1TK8B

T7 dna polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and damp at the elongation site
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
KIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAATKVGALSKGQLKEFLDANL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/electron transport/dna
molecule keywords 5'-D(*CP*GP*AP*AP*AP*AP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*
publication title Structural basis for the dual coding potential of 8-oxoguanosine by a high-fidelity DNA polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t7
total genus 27
structure length 105
sequence length 105
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 1tk8B00
3L9SA 4X43A 3H4KA 2KLXA 4PURA 3ZLPA 4AF2A 3FYGA 3DYRA 1XOAA 2PVQA 3RPPA 3A2XA 3LG6A 3HDCA 1PMTA 2VL9A 4KDUA 3GYKA 2FLSA 4XHMA 5HR2A 2VIMA 3M0FA 1T3BA 2H19A 3RBTA 3LEFA 3J7Yk 4PGTA 3D4MA 4K6XA 4YAVA 1GSFA 2YWIA 3RPNA 3G7YA 4NMUA 2WZ9A 1M9AA 4IS0A 2L59A 16GSA 1XW6A 1TOFA 4JU5A 2XPEA 1XIYA 5ECOB 3LYPA 1DBYA 2F9SA 3EE2A 1NHYA 1A2MA 3EINA 2BJXA 1J0FA 2OE3A 2CVDA 3CRUA 4GTUA 1J9BA 1M0UA 2H0GA 2N5FA 5D9VA 5ECNB 3MSZA 3ME7A 2KUCA 3H79A 4Q5FA 4MJAA 2GZYA 3EC3A 3GURA 5CO3A 1SENA 3DRNA 4FYCA 1RQMA 4ID0A 4EE0A 1JZWA 2LRTA 4MLYA 2VLTA 1GULA 3D6IA 1JLWA 3MNGA 4J56E 1OC8A 5ECSA 1QQ2A 2I3YA 2LJRA 3QR6A 3UBLA 4XCSA 5JWRB 4X1UA 2IMIA 3NOFA 4DVCA 5DBQA 2NVLA 5GAPD 2HZEA 1TP9A 1X9WB 3FHKA 4XIHA 3IAM2 5G5FA 2EIRA 1RK4A 1WOUA 1XFLA 5ABRA 5D9XA 5ECMB 2AYTA 1B48A 1S3DA 2AB6A 5J9BA 4MPGA 3HVXA 3L78A 3LORA 1FB0A 2N5AA 2V41A 3ZVJA 5IO0A 1FHEA 2FA4A 2XHFA 2QC7A 4EXJA 2MMAA 2IIYA 1GNEA 2C3QA 2E7PA 4YQVA 2I1UA 2R5GA 2CX4A 5HFIA 1SYRA 1GL8A 3R2QA 4HU9A 4GSSA 1NW2A 4YH2A 1PL2A 4L0WA 2KP2A 1EOHA 4N0ZA 4E8HA 4O5RA 3L9VA 2DJ3A 1U3IA 4GQFA 3F3QA 1PRXA 3IBHA 2VLVA 8GSSA 5JWQB 5CRGA 5J9CA 2AUVA 19GSA 3FRCA 3MAKA 5J4UA 4MZWA 2ES7A 2PGTA 4CW9A 4IHUA 3GNJA 1K0OA 3V1WA 3TRXA 2XC2A 1S3AA 1SK2A 2OE0A 3BD2A 5L71A 1QXHA 1THOA 3HZ8A 3TDGA 1SL0B 3FR6A 4MMMA 1KNGA 1K3LA 5EVOA 2C0GA 1U88A 3C73A 