1W3JA

Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima in complex with tetrahydrooxazine
Total Genus 182
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
182
sequence length
443
structure length
443
Chain Sequence
KKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural, Thermodynamic, and Kinetic Analyses of Tetrahydrooxazine-Derived Inhibitors Bound to {Beta}-Glucosidases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 182
structure length 443
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2004-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w3jA00
4D6EA 3BSHA 1JD7A 1KCLA 2WMIA 2WCSA 1CWYA 2HISA 1FFRA 3CPUA 3PZVA 4H7VA 2OSYA 1PX8A 3A4AA 1W1PA 2YL6A 4H2CA 2IUZA 4HOZA 4QLKA 1IV8A 2EXOA 3T09A 3ARXA 3MUY1 5IXEA 1A47A 1MQPA 1HJXA 1UD4A 1TMQA 2XFYA 1V02A 2JFEX 2G8ZA 2ZX5A 3OGSA 4ATWA 3D5HA 1DWHM 3WQ8A 5HXMA 3K46A 5FOOA 3EDJA 1VB9A 1TZ7A 1JXJA 4L4PA 4H41A 1V08A 3W25A 1D3CA 1WDPA 2VZOA 4K68A 3WH9A 1E6NA 1BHGA 1WZAA 2CXGA 4UZUA 1M53A 1KGUA 1EIBA 1W32A 2VR5A 2WVVA 2E40A 2OYLA 4AIOA 5IHSA 1UA3A 3SCVA 1JDAA 1HP4A 1MQRA 3AZRA 3WDJA 4RE4A 5AYBA 8A3HA 1K9TA 5D4YA 5CGMA 4HA3A 3M46A 1PIFA 1GQKA 4Z2GA 2D0GA 8CGTA 3AIBA 3M6DA 2WAGA 3BAKA 3GXIA 4AD4A 4L4OA 5I0DA 4Z2IA 4NF7A 4URIA 1BGGA 3ARRA 4X9YA 4J3XA 3EDEA 1OSEA 1VEPA 4YN5A 4WF7A 3F5JA 3BAWA 4ZE5A 2WVUA 4RL3A 2XUCA 1KBBA 1V3IA 1CXIA 1R87A 1GW1A 2VTFA 1OCQA 1ECEA 4KGJA 3VGDA 3SUSA 4MAZA 4YHEA 5GQBA 2XIIA 3W24A 1X1NA 1ZBKA 1BG4A 5D9PA 3L4ZA 4S3KA 5EFDA 4PSPA 4UOQA 1XSIA 3AOFA 3A4XA 1LWJA 1C3FA 2W63A 4GINA 2GK1A 2Y24A 2V3GA 3PZIA 5BXPA 1FFQA 1D7FA 1E4NA 5A3HA 4PCTA 1B3ZA 7CGTA 1CNVA 1JZ6A 2F8QA 5E0FA 1BYCA 1JIBA 1OGGA 2WYSA 4PCSA 4W89A 4U31A 4PUDA 3ARZA 1XH1A 2ZX8A 3F5LA 4FK9A 5A6MA 1FH8A 2VNCA 3BGAA 4J27A 4AZ6A 2PWDA 1E6SM 2ZUMA 2OWXA 5C71A 2PWEA 