The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
98
|
structure length |
98
|
Chain Sequence |
MRVGALDVGEARIGLAVGEEGVPLASGRGYLVRKTLEEDVEALLDFVRREGLGKLVVGLPLRTDLKESAQAGKVLPLVEALRARGVEVELWDERFTTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
hypothetical protein
|
| publication title |
Solution structure of the YqgF-family protein (N-terminal fragment)
rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
18
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| structure length |
98
|
| sequence length |
98
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | YqgF/RNase H-like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NMN A; 3BZK A; 1VHX A; 1OVQ A; 3PSI A; 3BZC A; 3PSF A; 1NU0 A; 2OCE A; 1IV0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HRG A; 3OYM A; 3L2W A; 2WON A; 3CM5 A; 3HVT A; 3TAP A; 4ISG A; 2O8E B; 1C0U A; 2IVP A; 3ALY A; 5LY3 A; 3KK3 A; 4WFB L; 5FRO A; 5EX5 A; 4DU3 A; 4O0I A; 5C24 A; 2UU9 K; 3TAE A; 2G8F A; 5BPN A; 2G8W A; 1NOZ A; 4FJ8 A; 3CFR A; 1WOQ A; 2E4L A; 5EXW A; 2KTQ A; 4DQQ A; 2FBV A; 4WF9 L; 1A5X A; 2WTU A; 1Q7Y O; 4F4K A; 1K8A O; 2ETJ A; 4HCC A; 1DLO A; 2YKM A; 1ZBU A; 1M90 O; 4JRQ A; 1ZXO A; 2X6S A; 3CCU N; 4YNQ A; 3SJH A; 3WXK A; 3SNN A; 1U04 A; 1GLE G; 2YI1 A; 3VF2 A; 2ZJQ L; 3PLA A; 2FXU A; 1EKE A; 4MQ3 A; 3CJA A; 1TAQ A; 2QWL A; 1E4F T; 4O8U A; 5B8H A; 2G8V A; 4B3S K; 4E7H A; 1BGX T; 1D9D A; 4JD2 A; 3BP8 A; 2E2O A; 1HKC A; 1YVU A; 1MWK A; 4Z4G A; 2O4G A; 4AHR A; 4CCH A; 2G8K A; 4IEI A; 4LY7 A; 1R0A A; 1Z26 A; 3ZLJ A; 3LPT A; 3VA0 A; 2Q3S A; 3L2U A; 4BRO A; 4GKJ K; 4JS4 A; 4XH4 A; 4JI1 K; 3C65 A; 3P4I A; 4RW6 A; 1B92 A; 1FK9 A; 2OYQ A; 1K9M O; 4GV6 A; 4KTQ A; 1YHQ N; 4M45 A; 4FZZ A; 4M3X A; 2YHX A; 3GOI A; 1VQ7 N; 4H5N A; 4EP4 A; 3AY9 A; 1X9W A; 4JD2 B; 4BY9 C; 4N41 A; 3LDN A; 4F2R A; 3OJU A; 3CC4 N; 4FWN A; 1VQM N; 4BR9 A; 2Q31 A; 3CCM N; 5F1X A; 4OPA A; 4CJE A; 1C0G A; 1OH5 A; 1HNW K; 5KPR A; 1VSL A; 4GY2 B; 3PX6 A; 4OKJ A; 1JJ2 M; 3KLE A; 1Y64 A; 