The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
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| publication title |
Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit
pubmed doi rcsb |
| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2003-08-27 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCU Q; 1JJ2 P; 3CMA Q; 3CXC P; 3CCJ Q; 1VQ6 Q; 3G71 Q; 3CC2 Q; 1Q7Y R; 1VQ8 Q; 3CCS Q; 1W2B P; 1K73 R; 1YHQ Q; 1KC8 R; 2OTL Q; 1VQP Q; 1M90 R; 1YIJ Q; 3CCV Q; 3CPW P; 3CC7 Q; 1Q86 R; 1YJ9 Q; 3CD6 Q; 2OTJ Q; 1VQ5 Q; 1YI2 Q; 1N8R R; 1M1K R; 3CCE Q; 1Q82 R; 2QEX Q; 1VQ7 Q; 1VQN Q; 1VQ9 Q; 3CCM Q; 1S72 Q; 1KQS P; 3CCR Q; 2QA4 Q; 1Q81 R; 1VQ4 Q; 1VQM Q; 3G4S Q; 3CC4 Q; 3OW2 P; 3CCQ Q; 1VQL Q; 3I56 Q; 1NJI R; 3G6E Q; 3CCL Q; 1QVG P; 1YJN Q; 1VQK Q; 3CME Q; 1YIT Q; 1YJW Q; 1K9M R; 1VQO Q; 1K8A R; 1KD1 R; 1QVF P; 3I55 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1OZ2 A; 3M4G A; 2LZ6 B; 2RHY A; 4OMM A; 4PK4 A; 1VQP Q; 4HA8 A; 1LNX A; 3WVD B; 2J05 A; 4PFP A; 4QKU A; 2ZPH B; 1RUW A; 2AT1 B; 1KQS A; 1ABQ A; 3O5Z A; 2GGR A; 3CCL Q; 1GCQ C; 5A0G A; 2VB6 A; 3PT9 A; 3M0P A; 2L0A A; 2RI5 A; 2SRC A; 1N6A A; 2X9H A; 1M90 R; 1PKT A; 3OQ5 A; 4OML A; 1QVG S; 2DL3 A; 2K79 A; 1Q82 R; 2D0N A; 3OSV A; 3QO3 A; 3SB2 A; 2AZV A; 2FEI A; 2LX7 A; 3A8M B; 4C5E A; 5GAM e; 4JLI A; 3PMT A; 3CC7 A; 2CZ6 B; 1MMD A; 3HL8 A; 1UB4 A; 2ED0 A; 4AT1 B; 5CO7 A; 2DE0 X; 1B7T A; 2EYZ A; 2KAF A; 3MEU A; 1ZBX A; 5IHN A; 2VV5 A; 5IXB A; 3H41 A; 1X75 C; 3R6O A; 4RG2 A; 2IG0 A; 4C92 F; 2E64 A; 2QXF A; 1U3O A; 3OYB A; 1UE9 A; 1W70 A; 3CCV T; 4E7I A; 5GMK i; 1IZ6 A; 1AWW A; 3WXM B; 4OB2 B; 4X9D A; 1WHG A; 1VQN T; 4M77 C; 5I22 A; 1TG0 A; 2E6Z A; 3S3O A; 3EGD B; 5GMK m; 1NM7 A; 2O88 A; 3JV3 A; 2JW4 A; 4RCC A; 4F16 A; 4A63 B; 1OV3 A; 4M77 G; 2YLC A; 2B86 A; 4X34 A; 1J3T A; 1JEG A; 3V8L A; 3J81 E; 1ZSZ A; 1VQK Q; 1KD1 U; 1UGV A; 1K9M R; 1LPL A; 2OTJ T; 2DJQ A; 2KR3 A; 2HQE A; 