1VQ6O

The structure of c-hpmn and cca-phe-cap-bio bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 33
Loading diagram...

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
33
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKTNPRLSSLIADLKSAARSSGGAVWGDVAERLEKPRRTHAEVNLGRIERYAQEDETVVVPGKVLGSGVLQKDVTVAAVDFSGTAETKIDQVGEAVSLEQAIENNPEGSHVRVIR
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb
total genus 33
structure length 115
sequence length 115
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
O PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq6O00
3CCQO 1Q7YM 1JJ2K 1VQPL 1YJ9O 1KC8P 3CC2O 1NJIM 3CPWK 3CCML 3CD6L 1VQNL 3I55O 2OTJO 3CCJO 3CCUL 3OW2N 1VQ5O 1VQMO 3G6EO 2QA4L 1M90P 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 1VQKO 3CCLL 1N8RP 1KD1M 1Q81M 1M1KP 1YJWL 1VQ6L 1VQ7L 1S72L 3G71L 3OW2K 3CMAO 1YITO 3CC7O 1K73P 1K9MM 2QEXL 1VQ9O 3CCVL 1YJNO 1Q82M 3CMEL 1W2BN 1YHQL 3CC4L 1VQPO 3CCRL 1Q7YP 3CCJL 1VQ4L 3CCMO 1VQNO 1VQOO 1NJIP 1VQLL 1W2BK 3G4SL 3CCUO 3I56L 2OTLL 3CCEL 1YIJL 3CXCN 2QA4O 1Q82P 3CMAL 1YI2O 3CCQL 3CCSO 1VQ8O 3CCLO 1KC8M 1YJWO 1VQ6O 1K8AP 1YJ9L 1S72O 1KD1P 3CC2L 3G71O 1Q81P 1QVFN 1KQSN 3CXCK 3I55L 2OTJL 1M90M 2QEXO 1N8RM 1Q86M 1VQ5L 1VQML 3G6EL 1K9MP 1M1KM 3CD6O 1VQKL 3CCVO 1QVFK 1KQSK 1QVGN 3CMEO 1YHQO 1K73M 1VQOL 3CC4O 1YITL 3CC7L 3CCRO 1VQ4O 1VQ7O 1JJ2N 1QVGK 3CCSL 1VQLO 1Q86P 3G4SO 3CPWN 3I56O 2OTLO 3CCEO 1YIJO 1VQ9L 1YJNL
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CCQO 1Q7YM 2YZSA 1JJ2K 1VQPL 1YJ9O 5DS5A 1KC8P 5DS4A 3CC2O 1NJIM 3CPWK 3CCML 3CD6L 1VQNL 3I55O 2OTJO 3CCJO 3CCUL 3OW2N 1VQ5O 1VQMO 3G6EO 2QA4L 1M90P 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 1VQKO 3NKDA 3CCLL 1N8RP 4XTKA 1KD1M 1Q81M 1M1KP 1YJWL 1VQ6L 1VQ7L 1S72L 3G71L 3OW2K 3CMAO 1YITO 3CC7O 5DQTA 1K73P 3GODA 1K9MM 5DS6A 5DQZA 2QEXL 5FCLA 1VQ9O 3CCVL 1YJNO 1Q82M 3CMEL 1W2BN 1YHQL 4WJ0A 3CC4L 1VQPO 3CCRL 1Q7YP 3CCJL 1VQ4L 3CCMO 1VQNO 1VQOO 1NJIP 1VQLL 4W8KA 1W2BK 3G4SL 3CCUO 3I56L 2OTLL 3CCEL 1YIJL 3CXCN 2QA4O 1Q82P 3CMAL 1YI2O 3CCQL 5DLJA 3CCSO 1VQ8O 3CCLO 1KC8M 1YJWO 1VQ6O 1K8AP 1YJ9L 1S72O 1KD1P 3CC2L 3G71O 1Q81P 1QVFN 1KQSN 3CXCK 3I55L 2OTJL 1M90M 2QEXO 1N8RM 1Q86M 1VQ5L 1VQML 3G6EL 1K9MP 1M1KM 3CD6O 1VQKL 3CCVO 1QVFK 1KQSK 1QVGN 3CMEO 4N06A 1YHQO 1K73M 4P6IC 1VQOL 3CC4O 1YITL 3CC7L 3CCRO 1VQ4O 1VQ7O 1JJ2N 1QVGK 3CCSL 1VQLO 1Q86P 3G4SO 3CPWN 3I56O 2OTLO 3CCEO 1YIJO 1VQ9L 1YJNL 4QDLA
chains in the Genus database with same CATH topology
