The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
VVGIGRDKLGKIFYRALTQYLTPTSNFSQLRAAAVQSATDLYGSTSQEVASVKQAFDAVGVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
NMR solution structure of the C-terminal fragment 255-316 of thermolysin: a dimer formed by subunits having the native structure.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase (metalloprotease)
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| source organism |
Bacillus thermoproteolyticus
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| molecule keywords |
THERMOLYSIN FRAGMENT 255 - 316
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| total genus |
24
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| structure length |
62
|
| sequence length |
62
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.24.27: Thermolysin. |
| pdb deposition date | 1994-09-02 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Neutral Protease; domain 2 | Neutral Protease Domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4MXJ E; 2DQ6 A; 3T8G A; 1THL A; 3FUF A; 1U4G A; 4XMT A; 3EIM A; 3FTU A; 4N5P E; 3EBH A; 1PE7 A; 5DPE E; 4PW4 A; 1OS0 A; 5TMN E; 1L3F E; 3T2H E; 3B2X A; 4ZW5 A; 8TLN E; 3FLF A; 3B7T A; 7TLI A; 3Q44 A; 3FXS A; 4K5M A; 3CIA A; 4RVB A; 4J3B A; 4ZX6 A; 4TLI A; 1LNA E; 1ZDP E; 3B2P A; 4ZX3 A; 4QPE A; 1FJQ A; 2VJ8 A; 4QUO A; 2WI0 A; 1KS7 A; 4TMN E; 3SSB A; 5L8P E; 2G4Z A; 1FJW A; 3TLI A; 4DPR A; 5JSS E; 4ZW7 A; 2TLI A; 1FJT A; 1HYT A; 5L3U E; 4GAA A; 2GTQ A; 3FTX A; 8TLI A; 3T8H A; 3FOR A; 4Q4E A; 3T8V A; 3DO2 A; 5BPP A; 7TLN A; 2ZXG A; 3B7U X; 1HS6 A; 4OI5 E; 3MSA A; 2DQM A; 1LNE E; 3FH8 A; 4K5N A; 3NN7 A; 4L2L A; 3EBI A; 3FU0 A; 3LS7 A; 3T74 A; 4XMX A; 5FSP A; 3DO1 A; 1LND E; 4M65 A; 3FCQ A; 4MWP E; 4K5L A; 3DBK A; 6TMN E; 3FTS A; 3FH5 A; 4XN8 A; 5JVI E; 3FTY A; 3DNZ A; 3TMN E; 1KJP A; 3FUD A; 5DPF E; 3ZI6 A; 4PVB A; 3T87 A; 5FSJ A; 3CHO A; 4XMV A; 3QJX A; 4XMW A; 5TLI A; 4XNB A; 1TLX A; 5TLN A; 3B7R L; 3CHQ A; 4K90 A; 4XNA A; 1LNF E; 3FHE A; 3NQY B; 4XO4 A; 4MS6 A; 5DLL A; 1KKK A; 4N4E E; 1GW6 A; 1TLP E; 5A3Y A; 4XN2 A; 3FBO A; 1KR6 A; 3U9W A; 4B52 A; 2TMN E; 3QH5 A; 