1UPSA

Glcnac[alpha]1-4gal releasing endo-[beta]-galactosidase from clostridium perfringens
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
404
structure length
402
Chain Sequence
AKDFPANPIEKAGYKLDFSDEFNGPTLDREKWTDYYLPHWCKDPESAKANYRFENGSLVEYITEDQKPWCPEHDGTVRSSAIMSFDKSWIHNFSGTTDNHERNEWRGYTTKYGYFEIRAKLSNTGGGGHQAWWMVGMQDDTNDWFNSKQTGEIDILETFFSKKDTWRIAAYGWNDPNFQTSWTISEDKVPSGDPTSEYHIYAMEWTPTALKFYYDNELFKVIYGSPDYEMGTILNIYTDAGSGAHNDVWPKEWAIDYMRVWKPVDGYKESLNNYLIRNRQTGKFLYIEENNDKVSYGDITLKNEKNAKWSKEYRDGYTLLKNNETGEYLNIENQTGYIEHGKVPKTWWSAQWSEVPVDGYTRFVNRWKPNMSIHTESYEGVLQYGNVPNTYWTSQWQLIPVE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Three-dimensional structure of GlcNAcalpha1-4Gal releasing endo-beta-galactosidase from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb
molecule tags Glycosyl hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords GLCNAC-ALPHA-1,4-GAL-RELEASING ENDO-BETA-GALACTOSIDASE
total genus 111
structure length 402
sequence length 404
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2003-10-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00722 Glyco_hydro_16 Glycosyl hydrolases family 16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 1upsA01
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 1upsA02
3CRGA 2D6KA 2E7QA 5JMCA 5DZFA 2GNMA 4Y1VA 5GLWA 3ZX7A 4I96A 3IM6A 3PUBA 4BM8A 5GLVA 1E0OA 3BTAA 2D24A 1K5UA 4YZ4A 2DREA 3WCSA 4M00A 3K1XA 1RITA 3ZC8A 3AYAA 1N1SA 3O44A 2SLIA 3KM5A 1DYPA 5DZGA 1R1ZA 1Z2VA 2EXJA 5G00A 4YZ5A 2K4AB 2K8RA 4JRAA 2AR6A 1GNHA 1YBIA 3BA5A 3WO4A 5JVVA 2DS0A 1V6KA 3A0KA 4KEKA 1JOJA 1EYLA 3NV1A 3VT1A 2Z42A 1GBGA 1HIBA 4YZ1A 3V64A 4M3CF 3LCPA 4OEGA 1LOGA 2ZHMA 3INAA 1T9FA 1BA7A 3CRIA 1CE7B 1QF3A 4DEPA 4YW2A 1AVBA 2DU0A 1CN1A 2G4IA 1G9DA 1WD3A 