1T8EB

T7 dna polymerase ternary complex with dctp at the insertion site.
Total Genus 24
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
24
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
DKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(P*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 24
structure length 106
sequence length 106
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1t8eB00
2RM6A 4ZBAA 3DXBA 5IMCA 1K0BA 4L5OA 3DRNA 2JADA 2CAQA 2X8HA 4V1Ag 3RHBA 1H75A 1Z5YE 1M7TA 2MBSA 4JBBA 2R5GA 4WBRD 3GHAA 2LRNA 3IAS2 3FR6A 5F8BA 2PN8A 2H73A 2YCDA 1Y25A 5DDLA 1M2BA 5GZZB 4O92A 3GV1A 2DC5A 4PQIA 2VD1A 4HDEA 3F4RA 4GSNA 1GSFA 4PXOA 3FW2A 3W6GA 5HFGA 2JZRA 2VLVA 2VL2A 1TRSA 1X9WB 2NPBA 5LNKe 2JU5A 5IMZA 2YNXA 3TRQA 4TVEA 1XBSA 3FYGA 3KMOA 2EIOA 2FY6A 3TJFA 1F37A 3V1WA 1QGVA 4BVYA 5IPHA 2FUG2 1URMA 1PL2A 3R2QA 5HFKA 3H93A 4D73A 4ZL7A 2RUFA 5JCGA 2KHPA 5GAND 2IJYA 4MPGA 1G6WA 4PUFC 4YAPA 2GSQA 2YWMA 2CZ3A 2LJAA 5D96A 3RPNA 17GSA 2CX4A 2CA8A 1SKRB 3TCOA 2RM5A 1EV9A 3HJMA 1SJIA 2DJJA 1ERTA 1X5DA 4OMVA 1KTEA 1R5AA 2G2QA 3KZQA 2CV4A 5IPGA 4L8EA 3UBLA 1R7HA 4JU5A 3KCMA 2V6OA 3VI5A 2I9HA 2R4VA 2VUPA 4TR0A 2AAWA 2K8VA 4EF0A 1K3YA 3EU3A 3GL5A 5F05A 4ECIA 1K0NA 3GKKA 3HHVA 2ZUPA 1TTZA 3VK9A 4GCIA 2R37A 1YF1A 1B9XC 3HY2A 3MDKA 4MA9A 1F2EA 1XOAA 1ML6A 2Z9SA 5D9XA 4BL7A 2NBSA 1SENA 4Q5FA 1YZXA 1OC3A 1GUHA 2B1LA 4K2DA 4RQRA 2CVDA 1ZL9A 3BJ5A 2GS3A 2N5AA 2WULA 4CDOA 1OC9B 1EP8A 4FYCA 3FKFA 2LUSA 4BWSA 3LJRA 2P5QA 4ZL8A 3DD3A 3APOA 3HZ4A 2FLSA 4JEDA 1YDKA 1T00A 1V58A 4HOJA 3HJOA 4DSQA 4HZ2A 4V2NA 4NHZA 4WR4A 3FZ4A 3M1GA 4XS1A 1FO5A 1JFUA 4EC0A 2CQ9A 5ECIB 3PH9A 4IS0A 1USBA 2HSYA 2NVLA 1TP9A 2H74A 5HR3A 3NOFA 1PA3A 4AJ6A 4KDUA 4N0VA 3TKPA 2QSIA 5J9BA 3GA4A 1M2DA 1KBNA 2IMEA 2PUKC 3ISOA 2DJ3A 4MZBA 2KOKA 3E0UA 1VF4A 1T8EB 3IV4A 3CMIA 3ZITA 2L4CA 3IC4A 3UVHA 2VOCA 3HJPA 1UN2A 3GNJA 5C00A 1MD4A 3L78A 5AISA 4OWYA 2ON5A 3TKRA 1VRSD 4XRDA 5GSTA 2L5LA 3HVVA 3I9V2 4LL4B 