The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
102
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sequence length |
351
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structure length |
351
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Chain Sequence |
EKGFEAGDNKLGGALNAKHVEKYGDNFKNGMHKPEFHEDGLHKPMEVGGKKFESGFHYLLECHELGGKNASGGYGGPLCEDPYGSEVQAMTEKLLKEADSDRTLCFNNFQDPCPQLTKEQVAMCKGFDYGDKTLKLPCGPLPWPAGLPEPGYVPKTNPLHGRWITVSGGQAAFIKEAIKSGMLGAAEANKIVADTDHHQTGGMYLRINQFGDVCTVDASVAKFARAKRTWKSGHYFYEPLVSGGNLLGVWVLPEEYRKIGFFWEMESGRCFRIERRAFPVGPYTFMRQATEVGGKISFVFYVKVSNDPESDPIPLQSRDYTALAGRDNAPTNLGKPYPTLAKDLDYPKKRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a pH-regulated luciferase catalyzing the bioluminescent oxidation of an open tetrapyrrole
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Luminescent protein
|
| source organism |
Lingulodinium polyedrum
|
| molecule keywords |
luciferase
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| total genus |
102
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| structure length |
351
|
| sequence length |
351
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| ec nomenclature |
ec
1.13.12.18: Dinoflagellate luciferase. |
| pdb deposition date | 2004-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF10284 | Luciferase_3H | Luciferase helical bundle domain |
| A | PF10285 | Luciferase_cat | Luciferase catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Luminescent protein fold | Dinoflagellate luciferase | ||
| Few Secondary Structures | Irregular | Dinoflagellate luciferase repeat | Dinoflagellate luciferase repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5D45 A; 4K19 A; 1ML7 A; 4YGZ A; 1QQS A; 2L5P A; 3RSW A; 2XKL A; 4YMY A; 3KFF A; 1SA8 A; 4OS3 A; 5LKF A; 2GTF X; 4HPB A; 4ARH A; 3FW4 A; 3STM X; 2RCT A; 1QAB E; 4BQU A; 1Z24 A; 1EXS A; 1MDC A; 2NND A; 5IO5 A; 1S7D A; 2MM3 A; 3WBG A; 5D4A A; 1B8E A; 2AKQ A; 3FA9 A; 3P6F A; 1URE A; 3FIQ A; 2Q2P A; 4GNY A; 2A2G A; 1T68 X; 4YGG A; 5LJH A; 1E00 A; 2Q2M A; 5D47 A; 3D96 A; 1RLB E; 2Q9S A; 2QOS C; 1ERB A; 2NNQ A; 2IFB A; 4IMN A; 3UEV A; 3CBC A; 4D6B A; 1G5W A; 2A3F X; 3BX7 A; 1JYD A; 3NPO A; 