1OINA

Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
444
structure length
442
Chain Sequence
NVKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
total genus 177
structure length 442
sequence length 444
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-06-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1oinA00
1KXVA 5CGMA 1US2A 1JXJA 5BRPA 2VX6A 2WLZA 1UWQA 1WO2A 2WVVA 3JUGA 4U5IA 3S2CA 1VF8A 5CJ5A 2Q8XA 4PTVA 2FH6A 2BY2A 4NRRA 4FLQA 1KGXA 1AQMA 4GPNA 3QHMA 3L4XA 2XVGA 4W86A 2PWHA 1EO7A 4ATWA 1QNSA 2OWWA 4M8UA 1BSIA 1TA3A 3AHXA 3BMWA 1E1FA 3EDDA 1HVXA 4AYSA 3AMDA 3BCDA 3MMWA 5GNYA 3EDKA 2WZEA 4ZE5A 1IV8A 2E0PA 1DWIM 1HXJA 1CGUA 5A2BA 1BHGA 4Z2KA 4X9YA 2DEPA 1OM0A 5I2UA 1NOWA 2XVNA 4Z2IA 4D6JA 4CCEA 1E15A 3VIHA 1NWSA 1OINA 3ZM8A 2FHFA 1QW9A 2J74A 2CESA 4BZYA 4H2CA 3OGSA 3GH4A 1CGYA 4OOZA 5E0FA 3SCOA 4OZOA 3QR3A 1E6ZA 2VNCA 2VZOA 3DECA 4JAWA 1E55A 2XM1A 4CCDA 8CGTA 5D8WA 4NZCA 2XTKA 4FLSA 1XYZA 4LPCA 2ZXQA 5A6BA 3NUKA 2EQDA 1Q6CA 1WNOA 3VIFA 4E8DA 3CHFA 1ECEA 2EPOA 4EAMA 5LA1A 1V3HA 5CXPA 1B3YA 4CVWA 2OSXA 4AXNA 7TAAA 1QBAA 4AIEA 1J11A 4CD4A 3VNZA 1MXDA 1UWUA 2VJXA 5AY7A 3UR7A 4D6FA 4UQBA 4H8VA 3F5KA 2FGLA 5KEZA 3N11A 2DDXA 4IUGA 4X0VA 2QLYA 1G9HA 5EMYA 1H1NA 1SFSA 4URIA 2J7FA 2Y5EA 4JCMA 4MJ4A 4UCFA 2WVSA 2VQUA 1HKKA 5TD4A 1UR2A 1GPFA 3AMGA 3PZOA 4NSBA 3CIVA 3I3EA 3KZSA 3RO8A 5A8NA 1MQPA 1L8NA 5A8QA 4BQ5A 3W24A 1D7FA 1JAEA 1JF6A 1UH2A 2ZX9A 3TTYA 1CGWA 1GZJA 4FK9A 2G3JA 4QLLA 3GBDA 3KL5A 2OSWA 1GQLA 2UY4A 1TUXA 1KCKA 3GZAA 3UETA 3NJ3A 2QF8A 1W3LA 3WDRA 5HOSA 2WBKA 2VZSA 4U33A 1G0CA 1NM9A 1QPKA 1EQCA 3AZSA 5I3DA 1SMDA 3K8KA 1H2JA 1UA3A 4W85A 2WWDA 3L4ZA 4AEFA 5CZKA 3WY1A 3W25A 5A6SA 1TMQA 1EHAA 4H04A 3ZSTA 4P8UA 1ZS2A 1ZJBA 3RM4A 3VD9A 5A6KA 5CG0A 3VNYA 3N13A 1JZ6A 4CU6A 5C8BB 3L4TA 1W1VA 3SCRA 4MB4A 4AZCA 4DUWA 4WKAA 1UA7A 4UNIA 1VENA 3O6AA 3KL3A 4L4OA 3WDPP 2DPEA 1U2YA 3SUVA 2J77A 1KXHA 2ZX6A 3LPOA 1TA3B 1CXHA 2VUYA 5JUVA 1JAKA 