1ML1A

Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase: the modelling and structure verification of a seven residue loop
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
242
structure length
241
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein engineering with monomeric triosephosphate isomerase (monoTIM): the modelling and structure verification of a seven-residue loop.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 96
structure length 241
sequence length 242
chains with identical sequence C, E, G, I, K
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1996-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ml1A00
2DJXA 1PV8A 1W3TA 3W7QA 5DLCA 3BARA 2VFEA 3LERA 1MXSA 1WOAA 3Q37A 5CPMA 2Y7EA 5K4ZA 3D0CA 3EWBX 1B3OA 3MI2A 3IIOA 1T96A 4PCFA 4YLWA 3THAA 1WBHA 1K8ZA 2VEIA 1R2TA 4RLIA 4MOZA 4IPJA 2RFGA 2NZLA 1TJPA 2PURA 2Z2UA 4DO4A 4OBTA 5DBTA 2I9EA 3RNDA 5FF7A 3NPXA 3W7KA 1RD5A 1DORA 2QUTA 1M7OA 4O19A 3TA6A 4MUZA 1TPUA 3T55A 3TFXA 3W71A 2V5LA 4O8RA 4EVZA 3P74A 4UFIA 1I2QA 3QSTA 3NQ6A 4LV9A 4O11A 3UXDA 2QF7A 2ZZ2A 1TRDA 1XKYA 3LRKA 2R94A 1EP2A 2FPYA 1O95A 1ZFJA 3TXVA 2CZEA 3DFOA 3W2LA 1M7PA 2V0TA 3GNDA 4GUFA 2EPHA 1XFBA 1G4EA 3W1AA 4LUJA 1AW2A 1ICPA 1NFBA 3W72A 1OFBA 4XWUA 3PM6A 4A2SA 3FFSA 2Q8ZA 1GEQA 2P1FA 2ISWA 3VE9A 4GUIA 3DXIA 2WSYA 4LVGA 3LHZA 3T40A 3TNOA 4TR9A 5IBXA 3NQCA 3W7CA 3W73A 1TCDA 4WJEA 3HGJA 4MJZA 1AL7A 1OX4A 1S5VA 3GX9A 3MHGA 1EB3A 2NXIA 3EEGA 3MI3A 5C54A 4HIBA 2P10A 1ZY9A 4NZFA 3UYCA 2H3BA 4H6KA 2G95A 3IRDA 2VFIA 3EX2A 4HSOA 2Y61A 2HMCA 4QISA 4AHOA 3VCRA 4N9DA 3KVKA 4E38A 2VKZG 2QJHA 2G97A 4RZ4A 1EWEA 3MMTA 2G96A 2QKFA 2R14A 3FKKA 2E09A 2B7QA 1VYSX 3S0CA 3L0KA 3L5AA 3OBKA 4O1CA 4Q32A 2NWSA 1TPVA 1FUYA 3L0NA 4GNJA 4NXKA 2C19A 3GDTA 3I68A 4QSHA 5F1UA 3H53A 2CLHA 3O6CA 4P2VA 1Z48A 1K7XA 1XUUA 3AJXA 2NUWA 3A5VA 5CZSA 3IV3A 1SUXA 4GFSA 1JVNA 2VEPA 3LCXA 2CLKA 3G0UA 5HQEA 3SZ8A 2R8WA 3NZ1A 2YFNA 4PA8A 2V30A 5L9FA 3Q94A 3NZRA 4K38A 2CZDA 1ZAHA 4TU1A 3FLUA 1I2NA 