3B3B A; 1LNB E; 3FGD A; 4XN5 A; 2XQ0 A; 3T2J E; 3F28 A; 4D9W A; 3FH7 A; 3T73 A; 5HQD A; 3FU5 A; 3FUE A; 4XMZ A; 1FJO A; 5L41 E; 4QHP A; 4XO5 A; 5FWQ A; 3B37 A; 3FUL A; 5JXN E; 4TNL A; 3P7T E; 5LIF E; 4MZN E; 1LNC E; 4R5X A; 5K7T A; 4MKT A; 4D91 A; 4XND A; 1QF2 A; 3CHS A; 4GER A; 3CHP A; 3P7R E; 3FUN A; 4XMU A; 2VQX A; 3FUJ A; 4ZW3 A; 4OW3 A; 3B7S A; 4R5T A; 4R7L A; 3KED A; 2HPO A; 2TLX A; 5FXN A; 4R5V A; 3QGO A; 3MSN A; 3NQX A; 3FUM A; 1KEI A; 5DYF A; 1QF1 A; 3FXP A; 1FJV A; 3PUU A; 1QF0 A; 3DO0 A; 1KL6 A; 3P7S E; 4ZX4 A; 3FU3 A; 3QH1 A; 4Q4I A; 2WHZ A; 5DLH A; 5JT9 E; 1H19 A; 3Q43 A; 1Y3G E; 3T2I E; 5LWD E; 1BQB A; 4X2U A; 1PE5 A; 4XN4 A; 3N21 A; 3MS3 A; 3MSF A; 3P7V E; 3FVP A; 1FJU A; 1PE8 A; 4RSY A; 4ZW6 A; 1SQM A; 3FUI A; 1Z9G E; 2HPT A; 1KJO A; 2XPZ A; 1TRL A; 1KRO A; 1EZM A; 2A7G E; 3CHR A; 4H57 A; 1GXW A; 4XN1 A; 6TLI A; 4QIR A; 4ZQT A; 1TLI A; 4N66 E; 3P7Q E; 3P7U E; 4MTW E; 3T8C A; 4QME A; 1NPC A; 1KTO A; 4ZW8 A; 3T8D A; 3EBG A; 3FTV A; 4K5O A; 4K5P A; 5JS3 E; 2XPY A; 1ESP A; 3FV4 A; 3P7W E; 3B34 A; 3FUK A; 4XN7 A; 4PU2 A; 3P7P E; 4TLN A; 3FUH A; 3NQZ B; 5FSS A; 3T8F A; 3FTZ A; 3F2P A; 1FJ3 A; 2R59 A; 3FU6 A; 3FTW A; 4XN9 A; 4XO3 A; 3FB0 A; 1TMN E; 5AEN A; 4K89 A; 4ZX5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4MXJ E; 1U4G A; 3EIM A; 3EBH A; 1OS0 A; 8TLN E; 4FYQ A; 3Q44 A; 3FXS A; 4K5M A; 5AB0 A; 4J3B A; 3B2P A; 1KS7 A; 4DPR A; 5K1V A; 1FJT A; 3MSA A; 4NZ8 A; 2DQM A; 3EBI A; 4FKE A; 3T74 A; 1LND E; 4MWP E; 6TMN E; 5JVI E; 3FTY A; 3DNZ A; 5EV7 A; 4KXA A; 4XMV A; 4XMW A; 4XNB A; 3B7R L; 4XO4 A; 4MS6 A; 4N4E E; 4XN2 A; 3FBO A; 4B52 A; 1LNB E; 4XN5 A; 3T2J E; 1Z1W A; 3FUL A; 4IHQ A; 4R5X A; 4P8Q A; 1QF2 A; 4XMU A; 2VQX A; 4OW3 A; 3QGO A; 1Z5H A; 5AB2 A; 4Q4I A; 2WHZ A; 4X2U A; 4ZW6 A; 3FUI A; 4NAQ A; 4JBS A; 6TLI A; 3T8C A; 3P7U E; 3T8D A; 4K5P A; 3FUK A; 3T8F A; 2R59 A; 1TMN E; 4K89 A; 4KX9 A; 3T8G A; 1THL A; 3FTU A; 5LG6 A; 1PE7 A; 1L3F E; 3T2H E; 4ZW5 A; 7TLI A; 4TLI A; 1LNA E; 1ZDP E; 4ZX3 A; 3SSB A; 4FCA A; 1FJW A; 3TLI A; 5L3U E; 3FTX A; 8TLI A; 3T8H A; 4OI5 E; 4L2L A; 3FU0 A; 3DO1 A; 4XN8 A; 3CHO A; 3QJX A; 1TLX A; 5TLN A; 4XNA A; 3CHQ A; 1LNF E; 