3HVSA 4IW9A 2H30A 4MLYA 1FVJA 1XWKA 1VF2A 4POLA 1TRUA 1G6YA 4XTSA 4ML1A 5F06A 3QAWA 1U88A 3Q74A 1O81A 4ACSA 1NM3A 3O6TA 3HCZA 3I6AA 1T4YA 4EL1A 2WFCA 3GRXA 3C8EA 1THOA 4TKYA 1S3AA 3BCKA 4DSSB 2H0GA 1X9SB 3IBHA 2LJRA 1JZDA 1EEJA 3DYRA 2N5BA 2C8UA 1WMJA 4POMA 4XS6A 1PSQA 1AQWA 1AXDA 5DQYA 3CXGA 3ZLPA 2GGTA 5E4WA 3A2XA 3ERWA 4FIWA 1FHEA 2B7JA 1M9AA 1WIKA 1T7PB 3P7XA 3CRUA 1PKWA 4LMWA 4DSRA 4YAVA 4IHUA 5ECLB 3APSA 3O3TA 3F3QA 5EY6A 2OE0A 5EPFA 1K0AA 4CW9A 2LQOA 1MD3A 4I97A 5DBQA 1R26A 4L0WA 4KSMA 3HKRA 4I2TA 4IGJA 3L4NA 2C0GA 3GSTA 2YOIA 2R2JA 3KJYA 5DAKA 3HDCA 2GQMA 2L57A 2C4JA 3QOUA 4X1UA 3P90A 2N5FA 3ZTLA 4O5RA 2DJKA 2H70A 1O6JA 3QCPA 2GQKA 2KLXA 4NMUA 4KDXA 2VIMA 3QFAC 2C3TA 2RUEA 1RQMA 2VCTA 1M99A 1GULA 5E59A 1AC1A 1CQGA 1YF0A 1R5PA 1RK4A 5J9CA 1N8JA 1OE8A 2CVKA 4EKZA 4PURA 5HQPA 3GTUA 4YQUA 2NDOA 1GSSA 1PRXA 4Q5RA 1GH2A 2GDRA 2C0FA 3BCIA 4NXIA 1EP7A 4TXVA 2HNLA 1GRXA 1GLPA 4LA1A 1GTAA 3GIXA 2HI7A 4NV5A 2XHFA 2JL4A 2MMOA 1TKDB 5G31A 3BOAA 2WCIA 3LYKA 3F3RA 2OBIA 4KX4A 4D73B 4WKWA 1M9BA 2CAIA 4IJIA 2AB6A 4FH8A 4MZCA 1SL0B 4MH2A 6GSTA 1ACVA 5CREA 1XVQA 4L0UA 5CRDA 2J9HA 4F2IA 3Q18A 4BWQA 3ZIVA 4EE0A 2E7PA 2IWTA 3A5WA 3GYKA 2E2MA 4OFNA 4MPFA 1EOGA 3KGKA 3ZREA 5ECHB 1K0CA 1WOUA 3EWLA 5ECPB 4IP6A 5CAXA 2LS5A 10GSA 2K9FA 1BYEA 5ID2A 3GKNA 5JCUA 2CX3A 2WZ9A 1XIYA 3ZMKA 2OKAA 2F8AA 1YY7A 3EMXA 2X8GA 9GSSA 1KNGA 2FWFA 4AF2A 1G7OA 4MABA 4J57E 4E8EA 1ZGNA 3GN3A 3KEBA 1T4ZA 1Y6EA 4KW6A 5JWQB 3TDGA 3ERFA 4MF5A 3DEXA 2YJ7A 3LEFA 3FRCA 4HJMA 3OR5A 2F51A 5IMDA 2LNSA 4K1FA 1OYJA 4I5QA 2PERA 4G9HA 3VWVA 2M72A 3EYTA 1FVKA 1SYRA 5DCGA 3D21A 4TR1A 5H5SA 1DE1A 3GX0A 5H5QA 4POKA 5ECRB 2WRTA 1WJKA 3KM6A 2X64A 2DJ1A 1EGOA 2GT5A 4NWYA 2FWEA 1XZOA 1YQ1A 1K0DA 1TRVA 4AGSA 1XFLA 4DVCA 3FK8A 4N0ZA 5B7CA 4I8BA 1SL2B 2JACA 3GKXA 4KE3A 2H6ZA 3C7MA 5B8AA 1ST9A 1B4QA 2O7KA 3MNGA 3VFIA 2HE3A 1C72A 4GTUA 3NZNA 2G0FA 1E6BA 4TN8A 5HR2A 3TRXA 3D4TA 3IK9A 2PMTA 3ED3A 4AJ7A 2R6KA 1GL8A 1VGLA 2AUVA 1XW5A 