1A24A 1K0MA 4RUVA 5IO2A 1A8LA 2PVOC 1B8XA 4IKHA 1GTAA 4MJEA 3WGEA 5DVBA 2GZPA 3U5RE 2IN3A 2JU5A 5IOXA 1DSBA 2E2GA 4EO3A 3ZITA 2IMEA 3G9BA 6GSSA 1C72A 2LNSA 1OVNA 4K8MA 4GCIA 4DEJA 1V40A 2YZUA 3IOSA 2B1KA 4MJCA 2B5EA 3DD3A 1TK0B 1ERTA 4PQIA 2YCDA 3UIWA 1GH2A 2L4CA 3GHAA 1U3AA 4OFNA 3DMLA 5KN0A 3ME8A 1VF4A 2GDRA 3W6GA 3APOA 4CHSA 2H73A 3FZ4A 5KN3A 3MDKA 4V2NA 3ZMKA 2G2QA 4G19A 3CSHA 4NPBA 1UN2A 1T1VA 1X5DA 4ACSA 4J2FA 2WGRA 5B7CA 3N9JA 4AGSA 2F3MA 3FR3A 1ABAA 1N2AA 2RM5A 3CSJA 2CT6A 1R4WA 3PH9A 3VURA 2JL4A 2WCIA 4ML6A 4HZ4A 2N5BA 6GSWA 5A4VA 4WR5A 4V1Ap 2C4JA 3QCPA 3FEUA 1AQVA 1K0AA 5COHA 1XWKA 4MA9A 4MZCA 2DJ2A 2M80A 2OBIA 3WYWA 4RQXA 1MDJA 3UOMA 4F82A 1GSDA 4GRFA 3CXGA 1ERVA 4TR4A 2P5QA 4TN8A 1VGLA 2FA8A 4KSOA 2MMZA 4BWSA 1XPVA 2FNOA 3DVXA 5FWGA 2IPAA 3WT2A 1TRWA 1TW9A 2H6YA 2JZRA 3HJOA 1BJXA 4OWYA 3KGKA 5ECRB 1O6JA 3N5OA 3ZVJD 3GTUB 2CQ9A 1ML6A 2O87A 2P31A 3VWUA 1K0NA 4HDEA 4FO5A 4XTSA 4ECIA 1RW1A 1X5CA 3LXZA 1Z6NA 5IIZA 2H66A 2GSQA 5AGYA 3C7MA 4OMVA 3HJPA 2FWHA 2HXKA 3ERWA 4BPYA 1TJDA 1F9MA 3LFLA 6GSVA 4K9ZA 4FIWA 2WS2A 2XBQA 4KSMA 4G2EA 22GSA 3IC4A 1JZOA 3C1SA 4P3YB 2AHEA 5HR3A 2X99A 1EEMA 1URMA 3WD6A 2LNTA 2LEGA 2QGVA 5CRHA 1O85A 4LL4B 3FW2A 2VCWA 2H74A 3E0UA 3L4NA 2OBKA 1PL1A 1T00A 2PPTA 4MPFA 2HSHA 3HVSA 3CRTA 1SKRB 2VL3A 3TJKA 3AY8A 1WWJA 18GSA 2FUG2 1CQHA 3RHBA 1QMVA 2H01A 1O8XA 4XRDA 3EWLA 1PX6A 3KTLA 1G7EA 1FVJA 4IQ1A 2C0EA 2DIYA 3D4TA 3GSTA 4IP6A 2LRNA 2F8FA 1K0CA 1AAZA 2RLIA 2C3NA 3EVIA 5HR0A 4MK3A 2REMA 2WULA 3GKKA 1K0BA 5EL8A 2H1DA 5LCZA 3LXTA 2HI7A 2LJKA 2MZCA 3ZREA 1ERUA 3TKSA 5IMVA 1XBSA 4NV2A 1ON4A 3QAGA 1F3AA 3GX8A 1YKCA 1ZCPA 1OKTA 2IMFA 3QDNA 3UVHA 4L0UA 4V1Ag 2R6KA 3CMIA 3PR8A 3CYNA 1R26A 5KN1A 2O7KA 2VL2C 2LUSA 4BVXA 1Z7RA 2GT5A 4MABA 1QGVA 1O7UA 1GSQA 4TKYA 1PKZA 3TKQA 4IJIA 2FY6A 5IQYA 3ZYWA 4BL7A 3ZIJA 3KZQA 3QD9A 3DGQA 4EF0A 1PSQA 4LLRA 3GV1A 3KH7A 4L5LA 3APSA 5DALB 4K2DA 4KB3A 4I5QA 4N30A 1A0FA 4I2UA 2H8LA 4I97A 2M72A 1XWGA 1A2LA 5B6NA 4GQCA 3OR5A 4DSQA 4EC0A 1MD4A 4HI7A 2QSIA 4YAPA 4AJ7A 