1SL0B

Ternary 3' complex of t7 dna polymerase with a dna primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide
Total Genus 21
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
21
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*
publication title Nucleotide insertion opposite a cis-syn thymine dimer by a replicative DNA polymerase from bacteriophage T7.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 21
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-03-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1sl0B00
3EMPA 3M3MA 1Z6MA 2NBSA 2OACA 2H6XA 2VCTA 4FIWA 1KNGA 2GT5A 3BCIA 3HXSA 5CRHA 5HR0A 3FK8A 6GSSA 5B8AA 1XIYA 5JCGA 1SL1B 2YCDA 4ZL9A 3FRCA 1GRXA 4KCAA 3TOUA 5CNWA 3GKMA 3ME7A 8GSSA 1AQXA 2L5LA 4BVXA 1YEXA 2OA7A 3P2AA 4NAXA 1YF0A 1SYXA 2CZ3A 2C1YA 1CQGA 2KOKA 1YEPA 1T4YA 1JZDA 4MCUA 2ZNMA 4XHMA 5ECHB 1V40A 4MH2A 2X8HA 3ZZXA 2IMIA 1K0OA 5G30A 1ERWA 3LXZA 2DJ3A 4L5OA 6GSWA 1FO5A 2CA8A 2GZYA 5D96A 1GSEA 3EU4A 3TUEA 2B3SA 1ST9A 4LLRA 3M0FA 3G9BA 3DVXA 4POBA 5IO2A 5F0GA 3GX0A 1WP0A 5ECKB 3EVIA 4RI7A 2HT9A 4XIHA 3FR6A 4XRAA 4N30A 1AUCA 2GSSA 3UMAA 4OFMA 2B5EA 2L6CA 4IBPA 5DJMA 5H5RA 2YPMA 2JZRA 2DC5A 2LNTA 4MJBA 1X5DA 5CAXA 3ME8A 3SBCA 1F3AA 4KW6A 3KMOA 4PNGA 4XRDA 4HJ2A 2LQOA 1XWKA 1V2AA 2HZEB 3TKRA 3ZFBA 3GA4A 4ECCA 1EEJA 3ED3A 3ZTLA 2H1GA 5ECNB 5IIZA 5ECLB 2I3YA 3QAWA 2G2QA 1TJDA 2AUVA 1UA5A 2IFQA 3ZVJD 3RBTA 4RQRA 1GUKA 17GSA 1M7TA 1U3AA 3GL5A 4G2EA 1JZWA 1EV9A 2VCZA 5C04A 1K0AA 4MF6A 1SK1A 4QQ7A 1GULA 5ECOB 1GNWA 4HDEA 2HE3A 5G5FA 2B1KA 5D9TA 3VWXA 5DVBA 4TR3A 5CRGA 3C8EA 1FAAA 3J7Yb 2PUKC 2NDOA 5B6NA 2YWMA 3GSSA 3GN3A 3TKSC 4L0WA 2WDUA 3VWWA 2C3QA 2HZEA 5IOWA 3CRTA 4ECJA 1V9WA 3DMLA 2M80A 2K6VA 2V1MA 2PMTA 3E3EA 3LG6A 3DYRA 1T7PB 4KA0A 2HI7A 3DD3A 3I9V2 1N8JA 2EIQA 1G7EA 3C1SA 1GSSA 3WGXA 6GSYA 4F03A 5IPHA 3E0UA 3M1GA 5KN0A 3WGEA 2V32A 5B8BA 1DSBA 1GSUA 1V98A 1JHBA 1TK8B 5KEJA 2H76A 1EV4A 1ERVA 1EZKA 1IYIA 2YNXA 3VI7A 4LL4B 4MLYA 5IMCA 2IN3A 1BJXA 2H74A 