1VQ6L

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 28
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq6L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vq6L01
3CC2L 3CXCN 1W2BN 3CMAL 3CC7L 2QEXL 1KD1P 1VQ4O 3CCVO 1VQPO 1YHQL 1K73M 1YJWO 1K9MP 1VQOO 3CCUL 3I55O 1QVFK 1Q82M 1VQNL 1VQ4L 1K9MM 3CCVL 3CMAO 1VQPL 1N8RP 3CCMO 1VQ6O 1YJ9O 1M90M 1YJWL 1VQOL 1QVFN 1N8RM 1S72O 3I55L 3CCUO 1K73P 1VQNO 3CCML 1VQMO 1VQ6L 1YJ9L 3CC4L 1Q82P 3CCSO 3CCLL 3OW2K 1VQ7O 1S72L 2OTLO 1VQKO 1M90P 3CCQL 2OTJL 1VQML 3CD6O 3OW2N 1NJIP 3CCSL 3G71L 1VQ9L 1VQ7L 3CC4O 1M1KM 3CCLO 2OTLL 2QA4O 1VQKL 1NJIM 3CCEO 3CPWK 3CD6L 3CCQO 2OTJO 1Q7YP 3CMEO 3CCRO 3G71O 2QA4L 1VQ9O 3CPWN 3G6EL 1Q7YM 3CCEL 1K8AP 1M1KP 3I56L 1VQLL 1YI2O 3CMEL 3CCRL 1VQ5O 1YJNO 1K8AM 1Q81P 1YITO 1Q86M 3G4SO 3G6EO 1KQSK 1Q81M 1YI2L 3I56O 1VQLO 1JJ2K 1YIJO 3CCJL 1KD1M 1VQ5L 1VQ8O 1YJNL 1QVGK 1KC8P 3CC2O 1KQSN 1YITL 3G4SL 3CC7O 2QEXO 3CXCK 1W2BK 1JJ2N 1KC8M 1YHQO 1QVGN 1YIJL 1VQ8L 1Q86P 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CC2L 3CXCN 1W2BN 3CMAL 3CC7L 2QEXL 1KD1P 1VQ4O 3CCVO 1VQPO 1YHQL 4QDLA 5DQTA 5FCLA 1K73M 1YJWO 1K9MP 1VQOO 3CCUL 3I55O 1QVFK 1Q82M 1VQNL 5DS4A 1VQ4L 4N06A 3CCVL 1K9MM 3CMAO 1VQPL 1N8RP 3CCMO 1VQ6O 1YJ9O 1M90M 1YJWL 1VQOL 1QVFN 1N8RM 1S72O 4P6IC 3I55L 3CCUO 1K73P 1VQNO 3CCML 1VQMO 1VQ6L 1YJ9L 3CC4L 1Q82P 3CCSO 3CCLL 3OW2K 1VQ7O 1S72L 4XTKA 2OTLO 1VQKO 1M90P 3CCQL 2OTJL 1VQML 3CD6O 3OW2N 5DQZA 1NJIP 5DS5A 3CCSL 3G71L 1VQ9L 1VQ7L 3CC4O 1M1KM 3CCLO 2OTLL 2QA4O 1VQKL 1NJIM 2YZSA 3CCEO 5DLJA 3CPWK 3CD6L 3CCQO 2OTJO 3NKDA 1Q7YP 3CMEO 3CCRO 4WJ0A 3G71O 2QA4L 1VQ9O 3GODA 3CPWN 3G6EL 1Q7YM 3CCEL 1K8AP 1M1KP 3I56L 1VQLL 4W8KA 1YI2O 3CMEL 3CCRL 1VQ5O 1YJNO 1K8AM 1Q81P 1YITO 1Q86M 3G4SO 3G6EO 1KQSK 1Q81M 1YI2L 3I56O 1VQLO 1JJ2K 1YIJO 3CCJL 1KD1M 1VQ5L 1VQ8O 1YJNL 1QVGK 1KC8P 3CC2O 1KQSN 1YITL 5DS6A 3G4SL 3CC7O 2QEXO 3CXCK 1W2BK 1JJ2N 1KC8M 1YHQO 1QVGN 1YIJL 1VQ8L 1Q86P 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH topology
3CC2L 3CXCN 1W2BN 3CMAL 3CC7L 2QEXL 1KD1P 1VQ4O 3CCVO 1VQPO 1YHQL 4QDLA 5DQTA 5FCLA 1K73M 1YJWO 1K9MP 1VQOO 3CCUL 3I55O 1QVFK 1Q82M 1VQNL 5DS4A 1VQ4L 4N06A 3CCVL 1K9MM 3CMAO 1VQPL 1N8RP 3CCMO 1VQ6O 1YJ9O 1M90M 1YJWL 1VQOL 1QVFN 1N8RM 1S72O 4P6IC 3I55L 3CCUO 1K73P 1VQNO 3CCML 1VQMO 1VQ6L 1YJ9L 3CC4L 1Q82P 3CCSO 3CCLL 3OW2K 1VQ7O 1S72L 4XTKA 2OTLO 1VQKO 1M90P 3CCQL 2OTJL 1VQML 3CD6O 3OW2N 5DQZA 1NJIP 5DS5A 