1OUBA

Contribution of hydrophobic residues to the stability of human lysozyme: x-ray structure of the v100a mutant
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
KVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRATNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVARDPQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Contribution of the hydrophobic effect to the stability of human lysozyme: calorimetric studies and X-ray structural analyses of the nine valine to alanine mutants.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 1oubA00
1RE2A 1IOCA 1LZ5A 4XENA 3ULRA 5D5FA 2CDSA 2ZQ4A 4PPOA 2W1XA 1VDSA 1YAQA 133LA 1OUCA 1UIEA 2ZQ3A 4H94A 1LYSA 5KXOA 1E8LA 1GFVA 1LSZA 2MEFA 4XN6A 5E9RA 1CJ7A 2HU3A 1IP3A 3W6DA 1B7SA 3W6AA 4RDSA 1LCNA 5M1YA 1LSDA 1DPXA 5C6IA 3AGIA 2Q0MX 1HSWA 4ET8A 3J6KA 1XEIA 5IHGA 1GFRA 1UIHA 1LSEA 1CJ8A 7LYZA 4L41A 1TDYA 2DKVA 5KKIA 1B5YA 1DKKA 1UIBA 1W6ZA 2RSCA 4NGKA 5F16A 1TCYA 2MEBA 2ZNXY 4TSBA 1B0DA 4DDAA 4G4HA 4NHQA 1LZDA 4NGVA 5KXZA 4XJGA 3F6ZA 1JKAA 2DQCY 1GFAA 4WLDA 1LJGA 1WVUA 4KL7A 3A92A 5IELA 2NWDX 4OWEA 1C10A 3CSQA 3QNGA 5B06A 5DLAA 3WPLA 1OUGA 2H9KA 1OP9B 3WUAA 4GN4A 3RT5X 3P64A 1J1PY 3ATOA 3T36A 3WU7A 4N1CC 3WVYA 3B6LA 2ZILA 3TXJA 4ZFPA 4ET9A 3CT0A 5I4WA 1OUBA 4PHIA 1D0LA 2BPUA 4NHTA 1YROA 1IWYA 4OOTA 4LYTA 1VEDA 1BQLY 4YEMA 2BLYA 5F9UA 2XBSA 3TXIA 5LA8A 1AKIA 2BQMA 1GB3A 3B0OA 1D9UA 4G4BA 4N8ZA 1LYOA 3GXRA 1BWIA 2F4GA 1GB6A 1IC5Y 1LSBA 1VATA 1GFKA 4PJ2C 1HEOA 1LZNA 1WVVA 2DQDY 4LZTA 3W6CA 4WO9A 2EIZC 3HFMY 5KXTA 1GB5A 4H8ZA 1YIKA 4C3WA 3BKHA 1LSPA 1LHKA 4XADA 4HTNA 5L3HA 3D9AC 1G7MC 2F2NA 4WM3A 1J1XY 4H91A 3TMVA 1KXWA 1O23A 4R6CA 1FLUA 1LJNA 3WPKA 4C5FA 5KY1A 1B7QA 1LJ4A 1IWZA 1IIZA 4ZEEA 1LZ4A 1UIAA 4GN3A 4DC4A 2BQJA 4LYZA 4NGYA 193LA 4M4OA 5DN4A 1UCOA 1GBWA 4LT1A 4NSHA 1GEZA 2MEAA 1XGTC 3WUNA 5KXPA 1NKHA 1GE4A 3M3UA 1GB9A 1ZMYL 2LZTA 1EQ5A 3WW6A 4G4CA 1IOSA 1RCMA 2YBNA 1JKDA 1GBZA 4HTQA 1UACY 4Z3MA 4HPIA 3OJPA 1IX0A 1IY3A 3LYZA 4GCFA 5KJ9A 207LA 1GBXA 1LMQA 1LTMA 4WMGA 2MEGA 3ZVQB 3TXDA 1LJ3A 3N9EA 4DD1A 3CSRA 4H90A 3WVXA 1B5WA 