1T7PB

T7 dna polymerase complexed to dna primer/template,a nucleoside triphosphate, and its processivity factor thioredoxin
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*AP*2DA)-3')
publication title Crystal structure of a bacteriophage T7 DNA replication complex at 2.2 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 24
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 1997-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1t7pB00
2REMA 3KTLA 2HZEA 4KCAA 4KGIA 4OFTA 3IXRA 3F4SA 1FAAA 4TW5A 2FHEA 2FY6A 4NV2A 2YJHA 1KEBA 5J41A 1VF2A 2Z9SA 2JSZA 3ZLPA 4IHUA 2QGVA 2IWTA 1TK0B 1LU4A 3C7MA 4ZBDA 3F6FA 1BG5A 5KN2A 4OFNA 1ZZYA 12GSA 1X5EA 4X0XA 1PX6A 4EKZA 4HU7A 4TR1A 4J57E 2L4QA 2YV7A 3UBKA 1B4PA 1WE0A 1UA5A 4HI7A 3EMPA 4IW9A 1XIYA 2RM6A 3W8SA 2IMIA 2FGXA 2VCTA 3L9SA 4MJAA 4MF5A 4V1Ap 1YEXA 3TKQA 4PQ1A 3WGXA 3F63A 3GTUB 4EL1A 2B5YA 1MDIA 2F9SA 1AIUA 5ECOB 1WRYA 14GSA 2VCZA 3P2AA 4IN0A 1A2LA 1KTEA 5C04A 1EP7A 3TJBA 1GSEA 1EEMA 2JL4A 1SD9A 1XXUA 1JZOA 3ZMLA 4K0NA 1ZCPA 1G6YA 3P90A 2YNXA 2C1YA 1X9MB 2CQ9A 11GSA 2VD1A 1GTIA 2PERA 4Q5QA 2WGRA 2PN8A 4AJ7A 1ML6A 1GSQA 3L78A 4V2LA 5EY6A 3D5JA 4ZB6A 3GMFA 1TRWA 3ERFA 4Q5NA 2IN3A 3H79A 3M9KA 4ZL7A 3AY8A 3HY2A 4IJIA 4PNFA 3WGEA 3E0UA 3GFKA 3EE2A 4KA0A 2GLRA 5JCWA 3DD3A 4KE3A 3GSTA 3L4NA 1U6TA 2H1BA 2XPDA 2ON7A 1LBKA 2P5QA 2FWHA 2VCVA 4O32A 3GKMA 2WFCA 3LFLA 5F8BA 3VWVA 2VL2C 4N30A 3C73A 3QD9A 4FH8A 4GSTA 2OE0A 4X1UA 3HYPA 2LJKA 5HFGA 4GTUA 1K0OA 1XBSA 5IO2A 4MMMA 1KNGA 1SL1B 2YWMA 1ZGNA 2GQKA 1N2AA 4ECCA 2OA7A 4QQ7A 4L8EA 1XW5A 4XRDA 2ZCTA 3DGQA 5D8IA 3LSZA 6GSWA 1OE8A 3A5WA 1XFLA 4LL1B 4OO5A 3NOFA 5DALB 2KLXA 3NZNA 2CX4A 3PR8A 4GRFA 2MBSA 2PBJA 2LJAA 4ZBAA 2PUKC 3ZZXA 4N10A 4BWSA 5DJMA 1V9WA 4E8EA 5JCGA 1SL0B 1PD21 5B6NA 2K9FA 1FB0A 1T8EB 1I5GA 5CYYA 5HR3A 5H5SA 2G2QA 1MDKA 1Z6NA 3BOAA 4RUVA 2TIRA 2YN1A 1EV9A 3BJ5A 5CO3A 1OKTA 1ZYEA 4V2MA 1VGLA 3GX8A 4KSMA 4XS6A 4IP6A 2OE1A 2V1MA 6GSTA 3G7YA 3O6TA 2C3NA 4IELA 5JCUA 