1Q9YA

Crystal structure of enterobacteria phage rb69 gp43 dna polymerase complexed with 8-oxoguanosine containing dna
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
HGSMKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Lesion (in)tolerance reveals insights into DNA replication fidelity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase, replication/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule keywords 5'-AC(8-OXOGUANOSINE)GGTAAGCAGTCCGCG-3'
total genus 309
structure length 902
sequence length 902
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 1q9yA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 1q9yA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1q9yA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 1q9yA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 1q9yA03
3TABA 4CK3A 4C8MA 1EP4A 1JLGA 1C6VA 4BE2A 4BE0A 4DTJA 4CJPA 1Q9XA 2X6NA 3PX4A 3OYJA 3IAYA 5CZ1A 5C25A 4KREA 1S9GA 4CGGA 3KTQA 4KB1A 4N76A 2QXFA 3AA4A 2XY5A 3MECA 1KRPA 4DQPA 3LP0A 3NFAA 3VQ6A 3DI6A 1JXEA 4GMJB 2F96A 4ZTFA 4PWDA 3V4IA 3OVNA 2B5JA 4IFYA 4LD0A 4B8CA 5KRTA 4BDYA 1CXQA 3C94A 2HVIA 3SUPA 3G10A 4J2BA 3K58A 5T7BA 3TWHA 4CEQA 4CJWA 3RRGA 3VQ9A 4FK2A 1TAUA 2AJQA 1WNSA 5CYQA 2DFHA 5J2PA 4B9NA 1S1UA 4AH9A 1KVBA 2HHTA 3DLGA 4DF8A 4B9LA 3DRSA 4EZ9A 3O4NA 3LPTA 3KD5E 2OPQA 5J2MA 1SL2A 4B9SA 3VQBA 2ETJA 2OZSA 1Q8IA 3RWUA 1L3SA 3EY1A 5DMRA 4KTZA 5CZ2A 1U49A 4DS4A 4YNQA 4DTMA 1QE1A 4J2AA 1RCHA 3OYFA 4J2DA 4E89A 3QEXA 1XWLA 4CEAA 1BQNA 2E6MA 2DTUA 1RDCA 4CHPA 5E41A 1C0MA 4FLTA 4FJKA 4PQUA 1U48A 1QSSA 4FJIA 4C8LA 1CZ9A 4QAGA 4CJQA 4OGEA 1WLJA 3AVJA 1SKRA 2PYLA 4WE1A 4NYFA 5FDLA 1FXXA 4KAZA 3QETA 1KFDA 3NH1A 1QSLA 4FLYA 2YKNA 3RMCA 3SQ4A 4CF1A 1U45A 3DLKA 2XY7A 3PO4A 3OJSA 1S5JA 1Z26A 4K8ZA 2GV9A 