1NOWA

Human lysosomal beta-hexosaminidase isoform b in complex with (2r,3r,4s,5r)-2-acetamido-3,4-dihydroxy-5-hydroxymethyl-piperidinium chloride (galnac-isofagomine)
Total Genus 175
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
175
sequence length
498
structure length
480
Chain Sequence
ALWPLPLSVKMTPNLLHLAPENFYISHSPNSTAGPSCTLLEEAFRRYHGYIFGTQVQQLLVSITLQSECDAFPNISSDESYTLLVKEPVAVLKANRVWGALRGLETFSQLVYQDSYGTFTINESTIIDSPRFSHRGILIDTSRHYLPVKIILKTLDAMAFNKFNVLHWHIVDDQSFPYQSITFPELSNKGSYSLSHVYTPNDVRMVIEYARLRGIRVLPEFDTPGHTLSWGKGQKDLLTPCYSLDSFGPINPTLNTTYSFLTTFFKEISEVFPDQFIHLGGDEVEFKCWESNPKIQDFMRQKGFGTDFKKLESFYIQKVLDIIATINKGSIVWQEVFDDKAKLAPGTIVEVWKDSAYPEELSRVTASGFPVILSAPWYLDLISYGQDWRKYYKVEPLDFGGTQKQKQLFIGGEACLWGEYVDATNLTPRLWPRASAVGERLWSSKDVRDMDDAYDRLTRHRCRMVERGIAAQPLYAGYCN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of Human beta-hexosaminidase B: Understanding the molecular basis of Sandhoff and Tay-Sachs disease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords beta-hexosaminidase beta chain
total genus 175
structure length 480
sequence length 498
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF14845 Glycohydro_20b2 beta-acetyl hexosaminidase like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1nowA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 1nowA01
1Z32X 5IXEA 4OIFA 2E8YA 2OYKA 3LPFA 1QW8A 1UH4A 2DSWA 3QHNA 4L4OA 4QAWA 2D24A 5AYIA 2WAGA 3VMNA 1JDAA 1GZJA 1ZU8A 5BXSA 2XJ7A 3WF3A 4AIOA 3WIJA 1JXKA 2ZX6A 3F4VA 4PN2A 4WJXA 1W3KA 3WDHA 4UFKA 4JCLA 2EPMX 4TTUA 4ACYA 2EQDA 2WWCA 1D3CA 3WN6A 2OWCA 3VM5A 2D20A 1K9EA 1BYAA 5JBEA 1E73M 2A3CA 4H8HA 1BG9A 1V6UA 2ZXBA 4EK7A 2XGBA 5DFAA 3MMWA 4DM2A 4M8UA 3NSNA 1CZ1A 4W5ZA 4E8CA 2QPUA 3KL0A 8A3HA 1H2JA 4A4AA 2DGAA 1LG2A 3TTQA 4HMCA 1GOIA 3AZRA 1SMDA 