1KD1M

Co-crystal structure of spiramycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 32
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1kd1M02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1kd1M01
3CMAL 3G6EL 3CCJO 1K8AM 1Q82P 3CC2O 1Q86M 3I56O 1QVFN 1YIJL 3CPWN 1Q7YM 1Q81P 3CCRL 1VQNL 3CCUO 1N8RP 3CCML 2OTJO 1VQ5L 3CD6L 1K73P 1Q82M 1QVGN 1S72L 1YHQO 1VQMO 1Q81M 3CC7L 1VQPL 3CCSL 1VQ9L 3CCEL 1N8RM 1KC8P 1K73M 3G6EO 3I55O 2OTLO 1QVGK 3CCQO 1KD1P 1YITO 1M90P 1VQNO 3G4SO 1KC8M 1YJ9L 1VQKO 3CCMO 3CMEL 3G71O 2QA4O 1NJIP 1K9MP 3CCLO 1VQ6L 3OW2N 3CCVO 2QEXL 1VQLL 1YI2O 1YJNL 3CC4O 3CCJL 1YJWL 1KD1M 1VQ8L 1M90M 1VQ9O 3CC2L 1VQOL 3CXCK 3I56L 1NJIM 1K9MM 3CMAO 1VQ7L 3CXCN 1JJ2N 1YIJO 2OTJL 3OW2K 3CCRO 1YHQL 1Q86P 1VQ5O 1VQ4L 3CD6O 1Q7YP 1VQ6O 1KQSK 1S72O 1M1KP 3CC7O 1VQPO 3CCSO 1YJWO 1VQ8O 1JJ2K 1VQOO 3CCEO 1KQSN 3I55L 2OTLL 3CCQL 1YITL 3CCUL 1VQ7O 1M1KM 3G4SL 1VQKL 3CCLL 3G71L 2QA4L 1W2BK 1K8AP 3CCVL 1YJ9O 1YI2L 1VQML 3CC4L 3CMEO 1VQ4O 1QVFK 1W2BN 2QEXO 1VQLO 3CPWK 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMAL 3G6EL 3CCJO 1K8AM 1Q82P 3CC2O 1Q86M 3I56O 5DS5A 1QVFN 1YIJL 3GODA 3CPWN 1Q7YM 1Q81P 3CCRL 1VQNL 3CCUO 1N8RP 3CCML 2OTJO 1VQ5L 3CD6L 1K73P 1Q82M 1QVGN 4WJ0A 1S72L 5DS4A 1YHQO 1VQMO 1Q81M 2YZSA 3CC7L 1VQPL 3CCSL 1VQ9L 3CCEL 1N8RM 4N06A 1KC8P 1K73M 3G6EO 3I55O 2OTLO 1QVGK 3CCQO 1KD1P 1YITO 1M90P 1VQNO 3G4SO 1KC8M 1YJ9L 1VQKO 3CCMO 3CMEL 3G71O 2QA4O 1NJIP 1K9MP 3CCLO 1VQ6L 3OW2N 4W8KA 3CCVO 3NKDA 5DQTA 2QEXL 1VQLL 1YI2O 1YJNL 3CC4O 3CCJL 1YJWL 1KD1M 1VQ8L 1M90M 1VQ9O 3CC2L 1VQOL 3CXCK 3I56L 5DS6A 1NJIM 1K9MM 3CMAO 1VQ7L 3CXCN 1JJ2N 1YIJO 2OTJL 5FCLA 3OW2K 3CCRO 4XTKA 1YHQL 1Q86P 4QDLA 1VQ5O 1VQ4L 3CD6O 1Q7YP 1VQ6O 1KQSK 1S72O 1M1KP 3CC7O 1VQPO 3CCSO 1YJWO 1VQ8O 1JJ2K 5DLJA 1VQOO 3CCEO 4P6IC 1KQSN 3I55L 2OTLL 5DQZA 3CCQL 1YITL 3CCUL 1VQ7O 1M1KM 3G4SL 1VQKL 3CCLL 3G71L 2QA4L 1W2BK 1K8AP 3CCVL 1YJ9O 1YI2L 1VQML 3CC4L 3CMEO 1VQ4O 1QVFK 1W2BN 2QEXO 1VQLO 3CPWK 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CMAL 3G6EL 3CCJO 1K8AM 1Q82P 3CC2O 1Q86M 3I56O 5DS5A 1QVFN 1YIJL 3GODA 3CPWN 1Q7YM 1Q81P 3CCRL 1VQNL 3CCUO 1N8RP 3CCML 2OTJO 1VQ5L 3CD6L 1K73P 1Q82M 1QVGN 4WJ0A 1S72L 5DS4A 1YHQO 1VQMO 1Q81M 2YZSA 3CC7L 1VQPL 3CCSL 1VQ9L 3CCEL 1N8RM 4N06A 1KC8P 1K73M 3G6EO 3I55O 2OTLO 1QVGK 3CCQO 1KD1P 1YITO 1M90P 1VQNO 3G4SO 1KC8M 1YJ9L 1VQKO 3CCMO 3CMEL 3G71O 2QA4O 1NJIP 1K9MP 3CCLO 1VQ6L 3OW2N 4W8KA 