1JJ2K

Fully refined crystal structure of the haloarcula marismortui large ribosomal subunit at 2.4 angstrom resolution
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The kink-turn: a new RNA secondary structure motif.
pubmed doi rcsb
total genus 29
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-07-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
K PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1jj2K02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1jj2K01
1VQ8O 1VQ4L 3CCEL 1Q81P 1YHQO 1VQKO 3CCLL 1VQMO 1Q86M 2QEXL 3CCUO 1Q82P 3I55L 1K9MM 3G71O 3CMAL 1YIJO 3CPWK 1YJ9L 1Q82M 1VQOL 1YJNL 1VQ4O 3CCRL 3CCEO 3OW2K 3G4SL 1N8RM 3CCLO 3CXCN 3G6EL 3OW2N 3I55O 1VQ7L 3CCJL 3CMAO 1W2BN 1KC8M 1M1KM 1YJ9O 1S72L 2OTLL 1VQNL 1M90P 1VQ6L 1VQOO 1VQLL 3CD6L 1Q81M 1NJIP 1YJNO 1M90M 1JJ2N 2OTJL 3CCRO 3G4SO 2QA4L 1KQSK 3CC7L 1K73P 3G6EO 1VQ7O 3CCJO 1KQSN 3CC2L 3CXCK 1S72O 2OTLO 3CCML 1W2BK 1VQNO 1VQPL 1QVFN 1VQ6O 1VQLO 3CD6O 1Q7YP 2OTJO 1YITL 1QVGN 2QA4O 1JJ2K 3CC7O 3CCQL 3CC2O 3CMEL 3CCMO 1NJIM 1VQPO 1K8AP 3CC4L 1VQ5L 1YJWL 1QVFK 1VQ9L 1K73M 1YITO 1Q86P 3CCVL 1YI2L 3CCQO 1K9MP 1QVGK 3I56L 3CCSL 3CMEO 1Q7YM 1VQ8L 3CC4O 1YHQL 1VQ5O 1VQKL 1YJWO 1VQML 3CPWN 3CCUL 1VQ9O 3G71L 1YIJL 1N8RP 3CCVO 1YI2O 1KD1P 1KC8P 1M1KP 1K8AM 2QEXO 3I56O 1KD1M 3CCSO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ8O 1VQ4L 3CCEL 1Q81P 1YHQO 1VQKO 3CCLL 1VQMO 1Q86M 2QEXL 3CCUO 1Q82P 3I55L 4W8KA 1K9MM 3G71O 3CMAL 1YIJO 3CPWK 1YJ9L 1Q82M 1VQOL 5DS5A 4WJ0A 1YJNL 1VQ4O 3CCRL 3CCEO 3OW2K 3G4SL 1N8RM 3CCLO 3CXCN 3G6EL 3OW2N 3I55O 1VQ7L 3CCJL 3CMAO 1W2BN 1KC8M 1M1KM 1YJ9O 1S72L 2OTLL 5DLJA 1VQNL 1M90P 1VQ6L 1VQOO 1VQLL 3CD6L 1Q81M 1NJIP 1YJNO 1M90M 1JJ2N 2OTJL 3CCRO 3G4SO 2QA4L 1KQSK 3CC7L 1K73P 3G6EO 1VQ7O 3CCJO 1KQSN 3CC2L 5DQZA 4N06A 3CXCK 1S72O 2OTLO 3CCML 1W2BK 1VQNO 1VQPL 1QVFN 1VQ6O 1VQLO 3CD6O 1Q7YP 2OTJO 1YITL 1QVGN 2QA4O 1JJ2K 3CC7O 3CCQL 5DQTA 3CC2O 4XTKA 3CMEL 3CCMO 4P6IC 1NJIM 1VQPO 1K8AP 3CC4L 3GODA 1VQ5L 1YJWL 5DS4A 1QVFK 1VQ9L 1K73M 4QDLA 1YITO 1Q86P 3CCVL 1YI2L 3CCQO 1K9MP 1QVGK 3I56L 3CCSL 3CMEO 1Q7YM 3NKDA 1VQ8L 3CC4O 1YHQL 1VQ5O 1VQKL 1YJWO 1VQML 3CPWN 3CCUL 1VQ9O 3G71L 1YIJL 1N8RP 3CCVO 1YI2O 1KD1P 5DS6A 1KC8P 1M1KP 1K8AM 5FCLA 2YZSA 3I56O 2QEXO 1KD1M 3CCSO
chains in the Genus database with same CATH topology