1TL3A 3AO5A 1RBTA 1WAFA 4I2PA 5C24A 1KVAA 1C1BA 4BWJA 4LH4A 2YHBA 5KI6A 2G8WA 3AO1A 3VQEA 1EXQA 4CFDA 1IKVA 1HMVA 4KHSA 3HT3A 4FJGA 1IKYA 1RT4A 2X78A 4RG8A 3BDPA 2O4IA 1VSDA 3LP1A 1TKTA 2RKIA 1N5YA 4CJ3A 4KFBA 4BDZA 3P83D 3TR8A 4F2RA 4DSFA 4BACA 1SUQA 4Q0BA 3DM2A 4J2EA 1ASVA 5SWMA 3OYMA 4PY5A 4E7LA 2D0BA 4EP4A 5D3GA 3ZT3A 1LW0A 4OKEA 4FLWA 1DLOA 4BDPA 4DSJA 1VSIA 4Z4EA 1S6PA 4CHOA 4B08A 4YFUA 4DQQA 4M45A 3AA5X 3THVA 2DY4A 1RTHA 4M3TA 2E4LA 4TSXA 1HNIA 4FLUA 4O5BA 1T8EA 3K2PA 1EKEA 4CF9A 3LAMA 2HHWA 1RT5A 1K6YA 4I2QA 1W0HA 1S1TA 3TAMA 3OS2A 4C8KA 2VWKA 3A2FA 3I8DA 3T19A 2EHGA 3MXMA 4R5PA 1VSLA 2G8HA 2QKKA 1YTUA 4KI6A 2P1JA 4Y1CA 2HB5A 3KLGA 2YNFA 4FJ9A 3SV3A 3L3VA 4E19A 5FRNA 1LAVA 2QK9A 3KK3A 1XI1A 4M3YA 4OKJA 4DG1A 3SZ2A 4Z4HA 5SZTA 1KLNA 1XHXA 3LZIA 4KV8A 3TAGA 3SUQA 5DK5A 4ZTJA 1VSKA 3K5OA 5J1EA 3KLHA 5HRSA 1RT1A 1WSHA 1Y97A 2DFFA 1JLBA 3NGYA 1LWFA 4DFKA 4Z4CA 3K57A 5I3UA 4E1NA 4CHYA 1J5OA 1BL3A 4CIFA 2G8VA 4CF0A 4CGHA 3VQDA 4W5OA 1TAQA 4F3OA 5CYMA 2PY5A 3ZT4A 3ISNC 4XIUA 2JGUA 2NUBA 4H8KA 3MEGA 4CEDA 2KZMA 1T03A 1CZBA 1S9EA 1SKWA 4FJ5A 4M3UA 4PA1A 4IG0A 3ZT0A 4AHRA 3CFRA 3RMAA 4HUFA 3T3FA 4DSLA 1WSGA 3L2RA 3VQCA 5HRNA 3OYEA 3QEIA 4I9LA 4CEBA 1JLEA 4Z4GA 4EZ6A 3MAQA 1RBVA 1FK9A 3LANA 4IDKA 4O0IA 2HMIA 4RW4A 2Y1JA 4DSIA 4UQGA 1UA1A 1RT3A 3K59A 4OKKA 2KW4A 4FYDA 3C6TA 3QIPA 1SL0A 4B9MA 5KGXA 1BI4B 4DSKA 2XRIA 3AA3A 3NH0A 4DU4A 5FRMA 4KHWA 1WAJA 3ITHA 4H4OA 2X74A 2G8UA 3E01A 3V9ZA 1KVCA 2HVHA 4M41A 3VQAA 3KK1A 4DQRA 1NK0A 2Q3SA 1KSPA 3DLRA 1TKDA 2O4GA 1JKHA 1VRUA 3ASMA 2FBXA 3B6OA 3AVLA 1WSJA 4Z0UA 4FM1A 3PX0A 3HJFA 4M3ZA 1RNHA 4QOZB 3SYZA 4KI4A 2XY8A 3SPZA 2KFZA 4AILC 4FLVA 3S3NA 4N56A 1IH7A 4KPYA 4OVLA 1A5XA 5KRSA 1D8YA 4CECA 4DLEA 3G0ZA 3O3GA 1NK6A 5I42A 3HPGA 1DTQA 4OGCA 3U3GA 3NAEA 1JL2A 2Z1HA 