1V3JA 3F5JA 3AQUA 3PBGA 4NF7A 4U2YA 3CPUA 1IZJA 2XGIA 3BAWA 2E3ZA 2DSKA 3AHZA 1KR0A 1BPLB 4W8LA 3ARUA 4PUEA 1PPIA 4UOQA 3OIHA 2F8QA 2BVTA 3ARVA 4S3KA 5HXMA 1VEMA 2PWFA 2Y4SA 2X2YA 1UD6A 4LYQA 7A3HA 2VZVA 4PCSA 4J3UA 4UQCA 2WSPA 1OIFA 4EK7A 4HOWA 2WMJA 3A4WA 4B15A 4J3XA 5BXTA 4P7OA 1E4LA 1V6XA 4UQEA 4ATLA 3T0AA 3WFZA 3HMCA 3KWXA 1CGXA 2EEXA 3MO4A 3TP4A 1CXKA 1C8QA 1QNOA 1BAGA 4AD5A 3ZMRA 3WH5A 1FP8A 4JHZA 4JKKA 4L4PA 3CMGA 1JG9A 5ABFA 3WNLA 2JEPA 4ZEPA 4WJXA 1VIWA 1BTCA 4M80A 4UFJA 2Y24A 2EBNA 5CPSA 1UKTA 1JYVA 1UQZA 2XFFA 3RILA 2VX4A 1UKQA 3K8LA 4MNJA 3BMVA 2O9RA 2VRQA 5D9MA 3BSGA 1VAHA 1QI4A 3F5LA 1PX3A 2Y2WA 4OUEA 3II1A 3RM9A 4ML4A 3T09A 3K4DA 1V6UA 2WZIA 3MV11 1EDGA 3SCNA 1H0GA 3MSGA 1B3VA 3W81A 3WBEA 1KBKA 2EPNA 2ZWZA 5FCZA 4QCEA 3VX0A 1HKIA 1W3JA 3U7BA 4RL3A 2AMGA 1HX0A 1EQPA 1LWJA 4PMVA 1C92A 3VPLA 2GUYA 4JHOA 1XCXA 1AVAA 2D24A 3WELA 3CZEA 4UFMA 3U5UA 1XV8A 1FH8A 2WKGA 1FHLA 2YJQA 1UQYA 4HPGA 1WE5A 3T0BA 4UFHA 2BVYA 1E6QM 1K9EA 4HU8A 1XSKA 1Q6FA 4W88A 3KEHA 1BVZA 1JD7A 2WANA 2BFGA 3AROA 1HIZA 3WEOA 1NQ6A 1HJWA 3WD0A 4M1RA 2GDVA 4RE3A 1LJYA 4D72A 3AIVA 1H41A 4AZCB 4EE9A 3POCA 4KRTA 1I1WA 4DM1A 1I1XA 1VB9A 1HJUA 1CDGA 5JIPA 3AXHA 5AYBA 3ZJKA 2GVYA 3PZQA 4Z2JA 4DWSC 1KCLA 3A6OA 2VCCA 1JZ2A 1W9PA 1W1YA 4J3WA 2VO5A 1C91A 2JF6A 4R5EA 3A3HA 2BXYA 1ISVA 3EDFA 4TVUA 1UWIA 3GDBA 4XV0A 2WMGA 1JL8A 1WP6A 1OSEA 1H49A 2CBJA 3WH7A 1GVYA 1J0JA 4BS0A 8A3HA 4TX6A 3CUGA 1R8LA 3WUBA 4AIUA 5FL1A 2WCAA 2ZX7A 3WDJA 2X1IA 2YLLA 2NSXA 3ALGA 3SUTA 5LA2A 3SCTA 3MSDA 1WZMA 2XYLA 2A3EA 1E73M 1FHDA 2W66A 1E3XA 2OYMA 1QI2A 3HN3A 4V27A 1DWFM 2XUCA 4DM2A 2GSJA 3WENA 3VUPA 2V38A 1A47A 3A4AA 2CNCA 4GXPA 2XFYA 4PTWA 1Q6EA 2YBTA 3WEMA 1B3XA 3SCWA 3W26A 1BQCA 2DSUA 3N18A 3SUWA 2WC4A 1NWTA 4BQ3A 1VBUA 4OIFA 3SCPA 1J0HA 3MUAA 3WDQA 5HPOA 4W87A 3CBWA 3GXMA 4FLOA 1JZ8A 4PSPA 1JFXA 4CN1A 4PMDA 4W84A 2PWDA 2J75A 3PHAA 1ESWA 3THCA 4B9ZA 3B9DA 5ABFB 5C71A 1JD9A 2CHOA 3QOMA 4W93A 2GJRA 