5HJLA 3NDOA 4MY9A 1C9DA 5CPOA 3ZS4A 3C2FA 3M9YA 4OQVA 2A0NA 3R12A 4BR1A 3VNDA 3QQ0A 1VPXA 2FFCA 3BG9A 1ADOA 7TIMA 2ZRYA 3LHVA 4JTJA 3F1QA 2JKEA 5LNUA 1VLWA 3NVTA 3LTYA 1HTIA 2FLIA 2Y70A 4JD4A 1F73A 4UFKA 1AW5A 3SJ3A 2RH9A 3ABOA 3RLUA 2C13A 3TC7A 1I2OA 2D73A 1MZHA 4K36A 1AMKA 3G8RA 2FPTA 1MEWA 4MFEA 1S5TA 2JGQA 1IXOA 3N3MA 3CHVA 4EF8A 3M43A 4NQ1A 4Y9AA 2QR6A 4Z1CA 3W7OA 3SIZA 1S5WA 3EWWA 5D2VA 1VJIA 2OCZA 4TIMA 3OIXA 2ZDRA 1PVNA 3BW2A 4FNPA 3WJSA 2V9DA 3F4NA 5AC6A 4JTFA 4PTNA 5CPNA 4CQ9A 3IGUA 4LOCA 1KTBA 4Z1AA 1LP6A 5IBXC 1XDMA 3M5XA 5F1VA 3MO7A 1VCGA 4FIQA 3OG3A 3G1FA 3LRLA 1ZCOA 1V7YA 2GUUA 4CLMA 1MEIA 1QO5A 3W7IA 4DBEA 2PE4A 4MVAA 3PB2A 1K7FA 5AOUA 4HKPA 1P0KA 3E02A 1ICQA 4JTGA 1GPWA 3R2GA 2WNZA 2WJZA 1U83A 4G1KA 1VZWA 1SO6A 5C6MA 3QW4B 4JX5A 4NX5A 5HNRA 4NJJA 4JTKA 3S9YA 5G2HA 3WK0A 3DBPA 4RK8A 2YZRA 3QSRA 3LXCA 2GJLA 3QEZA 2CW6A 5G4EA 3G24A 1A5BA 1AL8A 2BWGA 4QAIA 4FX8A 1D9EA 4JEQA 2WV8A 1JR1A 5L6UA 3S5ZA 3ZWTA 4WZHA 3G1SA 3C2VA 2XN1A 4Y96A 5G1TA 1QMLA 3HG3A 4LU0A 1VCFA 3O1NA 4WQ6A 2BZNA 2YXGA 2PC4A 5BW6A 1JCXA 3DFQA 3MW7A 2QCMA 1KLZA 5T26A 5DCDA 1GT8A 1A5AA 3M0ZA 2E5DA 3W7MA 5AYYA 2E6DA 3LX9A 5AC8A 4RX0A 1RR2A 1TPEA 1J5TA 2EF9A 3P67A 3HB9A 1FWSA 1GG0A 1OFOA 2J9YA 2WSQA 4TMCA 3TV8A 4MZ8A 3OEXA 1UUOA 3S1WA 2YX0A 3PB0A 3UQNA 1JULA 3GDLA 1GVFA 5LKYA 5LNVA 3BV4A 3EX4A 2CLEA 3NL5A 1GG1A 3NR0A 5DCEA 1Z44A 3QW3A 2BSLA 1C29A 1QPNA 3I6RA 2F7FA 2QCLA 3U2OA 3VI2A 3NYZA 4DBDA 4DF2A 2X16A 1AW1A 4UTWA 3E49A 5K9DA 5I3KA 4LRSA 1PHWA 2Y62A 1L6SA 3LOTA 4XKYB 5G5IA 2DZPA 1NEYA 3WJZA 1MO0A 3E96A 3C52A 1I8JA 2QCNA 1SSGA 4UR8A 3L2IA 3NQ8A 3SR7A 4HPJA 3EWXA 4EOUA 1W5QA 5H2ZA 1VRDA 4WY0B 3OVRA 4YL2A 3W1QA 5CGQA 4UFLA 1GTHA 3M5YA 2ZZ7A 5K9XA 2HTMA 1TPH1 3LCIA 4JX4A 4ML9A 1KV8A 2NXGA 4AHPA 3PG9A 4AF0A 3CQ0A 4NJIA 1CX9A 3T4CA 5D37A 3EXRA 1VGAA 1X1ZA 3CIWA 2AGKA 4PODA 3GKFA 1HFBA 2AAMA 5ABTA 4K6AA 2DP3A 2W6RA 5KZDA 1W1ZA 1FXQA 5AC7A 1SZGA 4HHPA 1CI1A 3UWWA 1N8FA 1H61A 1Q6LA 1ZAJA 3TX9A 1KM6A 3FS2A 4IX0A 4KKXA 3TW7A 3DFSA 