4CJKA 3IS9A 3HK2A 4W5TA 3QINA 4ID1A 2PYJA 1RT2A 3T1AA 3QEPA 1Q9YA 4KHYA 3MXJA 3AVFA 3KLIA 3LAKA 4B9TA 4FLXA 3NF6A 3V81A 1S1VA 4FZZA 4K8XA 3M8RA 1A5VA 1WSFA 2I5JA 4Z4IA 3VQ8A 4NYNA 1QTMA 2GUIA 3V1RA 3VN5A 4BE1A 2BE2A 2VG5A 4FJNA 3AVIA 1EETA 4DLGA 1I3AA 2D0AA 4RW9A 3KLFA 4FJHA 3NBPA 2HHVA 3FFIA 1C0UA 3NH2A 1J53A 3I0SA 4JRPA 1W9HA 2IAJA 1RT6A 1NK7A 4F8RA 4QCLA 4FZYA 4E7IA 3NF8A 4KO0A 1ZBIA 2HHSA 3QNNA 4HTUA 4CFCA 3K5LA 4CGFA 2RPIA 1XHZA 2F8SA 3B6PA 3OYNA 2YV0X 3C6UA 4FK4A 1L3UA 1TK0A 4HCBA 3V1QA 4MFBA 4CHZA 4CJLA 4KKOA 3P1GA 1NJXA 3NGIA 3QERA 4O44A 1D5AA 1NKEA 4W5NA 4CEZA 4FK0A 1TGOA 4DTPA 1SV5A 4ID5A 3AVKA 4IG3A 4CJRA 2G8IA 1YT3A 3LWMA 4B9VA 4CF2A 4KB0A 3P5JA 2YKMA 1UAXA 5HROA 3PY8A 3D45A 2HHUA 1NOYA 1I39A 3SNNA 3SUOA 2B4JA 3KKRA 3NF7A 3AO3A 1S1XA 1KCFA 2YNHA 4ZHRA 3NE6A 2OPSA 1VSMA 4DU3A 2ZE2A 2R7YA 1VK0A 3SV4A 4KHQA 4CJUA 3V9WA 3WNHA 4FXDA 2ATQA 1XC9A 3HM9A 3DYAA 1X1PA 3LALA 4B9UA 4CFAA 1MU2A 2XHBA 1REVA 2RF2A 3AO2A 2G8FA 4Z4FA 4E7HA 4CJVA 3OYDA 4FW1A 3HL8A 4OLAA 1HQEA 5CY4A 4ELUA 2RN2A 5HRRA 2KFNA 3CFOA 1QQCA 4AHCA 4CK1A 3U6FA 1HNVA 1DTTA 1LV5A 4CGDA 5KGWA 3I0RA 1HYZA 4CGJA 1IO2A 4FLZA 1J54A 1N6QA 3OYLA 4MQ3A 2D0CA 1HRHA 5JS2A 4E7KA 5J2NA 4CJTA 2HNYA 5HP1A 3DMJA 3HPOA 3LPUA 3VA0A 1IG9A 1JXBA 4DWIA 1J9AA 2Z1GA 1BIUA 1X9MA 4LSNA 1KLMA 5HBMA 1B92A 1GOCA 3QEWA 3L2WA 4LSLA 1TVRA 4FJJA 1JLFA 1HYSA 3SQ2A 3MXIA 3ZSYA 2DFEA 3L8BA 3QO9A 1EX4A 3CG7A 2WONA 4M3RA 3TI0A 3NCIA 1UWBA 2FBVA 2HNZA 4Y1DA 4AHSA 4DU1A 4CFBA 1FKPA 2BGGA 2P5GA 3PV8A 1WN7A 1ZBUA 3LDSA 3U3YA 4CCHA 4CGIA 1VSJA 2F8TA 1TL1A 1NOZA 3M8SA 4N5SA 3WNGA 1L3VA 2GBZA 3DOLA 1TKXA 3ZT2A 3AVBA 1U47A 3OYKA 1QHTA 1GOBA 4FJ8A 2IDOA 4CIEA 3SQ1A 3OYHA 1RDBA 4E1MA 3QEVA 4N47A 1R0AA 1RBSA 2Z1IA 3L2VA 1ZYQA 3LP2A 2VG6A 4O4GA 1VSHA 4O55A 4AHUA 3PO5A 4M3WA 4OPJA 1ZBFA 