The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
73
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sequence length |
288
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structure length |
288
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Chain Sequence |
GARASVLSGGELDKWEKIRLRPGGKKQYKLKHIVWASRELERFAVNPGLLETSEGCRQILGQLQPSLQTGSEELRSLYNTIAVLYCVHQRIDVKDTKEALDKIEEEQNKSKKKAQQAAADTGNNSQVSQNYPIVQNLQGQMVHQAISPRTLNAWVKVVEEKAFSPEVIPMFSALSEGATPQDLNTMLNTVGGHQAAMQMLKETINEEAAEWDRLHPVHAGPIAPGQMREPRGSDIAGTTSTLQEQIGWMTHNPPIPVGEIYKRWIILGLNKIVRMYSPTSILHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the N-terminal 283-residue fragment of the immature HIV-1 Gag polyprotein.
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
Gag Polyprotein
|
| molecule tags |
Viral protein
|
| source organism |
Human immunodeficiency virus 1
|
| total genus |
73
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| structure length |
288
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| sequence length |
288
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2002-03-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00540 | Gag_p17 | gag gene protein p17 (matrix protein) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 | ||
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein | Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5JPA A; 2K4E A; 2LYA A; 3BP9 A; 1UPH A; 3MGE A; 2GOL A; 2PXR C; 2XGU A; 2K4H A; 3H4E A; 2V4X A; 2XDE A; 2H3V A; 4PH2 A; 4B4N A; 4XRQ A; 4LQW C; 4NX4 C; 2K4I A; 1A6S A; 3P05 A; 5HGM A; 2M8N A; 1EIA A; 4XFX A; 4DGE C; 4QNB A; 1D1D A; 2EIA A; 4U0A A; 1TAM A; 4U0F A; 1U7K A; 1QRJ A; 1ED1 A; 4ICA A; 1M9D C; 4U0B A; 4PH0 A; 2M8L A; 1HEK A; 2WLV B; 4XFZ A; 2N1R A; 1AK4 C; 2H3F A; 4WYM A; 3NTE A; 5HGK A; 2JMG A; 4JMU A; 2KGF A; 2LF4 A; 2XGV A; 4E91 A; 2GON A; 4XRO A; 1M9F C; 4J93 A; 2PWM A; 4E92 A; 1ECW A; 1GWP A; 2M8P A; 1AFV A; 2X2D D; 3H47 A; 4DGA C; 1L6N A; 4XFY A; 2H3Z A; 1G03 A; 2XGY A; 4HTW A; 2JPR A; 1M9E C; 1E6J P; 4IC9 A; 2X82 A; 4INB A; 1P7N A; 4U0C A; 4U0D A; 5HGL A; 2LYB A; 1HIW A; 2WLV A; 5HGO A; 4PH3 A; 2HMX A; 