3C6CA 3CTLA 3G3DA 3USBA 1RVGA 3GR7A 3QH2A 4MLJA 1XI3A 3L68A 3SFKA 2Q3OA 3UZJA 4O57A 3TCEA 3S5OA 1SPQA 2Y63A 1YXYA 3HG2A 3UWVA 4JY9A 2C14A 3W75A 2WKJA 3G1HA 5EL1A 3N2XA 2A85A 4MYAA 3CEPA 2ZYFA 2VXNA 2GVLA 4AWTA 3K30A 3HQ1A 4CCEA 2ISSA 3HJZA 5E1QA 4IXXA 4UCGA 4A3UA 1TYGA 2JKPA 3A9IA 3S1UA 3V75A 2YR1A 2Y85A 3W1RA 3M7WA 1TSIA 1KM3A 4UMAA 3W83A 4I7WA 3GAKA 2NWRA 1I4NA 4OU1A 2E1DA 4O1AA 1W56A 4GRSA 4LUIA 4LY8A 4DQWA 2ZZ6A 1JCMP 1O5XA 3QM3A 2B7PA 3STEA 1H51A 1LLWA 2H6RA 1YTKA 3IGXA 1FCQA 5LGZA 1XXXA 3GK0A 3O06A 3DH7A 1DHPA 1KFLA 4UR7A 5D33A 4NT0A 3VFLA 3MYOA 3S42A 5TIMA 5K9CA 3N14A 1KTCA 3W70A 1X6UA 2QCEA 3EWZA 2YW3A 4X2RA 1XDLA 3C61A 3DHDA 4JTSA 2YYTA 4UTWC 1RQEA 4POCA 1LBLA 2FPVA 5SWUA 4JY8A 5A8GA 3L67A 4GUJA 3P7YA 3Q2DA 3B06A 4AWSA 4N9EA 1GZGA 3P62A 2C1HA 4AWUA 1SO3A 3I7QA 1G4SA 1F5ZA 3N9RA 1XBXA 2E77A 2J9ZA 1FY6A 2Y7GA 3HMJG 4JTIA 1KFEA 4UXDA 1UJPA 1XBZA 1TQJA 4NXSA 4ZQCA 3PULA 2FDSA 4HN4A 1OYCA 2NX1A 5GVJA 4M6VA 4X22A 5FF0A 1TPFA 2CLOA 4N6FA 2DU2A 2QJIA 3W7HA 1VR6A 3MP4A 3WK2A 2QCDB 1YDOA 1RPXA 4NX0A 3FOKA 1F74A 4FXSA 2GVGA 1WXJA 2DZSA 3AO0A 2FIQA 3FEMA 4UTJA 4PFMA 3DAQA 3WK3A 1VH7A 1KFBA 2ZZ4A 3W88A 3BLIA 1KM5A 3DI0A 2X30A 3G1XA 5DCBA 5AHIA 3NEVA 1K03A 2OX1A 3NNTA 5LHFA 2C0AA 4FB7A 4QQ3A 1AG1O 2VFDA 4FNQA 4BWLA 3KHJA 1G6CA 3NXFA 3ZWSA 4GXMA 3CEUA 3GYEA 4CQAA 5DBUA 4ZQPA 2A7RA 3T44A 3GZ3A 3UPBA 5FF2A 4FXRA 3PUEA 1X1OA 3UWUA 1H1YA 1MEHA 4B5NA 4KWWA 1SR9A 5LGXA 4N2YA 3BGGA 3IGSA 4UTHA 3FA5A 3B0UX 3E12A 4XQ6A 4MZ1A 4JICA 4GUHA 5KITA 4M6QA 2V5BA 3STCA 3W7GA 2GPTA 3L5MA 3B0PA 4RXGA 3TH6A 3G1VA 5F2LA 4AVFA 5DN1A 3NQAA 4O0ZA 4M7SA 1QPOA 3LGEA 2E5CA 4RCXA 4OHQA 3PC0A 2YSWA 4DPPA 4ZZ9A 3W7EA 5BOOA 2VC6A 2XFWA 4DPQA 1Y0EA 1Q6OA 4GUGA 1ZJIA 1SFJA 2ZRVA 3PY2A 3KVJA 3TUUA 3EKLA 1ME9A 3LHWA 3CB8A 3MI6A 3LCHA 3SSJA 3QMRA 4XUGA 4LVFA 1QNVA 3O15A 1VC4A 3NO5A 2DORA 2PRMA 5FF3A 4QM1A 2ZQ0A 4S2CA 1DQWA 2RDTA 3A24A 4BI6A 3RFAA 2WO5A 4GWEA 4KFNA 4R34A 3UD6A 1GOXA 4JTUA 1FQ0A 4FNTA 1YTDA 1DQXA 4KWVA 6TIMA 3W7NA 3QYQA 2NLIA 