3CCVO 3NKDA 5DQTA 2QEXL 1VQLL 1YI2O 1YJNL 3CC4O 3CCJL 1YJWL 1KD1M 1VQ8L 1M90M 1VQ9O 3CC2L 1VQOL 3CXCK 3I56L 5DS6A 1NJIM 1K9MM 3CMAO 1VQ7L 3CXCN 1JJ2N 1YIJO 2OTJL 5FCLA 3OW2K 3CCRO 4XTKA 1YHQL 1Q86P 4QDLA 1VQ5O 1VQ4L 3CD6O 1Q7YP 1VQ6O 1KQSK 1S72O 1M1KP 3CC7O 1VQPO 3CCSO 1YJWO 1VQ8O 1JJ2K 5DLJA 1VQOO 3CCEO 4P6IC 1KQSN 3I55L 2OTLL 5DQZA 3CCQL 1YITL 3CCUL 1VQ7O 1M1KM 3G4SL 1VQKL 3CCLL 3G71L 2QA4L 1W2BK 1K8AP 3CCVL 1YJ9O 1YI2L 1VQML 3CC4L 3CMEO 1VQ4O 1QVFK 1W2BN 2QEXO 1VQLO 3CPWK 1YJNO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CMA L;  3G6E L;  3CCJ O;  1K8A M;  1Q82 P;  3CC2 O;  1Q86 M;  3I56 O;  1QVF N;  1YIJ L;  3CPW N;  1Q7Y M;  1Q81 P;  3CCR L;  1VQN L;  3CCU O;  1N8R P;  3CCM L;  2OTJ O;  1VQ5 L;  3CD6 L;  1K73 P;  1Q82 M;  1QVG N;  1S72 L;  1YHQ O;  1VQM O;  1Q81 M;  3CC7 L;  1VQP L;  3CCS L;  1VQ9 L;  3CCE L;  1N8R M;  1KC8 P;  1K73 M;  3G6E O;  3I55 O;  2OTL O;  1QVG K;  3CCQ O;  1KD1 P;  1YIT O;  1M90 P;  1VQN O;  3G4S O;  1KC8 M;  1YJ9 L;  1VQK O;  3CCM O;  3CME L;  3G71 O;  2QA4 O;  1NJI P;  1K9M P;  3CCL O;  1VQ6 L;  3OW2 N;  3CCV O;  2QEX L;  1VQL L;  1YI2 O;  1YJN L;  3CC4 O;  3CCJ L;  1YJW L;  1KD1 M;  1VQ8 L;  1M90 M;  1VQ9 O;  3CC2 L;  1VQO L;  3CXC K;  3I56 L;  1NJI M;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ7 L;  3CXC N;  1JJ2 N;  1YIJ O;  2OTJ L;  3OW2 K;  3CCR O;  1YHQ L;  1Q86 P;  1VQ5 O;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q7Y P;  1VQ6 O;  1KQS K;  1S72 O;  1M1K P;  3CC7 O;  1VQP O;  3CCS O;  1YJW O;  1VQ8 O;  1JJ2 K;  1VQO O;  3CCE O;  1KQS N;  3I55 L;  2OTL L;  3CCQ L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQ7 O;  1M1K M;  3G4S L;  1VQK L;  3CCL L;  3G71 L;  2QA4 L;  1W2B K;  1K8A P;  3CCV L;  1YJ9 O;  1YI2 L;  1VQM L;  3CC4 L;  3CME O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  1VQL O;  3CPW K;  1YJN O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CMA L;  3G6E L;  3CCJ O;  1K8A M;  1Q82 P;  3CC2 O;  1Q86 M;  3I56 O;  5DS5 A;  1QVF N;  1YIJ L;  3GOD A;  3CPW N;  1Q7Y M;  1Q81 P;  3CCR L;  1VQN L;  3CCU O;  1N8R P;  3CCM L;  2OTJ O;  1VQ5 L;  3CD6 L;  1K73 P;  1Q82 M;  1QVG N;  4WJ0 A;  1S72 L;  5DS4 A;  1YHQ O;  1VQM O;  1Q81 M;  2YZS A;  3CC7 L;  1VQP L;  3CCS L;  1VQ9 L;  3CCE L;  1N8R M;  4N06 A;  1KC8 P;  1K73 M;  3G6E O;  3I55 O;  2OTL O;  1QVG K;  3CCQ O;  1KD1 P;  1YIT O;  1M90 P;  1VQN O;  3G4S O;  1KC8 M;  1YJ9 L;  