1VQ8O 1VQ4L 3CCEL 1Q81P 1YHQO 1VQKO 3CCLL 1VQMO 1Q86M 2QEXL 3CCUO 1Q82P 3I55L 4W8KA 1K9MM 3G71O 3CMAL 1YIJO 3CPWK 1YJ9L 1Q82M 1VQOL 5DS5A 4WJ0A 1YJNL 1VQ4O 3CCRL 3CCEO 3OW2K 3G4SL 1N8RM 3CCLO 3CXCN 3G6EL 3OW2N 3I55O 1VQ7L 3CCJL 3CMAO 1W2BN 1KC8M 1M1KM 1YJ9O 1S72L 2OTLL 5DLJA 1VQNL 1M90P 1VQ6L 1VQOO 1VQLL 3CD6L 1Q81M 1NJIP 1YJNO 1M90M 1JJ2N 2OTJL 3CCRO 3G4SO 2QA4L 1KQSK 3CC7L 1K73P 3G6EO 1VQ7O 3CCJO 1KQSN 3CC2L 5DQZA 4N06A 3CXCK 1S72O 2OTLO 3CCML 1W2BK 1VQNO 1VQPL 1QVFN 1VQ6O 1VQLO 3CD6O 1Q7YP 2OTJO 1YITL 1QVGN 2QA4O 1JJ2K 3CC7O 3CCQL 5DQTA 3CC2O 4XTKA 3CMEL 3CCMO 4P6IC 1NJIM 1VQPO 1K8AP 3CC4L 3GODA 1VQ5L 1YJWL 5DS4A 1QVFK 1VQ9L 1K73M 4QDLA 1YITO 1Q86P 3CCVL 1YI2L 3CCQO 1K9MP 1QVGK 3I56L 3CCSL 3CMEO 1Q7YM 3NKDA 1VQ8L 3CC4O 1YHQL 1VQ5O 1VQKL 1YJWO 1VQML 3CPWN 3CCUL 1VQ9O 3G71L 1YIJL 1N8RP 3CCVO 1YI2O 1KD1P 5DS6A 1KC8P 1M1KP 1K8AM 5FCLA 2YZSA 3I56O 2QEXO 1KD1M 3CCSO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VQ8 O;  1VQ4 L;  3CCE L;  1Q81 P;  1YHQ O;  1VQK O;  3CCL L;  1VQM O;  1Q86 M;  2QEX L;  3CCU O;  1Q82 P;  3I55 L;  1K9M M;  3G71 O;  3CMA L;  1YIJ O;  3CPW K;  1YJ9 L;  1Q82 M;  1VQO L;  1YJN L;  1VQ4 O;  3CCR L;  3CCE O;  3OW2 K;  3G4S L;  1N8R M;  3CCL O;  3CXC N;  3G6E L;  3OW2 N;  3I55 O;  1VQ7 L;  3CCJ L;  3CMA O;  1W2B N;  1KC8 M;  1M1K M;  1YJ9 O;  1S72 L;  2OTL L;  1VQN L;  1M90 P;  1VQ6 L;  1VQO O;  1VQL L;  3CD6 L;  1Q81 M;  1NJI P;  1YJN O;  1M90 M;  1JJ2 N;  2OTJ L;  3CCR O;  3G4S O;  2QA4 L;  1KQS K;  3CC7 L;  1K73 P;  3G6E O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  1KQS N;  3CC2 L;  3CXC K;  1S72 O;  2OTL O;  3CCM L;  1W2B K;  1VQN O;  1VQP L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1VQL O;  3CD6 O;  1Q7Y P;  2OTJ O;  1YIT L;  1QVG N;  2QA4 O;  1JJ2 K;  3CC7 O;  3CCQ L;  3CC2 O;  3CME L;  3CCM O;  1NJI M;  1VQP O;  1K8A P;  3CC4 L;  1VQ5 L;  1YJW L;  1QVF K;  1VQ9 L;  1K73 M;  1YIT O;  1Q86 P;  3CCV L;  1YI2 L;  3CCQ O;  1K9M P;  1QVG K;  3I56 L;  3CCS L;  3CME O;  1Q7Y M;  1VQ8 L;  3CC4 O;  1YHQ L;  1VQ5 O;  1VQK L;  1YJW O;  1VQM L;  3CPW N;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G71 L;  1YIJ L;  1N8R P;  3CCV O;  1YI2 O;  1KD1 P;  1KC8 P;  1M1K P;  1K8A M;  2QEX O;  3I56 O;  1KD1 M;  3CCS O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQ8 O;  1VQ4 L;  3CCE L;  1Q81 P;  1YHQ O;  1VQK O;  3CCL L;  1VQM O;  1Q86 M;  2QEX L;  3CCU O;  1Q82 P;  3I55 L;  4W8K A;  1K9M M;  3G71 O;  3CMA L;  1YIJ O;  3CPW K;  1YJ9 L;  1Q82 M;  1VQO L;  5DS5 A;  4WJ0 A;  1YJN L;  1VQ4 O;  3CCR L;  3CCE O;  3OW2 K;  3G4S L;  1N8R M;  3CCL O;  3CXC N;  3G6E L;  3OW2 N;  3I55 O;  1VQ7 L;  3CCJ L;  3CMA O;  1W2B N;  1KC8 M;  1M1K M;  1YJ9 O;  