2D20A 2D1ZA 2VW2A 2DRYA 3N0KA 1ULCA 4GOVA 4WVVA 2YROA 5IT6A 5CBLA 4G1RA 1S0DA 4JKQA 1G9AA 1FMMS 4I1EA 1VAMA 1WUVA 5BVPI 1MZ6A 4D8HA 1LU1A 2EXHA 3VSFA 3BODA 3SNVA 3BRFA 1SLTA 4Y20A 1CPNA 2NVHA 3VKNA 1BLAA 1EVTA 2A6WA 2RSTA 2UUSA 2A7AA 5E8AA 1GNZA 5HCAA 3MPPG 2I1BA 1XHBA 2AGSA 1AVAC 1IS5A 1G8WA 1M16A 1GGPB 5H9PA 4R6UB 3O5SA 5T5JA 3O4CA 3IKWA 2EF6A 4BMEA 5FNXA 3VKMA 1SR4C 1PWAA 2D43A 4SLIA 5L73A 3SH5A 4AGVA 2GMMA 2NN8A 1LENA 4FOVA 4MYEA 4KBBA 1D0HA 3GALA 2ARBA 3SH3A 1WBFA 1N3QA 4XTPA 4DCKC 5EXOA 5BQUA 3TB0A 3WDUA 5CA6A 4FP3A 4LO3A 1V6XA 4FQ4A 4XYXA 1GYKA 4YW1A 1IS6A 4PQ9A 4H04A 1BZWA 4ITCA 5KXEA 1W6MA 2P37A 1FV3A 1DQ0A 1FGAA 1JW6A 1JT7A 2DTYA 4IHZA 2UU8A 4HANA 3D5OA 1FV2A 1XZZA 2P3KA 4Q9PA 1GLHA 2A70A 1KNMA 4Y20B 2AUYA 2UWBA 2J3PA 1SLLA 1IJTA 5GM0A 2P3JA 3QYDA 3FFZA 1LULA 4I37A 3WDYA 2E4MA 5D61A 1WLDA 4QD2C 2M49A 4LBMA 1OQ1A 1LHOA 4ENDA 1GZ9A 5BXPA 1AFCA 3IIRA 1SBEA 4M3CE 3AP4A 1V6JA 2PELA 4FP2A 1G7YA 1JN2P 5BXTA 3RSJA 5D63A 4AGGA 1JTCA 2DUQA 3VT2A 3A0NA 1TOOA 4K1ZA 4XZPA 1FYUA 4XFSA 4BOWA 1KJLA 1PC8B 1BKZA 1JBCA 3WG1A 1W6MB 1LECA 4LBOA 2DVAA 4LO7C 3CA4A 2AREA 4EFRA 3ZPYA 4ZGRB 1AX0A 3FJJA 4QC4A 4GAIA 4OZXA 4LBQA 2R1DA 1UN1A 3BRGC 1G86A 1S0JA 3D6EA 2H0BA 2ZHLA 1O4ZA 4RL7A 3C9ZA 1G9CA 3ZXDA 4L8QA 1GZWA 1Y7BA 2W39A 1SCSA 2CNAA 4BQ1A 2ZGRA 3USUA 4USPA 3N35A 2D6NA 2R49A 3OGFA 4D0ZA 3O4OA 2DVFA 3W58A 2WKKA 1FWVA 5GZEA 3A07A 3ZXFA 1UPSA 4UW6A 3WLUA 4A7ZA 2F2FA 5F8YA 4CZSA 3N7LA 4D69A 1UZZA 4WBCA 2CWMA 2E51A 4LBLA 2E53A 1C1FA 4XBNA 1W6PA 4I4VA 3UJ0A 1S0LA 4Z9WB 5EYXA 2VXTI 4J23B 1DQ4A 1VIWB 1G9FA 2W68A 1SLAA 4XJAA 1QKQA 2ZGUA 5GAQA 1XQNA 4Q8LA 1G9BA 2Y9GA 2GZBA 2DU1A 1ISVA 3NV4A 1GZWB 4A7KA 1W3FA 2PHWA 5JOZA 2BFHA 3OY8A 3PVOA 4Q1PA 1H30A 3D7WB 1ILR1 3MW2A 4Y24A 1BASA 4X3AA 3B01A 4Y22A 2NP0A 1W0PA 1MS5A 1N1TA 