1TK0B

T7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddctp at the insertion site
Total Genus 23
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
23
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*A*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*C
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 23
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk0B00
4LMWA 2YWIA 2BMXA 4YQMA 2OADA 2OA7A 1DUGA 2H70A 1GSSA 4JE1A 5HR2A 1JHBA 1GSYA 4ZL7A 3TRQA 3F4TA 4ECBA 4Q5FA 2XC2A 1XVQA 3HHVA 1YQ1A 2OE3A 1AXDA 1WJKA 1ZCPA 3CXGA 14GSA 3F63A 4IN0A 1OVNA 2C80A 2GZZA 1A0RP 2A2SA 2OBKA 3HVSA 3M8NA 3GUSA 2F9SA 5CRGA 5ECIB 5GSTA 2F8AA 3ME7A 4KW6A 4V2LA 2FD3A 1VF1A 4ZBBA 5ELAA 3LXTA 3J7Yk 2C3NA 1V57A 3GL5A 2I9HA 4YH2A 3QD9A 2C3QA 2VL9A 3LG6A 2RM6A 4WF5A 3M1GA 4DEJA 2JACA 5B7CA 3TUEA 4MH2A 1CQHA 2YJ7A 1EEJA 1A2JA 1QXHA 5D9TA 3G7JA 4PNGA 4H86A 5HQPA 1KNGA 3QFBC 4OO4A 3ZITA 5IPGA 1SK1A 4PUFC 1TK5B 2VCXA 2OE0A 3GKMA 4XS1A 4CDOA 4D73A 1THOA 4KDUA 2IFQA 3ZMKA 1X9WB 4GWRA 3H79A 1GNWA 3C73A 3H1NA 3IK9A 4OFNA 2CT6A 1KTEA 1V98A 2O89A 2DJ2A 1OC9B 4LLRA 1XWAA 9GSSA 1ST9A 5EL8A 2MZCA 5LD0A 3IXRA 1Z5YE 1WE0A 1DBYA 4RI7A 1Z7RA 2L6DA 2QSIA 3IAS2 2RM5A 1LJRA 2YPMA 3O6TA 2K8SA 4MK3A 2IMIA 1A2LA 4FH8A 3E3EA 1GSQA 1TI3A 2JL4A 1J08A 4L8EA 1QGVA 3TKRA 3GL3A 1ZMAA 3EU3A 1V9WA 2VD1A 2NTOA 2HZFA 2RUFA 2FUG2 3DWVA 3GMFA 1Z3EA 3FZAA 1RW1A 1XZOA 1W4VA 4IJIA 1G6YA 1VRSD 5KN1A 4IW9A 2YWMA 4JU5A 3WGDA 1NHYA 3M9KA 1BX9A 3G7IA 4G19A 4K2DA 3UIWA 3L9VA 3UVTA 5JWQB 2R3XA 3C1SA 3PH9A 3TJBA 1GSEA 3U6VA 4V2MA 2MBTA 1TXXA 3HA9A 4WR4A 4JEDA 5D96A 1U87A 2TRCP 5E4WA 4KNDA 1F3AA 4F82A 2O85A 1XWKA 4Q5QA 3Q6OA 5DQYA 1K0DA 2VL3A 5F05A 1TU8A 4O5RA 1TP9A 3US3A 3QOUA 5H5QA 5IMZA 2GZPA 1NHOA 4O7HA 1ZL9A 2LQQA 4HEA2 2IWTA 4MZCA 1DE2A 3WYWA 5E59A 4AF2A 1J9BA 2WS2A 4TVEA 3L4NA 1ERUA 1NM3A 4TW5A 2MMZA 4KGIA 3ZRDA 3O76A 3WT1A 4G2EA 2VIMA 1A24A 3IOSA 1A23A 1YJ6A 4HU9A 2IMEA 4POKA 1A2MA 3ERWA 1UC7A 3VPTA 