The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
|
| publication title |
An induced-fit mechanism to promote peptide bond formation and exclude hydrolysis of peptidyl-tRNA.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1VQ5 Q; 1VQO Q; 3CC2 Q; 1VQL Q; 1YJ9 Q; 2QA4 Q; 3OW2 P; 3CD6 Q; 3CCL Q; 1KD1 R; 2QEX Q; 1S72 Q; 1NJI R; 3CCS Q; 3CMA Q; 1YJW Q; 1VQ9 Q; 1VQ4 Q; 1QVF P; 2OTJ Q; 1W2B P; 1Q86 R; 2OTL Q; 1M1K R; 1VQ8 Q; 3CPW P; 1K8A R; 3CXC P; 3CCV Q; 1VQP Q; 1VQ7 Q; 3CME Q; 3G4S Q; 1VQK Q; 1M90 R; 1YIT Q; 1YIJ Q; 1YJN Q; 1Q7Y R; 1QVG P; 1KC8 R; 3CC7 Q; 3I56 Q; 1VQ6 Q; 1JJ2 P; 3G6E Q; 3G71 Q; 1K9M R; 3CCM Q; 3I55 Q; 1Q82 R; 3CCQ Q; 3CCJ Q; 1VQM Q; 1YI2 Q; 1N8R R; 1KQS P; 3CC4 Q; 3CCR Q; 1Q81 R; 1YHQ Q; 3CCU Q; 3CCE Q; 1VQN Q; 1K73 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 4CC7 A; 4FL6 A; 4PKC C; 1JQQ A; 3H0I A; 4P5N A; 2QA4 Q; 1V29 B; 2AKK A; 2DO3 A; 1UGQ B; 3CCQ A; 2LTO A; 2DER A; 2HEQ A; 1Y7X A; 1I0C A; 4GY5 A; 3OYA A; 3I5S A; 1UG1 A; 1AZE A; 1VQK T; 1LVK A; 2PVG B; 2XDB A; 1YIJ Q; 5ECA A; 2O88 A; 4XU1 A; 2JVV A; 1TXQ A; 1Q7Y C; 5GMK h; 5CO7 A; 5AT1 B; 2VYT A; 5LJ5 j; 5LJ5 f; 4VUB A; 2FHD A; 1KSW A; 4R56 A; 3CPW S; 2VVK A; 5LJ5 d; 4FYY B; 3CC4 A; 2ED1 A; 2E12 A; 4M78 G; 3S3O A; 3JCM b; 4OMO A; 2CZ0 B; 1KC8 R; 1I5L A; 5EC7 A; 1IGQ A; 3BDU A; 2DL5 A; 1PG5 B; 2F1L A; 2RHY A; 3CCM T; 1I4K 1; 2I0N A; 2ZCF B; 3CCQ Q; 3CCE T; 3CCR Q; 5CK9 A; 1BU1 A; 2OX7 A; 2KRO A; 3T9N A; 3A1P A; 1TUC A; 3VS3 A; 1IHV A; 2JT4 A; 3EGD A; 1GXI E; 2JNG A; 2K7A A; 4EMG A; 1UB4 A; 3DB3 A; 2LNH B; 4J6X A; 2QEX A; 1VQM T; 5GAO p; 2RA2 A; 3TCJ A; 3JSC A; 3CC4 Q; 4ELY C; 1MV0 B; 2RHX A; 3VS5 A; 4C92 A; 2H3J A; 4QVC A; 2DTH A; 1ZSZ A; 4LDU A; 4C8Q G; 3JB9 J; 2KY9 A; 3G6E T; 1Q7Y U; 1W1F A; 2QAS A; 4M7A E; 2KDS A; 1WHH A; 3E19 A; 3EAE A; 3RBB B; 3GNG A; 5I11 A; 2LJ0 A; 1N8R R; 1MV3 A; 4ZGJ B; 4II1 A; 3HRT A; 4CRI A; 4ORZ A; 4PLL A; 3ULR