The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
132
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structure length |
132
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Chain Sequence |
GSSGSSGSSSSQHFNLNFTITNLPYSQDIAQPSTTKYQQTKRSIENALNQLFRNSSIKSYFSDCQVLAFRSVSNNNNHTGVDSLCNFSPLARRVDRVAIYEEFLRMTHNGTQLLNFTLDRKSVFVDSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| molecule keywords |
hypothetical protein 1110008I14RIK
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| publication title |
Solution structure of the SEA domain from the murine homologue of ovarian cancer antigen CA125 (MUC16)
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
27
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| structure length |
132
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| sequence length |
132
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-04-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01390 | SEA | SEA domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Alpha-Beta Plaits | SEA domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ACM A; 1IVZ A; 2E7V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2AU0 A; 4OHY A; 3TWZ A; 1HBU A; 2XYP B; 1GTH A; 2YWE A; 3FDS A; 3RB3 A; 4NXM F; 2VV5 A; 2E1M C; 5B0A A; 2QRR A; 3OV7 A; 2DTJ A; 2V8D A; 1N36 F; 2QYC A; 2BQU A; 3HO1 A; 4UT4 A; 3HX9 A; 1SVD A; 3CCT A; 1ZZF A; 3MEE B; 1RB0 A; 1P27 B; 3MMB B; 1KVI A; 2K2P A; 3CO0 P; 3MM8 B; 2UV8 G; 1Y11 A; 3QNW B; 4LF9 J; 4ED2 A; 2RS8 A; 2ZOM A; 1R0C B; 4O3O A; 1T11 A; 3QFW A; 1Y10 A; 3W2W A; 2G1D A; 1C0T B; 2XO6 A; 2DY1 A; 1JKH B; 3MAH A; 4NYZ A; 1K8A T; 2BVZ A; 1NSP A; 2AZ1 A; 4GO5 X; 1GXL A; 1T9V A; 1JLG A; 2F63 A; 5BXI A; 3TQE A; 5KG3 A; 2ATC B; 4FF3 A; 1RWK B; 1T94 A; 4BC7 A; 1FEH A; 4IYQ A; 1TFY A; 3O3L A; 4PYA A; 1U09 A; 1FJ7 A; 2KFY A; 1NAQ A; 1CPZ A; 4CT8 A; 4IQX A; 4DSI A; 3KNA A; 4CLS A; 5LMN F; 2ZBI A; 1R43 A; 2YNI B; 4A8Q A; 1RA7 A; 3QJP A; 2BUN A; 2RU3 A; 1S10 A; 4OLP A; 2CQG A; 3WX4 A; 4Z2X A; 1TAQ A; 2WBM A; 3CJ4 A; 4LIR A; 2MY7 A; 4H4M B; 1ZTW A; 3PRV A; 4I64 A; 3OXL A; 3RBX A; 2V9W A; 2HKE A; 3VVT A; 2H65 B; 3B8H A; 4U8Y A; 2PMH A; 2HBY B; 1ZBT A; 4ECS A; 4F04 B; 5B0F A; 3L7O A; 1KLN A; 2B4O A; 3M1V B; 4KH0 B; 3OFG A; 4WKR A; 3D7S B; 1DY3 A; 4LF6 J; 5DDQ C; 2JX2 A; 1YJ7 A; 1Y4Z B; 1U24 A; 1NH7 A; 3I0R