4ZHH A; 4GE1 A; 1ZNL A; 5LJG A; 3ZUO A; 4QGX A; 2NNE A; 1LF7 A; 1ICN A; 4AYH A; 2ANS A; 2FTB A; 1AB0 A; 4IBA A; 2QM9 A; 4M6S A; 4R0B A; 5AQ6 A; 4ZJ0 A; 2LBA A; 1JZU A; 3K3L A; 1ZNH A; 2P8G A; 1T0V A; 3ZQ3 A; 4TKJ A; 3TZS A; 1AQB A; 1MVG A; 4YDB A; 5EPQ A; 1BBP A; 3APV A; 3WVM A; 3HWD A; 2G78 A; 4UU2 A; 1GX8 A; 5DG4 A; 4XMH A; 1B56 A; 4ODD A; 1VYG A; 4XMD A; 3FEL A; 1GT4 A; 4IB9 A; 1LIB A; 1ZND A; 2WQ9 A; 2E4J A; 1EPA A; 3WJG A; 3BSZ E; 4NLI A; 1KT6 A; 4ES7 A; 1TW4 A; 2FR3 A; 5CE4 A; 3APW A; 3AKN A; 1HBQ A; 1HN2 A; 1KGL A; 3FR4 A; 5HA0 A; 1I04 A; 4QZU A; 4ORR A; 3S26 A; 5LJC A; 3KZA A; 4TLJ A; 2ACP X; 1LID A; 3P6E A; 1GKA A; 1CRB A; 3HK1 A; 4IB7 A; 3U0D A; 4YCH A; 3B2I A; 1OBU A; 4UU3 A; 2L9C A; 4NNS A; 4QGW A; 3CMP A; 3NAD A; 1ACD A; 4N7D A; 3SAO A; 4ZR2 A; 2OVA A; 1I4U A; 2X45 A; 4WFV A; 5EZ2 A; 4I9S A; 4ZHC A; 4AZQ A; 3F8A A; 2WEX A; 3BLG A; 3GAQ A; 2A0A A; 1YWB A; 4XMF A; 3B2H A; 1MX8 A; 3JSQ A; 2MJI A; 3KFH A; 3O22 A; 2OFR X; 1LNM A; 2RA6 A; 1KT7 A; 3TGC A; 4XME A; 2NP1 A; 1U17 A; 4ZGU A; 1BRP A; 5HWZ A; 2JU7 A; 1KXO A; 2HMB A; 1A57 A; 4IAW A; 1NP1 A; 2CBR A; 5F1E A; 1GXA A; 1QG5 A; 3FA8 A; 3CBS A; 1HMR A; 2ACO A; 2JN3 A; 2GC9 A; 5HZ5 A; 5H9L A; 2FRS A; 5F58 A; 5HZ6 A; 1X8U A; 2JOZ A; 2K62 A; 1X8Q A; 4N7C A; 2CM9 A; 3TGB A; 1GT3 A; 2AMM X; 3DSZ A; 3AKM A; 4EFG A; 1O8V A; 1OBQ A; 2QO6 A; 3FA7 A; 4AW8 A; 3O2Y A; 1PMP A; 4HPA A; 4Y0R A; 2CBS A; 3NQ9 A; 4LZV A; 5HCC C; 1YWA A; 3B2L A; 4HPC A; 4AZN A; 3Q6L A; 4TNN A; 2XST A; 2FS6 A; 4KII A; 1EUO A; 1P6P A; 2A13 A; 3JS1 A; 4PSQ A; 4D6A A; 3NX1 A; 4YBU A; 1SY1 A; 4GH7 A; 3FEP A; 3IFB A; 1EQD A; 3PH6 A; 1B4M A; 1DC9 A; 1EW3 A; 1IKJ A; 4Y0Q A; 3APX A; 3BRN A; 4QAE A; 1NGL A; 5C0N A; 4NYR A; 4ZHF A; 1IFC A; 1U0X A; 1BEB A; 4MVI A; 3RZY A; 3HWF A; 1ZNG A; 3C76 X; 2R56 A; 3WJE A; 2WR6 A; 1EAL A; 1YUP A; 2ASN X; 4Y0P A; 4ZFX A; 1DFV A; 4HFO A; 4AZP A; 3CR6 A; 5F7G A; 5HBS A; 3CWK A; 1OEJ A; 2LB6 A; 5KHP A; 3UEW A; 3F9D A; 4YH0 A; 1E02 A; 4YGH A; 1VPR A; 5KID A; 1X71 A; 3D95 A; 5HZ8 A; 3NR3 A; 5JR8 A; 1ZNK A; 4ORU A; 4DQ4 A; 4O9S A; 1S2P A; 5IO7 A; 1PM1 X; 1GT5 A; 2JU8 A; 4YFQ A; 2FS7 A; 2LBV A; 5HTE A; 3WJD A; 3PP6 A; 1IFB A; 1T8V A; 1TVQ A; 2LFO A; 2KT4 B; 4ZHD A; 4I3D A; 3WJB A; 4DQ3 A; 1X8P