1FP8A 1NWTA 1UR1A 1VJZA 1J12A 4W89A 2ZUWA 4YHGA 3K8MA 8CGTA 2QMKA 5D9OA 1VIWA 1OIFA 1VBUA 1KXHA 1W9UA 1BYBA 4A3HA 1XD1A 3WFLA 3WMCA 3WDRA 4FF5A 3CPUA 2ZXDA 5A2AA 1TVPA 2PWFA 1HT6A 2DPEA 4CVUA 3GNOA 2VUYA 4UFMA 1Q4NX 1UKPA 1KXVA 1J0HA 2GUYA 2WWDA 3N9KA 3WDPP 4PSPA 2QPSA 5DMYA 4D6CA 1QW9A 5JIWA 3BAKA 2W61A 4W8LA 1MXGA 1E6ZA 2UY2A 2ZX5A 1J0IA 1K6AA 3NDZA 5A6BD 4MADA 4M56A 3WNNA 1CXLA 1HJVA 3M6DA 2WLZA 1DP0A 1EO7A 4UNIA 2O9PA 1B3XA 2WNWA 3RILA 3SIMA 3T0DA 1CGVA 2QLYA 1GJUA 1LG1A 2WHMA 2VC9A 1GOWA 4BCEA 3WD4A 4LX4A 4C7DA 1C8QA 1Q6EA 1ITXA 1TVNA 2CHOA 2YL5A 2XVNA 2G3JA 4V28A 4UQEA 4B9YA 2NT1A 4AD0A 3WNLA 4EAMA 1P6WA 5A2CA 2DT1A 4J3SA 1H09A 1E40A 4UTFA 2PWHA 3VPLA 2JALA 2ZICA 1KGWA 1ISZA 2ZXAA 1TCMA 3GXMA 2VVNA 3K8KA 2EPNA 3AIBA 1EHNA 4TVUA 4Z2IA 3PZQA 5C8BB 2GDVA 3MV01 4F66A 1LQ0A 4PMQA 4KH2A 4PRWA 3L4VA 1HVQA 2WPGA 4XZBA 2J79A 1QHPA 2EPOA 3RO8A 4HA3A 3TP4A 3ARZA 4UR9A 1V0MA 4DUVA 4Z2JA 4JAWA 4DUXA 3FHAA 1VEMA 4PMRA 4GKLA 3PZNA 4U3AA 2NW0A 3ZMRA 2X2YA 2XVGA 1JNEA 3GH4A 4GI6A 3BGAA 4JFUA 3AS3A 2UWFA 2BVTA 3CUFA 3U7BA 3MUY1 1GHRA 3RMEA 3RM9A 5CJ5A 1CEOA 2D2OA 3DC0A 3VDCA 1FHLA 2F2HA 4PTMA 3MUZ1 5HPOA 3ARQA 5CGTA 2VZSA 3BAIA 5FCZA 2WVVA 1AVAA 3IK2A 2FDMA 2WKLA 3UERA 3BCDA 1OT2A 3WBAA 1JDDA 3SCNA 3OGRA 4OZOA 3WFZA 1OGGA 1OB0A 4E2OA 1UG6A 2J7GA 1KXTA 3WELA 2Y4SA 3AYRA 3POCA 3W28A 4IUGA 2DIEA 4P8XA 4W86A 4F8XA 5A69A 4C7FA 4P8VA 4J28A 3VTRA 3BAWA 3WQ8A 3OB8A 1K9DA 3AIRA 1JD7A 1PZ3A 1NQ6A 3RJYA 4FMVA 1NOUA 2PWGA 1W9DM 3T08A 2D3LA 1FH9A 2OSYA 1CXKA 2EPLX 1E1EA 2C7FA 3IJ8A 3W6MA 1XHGA 3AMCA 3SUUA 4R5EA 1HJXA 2CKSA 4MJ2A 3ZQ9A 3EDDA 1JZ4A 5GPRA 3PHAA 4AZCA 5A6AA 3SUTA 1LJYA 1UZ1A 3GBEA 1GVYA 4LGXA 4D6GA 2B31A 4KGJA 3BMVA 1CDGA 1W1VA 2WMHA 4AZGA 3WF0A 3VDAA 3PTMA 1IV8A 1BGGA 2CNCA 2OLHA 4U2YA 3SCOA 3GZAA 2GVYA 5CSUA 1XV8A 1UD6A 4P7NA 