The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
84
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structure length |
84
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Chain Sequence |
CKEEKQKVIQEFARFPGDTGSTEVQVALLTLRINRLSEHLKVHKKDHHSHRGLLMMVGQRRRLLRYLQREDPERYRALIEKLGI
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA FRAGMENT
|
| publication title |
Role of N-terminal helix in interaction of ribosomal protein S15 with 16S rRNA.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Thermus thermophilus
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| total genus |
27
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| structure length |
84
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| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-01-22 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | S15/NS1, RNA-binding |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1XEQ A; 1IBL O; 4LF4 O; 4JI6 O; 1HNW O; 1D2D A; 4DR7 O; 1J5E O; 1HNZ O; 3J7A U; 5LMU O; 2F4V O; 5FLX N; 4OX9 O; 4DV5 O; 4DV4 O; 4NXN O; 1N36 O; 5H5N A; 5IWA O; 4JI1 O; 4JI8 O; 1AIL A; 4LFC O; 3T1Y O; 4B3R O; 4B3M O; 3J80 N; 2HHH O; 3RT3 C; 4JI3 O; 4DR1 O; 2JRI A; 4DR3 O; 1KUQ A; 4JI5 O; 1HR0 O; 4DV1 O; 2N74 A; 1XMQ O; 1XNQ O; 4JI7 O; 4DR6 O; 2FKX A; 1R1B A; 3F5T A; 4LFB O; 2UUB O; 4DV3 O; 1FJG O; 1IBM O; 3T1H O; 1NS1 A; 4LF7 O; 2Z0A A; 4DR2 O; 4DV6 O; 2VQF O; 4LF8 O; 5A2Q N; 4DV2 O; 4LF6 O; 4LF5 O; 4KHP O; 1AB3 A; 4OPA A; 4X65 O; 2ZM6 O; 4DR4 O; 4DV0 O; 1N34 O; 4JV5 O; 4DR5 O; 1N32 O; 2LW7 A; 5BXZ A; 2UXD O; 4LFA O; 4B3S O; 2DOS A; 4X64 O; 2E5L O; 1XMO O; 1N33 O; 2UUC O; 1I94 O; 3SDL A; 4DUZ O; 1FYJ A; 1DK1 A; 4YY3 O; 4DUY O; 2VQE O; 4JI2 O; 3R66 A; 5LMN O; 5LL6 Y; 4NXM O; 1XNR O; 1F7Y A; 2UXC O; 2UUA O; 4OPH A; 1FKA O; 4AQY O; 4B3T O; 4JI4 O; 2ZKO A; 5IT9 N; 5BY1 A; 4A5U B; 4DV7 O; 4K0K O; 4LF9 O; 1IBK O; 3OTO O; 4GKK O; 4GKJ O; 4JYA O; 2DJV A; 4X66 O; 4JI0 O; 1YZB A; 4YHH O; 4X62 O; 1X59 A; 2UU9 O; 3J81 N; 2UXB O; 1A32 A; 3M8A A; 1R6T A; 3JAM N; 5BR8 O; 