2GOL B; 1M9Y C; 2H3Q A; 1M9C C; 2H3I A; 5HGN A; 2X83 A; 1M9X C; 2PWO A; 1EM9 A; 2Y4Z A; 4U0E A; 2NV3 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4AYB C; 4DOC A; 5KFN A; 3JPN A; 4FBT A; 3D2N A; 2QB0 A; 4G9B A; 1X40 A; 1PK1 A; 4O3N A; 5KFL A; 3HWT A; 3BQ1 A; 5KG7 A; 2Y9U A; 5CJ7 A; 2HOQ A; 3OGU A; 3C29 A; 5KFE A; 2WF7 A; 1S97 A; 5AI0 A; 1UHU A; 4DQQ A; 9ICJ A; 4DGE C; 1TK5 A; 4I2D A; 2WF8 A; 5J8Y A; 1JI7 A; 4QNB A; 4J9R A; 3D6J A; 5HR6 A; 5ALM A; 5AKE A; 2NRX A; 3E58 A; 5DGA A; 5KFI A; 2JGA A; 1MQ2 A; 2ZIV A; 2F76 X; 2HVH A; 5KG5 A; 1FFU A; 3MR6 A; 2W9A A; 4RT2 A; 4JV0 A; 1CI4 A; 3KHH A; 3RH5 A; 2ASJ A; 3M6K A; 4YMM A; 3Q8P B; 1NJZ A; 1ZQP A; 3ZDE A; 2M9N A; 1UA0 A; 4RZR A; 5HR7 A; 3TAC B; 5KT2 A; 8ICV A; 4J9P A; 3RB3 A; 8ICU A; 3D2Q A; 5IIJ A; 2GO7 A; 2MUT B; 5CEH A; 2PXI A; 2MU2 A; 2XIC A; 3RB6 A; 5KFV A; 4QZE A; 5L1K A; 2LHT A; 2IHM A; 4QZ8 A; 3V7L A; 1KFS A; 2LM4 A; 4PH3 A; 3KZI U; 4K4H A; 1GO3 F; 1A0P A; 5KFM A; 2Z7J A; 1U48 A; 2H5X A; 3KHR A; 2KTQ A; 3WK8 A; 2W9M A; 5KFD A; 5HHH A; 3Q8S B; 1KEJ A; 2W8K A; 4UW9 A; 1XWL A; 4NM2 A; 4R65 A; 1JX4 A; 4JWM A; 4NL9 A; 5DBA A; 3SEN A; 2GH1 A; 3V7K A; 2EAN A; 4O5K A; 5DG9 A; 3BDP A; 4PH2 A; 2HDO A; 3RB4 A; 3GV5 B; 4KX3 A; 4ELU A; 4BX9 C; 5ALJ A; 1ZQC A; 2KG5 A; 3IV6 A; 4DFP A; 1X6I A; 1HJP A; 2AU0 A; 4RQ8 A; 4CRX A; 4Z6C A; 2JRZ A; 4ED3 A; 3C23 A; 5DG7 A; 5KL1 B; 1D8L A; 4EZ9 A; 5B66 U; 5F9L A; 3PW4 A; 1KBU A; 2W3R A; 4NXZ A; 1SKW A; 2FPM A; 2VAN A; 4I2B A; 2HOF A; 3M9M B; 1DOQ A; 1XNS A; 2C2E A; 2DWQ A; 3PVX A; 4Q8E A; 5ALV A; 3UQ0 A; 5ALN A; 2J6U A; 4NLN A; 3Q8R B; 1ZQD A; 3OJU A; 5J0U A; 5AI8 A; 5HMM A; 3ZDA A; 1F5S A; 7ICT A; 2AHO B; 4M9H A; 4NWI A; 4EYH B; 5DLF A; 4DLE A; 3HX0 A; 1X42 A; 4C4R A; 3GV8 B; 4DGA C; 3SEI A; 5J2F A; 2EAP A; 4XUS A; 1X66 A; 2JR5 A; 2W43 A; 5KAI U; 2JEJ A; 3BQ0 A; 4DWI A; 2G08 A; 3GQC A; 7ICU A; 4US8 A; 1Z00 B; 2AH5 A; 2LYB A; 2BCQ A; 4F71 A; 4JK1 A; 7ICO A; 2NO4 A; 3I76 A; 1KL9 A; 1XO1 A; 4QZC A; 4Q45 A; 2KSO B; 2YMP A; 1L3V A; 1IIP A; 1N56 A; 1M9X C; 5AK6 A; 3K1Z A; 5DBB A; 4QWE A; 3PW5 A; 5ALT A; 2NV3 A; 4ED7 A; 2OM6 A; 3KKA C; 9ICG A; 8ICG A; 3LK9 A; 2KHQ A; 1L3U A; 