1M1KM

Co-crystal structure of azithromycin bound to the 50s ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S RRNA
publication title The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb
total genus 29
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2002-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1m1kM02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1m1kM01
3CC4L 1VQ9L 3CCJL 3CXCK 1VQLL 1KQSK 3CCRL 3CD6L 1S72O 3CCVO 1NJIM 3CCMO 1YJWO 3CPWN 2QA4O 1VQ4L 3G4SO 1VQPL 1KC8P 1Q86M 1Q7YP 1Q81P 3G6EO 3CMEO 1YJNL 1M90P 1JJ2N 1VQOL 1VQMO 1VQNL 1VQ6O 1N8RP 3CPWK 1VQKL 1VQ8O 3CCSO 1QVFK 3CCUO 1K73P 2OTJO 1VQ5O 1YJWL 1JJ2K 1K8AP 1KD1M 1YIJO 1YITL 1YJ9O 1Q82P 3G6EL 3CC2L 1K9MP 1VQML 1M1KP 1VQ6L 1Q81M 3I56O 3G71O 2QEXO 1VQ7O 1M90M 3CC7O 3CCSL 1N8RM 3CCUL 2OTJL 1KC8M 1VQ5L 1VQ9O 3CCJO 1VQLO 1S72L 3CCVL 1W2BN 2OTLO 1YIJL 3CCML 2QA4L 3G4SL 1Q86P 1QVGN 1K8AM 1YI2O 1VQ4O 1VQPO 3CMAO 1Q82M 3I56L 3G71L 3CMEL 3CCEO 2QEXL 1Q7YM 1M1KM 1YHQO 3I55O 1VQNO 1VQ8L 3CCLO 1VQKO 2OTLL 3CCQO 3CC4O 1NJIP 1KD1P 3CCRO 3CD6O 3OW2N 1K73M 1YI2L 1YJ9L 3CMAL 3CCEL 1QVFN 3CXCN 1YITO 1KQSN 3CC2O 1YHQL 1VQ7L 3I55L 1W2BK 1K9MM 3CC7L 3OW2K 3CCLL 1YJNO 1VQOO 3CCQL 1QVGK
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC4L 1VQ9L 3CCJL 3CXCK 1VQLL 1KQSK 3CCRL 3CD6L 1S72O 3CCVO 1NJIM 3CCMO 1YJWO 3CPWN 2QA4O 1VQ4L 3G4SO 1VQPL 1KC8P 1Q86M 1Q7YP 1Q81P 3G6EO 3CMEO 1YJNL 1M90P 1JJ2N 1VQOL 1VQMO 1VQNL 1VQ6O 1N8RP 3CPWK 1VQKL 5DQZA 1VQ8O 3CCSO 1QVFK 3CCUO 3GODA 1K73P 2OTJO 1VQ5O 1YJWL 1JJ2K 1K8AP 1KD1M 1YIJO 5FCLA 1YJ9O 1YITL 1Q82P 3G6EL 3CC2L 1K9MP 5DS5A 1VQML 1M1KP 1VQ6L 1Q81M 3I56O 3G71O 2QEXO 1VQ7O 1M90M 3CC7O 3CCSL 1N8RM 3CCUL 2OTJL 1KC8M 1VQ5L 1VQ9O 3CCJO 1VQLO 2YZSA 1S72L 3CCVL 1W2BN 2OTLO 4WJ0A 1YIJL 3CCML 4QDLA 2QA4L 3G4SL 1Q86P 1QVGN 1K8AM 1YI2O 1VQ4O 1VQPO 4W8KA 3CMAO 1Q82M 3I56L 3G71L 3CMEL 3CCEO 2QEXL 1Q7YM 4N06A 1M1KM 1YHQO 3I55O 1VQNO 1VQ8L 4P6IC 3CCLO 1VQKO 2OTLL 3CCQO 3CC4O 5DS4A 1NJIP 1KD1P 3CCRO 3NKDA 5DLJA 3CD6O 5DQTA 3OW2N 1K73M 1YI2L 1YJ9L 3CMAL 3CCEL 1QVFN 4XTKA 3CXCN 1YITO 1KQSN 3CC2O 1YHQL 1VQ7L 5DS6A 3I55L 1W2BK 1K9MM 3CC7L 3OW2K 3CCLL 1YJNO 1VQOO 3CCQL 1QVGK