1HNX O; 1G1X B; 2AGA A; 3O65 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IL6 Z; 4O2B B; 1VF6 A; 3SJC C; 4FM0 A; 2XT9 A; 5FLX N; 2B1I A; 3X2Q B; 3GVM A; 1ENV A; 2P67 A; 5LHG A; 4FPP A; 3AG1 B; 1WNS A; 2RQ6 A; 1QU7 A; 2ZR2 A; 5IWA O; 2UXX A; 3UKM A; 5CA1 B; 4E4E A; 4G2K A; 4FM2 A; 2BOC C; 2KG7 A; 1TGO A; 1WPX A; 3RVY A; 5L3B A; 5E1A C; 3HKD A; 3EFF K; 1FPO A; 4I50 B; 4LFC B; 1QLE B; 4LFB O; 5LGT A; 2ZE5 A; 3DTU B; 5KUK A; 4B3M B; 4AIL C; 2JJ2 G; 1URF A; 5CMU A; 4EB6 B; 2VQF O; 5JJE B; 2BCC H; 3RWR D; 5C93 A; 2BE3 A; 2P6J A; 4OPA A; 2P90 A; 4QE7 A; 4W4L A; 1N34 O; 2A7W A; 2W0F C; 3N2G B; 2HVJ C; 1Q90 D; 3DSQ A; 1SES A; 4LH7 A; 3JD1 A; 3LDD A; 3HKC B; 2UUC O; 4PEL A; 3OUS A; 3JAL A; 5KUM A; 4YY3 O; 2VQE O; 5LL6 Y; 2P06 A; 2BTO A; 4UCV A; 1E79 G; 3AEI A; 3EXA A; 4CH5 A; 3ZHQ A; 5B3S C; 3EHB B; 1NH2 B; 4XDK A; 5IDJ A; 2WAM A; 4X66 O; 3UO3 A; 3UO2 A; 1D5A A; 3ZRW A; 4Z2W A; 4LF9 B; 2YUA A; 5CB4 B; 3THO A; 2OIE A; 5K1P A; 3O65 A; 3K0G A; 2RN9 A; 1JMK C; 3I56 V; 1Z5V A; 3IJ4 A; 2KG7 B; 2JGD B; 3K0D A; 4Q6G A; 2Y0P A; 4F4L A; 3BAB A; 5F2V O; 5B1O A; 3HKD B; 3ZHS A; 2ZQM A; 3ZJZ A; 4L87 A; 2HLD G; 2QM8 A; 4WFG A; 2XAH A; 4DR7 B; 4JGS A; 2K1E A; 3CXC U; 5JCO A; 3U10 A; 1M90 W; 1NT2 B; 2CDY A; 4KFM A; 1XNQ O; 1JQ0 A; 3B40 A; 3LDE A; 2JJ1 G; 4YJ2 A; 4DXW A; 5EIB D; 3I55 V; 4PDR A; 3JAL B; 3T2M A; 1KC8 W; 2X7R B; 3WG7 B; 4LF7 O; 4X88 A; 1GN6 A; 2X0L A; 1OV9 A; 3CCJ V; 1SQF A; 4ZHQ A; 2Y0I A; 4KHP O; 3AK2 A; 1D5N A; 1EBO A; 4JV5 O; 4DR5 O; 2CTR A; 1JPX A; 5KHI A; 2GV9 A; 2QTO A; 4CS2 A; 1KB9 F; 3G80 A; 5LYJ A; 4X64 O; 1BQZ A; 4UVA A; 2Y4T A; 4X65 B; 2YXL A; 2RMK B; 3ZRW B; 3MAQ A; 1OCZ B; 1DGS A; 4MTG A; 1XNR O; 1B06 A; 4FFB A; 4JTD B; 4HNA A; 4MVQ A; 1V9P A; 4B3T O; 3CWB H; 2CAZ C; 4NB5 A; 3OTO O; 2WLN A; 3SPC A; 1NH2 D; 2UUA B; 1H2S B; 5IJ0 B; 2DJV A; 1Q82 W; 1UPG A; 1J95 A; 1X59 A; 4UB8 Z; 3G71 V; 2UU9 O; 4K0K B; 3ZMV A; 1BSM A; 2D3O W; 2E75 B; 2AGA A; 2YSU B; 3K58 A; 2OT5 A; 4FLW A; 1YIT V; 3CP1 A; 1JOY A; 1BQ0 A; 1HNX B; 3CEI A; 1FFX A; 1TAE A; 4UCU A; 4NTW A; 