3TJFA 3A2VA 4GCIA 3WGDA 4F9ZA 4LMVA 3P7XA 2CVBA 2E2GA 1VF3A 3CRTA 2R37A 3BCKA 5CP1A 4MZCA 1AAZA 3IK9A 4OCEA 3FZ9A 5B8BA 1QMVA 1THXA 5ECSA 2V41A 3S9FA 2LRNA 4TR3A 5IMAA 3TB2A 1K0DA 5A4UA 2LTKA 2AYTA 3QMXA 3I9V2 3UVHA 5CAXA 4L0UA 1UVZA 2HSHA 2IMDA 5J4UA 3QR6A 5ECPB 1DE2A 2PVQA 5IM9A 3IDVA 3KGKA 2LJRA 5CRGA 3CSIA 2J23A 4XIHA 5HQPA 3ZMKA 2WCIA 2B5EA 2I81A 4OO4A 1XCCA 1NM3A 3L9UA 1SYXA 3UEMA 3J7Yk 3D0ZA 4Q5FA 2KP1A 4GQCA 2A2SA 1YF0A 5D9TA 5EL8A 4POMA 3HHVA 4FYUA 3FR9A 1M7TA 2H66A 1SYRA 1UN2A 1J08A 3KMOA 2O85A 2DJ1A 3VPTA 1BEDA 1FVJA 4FYCA 2MMOA 4NPBA 4F03A 1TI1A 4KCEA 2N5BA 3EC3A 3KH9A 3DWVA 5GAPD 2LQOA 4PURA 3D6IA 4ID0A 5HR2A 1UC7A 2P5RA 1A0FA 5ECHB 4RI6A 5AIVA 3D21A 2QC7A 4KNDA 1HNCA 2QKEA 3VWXA 5DCGA 1EOGA 1PGTA 2GSSA 4L5LA 3FHKA 2XBIA 2FWFA 4ULXA 2MYGA 5E59A 1GTBA 2BTOT 2H6YA 10GSA 1FHEA 3GKKA 1PKZA 2FCHA 2DJ3A 2B6MA 5IMDA 1OAZA 2GSQA 2CA8A 1EV4A 4HS1A 2DIZA 4EXJA 5C00A 3QOUA 1EEJA 4XS1A 2B1KA 3MWHA 4F0CA 1M2AA 3G7IA 1ST9A 1ZYQB 3ZVJA 2HT9A 2H73A 3E3EA 4BWQA 1M9BA 4JR4A 4WKWA 3D4TA 4KAEA 1ERWA 1EGOA 2YWNA 3IAS2 1GP1A 2HLSA 2C0GA 1JZRA 2L5LA 3TRQA 4AJ6A 1X9SB 2VO4A 1TK5B 4KX4A 2K6VA 5F06A 3CXGA 1XOAA 1T7PB 2HRFA 2I3YA 4OD7A 3H1NA 1TRSA 4MJBA 18GSA 1PRXA 3IK7A 5ECNB 2LQQA 2AAWA 2CAQA 2C8UA 5B7CA 4K6XA 2WZ9A 5CREA 2M72A 2FWGA 2CT6A 2YP6A 2X8GA 1SKRB 2GSRA 2IJYA 4J56E 4K2DA 1TU8A 1F6MC 2H30A 3JCML 1HQOA 1IYIA 5HFKA 4PGTA 2VIMA 3IOSA 1QFNA 2BJXA 5HR0A 1PN9A 3OR5A 4HQZA 4NHWA 1OC9B 1MEKA 4HU9A 2GT6A 5G5FA 1ON4A 3TOUA 2X64A 1X0RA 3FW2A 3IPZA 1A8YA 1K3YA 3ME7A 4DSSB 1ACVA 1GTAA 3F6DA 2VLTA 4O7HA 4KH7A 1BQ7A 3MNGA 3RAZA 2K18A 4EUYA 5ID2A 3KJYA 2XHFA 2E7PA 1N8JA 1OE7A 4MJEA 2CZ3A 1X5CA 2P31A 1PA3A 1V98A 5HFIA 4POBA 2H70A 4JR6A 3Q74A 3ZFLA 1FOVA 2G0FA 2V6OA 1XWBA 4IQAA 1F37A 2AHEA 2L6CA 2OJLA 1JLWA 5AGYA 5HR1A 4H86A 2F8AA 3TKRA 2PWJA 5GZZB 3TKSA 3ZIJA 4LL4B 1U3IA 3C1SA 3O3TA 5ECIB 4HQSA 3UIWA 2FLSA 3ED3A 3APOA 2F8FA 4GF0A 2IFQA 4P3YB 2C3QA 2YWIA 4IQ1A 1A8LA 4I5QA 1OKDA 2YANA 3IV4A 2WS2A 