A; 3HWE A; 3FLL A; 1QWD A; 1FDQ A; 3PED A; 1YWC A; 1IIU A; 3STN A; 4I3C A; 3VG3 A; 1N0S A; 3C78 X; 3STK A; 3QKG A; 1BSY A; 4ORW A; 1GT1 A; 3EBK A; 4RUU A; 4NYQ A; 4YKM A; 1ERX A; 5HCD C; 5HTD A; 1L6M A; 1H91 A; 2CM4 A; 3PH5 A; 2RCQ A; 5LJD A; 1SXU A; 3BDR A; 1AVG I; 1FEM A; 4YDA A; 3VG4 A; 1ALB A; 3ZUI A; 3CQN A; 1OBP A; 2LKK A; 4GKC A; 4OS0 A; 2EU7 X; 2O62 A; 1CBQ A; 2N93 A; 4QYP A; 1LPJ A; 3TF6 A; 5FAZ A; 4IAX A; 1BM5 A; 1BSO A; 5EED A; 4YBP A; 4AZO A; 2HLV A; 4ALB A; 1KQW A; 2R73 A; 2OVE A; 4XMG A; 4A1Y A; 2AT8 X; 4M7M A; 4ORY A; 5B29 A; 4XMC A; 1YP6 A; 4A60 A; 1A3Y A; 1DV9 A; 3BU1 A; 1YWD A; 3IA8 A; 4AZR A; 5EDC A; 3FR5 A; 1FTP A; 3NQ3 A; 5BVT A; 3P6D A; 1X89 A; 1BJ7 A; 1ZNE A; 1ICM A; 5D8J A; 1TXL A; 1MX7 A; 2RQ0 A; 4GET A; 4ALO A; 4TKB A; 1KT4 A; 1OPB A; 2CZT A; 3B2J A; 5L8N A; 3EBW A; 3EMM A; 1JV4 A; 3P6H A; 1OEE A; 1X8N A; 3C77 X; 3FA6 A; 4ZH6 A; 5HZQ A; 4YFR A; 1TOU A; 2AT6 X; 2PY1 A; 5B27 A; 5K06 A; 3PPT A; 2ALL X; 1GGL A; 2CZU A; 1EIO A; 4EDE A; 1HQP A; 4BVM A; 4NNT A; 3WJC A; 3KQ0 A; 4QGV A; 2FWV A; 4OMX A; 2GJ5 A; 4NP1 A; 4ORS A; 4RUN A; 1GKA B; 1HBP A; 1NP4 A; 1SXY A; 1FE3 A; 4I3B A; 4A8Z A; 4LKT A; 1OPA A; 1CBI A; 2QO4 A; 4LZU A; 4WFU A; 1DZJ A; 1LIE A; 1XCA A; 3BU9 A; 5EEE A; 5DPQ A; 1TOW A; 1FEL A; 4A1H A; 5L8O A; 1HMS A; 1QFT A; 2WUT A; 1G7N A; 1S44 A; 3HWG A; 4OS8 A; 4Y0S A; 5H9A A; 5LJE A; 2W2A A; 2Q4N A; 1BWY A; 1JYJ A; 2KTD A; 1QY2 A; 3FMZ A; 1D3S A; 2AH7 X; 5HAE A; 1SY0 A; 2G79 A; 4TJZ A; 1O1V A; 2OZQ A; 2AT3 X; 1DF3 A; 3FEN A; 2MO5 A; 4YKO A; 1D2U A; 2FLJ A; 5L8I A; 1E5P A; 1G74 A; 4TKH A; 4BOE A; 1DZP A; 2HNX A; 1SXW A; 2Q39 A; 3T1D A; 2QO5 A; 3BS2 A; 3DTQ A; 1YP7 A; 1JJJ A; 3EM0 A; 4YCE A; 5KIC A; 4NLJ A; 1BRQ A; 5LKE A; 1KZW A; 3WXQ A; 4ORX A; 4YFP A; 3BX8 A; 4QYN A; 1RBP A; 1ADL A; 2L68 A; 3KFI A; 1O1U A; 3NP1 A; 1SY2 A; 4IB8 A; 4MVK A; 4GNW A; 1CBS A; 2X46 A; 3O19 A; 2AT0 X; 1KT3 A; 5HZ9 A; 5D48 A; 4ZH9 A; 1X8O A; 2A2U A; 4I9R A; 1GX9 A; 4ZCB A; 2DM5 A; 2FR2 A; 1UZ2 X; 2OVD A; 3I17 A; 4IMO A; 2OFM X; 3PEC A; 3VG5 A; 2L67 A; 2BLG A; 3ELX A; 4HPD A; 5LJB A; 1LIC A; 1LFO A; 1IKE A; 1SXX A; 4TQ2 A; 1JJX A; 2G7B A; 1KZX A; 5F6Z A; 2FT9 A; 1KT5 A; 1I06 A; 1VYF A; 1OEK A; 3U9P C; 3BY0 A; 1KQX A; 2AT5 X; 4WBK