5LMU O; 1I0H A; 3N2K B; 4YJ2 B; 2L6L A; 3RFR A; 3U11 A; 3JD0 A; 3A2F A; 4NVP A; 3SYO A; 4X1I A; 3OMI B; 1BCC H; 1AP5 A; 2ZR3 A; 4ZHQ B; 1N0J A; 4DV5 B; 3QO8 A; 4DV4 B; 2JRI A; 3D3I A; 3WB2 A; 4DR3 O; 5C8Y A; 2WLL A; 4NXN B; 2N74 A; 1U96 A; 4DW1 A; 4X20 B; 5LYJ B; 3DXR A; 3STZ C; 4JI3 B; 2RCV A; 1RSO A; 3BPZ A; 3OD4 A; 1MG1 A; 5IYC O; 3SGI A; 4J80 A; 4FFB B; 4ICG A; 3IAY A; 5EBW C; 4HNA B; 1E1R G; 4DV3 B; 1FJG B; 1SZX A; 4DR4 O; 2ZM6 O; 4DV0 O; 2Q69 A; 3K5N A; 3RYH A; 2V1D A; 3SR2 C; 4DR2 B; 5BXZ A; 2QWP B; 4UCT A; 2WLM A; 4B3S O; 3CRR A; 1THZ A; 1P7G A; 1NJI W; 1B3Q A; 4LH6 A; 3K5M A; 4MW3 A; 4WF9 V; 1FXK A; 1H8E G; 4KUM A; 3H1K H; 3GWO A; 3ZMS A; 1EFR G; 3CE2 A; 2FYU H; 4A5U B; 2IH1 C; 4LR3 A; 5GW7 A; 2CTW A; 5DM6 V; 1FFX B; 3G67 A; 1WP8 A; 1GMG A; 3B4S A; 4EFE A; 2XOK G; 5HFM A; 3B8N A; 1W2B U; 4JYA O; 1BZK A; 3J81 N; 2CK3 G; 1MZF A; 2ETN A; 3SJQ C; 4X1I B; 2EIK B; 1GK9 A; 4ZOL A; 5LP6 C; 2EBO A; 5GON A; 3ABK B; 2W6J G; 5D5Q A; 1Q6H A; 2F23 A; 1NI8 A; 2R9I A; 5IY5 B; 5C8Y B; 2WLL B; 3LDC A; 3SJA C; 2YID A; 4JAS A; 3DXR B; 4ZI7 A; 3TK1 A; 3HKE A; 4FLX A; 4FIP C; 1SZT A; 4JI6 B; 1RSO B; 2ATK C; 1AI4 A; 2XUM A; 2DWD C; 4GT1 A; 2VRZ A; 1I5Y A; 1PV0 A; 2GUZ A; 1Z5W A; 4B3R O; 3JSL A; 2NN4 A; 5EC1 C; 3RYH B; 4TOI A; 4U7N A; 4J7Z A; 2GTA A; 3QO7 A; 2AZ2 A; 5KHJ A; 3F5T A; 2UUB O; 4WFB V; 1KQS U; 3BFR A; 1V54 C; 1IUR A; 1DF5 A; 1NS1 A; 2K9P A; 2W6I G; 1XMQ B; 4N21 A; 1ARO P; 3FYI B; 3R65 A; 2EJ7 A; 4DRX B; 4DV6 O; 3CC4 V; 2RDC A; 1FXK B; 4JF3 A; 2LFR A; 4K35 A; 2D2C B; 4I4T A; 1Q7Y W; 1OCC B; 3L72 H; 4PDV A; 1UJW B; 2QKC A; 5B66 Z; 1YI2 V; 5L3D A; 1H2N A; 3UT5 A; 4BIU A; 1E1Q G; 4DUY O; 1VIB A; 3R66 A; 2GTS A; 3G4S V; 4L8J A; 5BMV A; 3ZS8 C; 4ZOL B; 2HJF C; 5GON B; 1RM1 C; 4LCU C; 1SRY A; 2EIM C; 4TQD A; 3QO5 A; 1QR8 A; 2NLJ C; 3SYP A; 2OCC C; 1MA1 A; 3FX7 A; 3HKE B; 3ABM B; 4MVM A; 1PKX A; 1DLB A; 3M8A A; 5B1B C; 1QLN A; 1SQV H; 3CXH F; 4U7O A; 2UXB B; 1AR4 A; 1HDJ A; 3B8M A; 2Q0A A; 2Q67 A; 4MW8 A; 4AI8 A; 2F4V O; 4JZ2 A; 5FNV A; 3E22 A; 2MW2 B; 1VQP V; 1N36 O; 1J5E