5IPGA 3P2AA 1UVZA 1THXA 2GTUA 2IMDA 3KCMA 4POBA 2VD1A 5ECHB 5H5RA 5A4WA 2WRTA 2ZCTA 2FD3A 2AV4A 1V57A 2O8VB 3GH9A 3DWVA 5F06A 1SJIA 3TCOA 3GTUA 4H86A 5D8IA 1GSYA 2LS5A 2XBIA 1V98A 2K18A 1EP7A 1EV4A 1GUMA 4CDOA 2YN1A 2RUFA 4Q5NA 5B6MA 3H93A 2I81A 1T4ZA 5ID2B 3ERFA 2C0DA 1TI3A 5G1KA 3VI5A 4TOPA 5CYYA 1ACVA 5G31A 3KEBA 4HEA2 5H5SA 1MD3A 1M9BA 1LJRA 2D2ZA 2H30A 5JWOB 1GUKA 1SYXA 3HHVA 4TR1B 2H70A 2MBTA 3DEXA 4RI7A 5FT3A 3FZ9A 2KP1A 3D0ZA 2IWTA 3Q6OA 1PQNA 3FK8A 2YNXA 3HCZA 4DSSB 1ST9A 1JZDA 4F0BA 5LNKe 4IELA 4MH3A 1XW5A 1E6BA 5AISA 4MF6A 4NHWA 2K8VA 2ON5A 5DAKB 1LBKA 2K8SA 4IW9A 3M1GA 4QL9A 4ZXGA 4ML1A 1PX7A 1NM3A 1AW9A 1FAAA 2PWJA 2L6CA 1ZZYA 5E59A 2DJKA 5J3RA 3IR4A 3LGCA 3S9FA 1AQXA 3UEMA 4HU7A 2JSZA 3TJFA 2BTOT 1AUCA 4J57E 3EMXA 2EC4A 2VCVA 2YJHA 3F8UA 2CA8A 4LA1A 2A2RA 3ZMLA 3EMPA 1E2YA 3TGZA 2VCQA 1F3BA 1TK5B 1GP1A 2NDOA 4ZL9A 3VPTA 1SJZA 1HNCA 1TRSA 3ZIVA 3TOUA 3KP8A 3F4TA 4KUNA 1T4YA 2WB9A 4MCUA 2J9HA 4D73B 5ECQB 2LQOA 4JE1A 1DE1A 17GSA 2JACA 1VF3A 1QUWA 1Y25A 1N8JA 3IA1A 3QMXA 1ZYQB 4KW6A 4BVYA 4POLA 2B6MA 1AC1A 1X9MB 5G2ZA 3TJJA 5IMAA 3TOTA 4HQZA 2HE3A 3TJBA 1GSEA 2DIZA 5B8BA 4EL1A 2CAQA 3IK9A 2V1MA 1OC3A 1UA5A 3KD0A 5D96A 3BCKA 3L0HA 4OFMA 5IMDA 4WBRD 2EIQA 1YJ6A 2LKUA 4K1FA 4TXOB 3F0IA 5GSTA 1NSWA 3UBKA 1I9DA 5DALA 4N0VA 4FH8A 4G10A 3HYPA 4IQAA 3WT1A 4IP1A 5IPHA 1FOVA 5IM9A 3UARA 2GVPA 3F3RA 2VO4A 3CTGA 1SU9A 4WKWA 1FW1A 3ZZXA 1HYUA 3GRXA 1USBA 1A23A 1GSUA 2IMKA 4HJMA 6GSXA 3RAZA 1K3YA 4MH2A 3QAVA 5JCUA 3FR9A 1G7OA 2QKEA 2RUEA 2VOCA 4Z7XA 2DMLA 4ECJA 3FZAA 1EZKA 1BAYA 1KEBA 4POMA 2DMMA 5FHIA 1CQGA 5ID2A 1OE7A 3VFIA 6GSUA 2HLSA 1U87A 2HRNA 5EY6A 1YF1A 2VM2A 3IHQA 5B8AA 2PERA 2K6VA 2TRCP 4V2MA 1JHBA 2JSYA 3HY2A 4TR1A 1MEKA 4IN0A 4PNFA 2B1LA 4HJ2A 3VWWA 4F9ZA 1U6TA 2GZZA 3SBCA 1DE2A 1M2BA 5HFGA 2H1BA 1GWCA 3IRAA 4HQSA 4DSSA 1YQ1A 4L5OA 1BG5A 2H75A 3EURA 2HYXA 4EDZA 3KM6A 5KN2A 1X0RA 1YEPA 5G30A 5DAKA 2HRFA 4MJBA 2OADA 2OJLA 1Z7PA 5IMFA 1V58A 2CV4A 2H0HA 1B4QA 4JBBA 1YF0A 1VRSD 3TKSE 3GL5A 2XPDA 1FG4A 3QFBC 3UJ1A 