3TAF A; 4I9L A; 4CJP A; 2W40 A; 2FC0 A; 4RTF D; 4DTM A; 3LP3 A; 3SPZ A; 1ZBH A; 4KKO A; 3WNE A; 3LAK A; 1S9E A; 5CYQ A; 2D0C A; 1XWL A; 3TAB A; 2XRI A; 3BZC A; 4YDU C; 5AZI A; 1RTD A; 4CK2 A; 4FLY A; 4JKB A; 4DR2 K; 3JXU A; 5J2Q A; 4LF8 K; 1BOT O; 1TK5 A; 1LW2 A; 4CK1 A; 1JCE A; 4FLZ A; 3U3Y A; 4DSK A; 3IFR A; 4B1Y B; 4B8C A; 3EZW A; 3KWI A; 1RDD A; 3CJ7 A; 5J1E A; 3H08 A; 4E7L A; 1N33 K; 4IG3 A; 1ZBF A; 5C12 A; 1HKG A; 2B4J A; 1O1W A; 5F0X A; 4JKG A; 2ZM6 K; 4BAC A; 4IJN A; 1VSH A; 4CZI A; 2GWJ A; 3H1Q A; 4GKK K; 4FOE A; 5J2N A; 4PWD A; 1U2V B; 3MX5 A; 3VQE A; 3K9K A; 5AZI B; 3VQ8 A; 1JLA A; 3Q7C A; 5AFU H; 2HST A; 2D0O A; 1IH7 A; 1S1U A; 3ZEU A; 3LAN A; 1RGI A; 2J4R A; 4C1N I; 1T6D A; 3GL1 A; 4MDB A; 2VQE K; 1JKH A; 3LP2 A; 3BUZ B; 1R59 O; 4ISE A; 3DLB A; 4CZH A; 3CCV N; 3I8B A; 4A2A A; 1S1V A; 3R8E A; 1V4S A; 5J2P A; 3VES A; 3OYG A; 4KPY A; 4DKW A; 3KD1 E; 4JKG B; 4FCY A; 4IDH A; 1ATR A; 4DMN A; 4BVP A; 3P5J A; 3WXJ A; 1IG8 A; 3ASM A; 1RBV A; 3SK3 A; 4CIE A; 5AQJ A; 1KC8 O; 5AQY A; 2AJQ A; 3C6H A; 4DUY K; 4M3T A; 1GLF O; 3CCQ N; 1K6Y A; 3M1F A; 2O8C A; 4DR3 K; 1GOA A; 3AVB A; 3ZEU B; 3P31 A; 3SUP A; 2YHW A; 2HHS A; 1ZBI A; 1XMQ K; 1JLE A; 4B9U A; 4EZ6 A; 4AHU A; 1W97 L; 3V6D A; 2V52 B; 3D2E A; 5AQI A; 4DLE A; 4PY5 A; 2I5J A; 2A3Z A; 1NGE A; 1RT2 A; 3VEV A; 3DYA A; 4NLB A; 3KLH A; 1WSF A; 3HTV A; 3NCI A; 4EHU A; 2HHH K; 4HUE A; 4KHN A; 4KI6 A; 3QIO A; 4LF7 K; 2O8C B; 1WAJ A; 1D4X A; 4CD3 A; 3SAF A; 2DPN A; 5GAD P; 2XY6 A; 1OH6 A; 2I7N A; 3DWL A; 4CJK A; 4DFP A; 4FK0 A; 4N56 A; 3CPW M; 1YIJ N; 4MFB A; 3I8D A; 3VGL A; 3HZ6 A; 4BR7 A; 3FZM A; 1WB9 A; 3A5L C; 3JSM A; 5CZ2 A; 3D45 A; 3D2E B; 3QIC A; 3AO5 A; 1NGJ A; 4E1N A; 1NK6 A; 3BF1 A; 2XHB A; 1NOY A; 3QB0 A; 3CJ1 A; 2HNY A; 3OY9 A; 4KHP K; 4B3R K; 3QEX A; 2OTJ N; 3KD5 E; 1U48 A; 4KHY A; 3VQQ A; 3AA3 A; 5GAH P; 4ZTJ A; 2RE2 A; 3K9J A; 4FL9 A; 3SAG A; 4CJU A; 5BPM A; 4CEA A; 4U7B A; 3EZ5 A; 4H4M A; 5F2R A; 3E1Y A; 1NGA A; 5KI6 A; 3BF3 A; 2IIR A; 1NGB A; 4H5V