4DSSA 1X9SB 2F51A 4KCAA 5CREA 2N5AA 3RAZA 4KCEA 2VLTA 4IBPA 2AYTA 1YF0A 1AAZA 5IM9A 5C04A 3HVVA 1HNBA 2IMFA 2O87A 3FK8A 2D2ZA 3A5WA 2XPEA 4ZB9A 2WFCA 1XOAA 2QKEA 3UMAA 1QFNA 1HNAA 2H71A 2H6ZA 3QAGA 5IOWA 5FHIA 1SL2B 1FOVA 2IMKA 5ECOB 2YNXA 5GSSA 2GS3A 4MJAA 1U3AA 2LRCA 2HRFA 2LUSA 3HY2A 1F3BA 4XTSA 4ZBDA 1AC1A 2M80A 4BA7A 2H1DA 2B7KA 3P7XA 4CW9A 3HD5A 3FR9A 3GIXA 1YDKA 5A4WA 3VWVA 5JCGA 3NIVA 3RPPA 5A4VA 5ELGA 2M72A 2GGTA 2GQMA 3BCIA 1H4OA 1XFLA 3LORA 1CQGA 1M9BA 1RQMA 1X0RA 4ULXA 1OKDA 1TKDB 2GSQA 3ZLPA 3FW2A 3F4SA 5D9WA 3HJPA 2HFDA 4DSQA 4BVYA 4LMVA 3UEMA 4X0XA 1ZZYA 2RIIA 1Z9HA 2H1GA 4JRRA 4NV2A 3J7Yb 5CYYA 4RI6A 4KX4A 3IAM2 3CTGA 1HD2A 2KP1A 4ZXGA 4X1UA 4GXZA 2MMNA 4WBJA 4OD7A 2H30A 5D73A 2CVDA 3SBCA 2B1LA 22GSA 3L0HA 3FYGA 5KEJA 4IHUA 1F37A 3VWWA 2V1MA 3QPMA 4E8HA 1TK0B 3D4TA 1TJDA 1K0CA 1EP8A 4MF6A 4JBBA 2PVQA 1B9YC 3MWHA 5D8IA 2H6XA 2C0FA 2X8GA 3DVXA 3HCZA 4PGTA 2ALBA 1AQWA 4N30A 5AN1A 3FZ4A 2JSYA 3VK9A 2HZEA 5CO3A 4K9ZA 4OFMA 5F06A 4MP4A 2PPTA 3VWXA 1SJZA 4LL1B 4K1FA 4K7IA 3P90A 1UA5A 1USBA 4F2IA 2B6MA 3RPNA 3VURA 3ZFBA 2VAFA 2MMAA 1TTZA 4XS4A 1F6MC 2V32A 1Q4JA 2P0GA 2E7PA 1T3BA 3FZ9A 6GSVA 1TRUA 1PKZA 1PGTA 2FWGA 4O32A 3KMOA 1K0MA 3UOMA 2VUPA 1HNCA 4IP1A 3HZ8A 4GSSA 4DSRA 2DIZA 1SENA 4K7OA 2J23A 1SL1B 1B4PA 2OKAA 2TRXA 2CX3A 1SJIA 2JZRA 3ZZXA 3RBTA 4QQ7A 2B5YA 1BYEA 3KTLA 2H0HA 2WULA 2VCVA 4KAEA 2PU9C 3CMIA 4PQ1A 3L78A 5B6MA 2H75A 3P8WA 2LEGA 2XHFA 1T1VA 1TDIA 4TR0A 3Q18A 2DJ3A 2VLVA 2L57A 1K0NA 2DC5A 1M9AA 2YJHA 3GHAA 2IL3A 5G31A 5A4UA 3LYKA 3TOUA 4EUYA 2HE3A 3F4RA 3GH6A 5DALA 5CRDA 3GX8A 4E8EA 4J56E 4HU7A 10GSA 1O85A 1ERTA 1SKSB 2DIYA 4FYUA 3E0UA 3NOFA 3KD0A 6GSSA 1S3AA 4IVFA 4TKYA 5JCWA 3TKSA 4BL7A 5IOXA 2DJJA 3FY7A 4V1Ap 1PD21 2GDRA 1PL1A 4PUAA 2LJAA 2AB6A 3H4KA 4TOPA 1UVZA 4HOJA 2LTKA 2V6OA 1TK8B 4HQZA 4POBA 5AISA 4EKZA 3DGQA 3TKSC 5ECLB 1IYIA 2K18A 3KP8A 2CAIA 2QC7A 1Y6EA 1T00A 4NHWA 1S3DA 2GSRA 1FW1A 2HSYA 3KTBA 1WP0A 5CAXA 2CZ2A 2E2GA 1JFUA 2FNOA 