3CCSL 3G71L 1VQ9L 1VQ7L 3CC4O 1M1KM 3CCLO 2OTLL 2QA4O 1VQKL 1NJIM 2YZSA 3CCEO 5DLJA 3CPWK 3CD6L 3CCQO 2OTJO 3NKDA 1Q7YP 3CMEO 3CCRO 4WJ0A 3G71O 2QA4L 1VQ9O 3GODA 3CPWN 3G6EL 1Q7YM 3CCEL 1K8AP 1M1KP 3I56L 1VQLL 4W8KA 1YI2O 3CMEL 3CCRL 1VQ5O 1YJNO 1K8AM 1Q81P 1YITO 1Q86M 3G4SO 3G6EO 1KQSK 1Q81M 1YI2L 3I56O 1VQLO 1JJ2K 1YIJO 3CCJL 1KD1M 1VQ5L 1VQ8O 1YJNL 1QVGK 1KC8P 3CC2O 1KQSN 1YITL 5DS6A 3G4SL 3CC7O 2QEXO 3CXCK 1W2BK 1JJ2N 1KC8M 1YHQO 1QVGN 1YIJL 1VQ8L 1Q86P 3CCJO
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CC2 L;  3CXC N;  1W2B N;  3CMA L;  3CC7 L;  2QEX L;  1KD1 P;  1VQ4 O;  3CCV O;  1VQP O;  1YHQ L;  1K73 M;  1YJW O;  1K9M P;  1VQO O;  3CCU L;  3I55 O;  1QVF K;  1Q82 M;  1VQN L;  1VQ4 L;  1K9M M;  3CCV L;  3CMA O;  1VQP L;  1N8R P;  3CCM O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  1M90 M;  1YJW L;  1VQO L;  1QVF N;  1N8R M;  1S72 O;  3I55 L;  3CCU O;  1K73 P;  1VQN O;  3CCM L;  1VQM O;  1VQ6 L;  1YJ9 L;  3CC4 L;  1Q82 P;  3CCS O;  3CCL L;  3OW2 K;  1VQ7 O;  1S72 L;  2OTL O;  1VQK O;  1M90 P;  3CCQ L;  2OTJ L;  1VQM L;  3CD6 O;  3OW2 N;  1NJI P;  3CCS L;  3G71 L;  1VQ9 L;  1VQ7 L;  3CC4 O;  1M1K M;  3CCL O;  2OTL L;  2QA4 O;  1VQK L;  1NJI M;  3CCE O;  3CPW K;  3CD6 L;  3CCQ O;  2OTJ O;  1Q7Y P;  3CME O;  3CCR O;  3G71 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3CPW N;  3G6E L;  1Q7Y M;  3CCE L;  1K8A P;  1M1K P;  3I56 L;  1VQL L;  1YI2 O;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 O;  1YJN O;  1K8A M;  1Q81 P;  1YIT O;  1Q86 M;  3G4S O;  3G6E O;  1KQS K;  1Q81 M;  1YI2 L;  3I56 O;  1VQL O;  1JJ2 K;  1YIJ O;  3CCJ L;  1KD1 M;  1VQ5 L;  1VQ8 O;  1YJN L;  1QVG K;  1KC8 P;  3CC2 O;  1KQS N;  1YIT L;  3G4S L;  3CC7 O;  2QEX O;  3CXC K;  1W2B K;  1JJ2 N;  1KC8 M;  1YHQ O;  1QVG N;  1YIJ L;  1VQ8 L;  1Q86 P;  3CCJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CC2 L;  3CXC N;  1W2B N;  3CMA L;  3CC7 L;  2QEX L;  1KD1 P;  1VQ4 O;  3CCV O;  1VQP O;  1YHQ L;  4QDL A;  5DQT A;  5FCL A;  1K73 M;  1YJW O;  1K9M P;  1VQO O;  3CCU L;  3I55 O;  1QVF K;  1Q82 M;  1VQN L;  5DS4 A;  1VQ4 L;  4N06 A;  3CCV L;  1K9M M;  3CMA O;  1VQP L;  1N8R P;  3CCM O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  1M90 M;  1YJW L;  1VQO L;  1QVF N;  1N8R M;  1S72 O;  4P6I C;  3I55 L;  3CCU O;  1K73 P;  1VQN O;  3CCM L;  1VQM O;  1VQ6 L;  1YJ9 L;  3CC4 L;  1Q82 P;  3CCS O;  3CCL L;  