B; 3MET A; 2RJE A; 1RLP C; 4LDX A; 1D0Z A; 1U06 A; 1K1Z A; 1N6A A; 2GTO A; 1SRM A; 3EGU A; 2QEX Q; 1NLO C; 3H0H A; 3JCM f; 4DQ2 A; 4CI0 C; 3GIB A; 1RI9 A; 5GJV B; 2JUF A; 3JCM d; 4D6W A; 2DMO A; 1BCM A; 1X6O A; 1CKB A; 1H3Z A; 4RCB A; 1ZQ1 A; 4OMF B; 3SEM A; 1M1K R; 5KE3 A; 2K2V A; 4M77 C; 3I35 A; 3OS5 A; 3KBG A; 4J7F A; 2VUB A; 3LGF A; 1QW1 A; 2J06 A; 1OX9 A; 2BE9 B; 1X69 A; 4HVV A; 4D8D A; 1RAD B; 2QQS A; 5CKE A; 1S72 T; 2ZPH B; 4M78 A; 1JB0 E; 3VJP A; 1WZO A; 2NUT A; 1VQM A; 2KT8 A; 1MND A; 4KH0 B; 3QDF A; 1PD0 A; 3D7S B; 5GAO q; 4PLI A; 5GAN 2; 4PFO A; 1KQ2 A; 5FU6 C; 2E64 A; 1Z9Q A; 2D9T A; 3FJ5 A; 1AVZ C; 4QVD A; 1G8X A; 1QKX A; 2SEM A; 2DE0 X; 4C92 C; 5HK3 A; 2RO0 A; 2AKL A; 2CP0 A; 4ZTF A; 3VRY A; 3AT1 B; 2QQR A; 3G6E A; 2K4Y A; 1C6V X; 4PFP A; 2P4R A; 2KYM A; 1WJR A; 4XTV A; 3DLL A; 1KQS S; 4RTT A; 2K3X A; 5I22 A; 5KH6 A; 4FIB A; 4FYV B; 2JOY A; 1AEY A; 2VV5 A; 4J9I A; 1BI1 A; 3SWN A; 2PZ1 A; 5D7U A; 1PCX A; 1C1A A; 2VAS A; 2ZZD A; 2LJ1 A; 2E5K A; 3OS0 A; 2O4X B; 1M1F A; 5CIU A; 4KGX B; 1G2B A; 4KT0 E; 4NOY A; 2FPF A; 1SSH A; 4ZNX A; 3NMZ C; 1JJ2 S; 3G7Z A; 2QGG A; 4AG2 C; 2CUD A; 3UWN A; 2OJ2 A; 5FRO A; 3GP8 A; 1X2K A; 2ZGW A; 4EMK A; 3M9Q A; 2D0N A; 2YHT A; 3G6E Q; 1WA7 A; 4BI8 B; 2X35 A; 2L3S A; 2HBP A; 4E6R A; 2DEQ A; 2GFU A; 1WXB A; 4QT7 A; 4M78 B; 4C5H A; 4DBR A; 4J9C A; 2OTJ T; 2R57 A; 3M58 A; 1MHN A; 1UFF A; 1WJS A; 2X4J A; 4BAC A; 2RPN A; 5J26 A; 3X26 B; 3HRU A; 4AG1 C; 4PJO E; 2LP5 A; 1S72 A; 1P92 A; 3QZ9 B; 3LW5 E; 3QO3 A; 1K76 A; 3MHX A; 4DBQ A; 2XU8 A; 2CKK A; 3QUI A; 4QQG A; 3SDZ A; 4M7D C; 1LCK A; 5FW9 A; 4A4E A; 2RQW A; 4XTZ A; 3X24 B; 2MIO A; 2LX7 A; 3CPW A; 2OTL T; 2YXY A; 4JJD A; 2QQA A; 2E3I A; 4J9H A; 1OZ3 A; 2P84 A; 2RB6 A; 3EHR A; 2MAM A; 2Y4Y A; 2CT3 A; 1M90 C; 4M7A D; 4E47 A; 2GQV A; 4BDY A; 4HXJ A; 2EJ9 A; 2KEA A; 1X75 C; 4HT8 A; 2JM9 A; 1KHI A; 1VQ9 T; 1JXO A; 4KUL A; 1S72 Q; 4RUG A; 3OBW