1H75A 1YDKA 3I69A 2HSYA 4KA0A 3IDVA 1GUHA 4KCEA 6GSYA 4HOJA 3I6AA 4WR4A 5DQYA 1ZGNA 5F05A 1X5EA 4K0GA 2H1GA 3F6DA 2MBSA 2E0QA 2GS3A 1T8EB 4OFTA 3FKFA 4ZILA 2P5RA 3A2WA 5ELGA 2F51A 4JZQA 1WRYA 2NBSA 1GLQA 5ENUA 3TRQA 5DJMA 9GSSA 4YQMA 2HNLA 4KH7A 1IYHA 4HS1A 3C8EA 2AJQB 2LSTA 4D73A 1EP8A 1EGRA 14GSA 5D73A 1Z9HA 3O6TA 1HD2A 4JEDA 2KOKA 2EIOA 3DVWA 4GWRA 1GNWA 5CP1A 1A2JA 2IJYA 2C8UA 4TW5A 1O81A 2GLRA 4HUAA 5DQSA 1TXXA 2FWFA 2H6XA 3DKSA 1XWCA 5G1LA 1FB6A 2I9HA 3W8SA 4TXOA 3WGDA 7GSSA 1KTEA 1A8YA 12GSA 1QK8A 2L4QA 1SD8A 2ALBA 2JADA 5F8BA 5D9TA 3C1RA 4KNDA 1F37A 2L5OA 4WEYA 3M9JA 4K7NA 2NPBA 3US3A 4WETA 1YEXA 3APQA 4XS6A 1AIUA 4ZL7A 1ZL9A 4YQUA 2WDUA 5CRDA 2CZ2A 4KCAA 2IFQA 2HFDA 4K7OA 4Q5RA 2L57A 4OD7A 3KJYA 5DCHA 1SKWB 1XOBA 3FY7A 2X8CA 5CREA 4Q5QA 1YZXA 2RIIA 2C1YA 2IL3A 4BWQA 1ILOA 3TKRA 3D21A 1TRUA 2PMTA 3I43A 3IXRA 2YV7A 4NWYA 1V9WA 4NV5A 3LWAA 4ECCA 1WJKA 2FWGA 5J5NA 5ELAA 4LMVA 1FO5A 1JLVA 1XZOA 5AIXA 3LJRA 5AN1A 3GN3A 1LU4A 4O32A 3E3EA 3P90A 4ZBDA 4OO4A 2H0IA 2YZHA 1TKDB 3WGXA 1PD21 2YWNA 3G7JA 4PQHA 4TR0A 3P7XA 3VWXA 4QQ7A 4OCFA 4TXVA 1F6MC 1ERWA 1OKDA 1WPIA 3RHCA 3L9UA 2H1AA 1SD9A 4GSTA 1ZMAA 3H8QA 4PXOA 1M2AA 2CZ3A 4GSNA 2YWOA 1XVWA 2CAIA 3P8WA 1PKWA 5ECKB 1B4PA 4EUYA 3NZNA 2GT6A 2O89A 4PQ1A 1K3OA 3GUSA 4N10A 3VK9A 3LSZA 1IYIA 1I5GA 5GSSA 3FZ5A 2CX3A 3C71A 2I4AA 2WFCA 2B7JA 3KP9A 5J41A 1TTZA 1SJ6A 4PUFC 1H4OA 4GLTA 4IBPA 2R3XA 4TR3A 2BMXA 2LQQA 3W8JA 3QFAC 5CRWA 3TKPA 5D93A 4DSRA 2X64A 1T7PB 4KDYA 5JCWA 4HZ2A 4ULXA 2A2SA 2GQKA 4NHZA 5ECLB 1MTCA 2VD0A 3DIEA 1XW9A 1BEDA 2V6OA 4MZBA 2MMOA 4XS1A 1F2EA 4NAXA 3A3TA 3GX0A 2ZNMA 2FHEA 1Q4JA 2LJAA 2OACA 3BCIA 5IOWA 4PNGA 2VAFA 3BOAA 3QPMA 4QL7A 1KBNA 1M99A 3HJMA 2GSRA 1VF2A 1GSSA 1K0DA 3HKRA 3HD5A 1HQOA 4EKZA 3UVTA 2FCHA 2MMNA 4BA7A 1MDIA 2YP6A 5ECIB 5KEJA 4PUAA 3PGTA 1W89A 3HA9A 2VCZA 3UMAA 5A5KA 1SK1A 1MDKA 2AAWA 2GQMA 1VF1A 3GKXA 2KHPA 3ISOA 2LTKA 1BQ7A 1OAZA 3J7Yb 3GA4A 2B7KA 1WIKA 1S3CA 5HQPA 1Z5YE 1Z6MA 1EOGA 4WBJA 3M9KA 1SL1B 4TVEA 2K9FA 4V2LA 3ZRDA 3MWHA 2B5YA 