3OW2 K;  1VQ7 O;  1S72 L;  4XTK A;  2OTL O;  1VQK O;  1M90 P;  3CCQ L;  2OTJ L;  1VQM L;  3CD6 O;  3OW2 N;  5DQZ A;  1NJI P;  5DS5 A;  3CCS L;  3G71 L;  1VQ9 L;  1VQ7 L;  3CC4 O;  1M1K M;  3CCL O;  2OTL L;  2QA4 O;  1VQK L;  1NJI M;  2YZS A;  3CCE O;  5DLJ A;  3CPW K;  3CD6 L;  3CCQ O;  2OTJ O;  3NKD A;  1Q7Y P;  3CME O;  3CCR O;  4WJ0 A;  3G71 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3GOD A;  3CPW N;  3G6E L;  1Q7Y M;  3CCE L;  1K8A P;  1M1K P;  3I56 L;  1VQL L;  4W8K A;  1YI2 O;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 O;  1YJN O;  1K8A M;  1Q81 P;  1YIT O;  1Q86 M;  3G4S O;  3G6E O;  1KQS K;  1Q81 M;  1YI2 L;  3I56 O;  1VQL O;  1JJ2 K;  1YIJ O;  3CCJ L;  1KD1 M;  1VQ5 L;  1VQ8 O;  1YJN L;  1QVG K;  1KC8 P;  3CC2 O;  1KQS N;  1YIT L;  5DS6 A;  3G4S L;  3CC7 O;  2QEX O;  3CXC K;  1W2B K;  1JJ2 N;  1KC8 M;  1YHQ O;  1QVG N;  1YIJ L;  1VQ8 L;  1Q86 P;  3CCJ O; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CC2 L;  3CXC N;  1W2B N;  3CMA L;  3CC7 L;  2QEX L;  1KD1 P;  1VQ4 O;  3CCV O;  1VQP O;  1YHQ L;  4QDL A;  5DQT A;  5FCL A;  1K73 M;  1YJW O;  1K9M P;  1VQO O;  3CCU L;  3I55 O;  1QVF K;  1Q82 M;  1VQN L;  5DS4 A;  1VQ4 L;  4N06 A;  3CCV L;  1K9M M;  3CMA O;  1VQP L;  1N8R P;  3CCM O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  1M90 M;  1YJW L;  1VQO L;  1QVF N;  1N8R M;  1S72 O;  4P6I C;  3I55 L;  3CCU O;  1K73 P;  1VQN O;  3CCM L;  1VQM O;  1VQ6 L;  1YJ9 L;  3CC4 L;  1Q82 P;  3CCS O;  3CCL L;  3OW2 K;  1VQ7 O;  1S72 L;  4XTK A;  2OTL O;  1VQK O;  1M90 P;  3CCQ L;  2OTJ L;  1VQM L;  3CD6 O;  3OW2 N;  5DQZ A;  1NJI P;  5DS5 A;  3CCS L;  3G71 L;  1VQ9 L;  1VQ7 L;  3CC4 O;  1M1K M;  3CCL O;  2OTL L;  2QA4 O;  1VQK L;  1NJI M;  2YZS A;  3CCE O;  5DLJ A;  3CPW K;  3CD6 L;  3CCQ O;  2OTJ O;  3NKD A;  1Q7Y P;  3CME O;  3CCR O;  4WJ0 A;  3G71 O;  2QA4 L;  1VQ9 O;  3GOD A;  3CPW N;  3G6E L;  1Q7Y M;  3CCE L;  1K8A P;  1M1K P;  3I56 L;  1VQL L;  4W8K A;  1YI2 O;  3CME L;  3CCR L;  1VQ5 O;  1YJN O;  1K8A M;  1Q81 P;  1YIT O;  1Q86 M;  3G4S O;  3G6E O;  1KQS K;  1Q81 M;  1YI2 L;  3I56 O;  1VQL O;  1JJ2 K;  1YIJ O;  3CCJ L;  1KD1 M;  1VQ5 L;  1VQ8 O;  1YJN L;  1QVG K;  1KC8 P;  3CC2 O;  1KQS N;  1YIT L;  5DS6 A;  3G4S L;  3CC7 O;  2QEX O;  3CXC K;  1W2B K;  1JJ2 N;  1KC8 M;  1YHQ O;  1QVG N;  1YIJ L;  1VQ8 L;  1Q86 P;  3CCJ O; 
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