5G2ZA 4LA1A 2NVLA 1GRXA 2BMXA 4GWRA 4ZXGA 5J3RA 4WR5A 4N0ZA 1GWCA 1YJ6A 1XWAA 2XBQA 5J9CA 1R4WA 4ZIJA 3LJRA 1K0MA 3KCMA 4IBPA 2N5FA 1A23A 3CYNA 4V2NA 3HJMA 3W8JA 4BL7A 2AV4A 1H75A 4TVEA 2FD3A 2HXKA 2MBTA 4TR4A 2V2GA 3UVTA 3GL5A 5DALA 2H6ZA 4NHZA 1XW9A 1ZOFA 2DMLA 1GULA 2MMNA 1TI3A 3A2XA 1V58A 3LXZA 1QQ2A 1M0UA 6GSSA 2HZEB 3E9JB 3L9VA 5F0GA 1EP8A 1DUGA 1RK4A 3K8NA 2FA8A 4G10A 2CZ2A 4MH3A 2IMKA 1V57A 5G1KA 3D22A 5COHA 2VCWA 1TW9A 3UAPA 4JEDA 3M0FA 5DAKB 1B8XA 1ERTA 3TJJA 4YH2A 4IP1A 3WYWA 5ABRA 1EWXA 4TR1B 1NHOA 1PQNA 3CBUA 5L71A 2KUCA 3EU4A 2AB6A 4GSNA 1GLPA 1S3CA 3EMXA 2LKUA 2C0FA 4JBBA 4ACSA 3APQA 2L6DA 5ECKB 2H01A 3GX0A 3VURA 3DRNA 4KDYA 2PMTA 1ILOA 2TRXA 5IMFA 3WT1A 4IKHA 2GT5A 3RHBA 1G7EA 1T3BA 4OCFA 1A24A 1WJKA 2OE3A 4OMVA 2O8VB 3L0HA 2GZYA 4POKA 2HSYA 1T00A 3KXOA 3WT2A 4BA7A 2VCXA 1GTUA 4RQXA 3KZQA 4PUAA 3HD5A 4NWYA 5ECQB 3HVXA 1W89A 2N5AA 1ERUA 1GUMA 5CRDA 6GSVA 2HZFA 4EE0A 4ILFA 3DVXA 2HRNA 1BJXA 2R2JA 2OKAA 1EOHA 5IIZA 1O8WA 1E2YA 3HKRA 4GQFA 1J0FA 1G7OA 1TRVA 1K3OA 3GYKA 1V40A 2GTUA 3FK8A 5ECLB 4TKYA 1SKWB 2JZTA 1X9WB 2KP2A 2B3SA 4D73A 2PGTA 4F0BA 1YY7A 3TRXA 2V6KA 2GDRA 2DC5A 5J9BA 3H8QA 1AUCA 5G5EA 3KD0A 4IS0A 3SBCA 1GUHA 1TP9A 3EURA 2P0GA 1TRUA 4MPFA 3LQ7A 2VL3A 4DVCA 3TUEA 4WBJA 3LXTA 5AN1A 3A2WA 2GQMA 5GSSA 4MK3A 3QAVA 4XTSA 4DSRA 1KBNA 3IR4A 4BVYA 1Y25A 1SL2B 1M2BA 2LNTA 1OYJA 3NIVA 1GSYA 1BAYA 4E8HA 4K8MA 22GSA 4TR0A 1XW6A 1CQHA 3N5OA 3LWAA 3PH9A 2DLXA 2JADA 1TXXA 4CDOA 1ABAA 1QK8A 4V1Ag 1QUWA 1GSFA 1S3AA 1M2DA 5LCZA 2LNSA 2OBIA 2H1AA 2WRTA 3FZ5A 4K9ZA 3O76A 2K8SA 1HNAA 4MPGA 5IPHA 1C72A 3UJ1A 1THOA 4TXOB 4ISDA 3DKSA 4I6XA 4ML1A 2EIOA 2L5OA 1G6WA 5IPGA 3IAM2 1GNEA 3TDGA 8GSSA 1PMTA 4K7NA 4HDEA 4MCUA 2A4VA 1XWCA 5AIXA 4KSOA 5J5NA 1VF1A 4MJCA 4IVFA 3KH7A 5IMZA 1J9BA 2VD0A 5G30A 3UARA 1X5DA 1GH2A 4ZL8A 3QFBC 1ZL9A 5ELAA 3GSSA 3GKXA 1Z6MA 4KDXA 3MAKA 2MZCA 2C80A 4PNGA 1XWGA 3ISOA 2C3TA 1I9DA 5DCHA 4JE1A 1USBA 2CAIA 3DIEA 5CNWA 3VI5A 2I1UA 2KHPA 4PUFC 1HYUA 