2VM1A 1OC8A 4I6XA 2FWHA 2H19A 1GUMA 12GSA 1QXHA 2H6ZA 4FYUA 5EVOA 2G0FA 1OC9B 3L78A 4IHUA 1GSFA 1XW6A 2AB6A 5F06A 3HJMA 2VL3A 5ECPB 3A2XA 5D9VA 4H86A 5CP1A 4OFNA 4YQUA 4MMMA 1QK8A 4MZBA 3EURA 1TI1A 4EUYA 2GVPA 1GUHA 1YQ1A 2FGXA 2H73A 1HD2A 1TP9A 3FEUA 3HVXA 2XHFA 1QMVA 3PR8A 4MF7A 1O85A 4EVMA 2OKAA 2IIYA 4JU5A 3ZRDA 3TKSE 2LTKA 3PGTA 1RW1A 5FT3A 3W8SA 4ILFA 1TRVA 2EIOA 5DAKB 1K0NA 2A4VA 1BG5A 3W8JA 2VO4A 19GSA 4TR0A 4KCEA 3UVTA 2C0DA 1R26A 3K8NA 1MEKA 5GSTA 3KJYA 3D4TA 1WOUA 4X43A 5DQYA 3RPNA 3A2WA 3CTGA 1AIUA 2FWEA 4WBRD 1FVJA 2PPTA 1V58A 3VI5A 2YJHA 3LYKA 3KGKA 1U6TA 5CO3A 3HY2A 4X0XA 1X0RA 5ID2A 1OE7A 5GAND 3A5WA 2IMKA 2LS5A 2QGVA 4F82A 3FW2A 3D0ZA 5D93A 2MMOA 4WEYA 1OAZA 3GIXA 1EWXA 1A8YA 5DQSA 2FUG2 3TB2A 1Y25A 2TRXA 5ECIB 1GTBA 2WRTA 3US3A 4K0GA 2H0GA 1VGLA 4IQ1A 2FWFA 4IS0A 3I69A 1A2LA 1PGTA 2IJYA 4V2NA 4AJ8A 4FYBA 4HQSA 3VPTA 4KE3A 2H66A 4WXTA 1FHEA 1PX7A 1A23A 4MPGA 1M99A 1AAZA 1O8WA 4I5QA 2V6KA 1G0TA 1R4WA 1OKTA 3QR6A 2DJJA 4KAEA 4ML1A 5IPGA 1W89A 1BX9A 1MDKA 5ELAA 3TOTA 2GTUA 3TDGA 3VPQA 5ELGA 2JZSA 4HJMA 1A24A 2H71A 4ZB6A 1YF1A 2LSTA 4I2UA 4POMA 4OO4A 4YAVA 3HZ4A 4L8EA 2GGTA 2GQLA 1GLPA 1X9MB 5FHIA 2LV3A 1U87A 4WF4A 1A2JA 4ZBBA 2L59A 5G5EA 4BA7A 1B48A 4CDOA 1GSDA 3GFKA 1GH2A 3KD0A 1XW5A 4AF2A 1FB0A 1AQWA 2DMLA 3KH9A 3U6VA 3V1WA 1TK5B 1ABAA 4POLA 2QKEA 3IBHA 3KMNA 4QL7A 3TJKA 2LNSA 5HR3A 2GZZA 3IK7A 2R2JA 3D22A 3FYGA 2V2GA 3H8QA 3KIJA 3M9JA 2B7KA 2R5GA 3BJ5A 4POKA 2OE0A 4TN8A 2FWGA 5LD0A 5ABRA 2LJKA 3TRXA 1WWJA 2HYXA 3F9UA 5IQYA 2JADA 5KN2A 4TKYA 1NSWA 5IMFA 2J9HA 4GRFA 1J9BA 4GXZA 2HSHA 1Z7RA 3WD6A 3HA9A 3VK9A 3VWUA 4GQFA 3LQ7A 2O85A 4HUAA 3D5JA 5DJLA 3GRXA 2PU9C 1SU9A 2DMMA 1UN2A 4NWYA 1LU4A 4Q5NA 2RLIA 3KP9A 1O7UA 1B4PA 1TRSA 2CAQA 2GSTA 4JZQA 2XC2A 2CX4A 4LA1A 4OCFA 4PGTA 1C72A 3JCML 4E8HA 1NM3A 2HRFA 1S3AA 2DJ0A 4N0VA 4CHSA 2H0IA 5HQPA 2F3MA 4GWRA 2RM6A 1GL8A 1XVWA 2FNOA 3Q19A 3UL3A 2N5FA 3F63A 3IDVA 3LFLA 5D9WA 4KH7A 1HNAA 3DVWA 2YN1A 1J0FA 3O6TA 1MDJA 1R5AA 2PVOC 3R2QA 20GSA 