B; 1CBK A; 2CQ4 A; 2B8Q A; 1RE1 B; 3CJK A; 2YKN A; 1ULR A; 2DH7 A; 3MD3 A; 4LF1 A; 2RAQ A; 2DHG A; 1CJK B; 2H4Y B; 1WC6 A; 3QT7 A; 3CD5 A; 4B9L A; 4USM A; 4H4K C; 3EVO A; 2AYM A; 5I42 A; 1NJZ A; 1FK9 B; 3ULH A; 1YJW S; 1HMV A; 1APS A; 1XMO F; 1SXL A; 4HH0 A; 4LF5 J; 4ZIT A; 2HK2 A; 4NLU A; 1RTH A; 3BQ2 A; 2K7J A; 1CJU B; 1H6K X; 5JVG Q; 4URG A; 3D2W A; 2K8G A; 1LXJ A; 3TX8 A; 2OP5 A; 5KFR A; 1LV5 A; 3R3T A; 4DS4 A; 2CZV C; 2CWX A; 3T5H A; 4DFM A; 4XDC A; 5D15 A; 3GFZ A; 4P2F A; 4PEO A; 3HSJ A; 3I0S A; 4NLR A; 2V8G A; 1PAU B; 3TUP A; 3N9U C; 4A8X A; 3Q8S B; 2B51 A; 1EKS A; 3OD2 A; 3TQ1 A; 3NLC A; 3T5J A; 1XWL A; 4A46 A; 1X5S A; 1UA1 A; 1X5T A; 1RCX B; 1YJT A; 2CZ9 A; 1IR1 A; 1URN A; 4A8S A; 4WK1 A; 4Y2I A; 2B4P A; 2KHD A; 1FRH A; 4AL7 A; 1CUL A; 2FVP A; 3FZB A; 4BCA A; 3GYX B; 4OYA A; 2E66 A; 1WF2 A; 5HMW A; 2A0F B; 1I94 J; 7FD1 A; 3CUL A; 2QT7 A; 1UVL A; 3ZTP A; 2JEI A; 2C22 A; 1IR2 A; 1SUQ B; 4OI6 A; 4YN3 B; 4UOC A; 3H2L A; 2KFN A; 2YPZ A; 4HTJ A; 4DR4 F; 3K17 A; 1IM6 A; 4WU2 A; 4AXJ A; 3CMQ A; 5D0G A; 3ZC4 A; 3NAI A; 3MPW A; 4LBI A; 3RU0 A; 4HEA 9; 4I1T A; 2IRY A; 5KG7 A; 2CPH A; 2H51 B; 2LXU A; 1S48 A; 3K5M A; 3CMA S; 4YR0 A; 2F65 A; 3TAM A; 2QFI A; 5FD1 A; 1LNQ A; 3WX8 A; 1HYS A; 1NSQ A; 2M0G B; 3D3B J; 2N3O A; 2C2R A; 3GSD A; 2V8P A; 2WVF A; 4X4V A; 5E33 A; 3KK1 A; 3LP0 B; 1Q81 T; 1HPZ A; 1U7L A; 3HZE A; 3MR6 A; 1FRI A; 3PKM A; 2R4F A; 1U6Z A; 3DOL A; 2OPS A; 4OHV A; 1TL3 B; 3DGP A; 2B7B B; 1SJ4 P; 3Q2S C; 3W63 A; 3UFC X; 2ZHA A; 1G6B A; 2ZWO A; 1NB2 A; 1BC6 A; 3QPI A; 2WRM A; 2PE8 A; 1U1M A; 2Y9H A; 3R5A A; 1N6Q A; 2BJ3 A; 5B7W A; 3A3N B; 3UWT A; 2E5J A; 4WJB A; 2APO A; 1YJR A; 2CDQ A; 5HVH A; 3KJV B; 4OI2 A; 1VBY A; 2LQJ A; 3BB5 A; 2VKR A; 3KHH A; 3VR1 A; 2C1E B; 4B3M F; 2VB6 A; 1K1Q A; 2IMO A; 1U1O A; 3MTJ A; 4K4Z A; 4DSJ A; 1CVJ A; 1RGV A; 4F67 A; 1VCT A; 2HYI B; 4GVB B; 1WAC A; 3FRZ A; 4NMX A; 1UET A; 1BQM A; 1M5V C; 5ETQ A; 1FVQ A; 2Z2M A; 2D41 A; 4BS2 A; 4W4M A; 3CW2 C; 4GVL A; 2K1R B; 3NGT A; 3GIR A; 1XK8 A; 2CRL A; 3HFK A; 2HUR A; 2W2N P; 3NMR A; 5HRO A; 1HBO B; 3W8G A; 1CEZ A; 3CCS S; 5AXL A; 4WXO A; 3MM9 B; 4R8U A; 1FKP A; 3SCK E; 2WVD A; 2VG7 B; 2VIC A; 4QZV B; 3DNC A; 4RPF A; 3PR5 B; 4F4X A; 3KLV A; 3OVA A; 2DVI A; 2G0C A; 2GO8 A; 3DYA B; 4PUO B; 1P6T A; 3AT1 B; 3MPU B; 3G6X A; 4NLQ A; 4DPW A; 3TZX A; 1FT8 A; 1GT8 A; 3KDN A; 5F8J