A; 4RTZ A; 2KI7 A; 2CP3 A; 1YBY A; 4ANJ A; 4BI4 A; 5DM7 R; 3CPW P; 2X3W D; 1Y07 A; 3TSZ A; 4E7Z A; 1QCN A; 2LRQ A; 4EMK B; 2SRC A; 3PE0 A; 4HCZ A; 5C6S A; 6AT1 B; 2CZ6 B; 1Z9Z A; 3JRZ A; 4RKU E; 3EGX A; 4C8Q C; 1Q81 C; 3TEE A; 1YN8 A; 2A36 A; 4XAX B; 2EBP A; 3WVD B; 2A3L A; 3LX7 A; 2IPO B; 4FW1 A; 2X51 A; 3KUF A; 1VUB A; 3CC2 A; 4LDY A; 4M75 F; 2XHC A; 3M0R A; 2YLB A; 1GCP A; 2ZPF B; 2OTJ A; 1RAI B; 1M8V A; 5KYN A; 3FLG A; 2DTI A; 1H8K A; 3SHW A; 1IRX A; 3ZBD A; 2M9U A; 3OYM A; 2GF7 A; 2J7I A; 1NE8 A; 5A0L A; 4Q5W A; 1BK2 A; 2EWN A; 3EG3 A; 2L3P A; 1KC8 U; 1M90 U; 2RH2 A; 3OYL A; 1WXU A; 1EX4 A; 1OI1 A; 2L0A A; 4J6W A; 2MOX A; 2O9S A; 3VYH B; 2OTL A; 3QKJ A; 2HQE A; 3MKD A; 3TQ7 P; 4XU0 A; 2PVD B; 3CC2 Q; 2EYZ A; 4X9D A; 2F5T X; 2CGH A; 1KD1 R; 1QVG S; 2Z0W A; 2XD0 A; 3LYI A; 2EQU A; 2OTJ Q; 3URG A; 1K0X A; 1AHJ B; 2NYS A; 4JDS A; 1QQJ A; 5I2S A; 1D3B A; 2KAF A; 3M56 A; 4IIM A; 4A4H A; 2BIV A; 3A5Z B; 1VQ9 A; 2DKG A; 1Q81 U; 1QVF S; 1GBR A; 1SEM A; 3NPF A; 3EGX B; 2EQM A; 5KYX A; 1A0N B; 4J9F A; 4J9E A; 1Q86 R; 2OTL Q; 1NPR A; 3OYI A; 2EQK A; 2OI3 A; 1Y57 A; 4RTV A; 5IHN A; 1UGS B; 4F7U E; 5GAM j; 5GAM f; 4IUV A; 1WIE A; 2MF2 A; 4PJN A; 3MO8 A; 3MP8 A; 2JS0 A; 5GAM d; 5GAN f; 3PFS A; 2DXT A; 3TVT A; 4RCC A; 1VQ6 A; 2DET A; 5GAN d; 4AFZ C; 1VQ9 Q; 3R6N A; 1UGV A; 1K0S A; 1WHJ A; 3RKW A; 4M77 E; 4GLM A; 2EGC A; 1K8A R; 3C12 A; 4HVW A; 4EPC A; 1J3T A; 4IUT A; 1KQS A; 4CC3 A; 1WQW A; 4BY6 C; 4PJO D; 2GQI A; 2V1Q A; 2YUP A; 3RKY A; 1NEG A; 3BW1 A; 2DVE A; 1N27 A; 2FEI A; 5GJW B; 3M53 A; 2JTF A; 2D0Q B; 5I2M A; 1JJ2 A; 3MEA A; 5L8R E; 1WNL A; 4QVZ A; 4X1V A; 1JU5 C; 1VQ6 Q; 3JCM X; 1FXX A; 2LVM A; 3CPF A; 2D8H A; 4R55 A; 3CCQ T; 2L2P A; 3CCR T; 1KQS P; 3M0S A; 1ZUU A; 4PJJ A; 1K73 R; 2KXD A; 1S1N A; 3WXM B; 2GGR A; 1AOJ A; 4OB0 B; 3RER A; 4RTY A; 4QQD A; 1BI3 A; 2C0O A; 2XIC A; 4M7A F; 4O5V A; 1B07 A; 1X01 A; 1M3C A; 3CC4 T; 3MEV A; 