3NQFA 4D2JA 3UY8A 2WSRA 5CZTA 3R8RA 3M16A 1W5OA 1L6YA 3N2MA 3W2UA 4IPIA 3FJ6A 3S8HA 3P82A 2B7NA 1PCWA 2ATSA 4FNUA 2X2GA 5DY2A 2ABAA 1QCWA 2ZZ3A 3OVPA 4I9AA 3LTSA 1LM1A 1SW0A 2XN2A 1W3IA 1LBMA 2JBMA 2FB2A 3GLCA 4AH7A 4A22A 4IMCA 5C55A 4O13A 1S3HA 4IGHA 3UY7A 1K8XA 3RU6A 4S1FA 4XBKA 1WBJA 3TSDA 3FIGA 1TTJA 4LVAA 1TV8A 1H1ZA 4E2DA 4JTTA 3TSMA 3PVFA 1GVSA 4LC8A 3NAVA 2E6AA 3W84A 1QFEA 2NUYA 4AEOA 1KLYA 2CU0A 1YDNA 2PCQA 2ZA1A 2WOQA 5DELA 2ZTKA 3BPWA 3O6DA 1LYXA 3LXAA 4K8EA 3EB2A 3ZFHA 2KZHA 3IIVA 4CNOA 1F76A 1PIIA 1XUZA 3VE7A 1TMHA 3S1XA 1NVMA 3C0JA 3W7DA 1XCFA 4UMBA 1TPDA 3O07A 3R13A 1SZNA 2YW4A 3EX3A 1OABA 1F6KA 3C56A 1THFD 2QUVA 1TB3A 3G22A 2VELA 3G1YA 3IEBA 3TFCA 2QDHA 2V2HA 3LDVA 3TMLA 3B8DA 1TTPA 3NGJA 2TSYA 2GQAA 4JYFA 1SZEA 3LCGA 5AHMA 1GVOA 4AXKA 3NL3A 1P5BA 1OYAA 3E0IA 5F2GA 1ZALA 1PCKA 1JRCA 3W1LA 1Z42A 3W07A 3LLDA 3GR8A 3B0VC 1FCVA 1YADA 1DOSA 1H7PA 4M6PA 2RDUA 2YDAA 2CWNA 4NZJA 5AN7A 3QPZA 4Z0JA 3TC6A 3P80A 3HG5A 1JCNA 4K37A 5E0KA 3NPWA 2GQ9A 1R47A 3KFTA 2ZFAA 1XM3A 2VOMA 2QJGA 1DL3A 1X7FA 2OZ0A 3IIXA 4UFHA 1U5JA 4FX7A 2JKAA 3GB6A 4FEZA 2ZA2A 4RZ6A 1R2RA 4OWGA 5AHNA 1JRBA 2FJKA 1A53A 3S5NA 1Q45A 3MUXA 3TAOA 4AHQA 1H7WA 2E68A 1LZOA 3DFPA 4QNWA 3HPXA 4ADSA 1W5NA 3BO9A 2NV2A 4YXGA 1Q6RA 3TSBA 3NQ7A 3P61A 5KZEA 3GIYA 1GYLA 2O7QA 4XBSA 2CLIA 4M19A 4DO5A 4UTIA 2ZTJA 4JX6A 2CLLA 5IM51 4Z08A 3M44A 3F03K 3PR2A 4LNYA 3VKJA 2GOUA 3NQEA 5G4WA 1H7XA 1LORA 1RV8A 4CQ8A 4P61A 3UWQA 2V2DA 2A1YA 4NUWA 4L4MA 1O60A 3LV5A 3W22A 3CLMA 4LRTA 2C15A 5I3HA 1V5XA 3I7SA 1A50A 3LRMA 3F4WA 3TR2A 3N9SA 4ZVJA 5G1YA 3M1ZA 1W5MA 3QRHA 4UTMA 3O8AA 1OJXA 1OK4A 2DZUA 3GXNA 2B7OA 5C2XA 1B57A 3P5ZA 4Q33A 5KMYA 1G4TA 3U6WA 4HNVA 1QOPA 5HR6A 4Z0SA 4NJHA 4O54A 3LXBA 4NJGA 5F4XA 1NSJA 3BK0A 4S2BA 1TQXA 2Y89A 3GDMA 2CLFA 3BVJA 1IIGA 4O18A 3W76A 3G0SA 2NXHA 4AMAA 1QWGA 2W0UA 4O28A 4O0KA 3A23A 3B04A 5K2ZA 1ME8A 3L66A 1OFEA 1ML1A 3EWUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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