4ELVA 3SJJA 2QKBA 4JLHA 3V6DA 3ZSQA 3VQQA 4B3OA 1UA0A 4DTOA 1C1CA 3HXMA 3RRHA 4DMNA 3S3OA 4JS4A 3VQ5A 1RBUA 3L3UA 1ZBLA 3TARA 3JSMA 3CM6A 2BANA 3ZSVA 4DQIA 5FROA 1LAWA 4FZXC 1HYVA 3AVMA 4CHQA 3JYTA 3KK2A 4DTNA 3VQPA 3KJVA 3IRXA 1TK5A 1L5UA 3ZSWA 3HP9A 4AHTA 4W5RA 3L2UA 1TK8A 1VSEA 3AO4A 4Q5VA 4B8AB 4CEOA 1S1WA 1NJWA 4W5QA 2ITGA 3S3MA 1KTQA 4F2SA 1KFSA 3ZSXA 3QNOA 1NKBA 1RBRA 3HO1A 1RDAA 3VQ4A 4N41A 3V9SA 1ASWA 4OLBA 1S6QA 3SQ0A 2B6AA 1BQMA 3V9XA 4FW2A 3TAQA 2BDPA 1BIZA 3DLHA 2XO7A 1NK9A 4KRFA 3HSTB 3NDKA 4DTUA 2P5OA 4GW6A 1C1AA 4CJFA 4GVMA 4FJXA 2EX3A 3V1OA 4HUGA 5JS1A 1BISA 3AVNA 1U4BA 3UIQA 3CQ8A 1CXUA 1YTAA 4CJ5A 4ICLA 3K5MA 4FJLA 3OYBA 2OYQA 3HP6A 4E7JA 1LWEA 5C42A 3F9KA 4FM0A 3SI6A 1RILA 1Z25A 3VA3A 5J2QA 4HCCA 2ZD1A 3NF9A 3LWLA 2FBTA 4ELTA 1LWCA 3OS0A 4DFPA 5EU7A 3PX6A 1JLCA 4CERA 2W42A 3HPHA 3TANA 3ZCMA 3SUNA 2IS3A 3ZT1A 4RW7A 3O3FA 2KTQA 1HJRA 4M42A 3KD1E 4OJRA 4F3TA 2VG7A 3ZSRA 3OYIA 3RTVA 2Y1IA 1L3TA 2HHQA 3LZJA 3NGZA 3PUFA 1RT7A 1WSIA 4DFJA 4G1QA 1T7PA 4KHNA 3AVCA 1BI4A 5HLFA 4FM2A 4IBNA 1NJYA 4DTXA 3H08A 1B9DA 4CJ4A 4DS5A 4FJ7A 4DTSA 3AA2A 2OPPA 3MEEA 3OS1A 2A1SA 1IKXA 4NCBA 1ASUA 4KTQA 3ZSZA 4M3XA 1RTDA 2JLEA 3IG1A 1X9SA 3RR8A 4RW6A 2X6SA 2FBYA 3CYMA 2KQ2A 2HNDA 3QIOA 1D9DA 2FC0A 4H4MA 1X9WA 1BCOA 4KHUA 3CM5A 4CHNA 2OZMA 3AVGA 1YVUA 1T05A 1WSEA 4AHVA 1NK8A 1FKOA 3QLHA 1BCMA 1QS4A 1G15A 4NCGA 4C8NA 2Z1JA 2VWJA 4IKFA 1HPZA 2YNIA 4RW8A 4CE9A 2D5RA 1NJZA 4CJEA 3ALYA 3HYFA 4LY7A 1LW2A 4I7FA 4DFMA 4PUOA 3OYAA 3M8QA 4FJMA 3MEDA 4KTWA 4CEFA 3RR7A 3HVTA 4E0DA 1SL1A 1CLQA 4BWMA 1JLQA 3LP3A 3OJUA 4I9QA 1RTJA 1GOAA 1RDDA 3QESA 4FVMA 4IFVA 1NKCA 5HRPA 3ZSOA 3VQ7A 1B9FA 3L2QA 2A1RA 4CEEA 4OPKA 3NHGA 5K14A 3WNEA 1F21A 2G8KA 3DRPA 3BGRA 4E3SA 3M8PA 2PZSA 4CJSA 4JS5A 1UOCA 1TV6A 2IOCA 2LSNA 3RMDA 3D0PA 