4AD1A 3WQ5A 1KWKA 5EBAA 1PZ2A 4PUEA 1OD8A 2XSBA 4F66A 4HMCA 5I78A 4FLQA 3RJXA 2XVLA 2VVSA 4HA1A 1LWHA 3KWXA 3ZSTA 4B9YA 2EPNA 1QNPA 4UR9A 2EPLX 5A8NA 4B16A 1UG6A 2B31A 2BY2A 2RGLA 4MNKA 4JFWA 2OWWA 1CGUA 4WJXA 2X2YA 1XH0A 4OZOA 1E0VA 1FP9A 1RD6A 3A6OA 4UOZA 3HJEA 1SR0A 5EB8A 1V3KA 1J0JA 2E9BA 5FIPA 1NWUA 3MO4A 3AZSA 2JF6A 1WCGA 4PTXA 3I3BA 1HVQA 3J7HA 1E3ZA 4UNIA 1E5NA 4Z2KA 1ZBVA 1V3JA 1TA3A 1QHOA 4GZJA 1HP5A 3B9AA 2Q8XA 3IAQA 2UY5A 3K8KA 4FMVA 1V6WA 2WBKA 3VD3A 4CD4A 2BXYA 1CEOA 3WN6A 3WF1A 2WHMA 2YDSA 2YA0A 4LYPA 4CD5A 4PYSA 2Y5EA 4D6CA 4DUWA 1CZ1A 2J7HA 2WCAA 3VIPA 5A8OA 5KZ6A 3AROA 2E8YA 4MB1A 1GOOA 7A3HA 4PEEA 3CUIA 3U7BA 4F9DA 2CPUA 2VCAA 4UFLA 3GXFA 1CXKA 1E40A 3CHDA 3MU7A 1PEZA 2J47A 4TVDA 4UQBA 1U33A 1BF2A 2Y2WA 4J3WA 1QI4A 5I23A 4IM4A 4BQ3A 3GM8A 2BNJA 3BLPX 4A3HA 4WKHA 4GQQA 3UESA 2XVKA 3VD4A 3N9KA 3BAIA 4JL1A 3W81A 1PJ9A 4DUXA 3N12A 3EDDA 1PX3A 2VMFA 1VRXA 1FP8A 1R7OA 2BV9A 1E6ZA 3SCSA 3NSMA 4W8BA 5A6LA 3AMCA 1J0ZA 1UH3A 4JIEA 3T0DA 1EHAA 2OYKA 5F7UA 1XH2A 5FD0A 3VU2A 1E6QM 2CETA 1GVIA 1H49A 3SCUA 3VGHA 3ZJKA 3VIIA 1UR0A 4M29A 1UQYA 4H04A 4PMVA 4R27A 2X09A 3WH5A 4EAMA 3RM9A 1MQQA 4MDPA 3UG4A 1H5VA 3OG2A 2CKRA 2EO7A 3OIHA 4UTFA 1RH9A 1JZ4A 3AIEA 4J28A 3FW6A 1GJUA 2XTKA 4JAWA 4DWSA 3ARSA 2J7DA 2VJXA 4QCEA 2W66A 2G3NA 4NZCA 4J3VA 4LGXA 4ZXOA 1NM9A 1W3KA 4U5KA 1LL6A 1DTUA 1KCKA 1Q6GA 1PAMA 5JBDA 3ZM8A 2V3DA 1CXLA 3W6MA 2W92A 4Z2HA 4KMQA 3CHEA 4TTUA 2C0HA 1V6YA 2PF0A 3OLIA 1EDQA 3ARTA 4QLJA 1JL8A 3VDAA 4F79A 2DSKA 4W84A 1VJSA 2CEQA 1BVZA 1JZ5A 5A94A 2ZOXA 3OZOA 4WK9A 3U57A 1QVBA 4N42A 3SCWA 1Q6FA 4RE2A 5CPTA 1HVXA 4PMUA 1MW2A 1XCXA 1JNEA 1UWUA 2WZIA 4MAVA 1OINA 3MANA 2D23A 3N15A 4BCEA 2D20A 5D9MA 1NARA 2VCBA 2JALA 4KRTA 4BQ4A 3AYSA 3TTQA 2BXZA 3DYPA 1VENA 4HTYA 3CUFA 1B9ZA 4UFJA 4GKLA 3W38A 3VDHA 1ODUA 