1BF2A 3AMLA 3W6MA 1UZ1A 3WF4A 3GH5A 1CZ1A 3BLKA 4DWSA 3PZVA 2ZIDA 1UWTA 2JALA 1VEPA 4PCTA 2VVNA 3AICA 1EDQA 1OT1A 1YQ2A 1ZB5A 3WH8A 2XG9A 4P7NA 3OLEA 1FFQA 2WYSA 1MW1A 1E71M 2ZWYA 5E70A 1HP4A 3AFBA 2YL8A 4CKQA 1FH7A 3QOKA 1XRVA 3A4XA 2OSYA 1GHSA 3EYPA 1N82A 2J25A 2YKKA 4PMRA 1Z32X 4MNMA 2W67A 2QPUA 3NYDA 4AD2A 2CYGA 3ARPA 1JZ5A 2CXGA 5A8MA 1JF5A 3HJEA 5CPQA 3RMEA 4P7RA 5EFDA 3WF1A 3UESA 1WAWA 4M29A 1E43A 1EIBA 3POHA 4K68A 3W28A 3VGDA 1XH1A 2PF0A 5M17A 1E56A 1UZ4A 5JBEA 1V0LA 2DH3A 1E6SM 2FDMA 4HOXA 1VJSA 2D0GA 3AIEA 3WEZA 4AIOA 2YLAA 4PYSA 1GJWA 2E4TA 3VM7A 5A69A 3W38A 5A6LA 1JFHA 4PMZA 1V0MA 3T08A 5A8OA 4QLKA 2UY5A 2J79A 4M56A 2BNJA 3VD4A 5E6YA 4UZSA 1CENA 1UD2A 3AIWA 2DSVA 3AIRA 4TOQA 3N9KA 1GCYA 4E4PA 1V6WA 3IAPA 1KGWA 3FAWA 5BROA 1GQJA 5E9AA 1ZJAA 4PMXA 3VILA 1V3KA 3FHAA 3K8MA 3VGEA 1WB0A 4KGLA 2G3NA 2PB1A 4OOUA 1JZ7A 3WIJA 3WF2A 3AHYA 3M7SA 2XWDA 1GOOA 4UOJA 3W27A 3M6DA 3VD5A 1K9FA 2JIWA 2C7FA 3UCQA 1ZBWA 2J7BA 3U5YA 1KFWA 4BA0A 1M04A 3MV01 1GORA 2OLHA 4YN5A 5GNZA 1IT0A 2Y8KA 5GPRA 2DT2A 1TVPA 1GONA 1LLOA 5ABEA 1OD8A 4GZJA 1TFVA 4AD3A 2O9PA 4D6CA 1VJZA 4P8WA 1RH9A 2CPUA 4TTUA 3GM8A 2J7DA 4WSKA 3WD1A 4MAZA 1UUQA 4GI6A 4D6GA 2YA0A 5DT7A 1VFOA 1OBAA 1UR1A 1CYGA 4PBGA 3T2OA 1E5JA 5E6ZA 1E4NA 2J7HA 3E1F1 3U7VA 1B90A 1V02E 4Z2LA 1OD0A 2E9BA 1H0IA 4AZ6A 4HMEA 4D6IA 1EOKA 2J47A 4U5KA 1DWJM 1KXTA 3K46A 1V0KA 2WK2A 1AQHA 4EKJA 4P8XA 1D3CA 1XCWA 2IXVA 4WIWA 1CLXA 1JI1A 3RJYA 4GO9A 4N0RA 3IANA 3WUEA 4CU8A 2VTFA 3TONA 2VCBA 1E6NA 1DTUA 2WHKA 1DWHM 4HA4A 4JFUA 2UWFA 2BHYA 4CD8A 2ESCA 1J18A 1DHKA 5DF0A 3IK2A 4B9YA 2DSZA 4UQDA 1HKJA 4P8VA 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5CGTA 1KXQA 3PTQA 4D6HA 1UOKA 3BXWA 4AZBA 3TOPA 4ZXOA 2ZUUA 3WF0A 5IXEA 2WVUA 2RGLA 4ZFMA 1ZL1A 3RPMA 1K9DA 1NP2A 3ZQ9A 1B9ZA 2VRJA 1EGZA 4BQ4A 6A3HA 2G4FA 4AWEA 1TR1A 3VIMA 2VVSA 2YL5A 1MXGA 4B16A 1LG1A 4QFUA 3GNOA 1G01A 4D71A 1ISZA 3L2LA 2JE8A 1XSJA 1EOMA 2CITA 2WCGA 3W6LA 