2DIYA 2PU9C 4MABA 1BYEA 3GHAA 2H74A 2X8HA 4PQIA 2IMFA 3CTGA 3CMIA 4NXIA 1TK8B 2PPTA 1DBYA 4DSSA 3W6GA 3I69A 3VLNA 4HZ2A 3MSZA 5D9VA 5IOWA 4L0WA 3ME8A 3FZAA 5DJLA 3FYGA 1Y6EA 2CX3A 2DSAA 5DDLA 3BD2A 2C0EA 2R5GA 5LNKe 1NW2A 5D96A 4CHSA 2K8VA 2J9HA 5D73A 1NSWA 2H1GA 3VK9A 2FUG2 5AISA 7GSSA 4ZBBA 2LEGA 4YQMA 4HUAA 3G9BA 2GQLA 2IPAA 4WF4A 2VL2A 2GGTA 2WB9A 4XS4B 6GSYA 2DJ0A 2H0HA 1T1VA 2B7KA 3M1GA 5KN3A 3TRPA 4KUNA 5G31A 4EF0A 3Q19A 3H4KA 1AC1A 3Q18A 3FRCA 5JWQB 2NTOA 2HI7A 4MP4A 1M9AA 4XCSA 2KOKA 1MD4A 3HXSA 1MDJA 4K1FA 3PINA 2JACA 4DSQA 4PX1A 3EU3A 4YQVA 4YAVA 3GTUA 2MMZA 3KMNA 1IYHA 3G7JA 2HE3A 1XZOA 1HNBA 1E6BA 5EPFA 3A3TA 1TTZA 1K0AA 3HCZA 1F9MA 3PGTA 3CRUA 3HA9A 2WJUA 2F51A 3HDCA 4TN8A 5H5RA 4O5RA 2XC2A 3GA4A 1SK1A 4YQUA 4I97A 5CRWA 4MZWA 5KN0A 19GSA 4RQRA 1O73A 3DXBA 4EO3A 2IMEA 2WDUA 3UOMA 2RM5A 3UL3A 4GLTA 1YKCA 1VF4A 4LMWA 4G2EA 4I2TA 3ERWA 5EVOA 5DAKA 1AQWA 3C71A 1U3AA 2LRTA 5G1LA 5IQYA 1TJDA 3KIJA 16GSA 3VWWA 5A4VA 2OBKA 2GZPA 2VUPA 1M99A 3CTFA 4XRAA 2H19A 4MH2A 1CQGA 5ELGA 3SWLA 5KN1A 1SD8A 1SK2A 3P8WA 3KM6A 5B8AA 3FY7A 3GV1A 4AF2A 1OC8A 3FEUA 4EDZA 3F3RA 2CVKA 4KB3A 1VRSD 2H71A 1V2AA 1T4YA 3RHCA 2OACA 3F9UA 9GSSA 3KTBA 3MDKA 5F05A 3VFIA 2V32A 2HYXA 1SJIA 1QGVA 3ZL5A 1AQVA 1URMA 2R4VA 3DMLA 3GN3A 4ECBA 1ZMAA 2EC4A 2E2MA 3F3QA 2X8CA 2AUVA 1H4OA 2ES7A 4K7OA 3ZIVA 2DMMA 3EYTA 1B48A 5ID2B 5A5KA 2H72A 4HOJA 1OC3A 4EDYA 1R5PA 2H0GA 2RUFA 1WPIA 2LUSA 3TGZA 4POLA 1TKDB 4IJ3A 5E4WA 1GNWA 3C8EA 4FIWA 4GXZA 2YV9A 5D9XA 4BVXA 3EINA 1PL2A 2GS3A 2JZSA 2X99A 4I2UA 1Q98A 2ZNMA 3IBHA 2GVPA 2VL9A 1U87A 2NBSA 5FT3A 4L5OA 3BCIA 3IRAA 2YZUA 2TRCP 1SENA 20GSA 1XOBA 2D2ZA 2A2RA 2NPBA 4WBRD 2IFQB 1JZWA 5CRHA 4HZ4A 2CV4A 5DBQA 5IO0A 2HFDA 3M9JA 1SU9A 3F4RA 1YZXA 2F3MA 2LV3A 2VAFA 1F2EA 1SJ6A 3UMAA 2VLUA 3M8NA 1R5AA 4ECJA 5DQSA 4QL7A 2VOCA 3TJKA 1WOUA 2O89A 1R26A 3RPNA 3CSHA 5D9WA 1F3AA 2O7KA 1U88A 2JU5A 4WXTA 3HZ8A 2ZUPA 4WF5A 5ECRB 3TKSE 4X43A 4K0GA 5INYA 2IL3A 2H75A 3TCOA 2L4CA 1A0RP 4HEA2 