3N18A 1W3JA 4NI3A 5GNZA 3AYRA 3POCA 4WSKA 1AMYA 1LQ0A 3FHAA 1HKMA 1W91A 4FLRA 1R85A 3SCPA 1QHZA 2G3JA 3VKKA 4OJYA 3NCOA 2Y8VA 1DEDA 1G0CA 2WLZA 4H8HA 3AS3A 4AWEA 4W93A 3DHUA 1CIUA 4Q22A 4JHZA 1ZJAA 3NYDA 3FHQA 4J3TA 5LYRA 2BHYA 5DF0A 2DQXA 3RM8A 4TUFA 1US2A 1UWIA 3PZUA 3IJ7A 4PMOA 2EBNA 5I5RA 2NT0A 1VFOA 1HN1A 1J9YA 2WW5A 2DIJA 1V6XA 1PPIA 3U5YA 3ARPA 1E9LA 1E71M 3RDKA 1Q6EA 3W27A 1N82A 1J12A 2QHAA 3AXIA 1DWGM 4P8XA 1P6WA 2G4FA 2J79A 3BLKA 3ZMRA 2O9TA 3L4UA 4OOZA 1NOWA 1W1TA 3DHPA 2X05A 2WSKA 3KL3A 2DSWA 1QW8A 3WFZA 4C7DA 1W9UA 4X0VA 5KEZA 3VD7A 3VNZA 4HMEA 4WSJA 4F9JA 2C8NA 1LG1A 4UFKA 2VRJA 4HPHA 3WUBA 4ATLA 1PIGA 4EKJA 3TTYA 4YHGA 3AHVA 5A2BA 4PRWA 2J78A 5LA2A 3VIJA 2YL5A 5JBEA 1BQCA 1JNDA 2F61A 1MXGA 1E1FA 3KE0A 3WELA 1VFFA 3T0AA 5IHRA 2WMGA 5BYWA 4MJ2A 1FHDA 4M8UA 4ZFMA 1BTCA 2ZUUA 1UD2A 3BAXA 3OB8A 4JFSA 3IJ8A 4HU8A 3EYPA 4PMDA 4LXFA 2OSXA 5E09A 1XD0A 1J0IA 5FCZA 1C8XA 2VI0A 3T0BA 4YPJA 3AS1A 3THCA 2QF8A 1QW9A 3MS8A 3AHTA 4MB4A 2QV4A 5IDIA 3NDYA 3THDA 3WL1A 3WD1A 1E72M 4TX6A 2BHZA 4W5UA 1ISWA 1RP9A 1ISXA 2AAAA 3RILA 3VIHA 2E9LA 2VZTA 3WD2A 3FAWA 2XFRA 1OT2A 3W4RA 2G41A 1UR8A 3MUAA 1X6NA 3MV01 1J11A 3DC0A 1MW1A 2CNCA 2J7EA 5ABFB 4KH2A 2CITA 1HL8A 4GI9A 1EO5A 1V0MA 1KGWA 2E3ZA 2WZHA 1UZ1A 3QHNA 3W26A 4UFMA 2PBOA 2YBTA 3QHMA 5A6BD 3TP4A 3VM7A 1XSKA 2YLLA 2WMFA 3AXXA 4HMDA 2CCRA 3UR7A 1I75A 2E0PA 2EPKX 3WNOA 2CERA 1B3WA 2BY0A 1U30A 1GQJA 3U5UA 5HOSA 2PC8A 1G5AA 5FL0A 4M81A 2VQUA 3POHA 1JZ7A 4NRSA 4AD2A 2DSZA 2PWGA 1OWQA 4JCMA 4BQ5A 1OIFA 2PI6A 2J25A 4M80A 3LPGA 4U33A 1QBAA 3WENA 3MMWA 3WNKA 1IZJA 4UFIA 3PZMA 3T08A 1W2PA 2WMJA 4D6DA 2CBUA 2CBJA 2E9MA 4WIWA 3PZTA 1Q4NX 1UR4A 3VIFA 3VINA 3GZAA 4DM2A 4UQAA 2XGBA 2DEPA 2JEQA 2GJRA 4P8UA 4XZBA 1CENA 2PWHA 1WDRA 2XM1A 1QNSA 1BYBA 2FH8A 2ZXBA 2YA2A 1X6LA 5EFFA 4CU7A 