chains in the Genus database with same CATH topology
3CC4L 1VQ9L 3CCJL 3CXCK 1VQLL 1KQSK 3CCRL 3CD6L 1S72O 3CCVO 1NJIM 3CCMO 1YJWO 3CPWN 2QA4O 1VQ4L 3G4SO 1VQPL 1KC8P 1Q86M 1Q7YP 1Q81P 3G6EO 3CMEO 1YJNL 1M90P 1JJ2N 1VQOL 1VQMO 1VQNL 1VQ6O 1N8RP 3CPWK 1VQKL 5DQZA 1VQ8O 3CCSO 1QVFK 3CCUO 3GODA 1K73P 2OTJO 1VQ5O 1YJWL 1JJ2K 1K8AP 1KD1M 1YIJO 5FCLA 1YJ9O 1YITL 1Q82P 3G6EL 3CC2L 1K9MP 5DS5A 1VQML 1M1KP 1VQ6L 1Q81M 3I56O 3G71O 2QEXO 1VQ7O 1M90M 3CC7O 3CCSL 1N8RM 3CCUL 2OTJL 1KC8M 1VQ5L 1VQ9O 3CCJO 1VQLO 2YZSA 1S72L 3CCVL 1W2BN 2OTLO 4WJ0A 1YIJL 3CCML 4QDLA 2QA4L 3G4SL 1Q86P 1QVGN 1K8AM 1YI2O 1VQ4O 1VQPO 4W8KA 3CMAO 1Q82M 3I56L 3G71L 3CMEL 3CCEO 2QEXL 1Q7YM 4N06A 1M1KM 1YHQO 3I55O 1VQNO 1VQ8L 4P6IC 3CCLO 1VQKO 2OTLL 3CCQO 3CC4O 5DS4A 1NJIP 1KD1P 3CCRO 3NKDA 5DLJA 3CD6O 5DQTA 3OW2N 1K73M 1YI2L 1YJ9L 3CMAL 3CCEL 1QVFN 4XTKA 3CXCN 1YITO 1KQSN 3CC2O 1YHQL 1VQ7L 5DS6A 3I55L 1W2BK 1K9MM 3CC7L 3OW2K 3CCLL 1YJNO 1VQOO 3CCQL 1QVGK
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC4 L;  1VQ9 L;  3CCJ L;  3CXC K;  1VQL L;  1KQS K;  3CCR L;  3CD6 L;  1S72 O;  3CCV O;  1NJI M;  3CCM O;  1YJW O;  3CPW N;  2QA4 O;  1VQ4 L;  3G4S O;  1VQP L;  1KC8 P;  1Q86 M;  1Q7Y P;  1Q81 P;  3G6E O;  3CME O;  1YJN L;  1M90 P;  1JJ2 N;  1VQO L;  1VQM O;  1VQN L;  1VQ6 O;  1N8R P;  3CPW K;  1VQK L;  1VQ8 O;  3CCS O;  1QVF K;  3CCU O;  1K73 P;  2OTJ O;  1VQ5 O;  1YJW L;  1JJ2 K;  1K8A P;  1KD1 M;  1YIJ O;  1YIT L;  1YJ9 O;  1Q82 P;  3G6E L;  3CC2 L;  1K9M P;  1VQM L;  1M1K P;  1VQ6 L;  1Q81 M;  3I56 O;  3G71 O;  2QEX O;  1VQ7 O;  1M90 M;  3CC7 O;  3CCS L;  1N8R M;  3CCU L;  2OTJ L;  1KC8 M;  1VQ5 L;  1VQ9 O;  3CCJ O;  1VQL O;  1S72 L;  3CCV L;  1W2B N;  2OTL O;  1YIJ L;  3CCM L;  2QA4 L;  3G4S L;  1Q86 P;  1QVG N;  1K8A