1VQ9L

The structure of cca-phe-cap-bio and the antibiotic sparsomycin bound to the large ribosomal subunit of haloarcula marismortui
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
150
structure length
145
Chain Sequence
TSKKKRQRGSRTHGGGSHKNRRGAGHRGGRGDAGRDKHEFHNHEPLGKSGFKRPQKVQEEAATIDVREIDENVTLLAADDVAEFRVDVRDVVEEADDADYVKVLGAGQVRHELTLIADDFSEGAREKVEGAGGSVELTDLGEERQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Ribosome
molecule keywords 23S ribosomal rna
publication title Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb
total genus 29
structure length 145
sequence length 150
ec nomenclature
pdb deposition date 2004-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
L PF00828 Ribosomal_L27A Ribosomal proteins 50S-L15, 50S-L18e, 60S-L27A
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.100.10.10 Alpha Beta Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2 1vq9L02
4.10.990.10 Few Secondary Structures Irregular Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 Molecule: Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 1 1vq9L01
1Q82P 1VQLO 1NJIM 2OTJO 2QEXO 3G4SL 3CXCN 1YHQL 1KQSN 3CCSO 1YJNL 1K73M 3CCLL 3CCRL 3CCJO 1M90P 1VQML 2OTLL 3CC4O 1VQ6O 1YJ9O 3CCVO 1JJ2K 3CC2O 3CMEO 3CCUL 1JJ2N 1KC8P 1K9MP 1S72L 3CPWK 1VQ9O 1YHQO 1QVFN 1N8RM 1YJNO 3CCLO 3CXCK 1VQ5L 1KQSK 1W2BN 3CCRO 1M1KM 3CCML 1Q86P 3G71L 1Q81P 1KD1M 1VQPL 1YITL 3G6EL 3I55L 3CCUO 1VQNL 1VQOL 3CC7L 3CD6L 1NJIP 1Q7YM 1S72O 3CCEL 3CCQL 1YJWL 2QA4L 1K73P 1VQ5O 1VQKL 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1QVFK 3I56L 3CCMO 3G71O 1W2BK 3CMAL 1YIJL 1VQPO 1YITO 3G6EO 1Q82M 1QVGN 1VQMO 2OTLO 3OW2K 1VQOO 1VQNO 3CC7O 3OW2N 3CCEO 3CMEL 3CCQO 1YJWO 1N8RP 2QA4O 1M90M 1VQKO 1YI2O 1VQ8O 1M1KP 3I56O 1KD1P 3CMAO 1YIJO 1VQ7L 1VQ9L 1VQ4L 1KC8M 2OTJL 1K9MM 1VQLL 2QEXL 1Q7YP 1QVGK 3CCSL 3I55O 3CD6O 3CCJL 1Q86M 1K8AP 1Q81M 3CC4L 1VQ6L 1YJ9L 3CCVL 3CC2L 1VQ7O 1VQ4O 3CPWN
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Q82P 1VQLO 1NJIM 2OTJO 2QEXO 3G4SL 5DS6A 3CXCN 1YHQL 1KQSN 3CCSO 4N06A 1YJNL 1K73M 3CCLL 4QDLA 3CCRL 3CCJO 1M90P 4WJ0A 1VQML 2OTLL 3CC4O 1VQ6O 1YJ9O 3CCVO 1JJ2K 3CC2O 3CMEO 3CCUL 1JJ2N 1KC8P 1K9MP 1S72L 3CPWK 1VQ9O 1YHQO 5DS5A 1QVFN 1N8RM 1YJNO 3CCLO 3CXCK 1VQ5L 1KQSK 1W2BN 3CCRO 1M1KM 3CCML 1Q86P 3G71L 1Q81P 1KD1M 1VQPL 1YITL 3G6EL 3I55L 3CCUO 1VQNL 1VQOL 2YZSA 3CC7L 3CD6L 1NJIP 1Q7YM 1S72O 3CCEL 3CCQL 1YJWL 2QA4L 1K73P 1VQ5O 3NKDA 1VQKL 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1QVFK 3I56L 3CCMO 4W8KA 5DS4A 3G71O 1W2BK 3CMAL 1YIJL 1VQPO 1YITO 3G6EO 1Q82M 1QVGN 1VQMO 2OTLO 3OW2K 1VQOO 5DQTA 1VQNO 3CC7O 3OW2N 3CCEO 5FCLA 3GODA 3CMEL 3CCQO 1YJWO 1N8RP 2QA4O 1M90M 1VQKO 1YI2O 1VQ8O 1M1KP 3I56O 1KD1P 3CMAO 1YIJO 4XTKA 1VQ7L 1VQ9L 1VQ4L 1KC8M 2OTJL 1K9MM 1VQLL 2QEXL 1Q7YP 1QVGK 5DQZA 3CCSL 3I55O 3CD6O 3CCJL 1Q86M 1K8AP 1Q81M 3CC4L 1VQ6L 5DLJA 1YJ9L 3CCVL 4P6IC 3CC2L 1VQ7O 1VQ4O 3CPWN