4Y2X A; 4IQU A; 2KJ9 A; 4YVZ A; 3EPI A; 2KZM A; 5J0Q A; 4RQ1 A; 4PGQ A; 1ZQG A; 2M8N A; 2ZTE A; 3KHG A; 3SQI A; 2BGW A; 2GWS A; 1Z00 A; 4DFJ A; 2EIA A; 1UCV A; 4LZG A; 5KT3 A; 2F8L A; 3L3F X; 3OJS A; 4JUZ A; 2KSO A; 1ZQR A; 3PV8 A; 4QZD A; 2G09 A; 1WYG A; 3A0B U; 3QUQ A; 3ETR A; 2KZ3 A; 3SAH A; 4TUR A; 4WJ3 B; 3NRZ A; 3IDW A; 2WB1 C; 4PHD A; 1T8E A; 2E5S A; 2KJ8 A; 3Q8K A; 2PMZ F; 2HHQ A; 2XCP A; 1COO A; 4E92 A; 2KVS A; 3U26 A; 2YMM A; 3DDH A; 4KLS A; 3WK7 A; 3TFS A; 1QCK A; 4XFY A; 1QSL A; 1G03 A; 5AM3 A; 4HTW A; 5KG3 A; 5DQI A; 3BQ2 A; 4INB A; 2BKE A; 4Z6E A; 4BDP A; 4KN4 A; 5DB9 A; 2C2R A; 4O5E A; 2BCR A; 3NRW A; 4M0A A; 3NS1 A; 2IOF K; 5G5G A; 7ICQ A; 9ICT A; 3MGV A; 4YMO A; 2MA1 A; 3A0H U; 3V6J A; 8ICO A; 4J03 A; 4PGX A; 3RTV A; 3ISD A; 3GU3 A; 5KTQ A; 1X9W A; 3MGI A; 8ICE A; 3K1R B; 3C2K A; 1H38 A; 3TAD A; 4J9N A; 1ZQS A; 2H3V A; 3OSP A; 4B4N A; 2JHD A; 2AGP A; 1TK0 A; 7ICK A; 1Z4O A; 2W03 A; 4C7Y A; 4QZG A; 9ICQ A; 4GIB A; 1EIA A; 3T5H A; 4M47 A; 4CE6 A; 4M04 A; 2I1Q A; 2BQR A; 1L7M A; 3RH6 A; 3PR5 B; 2Y0S C; 3N28 A; 4KLG A; 2I6X A; 4UB1 A; 3PNC A; 3RAX A; 4RNO A; 4PH0 A; 5KFS A; 2ZG6 A; 4QZA A; 8ICR A; 2R8J A; 2F44 A; 2JH7 A; 8ICM A; 1FIQ A; 5D46 A; 2JEF A; 2Y1I A; 9ICU A; 2HHW A; 2Y9T A; 3MFH A; 1ZQZ A; 3KKA A; 2R18 A; 1M6Y A; 5ALF A; 4KLO A; 4B9U A; 1KN5 A; 4FE3 A; 3N7R C; 2KKV A; 5AIA A; 1ZD4 A; 3C2L A; 5CB1 A; 3GII A; 4KLJ A; 2ODG A; 3DEE A; 5ALH A; 3THV A; 3H40 A; 9ICP A; 3AM9 A; 1Q3U A; 2NRW A; 1Q3V A; 3RJH A; 3T5L A; 2W55 A; 3HJE A; 3N7S C; 3SR6 A; 2WAQ C; 3IN5 A; 1P7D A; 1ZQF A; 5KFC A; 3LVV A; 2LM1 A; 5DKW A; 2H3Q A; 2BZF A; 3M8R A; 1PVP A; 1K1S A; 1D9D A; 4US9 A; 2VJ5 A; 4RQ4 A; 4O3P A; 2AGO A; 5B5E U; 5KFA A; 4O3M A; 1QLN A; 4U0E A; 1FFV A; 3S6J A; 5JPA A; 1JN3 A; 4Y2V A; 3NVW A; 2XGU A; 4U6P A; 4CF3 A; 9ICL A; 2QKQ A; 5J0T A; 3JPO A; 1NI3 A; 4RNM A; 7ICM A; 4LQW C; 4PGY A; 5TZV A; 2G0A A; 3HRD D; 5DB8 A; 1BGX T; 5KFH A; 4Q43 A; 3H7I A; 3M8S A; 5KT6 A; 4U0A A; 2WAQ F; 4IQT A; 3MR3 A; 2EZY A; 4EBD A; 5EE1 A; 2MRL A; 3T3F A; 4DSK A; 5A0L A; 5EE3 A; 2M8L A; 3N7P D; 4NLZ A; 2WHE A; 4OD0 A; 4DFK A; 1TV9 A; 1ARO P; 2KIW A; 1N62 A; 4O3S A; 