A 3CA0A 3CRGA 1URXA 3DS9A 1LOFA 4I4SA 3ZXLA 1V6IA 3C8AA 3IAGC 2VLCA 1IRAX 4F34A 5E8AA 3UD9A 5GALA 4YM1A 1RMLA 2DREA 1GNZA 3FUQA 4Q1RA 3WO3A 2KI4A 5BXRA 3OJ2A 1WBCA 3VSZA 3UJ4A 3TC2A 2DU0A 1Q8SA 2CWSA 4YW3A 2VXTI 5DXDA 2D6OX 3EF2A 2AENA 5BP5A 4CZSA 1TP0A 2BEBA 1Z78A 3BOPA 4KS6A 1N1YA 4AVSA 1UX6A 1U0AA 4FPCA 3S8KA 1BFFA 1GLHA 4I4OA 3ZVXA 3FIEA 1T4QA 4P9WA 1I3HA 1PUUB 1ENRA 3M1HA 5BQUA 1LGNA 1OQ1A 1QDCA 5IT6A 4Q8LA 1R8NA 3AXDA 3VKOA 1ULEA 2DRZA 3FJKA 4D0ZA 5JMCA 4ZA3B 2MIBA 4RA0A 4FPJA 3O0XA 1AVUA 1C4RA 1BLDA 2ZBJA 1V6VA 1DLLA 1PZ8A 2A7AA 5HCBA 4RL7A 1W6QA 4WZFA 4PBOA 3BODA 3WMUA 1Q56A 1AF9A 2D7FA 5BVPI 3C89A 1YI7A 1NLSA 1HWPB 3WO4A 3C2UA 4FPGA 1T3AA 3P6IA 3ZPYA 2G7QA 4TLPA 2AQZA 1S0EA 1S0IA 3D3XA 2DVGA 2JKBA 3VKLA 1G8WA 3SLIA 1XTFA 4QBCA 3N0KA 2HYKA 2ZHNA 2E4MC 3VV1A 1IOBA 2IWTB 3QW8A 4LO0A 3VT1A 2W52A 2GDFA 5IK4A 2V5YA 1YO8A 4FOQA 3WG4A 1Y7BA 5I1BA 4AWDA 4J2YA 3WOGA 4Q8KA 3IMNA 4QD2B 3OBTA 1C57A 4BPZA 1G7YA 3VKNA 1PZZA 2ISEA 3Q7WA 5JVVA 2AREA 2DUPA 4DEPA 4EB2B 3AZZA 3VSFA 1FMZA 4Y1VA 3D4KA 3A0NA 2HWMA 4KTXA 2Y9XE 5D61A 4I1EA 3RRDA 3V0BB 1BA7A 3P6JA 4LO1C 4ENDA 1JY0A 4A7YA 3IM0A 2E53A 1LOGA 3V65A 2ENRA 3FJAA 4GOYA 4I96A 2YMZA 2AAIB 1SLCA 3SISA 2ES3A 3A22A 2D1ZA 2ZA9A 4XHBA 2QN4A 2AUYA 3R05A 4BOWA 2D6PA 1QKQA 4XJAA 1DQ5A 2A71A 1IRPA 3AYAA 5DZGA 4ZFWB 3WINC 1ULGA 3BWIA 2ZGLA 1S0DA 1V6JA 1V6KA 4Y20A 1RIRA 3WHTA 5DZFA 2GN7A 3O0WA 1C1LA 2ZHMA 4ZFUB 3AZVA 3NBDA 2PHXA 1OKQA 3POSA 5G00A 2P3IA 1MACA 3N36A 2DWRA 3O12A 4R9AA 1CONA 4IZXA 1FQ9A 1MS4A 3UK9A 1SLTA 2WQZC 3NF3A 2A6VA 1FWVA 2X2SA 3JUTA 3DUIA 4U36A 3WDUA 2GMPA 1LEMA 3UJQA 1DQ1A 4Q1PA 5GAQA 1AXZA 4LBQA 1JW6A 1Q1UA 2ZGUA 3RS6A 1Z2VA 2UUSA 2SLIA 2A75A 