4HUEA 4LH5A 3HVRA 1QSYA 4L8RB 3OYCA 1A5WA 4EP5A 1RTIA 3EZ5A 2YHAA 3EYZA 3DLBA 1U04A 3TAPA 1NK5A 3AVHA 4CESA 2ZQBA 4DF4A 3O3HA 3RMBA 2KZZA 4CF8A 1IKWA 2IGIA 2WOMA 2XY6A 1JLAA 1VSFA 4HHTA 3SCXA 3DOKA 3AV9A 4CK2A 3S9HA 1BHLA 1O1WA 3TAEA 3KLEA 3K5NA 1NK4A 1SKSA 3F73A 2HW3A 2E6LA 2IC3A 4DTRA 3SPYA 2HHXA 1BGXT 2P51A 4HVJA 4F4KA 3TAFA 3DLEA 1D9FA 4FCYA 3DRRA 4O0JA 3C95A 2OA8A 4DQSA 4NCAA 1ZBHA 1JL1A 2OPRA 2YNGA 3O4QA 1C0TA 1VRTA 3WNFA 3AVAA 4CIGA 3OY9A 4JRQA 3V9UA 3KIOA 4C8OA 3CFPA 5KTQA 3ULDA 3OYGA 4DSEA 3KKSA 1HQUA 1TKZA 1ITGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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3RMAA 3VQCA 2GWKA 4I9LA 4EZ6A 3O1WA 4IDKA 4CD1A 2QWLA 2HMIA 4DSIA 1RT3A 2NRWA 1EO1A 5KGXA 4DSKA 4DU4A 4NXNK 3P31A 4IJNA 4MLHA 3ZEUA 3ITHA 4H4OA 4CW7B 2X74A 3WXKA 2HVHA 1KVCA 1MWMA 3BVOA 4A57A 3THWA 5M1PA 3ASMA 3B6OA 3M3ZA 1KAZA 1YUWA 3PX0A 4JI3K 1RNHA 4CZFA 5A2QO 4QOZB 3SYZA 4KI4A 1MHYG 1Z6RA 4YORA 2XY8A 4NO7A 2PFTA 4FLVA 3AAPA 4KPYA 4OVLA 3ATVA 3O3GA 3M6GA 4OGCA 3IS9A 4X5NA 3QINA 5AQZA 1YITN 3MXJA 2GELA 4EHUA 4A61A 3V81A 4X66K 1A5VA 4Z4IA 4XH1A 3KLFA 3OA9A 2HHVA 3I0SA 2IAJA 3NF8A 4KO0A 3QNNA 3B6PA 4QNCA 1HX1A 3C6UA 3OYNA 1TK0A 4H0VB 3VERA 4CHZA 1NJXA 4KKOA 4KRFA 1NKEA 4FWSA 1SV5A 3ATUA 3AVKA 2Q2RA 1YT3A 1HNXK 3P5JA 3PY8A 5HROA 1S1XA 3RSEA 4ZHRA 4DR7K 4LF6K 3NE6A 1YJ9N 4DU3A 4KHQA 2EWSA 2ATQA 2AP1A 3DYAA 1TUYA 2XHBA 5GIPA 1VQ9N 5KPRA 4Z4FA 4E7HA 2O8FB 2O8BB 1LOTB 1FZ8E 3NVKA 1FZIE 5AQJA 4FPBA 1QQCA 4AHCA 4L3QA 3U6FA 1E4GT 1HNVA 3VGKA 4BR5A 4FLZA 2Q0RA 2D0CA 4MQ3A 2WC9A 5JS2A 5J2NA 5HP1A 2WFBA 4PKGA 3K9KA 3DWLA 3LPUA 1IG9A 2V51B 3W0LA 1NGCA 1FZ9E 5AQTA 2ZJQL 2RCUA 2W6KA 3MXIA 2UXDK 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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