3VNYA 1VEOA 3WY1A 2HVMA 3BMVA 2DSUA 3WD0A 5LA0A 1UH4A 5AY7A 1EXPA 4CVUA 3NJ3A 1JFXA 4WLCA 4CN6A 3SCRA 3U7VA 3AMKA 4P8VA 1UH2A 1ZBCA 3PZOA 3II1A 4CVWA 4GI6A 3SURA 4KWUA 3AMLA 4GPNA 4W88A 2JIWA 2ZX7A 3RMEA 4QAWA 1M7XA 4LYRA 3CIVA 1JZ8A 1V3HA 1J01A 1C7TA 2QMKA 2X8RA 1AQHA 3OA5A 5E9AA 1CDGA 1K9FA 3CMGA 7TAAA 4TXEA 5D9OA 1BPLB 1ZB5A 5LA1A 1SMDA 3MV11 5GPRA 1GHSA 4M24A 2DPEA 4HU0A 2J8GA 1E4IA 3VIOA 3WMBA 4U3CA 2O9RA 2VO5A 3GXDA 1CLVA 2V5DA 4V27A 4D72A 4ACZB 4P7RA 3UEQA 1C8YA 4E4PA 2J7GA 4XB3A 1ISYA 1UA7A 1R8LA 4RE3A 2WZEA 2CHOA 2D24A 2GJXB 2EJ1A 3N13A 1L0PA 3OLGA 3I3DA 2J7BA 1WZKA 1VAHA 3ZT7A 1EQCA 3WF4A 4CN4A 3MUIA 3GXMA 2J4GA 3WNMA 1W3LA 4CU8A 5BXSA 2XG9A 5JBFA 4LPCA 4DWSC 3ARUA 4TVUA 1JYNA 2VR4A 3MSDA 3VGBA 2AMGA 1CGXA 4IISA 1NOFA 4W7UA 3WEOA 3ARQA 3BCFA 3NSNA 4UQDA 1H1NA 1ZL1A 1E70M 4DM1A 1TUXA 1UOKA 2VVNA 1IT0A 5CLTA 3WF2A 3VUPA 4D1JA 4D6IA 1WNOA 1IZKA 3ZJ6A 2A3EA 4MTVA 1UZ4A 5HBFA 1CLXA 3VMOA 4E8CA 3VD9A 3LMYA 1HL9A 3GNPA 3WUFA 5A8QA 1KGXA 3GH7A 2QPUA 2FGZA 5DT7A 3BH4A 2VUYA 2YJQA 1ESWA 3WQ6A 3WD3A 4JKKA 4QLLA 3AIVA 1B31A 4MNLA 4AZCB 2TAAA 4LQ1A 4LX4A 4M82A 1GCYA 4B3KA 4PN2A 1F4HA 1W9VA 2WMIB 1SYTA 1XSJA 3DYMA 1CBGA 1OB0A 2MANA 4GQRA 4UQCA 2WCGA 3RO8A 1R7AA 3WBAA 1M03A 1QI5A 1UR2A 2ZICA 2NSXA 3TOPA 2GSJA 4OOUA 1VFMA 1UYQA 4B15A 5BWFA 3F5KA 5HDRA 4UOJA 2ESCA 4AZBA 2GVYA 4UZSA 4CD6A 3AXHA 4PSRA 1E5JA 4P8WA 3RPMA 1B90A 4CCEA 3BAYA 5BRPA 2FH6A 3NIYA 1LF1A 1GORA 5M03A 2AOSA 1QI3A 4HA4A 3SCNA 4X0NA 3S2CA 1DWFM 3WQVA 2DGAA 2ZUWA 4JFVA 1CGWA 1CYGA 1V0KA 1UD3A 3K4AA 4HP5A 3F4VA 5JUVA 1H0GA 2J7CA 3L2LA 2XM2A 3ZOAA 4WKAA 3UG5A 2E8ZA 1R86A 1FHLA 3WH8A 1V6VA 2QPSA 2W5FA 1W9DM 2V38A 2OWCA 2WLYA 3CBWA 1UR9A 1RPKA 4AZGA 1QI2A 1CXHA 2WB5A 4GZEA 4M56A 5M3WA 4QP0A 5BXRA 2RGMA 4V2XA 1C91A 4OKDA 3FY1A 5FL1A 4Z2JA 1BYAA 4MADA 5M17A 