3BAUA 1HIBA 4Q91A 2W39A 4H55A 3B3QE 2D3RA 1FMMS 4Q2FA 1A78A 1V6UA 4Y1UA 1PZ7A 5BQMB 3IM5A 4IY9A 1Q8QA 4IQPA 1HWNB 1FNZA 3CNAA 2JE7A 6I1BA 1XG6A 1N3OA 3FJJA 2KLLA 4M3CF 2A6WA 1JT3A 2VW0A 1R8OA 3WUDA 4EFPA 1DBNA 3I29B 3LLPA 5F8YA 1SFYA 5GJ6A 4GOVA 1XHBA 4X3AA 2ZHLA 3FJIA 3VT2A 2R1BA 4XJUA 4WVWA 2R0HA 4GWMA 5CBLA 4G6JA 5T5LA 1QGLA 2IMAA 1RINA 3APBA 4FPOB 4GAFA 4QALA 5B2HA 2NTDA 1CQ9A 4ZKTB 3MW3A 4KEJA 1VLNA 2A3WA 4PQ9A 1SR4C 2RQ9A 3MALA 3IKWA 4XBLA 4KBBA 2ZABA 4BMBA 3BOOA 2DTYA 1JXNA 1M2TB 2IHOA 4JC1A 1IKPA 2B7YA 3N7LA 1ABRB 21BIA 2WBCA 4HL0A 1FATA 2ZACA 4D0TA 3N7KA 3WDVA 2GALA 3FIIA 4KEKA 3WMVA 4EKXB 2NMNA 1T9FA 1KNMA 4DCKC 1DZQA 4FPFA 5DG2A 3DEBA 3BADA 2UU8A 4LO7B 2LIQA 4XJ9A 4HJJA 9ILBA 2RHPA 5DG1A 1ONAA 4XFUA 2A8AA 2XG3A 4I4VA 2VW1A 2ZGSA 2R49A 1MR5A 2E6VA 1LJ7A 4USOA 4YLZA 2A6XA 2AYHA 4QD2C 1QOSA 3WLUA 2WT1A 4I7IA 4II0A 1DQ4A 4JQ0A 3IN9A 4HA2A 1LGCA 2G7KA 1AX2A 1ZN3A 3ILFA 1NUNA 1YXWA 1HWMB 1HQLA 3IM6A 3SNVA 3I8TA 1J0SA 1MS5A 4YG3A 4IY8A 1VALA 4Y22A 4A7KA 2EXJA 1CJPA 3IPVA 3A21A 3D6EA 2E7QA 1CIWA 2DRYA 5IK7A 3OGFA 3OGGA 1MVEA 1ZB7A 2ZHKA 3SNMA 4ZBVB 3ZXDA 2CYFA 2Y9GA 1W6MA 2A3YA 4M3CB 2C5DA 1N47A 1HQWA 2EXIA 3PVEA 4ZGRB 2IMCA 4YZ1A 2P3KA 3CRIA 5BXTA 3ZXEA 3ZX7A 2R16A 1LU1A 5IK5A 1UZZA 1RZOB 4G6MA 2WSVA 5GZCA 4AVTA 5JOXA 4ATFA 3B69A 3INAA 4Y24A 3POWA 4LBLA 2J3PA 3BRFA 2JE9A 2D44A 2PHRA 1F82A 4I6IA 2VSAA 4GXLA 3WV6A 3LTQA 1GICA 5GM0A 2VH9A 3QW6A 3AK0A 1PWAA 4BM8A 1HLCA 1IKQA 2NP0A 1AXYA 1XQNA 4LO2C 4QKRA 1DQGA 2TEPA 4KUFA 4C1WA 1CVSA 4ZJXA 4YGDA 3ZXJA 3FUOA 2XHLB 2WT0A 4WV8A 1NXD1 3OYWA 4LO3A 3NV1A 3NBNA 3WVJA 4D69A 1MS8A 4PBPA 2KM2A 5DZEA 1W0PA 4GWNA 3W59A 3CRHA 3ZC8A 3QJ0A 4Q9PA 1Q03A 5JOYA 