1GV9A 3FJIA 4UW5A 1XG6A 1DLLA 4ZXKA 1W6QA 3CA1A 1HWNB 3ZYPA 5IK5A 4Q91A 3NBDA 1V00A 31BIA 5GZCA 1WBCA 4LBJA 3WCRA 2V73A 4GWMA 5T5OA 5CB7A 3CQAA 4Z8SB 3ZSKA 2A3YA 1ENQA 2PHFA 1DQ6A 1VLNA 4I4OA 2WJSA 1DQ2A 3MW3A 1Z4SA 5JOXA 2D7IA 1W6PB 2JECA 3ILNA 4HR6C 4ZOTA 5SV8A 3SNMA 1NLSA 2Q9XA 1BFFA 1CIWA 4YGEA 3W9TA 1W0OA 1C1LA 2PHTA 4GXLA 3AJYA 3ZXJA 4I1BA 1SLBA 2R1BA 2ZZJA 1IHKA 2Y9XE 3NV3A 2XOAA 2UWCA 1LU2A 1DQ1A 4FPCA 4FVVA 4I30A 1I1EA 4R9AA 3ZXEA 1RINA 1W6OA 4I2SA 1EV2A 3UK9A 4Y22B 3CU1B 1AXMA 2CY6A 4I6IA 1RG8A 3JRRA 5F8SA 1LHUA 1W6QB 3OGGA 1SFYA 2P34A 1LHNA 1L2HA 3VEQA 1HQLA 1UX6A 2AAIB 2WQZC 2VU9A 3FJEA 4AN7B 3BAQA 1AXZA 2QYIB 4C1XA 4GOYA 2K43A 3FJHA 3T2TA 3V65A 1W3GA 2ZGKA 3KQRA 4KEJA 4NOTA 4WV8A 2A6ZA 1LGCA 4DQAA 4EEEB 4ATEA 1OFSA 1A8DA 2NTDA 4XHBA 3WDTA 5F5QA 1ZA4A 5DUWA 2E7TA 3BX1C 1V6VA 2P23A 1ONKB 1GZCA 1DFQA 2BQPA 4FPYA 1AF9A 2WT0A 3WINC 1JYIA 1IRPA 3MEPA 1W6OB 1LODA 3ATGA 1VCLA 4WVWA 2DV9A 4JQ0A 2GDFA 5LK5A 1URXA 2P2KA 4ASMB 3JU9A 1AXKA 3QLQA 3HMYA 1DGLA 2GO2A 3P6JA 1Q04A 1RY7A 3OBTA 1RZOB 2FO1A 3APBA 1FMZA 4XIKA 1Q8QA 3R4SA 1W3AA 4NO4A 3AYDA 4YW4A 2AENA 1MS3A 4XJ9A 1WBLA 3W59A 1GICA 4ISRA 3BAOA 1N4KA 4Q9GA 1Q8SA 2GMPA 3CA0A 1KITA 3O0XA 4GA9A 4DRVA 3ZXLA 2OUHA 2KI4A 2IWTB 4I7IA 5T55A 2DRZA 5EYYA 1IS4A 1S0CA 4GKYA 4U36A 4YW3A 4QBVA 4FPEA 2D3SA 3ZXGA 1CESA 4Y1YA 1V6UA 1UZYA 1WD4A 1WCSA 1ENRA 3BB2A 1A3KA 3B9UA 4Q8KA 4Z8BA 3WG2A 3AZZA 4DRRA 1QMJA 2HWAA 1PZ9A 1TWEA 4D0TA 1MZ5A 3FJAA 1AXYA 3HALA 2BEAA 2Q3NB 1YO8A 1LOFC 4Q27A 1QDCA 1SBDA 3WDWA 3BRDA 2KH2A 1DQ5A 3FUQA 3PG0A 4AWDA 2D3RA 4YGCA 4XBQA 4OWJA 3AYEA 4P6AA 3FUOA 3OYWA 1UMZA 4EFPA 1SLIA 1LESA 1SLCA 2ZBJA 4YLZA 5CNAA 1KJRA 4CJMA 4PBPA 4LO2C 3AX4A 3AXEA 4AYUA 3T8SA 2EIGA 3ILRA 3CA6A 1PZ7A 4JCKA 1DZDA 3RS6A 4QO3A 4K21A 1TTUA 1EPWA 1DFCA 2YV8A 3UD7A 1LGNA 