A; 5M1N A; 4XEI A; 4WFA L; 5JVG L; 5FPD A; 3V1R A; 4DQS A; 4A59 A; 1FXX A; 4ILH A; 2PBD A; 2Z1G A; 3ZSZ A; 1IG9 A; 4KHU A; 5ADX H; 3IRX A; 1NK7 A; 1TL1 A; 4HHT A; 1S22 A; 3DJC A; 5K14 A; 3HT3 A; 1FKO A; 1I3A A; 1HQU A; 3MK6 A; 1LAV A; 3NH1 A; 1UA1 A; 3AVA A; 3DXK A; 1TGO A; 1I39 A; 4GV9 A; 4LH5 A; 2VWK A; 1YTU A; 4CZJ A; 2F4V K; 3WXM B; 4FVU A; 3L2R A; 4W5T A; 1EQY A; 4BR0 A; 3VEX A; 2G8H A; 2JLE A; 1WSE A; 3LM2 A; 1N6Q A; 1ATN A; 3BEX A; 1UAX A; 2OAN A; 1BIS A; 1JXE A; 4YOT A; 1RIL A; 3J7Y P; 4ELV A; 4I6M A; 3UB5 A; 2Q2R A; 3O9S A; 3GBT A; 4CER A; 5HOO A; 3BDP A; 3AVM A; 1ASU A; 2E1Y A; 4M3U A; 2Y1I A; 5AFU A; 5C2F A; 4BDY A; 3C95 A; 5FDL A; 4DU4 A; 3KHY A; 5I42 A; 3DXK B; 4HCB A; 3ZSQ A; 3HPO A; 4JS5 A; 4BC3 A; 1WBD A; 2QM1 A; 3CME N; 2IS3 A; 2ZQB A; 3VN5 A; 2YCH A; 3IMX A; 4M7Y A; 2KHO A; 2OCE A; 4L3Q A; 4I6M B; 1S1T A; 4BWJ A; 4Y1C A; 4FYD A; 1NU0 A; 5AQM A; 3WXI A; 1JCG A; 2HW3 A; 5JVH L; 3PY8 A; 1MU2 A; 3DLG A; 1HLU A; 4CHP A; 2ZF5 O; 3TTF A; 3CXC M; 3TAN A; 1FW6 A; 3I0S A; 2KZZ A; 3AA5 X; 3HYF A; 3QET A; 1LAW A; 4B1W B; 4IKF A; 1CZ9 A; 3A5M C; 3O9U A; 3F5T A; 5C2D A; 1S1W A; 4JKE A; 3QBW A; 1KVC A; 3PIP L; 4JI0 K; 1CZA N; 4DR4 K; 4EZ9 A; 4JYA K; 3C6T A; 5TKW A; 2YX6 A; 2QI2 A; 4BGA A; 4E7K A; 4DTS A; 1VQK N; 3IAY A; 5JLF A; 2F7T A; 3I0R A; 2LSN A; 3W0L A; 4CEE A; 4LSN A; 3PV8 A; 3V1Q A; 4KI4 A; 1J9A A; 4DTR A; 1K8K A; 5AQV A; 1HPM A; 3TAR A; 3FGU A; 4M3W A; 4B9N A; 3K58 A; 3KK1 A; 4IBN A; 2QXL A; 3BGR A; 4CEB A; 1HJO A; 4DV2 K; 4FLU A; 2WC9 A; 1TV6 A; 4KRE A; 4QS9 A; 3AO3 A; 3KIO A; 4RW9 A; 5FRM A; 1RTJ A; 3SAH A; 2P5O A; 2ZJR L; 2BE2 A; 5BN9 A; 1K8K B; 3O9T A; 2WBN A; 2KKZ A; 1RDU A; 4XIU A; 1KD1 O; 1XQS C; 4Z4C A; 1N34 K; 2PZS A; 1YXQ A; 1Q81 O; 4FPA A; 4DUZ K; 4JKH A; 5JS1 A; 3AAR A; 4HTU A; 4BRH A; 2V7Y A; 3U4L A; 1NGG A; 3DLL L; 1H1V A; 1VQ4 N; 2HHX A; 3VQ9 A; 1RBT A; 4H4O A; 4YOY A; 1RFQ A; 1BQM A; 3A5O C; 1IO2 A; 2A41 A; 1MA9 B; 3HM8 A; 3TI0 A; 4KH5 A; 2UXC K; 4GV3 A; 4DR6 K; 3OYH A; 1I94 K; 