B; 1HNZ B; 1FXH A; 2EIJ C; 1XL4 A; 1G6U A; 3CCM V; 1AI5 A; 1MSD A; 5KAF Z; 4I4T B; 4K8X A; 2WLJ A; 3HPL C; 3CC7 V; 4BIZ A; 2YS8 A; 3OMN B; 2JEX A; 2LGQ A; 3UT5 B; 5IYZ A; 4O4J A; 5JWP A; 3KG2 A; 3JAK B; 1N4C A; 4NR1 A; 1Q43 A; 5BZB A; 4RUF A; 5BMV B; 4AHC A; 4DV2 O; 1NZ6 A; 5LGU A; 2CE4 A; 2R9R B; 2IJK A; 3K3W A; 1VQ4 V; 4ABM A; 4EKW A; 2DMX A; 3UM7 A; 3ASN C; 2XND G; 2P4V A; 2E5L O; 1YDX A; 3ZX6 A; 4E2L A; 4BIO A; 3AG3 B; 2VWK A; 1FS0 G; 1SA0 A; 2IJJ A; 4DO2 A; 4LFA B; 2HVK C; 2Y48 A; 2YXY A; 4MS2 A; 1I94 B; 4X1K A; 1YHQ V; 2WLH A; 2XAJ A; 5BY1 A; 1SQQ H; 2CTQ A; 4IYI A; 1R3K C; 3ZRS A; 1KP2 A; 1JJO A; 2WA3 A; 2IM9 A; 4DK1 A; 4B7K A; 3HR0 A; 4IIJ A; 3ZMT A; 3KCY A; 4CC5 A; 3L73 H; 1QNM A; 2ILM A; 4MTO A; 4I50 A; 5EYP A; 1AJN A; 4FZ0 A; 2ADQ B; 4QIW F; 4DV7 B; 5FNV B; 2V7Q G; 1SKV A; 2FML A; 3E22 B; 3C90 A; 3L70 H; 1RP3 B; 4Z1M G; 1GM8 A; 4N23 A; 1S76 D; 1JFF A; 2OIG A; 4JI0 B; 3CRC A; 4YHH B; 3MD0 A; 2ZNJ A; 2EIN C; 2ZE7 A; 1AJQ A; 4GUN A; 4MTX A; 2AZ0 A; 1XEQ A; 4CC6 A; 1NTM H; 3KCX A; 2A9H A; 3LSQ A; 3ETQ A; 5IYZ B; 3L75 H; 4O4J B; 5B3S B; 1H2L A; 4QGP A; 2ZDI C; 4FLZ A; 4PHZ A; 4LFC O; 5J9P C; 4OX9 B; 1S5H C; 4B3M O; 3D8C A; 2MK3 A; 3OTF A; 4I5S A; 1AVM A; 4GZR B; 5HFL A; 1BE3 H; 4JI8 B; 1BHA A; 4WCE V; 3ZCC A; 4WFA V; 4UVB A; 4D7T A; 1QVG U; 4PJ0 Z; 1K4D C; 4JI5 B; 1FD9 A; 2LP7 A; 3L71 H; 5LXT A; 4DV1 B; 1SA0 B; 5CB4 A; 2RJZ A; 1N33 B; 4DR6 B; 3UCS C; 4BW5 A; 2FB5 A; 4X1K B; 3CMA V; 1B6Q A; 2QWN B; 3T1H B; 3DC5 A; 2JGD A; 4HAM A; 4IIJ B; 4LF6 B; 1M56 B; 1LUV A; 5EYP B; 2DWE C; 1N32 B; 2ZE8 A; 2JDI G; 4YXW G; 2UXD B; 1R3L C; 3OEE G; 3SYA A; 3SPI A; 1JFF B; 1FKA O; 1K34 A; 3AG2 C; 4J41 A; 2XHB A; 1M9N A; 1YIJ V; 4LF9 O; 4J10 A; 2UXC B; 3BHP A; 3TXS A; 4C7U A; 1GRJ A; 1IBK B; 3ABL C; 2LGW A; 2F43 G; 2C2A A; 1VQ7 V; 5B1A B; 1XRE A; 1ZX3 A; 2YEV A; 1VQK V; 3VQX A; 2JS3 A; 3RBZ A; 2EIL C; 4JYY A; 4BW9 A; 5L3F A; 4DR7 O; 4LC1 A; 1N8R W; 4NTX A; 1Y6X A; 4PA4 A; 2DW4 A; 3ETG A; 5DEC A; 3ZMZ A; 4HBN A; 2YIA A; 5LXT B; 3ZHT A; 1BHB A; 3SPG A; 1OJH A; 2GDS A; 2QKA A; 