1MS1A 1I1BA 4PCRA 3RMYA 1R8NA 3IM5A 5AVAA 5GLTA 3N3HA 4HA2A 4J2KA 4W65A 21BIA 1ISXA 2D44A 3Q9OA 2YXSA 3WA1A 3GNEA 1DIWA 1WLCA 3JUTA 2XG3A 5BP5C 4K1YA 2R9KB 4II0A 1WLWA 2JJ6A 4QKRA 3WZ1A 2ERMA 2AH2A 2FMDA 2ZHKA 1Q1UA 4LO8B 1WW4A 3PMEA 3CA3A 3OYWB 1NZKA 5HCBA 1ENSA 3NV2A 4GKXA 4IYBA 5JLVA 1AX2A 1JT3A 2WLQA 1ZM1A 4C1WA 2HWMA 5H9SA 4ZBVB 1DYKA 1KDKA 1BQPA 2CYFA 2PHRA 1Q8PA 4Q26A 1PZZA 1BFCA 2RQ9A 1N3PA 1SCRA 2XB6C 2AQZA 2B7YA 3LTQA 5BOWA 1HKNA 4G6JA 3ILFA 3M3CA 4FGFA 4ZLBB 4I4SA 1ULDA 5BXSA 4LO0C 1SR4A 1WW7A 3NBCA 2KM2A 2GNDA 3ZSMA 1HQWA 4LO1C 1MC9A 1XYFA 1RMLA 3PVNA 5KXDA 2SBAA 3H6QA 2EAKA 2DURA 3FJDA 5KXBA 4UW4A 1TFMB 2R0FA 1R8OA 4Y1UA 4R9DA 3AK0A 3WUCA 2D7FA 3B69A 3UJ4A 4XHXA 3ZSJA 4XE9A 1H9PA 4FPFA 3AJ5A 1LOAA 3FJCA 4JPZA 3POSA 2A75A 5DUXA 3D4KA 3WHTA 2A6XA 4EFQA 2X2TA 2JE9A 5BXRA 1KDMA 3MW4A 1MACA 2A71A 3HSMA 1V6IA 1WBAA 3OBRA 2A3WA 3BADA 2BEBA 2C5DA 1QQKA 1S0IA 1YXWA 3UD9A 3NJ5A 3S8JA 2ZMLA 5FZYA 5F8WA 1IKQA 1LOBA 3TC2A 6I1BA 1QOOA 3SH4A 3JUUA 2ARXA 2P3IA 3AFKA 1JT5A 4YG3A 3WHUA 3OJ2A 4XFTA 3UL2A 3AJ6A 2DYCA 4I4YA 4Y26A 3EF2A 2R16A 2W52A 4XJWA 3OJMA 2EXIA 4X39A 2Q5TA 1MS0A 3BAVA 5DG2A 4AN6A 4L4IA 4CTEA 4P9XA 4EKXB 3V0BA 5T5LA 3L2YA 1H9WA 5E24E 1S0EA 3B00A 3WNXA 2VW0A 5GJ6A 4ZFWB 4I0YA 2MIBA 1WW6A 1FWUA 1M2TB 3CA5A 3P6IA 3T1LA 4OWKA 4HJJA 1ONAA 4Y1ZA 1Q8OA 1LCLA 5CAZA 3POKA 1S1AA 3UDAA 4FOYA 2DVBA 1NUNA 3A4UA 4QD2B 4FOQA 1CVNA 5GZDA 4XDQA 4P0LA 5T50A 4YOLA 3AP5A 2OW4A 1HCDA 3ZXKA 1MS4A 2RHPA 1FNZA 2DTWA 1YF8B 5F90A 4XJZA 4OWLA 2JDZA 1FAYA 3O0VA 3SITA 1CJPA 4P0KA 1JLYA 5IK8A 1BLDA 41BIA 2WT1A 1IT0A 1GANA 1W6NA 1A78A 3QCWA 3FJKA 3AXDA 3M3EA 1ABRB 3HOMA 2ZMKA 4PC4A 2NYYA 5E89A 1LEMA 1NXD1 4ZKTB 2D22A 3V0BB 2KLLA 1ISZA 5EWSA 1X50A 4Y1XA 3POWA 3V0AA 1MD6A 2VXRA 3AYCA 4LO7B 2JE7A 3WV6A 2FFVA 3M3OA 2VUAA 4BLIA 