1DKJA 2IHLA 4TSCA 1QDTA 3TXKA 153LA 3T6UA 1LZ1A 4H9CA 3WYHA 1IP1A 3EMSA 4J0LA 1XGQC 4AXTA 3RZ4A 1GB0A 1JTPL 4NWHA 1GF0A 1LJFA 4O34A 3A90A 1HEQA 4CHXA 2DQEY 1UA6Y 1LZTA 1NBYC 4BAFA 4LT2A 1CJ6A 5LVKA 4DD3A 1B7NA 3HBDA 1QTKA 2Z37A 3D3DA 1GFJA 4W94A 4Z46A 1FN5A 2BQHA 1LZAA 4WL6A 135LA 3A6BY 1REZA 2W1MA 4ETDA 1HFYA 4HJVA 3RU5A 1VAUA 1G7HC 4I0CA 1JUGA 1GXXA 4WLXA 1C46A 1GAZA 2CJLA 2LYOA 1CKFA 4TTDA 1ZVHL 4LYCA 4WO6A 1LSNA 1HMKA 1YAOA 3WPJA 4J1BA 4BS7A 4AGAA 1YQVY 4LYMA 2DBTA 1DI4A 1YILA 3P68A 4MSTA 1B7RA 1JEFA 4XJIA 1GFUA 4GCCA 3AZ5A 4DD7A 1REXA 5HQ1A 4H92A 1VDQA 2HEFA 3K3TA 1GF3A 1XGRC 4GCDA 5LVGA 1F0WA 1WTMA 1XFPL 3LYMA 2Z39A 2HTXA 5LXWA 1FLWA 1GFTA 2F30A 1B7LA 3W3EA 1LJKA 1SLYA 1REYA 5KXMA 4NHPA 1LZ6A 2CWIA 1EQ4A 3A96A 1BB3A 3FE0A 1XGPC 2BQIA 3TMXA 3WXUA 4WLYA 4GCBA 1RFPA 3AB6A 3N9CA 4ZIXA 3RNXA 1FDLY 8LYZA 1DPWA 3B0IA 1GE1A 1G7JC 4RLNA 2I25L 2PC2A 4H9HA 4J1AA 4NHIA 1OUFA 3A34A 4WG1A 3SP3A 1B9OA 5LIOA 1AT5A 4DDBA 3N9AA 1BB7A 1IP2A 4DYGA 3TXFA 2MEEA 4NSGA 4B49A 4D9ZA 2W1YA 4OW1A 1C08C 5KXKA 1LMOA 1I56A 5KXNA 5LINA 1OUHA 3EBAB 5APFA 1LMNA 3WU8A 2G4QA 3P66A 4DD9A 4LYOA 1HFZA 4NGWA 1JHLA 4OOOA 4BAPA 5APDA 1HMLA 2C8OA 4NSIA 5F14A 5HNLA 1GF5A 4GLVA 4KPMA 5AMYA 1WTNA 1GPQC 1YAPA 1FBIX 3CT1A 3CB7A 4ETEA 4IASA 4LYBA 2C8PA 2HECA 4QDNA 4RLMA 4YENA 1LOZA 4PRQA 1QSAA 1LMCA 1BB5A 2A7DA 1GF7A 1IWTA 1IY4A 1XEKA 5HMJA 4NGIA 1LZSA 2G4NA 1BB4A 5APEA 1IEEA 3WUMA 1G7LC 1LSMA 4LFPA 5K7OA 1OUIA 1LZ8A 3HBEX 2N5ZA 4CGEA 5B07A 5B1FA 3FI7A 2MECA 1HEWA 4XJFA 1CKGA 1LHLA 1T6VL 4YF2A 1KIRC 1WQQA 1ZVYB 1IR8A 4ML7A 1F6RA 4TUNA 4NGJA 1GFGA 4WM4A 1GE3A 2YDGA 1RJCB 3MGWA 1GB8A 1TEWA 2HU1A 1LHIA 4WM6A 1HNLA 1KXYA 2YBJA 4CFOA 5B59A 4A7DA 5KXWA 1CNSA 3A93A 5HLLA 1A2YC 1PZYA 4OWHA 1BVKC 4HP0A 1QTEA 5FSTA 4ETBA 3AW7A 4GLAA 5C6LA 2ZIKA 2H9JA 1LYYA 4XYYA 5LAFA 1LSYA 4EMNA 3IJUA 1QQYA 1IP7A 1LMAA 1LSAA 2EPEA 3BKVA 5F81A 2D6BA 3W6BA 4OWCA 4P2EA 154LA 4YEOA 1KIQC 4G9SA 2XBRA 4MR1A 1BHZA 9LYZA 1JSFA 2ZIJA 1OUAA 2F4AA 2ZWBA 2HEDA 1GD6A 1NDMC 1LMTA 2Y8PA 2WARA 1SQ2L 3B0KA 4X3BA 4KT3A 5LVHA 4WOAA 2FYDA 4NSJA 4LFXA 1KXXA 1LSFA 194LA 4QGZA 