3ETD A; 3E83 A; 2QWR B; 1PL4 A; 1K33 A; 1P84 F; 5IJ0 A; 3H1L H; 1Z2G A; 3W7U A; 4X1Y A; 4JAU A; 3IC7 A; 1SQP H; 4F6E A; 5FPO A; 2OTL V; 4UFZ A; 1OZ0 A; 4JI7 B; 2EX3 A; 2ADP A; 4X65 O; 3D36 C; 4F6R B; 5KA6 A; 2DN9 A; 2Q68 A; 3AG1 C; 5J2U A; 3N2K A; 3OW2 U; 1Q86 W; 4UXN A; 4MT8 A; 2V4D A; 3E2E A; 4P9O A; 4I55 A; 1W59 A; 2Y69 B; 2UUA O; 2M6Y A; 1AR5 A; 5EK0 A; 2YEV B; 1KU9 A; 3JCZ A; 3QF7 A; 1NU1 H; 1L0N H; 2YIC A; 4K0K O; 3OT7 A; 3A0B Z; 5E79 Z; 3CRQ A; 2KQX A; 4X20 A; 1Q3E A; 2QJ1 A; 1K97 A; 4IYH A; 1R6T A; 2G38 A; 2XAS A; 1HNX O; 4GX0 A; 2Q5Z A; 3BAA A; 3APQ A; 2P4K A; 4BR6 A; 3E8G A; 4CH6 A; 1OHH G; 4OXS A; 3ZED A; 4R7C A; 3P3N A; 3G6E V; 1Y67 A; 2VS0 A; 4X1Y B; 5ITZ A; 4DV5 O; 2OYQ A; 2HKO A; 3EVK A; 4DV4 O; 1IBL B; 1HNW B; 5IE9 A; 3B77 A; 1KMI Z; 2PYJ A; 1VQ9 V; 4NXN O; 3KZI Z; 5B1N A; 3T4Z A; 2QA4 V; 1AIL A; 2E76 B; 3LNN A; 3CX5 F; 4YJ3 A; 3OFN G; 1Q6I A; 4TSF G; 3JAW A; 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3JSN A; 1AJP A; 1GN4 A; 1GTO A; 1XMQ O; 4O4L B; 2PTM A; 4O4H B; 1H38 A; 2HFE C; 2AXT Z; 2ODM A; 4PV1 B; 4QE9 A; 3T1Y B; 4UV9 A; 4TUY B; 1JVM A; 1PNL A; 4DR1 B; 1YJN V; 3RYF B; 1TVK A; 1HR0 B; 4NKG B; 2YXH A; 3E89 A; 3WFV A; 1NVP B; 2IJH A; 1WLE A; 4ZIB A; 3OM3 B; 2WSS G; 2DE0 X; 2AW9 A; 1Y76 A; 5LOV B; 4LF5 B; 3AK3 A; 4I7Z B; 2KKW A; 1AR1 B; 1L1F A; 1V55 C; 1HWY A; 2JEU A; 4PA6 A; 1SC5 B; 2QR4 A; 2ZDI A; 3CCS V; 2QDO A; 1KP3 A; 1QHT A; 4JI2 B; 2BTQ A; 2EJR A; 4IGG A; 1DTO A; 3E8F A; 1HP8 A; 3LSU A; 2Q9L A; 1G8M A; 3W7W A; 4AQY B; 3ZHV A; 4KL1 A; 1YEW A; 4PDM A; 1H2K A; 2X6B A; 4O2A B; 2UXB O; 3JAK A; 3ASN B; 1P49 A; 3CCV V; 5GTI Z; 2Z3Y A; 3U0Z A; 4LNU A; 3CCL V; 5H2F Z; 4QNH B; 3OR7 C; 4X62 B; 3K79 A; 4RAI A; 1TUB A; 1K5S A; 3RN4 A; 3A0R A; 3DGE A; 1J5E O; 2Q8V A; 1HNZ O; 5K1X A; 3BA8 A; 1PPJ H; 4P30 A; 2VWJ A; 1BL8 A; 2HEP A; 1VQO V; 1OCO B; 2YIB D; 1TVK B; 4FM1 A; 1KYO F; 2WA4 A; 4UUJ C; 2R70 A; 3JYC A; 1VQM V; 1R3I C; 2GBO A; 1QR9 A; 3OR6 C; 1TA8 A; 2EIN B; 1BT8 A; 2IJI A; 4WFE A; 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