3BIWE 3AKIA 3I2XA 1CVSA 4OEFA 2ZACA 4ZFYB 3ILAA 1MS8A 4YM1A 1CPMA 3LSEA 2D7RA 4YG6A 4I8MA 3O5WB 1S0FA 4AVVA 4YM0A 5DZEA 2ESUA 1YYNA 1BYHA 4G9MA 1II4A 2ZKNA 1ULEA 3FLTA 2ES3A 5DVHA 5GALA 2GALA 2V5YA 1LJ7A 3IN9A 1BXHA 4U2AA 4ZFUB 1FNYA 1W6NB 1TEIA 2JD4A 4IZEA 3DUIA 3M2MA 2VLCA 2R0HA 3OJBA 1QGLA 1AJOA 1F9KA 3IPVA 3AZXA 2D6PA 4PBOA 5JOYA 3AH1A 2WNEA 3V0AB 1JY0A 4M3CA 1OQLB 1J1TA 1HWOB 1FQ9A 3MALA 2ZQNA 1LHWA 2C9AA 4FPGA 5T5PA 3KMVA 1DQGA 3CNAA 1DBNA 2ZHNA 2ZABA 4XXPA 3M1HA 1V6OA 4F83A 4CRQA 4EB2B 2ZGMA 2UURA 4JAWA 4LBQD 1AJKA 3O12A 3ZYRA 4P9YA 4M01A 4IY9A 1U0AA 1RIRA 2ZGNA 5FZUA 4R9BA 1IOBA 2ZGTA 2A6YA 2DUPA 2UWAA 4I3NA 5FRAA 3VSZA 1P63A 5HPZA 1SBFA 2ZA9A 2D6MA 4BLJA 2VSEA 2ZQOA 4J2YA 4H9WA 1DHKB 4XKIA 3AP7A 2TEPA 3LLPA 4QKSA 4G6MA 5DUVA 3I2AA 4GWNA 1AVUA 1KRIA 4GALA 3PJQA 3IPVB 1S0BA 3UJQA 2ZGOA 4KEIA 1K5VA 4M3CB 2AXMA 3WO3A 2ZR1B 3PHZA 3NBEA 4AVTA 3RG0A 4PF5A 4I4QA 5BQUC 3WG3A 3BA7A 4LO3C 3Q7YA 1D2SA 1FATA 2WT2A 1MVEA 2MLLB 4I4XA 4AVSA 5JOWA 1Z78A 4HL0A 4FPJA 1FN0A 3OPZA 2FFUA 2ET2A 2Y9WC 3WINA 1JXNA 2EXKA 3WOGA 5FREA 4YG0A 4XJUA 3WMUA 3WVJA 1QU0A 2NMNA 4TZDA 4J2SA 2E4MC 1B09A 4F34A 1HWMB 4YM2A 4YGBA 1SZ6B 1GSLA 2FHRA 2HYKA 2NM1A 2OVUA 4DPNA 2F8XC 4OW4A 2AFGA 4QALA 4IZXA 3RRDA 4TLPA 3DGTA 1LGBA 1UKGA 2LTNA 3VWCA 3RQ0A 1F5FA 3AH2A 3FLPA 2VW1A 1WW5A 1JLXA 1BJQA 2VY0A 2ERFA 1PUMB 3H0OA 5KXCA 3VKFC 4FPHA 4QBCA 2A5ZA 5JDBA 4P0JA 1AVWB 4BPZA 4JKXB 1F31A 3IM7A 4XOGA 3N36A 3AH4A 5IK4A 4OUJA 5DUYA 8I1BA 1LEDA 3RTIB 3V79C 3A23A 4FPLA 3ZVXA 1N1YA 2GN3A 5D62A 1BARA 3BAUA 2CWSA 5DUUA 1G82A 3AZYA 2Y9FA 4YW5A 1QOSA 5GLZA 3UJOA 1T4QA 3AKGA 1AX1A 1N47A 1GKBA 1Q56A 2WBCA 2Z48A 1ISWA 2IHOA 1I3HA 3E8LC 3AKHA 2DVGA 5H9RA 2WRYA 3BAHA 1LOFA 1IOAA 3O3QA 1SACA 4G9NA 4RA0A 3FJ8A 4IQPA 3LSDA 2F2FC 2KI6B 4XXAA 3FBYA 5DG1A 3AP9A 