1EV9A 5GAND 2ON7A 3O76A 2V32A 2X8GA 3ZFBA 1TU7A 4L8EA 5CAXA 3IAS2 1WMJA 2VLUA 4MP4A 2VL2A 1G6YA 4JRRA 4XRAA 1FVKA 3LQ7A 4OCEA 2OA7A 5F07A 1PA3A 4LL1B 3KXOA 2R37A 3Q74A 1R7HA 4I8BA 3GSSA 4GF0A 3U6VA 2C3TA 5HR1A 4ZB6A 2MYGA 3TJGA 5DDLA 1OC9B 1TK8B 13GSA 4N11A 2H76A 4KX4A 3GFKA 4X0XA 5EPFA 2A4VA 2NTOA 1YKAA 2WJUA 1BYEA 3TB2A 1PN9A 1XXUA 4ZBAA 2PN8A 4O7HA 3CTFA 5DJLA 2DJ0A 4IGJA 4XS4B 5IMZA 2FGXA 3M8NA 3LYKA 5G5EA 1Y6EA 5H5QA 1JZRA 2VCXA 3BBYA 2IFQB 3TUEA 3VLNA 2DBCA 3HZ4A 3O3TA 1SKSB 2PUKC 4TRXA 1A0RP 3GL3A 5C04A 2GGTA 3Q19A 3ZTLA 3UL3A 3EU3A 3M3MA 3SWLA 2H72A 4WF5A 2DSAA 3Q18A 2VCTA 2Z9SA 1V2AA 1WP0A 2G0FA 1O73A 2L5LA 4O92A 5LD0A 2C80A 4MDCA 1W4VA 3F6FA 2GSTA 2V2GA 20GSA 4I6XA 3KMOA 5CNWA 5E4WA 3IK7A 1SL2B 2DJ1A 3D22A 1G0TA 1OE8A 3TKSC 5INYA 5D9WA 2GQLA 2HT9A 4WF4A 3D5JA 2DLXA 1PGTA 4E8EA 3I9V2 4PX1A 1GTBA 3HVVA 2VUPA 1XCCA 4OO5A 3ERGA 1X9SB 4MF7A 3UAPA 1XWAA 4ZB8A 3QOUA 2PBJA 3KMNA 1NHOA 2V6KA 3ZL5A 1GTUA 4ZL8A 3BJ5A 4NXIA 3EU4A 1J08A 3GKMA 5ECPB 4KE3A 5C00A 3QAWA 3F63A 4AJ8A 3A2VA 3GMFA 4F0CA 2B3SA 1DUGA 1SK0A 2FWEA 4FYUA 3F4SA 4EDYA 3K8NA 1GLPA 3CSIA 3TRPA 3E9JB 3RDWA 1R5PA 4KGIA 4MF5A 5DCGA 2C0FA 2YANA 4F2IA 4F03A 1B9YC 4ZIJA 3ED3A 2DJJA 1ZOFA 3F9UA 4RI6A 1EGOA 1TU8A 5AIVA 1M2DA 3CBUA 1GTIA 2JZSA 3GH6A 2TIRA 4IJ3A 4WXTA 2VM1A 2PU9C 4ECBA 4LMWA 5JCGA 4JR6A 5A4UA 3VPQA 1HNAA 1G6WA 2LV3A 3PINA 4K0NA 5IMCA 1ZYEA 4ZB9A 1O8WA 4EVMA 1R5AA 10GSA 4POKA 1TI1A 2LRCA 3GIXA 3HXSA 5GZZB 4GXZA 3KTBA 3A5WA 4KDXA 2YOIA 3DXBA 3IV4A 2CVKA 1OYJA 2HZFA 4ISDA 4ILFA 1OC9A 2J23A 1EWXA 1M7TA 2JZTA 1GRXA 2R4VA 2YWMA 2HZEB 2P0GA 3VWVA 3ZFLA 1AQWA 3VI7A 1B9XC 2OKAA 2CVBA 3F4RA 2X8HA 4IVFA 11GSA 5F0GA 1BX9A 4AJ6A 3JCML 2ZUPA 4XS4A 3IE3A 6GSTA 1HNBA 2YV9A 2TRXA 3GKNA 4K7IA 4RQRA 2F8AA 1JFUA 2DC5A 1YY7A 2GSSA 2L6DA 4ZBBA 2R2JA 1Q98A 5HFKA 3EYTA 2O85A 1TDIA 2YPMA 1QFNA 2E2MA 4I2TA 3H1NA 4JR4A 2H6ZA 3KH9A 3IPZA 3KIJA 4G9HA 1Z3EA 2H71A 1TRVA 2OE1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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