2V6KA 1MDJA 2KHPA 1EV9A 2I4AA 3W8JA 4L0WA 4NWYA 4YAVA 2GT6A 4ECCA 3ERFA 3LGCA 4N0VA 4TN8A 1ERWA 5J3RA 2IPAA 1WRYA 2XBQA 1BAYA 2O8VB 2E0QA 3RHBA 4HS1A 1TU7A 3D21A 2NDOA 1RK4A 2L6CA 2HI7A 5KN3A 4PQHA 2J9HA 5ECKB 2H0GA 3EURA 3TGZA 2OACA 3EVIA 3CSJA 5JWRB 2OE1A 1O7UA 2FLSA 3CSHA 3HKRA 5DCGA 4MJCA 4IQAA 3M3MA 2VLUA 1EP7A 2LRTA 4JR6A 1SYRA 2H8LA 5ECNB 1YEXA 2JZSA 2H1AA 3KH7A 4PNFA 2Z9SA 5DJLA 2EIQA 3TJFA 4MF7A 1HQOA 20GSA 2FHEA 3O3TA 3KZQA 2H72A 4K0NA 4MMMA 3Q74A 3W6GA 4ZB6A 1O73A 1AW9A 5F07A 3TJGA 2O7KA 5ECRB 2CX4A 2LQOA 1YEPA 3OR5A 2L5OA 4PX1A 1EGRA 4TR1B 4HI7A 1OC9A 4MCUA 4BPYA 5HR1A 2ZNMA 1YKCA 3KH9A 4AJ7A 1DE1A 4MZBA 3A3TA 4O92A 1SKWB 4JR4A 3F3QA 4RUVA 3DEXA 3GURA 1YKAA 4XRDA 3CYNA 2PBJA 3U5RE 1R5PA 3QMXA 3TJJA 1G7EA 1XBSA 3UBKA 4CHSA 4WXTA 2R2JA 2MBSA 2VM1A 4N10A 5G30A 5JCUA 4GSNA 2WGRA 1R26A 2A4VA 4RQRA 3MNGA 5IO2A 3L9UA 4GQFA 4I5QA 1GNEA 5DJMA 4ZL9A 2YV9A 4L0UA 2FGXA 3C7MA 4IKHA 1XVWA 2X8CA 2EC4A 5DAKB 4MLYA 3CSIA 4HZ4A 2FA4A 4MPFA 3ZTLA 1T8EB 1GTBA 2AAWA 3FEUA 2OBIA 3GNJA 17GSA 2DLXA 4EVMA 1IYHA 3TCOA 4EL1A 3HDCA 5DQSA 3I69A 3EMXA 4EXJA 3DVWA 1KBNA 4KUNA 4ZIJA 4XIHA 1M2DA 1XW9A 3F3RA 1FHEA 2LV3A 4OCFA 2YWNA 3LEFA 1Z6NA 5ENUA 4ZBAA 2R37A 1XW6A 2YZHA 3N5OA 4PXOA 3GTUB 1ZGNA 2MMOA 3D5JA 3A2XA 3ZMLA 5J5NA 3TKQA 4ACSA 3TKSE 2FY6A 2C0EA 3CRUA 3IV4A 4MABA 1BG5A 2E2MA 1AQXA 4POMA 4OMVA 16GSA 1SL0B 1BJXA 2DJKA 5FWGA 1Z6MA 5IQYA 4ECIA 3TDGA 2GVPA 1TW9A 1GSDA 3MAKA 2YP6A 3F0IA 2DJ0A 3IE3A 1PSQA 1ILOA 4KH7A 2LKUA 2CV4A 4I6XA 3FRCA 2C4JA 5L71A 1GUMA 4F0CA 2H01A 5C00A 11GSA 3HZ4A 4MH3A 2GSTA 2CA8A 4BWQA 2WRTA 3IHQA 2NVLA 3H93A 2AJQB 3BCKA 3QAWA 2MYGA 3L9SA 1GTAA 1MEKA 5D93A 4Q5NA 1BEDA 3EC3A 3KXOA 1PA3A 1MD3A 5DDLA 1EV4A 1X5CA 2ON7A 4TXOB 1SJ6A 1OC3A 1K0BA 5AGYA 3GYKA 1T4YA 3VFIA 5AIVA 2WCIA 3D0ZA 3IPZA 2TIRA 1JLWA 3ZREA 4POLA 5F8BA 1GUKA 4L5OA 3GA4A 1O8XA 2CVBA 4WF4A 4EDZA 2IJYA 3GN3A 2WZ9A 2YANA 5JWOB 2GT5A 1YY7A 4F9ZA 4BWSA 2X8HA 1VF2A 3C1RA 3A2VA 5ID2B 3TKPA 2L5LA 