1HDKA 1HWPB 5E88A 5FNWA 1QXMA 1TWMA 3ENRA 4LO2A 2LALA 1TIEA 5IUQA 3HN1A 1C4RA 4P14A 4Q1RA 3VKLA 4YFZA 2A3XA 1O4YA 3ZSLA 2QN4A 4TYSA 2HZ9A 4OEEA 2VH9A 5I1BA 4H55A 1J0SA 3F62B 2W08A 4FPOB 2LIEA 1DJSB 2YY1A 3FJFA 1YI7A 1JHNA 2DWRA 1Z0HA 4Q2FA 1IKPA 1QNWA 3NWKA 1BFGA 1YRZA 4GP3A 5BP5A 1DQOA 2ZMNA 5EG6C 2WSUA 1DZCA 1QQLA 2LIQA 1AZDA 2GMEA 2E6VA 1KQRA 1QNYA 4IONA 1CR7A 1APNA 1VALA 3N7JA 3AKFA 4FPKA 5DSSB 3A21A 1ULGA 3O4AA 2ZGQA 3H6SE 1OKQA 1ITBA 1JT4A 1QOTA 2VSAA 4XMAA 5F9TA 3HBWA 4LBKA 3BAGA 3WG4A 4DFSA 1N3OA 2X2SA 3P53A 4XMIA 5GZFA 3VT0A 3A22A 3B9CA 4XILA 3FGMA 4X37A 2D3PA 1V6NA 2HW9A 2DUOA 2ENRA 1PZ8A 2AYHA 3I8TA 1IS3A 4YM3A 4ISQA 1LOCA 2YZ4A 3QR5A 3T1MA 3O0WA 5T52A 4XTMA 5T54A 4I4UA 5IK7A 4XBLA 4LO0A 4DENA 4LBQB 3AJZA 3O49A 4UW3A 3RMXA 1C57A 3O4DA 4LO1A 2WSVA 4ZA3B 2Z49A 3H6RA 3R05A 1Q03A 1MVQA 3CRHA 1VAVA 3WDXA 3VKOA 3WDVA 5FZZA 2RG9B 3WO2A 3NBNA 4L4HA 2I2SA 2JKBA 3N7MA 3WMVA 3ASIA 3USUB 4KC3A 2FDBM 3TAYA 4FOWA 1S0GA 2D6OX 3AZWA 1HLCA 2D6LX 5DXDA 1TP0A 1N1VA 2A6VA 1V6WA 3ZC9A 3I4IA 3F1RA 2PHXA 4P9WA 2FGFA 3FJ9A 2GNTA 3CAHA 3M3QA 4YZ2A 4R9CA 1IRAX 2CTVA 2KKIA 2ZGPA 1UAIA 1DZQA 4XJ8A 4K20A 4LBNA 1LOEA 2ZGSA 2OUJA 1HKDA 3BA4A 4I4PA 1MR5A 4WZFA 3R4UA 2NZ9A 1YIFA 4IY8A 5BYNA 2DVDA 2ZGLA 3IM0A 2MC2A 3H6RB 3AP6A 2EALA 1Q8VA 2GNBA 3S8KA 4I4RA 3WUDA 4X38A 1V6LA 5GLUA 3U4XA 2L5XA 3BOPA 3OY8B 4YFWA 3OJVA 5DZUA 4JP0A 3SLIA 4XFUA 7I1BA 4AGRA 3Q7WA 9ILBA 1ISYA 1CONA 3Q7XA 5GZGA 1CQ9A 1LTEA 3RTJB 2ZAAA 2YUGA 4A7YA 3SISA 3C2UA 3AZVA 2D23A 4YGDA 1V6MA 2GN7A 1IILA 4JC1A 3UD8A 5H9QA 1QDOA 1YTOA 4XIOA 1JYCA 4DS0A 1BFBA 1ULFA 3O4BA 5HCFA 3POYA 3VV1A 3IMNA 2YMZA 1MS9A 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chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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