4UCFA 2AMGA 1B31A 4ZENA 2W91A 1PBGA 1CLVA 1G01A 3AIEA 2VO5A 1BPLB 1J10A 2XFRA 4P7LA 3WEZA 4NRRA 4NF7A 3BH4A 4ZFMA 4OOUA 1JIBA 2JEQA 4PMYA 2YL9A 1HKJA 2YLAA 3PZOA 3W27A 4UOQA 4JFSA 1SFSA 4JFVA 4CD8A 4K68A 2WK2A 4FLSA 3WNMA 5A8PA 1NWRA 3CMJA 1EO5A 1UUQA 4Z2LA 3U7VA 2PBOA 1US3A 2J7HA 3A3HA 5F7UA 1V3HA 4LYQA 2O9TA 1D7FA 1QVBA 3VIMA 3PZVA 3D3AA 4W87A 1GUVA 3QOKA 4AD5A 3SEPA 1VEOA 2XSBA 3TA9A 2Y5EA 3KEHA 1R7AA 3UG4A 2W63A 1XD0A 1ZJBA 2ZUMA 5E09A 1IT0A 5KZ6A 2J7DA 1H0IA 2OYMA 3KL5A 3AJ7A 4KRUA 2CIPA 4S3JA 1KR0A 2ESCA 2WMIA 4ATWA 1JYWA 3AIUA 1EGZA 1CBGA 1W1TA 2WVUA 4MNMA 1DWJM 3AMDA 2GK1B 3FXYA 1F4AA 4F9DA 2VL4A 2VZOA 4XZWA 2FH8A 3LPGA 1RD6A 1FFQA 2OSXA 4AZ6A 4M24A 4HA4A 3W37A 3CZ8A 2E4TA 4MNJA 3WQVA 2NT0A 2W92A 2OSWA 1TMQA 3WQ6A 4UQDA 3VO0A 5TD4A 1ZBVA 3T0AA 1EOKA 1VEPA 1UD4A 1JYNA 1G94A 1O7AA 3IANA 4MB1A 3F5JA 2J7EA 3BLPX 1SMAA 5ABHA 1TZ7A 2G3MA 3WF2A 3G6LA 1JFHA 3F5LA 1OT1A 4P7QA 3VD4A 3ARYA 3MMUA 4PMXA 4QCEA 3VDHA 2X0YA 1OD0A 4W8BA 1LWJA 4WSKA 2YIHA 2GJPA 1DWGM 3EDKA 5GNZA 1PZ2A 6A3HA 1MWOA 1W2VA 1E3ZA 1KQYA 3N15A 1B3YA 1QI2A 5LA2A 2HISA 2ZUNA 3UG3A 1WDQA 3DYMA 4IPNB 2WCSA 1GQKA 3AIWA 1V0LA 3PTQA 1E6XM 1C8YA 5JBFA 1M7XA 2Y8KA 1UR2A 1XH1A 1RH9A 1R85A 2VX6A 1V02A 2PI6A 1ZL1A 1IZKA 1TA3A 5I77A 2YBUA 1CLXA 4HZ6A 1KWGA 1MQQA 3VIPA 3NSXA 4H2CA 5BROA 2WC3A 2V3EA 1XSJA 1NWSA 3U57A 4A3YA 2DT3A 3CUJA 3UG5A 1IZJA 4J27A 4YPJA 3PTKA 3IAPA 2XPKA 2W5FA 4TVCA 4MNLA 2ZX7A 5A6BA 3FN9A 4J3UA 5A6SA 3BAJA 3ZJ7A 3QOMA 4KRTA 3HMCA 2J77A 3CZGA 4HU0A 2J7FA 1PPIA 3WD0A 3WENA 4UQAA 1RPKA 4IISA 2CPUA 3VX1A 2AOSA 3OBAA 1UWSA 4LYPA 5M17A 1XRVA 3GBDA 4UQBA 4CU6A 3DYPA 5I23A 1C93A 1X6LA 3CMGA 4AMCA 3WUEA 1GOKA 4NI3A 1FFRA 1J01A 1VBRA 1HNYA 1JG9A 2W67A 2HVMA 1C7SA 5DO8A 1CENA 4BA0A 3ECQA 3CBWA 2JF7A 1HJQA 1KWKA 3AIVA 3VD5A 5A6MA 4PMNA 1VRXA 4MB5A 2W62A 