1ULCA 3WG1A 4L4IA 4FPKA 1GSLA 3AJ6A 1BXHA 2D7RA 4Y20B 4DPNA 3V0AA 2D22A 2SBAA 1V6NA 4JCKA 4Y26A 2ZMNA 5DUYA 1FAYA 5EYYA 3FLTA 2WJSA 5T55A 1FNYA 1LHUA 1H9WA 3C9ZA 4P9YA 1GZ9A 1HWOB 1JOJA 4K1ZA 3CU1B 3ILNA 2DYCA 2CTVA 3BOKA 3AH2A 1UMZA 2HW9A 5HCFA 4H04A 3QW7A 4SLIA 3ZXGA 2GNMA 3QCWA 2ZMKA 3Q7YA 5CB7A 5FZYA 3MPPG 3BIWE 4QKSA 2ERFA 4LO7C 1W3AA 4FOYA 4FOVA 4XYXA 3PVOA 1ENSA 3CQAA 4HEVA 3RSJA 3CAHA 3Q9OA 1PC8B 5H9PA 4JRAA 2JD4A 3ZUQA 1D2SA 2FDBM 2UURA 5T52A 1BLAA 3FJHA 2L5XA 1DHKB 1LEDA 4XE9A 4XMAA 1UN1A 2H0BA 2F8XC 2A6ZA 2D43A 4Q27A 2AFGA 1WBAA 1DIWA 3ZXFA 3DGTA 2LALA 1GZWB 2DV9A 4XIOA 1MS0A 2RSTA 3B00A 1BKZA 4ISQA 4Z8BA 1BFCA 1HCDA 1QMJA 3A0KA 1MS1A 3WNXA 3AZXA 2BFHA 4BMEA 1GGPB 5HPZA 1PZ9A 1JYIA 4I0YA 1JLYA 4GKYA 1MS3A 1YRZA 2GNTA 4FQZA 1V6WA 4EFRA 2UWCA 5FZUA 2EIGA 4NOTA 3HBWA 4YZ3A 2NYYA 2P23A 1G9FA 4I4RA 1NZKA 4ISRA 4BLJA 3T8SA 1M16A 3FLPA 3WDXA 2ZKNA 4WBCA 5L73A 1WCSA 1O4YA 3ZSKA 2E4MA 4UW4A 4GKXA 1N3PA 1VIWB 5EC5A 1AXKA 5CAZA 5T50A 1WD3A 2K4AB 1LHNA 3AYDA 4I37A 2MLLB 2LIEA 1H30A 2WSUA 4Q9GA 1ISXA 3R4UA 4YG0A 4LBMA 4JAWA 2DU1A 4P0KA 2VY0A 1QQLA 4EEEB 2ZMLA 4XBQA 4I4UA 2WRYA 2R1DA 4U2AA 2D7IA 1SCSA 4KC3A 4EFQA 1FGAA 3OBRA 2D24A 2ISHA 2YY1A 2NVHA 3AP4A 2M49A 1S1AA 1ZM1A 1APNA 4LO1A 2CNAA 3QR5A 3MW4A 3OPZA 2F2FC 4I4PA 4Y22B 3VT0A 5GLZA 3RTIB 3DDAA 1J1TA 4ATEA 5GZEA 4X38A 3UJOA 2D3PA 3H0OA 2G4IA 1DFCA 2CWMA 4AVVA 2VXRA 1N1VA 3S8JA 4OWJA 2ERMA 1V00A 1WBLA 3WDWA 3BAQA 4ELCA 3WINA 1TFMB 1ISVA 2EXHA 3NBCA 4GP0A 2FPQA 3DDBA 1WW5A 41BIA 1KITA 3BAVA 3P53A 1MS9A 1Q8VA 5DUWA 2YROA 3OY8B 1JHNA 3WG3A 3V64A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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