A; 1WHW A; 3P4U B; 1FFG B; 3OJU A; 3IAM 9; 4ILM A; 1VHI A; 2M3D A; 1KHW A; 1LOU A; 3HJV A; 3AOD A; 4M95 A; 2ZC4 A; 5CHC B; 2FHO B; 1S7H A; 4KY3 A; 1UVK A; 1VJW A; 1C1B B; 3UNG C; 2MKY A; 3D67 A; 3PAC A; 3QGI A; 3BDE A; 1RWW B; 3CCJ S; 3PDN A; 1LWX A; 5HBM A; 1KN6 A; 4USH A; 3PM9 A; 3M9O B; 4M63 A; 2F5G A; 2ACY A; 2ZVI A; 1HBU B; 2J5A A; 4P74 A; 2W1B A; 3V4M A; 4A8K A; 1FE4 A; 3KLE A; 1T95 A; 1PKU A; 2PC6 A; 1Q53 A; 3BGO P; 4OX8 A; 1TUV A; 2DB1 A; 2GML A; 4DJB A; 2IHR 1; 1PJ5 A; 3DHW C; 2A2C A; 4DV0 J; 4TXS A; 2J0W A; 2CQB A; 2HW3 A; 2FLP A; 1XNQ F; 1WOO A; 4ERD A; 1JIH A; 3IR5 B; 1FDN A; 3OR2 A; 2DGV A; 3MAQ A; 3KG0 A; 3MD1 A; 5GAE I; 2VDI A; 3GPA A; 3W2W B; 5LMU J; 1RT1 A; 1EJ7 L; 4DL5 A; 1B64 A; 2MZ1 A; 2NRE A; 2UUC J; 4QCL A; 3TOQ A; 3FCW A; 1JLG B; 3FQK A; 5EGY A; 1VJQ A; 1T9U A; 1UP1 A; 1SJF A; 3NKY A; 2I6W A; 4NXN F; 3MPD A; 1IBL J; 2ZM6 J; 4JV1 A; 4LFC J; 3CCW A; 3R5G A; 3VAF A; 3O8W A; 1NKC A; 2NZ4 A; 1WTF A; 3GON A; 2UU9 J; 4UY8 T; 4V19 X; 5IT9 U; 1C4C A; 1SB6 A; 2YNH A; 4B3R J; 1REG X; 2VFV A; 3HXM A; 1Q16 B; 1YBU A; 3D68 A; 3B4M A; 2HQD A; 3IRX A; 1VIO A; 4QU6 A; 3S01 A; 5F9L A; 5CD4 H; 2AYB A; 2AP6 A; 1WI6 A; 3KHR A; 1UVM A; 4C3M A; 2XSF A; 4O3R A; 2KYZ A; 3NNA A; 1EAY C; 1SPB P; 1HW9 A; 4ZCK A; 4A48 A; 3R2D J; 2BE2 A; 5MLC V; 3I4P A; 2DNO A; 1S0M A; 3MED A; 4HL9 A; 4NLW A; 2A6M A; 3OFE A; 2XMJ A; 2R8G A; 1NSK L; 1WKJ A; 2VL1 A; 2JL9 A; 3P5T L; 2DRA A; 4LVN P; 2OPP A; 1UA0 A; 2YKM A; 1MLA A; 2LXI A; 3CJK B; 2YKN B; 2F1F A; 4OI3 A; 3IAS 9; 2IPO B; 1CSJ A; 4IRK A; 1U0H A; 1UMJ A; 3CDA A; 1H38 A; 2ASL A; 2PT0 A; 4P75 A; 3U02 A; 3LAK A; 1GMV A; 2QJ3 A; 4X4T A; 2GJI A; 5I42 B; 3DDI A; 4FYY B; 2LVW A; 3KLI A; 2DPI A; 1HMV B; 4ZA1 A; 4FYX B; 4QOT A; 2WK4 A; 4NYO A; 5LT5 A; 4P7V A; 2XS2 A; 2GO9 A; 4Q8F A; 1RTH B; 2ZH2 A; 3Q0A A; 2HHU A; 1T8E A; 4KGM A; 4PKD B; 5KFZ A; 3R9L A; 3F56 A; 3R6L B; 4P73 A; 4NZ0 A; 4A4J A; 4U96 A; 2GCF A; 1T3N A; 2HZC A; 4DEZ A; 3ISZ A; 2OHD A; 4ZJQ A; 2DPJ A; 2QN6 B; 3PYG A; 3I0S B; 3BKT A; 3BKF A; 1RBL A; 6AT1 B; 1U45 A; 4B17 A; 3D9B A; 4ZVP B; 3QAE A; 1FTC A; 4C8N A; 3G6V A; 1RAA B; 4UUW A; 1K47 A; 1NZ8 A; 2DNN A; 1CUL B; 1Q5Y A; 1QM9 A; 5GMD A; 2BYC A; 5E0O A; 5C42 A; 4ZVU B; 2EBE A; 3V6K A; 1QVF R; 2PEB A; 2HQC A; 3M8Q A; 2DIS A; 3DLB A; 5CYQ A; 3VAG A; 3E2E A; 3IXQ A; 1VK3 A; 2YX7 A; 3PX4 A; 2E5L F; 1X4F A; 3R97 