1HNCA 3UEMA 3F4SA 4KDYA 3F4TA 1PQNA 3DGQA 5DQSA 2GSSA 4V1Ap 2GSRA 4ECJA 4BVXA 2VL3A 1GTIA 1GNEA 4IELA 3HA9A 2H1AA 5EL8A 1X0RA 1GSEA 11GSA 5B6MA 4GLTA 2B1KA 2H0IA 4G10A 1MDJA 2A4VA 5GAPD 3GUSA 5D9WA 5ECKB 5JCWA 4RQXA 4WF5A 3LWAA 4ZB6A 3LORA 1PGTA 5A4VA 5IMFA 5B6NA 4PUAA 1J0FA 4ISDA 3EURA 2YZUA 4K7OA 4LMVA 1A2JA 1JHBA 1RW1A 3G7JA 1YEXA 3KMNA 1UA5A 3F9UA 2AV4A 3ME8A 1SL1B 12GSA 5J5NA 2VL9A 4J2FA 3EMPA 1SKSB 2LQQA 2H01A 1MTCA 2DIYA 1LU4A 4K6XA 2KP2A 3TKSC 2L6DA 4JR6A 2F9SA 5J4UA 2DMLA 5L71A 5FHIA 3ZYWA 3LYPA 1WPIA 1GSDA 3HZ8A 3LGCA 5DAKB 3M9KA 2VCZA 5HFIA 1BAYA 3F6DA 4ECBA 2P31A 2B7KA 4YQMA 4KCAA 1WRYA 2H8LA 3IA1A 2IN3A 1PX7A 1Z9HA 4WR5A 4AJ8A 4GRFA 2QGVA 1XW9A 2PWJA 1IYHA 4OO5A 4KAEA 2MMNA 1Z7PA 2VCQA 6GSVA 2LRCA 2IMDA 3I43A 3KD0A 3UMAA 5A4WA 2HYXA 1XOBA 5FWGA 3CSHA 3FHKA 1TXXA 3GTUB 3UARA 3ME7A 1CQHA 3BD2A 3CSIA 5CRHA 4EXJA 5D9VA 2H19A 3A3TA 3H8QA 4LL1B 4XS4A 1A8LA 3KH9A 1NHYA 1XWCA 3C1SA 4QL9A 1JLVA 3VWXA 2K8SA 3EC3A 3US3A 1UC7A 2PGTA 1FW1A 3TKSA 1OC8A 4KSOA 3D5JA 1EWXA 5G2ZA 4JRRA 2B3SA 1HNAA 4IN0A 3TOTA 5LCZA 2L6CA 3SWLA 1U6TA 3M8NA 1V98A 2PU9C 3LG6A 2TIRA 4QQ7A 5CRGA 5JWRB 5KN2A 4I2UA 4KCEA 1SD8A 2A2SA 3TJJA 3GURA 1K0OA 3Q6OA 1XWBA 3GMFA 3VWWA 4K7NA 3BBYA 1BEDA 1LBKA 3L0HA 6GSWA 3ERGA 1PN9A 2O89A 3UAPA 2R3XA 3VURA 2VM1A 2B6MA 1XCCA 3QAVA 3GL3A 4POBA 5ID2B 2HRFA 1BG5A 3IHQA 2H1DA 1KEBA 1PD21 4NV2A 2H72A 3KH7A 1Z6NA 3VWUA 3UVTA 3GH6A 3IAM2 1FB6A 2IMKA 3IK7A 3EE2A 1F3AA 2M80A 3N5OA 1SK2A 1FOVA 3PR8A 5G5FA 2IL3A 3UOMA 2WS2A 3M3MA 2OADA 1GUKA 1A2MA 2I81A 3MWHA 2F3MA 2WB9A 3WGEA 2FWGA 4F0CA 1YKCA 3KP8A 4IJ3A 1NSWA 4HEA2 4HU7A 1TOFA 1XWGA 2A2RA 3FR3A 4PQHA 3ZFBA 4YH2A 1ON4A 3W8SA 1SK0A 4TR1B 5AGYA 4K0NA 3J7Yb 3IDVA 3QAGA 2FGXA 4V2MA 5ENUA 2DJ0A 4N11A 1O8WA 5CNWA 2O87A 3EU4A 4TXOA 4ZB9A 4ZXGA 5LD0A 1F6MC 3HYPA 6GSYA 3RBTA 1DBYA 1OKDA 4J56E 5F0GA 3U6VA 3D22A 4F9ZA 4GF0A 3CRTA 1QUWA 3PGTA 5IOWA 2YANA 2MZCA 2OBKA 3GFKA 3LXTA 3QFBC 2H1BA 2LTKA 2M46A 2F8FA 2C0DA 4F82A 2LV3A 