3VWVA 1Z6NA 2H1BA 4IJIA 3EE2A 5IMVA 1EOGA 1WMJA 4O92A 3ZREA 1TU7A 5AIXA 2B5XA 3TJFA 5HFIA 2LKUA 2A2SA 2LRTA 1BAYA 1AC1A 2VCWA 2FD3A 3C73A 2V6OA 5J41A 4MF5A 1E2YA 4K7IA 1X9SB 3FKFA 3HDCA 2VL2A 1YKAA 1J08A 2OBKA 2E2GA 3EU3A 2IFQB 5B7CA 3FY7A 4OCEA 3C71A 3MWHA 3KTLA 1NHYA 3HCZA 1OVNA 1GP1A 3IHQA 5GZZB 1H4OA 3WT1A 5JCWA 4ZXGA 14GSA 4ZL8A 4IQAA 5G31A 4RUVA 3UIWA 2RUEA 3FR9A 1SKWB 3GH6A 2VCQA 2CAIA 6GSUA 4ECBA 2DJKA 1SL0B 3ZYWA 4HU9A 3ZITA 1PX6A 3GNJA 5KN3A 3EINA 2GT6A 4IVFA 3L9SA 2ON7A 4KNDA 3TKQA 4GQCA 4XS1A 3TJJA 4XS6A 2YV9A 4TOPA 2N5BA 4PUFC 2PGTA 4K0NA 5DDLA 4BPYA 2M72A 2WJUA 3IA1A 2C3TA 2E7PA 4BWQA 4F0CA 3W6GA 3ZLPA 4JE1A 3QFBC 2WS2A 3Q6OA 1RK4A 1A0RP 3GURA 3MDKA 3LWAA 2MBSA 2MYGA 2B1LA 3C7MA 4ACSA 2XPDA 2R37A 1SJ6A 3F6FA 3DWVA 1EP7A 1VF1A 1PMTA 1O8XA 3G7YA 5EY6A 2ZCTA 1PL1A 3PH9A 2GLRA 2FLSA 4ECIA 5DCHA 10GSA 1GTIA 4ZL7A 2YZUA 4PNFA 4X1UA 2OJLA 3D4MA 2DIYA 5J9BA 1WPIA 2XBIA 2LUSA 1EP8A 3F0IA 4IGJA 3TJBA 4K1FA 3CRUA 2H0HA 5DCGA 5EL8A 1EOHA 5JWQB 2DBCA 3NOFA 4GLTA 4PQIA 2VLUA 4MH3A 5HR2A 1ZGNA 4V1Ag 5J3RA 5AN1A 1VRSD 4K7NA 2WGRA 18GSA 2C4JA 4TR1A 1QFNA 4HS1A 1QQ2A 4F2IA 3D6IA 1FVKA 4PXOA 4WKWA 1GSYA 3KP8A 1FG4A 5J9CA 2VOCA 4ZBDA 5AIVA 1T00A 2YOIA 4WBJA 1FOVA 5J5NA 3KM6A 3C1RA 1F3BA 1G6WA 3DKSA 3FZ4A 5JWOB 4I2TA 1YDKA 1YZXA 4MJAA 2IMDA 3LXTA 3ERGA 2DSAA 5ENUA 1MD3A 3H79A 1PQNA 2PERA 3KCMA 1Q4JA 1JFUA 3D21A 4L5LA 2VD1A 2CVKA 4NHWA 5ECRB 2HXKA 3GX8A 2WZ9A 3MAKA 1I9DA 2KUCA 3FR3A 1KTEA 1B4QA 1OE8A 2NVLA 5ID2B 2H01A 5F05A 3UEMA 2OE1A 5LNKe 2P0GA 1JLWA 1M9AA 3LEFA 2CQ9A 4JEDA 2L57A 1UC7A 1O6JA 3Q74A 1ZZYA 4AJ6A 2OBIA 4ML6A 1K3OA 4GSSA 3F3QA 3F4SA 3J7Yk 2GSRA 3HVSA 1GLQA 5F07A 2H75A 5L71A 1THOA 4G10A 2LQQA 3F4RA 3QAGA 2J23A 1GTAA 2X64A 2PWJA 4LMVA 4OWYA 4JR6A 2R6KA 1ZCPA 1TRWA 3ZVJA 4RQXA 4HZ2A 3TCOA 4ID0A 2E0QA 1ZOFA 5HR1A 4NV5A 4DSSA 1FB6A 4F9ZA 1JLVA 2XPEA 3IXRA 2PVQA 2JSZA 1TXXA 3L4NA 1TOFA 1T3BA 2L5OA 3DIEA 3IK9A 2KP1A 4TW5A 1SKSB 5IM9A 1AXDA 4XS4A 1HNBA 2LJRA 5JWRB 1PRXA 3MNGA 3TKSA 3MSZA 