M;  1YI2 O;  1VQ4 O;  1VQP O;  3CMA O;  1Q82 M;  3I56 L;  3G71 L;  3CME L;  3CCE O;  2QEX L;  1Q7Y M;  1M1K M;  1YHQ O;  3I55 O;  1VQN O;  1VQ8 L;  3CCL O;  1VQK O;  2OTL L;  3CCQ O;  3CC4 O;  1NJI P;  1KD1 P;  3CCR O;  3CD6 O;  3OW2 N;  1K73 M;  1YI2 L;  1YJ9 L;  3CMA L;  3CCE L;  1QVF N;  3CXC N;  1YIT O;  1KQS N;  3CC2 O;  1YHQ L;  1VQ7 L;  3I55 L;  1W2B K;  1K9M M;  3CC7 L;  3OW2 K;  3CCL L;  1YJN O;  1VQO O;  3CCQ L;  1QVG K; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC4 L;  1VQ9 L;  3CCJ L;  3CXC K;  1VQL L;  1KQS K;  3CCR L;  3CD6 L;  1S72 O;  3CCV O;  1NJI M;  3CCM O;  1YJW O;  3CPW N;  2QA4 O;  1VQ4 L;  3G4S O;  1VQP L;  1KC8 P;  1Q86 M;  1Q7Y P;  1Q81 P;  3G6E O;  3CME O;  1YJN L;  1M90 P;  1JJ2 N;  1VQO L;  1VQM O;  1VQN L;  1VQ6 O;  1N8R P;  3CPW K;  1VQK L;  5DQZ A;  1VQ8 O;  3CCS O;  1QVF K;  3CCU O;  3GOD A;  1K73 P;  2OTJ O;  1VQ5 O;  1YJW L;  1JJ2 K;  1K8A P;  1KD1 M;  1YIJ O;  5FCL A;  1YJ9 O;  1YIT L;  1Q82 P;  3G6E L;  3CC2 L;  1K9M P;  5DS5 A;  1VQM L;  1M1K P;  1VQ6 L;  1Q81 M;  3I56 O;  3G71 O;  2QEX O;  1VQ7 O;  1M90 M;  3CC7 O;  3CCS L;  1N8R M;  3CCU L;  2OTJ L;  1KC8 M;  1VQ5 L;  1VQ9 O;  3CCJ O;  1VQL O;  2YZS A;  1S72 L;  3CCV L;  1W2B N;  2OTL O;  4WJ0 A;  1YIJ L;  3CCM L;  4QDL A;  2QA4 L;  3G4S L;  1Q86 P;  1QVG N;  1K8A M;  1YI2 O;  1VQ4 O;  1VQP O;  4W8K A;  3CMA O;  1Q82 M;  3I56 L;  3G71 L;  3CME L;  3CCE O;  2QEX L;  1Q7Y M;  4N06 A;  1M1K M;  1YHQ O;  3I55 O;  1VQN O;  1VQ8 L;  4P6I C;  3CCL O;  1VQK O;  2OTL L;  3CCQ O;  3CC4 O;  5DS4 A;  1NJI P;  1KD1 P;  3CCR O;  3NKD A;  5DLJ A;  3CD6 O;  5DQT A;  3OW2 N;  1K73 M;  1YI2 L;  1YJ9 L;  3CMA L;  3CCE L;  1QVF N;  4XTK A;  3CXC N;  1YIT O;  1KQS N;  3CC2 O;  1YHQ L;  1VQ7 L;  5DS6 A;  3I55 L;  1W2B K;  1K9M M;  3CC7 L;  3OW2 K;  3CCL L;  1YJN O;  1VQO O;  3CCQ L;  1QVG K; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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