3ARTA 3NCOA 1ISVA 3DECA 1X6NA 2XIBA 2F8QA 3I3EA 5D9MA 1E6NA 5C70A 3W53A 1GOQA 3CUIA 5AC5A 1B0IA 3BLKA 2X05A 7A3HA 2E9BA 3AROA 4M80A 3MU7A 4MNKA 4W8AA 3ZR5A 2D0HA 1CGWA 1HIZA 1W9VA 4UFHA 3WBEA 1U33A 4FLRA 2XTKA 3CO4A 4LXFA 1Q6FA 1PIGA 3NYDA 1E72M 3M07A 3WH7A 3VGGA 3CZLA 4J3XA 2DSKA 1A3HA 1KCKA 3AI0A 5GNXA 1C3FA 3WF1A 1UD5A 4CN1A 3WDIA 4AXNA 3RIKA 4V2XA 2GJXA 4QLKA 5M03A 1CGXA 3VVGA 4TX8A 1ECEA 3MKKA 1DTUA 5AY7A 3SUVA 5KEZA 1TG7A 2E8ZA 1UH3A 3N11A 3WD2A 2ZWZA 3ZT5A 5M5DA 2BVDA 3II1A 3GH7A 3VMPA 3PZIA 1QI0A 4JIEA 1UWIA 4PSRA 1BAGA 2WHLA 2PF0A 3CZJA 1ISYA 1C90A 3ZOAA 9CGTA 3B9DA 3BMWA 4H41A 4HOZA 1GW1A 2VZTA 1HXJA 1JYVA 3S2CA 3T0BA 6CGTA 4HP5A 1MW3A 4ACZA 2UY3A 1BHGA 2FHFA 5EMYA 2XFFA 4HA1A 1B3VA 2DIJA 3QR3A 4MDPA 1V08A 1JZ5A 3A6OA 3WUFA 1CECA 1W3JA 4NZCA 5ABEA 5FOOA 4J7RA 4QLJA 4UZUA 3L4YA 3HN3A 1W1YA 2FHCA 1DWAM 2VCAA 3OA5A 4KGLA 1KQZA 1UKTA 1B3ZA 3ARPA 3KE0A 4P8UA 3W0KA 1E6SM 5A6LA 1CGUA 4OKDA 3UR7A 1V6XA 3WMSA 4W7VA 3EYPA 2CYGA 1BG4A 3W38A 1OGSA 4B15A 1V0NA 2JF6A 3VIGA 3U5YA 1UWRA 1TE1A 3BCFA 5E6ZA 1V03A 4AZCB 1LF1A 3EDEA 4DWSC 4AZ7A 4WK9A 1W3LA 4BQ2A 1GQIA 3AS2A 4DWSB 1QNPA 5EFDA 3OLEA 1PX4A 5A8QA 2J8FA 1UA7A 4B16A 3ARRA 2VRQA 1E0XA 1EQCA 1H41A 1W1PA 2BFGA 2Z1SA 5D8WA 3VIHA 4TOQA 5CGMA 2EBNA 4CCCA 4EE9A 3OZOA 1UHVA 1FA2A 3L2MA 2CCRA 1L0PA 4ML4A 4W7UA 4X0NA 3AHTA 1GVIA 2UY5A 3AFBA 2Y2WA 4AYSA 3WQ5A 2D1ZA 2V38A 1XGZA 3ZO9A 5E6YA 3BAXA 3CZKA 1QNOA 2A3HA 3PZGA 1XSKA 1V3KA 1CGYA 4ZE4A 3U5UA 4UFLA 4Z2KA 3AQUA 3N04A 2XVPA 1V02E 1JF6A 2BS9A 2E9LA 2VCBA 1UQYA 2WW5A 1QI4A 1C8XA 1JNDA 3UEQA 3CHEA 4ZXOA 3T09A 1KGXA 4PUDA 5CLWA 1WNOA 2ZXQA 4DM1A 1ZBCA 3ZM8A 4GIAA 3MANA 4PMVA 3WSUA 3VD9A 1B2YA 1WPCA 1WE5A 4GO9A 1F4HA 2JEPA 2YKKA 2VT0A 5LYRA 2D22A 4NSBA 5FKYA 4LYRA 1UKOA 2BY1A 2O9OA 2Q8XA 3T2QA 2O9RA 5I6SA 1HL8A 1RP8A 5I3DA 2V3GA 1NWUA 