1BI3 A; 1YBY A; 2JTF A; 4J9G A; 2NUT A; 2V1R A; 2QTV A; 1VQ7 Q; 1W1F A; 4J7F A; 2JVV A; 2YRD A; 4MZP A; 1VQL T; 1X69 A; 2ZAE A; 2E4H A; 3OMC A; 4FCY A; 2EWN A; 3VJP A; 3I9Q A; 3L2V A; 3M53 A; 2JS2 A; 4N4I A; 4JJD A; 3HFN A; 5GAM g; 1WFW A; 4FYY B; 1YHQ Q; 1TS9 A; 1S72 A; 1O9S A; 3VYH B; 4HXJ A; 3NMZ C; 2DTH A; 1NLO C; 3EGX B; 1Y0M A; 2EYX A; 3PIO A; 2ZPF B; 3QPH A; 3CCQ Q; 1D09 B; 4XAX B; 1VQP A; 1VQO Q; 2ZPE B; 3OYC A; 1UJY A; 1N5Z A; 1SRL A; 2F1L A; 4M7D C; 1V76 A; 2AK5 A; 2EYW A; 2DRK A; 1B34 A; 1ZUU A; 2DK3 A; 3CCL A; 1PHT A; 2ZZD A; 2KRS A; 4M7D G; 2HL3 A; 4PJO B; 3LX7 A; 1X6G A; 2RD1 A; 3CXC S; 2ECZ A; 1MHN A; 3JCM c; 3WVE B; 1YCS B; 1QVG A; 2DL4 A; 5FRO A; 3F70 A; 3HHT B; 2J6F A; 2CDT A; 2PNI A; 4JS4 A; 1OPK A; 5LJ3 h; 3FLG A; 3VU3 C; 4D8D A; 4ZTF A; 1CKA A; 2M1H A; 3OSS C; 1G2B A; 2KQW A; 4FYV B; 1R8O B; 5FLX E; 5LJ5 d; 1QVF S; 4AFU C; 5CKD A; 1E6G A; 2MWO A; 3I5S A; 2RQT A; 4M77 F; 2DYB A; 3QZ5 B; 4DQ2 A; 4KGV B; 2X3W D; 2XK0 A; 3OYM A; 2COZ A; 3MEW A; 2KGT A; 4C5G A; 3L42 A; 1Y96 B; 2HCK A; 3JB9 J; 3GNF B; 4M7D B; 2LMJ A; 3AT1 B; 3EH1 A; 3EG9 B; 1LOJ A; 2DEQ A; 1NZ9 A; 1M2O A; 4NOY A; 2F5K A; 2K5I A; 1OQK A; 4E6R A; 2EIF A; 2KXC A; 3LWI A; 3M56 A; 1VIF A; 4IUR A; 2QQ9 A; 4A4K A; 4ATO A; 2ZCF B; 3PFS A; 2K3B A; 4M4Z A; 2GQI A; 2EGE A; 2F2V A; 4F14 A; 5D6W A; 3QG1 A; 4WTO B; 1WXT A; 2BTT A; 1VQK A; 1FMV A; 1JU5 C; 2L3R A; 4Y91 A; 2L5Q A; 2W0Z A; 1U06 A; 3TSW A; 5C6S A; 3SFM A; 3OYN A; 2WSF E; 1VQ7 A; 4J83 A; 4QVD A; 4R0K A; 3JCM f; 3MP8 A; 3CCV Q; 3CCM T; 3LH0 A; 4D8K A; 2RHX A; 4QQG A; 2EQU A; 4AFQ C; 1RI9 A; 3L1A A; 4M7A D; 2JZ2 A; 2YHT A; 1GCP A; 3M54 A; 4MZM A; 2NUZ A; 4M7D F; 1WJQ A; 2HDA A; 2XI9 A; 2ESW A; 1YHQ A; 3JB9 H; 2OI3 A; 5FU7 C; 3CCU Q; 1I1J A; 1JJ2 P; 1BYM A; 3PVL A; 2KT1 A; 2QEX T; 4OF1 A; 2DJZ A; 1EFN A; 5DLQ E; 1PG5 B; 4LN2 A; 3KBG A; 4JJC A; 1VYU A; 1ZSZ C; 3CCQ A; 4J5Y A; 3RMS A; 3SEM A; 5GAN f; 5J3B A; 3EGU A; 