A; 5HA1 A; 3P6C A; 3TGA A; 1CBR A; 1LIF A; 1MUP A; 3FEK A; 3FR2 A; 3NX2 A; 4LKP A; 2R74 A; 2POA A; 4QZT A; 1QFV A; 5H9K A; 4ZHG A; 1CJ5 A; 3MBT A; 2JU3 A; 1DZK A; 1AEL A; 1A18 A; 3D97 A; 2W2B A; 2WEW A; 3B2K A; 2W2F A; 5EDB A; 5H9N A; 2RD7 C; 3MVF A; 1PEE A; 3EYC A; 3G7X A; 1BLR A; 1EII A; 1XKI A; 1G85 A; 2F73 A; 4GRJ A; 1ZRY A; 1A2D A; 3VG6 A; 5HCE C; 1QY1 A; 1KOI A; 2WQA E; 1B0O A; 2WWP A; 5BVQ A; 3UEU A; 1HMT A; 4EEJ A; 2YG2 A; 3L4R A; 3OJY C; 3CQR A; 1IW2 A; 3U03 A; 5FFH A; 2HZQ A; 3FW5 A; 5F6B A; 1BSQ A; 4IB6 A; 4AZM A; 1SY3 A; 3KFG A; 5FEN A; 4EXZ A; 1EPB A; 1JBH A; 3I0A A; 1E06 A; 1LKE A; 2HYS A; 1GM6 A; 4MVL A; 5BVS A; 2AL0 X; 1YIV A; 5H8T A; 1DZM A; 3APU A; 4CK4 A; 1U18 A; 3VG7 A; 3VG2 A; 3WJF A; 5LJK A; 1I05 A; 5IO6 A; 1PBO A; 2HZR A; 1FEN A; 1QY0 A; 1R0U A; 3P6G A; 3UEX A; 2WSJ A; 4OMW A; 3ELZ A; 2K23 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3T6L A; 5D45 A; 4K19 A; 4O4U A; 1ML7 A; 4YGZ A; 1QQS A; 3OBL A; 2BS6 A; 2L5P A; 3RSW A; 2XKL A; 1SWB A; 4YMY A; 4ID2 A; 3LV4 A; 3KFF A; 4BX6 B; 1N9M A; 1SA8 A; 3MM0 A; 4OS3 A; 5B2A O; 5LKF A; 2RN4 A; 3EC5 A; 2GTF X; 3WOV A; 5IXG A; 4HPB A; 4ARH A; 3FW4 A; 4ON1 A; 3STM X; 2RCT A; 1QAB E; 4BQU A; 1Z24 A; 2OFA A; 3FDC A; 1EXS A; 1MDC A; 2NND A; 3RDM A; 5IO5 A; 1VWO B; 1VWM B; 2IZK A; 1S7D A; 2KD2 A; 3FYF A; 4PJ2 A; 2MM3 A; 1VWA B; 5D4A A; 3WBG A; 1B8E A; 1SWU A; 2AKQ A; 2X56 A; 2BC3 A; 3T2X A; 3FA9 A; 3P6F A; 1URE A; 3ZW2 A; 5AJB A; 3FIQ A; 2Q2P A; 4GNY A; 2A2G A; 4OEM A; 1T68 X; 2RTA A; 1Y55 X; 4YGG A; 3VHM A; 5LJH A; 1E00 A; 2Q2M A; 2RTQ B; 5D47 A; 5IRU A; 3WYP A; 2RTN B; 3D96 A; 1RLB E; 2DJF A; 2Q9S A; 2QOS C; 1ERB A; 2NNQ A; 2IFB A; 4IMN A; 3UEV A; 3CBC A; 2VFB A; 4BX7 B; 4D6B A; 1G5W A; 2A3F X; 4KH8 A; 3BX7 A; 3WZQ A; 2AF5 A; 1JYD A; 3NPO A; 3SOT A; 3SZI A; 4ZHH A; 4GE1 A; 1Y52 X; 1VYO A; 1ZNL A; 4O4S A; 5LJG A; 3ZUO A; 3GE2 A; 2NNE A; 1LF7 A; 4QGX A; 1VWC B; 3T6F A; 1ICN A; 4ML7 B; 4AYH A; 1SWN A; 4GGT A; 2ANS A; 2FTB A; 5CYB A; 1AB0 A; 4IBA A; 2QM9 A; 4M6S A; 4R0B A; 5AQ6 A; 4ZJ0 A; 2LBA A; 1JZU A; 3K3L A; 1ZNH A; 2P8G A; 1T0V A; 3ZQ3 A; 1VWP B; 4TKJ A; 3TZS A; 1AQB A; 1MVG A; 4YDB A; 3MG5 A; 4HWM A; 5EPQ A; 2JMB A; 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