2JSZA 3IPZA 3U5RE 1QQ2A 1TRWA 1BX9A 4FO5A 3VI7A 4MP4A 2C1YA 1THXA 1J9BA 3K8NA 3IOSA 1X5EA 2NTOA 1YJ6A 1Z6MA 2E0QA 4OFMA 4V2LA 1FB0A 4GSTA 4WETA 2DIZA 1W4VA 1SJ6A 2GZYA 1GTBA 3MAKA 2AJQB 4PNFA 5G5EA 4F03A 5CRWA 13GSA 3TJGA 3GX8A 3L9UA 1B9YC 2XC2A 5DJLA 2GVPA 2YWNA 2B5XA 5D9TA 3UJ1A 3O76A 1X5CA 1M2AA 1EOHA 2AYTA 3H4KA 3KTLA 4MH3A 2DJ2A 4L5LA 3CSJA 3L9VA 4GQCA 3F0IA 3A2WA 2PVQA 1V9WA 4QL7A 3TKSE 4N10A 2VCVA 4MJEA 3EVIA 4WEYA 4KNDA 2VM2A 2KP1A 1WE0A 5IO0A 1K3OA 1TDIA 4HQSA 1A23A 2OE1A 5DJMA 2JZTA 1TK0B 2GLRA 4RUVA 4RI7A 5GSSA 3IR4A 3AY8A 4K0GA 3G7IA 4LLRA 2I1UA 4ZBBA 2ES7A 16GSA 2L4QA 18GSA 5IO2A 2VAFA 5COHA 3UIWA 5D8IA 2LJKA 6GSXA 1PL1A 2DSAA 3RAZA 3ZMLA 2YJHA 4IVFA 3ZRDA 1OVNA 1S3CA 5DALA 1MEKA 2LNTA 2OA7A 3LSZA 2YP6A 2EIRA 3P2AA 1XVWA 4EUYA 4TW5A 4HZ4A 4MCUA 2L59A 1I5GA 4OO4A 5HR1A 2OE3A 3ZIJA 5KEJA 5ECQB 4WBJA 1A24A 3MSZA 2O8VB 2EIQA 2DBCA 1OAZA 3CTGA 3KTBA 3QPMA 2OACA 5IM9A 2H6XA 2HFDA 5ELAA 4TRXA 2O85A 2IMIA 2GSTA 1YEPA 2RIIA 3L9SA 4XS4B 3M0FA 3JCML 6GSUA 1TI1A 3IXRA 2GQLA 1T3BA 3GH9A 4ZL9A 5D93A 1H4OA 5D73A 1V40A 1PMTA 3WD6A 4MF6A 1G0TA 3TJKA 2XBIA 2ZNMA 1MDKA 4NPBA 4IKHA 2BMXA 1EGRA 3CTFA 4JR4A 3SBCA 2YPMA 1ZCPA 2XPEA 1G7EA 1XXUA 3TB2A 1JZRA 1ILOA 4PNGA 1ZOFA 2V1MA 1ERWA 3QR6A 4OFTA 2PBJA 5ECSA 1W89A 4GQFA 4EDYA 2FA4A 1FG4A 1SD9A 3LXZA 4ZB8A 4ULXA 3D6IA 1GSYA 4JZQA 2B5YA 5J3RA 1B4PA 1EZKA 1F9MA 3DMLA 1JZOA 1K3LA 3HD5A 3IE3A 1VF3A 5G1LA 4PQ1A 1O8XA 1YKAA 1JLWA 1XW6A 2YWOA 2BTOT 1HYUA 4HJ2A 1AAZA 2LKUA 2FNOA 4MJBA 1BQ7A 3DVXA 4ML6A 2D2ZA 1K0MA 4HU9A 5IQYA 19GSA 1EEMA 1AUCA 1QK8A 2C80A 1XWAA 5ECMB 2REMA 5ECNB 1XPVA 1Q98A 1ERVA 2VD0A 1ZYEA 2RLIA 4TXOB 5B8BA 1A8YA 4MF7A 1PKZA 4XHMA 2JZSA 4FYBA 4CHSA 5EVOA 3FY7A 1OE7A 1E2YA 1GP1A 1TU8A 2LRTA 2FHEA 2GT6A 2YV7A 3ZVJA 4Q5QA 1ZZYA 4TOPA 4MZWA 1U3IA 1TK8B 5C04A 2HZFA 2E2GA 3S9FA 3D0ZA 4I6XA 3PINA 3F8UA 7GSSA 5CO3A 1Z3EA 3KXOA 1NHOA 2V41A 2V32A 2LEGA 3VPTA 2VLUA 2QKEA 14GSA 2IMFA 5ECOB 3I69A 1GUMA 4EDZA 20GSA 4X43A 1FAAA 