A; 4FXV A; 4XIU A; 3R1H A; 2V8V A; 4IUF A; 3R5J B; 3JAM U; 3K5P A; 1Y00 A; 2W8L A; 3TAM B; 5C25 A; 2KI2 A; 2BJ9 A; 4I67 A; 3BO4 A; 1HYS B; 1U0S A; 4YY3 J; 2HVI A; 4J9R A; 2JVR A; 4KPC A; 2YKO A; 3R8Y A; 1S6O A; 1UTA A; 2BQ3 A; 5DM7 Q; 2XI3 A; 4J37 A; 3GG0 A; 4KHM A; 2V34 A; 3H59 A; 4ES3 A; 1S1X A; 4E2F B; 3KK1 B; 4CLZ A; 3OHA A; 1TUG B; 1NK7 A; 1HPZ B; 1UEV A; 5GMK a; 4QWC A; 5RUB A; 1Q86 T; 4RW6 A; 3VAK A; 3LAL A; 4OL8 A; 2MTL A; 3DOL B; 2OPS B; 3VGV A; 3DGP B; 2COL A; 1H73 A; 3TEG A; 1TTH B; 1NK6 A; 2I2Y A; 2AT1 B; 3BGF A; 1FWL A; 1Q8B A; 3MR7 A; 4PG7 A; 2Y1J A; 2AGO A; 3DLK A; 3PJ9 A; 3P45 B; 4KHP F; 1IR0 A; 4OX9 F; 2VPZ B; 1EET A; 3ONQ A; 5KFI A; 1N6Q B; 3G71 S; 5K8O A; 3OL7 A; 2R42 A; 4FF2 A; 3A1Y G; 4CO5 A; 2BE9 B; 1KON A; 1RYS A; 3QGG A; 1SKR A; 4F50 A; 1WUU A; 2U2F A; 3NGD A; 3CNQ P; 2RRA A; 2W7O A; 4IR1 A; 2LFV A; 4X4R A; 3HSG A; 2FLO A; 1ZM3 A; 3MFH A; 3FFI A; 4ECV A; 2OTJ S; 3PVX A; 2WW4 A; 1N34 F; 3S1T A; 4RWX A; 1BQM B; 1H74 A; 2JDJ A; 3NGK A; 4ED7 A; 5KFW A; 1YWX A; 5BYS A; 2ALZ A; 5EDW A; 1RAE B; 1WHY A; 3DDK A; 3JS9 A; 2QL5 B; 2W9A A; 4ER8 A; 1ZA2 B; 4H4K A; 2DR8 A; 2QLW A; 4LFA F; 5HRO B; 4DFK A; 2O01 C; 2K06 A; 1AUS L; 4IRC A; 5KFA A; 4R8U B; 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2JFK A; 1OIA A; 4LRF A; 5CCL A; 4EYH B; 4GRS A; 2IVY A; 2DO0 A; 3M6X A; 2CNL B; 1WSR A; 4ETZ A; 4ZS6 A; 1D8Y A; 5LM7 E; 2IM0 A; 5LSL A; 2FGO A; 1RT5 A; 3CD6 S; 3HHL A; 3C66 A; 2GHP A; 2GHW A; 3SDE A; 1DUR A; 3EGV A; 5KFV A; 4QR1 A; 2YNH B; 1MN7 A; 3TW0 A; 6FDR A; 4B3T F; 1L5U A; 2E44 A; 1UPM B; 3MWB A; 1HNI A; 3TVZ A; 3NP5 A; 3D28 A; 3EM1 A; 1SJ1 A; 3M6V A; 3DN9 A; 2HFN A; 2GVD A; 3IRX B; 3IFE A; 1W25 A; 5LMN J; 2FY8 A; 2XY6 A; 3EDR B; 2LYV A; 4DL0 C; 3PX6 A; 4Y65 A; 3H4D A; 1ZAV A; 3AAW B; 3ADA C; 3DLG A; 5E2Q A; 3I32 A; 5DLF A; 1X4D A; 2I8E A; 1RHQ B; 2E7V A; 2J0X A; 3AXM A; 3VHQ A; 2VD3 A; 2BE2 B; 3AB4 B; 3CD0 A; 4GC6 A; 1H0H B; 1GXU A; 3MM5 A; 1OS5 A; 3TZZ A; 3R5C A; 1X0P A; 2ZDO A; 3MED B; 1S12 A; 3WQP A; 1IBM F; 2RH3 A; 4EUV A; 3OHB A; 4ED5 A; 2XY5 A; 3RR7 A; 2UXC J; 2H5I B; 2QMX A; 4KTQ A; 5F41 A; 1G7C B; 2IBO A; 2OPP B; 2YKM B; 5F8G A; 5M2R A; 2A18 A; 3W9J A; 2D7S A; 3T19 A; 3EVM A; 1Q8K A; 1U0H B; 1SL2 A; 2G2Y A; 1GX5 A; 4CIO A; 2EVZ A; 4QWD A; 2C2M B; 2CJB A; 2BAN A; 2N7Y A; 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