3SCVA 1FH8A 2ZUVA 3WDJA 1S46A 3WNKA 1KB3A 1BFNA 1UYQA 3A47A 4CU7A 1CIUA 2XYLA 3CTTA 3L4ZA 4CU8A 5BXRA 2YLLA 3I3DA 2AAAA 3AIQA 4CGTA 1LL7A 3ZT6A 4ZEPA 4PMDA 4BQ4A 1WDSA 1MXDA 4CD4A 1G5AA 3L4TA 3NIYA 1MW1A 4H7VA 3VNYA 2CXGA 2J62A 1C7TA 2DH3A 4QFUA 1HL9A 2E9MA 1MW0A 4OBSA 1E6PA 3O9NA 3TTOA 3TTSA 1OWQA 4JHZA 4W88A 2W66A 2CKRA 3SCSA 1XCXA 3OLGA 2VTFA 1OGBA 3CHFA 4LQ1A 3M7SA 5E0CA 1MW2A 5JIPA 5I79A 3ZSSA 1VFUA 2JIWA 4MB4A 2F61A 5A8MA 2WSKA 4D71A 1KR1A 3FAXA 2V5DA 1M01A 2YBTA 5DT7A 2XGIA 1E5NA 2CBIA 3MSDA 1B1YA 2DT0A 3TTYA 1UWQA 3FHQA 2ZIDA 2E40A 1JL8A 1NOWA 1JAKA 3HJEA 4PCSA 4MJ4A 3SCTA 4CVWA 4CUCA 3ZJKA 4D1IA 1EXPA 3FAWA 1K9TA 1TA3B 3ALGA 1KXQA 4WKAA 1EA9C 2WHJA 2J7BA 1WP6A 3CGTA 1UKQA 1I75A 3SUWA 2WMGA 1QHZA 2VZUA 3GYCA 4CN4A 3EMCA 3W6LA 2DH2A 1ZS2A 4GINA 1VB9A 1HKKA 5CPQA 4GZIA 1WO2A 1KGUA 3ZIZA 1WZKA 1UKSA 1PX3A 3FW6A 3UETA 4AY1A 2CESA 5CPTA 1CNVA 3OIHA 1CWYA 3N13A 1ZBKA 2JIEA 4W93A 3CHCA 4HOWA 3WD1A 5CPSA 2QF8A 1XH2A 1EDQA 3VGBA 3AXIA 2WANA 1MFUA 2VR4A 4OJYA 3MV11 2VOTA 4JHOA 2YOCA 4RE3A 3VILA 1JI1A 5ABGA 4QDMA 5IHRA 3B9AA 1R86A 2WMJA 3VIOA 3QGVA 5CQ1A 2WBKA 4QLLA 1W91A 1H3GA 2WSPA 1AQMA 1CTNA 4TTGA 2V3DA 3ARWA 3ARUA 4PTXA 4XV0A 4AZBA 4FK9A 1KFWA 2IXVA 3SURA 3QHOA 4GQQA 4Q7NA 2ZE0A 3S6TA 4CCEA 1KBKA 3RM4A 1E71M 2Y8VA 4CN6A 2BXZA 4WSJA 2E3ZA 2VMFA 3W4RA 5CZKA 5A94A 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1JAEA 2VNCA 2VCCA 2PWEA 3WD3A 3GDBA 1VAHA 2EO7A 4AD4A 5HOSA 1JGIA 4M1RA 5ABFA 4HPGA 1U2YA 2WZEA 1PIFA 5BRQA 4D6DA 1B9ZA 5I0DA 4WIWA 4JZ5A 3GNPA 1J0KA 2A3EA 1SR0A 2YDSA 1QOXA 3NJ3A 1BVNP 2J75A 4YHEA 2PWDA 2GK1A 4AZIA 1BF2A 5IFPA 2BHYA 1QNRA 5CSYA 3KL3A 1H4PA 1K9FA 3PN8A 2ZOXA 1HJUA 1V3JA 1QBBA 4HOXA 3VMOA 3OLIA 1WZMA 4BQ5A 1NM9A 1UD8A 2OYLA 3WQ4A 1CGTA 1ZJAA 4PTVA 2IXUA 1PEZA 7TAAA 2X09A 3THDA 3BSGA 5JBDA 