chains in the Genus database with same CATH topology
1Q82P 1VQLO 1NJIM 2OTJO 2QEXO 3G4SL 5DS6A 3CXCN 1YHQL 1KQSN 3CCSO 4N06A 1YJNL 1K73M 3CCLL 4QDLA 3CCRL 3CCJO 1M90P 4WJ0A 1VQML 2OTLL 3CC4O 1VQ6O 1YJ9O 3CCVO 1JJ2K 3CC2O 3CMEO 3CCUL 1JJ2N 1KC8P 1K9MP 1S72L 3CPWK 1VQ9O 1YHQO 5DS5A 1QVFN 1N8RM 1YJNO 3CCLO 3CXCK 1VQ5L 1KQSK 1W2BN 3CCRO 1M1KM 3CCML 1Q86P 3G71L 1Q81P 1KD1M 1VQPL 1YITL 3G6EL 3I55L 3CCUO 1VQNL 1VQOL 2YZSA 3CC7L 3CD6L 1NJIP 1Q7YM 1S72O 3CCEL 3CCQL 1YJWL 2QA4L 1K73P 1VQ5O 3NKDA 1VQKL 1YI2L 1K8AM 1VQ8L 3G4SO 1QVFK 3I56L 3CCMO 4W8KA 5DS4A 3G71O 1W2BK 3CMAL 1YIJL 1VQPO 1YITO 3G6EO 1Q82M 1QVGN 1VQMO 2OTLO 3OW2K 1VQOO 5DQTA 1VQNO 3CC7O 3OW2N 3CCEO 5FCLA 3GODA 3CMEL 3CCQO 1YJWO 1N8RP 2QA4O 1M90M 1VQKO 1YI2O 1VQ8O 1M1KP 3I56O 1KD1P 3CMAO 1YIJO 4XTKA 1VQ7L 1VQ9L 1VQ4L 1KC8M 2OTJL 1K9MM 1VQLL 2QEXL 1Q7YP 1QVGK 5DQZA 3CCSL 3I55O 3CD6O 3CCJL 1Q86M 1K8AP 1Q81M 3CC4L 1VQ6L 5DLJA 1YJ9L 3CCVL 4P6IC 3CC2L 1VQ7O 1VQ4O 3CPWN
chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1Q82 P;  1VQL O;  1NJI M;  2OTJ O;  2QEX O;  3G4S L;  3CXC N;  1YHQ L;  1KQS N;  3CCS O;  1YJN L;  1K73 M;  3CCL L;  3CCR L;  3CCJ O;  1M90 P;  1VQM L;  2OTL L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  3CCV O;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3CME O;  3CCU L;  1JJ2 N;  1KC8 P;  1K9M P;  1S72 L;  3CPW K;  1VQ9 O;  1YHQ O;  1QVF N;  1N8R M;  1YJN O;  3CCL O;  3CXC K;  1VQ5 L;  1KQS K;  1W2B N;  3CCR O;  1M1K M;  3CCM L;  1Q86 P;  3G71 L;  1Q81 P;  1KD1 M;  1VQP L;  1YIT L;  3G6E L;  3I55 L;  3CCU O;  1VQN L;  1VQO L;  3CC7 L;  3CD6 L;  1NJI P;  1Q7Y M;  1S72 O;  3CCE L;  3CCQ L;  1YJW L;  2QA4 L;  1K73 P;  1VQ5 O;  1VQK L;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1QVF K;  3I56 L;  3CCM O;  3G71 O;  1W2B K;  3CMA L;  1YIJ L;  1VQP O;  1YIT O;  3G6E O;  1Q82 M;  1QVG N;  1VQM O;  2OTL O;  3OW2 K;  1VQO O;  1VQN O;  3CC7 O;  3OW2 N;  3CCE O;  3CME L;  3CCQ O;  1YJW O;  1N8R P;  2QA4 O;  1M90 M;  1VQK O;  1YI2 O;  1VQ8 O;  1M1K P;  3I56 O;  1KD1 P;  3CMA O;  1YIJ O;  1VQ7 L;  1VQ9 L;  1VQ4 L;  1KC8 M;  2OTJ L;  1K9M M;  1VQL L;  2QEX L;  1Q7Y P;  1QVG K;  3CCS L;  3I55 O;  3CD6 O;  3CCJ L;  1Q86 M;  1K8A P;  1Q81 M;  3CC4 L;  1VQ6 L;  1YJ9 L;  3CCV L;  3CC2 L;  1VQ7 O;  1VQ4 O;  3CPW N; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1Q82 P;  1VQL O;  1NJI M;  2OTJ O;  2QEX O;  3G4S L;  5DS6 A;  3CXC N;  1YHQ L;  1KQS N;  3CCS O;  4N06 A;  1YJN L;  1K73 M;  3CCL L;  4QDL A;  3CCR L;  3CCJ O;  