4E8EA 4NPBA 6GSVA 3APSA 2LEGA 4PQ1A 5JCUA 3WYWA 1TW9A 4G9HA 2O8VB 3M8NA 5LCZA 4K8MA 3GH9A 1HNCA 2Z9SA 3APOA 2AJQB 2VUPA 4GSTA 2C0FA 4ZILA 4OMVA 4Q5RA 1XXUA 1SJZA 4RI6A 2K18A 2K9FA 3H1NA 4EDYA 4PQHA 1U88A 3CSHA 5DALB 4FH8A 4L0UA 1EGOA 3DEXA 2I81A 2KP2A 3APQA 1XCCA 1XOAA 1K3YA 2X8GA 3EMXA 2CT6A 3KXOA 22GSA 3SWLA 3FZAA 1TRUA 2X99A 1G6YA 2CVBA 4J56E 3TRPA 3IOSA 3U5RE 4MA9A 1GWCA 2VAFA 5A4UA 1K0CA 4N11A 3UOMA 4MPFA 1XWGA 4IP1A 2JACA 3GTUB 2CVDA 1F37A 5GSSA 5C00A 9GSSA 1V57A 1ON4A 2GDRA 1XZOA 5IMAA 1QGVA 1WRYA 3LJRA 3GHAA 2B6MA 5DALA 3IE3A 4YQVA 2KLXA 4OFTA 2M46A 7GSSA 5CRWA 4N0ZA 5KN1A 1K0DA 2O89A 2MZCA 1A0FA 3L9VA 4MZWA 3HVVA 3GSTA 4MZCA 1SYRA 2OE3A 3GKNA 3RHBA 5D8IA 6GSXA 1G7OA 4MDCA 1LBKA 1QUWA 2I1UA 3O3TA 3QAVA 2YZHA 4ZIJA 3GV1A 4MK3A 1ERUA 3ERFA 2O7KA 3GTUA 4ZB8A 2IMFA 3F8UA 5GAPD 3UAPA 1K3LA 2LRCA 4KDYA 2HSYA 2BJXA 4K9ZA 1PN9A 5E4WA 2IMEA 3ZMKA 2N5AA 4F0BA 1O73A 2ZUPA 4TR4A 4EF0A 1TK0B 4MJEA 4Z7XA 2MMZA 2YV7A 4K6XA 1URMA 4GF0A 3RPPA 5A4VA 4OO5A 4WR5A 4O5RA 2L4QA 4HQZA 4ZBAA 1PA3A 1Z9HA 2JSYA 2H72A 2MBTA 4IP6A 1Z7PA 1U3IA 2ON5A 1DE2A 1R5PA 2PN8A 4EXJA 3HJPA 2YWOA 1SD9A 3QPMA 4EE0A 3EWLA 5COHA 5CRDA 2HFDA 4QL9A 1SK2A 3GYKA 2REMA 3NZNA 1F6MC 2TIRA 2YP6A 6GSTA 5AISA 3TKPA 1MDIA 1DE1A 2R4VA 2H1AA 1YJ6A 2AAWA 1S3DA 2YWNA 1TDIA 1DUGA 3TJGA 4YAPA 4KDUA 1ZYQB 2H30A 2AYTA 1H75A 1XFLA 1OC3A 3A3TA 5G1KA 1M0UA 2XBQA 2FA8A 3HYPA 3UARA 2BMXA 3CYNA 3FZ5A 2FHEA 2FCHA 5G2ZA 1M2BA 5CYYA 3EC3A 2E2MA 4GCIA 1Z3EA 3HHVA 4ULXA 3WGDA 2R3XA 4V2MA 1N2AA 4IN0A 2DJ2A 2V41A 1KBNA 4PUAA 1R7HA 1SL2B 4JR4A 4PX1A 1X9WB 1MD4A 3F4TA 1T8EB 4DVCA 3Q18A 4K2DA 3UJ1A 1PD21 4J57E 2PBJA 1JZRA 1FW1A 1PKWA 3VLNA 1XWBA 2GS3A 4DSRA 2RUFA 3BCKA 1OYJA 3BBYA 2H6YA 4IJ3A 2A2RA 4WETA 4DEJA 2KHPA 2F9SA 3KEBA 2YJ7A 1Q98A 5ECSA 3OR5A 4WR4A 3LORA 1CQHA 3IC4A 1SKRB 2D2ZA 3S9FA 4KDXA 1A8LA 3ISOA 2O87A 5G1LA 3BOAA 4PURA 2ALBA 2DIZA 4TR1B 3KTBA 3AY8A 3CMIA 4MP4A 5FWGA 1JZOA 2I9HA 3ERWA 13GSA 3F3RA 2C80A 2MMNA 2TRCP 3LGCA 5INYA 1XBSA 3HD5A 1AW9A 4BL7A 