1BJXA 2VLTA 1U3AA 4XRAA 4EO3A 4TR4A 2H1GA 4DEJA 2DLXA 1Q4JA 4Q5NA 1X9MB 1VF1A 4EVMA 2FA8A 2IFQB 3APQA 2XPDA 4XCSA 4K8MA 5IOXA 5H5RA 3H79A 5DCHA 3WGXA 3VPQA 1SK1A 2IIYA 2B5EA 4KH7A 5G1KA 2LSTA 1AQXA 1GWCA 3KP9A 4O32A 1ZYQB 4WF4A 3G7YA 2HLSA 1DUGA 5INYA 2IPAA 1ABAA 1WP0A 1M0UA 2H76A 4ECCA 3RDWA 1Z7RA 3H1NA 1B48A 3E9JB 2OJLA 3WT1A 1TK5B 1QFNA 3F6FA 4ID0A 3VLNA 2HZEB 2XBQA 2CVBA 3TRPA 6GSSA 4KGIA 1MDIA 1ZMAA 2TRCP 3CBUA 4HS1A 3GSSA 3W8JA 2VCXA 2C3QA 2P5RA 2I4AA 2MMZA 5HR0A 3GKMA 4BA7A 2C3NA 5F07A 5AIXA 1DE2A 1GLQA 1QMVA 1TW9A 8GSSA 2V2GA 4F0BA 2FWHA 2HRNA 2X99A 2ALBA 2V6KA 2GZPA 3FZ5A 4MDCA 5KN0A 2ON7A 1HQOA 3QMXA 3FR9A 3TGZA 4MK3A 5DVBA 4GWRA 4N30A 3EINA 4ZILA 4RI6A 5J41A 5DALB 1IYIA 2K18A 4KUNA 3C1RA 5G30A 3CYNA 4HUAA 4PGTA 5IMAA 2DMMA 3TJBA 4NAXA 1B8XA 1TJDA 2K6VA 3DVWA 4GXZA 1GTUA 4ILFA 3LQ7A 22GSA 1AQVA 4O7HA 1SJZA 2P0GA 1OC9A 1UVZA 3ZZXA 2H66A 3E3EA 1EV4A 5CP1A 5FT3A 5IIZA 4NHWA 4KA0A 1SYXA 2L5OA 2VO4A 4FYUA 4OCEA 4XIHA 2MMAA 3C71A 1DSBA 4TR3A 1S3DA 2C0EA 1LJRA 4IQ1A 3FZ9A 2WGRA 4PX1A 2PVOC 3RPPA 3WYWA 3ZVJD 2EC4A 4HI7A 3IRAA 1GNWA 3C73A 5A4UA 3A2VA 1U87A 5AIVA 2X8CA 3UL3A 1F3BA 5AN1A 2HXKA 2TRXA 2HSHA 1HNBA 1T1VA 4MJAA 4JE1A 2QC7A 1HD2A 2IFQA 4YQVA 3UBKA 1AIUA 2FD3A 1O73A 2JSYA 3N9JA 2WJUA 4P3YB 4ZBDA 1A0RP 4E8HA 2H0HA 5A5KA 3DWVA 3D4MA 2YWIA 2CT6A 2KUCA 3G9BA 4Z7XA 1A0FA 1TU7A 5ELGA 1ERUA 5KN3A 2YV9A 3WT2A 4G2EA 2YN1A 3DIEA 1JZWA 3QD9A 5JWOB 3ZFLA 3ZL5A 3DKSA 2BJXA 4IBPA 3WGDA 1A2LA 1V57A 1TI3A 4G19A 4X0XA 3NIVA 2HZEA 1O7UA 1J08A 2GTUA 2WDUA 4OD7A 2MBTA 2AHEA 3M9JA 1V2AA 1PX6A 1SKWB 4DSSA 4ZIJA 3P8WA 1O85A 2GZZA 4K7IA 4H86A 4K9ZA 5CYYA 4KB3A 2H75A 4WXTA 3HXSA 3KIJA 3LFLA 4IQAA 2H6YA 2VL2C 1OKTA 3Q19A 4IP1A 3FZAA 5KN1A 1GSUA 4BPYA 2ZCTA 2YZHA 2I3YA 1WWJA 3J7Yk 1R4WA 1N2AA 3TOUA 1SU9A 4GSSA 2CZ2A 2VCWA 2HT9A 3TKQA 4HQZA 3HVXA 2FCHA 3RHCA 1AW9A 3FEUA 3F63A 1GSQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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