1M90 P;  4WJ0 A;  1VQM L;  2OTL L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  3CCV O;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3CME O;  3CCU L;  1JJ2 N;  1KC8 P;  1K9M P;  1S72 L;  3CPW K;  1VQ9 O;  1YHQ O;  5DS5 A;  1QVF N;  1N8R M;  1YJN O;  3CCL O;  3CXC K;  1VQ5 L;  1KQS K;  1W2B N;  3CCR O;  1M1K M;  3CCM L;  1Q86 P;  3G71 L;  1Q81 P;  1KD1 M;  1VQP L;  1YIT L;  3G6E L;  3I55 L;  3CCU O;  1VQN L;  1VQO L;  2YZS A;  3CC7 L;  3CD6 L;  1NJI P;  1Q7Y M;  1S72 O;  3CCE L;  3CCQ L;  1YJW L;  2QA4 L;  1K73 P;  1VQ5 O;  3NKD A;  1VQK L;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1QVF K;  3I56 L;  3CCM O;  4W8K A;  5DS4 A;  3G71 O;  1W2B K;  3CMA L;  1YIJ L;  1VQP O;  1YIT O;  3G6E O;  1Q82 M;  1QVG N;  1VQM O;  2OTL O;  3OW2 K;  1VQO O;  5DQT A;  1VQN O;  3CC7 O;  3OW2 N;  3CCE O;  5FCL A;  3GOD A;  3CME L;  3CCQ O;  1YJW O;  1N8R P;  2QA4 O;  1M90 M;  1VQK O;  1YI2 O;  1VQ8 O;  1M1K P;  3I56 O;  1KD1 P;  3CMA O;  1YIJ O;  4XTK A;  1VQ7 L;  1VQ9 L;  1VQ4 L;  1KC8 M;  2OTJ L;  1K9M M;  1VQL L;  2QEX L;  1Q7Y P;  1QVG K;  5DQZ A;  3CCS L;  3I55 O;  3CD6 O;  3CCJ L;  1Q86 M;  1K8A P;  1Q81 M;  3CC4 L;  1VQ6 L;  5DLJ A;  1YJ9 L;  3CCV L;  4P6I C;  3CC2 L;  1VQ7 O;  1VQ4 O;  3CPW N; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1Q82 P;  1VQL O;  1NJI M;  2OTJ O;  2QEX O;  3G4S L;  5DS6 A;  3CXC N;  1YHQ L;  1KQS N;  3CCS O;  4N06 A;  1YJN L;  1K73 M;  3CCL L;  4QDL A;  3CCR L;  3CCJ O;  1M90 P;  4WJ0 A;  1VQM L;  2OTL L;  3CC4 O;  1VQ6 O;  1YJ9 O;  3CCV O;  1JJ2 K;  3CC2 O;  3CME O;  3CCU L;  1JJ2 N;  1KC8 P;  1K9M P;  1S72 L;  3CPW K;  1VQ9 O;  1YHQ O;  5DS5 A;  1QVF N;  1N8R M;  1YJN O;  3CCL O;  3CXC K;  1VQ5 L;  1KQS K;  1W2B N;  3CCR O;  1M1K M;  3CCM L;  1Q86 P;  3G71 L;  1Q81 P;  1KD1 M;  1VQP L;  1YIT L;  3G6E L;  3I55 L;  3CCU O;  1VQN L;  1VQO L;  2YZS A;  3CC7 L;  3CD6 L;  1NJI P;  1Q7Y M;  1S72 O;  3CCE L;  3CCQ L;  1YJW L;  2QA4 L;  1K73 P;  1VQ5 O;  3NKD A;  1VQK L;  1YI2 L;  1K8A M;  1VQ8 L;  3G4S O;  1QVF K;  3I56 L;  3CCM O;  4W8K A;  5DS4 A;  3G71 O;  1W2B K;  3CMA L;  1YIJ L;  1VQP O;  1YIT O;  3G6E O;  1Q82 M;  1QVG N;  1VQM O;  2OTL O;  3OW2 K;  1VQO O;  5DQT A;  1VQN O;  3CC7 O;  3OW2 N;  3CCE O;  5FCL A;  3GOD A;  3CME L;  3CCQ O;  1YJW O;  1N8R P;  2QA4 O;  1M90 M;  1VQK O;  1YI2 O;  1VQ8 O;  1M1K P;  3I56 O;  1KD1 P;  3CMA O;  1YIJ O;  4XTK A;  1VQ7 L;  1VQ9 L;  1VQ4 L;  1KC8 M;  2OTJ L;  1K9M M;  1VQL L;  2QEX L;  1Q7Y P;  1QVG K;  5DQZ A;  3CCS L;  3I55 O;  3CD6 O;  3CCJ L;  1Q86 M;  1K8A P;  1Q81 M;  3CC4 L;  1VQ6 L;  5DLJ A;  1YJ9 L;  3CCV L;  4P6I C;  3CC2 L;  1VQ7 O;  1VQ4 O;  3CPW N; 
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