1VQK O;  3CCM O;  3CME L;  3G71 O;  2QA4 O;  1NJI P;  1K9M P;  3CCL O;  1VQ6 L;  3OW2 N;  4W8K A;  3CCV O;  3NKD A;  5DQT A;  2QEX L;  1VQL L;  1YI2 O;  1YJN L;  3CC4 O;  3CCJ L;  1YJW L;  1KD1 M;  1VQ8 L;  1M90 M;  1VQ9 O;  3CC2 L;  1VQO L;  3CXC K;  3I56 L;  5DS6 A;  1NJI M;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ7 L;  3CXC N;  1JJ2 N;  1YIJ O;  2OTJ L;  5FCL A;  3OW2 K;  3CCR O;  4XTK A;  1YHQ L;  1Q86 P;  4QDL A;  1VQ5 O;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q7Y P;  1VQ6 O;  1KQS K;  1S72 O;  1M1K P;  3CC7 O;  1VQP O;  3CCS O;  1YJW O;  1VQ8 O;  1JJ2 K;  5DLJ A;  1VQO O;  3CCE O;  4P6I C;  1KQS N;  3I55 L;  2OTL L;  5DQZ A;  3CCQ L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQ7 O;  1M1K M;  3G4S L;  1VQK L;  3CCL L;  3G71 L;  2QA4 L;  1W2B K;  1K8A P;  3CCV L;  1YJ9 O;  1YI2 L;  1VQM L;  3CC4 L;  3CME O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  1VQL O;  3CPW K;  1YJN O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CMA L;  3G6E L;  3CCJ O;  1K8A M;  1Q82 P;  3CC2 O;  1Q86 M;  3I56 O;  5DS5 A;  1QVF N;  1YIJ L;  3GOD A;  3CPW N;  1Q7Y M;  1Q81 P;  3CCR L;  1VQN L;  3CCU O;  1N8R P;  3CCM L;  2OTJ O;  1VQ5 L;  3CD6 L;  1K73 P;  1Q82 M;  1QVG N;  4WJ0 A;  1S72 L;  5DS4 A;  1YHQ O;  1VQM O;  1Q81 M;  2YZS A;  3CC7 L;  1VQP L;  3CCS L;  1VQ9 L;  3CCE L;  1N8R M;  4N06 A;  1KC8 P;  1K73 M;  3G6E O;  3I55 O;  2OTL O;  1QVG K;  3CCQ O;  1KD1 P;  1YIT O;  1M90 P;  1VQN O;  3G4S O;  1KC8 M;  1YJ9 L;  1VQK O;  3CCM O;  3CME L;  3G71 O;  2QA4 O;  1NJI P;  1K9M P;  3CCL O;  1VQ6 L;  3OW2 N;  4W8K A;  3CCV O;  3NKD A;  5DQT A;  2QEX L;  1VQL L;  1YI2 O;  1YJN L;  3CC4 O;  3CCJ L;  1YJW L;  1KD1 M;  1VQ8 L;  1M90 M;  1VQ9 O;  3CC2 L;  1VQO L;  3CXC K;  3I56 L;  5DS6 A;  1NJI M;  1K9M M;  3CMA O;  1VQ7 L;  3CXC N;  1JJ2 N;  1YIJ O;  2OTJ L;  5FCL A;  3OW2 K;  3CCR O;  4XTK A;  1YHQ L;  1Q86 P;  4QDL A;  1VQ5 O;  1VQ4 L;  3CD6 O;  1Q7Y P;  1VQ6 O;  1KQS K;  1S72 O;  1M1K P;  3CC7 O;  1VQP O;  3CCS O;  1YJW O;  1VQ8 O;  1JJ2 K;  5DLJ A;  1VQO O;  3CCE O;  4P6I C;  1KQS N;  3I55 L;  2OTL L;  5DQZ A;  3CCQ L;  1YIT L;  3CCU L;  1VQ7 O;  1M1K M;  3G4S L;  1VQK L;  3CCL L;  3G71 L;  2QA4 L;  1W2B K;  1K8A P;  3CCV L;  1YJ9 O;  1YI2 L;  1VQM L;  3CC4 L;  3CME O;  1VQ4 O;  1QVF K;  1W2B N;  2QEX O;  1VQL O;  3CPW K;  1YJN O; 
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