4B1AA 1JJ0A 1XSFA 5C6JA 3B72A 3TMWA 1JITA 1HF4A 5II3A 1HEMA 1LSCA 3A3RX 4Z41A 4XJHA 1QUSA 3TMUA 1LZCA 1DXJA 4RW1A 1T3PA 6LYZA 1OUJA 1FKVA 1N4FA 5KXSA 5A3EA 1WQMA 1BWHA 4E3UA 1W08A 4FDYA 4GN5C 1F10A 4Z98A 5ILCA 1BWJA 3J4GA 5E4PA 1QIOA 3G3AB 2HUBA 1LZRA 5JENB 1GEVA 1JISA 4DD2A 1LJIA 3AGHA 3WU9A 5FDJA 2BQGA 1B5ZA 1LZGA 3A6CY 3WULA 4W96A 2BQNA 4DD0A 3RW8A 1YL1X 1UC0A 1NMMA 1FLYA 4N0JA 2LYMA 3CQLA 5I53A 3A8ZA 5I4XA 1A4VA 1IP6A 4OWBA 1JKCA 1UICA 4YOPA 6LYTA 5FELA 1YKZX 1IVMA 1LYZA 2Z12A 4WM5A 2YSSC 4CFPA 4DT3A 4LT0A 3P65A 1LZEA 4NFVA 4NGZA 2FYCA 2LYZA 2IFFY 4H93A 132LA 2BLXA 4QEQA 1B7PA 1CJ9A 4N9RA 5FEKA 1KIPC 4ETAA 134LA 2BQCA 3AZ7A 1DI5A 2BQKA 4R0FA 2DQHY 1OUDA 1EQEA 1AZFA 1YKXX 1JSEA 2Z2EA 4HSFA 5DL9A 1IC4Y 208LA 4BADA 1IWUA 2ZYPA 3IWRA 4G49A 1NWGA 1JKBA 3LZTA 1NQIA 4NY5A 4HV1A 1UBZA 1F6SA 1UIDA 3W6FA 1BVXA 2XTHA 2D4KA 5HNCA 4RW2A 5I5QA 3LYOA 4I8SA 1I1ZA 2BQEA 5B05A 1JJ1A 3QY4A 4B0DA 2I26L 1PS5A 1OQMA 3A94A 3EXDA 4HJZA 1GFHA 1LJJA 1B5XA 2BQBA 4WM1A 5D5CA 2XJWA 3M18B 1H87A 4LGKA 4LT3A 2MEDA 2X0AA 4TWSA 5KXLA 1GF4A 4M6DA 4TX7A 5F9XA 1DI3A 1HFXA 1IWVA 1RI8B 2HEBA 3AJNA 4UWVA 5LAGA 1WQPA 2MEIA 1LKSA 1NHEA 4B4JA 1BGIA 3TXEA 4EOFA 3WL2A 2A7FA 4NG8A 1YL0X 3LYTA 4ANRA 2HEAA 1LSGA 1LJEA 4HPEA 1AM7A 2BAAA 5LYTA 3OK0A 1IWXA 1JTOL 1V7TA 2D4JA 2DQJY 5KXYA 4CJ2A 3AZ4A 5HMVA 1LAAA 1AT6A 1YKYX 2YBHA 4HTKA 2G4PA 2YBMA 1WQNA 4XJBA 1GXV2 1D6PA 2GV0A 4H9IA 5FHWA 1XEJA 1BB6A 2VB1A 5DM9A 3LZ2A 1EL1A 1VDPA 4IJ4A 1TBYA 3AZ6A 3LN2A 1IOTA 4NG1A 4WLTA 1VDTA 2DQGY 2DQAA 3WXTA 2LZ2A 5KXRA 5LA5A 1ALCA 4KXIA 1GHLA 4H8YA 1OUEA 5J7CA 5IDDA 3EO5A 5L3IA 1GF9A 3ATNA 3TXHA 1IP4A 4II8A 1GDWA 2YBIA 4DDCA 4N5RA 5ILFA 2Z18A 1HENA 3P4ZA 4UWUA 1IC7Y 2FBBA 1GF6A 1HERA 1GB2A 1IOQA 1INUA 4PRUA 1GE0A 2Z19A 3VWOA 1LPIA 4FJRA 4PGJB 4H9EA 4NIJA 1LZYA 1MLCE 3ZEKA 1ZV5L 1CKCA 1C43A 2H5ZA 4XJDA 4NGLA 1CKDA 3AGGG 3A95A 1XGUC 1NF5A 1REMA 2Z38A 1GFEA 1LHMA 3KAMA 1LKRA 2ZNWY 4DWXA 5KXXA 4ETCA 3IJVA 1LHHA 1LHJA 2AUBA 2D91A 5T3FA 4H9FA 3A67Y 2EKSC 4MCKA 5APCA 1IR7A 1G7IC 3CT5A 2DQIY 4H9BA 4NHSA 4WM2A 4B4IA 1QSWA 1NDGC 1WQRA 4H8XA 1VFBC 2YBLA 