4NLC A; 1YZ6 A; 2JMG A; 5ALU A; 1S5L U; 2D3D A; 5AI4 A; 3MBY A; 1MA7 A; 4KLU A; 3AUO A; 1RM6 C; 3TAN A; 2W04 A; 3TI0 A; 2A19 A; 4TUQ A; 1RDF A; 3EYZ A; 1ECW A; 4M6W B; 1S0N A; 2O6K A; 1MN8 A; 2X2D D; 3BQ7 A; 5G5H A; 3NUQ A; 3ORY A; 2JZB B; 4OJ5 A; 1ZD2 P; 2DKX A; 5J0R A; 1V85 A; 2JPR A; 1E6J P; 4Y2Y A; 3H8W A; 2EQY A; 4U0C A; 2W7O A; 2EZX A; 1N5W A; 4B9T A; 4XA5 A; 4R63 A; 3UQ2 A; 1QH9 A; 4PL2 A; 5J2C A; 4UAS A; 1M9Y C; 4J9Q A; 4I2G A; 2H3I A; 4BWJ A; 1PK1 B; 1N5X A; 2RDJ A; 5HGN A; 5KFB A; 4C8L A; 1RQL A; 2NRZ A; 1EM9 A; 1URJ A; 4ZH4 A; 2KIC A; 4ZOH C; 5ALQ A; 2RRD A; 1MSW D; 3HIL A; 5HHI A; 3F2C A; 2DPJ A; 1ZQJ A; 2PXR C; 2K4H A; 4M6W A; 2QAR A; 2XDE A; 4O0I A; 5J2A A; 4P0Q B; 3HW8 A; 2YN4 A; 5DQH A; 1OUQ A; 1NK9 A; 8ICZ A; 3OPX A; 5CA7 A; 2E8N A; 2R8H A; 5J2E A; 4IQW A; 3LDA A; 3E0F A; 2ZIV B; 1U49 A; 3MDC A; 2K8B B; 3V6K A; 2HBJ A; 3GIK A; 1L5U A; 2DPI A; 2WF5 A; 1CEZ A; 2ATL A; 2C28 A; 5KG4 A; 4DL7 A; 4Q8F A; 1AK4 C; 4WYM A; 4OO1 J; 2KD1 A; 4ED0 A; 2ZJ5 A; 9ICF A; 4KIT B; 8ICP A; 2KGF A; 2ZIW B; 4BXO A; 4NLK A; 1NKC A; 3HKZ C; 3CP8 A; 2DGZ A; 4I2J A; 4P0Q A; 2XGV A; 2OCE A; 1SZP A; 3UMG A; 2W9B A; 3SV4 A; 2WF9 A; 2A1J A; 3QNM A; 5TIS U; 1ZQK A; 1NK4 A; 1L8L A; 1LKY B; 1X9X A; 5KFW A; 1SL2 A; 1SWV A; 1BVS A; 4DQR A; 3L4P A; 2NRT A; 2KEY A; 2XGQ A; 4AYB F; 5AKK A; 3H4B A; 4DL3 A; 3WK9 A; 2LKY A; 4PZN A; 4KTQ A; 2W3S A; 1DK3 A; 3E2E A; 2KV2 A; 3JPS A; 3QE9 Y; 3KD3 A; 2FPK A; 5BOL A; 2KK0 A; 3KHL A; 1BPZ A; 1JIH A; 3J81 j; 1IV8 A; 4ECX A; 2ZIW A; 4UB4 A; 1OXJ A; 9ICE A; 2L5Y A; 1KSP A; 4A8E A; 1TAQ A; 3OTQ A; 1CUK A; 5L1L A; 1L3T A; 5KFR A; 2JH1 A; 4KN7 A; 2R8K A; 1LKY A; 2RP5 A; 1KFT A; 4K4G A; 4DF8 A; 2ZJA A; 4RQ0 A; 2W9C A; 1J97 A; 5KFQ A; 7ICS A; 4F5N A; 2KOB A; 4IS7 A; 4B9L A; 4HYK A; 1VLB A; 4YR3 A; 4EBE A; 4PHA A; 4J9L A; 3QU4 A; 4C8N A; 4MHV A; 4ED1 A; 8ICB A; 1UQV A; 2BPF A; 5J2D A; 2XY7 A; 3QZ7 A; 4EEY A; 2W11 A; 4U0B A; 3PSP A; 2J6S A; 3VCB A; 2B21 A; 3WKA A; 3PO4 A; 9ICH A; 2FE9 A; 1IXR A; 1JRP A; 2R8G A; 2XCA A; 1V97 A; 4JMU A; 5C0Y A; 3JPQ A; 5J0O A; 1SV0 A; 2BCS A; 3GIM A; 4MEY A; 5ALP A; 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