2PUKC 1S3CA 2WJUA 5H5SA 1W89A 1ACVA 3R2QA 2R6KA 1Q98A 1EEMA 3C8EA 1XWGA 3BOAA 1GTIA 4LL4B 3UBLA 4N0ZA 2C0GA 4I2TA 2GTUA 2YOIA 1ON4A 4ML6A 5D9XA 5J41A 5FT3A 2H66A 2WDUA 6GSUA 1LU4A 1JZDA 3KCMA 2CVKA 1A8LA 5LCZA 1THXA 1M2BA 2B1KA 3VWUA 1F2EA 4F0BA 1E2YA 2LNSA 1K0OA 2IIYA 1JLVA 4I2UA 5A5KA 5J9CA 5EVOA 4MJEA 1HYUA 2FA8A 1K3LA 1B8XA 5CNWA 3W8SA 2YZUA 4X43A 3CRTA 3HJMA 3PINA 4NAXA 2LS5A 2N5BA 1QMVA 5DVBA 2K9FA 4IELA 3GSTA 5H5RA 3ZVJD 5ECPB 2VCTA 1R5AA 4KSMA 2L59A 2QGVA 5J9BA 3ZL5A 4AJ6A 2M46A 4EF0A 5G2ZA 2AV4A 5IPHA 19GSA 3LJRA 1PMTA 4AJ8A 2VCWA 1M99A 5ECSA 1GRXA 1WWJA 1YZXA 12GSA 1M2AA 1QUWA 1WOUA 1PX7A 4OFTA 3K8NA 4EE0A 2DJ1A 2FCHA 2F3MA 1PX6A 1V40A 3VLNA 4FO5A 2WB9A 4ISDA 2HT9A 6GSYA 1TI1A 3UVHA 2I81A 5D9VA 3GRXA 3WGXA 5HFIA 1FAAA 1AIUA 1ML6A 4TR3A 1B48A 3E9JB 4KB3A 2IN3A 2BJXA 2B5EA 1MDIA 4TRXA 3G9BA 3I9V2 2KOKA 4ECJA 1TRSA 2V41A 4KDYA 2EIRA 4XHMA 4XCSA 4D73B 4ML1A 1A0FA 3TOTA 1X5EA 2IFQB 4LA1A 3PR8A 5KN0A 4NV5A 1GL8A 1FVJA 3D6IA 3HYPA 1SD8A 1WPIA 2JU5A 1VGLA 3IRAA 3IC4A 2VCQA 4WEYA 4MPGA 4G9HA 3KM6A 5G5EA 1WMJA 4K6XA 4I8BA 3MDKA 2DSAA 1XWBA 2R4VA 1G7OA 3FHKA 3DMLA 1G0TA 4WETA 1X5DA 5HR0A 2K8VA 1QK8A 5ECMB 2PWJA 3LXZA 3GX0A 3DXBA 2AUVA 3WT2A 3KIJA 1R4WA 2H76A 4OWYA 3HJOA 3ZIJA 1U88A 4TR4A 1O6JA 3QCPA 3PGTA 2L4CA 4XS6A 2JADA 3CTFA 3BD2A 2H74A 4YAPA 1FB6A 1KEBA 2P5RA 2F8FA 5GZZB 3N9JA 3GSSA 1GH2A 1OYJA 2XBIA 3A2WA 3UJ1A 1SKRB 1VF4A 1XOBA 2KUCA 1URMA 3EE2A 2VM2A 2HLSA 5DBQA 2LNTA 4L5LA 4OO5A 2GQLA 3SWLA 1O81A 4HZ2A 2YCDA 1YF1A 3KEBA 3HXSA 2V2GA 3LWAA 2HNLA 2NBSA 5IMVA 1TOFA 1B9XC 1EOHA 1FG4A 2RUEA 3FZ5A 5IIZA 2GZYA 5B8BA 3ERGA 2ZCTA 3LFLA 5INYA 4XRAA 3VI7A 3IA1A 3F6FA 2K6VA 4K0GA 1N8JA 1PL2A 5EPFA 2NPBA 4GQCA 1OE7A 1X9MB 1ZYEA 2ES7A 3LYPA 4EC0A 3FR6A 4K8MA 1K0AA 4HUAA 3MSZA 1SD9A 4FIWA 1A8YA 1F9MA 1I5GA 1SK0A 2A2RA 4J2FA 4ZL8A 6GSXA 1MDKA 1OKTA 4GCIA 1Y25A 3GH9A 1PN9A 5EY6A 2HSHA 5G1LA 5IMAA 4WBRD 2EIOA 3GKNA 4PURA 3TJKA 1G6WA 2HRNA 4DSSB 3DKSA 4P3YB 4EO3A 1OC8A 