1S72 L;  2OTL L;  5DLJ A;  1VQN L;  1M90 P;  1VQ6 L;  1VQO O;  1VQL L;  3CD6 L;  1Q81 M;  1NJI P;  1YJN O;  1M90 M;  1JJ2 N;  2OTJ L;  3CCR O;  3G4S O;  2QA4 L;  1KQS K;  3CC7 L;  1K73 P;  3G6E O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  1KQS N;  3CC2 L;  5DQZ A;  4N06 A;  3CXC K;  1S72 O;  2OTL O;  3CCM L;  1W2B K;  1VQN O;  1VQP L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1VQL O;  3CD6 O;  1Q7Y P;  2OTJ O;  1YIT L;  1QVG N;  2QA4 O;  1JJ2 K;  3CC7 O;  3CCQ L;  5DQT A;  3CC2 O;  4XTK A;  3CME L;  3CCM O;  4P6I C;  1NJI M;  1VQP O;  1K8A P;  3CC4 L;  3GOD A;  1VQ5 L;  1YJW L;  5DS4 A;  1QVF K;  1VQ9 L;  1K73 M;  4QDL A;  1YIT O;  1Q86 P;  3CCV L;  1YI2 L;  3CCQ O;  1K9M P;  1QVG K;  3I56 L;  3CCS L;  3CME O;  1Q7Y M;  3NKD A;  1VQ8 L;  3CC4 O;  1YHQ L;  1VQ5 O;  1VQK L;  1YJW O;  1VQM L;  3CPW N;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G71 L;  1YIJ L;  1N8R P;  3CCV O;  1YI2 O;  1KD1 P;  5DS6 A;  1KC8 P;  1M1K P;  1K8A M;  5FCL A;  2YZS A;  3I56 O;  2QEX O;  1KD1 M;  3CCS O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1VQ8 O;  1VQ4 L;  3CCE L;  1Q81 P;  1YHQ O;  1VQK O;  3CCL L;  1VQM O;  1Q86 M;  2QEX L;  3CCU O;  1Q82 P;  3I55 L;  4W8K A;  1K9M M;  3G71 O;  3CMA L;  1YIJ O;  3CPW K;  1YJ9 L;  1Q82 M;  1VQO L;  5DS5 A;  4WJ0 A;  1YJN L;  1VQ4 O;  3CCR L;  3CCE O;  3OW2 K;  3G4S L;  1N8R M;  3CCL O;  3CXC N;  3G6E L;  3OW2 N;  3I55 O;  1VQ7 L;  3CCJ L;  3CMA O;  1W2B N;  1KC8 M;  1M1K M;  1YJ9 O;  1S72 L;  2OTL L;  5DLJ A;  1VQN L;  1M90 P;  1VQ6 L;  1VQO O;  1VQL L;  3CD6 L;  1Q81 M;  1NJI P;  1YJN O;  1M90 M;  1JJ2 N;  2OTJ L;  3CCR O;  3G4S O;  2QA4 L;  1KQS K;  3CC7 L;  1K73 P;  3G6E O;  1VQ7 O;  3CCJ O;  1KQS N;  3CC2 L;  5DQZ A;  4N06 A;  3CXC K;  1S72 O;  2OTL O;  3CCM L;  1W2B K;  1VQN O;  1VQP L;  1QVF N;  1VQ6 O;  1VQL O;  3CD6 O;  1Q7Y P;  2OTJ O;  1YIT L;  1QVG N;  2QA4 O;  1JJ2 K;  3CC7 O;  3CCQ L;  5DQT A;  3CC2 O;  4XTK A;  3CME L;  3CCM O;  4P6I C;  1NJI M;  1VQP O;  1K8A P;  3CC4 L;  3GOD A;  1VQ5 L;  1YJW L;  5DS4 A;  1QVF K;  1VQ9 L;  1K73 M;  4QDL A;  1YIT O;  1Q86 P;  3CCV L;  1YI2 L;  3CCQ O;  1K9M P;  1QVG K;  3I56 L;  3CCS L;  3CME O;  1Q7Y M;  3NKD A;  1VQ8 L;  3CC4 O;  1YHQ L;  1VQ5 O;  1VQK L;  1YJW O;  1VQM L;  3CPW N;  3CCU L;  1VQ9 O;  3G71 L;  1YIJ L;  1N8R P;  3CCV O;  1YI2 O;  1KD1 P;  5DS6 A;  1KC8 P;  1M1K P;  1K8A M;  5FCL A;  2YZS A;  3I56 O;  2QEX O;  1KD1 M;  3CCS O; 
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