5LL6 S; 1VQ4 Q; 1Y07 A; 1VQO A; 2P4T A; 2QDY B; 1IGU A; 2KSS A; 4RKU E; 3M0T A; 3CME Q; 2DZC A; 3CCS T; 3MPU B; 3L2W A; 4HVW A; 6AT1 B; 5KYW B; 3GP8 A; 3CXC A; 1SSF A; 4CC3 A; 3G71 Q; 1MUZ A; 1N27 A; 4IUQ A; 5HK3 A; 3EHR A; 2A08 A; 2DNU A; 1Q81 U; 4LDY A; 4Z88 A; 4JPB W; 4M78 D; 1I5O B; 1Q81 C; 3QYH B; 4XU1 A; 5LJ5 f; 1KHC A; 4KUI A; 1GFC A; 2ZPI B; 2OTL A; 1K8A R; 4FIB A; 3EHQ A; 3M0S A; 5GMK j; 1H92 A; 1NYG A; 2E5Q A; 2VC8 A; 2V26 A; 2K57 A; 1AZE A; 3ZFJ A; 2CGH A; 3S6W A; 5AYF A; 4K11 A; 4BI3 A; 1ZSZ B; 2RJC A; 1T0J A; 3QZ9 B; 3CPF A; 3EG1 A; 3MKD A; 1NJI U; 3O8V A; 2CRE A; 4XTU A; 2OAW A; 1NJI C; 1WQW A; 3E9G A; 5I2M A; 2EPD A; 1RAI B; 3RER A; 2JM9 A; 2NUT B; 2CYZ B; 1WHH A; 4XU0 A; 5IXF A; 4IIM A; 3C12 A; 1YIJ Q; 3TQ7 P; 1Q86 C; 2F69 A; 1B07 A; 2NYS A; 1VIE A; 3RES A; 4ANJ A; 1GBQ A; 1TUD A; 1EIF A; 2HSP A; 4DA4 A; 3A8H B; 1W6X A; 2XMF A; 1DJ7 B; 2LDM A; 2KXD A; 3RNJ A; 1KD1 R; 1QWF A; 1KC8 U; 1IRX A; 3ASK A; 1WGS A; 3CC2 Q; 4NS5 A; 5FRN A; 4KGX B; 1KC8 C; 1VQM T; 1HYO A; 1BI1 A; 1W4S A; 1UGQ B; 2PTK A; 3URG A; 1KQ1 A; 3L2U A; 3X20 B; 4L5G A; 2OJ2 A; 1SPK A; 3UPU A; 3OS5 A; 4DBH A; 3CCV A; 5FU6 C; 1B34 B; 2NWM A; 2RPN A; 3CMA Q; 2DLP A; 2KY9 A; 2KEA A; 4RUG A; 3UA7 A; 3H0I A; 2F2W A; 1EX4 A; 1BKB A; 1PNJ A; 2K6D A; 4J9F A; 1AD5 A; 4FSS A; 2CP7 A; 2XD0 A; 2EW3 A; 3ZEH A; 1AHJ B; 5J39 A; 4M7A E; 4JDS A; 1H3Z A; 3CCU A; 1U1S A; 3M9Q A; 1MMA A; 3FIF A; 2E41 A; 2HBW A; 2KBT A; 2O4X A; 2EFI A; 4R56 A; 2A7Y A; 3CBP A; 4LNP A; 4PL6 A; 1ARK A; 3VKI A; 3INZ A; 4QVC A; 4Q5W A; 2V1Q A; 2JMA A; 3HPW A; 1BIB A; 3GNG A; 1VQ4 A; 2P0K A; 3M55 A; 1N8R R; 1TSF A; 2J6K A; 3CME A; 1D1B A; 3CCM Q; 3JCM b; 3LYI A; 1OU8 A; 2COW A; 2VGM A; 4MML A; 2LCS A; 2VAS A; 5CKB A; 1PSF A; 3NFC A; 1OYX A; 3G71 A; 2E10 A; 2RH2 A; 3RMQ A; 3X26 B; 1UGP B; 3OYI A; 5FU6 B; 1PD1 A; 5CVI A; 4C0Z A; 1R0C B; 3QII A; 3G4S T; 1M1K R; 4E7K A; 2QGF B; 1M4Z A; 3JCM e; 1RAH B; 2LNH B; 2X4Y