1PNJ A; 4KUI A; 1OU9 A; 2DJZ A; 4J9D A; 5LJ3 j; 2BE7 D; 4LDV A; 5LJ3 f; 2DX1 A; 3PMT A; 5LJ3 d; 2JTE A; 8ATC B; 1G83 A; 3HRS A; 1U5S A; 2QQ9 A; 4LD6 A; 3L2R A; 1D1B A; 2DTO A; 5FLX E; 1U8R A; 3BY7 A; 3VS4 A; 1YCS B; 2ZPE B; 2RD1 A; 4PJO B; 5IHI A; 2NUP B; 1X27 A; 4A63 B; 4JS5 A; 2I2L A; 2CUB A; 3FJP A; 3ZEH A; 1T0H A; 2RQU A; 4BB7 A; 1YHQ A; 3QDR B; 1XTD A; 4F17 A; 1B7T A; 3OYY A; 5FRN A; 2R5M A; 3CD6 A; 3HTR A; 2VXE A; 1M3B A; 2DYI A; 2XDD A; 2ROT A; 4M7D E; 2MMP A; 2DL7 A; 1HK9 A; 2JW4 A; 5EG2 A; 3HP9 A; 1GFC A; 1QCF A; 4A4G A; 5GMK l; 3UPU A; 1N5Z A; 8AT1 B; 1UJ0 A; 2FZC B; 3CCR A; 1VQN A; 3CC7 T; 1RAB B; 2Y4X A; 1PWT A; 4HCK A; 2AHJ B; 3UDC A; 2EJG A; 5CQY A; 3OYK A; 3GPL A; 3S6W A; 1RAA B; 4Z88 A; 3VKI A; 1YHQ Q; 4QW2 A; 1TUD A; 2PVO B; 5A0D A; 3VU3 C; 4ESR A; 3CD6 Q; 2GTJ A; 3CBO A; 5LJ5 h; 2DL4 A; 5C0M A; 1AWO A; 4PK4 A; 2M02 A; 2EYQ A; 3EHQ A; 2LX9 A; 4Z02 A; 1Y96 B; 3NTK A; 4F14 A; 4BE0 A; 2KRM A; 3FEO A; 1MUZ A; 2X9H A; 4RTU A; 4BDZ A; 2RJC A; 2E65 A; 1QMC A; 2H3E B; 1XNI A; 1VQN Q; 1V1C A; 1PRL C; 2JXB A; 2MCN A; 2COZ A; 3FIF A; 1M27 C; 1AD5 A; 1QVG A; 3A98 A; 1NJI C; 2DYB A; 2BZ8 A; 5GAN 7; 2CP5 A; 4M77 D; 1M9S A; 3OS2 A; 3V8J A; 1VQO A; 2QK0 A; 2LQN A; 2B86 A; 1GBQ A; 4F16 A; 3LWI A; 3CCU T; 3OW2 S; 3GLX A; 4F04 B; 5LJ5 g; 3PVQ A; 2P0K A; 2MYS A; 3VUZ A; 9ATC B; 2DAQ A; 1ZA1 B; 1QVF A; 4IIO A; 5IHK A; 5KYU B; 2YUO A; 1O75 A; 2FVU A; 4RG2 A; 4JRQ A; 4DBF A; 2HD0 A; 1VQ7 T; 1KK7 A; 1F1B B; 2MI6 A; 3PVL A; 4PJO F; 1YIT Q; 4JJC A; 1QVG P; 1ARK A; 4JPB W; 4WF2 A; 2O01 E; 3OSV A; 3QBY A; 3A8L B; 1W2B S; 3L42 A; 1VQL T; 3RIR A; 3CC7 A; 1E6G A; 3OYJ A; 1VQO Q; 5IH2 A; 3JB9 H; 1U3O A; 2WAC A; 3HFN A; 2HMA A; 2HCK A; 3E9G A; 3PMI A; 3NTI A; 4QKU A; 3M57 A; 4C0D B; 2LQ8 A; 2M1H A; 5GMK i; 1IO6 A; 4M75 D; 3J7A F; 4M75 A; 4F7U B; 4FM4 B; 2F2W A; 1GRI A; 5CQX A; 2CS7 A; 5DLQ E; 2O4X A; 1M3A A; 2YUQ A; 2MK5 A; 1LOJ A; 2YRD A; 