5CPTA 2D1ZA 4A4AA 3AS1A 4KMQA 1C93A 1HN1A 3VDAA 1RP8A 3AXIA 5A6JA 1DEDA 4QDMA 3GXDA 4IPLA 2XVLA 1M03A 3WUFA 1OT2A 5DMYA 1NP0A 2EPMX 1UD8A 1QI5A 1E70M 5IHSA 3BAYA 4PMOA 1UHVA 2O9TA 4J27A 3OGRA 1E6RA 3WMSA 3OG2A 1QNQA 4UOZA 1KQYA 3N15A 1A3HA 3PZTA 2YIHA 3PTMA 3WQWA 2MANA 1X6LA 2XWEA 1ISXA 4HMCA 3AXXA 2D0FA 1B3ZA 5AYIA 3WKZA 2EPKX 1JYXA 1E6XM 1VFMA 4GZEA 2W91A 5M5DA 2QV4A 1E0WA 4FF5A 1JZ4A 1H09A 3AYSA 4AD0A 4Y7EA 1PJ9A 4PMUA 4X0NA 4HOZA 1DWGM 5IFTA 3W82A 1E0VA 5M03A 3MUIA 3VIPA 1V03A 4ACZA 2UY2A 3OLIA 1PX4A 2JF7A 4MDPA 4PTMA 4P7LA 3VIIA 3WNMA 3B8SA 4AD1A 3CZKA 1HJQA 3DC0A 3TTSA 3SCVA 2J8GA 3OZPA 2GJPA 2ZUTA 1E4IA 3CUJA 1B0IA 2BV9A 3L4WA 3MANA 3VMNA 4H7VA 4D1JA 3CTTA 2J4GA 3QHOA 1PBGA 2JIEA 1FOBA 1W32A 3D3AA 4PMYA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1KXV A;  5CGM A;  1US2 A;  1JXJ A;  5BRP A;  2VX6 A;  2WLZ A;  1UWQ A;  1WO2 A;  2WVV A;  3JUG A;  4U5I A;  3S2C A;  1VF8 A;  5CJ5 A;  2Q8X A;  4PTV A;  2FH6 A;  2BY2 A;  4NRR A;  4FLQ A;  1KGX A;  1AQM A;  4GPN A;  3QHM A;  3L4X A;  2XVG A;  4W86 A;  2PWH A;  1EO7 A;  4ATW A;  1QNS A;  2OWW A;  4M8U A;  1BSI A;  1TA3 A;  3AHX A;  3BMW A;  1E1F A;  3EDD A;  1HVX A;  4AYS A;  3AMD A;  3BCD A;  3MMW A;  5GNY A;  3EDK A;  2WZE A;  4ZE5 A;  1IV8 A;  2E0P A;  1DWI M;  1HXJ A;  1CGU A;  5A2B A;  1BHG A;  4Z2K A;  4X9Y A;  2DEP A;  1OM0 A;  5I2U A;  1NOW A;  2XVN A;  4Z2I A;  4D6J A;  4CCE A;  1E15 A;  3VIH A;  1NWS A;  1OIN A;  3ZM8 A;  2FHF A;  1QW9 A;  2J74 A;  2CES A;  4BZY A;  4H2C A;  3OGS A;  3GH4 A;  1CGY A;  4OOZ A;  5E0F A;  3SCO A;  4OZO A;  3QR3 A;  1E6Z A;  2VNC A;  2VZO A;  3DEC A;  4JAW A;  1E55 A;  2XM1 A;  4CCD A;  8CGT A;  5D8W A;  4NZC A;  2XTK A;  4FLS A;  1XYZ A;  4LPC A;  2ZXQ A;  5A6B A;  3NUK A;  2EQD A;  1Q6C A;  1WNO A;  3VIF A;  4E8D A;  3CHF A;  1ECE A;  2EPO A;  4EAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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