3FHE A; 5DLL A; 3SE6 A; 5A3Y A; 2TMN E; 2XQ0 A; 3FH7 A; 5HQD A; 3FU5 A; 3FUE A; 4ARF A; 4TNL A; 3P7T E; 5LIF E; 3MDJ A; 3Q7J A; 4R5T A; 3B7S A; 5FXN A; 3FUM A; 1KEI A; 5DYF A; 1QF0 A; 1KL6 A; 4ZX4 A; 3FU3 A; 4KXC A; 4FGM A; 1H19 A; 3Q43 A; 1Y3G E; 3T2I E; 1BQB A; 4XN4 A; 3N21 A; 3P7V E; 3FVP A; 1Z9G E; 2HPT A; 1KJO A; 4H57 A; 1KRO A; 4XN1 A; 1GXW A; 4ZQT A; 1TLI A; 4N66 E; 4ZW8 A; 5JS3 E; 2XPY A; 1ESP A; 4FYT A; 3P7W E; 3FUH A; 3FU6 A; 3FTW A; 4ZX5 A; 4XMT A; 3FUF A; 5TMN E; 3B2X A; 3B7T A; 4ZX6 A; 4RVB A; 1FJQ A; 4QUO A; 2WI0 A; 4TMN E; 2G4Z A; 4ZW7 A; 1HYT A; 4FYR A; 2ZXG A; 3B7U X; 1HS6 A; 3FH8 A; 3NN7 A; 4FKH A; 4XMX A; 5FSP A; 4M65 A; 4K5L A; 3DBK A; 3FH5 A; 3FUD A; 5DPF E; 3T87 A; 5TLI A; 3NQY B; 1TLP E; 1KR6 A; 3QH5 A; 4D9W A; 4PJ6 A; 5J6S A; 5L41 E; 4QHP A; 5FWQ A; 4MZN E; 4MKT A; 3CHS A; 4GER A; 4ZW3 A; 4R7L A; 4R5V A; 1FJV A; 3QH1 A; 4AR8 A; 3MS3 A; 3MSF A; 4KX8 A; 1TRL A; 1EZM A; 4QIR A; 3P7Q E; 3EBG A; 4K5O A; 3FV4 A; 4XN7 A; 4PU2 A; 3P7P E; 4AR1 A; 3FTZ A; 3F2P A; 3FB0 A; 2DQ6 A; 4N5P E; 5DPE E; 4WZ9 A; 4PW4 A; 3QNF A; 4FKK A; 4Z7I A; 4E36 A; 4KX7 A; 3FLF A; 3CIA A; 2YD0 A; 4QPE A; 2VJ8 A; 5L8P E; 5JSS E; 2TLI A; 4GAA A; 2GTQ A; 3FOR A; 4Q4E A; 3T8V A; 3DO2 A; 5BPP A; 7TLN A; 1LNE E; 4K5N A; 4KXD A; 3LS7 A; 4HOM A; 5C97 A; 3FCQ A; 3FTS A; 3TMN E; 4FYS A; 1KJP A; 4OU3 A; 3ZI6 A; 4PVB A; 5FSJ A; 5LDS A; 4K90 A; 1GW6 A; 3U9W A; 3B3B A; 3FGD A; 3F28 A; 5CU5 A; 3T73 A; 4XMZ A; 1FJO A; 4XO5 A; 3B37 A; 5JXN E; 1LNC E; 5K7T A; 4D91 A; 4XND A; 5LHD A; 4AR9 A; 3CHP A; 3P7R E; 3FUN A; 4II7 A; 4F5C A; 3FUJ A; 3KED A; 2HPO A; 2TLX A; 3MSN A; 3NQX A; 1QF1 A; 3FXP A; 3PUU A; 3DO0 A; 3P7S E; 4KXB A; 5DLH A; 5JT9 E; 5LWD E; 1PE5 A; 1FJU A; 1PE8 A; 4RSY A; 1SQM A; 2XPZ A; 2A7G E; 3CHR A; 4MTW E; 4QME A; 1NPC A; 1KTO A; 3FTV A; 3B34 A; 4TLN A; 3NQZ B; 5FSS A; 1FJ3 A; 4XN9 A; 4XO3 A; 1KKK A; 5AEN A; #chains in the Genus database with same CATH homology 4MXJ E; 2DQ6 A; 3T8G A; 1THL A; 3FUF A; 1U4G A; 4XMT A; 3EIM A; 3FTU A; 4N5P E; 3EBH A; 1PE7 A; 5DPE E; 4PW4 A; 1OS0 A; 5TMN E; 1L3F E; 3T2H E; 3B2X A; 4ZW5 A; 8TLN E; 3FLF A; 3B7T A; 7TLI A; 3Q44 A; 3FXS A; 4K5M A; 3CIA A; 4RVB