A; 1C1A A; 1E7O A; 1OI1 A; 3DB3 A; 4M78 E; 1RAD B; 2DTI A; 1PC0 A; 5GAN 3; 1KJW A; 4J9B A; 4DBF A; 3CCJ T; 2RQR A; 2AKL A; 4OGC A; 5IHK A; 4PJN A; 1RAB B; 4HT9 A; 2MOX A; 2RHZ A; 2BZX A; 2DL5 A; 1HK9 A; 2X35 A; 4RTW A; 4ZN1 A; 1M1G A; 5HK0 A; 2RI2 A; 3JSC A; 5HY6 A; 5GAN e; 2K9G A; 3ZL7 C; 5LJ5 h; 1M5Q 1; 1YIJ A; 5GMK l; 2FRY A; 4OVA A; 1G5V A; 3OS1 A; 4Y28 E; 2D8J A; 2XIC A; 1U5S A; 2LCC A; 3OBY A; 2FZG B; 1M30 A; 1VQ9 T; 4FM4 B; 4RTV A; 1S1N A; 2M16 A; 2NLU A; 4AMC A; 1JRI A; 3GPL A; 3CCR Q; 5D6Y A; 3BW1 A; 2A37 A; 1G83 A; 2LX9 A; 2JT4 A; 3CC2 A; 1IGQ A; 3EH2 A; 2L3S A; 5LJ5 e; 5LJ3 f; 1P92 A; 4PJO E; 5FRM A; 1A0N B; 2H3E B; 2B8A A; 3N5B B; 4LDW A; 1YNZ A; 4C92 B; 2A36 A; 2WSE E; 2EQK A; 2HMA A; 3J7A F; 1RLP C; 4DOV A; 3JCM g; 3CMA A; 4OMP A; 3C4S A; 3OYF A; 4N4H A; 1VQ6 Q; 1OEB A; 4CC2 A; 3JCM J; 1RAG B; 3MEV A; 1YI2 Q; 5KH6 A; 3OS0 A; 1I0C A; 4ZGE B; 4B9W A; 4RTY A; 2EKH A; 5KYY A; 3SWN B; 3BE3 A; 2C0O A; 3NTH A; 3BDU A; 4KH0 B; 1AEY A; 2H8H A; 3QDF A; 1BIA A; 1T3S A; 3GOX A; 2JXB A; 1Z9Q A; 3FEO A; 1HD3 A; 2KRN A; 4GY5 A; 2DX1 A; 2CP3 A; 4JLG A; 3CCM A; 1FXX A; 5CKE A; 3PTA A; 1GFD A; 2R57 A; 5L23 A; 5KYN A; 2EJG A; 4UC4 A; 2BKD N; 2MCN A; 5I21 A; 4HVV A; 2DIG A; 5GAN 6; 1RL2 A; 1RLQ C; 3E9F A; 1X6B A; 1BB9 A; 3L2Z A; 3RBB B; 3DLM A; 1Q7Y R; 3M0Q A; 5D6X A; 3UWN A; 4M78 G; 4IUT A; 3I56 T; 4WCI A; 1MV3 A; 3CBO A; 4E7Z A; 1KQS P; 2HEQ A; 3FJ5 A; 4EMK A; 4FU6 A; 4ELY C; 2E5K A; 2CKK A; 3JB9 I; 2QAS A; 1BCO A; 1TUC A; 1K73 U; 5GAN 2; 2HAX A; 4E47 A; 1OOT A; 3OYJ A; 2LQK A; 1K73 C; 3CD6 Q; 2V8K A; 1WXB A; 2E1H A; 2CUD A; 2EQM A; 4CC7 A; 1JBM A; 1SKU B; 3JCM X; 1YJW T; 2Z0W A; 4O5V A; 3MP1 A; 1K76 A; 1G3W A; 3HRS A; 4J6Y A; 1NPP A; 2MI6 A; 3DLL A; 1UJ0 A; 2FRW A; 2JTE A; 2E6N A; 2RA2 A; 3I55 Q; 4BE1 A; 3HRU A; 2Y4Y A; 2Y90 A; 4PLI A; 1H64 1; 2VGN A; 4OP0 A; 3TRE A; 4OMF B; 3CCR A; 4M77 B; 4JRQ A; 2JMC A; 2XID A; 1WJR A; 4FYX B; 4E7J A; 4F7U E; 