3CCQO 1Q7YM 2YZSA 1JJ2K 1VQPL 1YJ9O 5DS5A 1KC8P 5DS4A 3CC2O 1NJIM 3CPWK 3CCML 3CD6L 1VQNL 3I55O 2OTJO 3CCJO 3CCUL 3OW2N 1VQ5O 1VQMO 3G6EO 2QA4L 1M90P 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 1VQKO 3NKDA 3CCLL 1N8RP 4XTKA 1KD1M 1Q81M 1M1KP 1YJWL 1VQ6L 1VQ7L 1S72L 3G71L 3OW2K 3CMAO 1YITO 3CC7O 5DQTA 1K73P 3GODA 1K9MM 5DS6A 5DQZA 2QEXL 5FCLA 1VQ9O 3CCVL 1YJNO 1Q82M 3CMEL 1W2BN 1YHQL 4WJ0A 3CC4L 1VQPO 3CCRL 1Q7YP 3CCJL 1VQ4L 3CCMO 1VQNO 1VQOO 1NJIP 1VQLL 4W8KA 1W2BK 3G4SL 3CCUO 3I56L 2OTLL 3CCEL 1YIJL 3CXCN 2QA4O 1Q82P 3CMAL 1YI2O 3CCQL 5DLJA 3CCSO 1VQ8O 3CCLO 1KC8M 1YJWO 1VQ6O 1K8AP 1YJ9L 1S72O 1KD1P 3CC2L 3G71O 1Q81P 1QVFN 1KQSN 3CXCK 3I55L 2OTJL 1M90M 2QEXO 1N8RM 1Q86M 1VQ5L 1VQML 3G6EL 1K9MP 1M1KM 3CD6O 1VQKL 3CCVO 1QVFK 1KQSK 1QVGN 3CMEO 4N06A 1YHQO 1K73M 4P6IC 1VQOL 3CC4O 1YITL 3CC7L 3CCRO 1VQ4O 1VQ7O 1JJ2N 1QVGK 3CCSL 1VQLO 1Q86P 3G4SO 3CPWN 3I56O 2OTLO 3CCEO 1YIJO 1VQ9L 1YJNL 4QDLA
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CCQ O;  1Q7Y M;  1JJ2 K;  1VQP L;  1YJ9 O;  1KC8 P;  3CC2 O;  1NJI M;  3CPW K;  3CCM L;  3CD6 L;  1VQN L;  3I55 O;  2OTJ O;  3CCJ O;  3CCU L;  3OW2 N;  1VQ5 O;  1VQM O;  3G6E O;  2QA4 L;  1M90 P;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  1VQK O;  3CCL L;  1N8R P;  1KD1 M;  1Q81 M;  1M1K P;  1YJW L;  1VQ6 L;  1VQ7 L;  1S72 L;  3G71 L;  3OW2 K;  3CMA O;  1YIT O;  3CC7 O;  1K73 P;  1K9M M;  2QEX L;  1VQ9 O;  3CCV L;  1YJN O;  1Q82 M;  3CME L;  1W2B N;  1YHQ L;  3CC4 L;  1VQP O;  3CCR L;  1Q7Y P;  3CCJ L;  1VQ4 L;  3CCM O;  1VQN O;  1VQO O;  1NJI P;  1VQL L;  1W2B K;  3G4S L;  3CCU O;  3I56 L;  2OTL L;  3CCE L;  1YIJ L;  3CXC N;  2QA4 O;  1Q82 P;  3CMA L;  1YI2 O;  3CCQ L;  3CCS O;  1VQ8 O;  3CCL O;  1KC8 M;  1YJW O;  1VQ6 O;  1K8A P;  1YJ9 L;  1S72 O;  1KD1 P;  3CC2 L;  3G71 O;  1Q81 P;  1QVF N;  1KQS N;  3CXC K;  3I55 L;  2OTJ L;  1M90 M;  2QEX O;  1N8R M;  1Q86 M;  1VQ5 L;  1VQM L;  3G6E L;  1K9M P;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQK L;  3CCV O;  1QVF K;  1KQS K;  1QVG N;  3CME O;  1YHQ O;  1K73 M;  1VQO L;  3CC4 O;  1YIT L;  3CC7 L;  3CCR O;  1VQ4 O;  1VQ7 O;  1JJ2 N;  1QVG K;  3CCS L;  1VQL O;  1Q86 P;  3G4S O;  3CPW N;  3I56 O;  2OTL O;  3CCE O;  1YIJ O;  1VQ9 L;  1YJN L; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCQ O;  1Q7Y M;  2YZS A;  1JJ2 K;  1VQP L;  1YJ9 O;  5DS5 A;  1KC8 P;  5DS4 A;  3CC2 O;  1NJI M;  3CPW K;  3CCM L;  3CD6 L;  1VQN L;  3I55 O;  2OTJ O;  3CCJ O;  3CCU L;  3OW2 N;  1VQ5 O;  1VQM O;  3G6E O;  2QA4 L;  1M90 P;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  1VQK O;  3NKD A;  3CCL L;  1N8R P;  4XTK A;  1KD1 M;  1Q81 M;  1M1K P;  1YJW L;  1VQ6 L;  1VQ7 L;  1S72 L;  3G71 L;  3OW2 K;  3CMA O;  1YIT O;  3CC7 O;  5DQT A;  1K73 P;  3GOD A;  1K9M M;  5DS6 A;  5DQZ A;  