3OYG A; 1KD1 U; 1PKS A; 1Y0M A; 3VUB A; 1NJI U; 2M0O A; 1WJQ A; 1BIA A; 4M77 B; 3CC7 Q; 4ZGD B; 3JB9 D; 1CSK A; 1TS9 A; 4HVU A; 1M30 A; 1Q82 R; 3E2U A; 3VRZ A; 4OB2 B; 3LH5 A; 1JXM A; 3OMC A; 1WXT A; 1O9S A; 4M7A G; 4LUE A; 2F2V A; 2EYY A; 3SB2 A; 5CR2 A; 3DLM A; 3J80 E; 1Q86 U; 1YCY A; 1YJW Q; 2G6F X; 1VYU A; 3CCU A; 2WSF E; 3P8B B; 2NWM A; 2V26 A; 3NFC A; 2KRN A; 4XTY A; 2YLC A; 5FU6 B; 2ZPB B; 1TOV A; 3SFM A; 2FB7 A; 1WPY A; 2ROL A; 1Q95 G; 1TTH B; 2RI2 A; 2A08 A; 2G3R A; 1VQ7 A; 4M7D D; 1RAG B; 2E6N A; 3QYG B; 3OYC A; 3L2V A; 1FWZ A; 1ZSZ C; 2DD5 A; 3I5R A; 2FZG B; 2MWP A; 3S3N A; 2NUZ A; 1TG0 A; 2LCC A; 1YJN T; 3WVE B; 2L89 A; 1SPK A; 2AZS A; 1VQL A; 1RL2 A; 1NPP A; 2KGT A; 4DOV A; 2FG0 A; 3ASK A; 3IQL A; 5DLO A; 2R5A A; 1G3S A; 1QP2 A; 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1VQ6 T; 4EMK C; 3OA6 A; 1PSF A; 1YJN Q; 2DEU A; 2EGA A; 4KGZ B; 3CCL A; 2YWW A; 2JMC A; 3UAT A; 1G3T A; 4AMC A; 2DRM A; 1N8R C; 1ZUK A; 4J9B A; 1W2B A; 3E9F A; 3RR6 A; 4JRP A; 2DLP A; 1I07 A; 2LCL A; 2GBQ A; 1ZHI A; 3CCV T; 4FSX A; 5KCO A; 1GCQ A; 4GBQ A; 4E7J A; 5CVI A; 1H92 A; 2D8J A; 3JB9 F; 2KQW A; 1Q7Y R; 1LPL A; 2PU9 B; 2P4T A; 2HDA A; 4M7A B; 3HPW A; 3P8D A; 3H0F A; 4LXC A; 1PRM C; 2CH4 A; 1LJO A; 3ER0 A; 1VIE A; 3CXC S; 4JJB A; 3CCL Q; 3MP6 A; 1TWB A; 2KXC A; 1AWJ A; 4NL2 A; 2XID A; 2KNB B; 1X2Q A; 1I81 A; 3JAM E; 4OB3 B; 1M1K C; 2XMF A; 4IUU A; 1MMG A; 5CKB A; 3OQ5 A; 2COW A; 1UHF A; 4XTX A; 2DIQ A; 3JV3 A; 4M7D F; 1ACM B; 5FU7 B; 4J83 A; 2DF6 A; 1QWF A; 2DD4 A; 2V8I A; 3VS7 A; 4BD3 A; 1W70 A; 2RHI A; 5J3B A; 4AT1 B; 2K2M A; 2E41 A; 5CCA A; 1UE9 A; 2F2X A; 3CCJ A; 3KXT A; 2FPD A; 1G5V A; 2AK5 A; 1SHG A; 2HQH A; 1BB9 A; 2XI9 A; 1T0J A; 2KVQ G; 1N8R U; 2QDL A; 5GAN j; 3M59 A; 1LNX A; 5GAM h; 2FZK B; 5IN1 A; 1ABO A; 1K9A A; 4ZGE B; 1UHC A; 4KGV B; 2RQT A; 3OYF A; 2B8A A; 3JCM W; 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