1M0UA 2H73A 2CAQA 2H1BA 3DRNA 5KN2A 4GRFA 2B3SA 3TRPA 4TR1A 1EZKA 4ILFA 3AY8A 1J0FA 2DMMA 4IS0A 4KDXA 3D4MA 5COHA 2LSTA 1O8WA 1UN2A 4MDCA 5CRHA 3NZNA 5ABRA 5B6NA 2C8UA 1SU9A 1NSWA 1V2AA 4NHZA 2C1YA 2KLXA 3QR6A 1LBKA 3P2AA 1EWXA 5AIXA 5IO0A 2VOCA 4FYCA 3IBHA 3UARA 4V1Ag 1PKWA 1ZYQB 2GLRA 1BQ7A 4DVCA 1JZRA 3M9JA 2PERA 4NXIA 1GULA 3D22A 3GKXA 5DAKA 3TB2A 3LQ7A 2VCZA 4GSTA 2I3YA 3IK7A 2BTOT 5F0GA 3ED3A 3FR3A 3M0FA 4IQ1A 3RHCA 2AHEA 3RDWA 1C72A 3S9FA 2ON5A 2N5FA 4WR5A 1OAZA 2DBCA 1K3OA 1XWCA 2I1UA 2HXKA 2HYXA 4N11A 3BJ5A 4KSOA 3Q19A 1JZOA 4OCEA 1ABAA 2PGTA 5IMCA 3V1WA 4QL7A 3ZIVA 2VO4A 2H0IA 2PMTA 3F8UA 1VF3A 1R7HA 1GTUA 5ECQB 3KP9A 3DYRA 1PQNA 3F6DA 1GLQA 4G10A 1XW5A 2FWFA 5HFKA 4KA0A 1OE8A 4RQXA 4ID0A 4HDEA 3KJYA 2YV7A 3UL3A 7GSSA 3GTUA 6GSTA 4YQVA 1MTCA 6GSWA 4I97A 4WKWA 1AQVA 3WD6A 4PQIA 1GSFA 2GSSA 5IMDA 18GSA 2YWOA 3I6AA 4MF5A 8GSSA 4ZB8A 4IP6A 1GWCA 5ECHB 2C0DA 3HVXA 2FWHA 3ZYWA 5GAPD 2RLIA 1SYXA 1M7TA 2HZEB 1ERVA 1FO5A 4KE3A 1U3IA 3APOA 2CQ9A 5G1KA 1N2AA 1DSBA 2KP2A 2ZUPA 4NMUA 4ZILA 2B7JA 1GP1A 4JZQA 4AGSA 3GKKA 1T7PB 4NPBA 5CRWA 2OJLA 1K3YA 1I9DA 4MZWA 1Z7PA 5B8AA 2B5XA 1XPVA 4XS4B 3WGEA 4HJ2A 1PRXA 1WIKA 3IR4A 2X64A 4EDYA 4F03A 5GAND 3VI5A 3CBUA 4Q5RA 3JCML 2L4QA 5DCHA 13GSA 5HFGA 4TXOA 3IDVA 1XCCA 3QDNA 5LNKe 5G5FA 3GFKA 1FVKA 2P5QA 4YQUA 3ZFLA 1QQ2A 4GLTA 2GQKA 3ME8A 3LSZA 3APSA 5J4UA 4FYBA 1MD4A 1V58A 2CZ3A 4MA9A 3QAVA 1TRWA 3APQA 4J57E 3ZVJA 2YN1A 2H19A 4BVXA 1NW2A 1SK2A 3EYTA 2IMDA 4GF0A 2H6YA 3F9UA 1T4ZA 5ID2A 2LRNA 4Z7XA 4GTUA 2G0FA 4TXVA 2PN8A 1U6TA 2LJRA 4IJ3A 1EGOA 2LJKA 2REMA 1JZWA 1TRVA 1B4QA 3DIEA 1ZOFA 1GLPA 3G7YA 5DALB 4HJMA 3EINA 1AUCA 3EWLA 3FKFA 2P31A 1GUHA 2C3TA 2R5GA 3I43A 5IMFA 2X99A 3EU4A 5CP1A 2DMLA 3KGKA 4HQSA 3C71A 3EMPA 2VL2A 1GSUA 3H8QA 4V2NA 4QL9A 1H75A 4MJBA 3TRXA 4K7NA 2PVOC 1XXUA 1XIYA 1EOGA 3GV1A 4IGJA 2JSZA 3DD3A 5HR3A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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