2QEX L;  5FCL A;  1VQ9 O;  3CCV L;  1YJN O;  1Q82 M;  3CME L;  1W2B N;  1YHQ L;  4WJ0 A;  3CC4 L;  1VQP O;  3CCR L;  1Q7Y P;  3CCJ L;  1VQ4 L;  3CCM O;  1VQN O;  1VQO O;  1NJI P;  1VQL L;  4W8K A;  1W2B K;  3G4S L;  3CCU O;  3I56 L;  2OTL L;  3CCE L;  1YIJ L;  3CXC N;  2QA4 O;  1Q82 P;  3CMA L;  1YI2 O;  3CCQ L;  5DLJ A;  3CCS O;  1VQ8 O;  3CCL O;  1KC8 M;  1YJW O;  1VQ6 O;  1K8A P;  1YJ9 L;  1S72 O;  1KD1 P;  3CC2 L;  3G71 O;  1Q81 P;  1QVF N;  1KQS N;  3CXC K;  3I55 L;  2OTJ L;  1M90 M;  2QEX O;  1N8R M;  1Q86 M;  1VQ5 L;  1VQM L;  3G6E L;  1K9M P;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQK L;  3CCV O;  1QVF K;  1KQS K;  1QVG N;  3CME O;  4N06 A;  1YHQ O;  1K73 M;  4P6I C;  1VQO L;  3CC4 O;  1YIT L;  3CC7 L;  3CCR O;  1VQ4 O;  1VQ7 O;  1JJ2 N;  1QVG K;  3CCS L;  1VQL O;  1Q86 P;  3G4S O;  3CPW N;  3I56 O;  2OTL O;  3CCE O;  1YIJ O;  1VQ9 L;  1YJN L;  4QDL A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 3CCQ O;  1Q7Y M;  2YZS A;  1JJ2 K;  1VQP L;  1YJ9 O;  5DS5 A;  1KC8 P;  5DS4 A;  3CC2 O;  1NJI M;  3CPW K;  3CCM L;  3CD6 L;  1VQN L;  3I55 O;  2OTJ O;  3CCJ O;  3CCU L;  3OW2 N;  1VQ5 O;  1VQM O;  3G6E O;  2QA4 L;  1M90 P;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  1VQK O;  3NKD A;  3CCL L;  1N8R P;  4XTK A;  1KD1 M;  1Q81 M;  1M1K P;  1YJW L;  1VQ6 L;  1VQ7 L;  1S72 L;  3G71 L;  3OW2 K;  3CMA O;  1YIT O;  3CC7 O;  5DQT A;  1K73 P;  3GOD A;  1K9M M;  5DS6 A;  5DQZ A;  2QEX L;  5FCL A;  1VQ9 O;  3CCV L;  1YJN O;  1Q82 M;  3CME L;  1W2B N;  1YHQ L;  4WJ0 A;  3CC4 L;  1VQP O;  3CCR L;  1Q7Y P;  3CCJ L;  1VQ4 L;  3CCM O;  1VQN O;  1VQO O;  1NJI P;  1VQL L;  4W8K A;  1W2B K;  3G4S L;  3CCU O;  3I56 L;  2OTL L;  3CCE L;  1YIJ L;  3CXC N;  2QA4 O;  1Q82 P;  3CMA L;  1YI2 O;  3CCQ L;  5DLJ A;  3CCS O;  1VQ8 O;  3CCL O;  1KC8 M;  1YJW O;  1VQ6 O;  1K8A P;  1YJ9 L;  1S72 O;  1KD1 P;  3CC2 L;  3G71 O;  1Q81 P;  1QVF N;  1KQS N;  3CXC K;  3I55 L;  2OTJ L;  1M90 M;  2QEX O;  1N8R M;  1Q86 M;  1VQ5 L;  1VQM L;  3G6E L;  1K9M P;  1M1K M;  3CD6 O;  1VQK L;  3CCV O;  1QVF K;  1KQS K;  1QVG N;  3CME O;  4N06 A;  1YHQ O;  1K73 M;  4P6I C;  1VQO L;  3CC4 O;  1YIT L;  3CC7 L;  3CCR O;  1VQ4 O;  1VQ7 O;  1JJ2 N;  1QVG K;  3CCS L;  1VQL O;  1Q86 P;  3G4S O;  3CPW N;  3I56 O;  2OTL O;  3CCE O;  1YIJ O;  1VQ9 L;  1YJN L;  4QDL A; 
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)

 
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...
#similar chains, but unknotted
...loading similar chains, please wait...
#similar chains in the pdb database (?% sequence similarity)
...loading similar chains, please wait...