1Z5YE 1Q4JA 3FZ4A 4KDUA 4JRRA 2E0QA 1DE1A 1SKSB 4Z7XA 3GKNA 3QCPA 4MF6A 1FG4A 2QSIA 4MDCA 3APSA 3EVIA 3TKPA 4JZQA 4QL9A 4MLYA 1MTCA 1Z3EA 4BPYA 5IOXA 4F2IA 1FB6A 1K0BA 3ZRDA 1XVQA 1W4VA 4K7IA 3IA1A 2L57A 4HJ2A 5ECMB 5ENUA 4MZBA 1GLQA 3I6AA 3ZREA 1FO5A 3TKSC 2CVDA 3HJOA 3LYPA 6GSXA 4TXOA 2H76A 1PKWA 2DJJA 4F82A 1MD3A 4WEYA 2VCQA 2ON5A 4J2FA 4PXOA 3GH9A 3BBYA 3ZYWA 1S3DA 2GSTA 1EZKA 1TDIA 2C4JA 5JWRB 1NHYA 2I9HA 2FWEA 3DEXA 2B5XA 3DYRA 5IMVA 2RLIA 3FR3A 4ML6A 1GSUA 17GSA 3QAWA 1LJRA 1AQXA 1YF1A 2EIRA 2YJ7A 1QXHA 1XVWA 2LRCA 2DJ2A 2DBCA 4OFMA 3D4MA 1O81A 1O6JA 2YCDA 2RUEA 3F0IA 4PQHA 3F8UA 3QDNA 4CW9A 1PL1A 1WIKA 3RDWA 1G0TA 2I4AA 1Z9HA 4NMUA 5D93A 1SJZA 3ZFBA 3HJPA 2H8LA 2XPEA 1YDKA 3I43A 4O92A 3ERGA 2LSTA 2IIYA 3VI7A 2AJQB 5GSTA 5H5QA 1O7UA 2YWOA 3IE3A 1WMJA 4FYBA 4I8BA 2L59A 4KW6A 4MF7A 4WR4A 3R2QA 3J7Yb 3UBLA 1YKAA 3QFAC 4D73B 1PSQA 1TOFA 2YPMA 4G9HA 4AJ8A 4TXVA 2H1DA 3V1WA 4YAPA 5F07A 4GSSA 2B1LA 1GSSA 4XS4A 2VLVA 4WETA 3IHQA 1EGRA 1FVKA 2H0IA 1JZDA 3GNJA 3DVWA 3TJGA 4TRXA 5A4WA 4ZB9A 2LS5A 4N11A 3TOTA 4EVMA 3KP9A 2H6XA 3EWLA 1OC9A 2FA4A 3VWUA 3FR6A 2M46A 3GUSA 1O85A 2M80A 1Z7PA 2MMAA 4ECIA 1BX9A 3GL3A 4IGJA 1YQ1A 1JLVA 4ZB8A 4HJMA 3CSJA 4MA9A 1B9YC 3LEFA 5DVBA 3RBTA 1K0CA 4G19A 1OVNA 3IC4A 4NAXA 1F3BA 3LGCA 2JZRA 2FNOA 1PX7A 4XHMA 2RIIA 5FWGA 3F4TA 1FW1A 1GL8A 1K3LA 4JU5A 2EIQA 3HZ4A 3N9JA 4OWYA 2PVOC 5GAND 1ERVA 2DJKA 1T4ZA 1JHBA 2HNLA 2VM1A 4N0VA 3C1RA 4ZILA 3QAGA 3H93A 4LLRA 3U5RE 5FHIA 2R3XA 3GURA 4Q5RA 1Z7RA 3Q6OA 2VM2A 1B4QA 2YZHA 1DSBA 1O8XA 1AW9A 1YEPA 3US3A 4ZL9A 1XPVA 3VPQA 5B6MA 5JWOB 3HVVA 5KEJA 3GIXA 3WD6A 1B9XC 4AGSA 3LORA 1GUKA 2R6KA 1RW1A 3LYKA 1R7HA 1WWJA 4FO5A 2OADA 1A2MA 1A2JA 3KP8A 1RQMA 4TOPA 4NV5A 6GSUA 1WP0A 2NDOA 2YOIA 1XWKA 5LD0A 3QPMA 2WULA 1SK0A 4DEJA 13GSA 5DQYA 1K0NA 2ALBA 2B7JA 4RI7A 3HVSA 4EC0A 5IMCA 3M3MA 3FKFA 1GSDA 2C0DA 3GH6A 2GZZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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