2F8T A; 2D0P A; 4EP5 A; 3NMU A; 3SQ4 A; 1SS6 A; 5C10 A; 5ELZ A; 3C6A A; 1RCH A; 4L8R B; 3OTO K; 1GOC A; 2GTD A; 5AJ3 K; 4BR4 A; 1W9H A; 4KRF A; 3RMC A; 4G9Z A; 3QEI A; 2E2Q A; 4E3S A; 1E3M A; 1GLA G; 1NMN A; 4O4G A; 2VGM A; 3VA3 A; 3PO4 A; 1X1P A; 5AQP A; 5AQL A; 4BRP A; 3CC7 N; 4NCB A; 4O55 A; 3AVJ A; 4YOW A; 2R7Y A; 1T3V A; 4IFE A; 3O9R A; 2FSJ A; 3RMB A; 3EY1 A; 2HOE A; 4BR5 A; 1JL2 A; 1SAZ A; 3EO3 A; 4PKG A; 3CQX A; 4CHY A; 3AAQ A; 3ZT0 A; 1C0F A; 2UYT A; 3SCX A; 1Q18 A; 1JLQ A; 3IUC A; 2GEM A; 1YJN N; 2EX3 A; 1VSK A; 4KO0 A; 1HNV A; 1TYQ A; 1QVF M; 5AQQ A; 4FLV A; 3OS2 A; 4H8K A; 5LJV A; 4JRP A; 4H0T B; 3GG4 A; 3O4W A; 3KWG A; 3VF4 A; 4DQ8 A; 1GLC G; 1L3V A; 3VGM A; 3DRR A; 3D2F A; 1SQK A; 4CF9 A; 2Q36 A; 3S9H A; 1J6Z A; 5KPZ A; 1VAZ A; 3CYM A; 4KV8 A; 5GAE P; 1LWC A; 1KAY A; 4IOC L; 1SKW A; 1NWK A; 3TAM A; 4KB1 A; 4B9L A; 3VEN A; 2HMI A; 1WSI A; 1C0T A; 5AQN A; 3QO9 A; 1NGF A; 3TTD A; 1TYQ B; 3WNF A; 3ID8 A; 5LJW A; 2Z1J A; 1YJ9 N; 2OA8 A; 2QWP A; 4FM1 A; 1RDB A; 1M1K O; 3MDQ A; 3VMF B; 4HUF A; 4CK3 A; 1RDW X; 3MWP A; 3CD6 N; 1QHT A; 4CW7 B; 4C1N K; 4Z4I A; 2DTU A; 3LZI A; 1BUP A; 3D2F B; 3WXL A; 5IWA K; 4C8M A; 5EU7 A; 1FJG K; 3M8S A; 4MO5 A; 3QEW A; 4B1Z A; 5AQZ A; 1IBK K; 1RBS A; 4PQU A; 3NF6 A; 3VOV A; 4A62 A; 3PIO L; 3ZT4 A; 4PA1 A; 3FFI A; 5M1K A; 3LWL A; 3CCS N; 1SV5 A; 3K0S A; 4CIF A; 4A57 A; 5BRE A; 4DV4 K; 4ID1 A; 5DMR A; 2DFE A; 3AVK A; 4CHN A; 2VWB A; 2EHG A; 4WQ4 C; 4CES A; 2D4W A; 3NF9 A; 3MXM A; 3NF7 A; 3VQ7 A; 1WSG A; 4IO9 L; 4I2P A; 2VG7 A; 3OJS A; 1Z6R A; 3KK2 A; 1WN7 A; 1NKB A; 4B1U B; 4X65 K; 1HYV A; 3WT0 A; 2PYL A; 4CF8 A; 3P39 A; 4BRQ A; 4DQP A; 5KRT A; 1IKW A; 4ZHR A; 4HWI A; 2QXF A; 4JI7 K; 4BRM A; 2CGK A; 4R79 A; 4B9Q A; 1Q9X A; 3C0B A; 1L3S A; 5AQS A; 1BA0 A; 4Z0U A; 4FW1 A; 3S41 A; 5JLH A; 4OGE A; 1NLV A; 1VQN N; 2Y1J A; 3CCJ N; 3CQY A; 4F9O A; 4BGB A; 3CIP A; 3VF6 A; 2E1Z A; 3IDH A; 3H3O B; 4F3O A; 3OBY A; 1ITG A; 3V9Z A; 4FWR A; 3O3G A; 3FZK A; 4CZE A; 5CHI A; 4CHQ A; 4JHD