2X1IA 2DSUA 1JYXA 3PZTA 3BAYA 2XFYA 1VENA 2WVVB 4AEEA 1Y7VA 4JKMA 5FIPA 2CITA 3GXDA 5IHSA 1HKMA 2WCAA 2J74A 2CBJA 4PEEA 5JUVA 1OM0A 3VGFA 1E6RA 2GDUA 3IJ9A 1VFMA 1CPUA 2OWWA 1WZLA 1GOOA 1HKIA 4FLQA 5I5RA 3ARVA 1Q6CA 3KWXA 3WDQA 3O6AA 2C0HA 2D23A 3SCUA 3ALFA 5A3HA 2CBVA 1CXHA 4D72A 1TR1A 2BNJA 3A4XA 4OBRA 1GQJA 1J11A 2ZUUA 3RM8A 2IUZA 2J25A 1E43A 1UA3A 4TVDA 1E3XA 2EPKX 4PUEA 2BY3A 1W9PA 4UFIA 2VQTA 3GM8A 2BHZA 4HTYA 1UZ4A 2XG9A 2BV9A 4GQRA 3ZJ8A 1W3HA 2QHAA 1VFFA 1E15A 4Z2HA 3K46A 1CXEA 1ODZA 4UQ9A 2WYSA 1MYRA 2C8NA 2CERA 3W81A 3MUAA 1V6WA 1UOKA 3CZEA 1Q6DA 5HBFA 1QHOA 4PMUA 1J18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Z32 X;  5IXE A;  4OIF A;  2E8Y A;  2OYK A;  3LPF A;  1QW8 A;  1UH4 A;  2DSW A;  3QHN A;  4L4O A;  4QAW A;  2D24 A;  5AYI A;  2WAG A;  3VMN A;  1JDA A;  1GZJ A;  1ZU8 A;  5BXS A;  2XJ7 A;  3WF3 A;  4AIO A;  3WIJ A;  1JXK A;  2ZX6 A;  3F4V A;  4PN2 A;  4WJX A;  1W3K A;  3WDH A;  4UFK A;  4JCL A;  2EPM X;  4TTU A;  4ACY A;  2EQD A;  2WWC A;  1D3C A;  3WN6 A;  2OWC A;  3VM5 A;  2D20 A;  1K9E A;  1BYA A;  5JBE A;  1E73 M;  2A3C A;  4H8H A;  1BG9 A;  1V6U A;  2ZXB A;  4EK7 A;  2XGB A;  5DFA A;  3MMW A;  4DM2 A;  4M8U A;  3NSN A;  1CZ1 A;  4W5Z A;  4E8C A;  2QPU A;  3KL0 A;  8A3H A;  1H2J A;  4A4A A;  2DGA A;  1LG2 A;  3TTQ A;  4HMC A;  1GOI A;  3AZR A;  1SMD A;  1FP8 A;  1NWT A;  1UR1 A;  1VJZ A;  1J12 A;  4W89 A;  2ZUW A;  4YHG A;  3K8M A;  8CGT A;  2QMK A;  5D9O A;  1VIW A;  1OIF A;  1VBU A;  1KXH A;  1W9U A;  1BYB A;  4A3H A;  1XD1 A;  3WFL A;  3WMC A;  3WDR A;  4FF5 A;  3CPU A;  2ZXD A;  5A2A A;  1TVP A;  2PWF A;  1HT6 A;  2DPE A;  4CVU A;  3GNO A;  2VUY A;  4UFM A;  1Q4N X;  1UKP A;  1KXV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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