2O4X B; 2QTX A; 3OB9 A; 2X4J A; 2DL7 A; 4LXC A; 2GCX A; 2LQW A; 1UGS B; 4KBM B; 5I11 A; 4O6J A; 3DKM A; 3V7C A; 2D1X A; 2DM1 A; 4E7L A; 1HXD A; 3CCE T; 1JXM A; 1QCN A; 2COY A; 1TUG B; 1M1F A; 5CCA A; 2O9V A; 3QXE B; 2QA4 T; 1Y71 A; 1Y57 A; 3LW5 E; 1VQ9 Q; 4XU3 A; 2LVM A; 1JQQ A; 3MP6 A; 4M75 D; 1VQ6 A; 3SDZ A; 1RI0 A; 5CKH A; 2PUO B; 2Y4X A; 1FMK A; 1YI2 A; 1YJ9 T; 4KUD K; 4DBQ A; 3FDR A; 1C6V X; 4E7S A; 2DO3 A; 4C5I A; 2X4W A; 5DY9 A; 2J6O A; 2P0P A; 3MCA B; 4L6V 5; 2DAQ A; 2HKQ B; 4PJJ A; 2K3X A; 1KHI A; 5GJW B; 2ABL A; 5EC7 A; 2FYK A; 4J9D A; 4RTZ A; 5ECA A; 4FW2 A; 3UAT A; 1I81 A; 2MK5 A; 4VUB A; 2YUO A; 1H3H A; 1QCO A; 5LJ3 e; 4E2F B; 4XTX A; 2LC4 A; 3CC4 T; 2BE9 B; 4MZT A; 3S3N A; 2DBM A; 3U23 A; 1QKW A; 4FT4 A; 4F04 B; 2E70 A; 3E2U A; 1AWX A; 4DBR A; 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3CPW S; 4M75 E; 1R0B G; 2P84 A; 1ZLM A; 1ZA2 B; 2RO0 A; 4IUP A; 4J9I A; 1NPR A; 1VQ5 T; 5FU7 B; 2PU9 B; 2EVR A; 3OW2 S; 4J6W A; 2DPP B; 2F5T X; 4XTY A; 2QQS A; 3UT1 A; 1UTI A; 3E1S A; 2QA4 Q; 2M9U A; 2QGG A; 1NG2 A; 1YWP A; 3HP9 A; 1U8R A; 2DA9 A; 1VQ8 T; 3HKS A; 2V8I A; 2LTO A; 2X4X A; 2MIO A; 1IO6 A; 3M0R A; 1Q86 U; 1WHM A; 2JJ9 A; 2RB6 A; 1S72 T; 1YJ9 Q; 5FW9 A; 1OX9 A; 1T0H A; 2LT4 A; 2K7A A; 4M7A A; 2M02 A; 3RKX A; 1VUB A; 5CQY A; 2OX7 A; 2M51 A; 3MET A; 1X01 A; 3A98 A; 1K9M U; 1Z9Z A; 3KFV A; 2RNA A; 1I07 A; 4JZ3 A; 3REB B; 3VS7 A; 1VQP T; 2DYI A; 1IB8 A; 1K9M C; 3OYG A; 4PJO D; 1XOV A; 1VYT A; 3JCM P; 4CC4 B; 3FJP A; 1K0X A; 2R5M A; 2QQR A; 2DET A; 3CCL T; 3QKJ A; 5DLO A; 3TVT A; 5GAO r; 3P8D A; 5GJV B; 2O01 E; 2JUF A; 4BD3 A; 4J8O A; 2HQH A; 2KT8 A; 2O31 A; 1QVF P; 2VXE A; 3CEY A; 3NPF A; 4ZTJ A; 1VQN A; 1G3Y A; 2VWF A; 4JJB A; 3EG0 A; 3JB9 D; 4XTW A; 3TCJ A; 3P8H A; 4M78 A; 2O9S A; 4MDW A; 2AIR B; 1V29 B; 8ATC B; 5GAO m; 4ESR A; 2FPE A; 1QKX A; 3GIB A; 2QQA A; 2FVU A; 2CP0 A; 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