1TI3A 4Q5FA 3TRQA 2YANA 4YQMA 1K0MA 2CX3A 2QC7A 2JL4A 2GQKA 1BQ7A 4HZ4A 3FZ9A 4Q5QA 3DXBA 1YY7A 3CBUA 2VLVA 5DBQA 2VL9A 1VF2A 3P90A 4LMWA 4KGIA 4HI7A 2P31A 3GUSA 3RAZA 4MABA 1EEMA 4OD7A 4ISDA 4O7HA 2QSIA 1M2DA 3M9KA 4TVEA 2FY6A 2VIMA 5HFGA 1BEDA 3NIVA 1ZYEA 1RQMA 3IPZA 2P5QA 1MTCA 3QCPA 5F8BA 4GSNA 1SK0A 2CZ2A 3ZMLA 3O76A 16GSA 4I8BA 3BD2A 1ACVA 3HJOA 1M9BA 1LJRA 3CTFA 1SENA 1UVZA 4P3YB 4YH2A 4DSQA 3ZIVA 1TTZA 1HYUA 4EC0A 3IAM2 4NV2A 4NXIA 1THXA 1PKZA 1ML6A 1F2EA 5IO0A 1T1VA 1WIKA 2BTOT 1KEBA 4IW9A 1ERTA 2H1DA 3QMXA 4DSSB 4FYCA 3G7JA 3KZQA 3HKRA 4J2FA 11GSA 1GTUA 2VCVA 3IV4A 1GSQA 1X5CA 2WFCA 5HFKA 5AGYA 2C0EA 1A2MA 2NPBA 4XS4B 1TU8A 3F6DA 1OKDA 3RDWA 3RHCA 3CXGA 3ZIJA 5A4WA 2F8FA 4NHZA 1X5EA 1HQOA 4EL1A 3LYPA 4TXVA 3UBLA 1S3CA 4ZB9A 3I6AA 2DJ1A 2L4CA 4MJCA 3ZL5A 2F8AA 4KX4A 2C0GA 1YKCA 3ZFLA 3IAS2 2WCIA 1OC9A 2GQMA 1W4VA 4NMUA 3HZ8A 1Z5YE 2F51A 3CSIA 5D73A 4O32A 2LJAA 3TGZA 3IR4A 4KSMA 5H5QA 2IPAA 1DBYA 3WT2A 2H8LA 4K7OA 2JZTA 1NHOA 2VLTA 4WF5A 4KSOA 1EGRA 1K0BA 5A5KA 3QOUA 2H70A 2EIRA 3G7IA 5IMDA 4TXOB 3QFAC 4IELA 2X8CA 2RM5A 4N10A 1ZL9A 3VFIA 2RIIA 2VM2A 5H5SA 4GTUA 1B8XA 2FA4A 1NW2A 5J4UA 2WULA 2IL3A 5B6MA 4HOJA 2LRNA 1M2AA 3GKXA 3H93A 4BWSA 2GZPA 3QDNA 4V2LA 3IRAA 5DAKA 1VF3A 5ECQB 2EC4A 3CSJA 2C8UA 5IMZA 5D9XA 1XOBA 1WJKA 2HRNA 4G19A 3GL3A 4AGSA 3LSZA 2WB9A 2OADA 2GSQA 3P8WA 1I5GA 4KB3A 3GKKA 1O81A 3H4KA 1XW9A 3KH7A 5EPFA 4XTSA 3I43A 4TXOA 3UBKA 1XVQA 3A2VA 3P7XA 4EO3A 1E6BA 2CV4A 4FO5A 4V1Ap 4D73B 2B7JA 1ILOA 2C3NA 2HNLA 2VD0A 4IKHA 3DRNA 2VCXA 3N9JA 2VL2C 3QD9A 1B9YC 2K8VA 2L6DA 2K8SA 2AV4A 3DGQA 1T4ZA 2AHEA 3L0HA 1XWCA 2ES7A 3GMFA 1B9XC 4CW9A 3N5OA 1USBA 4AJ7A 4JRRA 1GNEA 2MMAA 4EKZA 1ZMAA 1SJIA 5ECMB 2YWIA 1TKDB 4HU7A 4D73A 1WE0A 1Y6EA 1IYHA 3EYTA 3L9UA 4JBBA 3E9JB 4BVYA 1BYEA 3UVHA 4TRXA 1AQVA 1SD8A 2I4AA 2P5RA 5IOXA 4LL1B 4XCSA 3FHKA 2DLXA 2JU5A 2HLSA 1VF4A 4KUNA 4HEA2 1XWAA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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