4QY9A 3AYQA 2Z2FA 1D6QA 1LMPA 2BQAA 2BQDA 2MEHA 1QDRA 1GBOA 3G3BB 1HC0A 3GXKA 1JIYA 5LVJA 2W1LA 3WMKA 5I54A 1IWWA 1JJ3A 5LYZA 1HELA 2FBDA 1GE2A 4HJYA 5DN5A 3TXBA 1LZBA 2D4IA 4OWAA 1V7SA 1FKQA 1C7PA 1HEPA 1UIFA 4N1EI 5A3ZA 2BQFA 1GDXA 1H6MA 1UIGA 4NWEA 4U3XB 3AW6A 4YM8A 1C45A 1DZBX 1GB7A 1JPOA 1YANA 1YAMA 1I20A 2BQLA 2YVBA 3QE8A 4HV2A 1DQJC 2DQFC 2HEEA 4H9AA 4UWNA 1CKHA 4J7VA 3TXGA 1FLQA 5LYMA 3CSZA 4IATA 1JTTL 1B7OA 3ZVQA 1B2KA 4B4EA 2ZYCA 1LZ9A 1B5UA 1GF8A 1IR9A 1B7MA 1TAYA 5L9JA 3LHMA 5B1GA 2LHMA 5I4YA 4GCEA 1LJHA 2I6ZA 3W6EA 5EBHA 4WL7A 4WG7A 1JWRA 1P2CC 1IO5A 1GBYA 1IORA 2CGIA 3A3QA 5LVIA 3WW5A 1D0MA 5FCPA 3HBHA 4H1PA 1IP5A 1J1OY 1Z55A 1MELL 1HSXA 1GBSA 1NBZC 1HHLA 2BQOA 3A91A 1GWDA 1QUTA 1UUZC 1D0KA 1WQOA 1B5VA 2EQLA 3E3DA 4NGOA 3WH1A 4NEBA 1GAYA 2B5ZA 5KKJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1RE2A 1IOCA 4XENA 1P37A 3HTFA 1YAQA 2ZQ3A 1OWYA 1LYSA 4H94A 118LA 5KXOA 2MEFA 5E9RA 2HU3A 3HH4A 1LCNA 1L21A 1XEIA 1LSEA 1PQIA 1CJ8A 4L41A 1T8AA 2DKVA 5KKIA 1QUDA 4G4HA 3F6ZA 1LJGA 2Q9DA 1XJUA 1C10A 2H9KA 163LA 4LDOA 1J1PY 3ATOA 3T36A 2ZILA 1SX2A 3TXJA 1QT4A 4YEMA 1L86A 210LA 113LA 5LA8A 3C80A 2B6ZA 3UONA 4I7JA 4LZTA 3HT8A 251LA 3W6CA 216LA 1L42A 5KXTA 4H8ZA 1J1XY 4H91A 4EXMA 1IWZA 1L66A 4NGYA 1G0QA 1UCOA 4LT1A 4NSHA 184LA 1XGTC 4PK0A 1GE4A 1GB9A 1IOSA 4HTQA 1G1WA 1OV5A 3OJPA 1IX0A 1GBXA 1LMQA 212LA 2RBOA 2MEGA 3ZVQB 3K2RA 1L55A 1T97A 3TXKA 1LZ1A 3WYHA 3EMSA 4AXTA 1GB0A 4NWHA 1LJFA 4O34A 4CHXA 2DQEY 4BAFA 3ODUA 3HBDA 165LA 3V2WA 3D3DA 3SN6R 4WL6A 1CV1A 1REZA 1HFYA 1G7HC 4I0CA 107LA 4TTDA 1ZVHL 1L72A 4BS7A 1YQVY 4MSTA 3DMXA 1L06A 1B7RA 1JEFA 238LA 1GF3A 1XFPL 2Z39A 5LXWA 5LZMA 1GFTA 1QUOA 3HUQA 1BB3A 3FE0A 1XGPC 228LA 4E97A 2O7AA 3AB6A 1FDLY 2PC2A 137LA 4J1AA 3SP3A 1OUFA 3A34A 3N9AA 1L04A 2ANXA 4NSGA 4D9ZA 3C82A 3SB7A 1I56A 114LA 205LA 1OUHA 5APFA 2G4QA 4DD9A 4NGWA 1HFZA 4OOOA 4BAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RE2 A;  1IOC A;  1LZ5 A;  4XEN A;  3ULR A;  5D5F A;  2CDS A;  2ZQ4 A;  4PPO A;  2W1X A;  1VDS A;  1YAQ A;  133L A;  1OUC A;  1UIE A;  2ZQ3 A;  4H94 