A; 4J3B A; 4ZX6 A; 4TLI A; 1LNA E; 1ZDP E; 3B2P A; 4ZX3 A; 4QPE A; 1FJQ A; 2VJ8 A; 4QUO A; 2WI0 A; 1KS7 A; 4TMN E; 3SSB A; 5L8P E; 2G4Z A; 1FJW A; 3TLI A; 4DPR A; 5JSS E; 4ZW7 A; 2TLI A; 1FJT A; 1HYT A; 5L3U E; 4GAA A; 2GTQ A; 3FTX A; 8TLI A; 3T8H A; 3FOR A; 4Q4E A; 3T8V A; 3DO2 A; 5BPP A; 7TLN A; 2ZXG A; 3B7U X; 1HS6 A; 4OI5 E; 3MSA A; 2DQM A; 1LNE E; 3FH8 A; 4K5N A; 3NN7 A; 4L2L A; 3EBI A; 3FU0 A; 3LS7 A; 3T74 A; 4XMX A; 5FSP A; 3DO1 A; 1LND E; 4M65 A; 3FCQ A; 4MWP E; 4K5L A; 3DBK A; 6TMN E; 3FTS A; 3FH5 A; 4XN8 A; 5JVI E; 3FTY A; 3DNZ A; 3TMN E; 1KJP A; 3FUD A; 5DPF E; 3ZI6 A; 4PVB A; 3T87 A; 5FSJ A; 3CHO A; 4XMV A; 3QJX A; 4XMW A; 5TLI A; 4XNB A; 1TLX A; 5TLN A; 3B7R L; 3CHQ A; 4K90 A; 4XNA A; 1LNF E; 3FHE A; 3NQY B; 4XO4 A; 4MS6 A; 5DLL A; 1KKK A; 4N4E E; 1GW6 A; 1TLP E; 5A3Y A; 4XN2 A; 3FBO A; 1KR6 A; 3U9W A; 4B52 A; 2TMN E; 3QH5 A; 3B3B A; 1LNB E; 3FGD A; 4XN5 A; 2XQ0 A; 3T2J E; 3F28 A; 4D9W A; 3FH7 A; 3T73 A; 5HQD A; 3FU5 A; 3FUE A; 4XMZ A; 1FJO A; 5L41 E; 4QHP A; 4XO5 A; 5FWQ A; 3B37 A; 3FUL A; 5JXN E; 4TNL A; 3P7T E; 5LIF E; 4MZN E; 1LNC E; 4R5X A; 5K7T A; 4MKT A; 4D91 A; 4XND A; 1QF2 A; 3CHS A; 4GER A; 3CHP A; 3P7R E; 3FUN A; 4XMU A; 2VQX A; 3FUJ A; 4ZW3 A; 4OW3 A; 3B7S A; 4R5T A; 4R7L A; 3KED A; 2HPO A; 2TLX A; 5FXN A; 4R5V A; 3QGO A; 3MSN A; 3NQX A; 3FUM A; 1KEI A; 5DYF A; 1QF1 A; 3FXP A; 1FJV A; 3PUU A; 1QF0 A; 3DO0 A; 1KL6 A; 3P7S E; 4ZX4 A; 3FU3 A; 3QH1 A; 4Q4I A; 2WHZ A; 5DLH A; 5JT9 E; 1H19 A; 3Q43 A; 1Y3G E; 3T2I E; 5LWD E; 1BQB A; 4X2U A; 1PE5 A; 4XN4 A; 3N21 A; 3MS3 A; 3MSF A; 3P7V E; 3FVP A; 1FJU A; 1PE8 A; 4RSY A; 4ZW6 A; 1SQM A; 3FUI A; 1Z9G E; 2HPT A; 1KJO A; 2XPZ A; 1TRL A; 1KRO A; 1EZM A; 2A7G E; 3CHR A; 4H57 A; 1GXW A; 4XN1 A; 6TLI A; 4QIR A; 4ZQT A; 1TLI A; 4N66 E; 3P7Q E; 3P7U E; 4MTW E; 3T8C A; 4QME A; 1NPC A; 1KTO A; 4ZW8 A; 3T8D A; 3EBG A; 3FTV A; 4K5O A; 4K5P A; 5JS3 E; 2XPY A; 1ESP A; 3FV4 A; 3P7W E; 3B34 A; 3FUK A; 4XN7 A; 4PU2 A; 3P7P E; 4TLN A; 3FUH A; 3NQZ B; 5FSS A; 3T8F A; 3FTZ A; 3F2P A; 1FJ3 A; 2R59 A; 3FU6 A; 3FTW A; 4XN9 A; 4XO3 A; 3FB0 A; 1TMN E; 5AEN A; 4K89 A; 4ZX5 A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