A; 1HX1 A; 1QZ5 A; 2FSN A; 3O4Q A; 4CGI A; 4UQG A; 4N76 A; 5M1F A; 4EAH D; 4DF4 A; 3CCR N; 4CHZ A; 1RNH A; 4ICL A; 3M6G A; 4HTL A; 3F9M A; 3VEO A; 3HO1 A; 4IEE A; 3VQD A; 4CI6 A; 4B3T K; 4FJ9 A; 2P5G A; 5TKY A; 3THV A; 4E7I A; 4LSL A; 1BO5 O; 4FJ7 A; 1T03 A; 1JL1 A; 4KHQ A; 4U67 L; 4IO8 A; 5FRN A; 4GNI A; 4DTO A; 4H0X B; 2ASP A; 2QK9 A; 4JHD B; 1QQO A; 3OA9 A; 5HL7 L; 1KXP A; 2X78 A; 4M63 C; 1EP4 A; 3ZSX A; 3KLI A; 1W2B M; 4CBU A; 1BDG A; 3THY A; 5JMV A; 5A2Q O; 5AQH A; 1EWR A; 4H5W A; 3ZX3 A; 2CH5 A; 4JI4 K; 1K73 O; 2YJE A; 1ZBS A; 4MO4 A; 2NRW A; 1T6C A; 5SWM A; 5DK5 A; 4QS8 A; 5BRH A; 2XY5 A; 2D0A A; 4BE1 A; 1D8Y A; 3CJ9 A; 3C7N A; 3UIQ A; 4FJX A; 1KVA A; 3KVG A; 3LPU A; 3O6W A; 1G15 A; 3SBG A; 3G4S N; 5KQ8 A; 3D6R A; 5AR0 A; 3ISN C; 3BZK A; 3DLR A; 4FWL A; 4AHV A; 2P9K A; 4CHO A; 3J80 O; 3N4P A; 3B8A X; 3QML A; 1JLG A; 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5BRF A; 3I33 A; 3LAL A; 1T05 A; 3FZL A; 1OH7 A; 2OPP A; 5EY4 A; 1BIZ A; 4CGD A; 5BR9 A; 4FK2 A; 3WQT A; 5KRS A; 4AIL C; 3RRG A; 5DM7 L; 4BC4 A; 4QOZ B; 5HLF A; 1NK0 A; 4B9V A; 1VSE A; 3QIP A; 3LDS A; 2KLA A; 4C8O A; 2QW9 A; 4C8L A; 3HL8 A; 3EN9 A; 1JLB A; 3RRH A; 4EFH A; 4DQI A; 3TPQ A; 3T1H K; 4OLB A; 5BR8 K; 1BU6 O; 2DFH A; 5AQR A; 3HP9 A; 5HRP A; 4IOX A; 1OVQ A; 4O8K A; 4PKI A; 4H0Y B; 3SMP A; 1D9F A; 1NGH A; 3LAM A; 4JK8 A; 1QQN A; 3KTQ A; 3TWH A; 3THW A; 3WUH A; 5BPL A; 1SL1 A; 2F96 A; 1F21 A; 2HBM A; 1KAZ A; 4GVE A; 2X74 A; 4K41 A; 2NUB A; 2YNG A; 4CJW A; 3J7Z O; 3MX2 A; 2ASO A; 1ASV A; 5KGW A; 3HVR A; 4YOR A; 4C8K A; 2OZM A; 2E8A A; 5E26 A; 1S6Q A; 1TAU A; 4DSI A; 3H46 O; 4B08 A; 2XO7 A; 4JI8 K; 1BCO A; 1HQE A; 4Y1D A; 5LMN K; 1CZB A; 4IDK A; 4B9S A; 4FW2 A; 2YKN A; 1MDU B; 4RG8 A; 3THW B; 3K5O A; 1Y97 A; 2YV0 X; 2F8S A; 3ZT3 A; 1QE1 A; 1P8Z A; 1VSJ A; 2D1K A; 5AQK A; 4DV6 K; 3J81 O; 4G1Q A; 4C23 A; 1U49 A; 1QS4 A; 1TKT A; 3AGK A; 3OYE A; 3V9U A; 3ENO A; 4XH5 A; 4BRL A; 2YHB A; 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