A;  1LYS A;  5KXO A;  1E8L A;  1GFV A;  1LSZ A;  2MEF A;  4XN6 A;  5E9R A;  1CJ7 A;  2HU3 A;  1IP3 A;  3W6D A;  1B7S A;  3W6A A;  4RDS A;  1LCN A;  5M1Y A;  1LSD A;  1DPX A;  5C6I A;  3AGI A;  2Q0M X;  1HSW A;  4ET8 A;  3J6K A;  1XEI A;  5IHG A;  1GFR A;  1UIH A;  1LSE A;  1CJ8 A;  7LYZ A;  4L41 A;  1TDY A;  2DKV A;  5KKI A;  1B5Y A;  1DKK A;  1UIB A;  1W6Z A;  2RSC A;  4NGK A;  5F16 A;  1TCY A;  2MEB A;  2ZNX Y;  4TSB A;  1B0D A;  4DDA A;  4G4H A;  4NHQ A;  1LZD A;  4NGV A;  5KXZ A;  4XJG A;  3F6Z A;  1JKA A;  2DQC Y;  1GFA A;  4WLD A;  1LJG A;  1WVU A;  4KL7 A;  3A92 A;  5IEL A;  2NWD X;  4OWE A;  1C10 A;  3CSQ A;  3QNG A;  5B06 A;  5DLA A;  3WPL A;  1OUG A;  2H9K A;  1OP9 B;  3WUA A;  4GN4 A;  3RT5 X;  3P64 A;  1J1P Y;  3ATO A;  3T36 A;  3WU7 A;  4N1C C;  3WVY A;  3B6L A;  2ZIL A;  3TXJ A;  4ZFP A;  4ET9 A;  3CT0 A;  5I4W A;  1OUB A;  4PHI A; 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 4H9F A;  3A67 Y;  2EKS C;  4MCK A;  5APC A;  1IR7 A;  1G7I C;  3CT5 A;  2DQI Y;  4H9B A;  4NHS A;  4WM2 A;  4B4I A;  1QSW A;  1NDG C;  1WQR A;  4H8X A;  1VFB C;  2YBL A;  4QY9 A;  3AYQ A;  2Z2F A;  1D6Q A;  1LMP A;  2BQA A;  2BQD A;  2MEH A;  1QDR A;  1GBO A;  3G3B B;  1HC0 A;  3GXK A;  1JIY A;  5LVJ A;  2W1L A;  3WMK A;  5I54 A;  1IWW A;  1JJ3 A;  5LYZ A;  1HEL A;  2FBD A;  1GE2 A;  4HJY A;  5DN5 A;  3TXB A;  1LZB A;  2D4I A;  4OWA A;  1V7S A;  1FKQ A;  1C7P A;  1HEP A;  1UIF A;  4N1E I;  5A3Z A;  2BQF A;  1GDX A;  1H6M A;  1UIG A;  4NWE A;  4U3X B;  3AW6 A;  4YM8 A;  1C45 A;  1DZB X;  1GB7 A;  1JPO A;  1YAN A;  1YAM A;  1I20 A;  2BQL A;  2YVB A;  3QE8 A;  4HV2 A;  1DQJ C;  2DQF C;  2HEE A;  4H9A A;  4UWN A;  1CKH A;  4J7V A;  3TXG A;  1FLQ A;  5LYM A;  3CSZ A;  4IAT A;  1JTT L;  1B7O A;  3ZVQ A;  1B2K A;  4B4E A;  2ZYC A;  1LZ9 A;  1B5U A;  1GF8 A;  1IR9 A;  1B7M A;  1TAY A;  5L9J A;  3LHM A;  5B1G A;  2LHM A;  5I4Y A;  4GCE A;  1LJH A;  2I6Z A;  3W6E A;  5EBH A;  4WL7 A;  4WG7 A;  1JWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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