2XVPA 3SUVA 1KXQA 2WC4A 1ITXA 6CGTA 4AZHA 2WC3A 1JYVA 1CGTA 2YLAA 1O7AA 1S46A 1HJVA 3MSGA 5D9NA 1OT1A 3QR3A 3W37A 4AD5A 3VIGA 2GUYA 1U2YA 1JAEA 1M04A 1NWSA 3PN8A 3W6LA 4QCFA 1GUVA 3GH4A 5A1AA 2JF7A 1QPKA 1V0NA 4U3AA 1NP2A 3SCOA 1HKIA 4AY1A 3BMWA 1K6AA 1UUQA 2A3HA 3K8LA 3AI0A 1UD5A 5JIPA 5C8BB 2GK1B 4HOXA 4AIUA 3CO4A 4H8VA 1XD1A 2DIEA 1KWGA 1M01A 1GOMA 1EDTA 2WHJA 3WMCA 3WEZA 4HPGA 3ARVA 4CCDA 4ZE4A 4WKFA 2DT3A 1A3HA 4IPLA 5A6KA 2W62A 1NQ6A 3APGA 3N04A 1CTNA 4FF5A 1WO2A 3WDPP 5EMYA 1PX4A 3UR8A 1OBAA 4JL2A 1EA9C 5M5DA 3K1DA 1HJWA 3QHOA 1MW0A 3WUGA 3O9NA 1E6PA 1HT6A 5CPQA 5AC5A 1EOKA 3W0KA 2J8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D6E A;  3BSH A;  1JD7 A;  1KCL A;  2WMI A;  2WCS A;  1CWY A;  2HIS A;  1FFR A;  3CPU A;  3PZV A;  4H7V A;  2OSY A;  1PX8 A;  3A4A A;  1W1P A;  2YL6 A;  4H2C A;  2IUZ A;  4HOZ A;  4QLK A;  1IV8 A;  2EXO A;  3T09 A;  3ARX A;  3MUY 1;  5IXE A;  1A47 A;  1MQP A;  1HJX A;  1UD4 A;  1TMQ A;  2XFY A;  1V02 A;  2JFE X;  2G8Z A;  2ZX5 A;  3OGS A;  4ATW A;  3D5H A;  1DWH M;  3WQ8 A;  5HXM A;  3K46 A;  5FOO A;  3EDJ A;  1VB9 A;  1TZ7 A;  1JXJ A;  4L4P A;  4H41 A;  1V08 A;  3W25 A;  1D3C A;  1WDP A;  2VZO A;  4K68 A;  3WH9 A;  1E6N A;  1BHG A;  1WZA A;  2CXG A;  4UZU A;  1M53 A;  1KGU A;  1EIB A;  1W32 A;  2VR5 A;  2WVV A;  2E40 A;  2OYL A;  4AIO A;  5IHS A;  1UA3 A;  3SCV A;  1JDA A;  1HP4 A;  1MQR A;  3AZR A;  3WDJ A;  4RE4 A;  5AYB A;  8A3H A;  1K9T A;  5D4Y A;  5CGM A;  4HA3 A;  3M46 A;  1PIF A;  1GQK A;  4Z2G A;  2D0G A;  8CGT A;  3AIB A;  3M6D A;  2WAG A;  3BAK A;  3GXI A;  4AD4 A;  4L4O A;  5I0D A;  4Z2I A;  4NF7 A;  4URI A;  1BGG A;  3ARR A;  4X9Y A;  4J3X A;  3EDE A;  1OSE A;  1VEP A;  4YN5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4D6E A;  3BSH A;  1JD7 A;  1KCL A;  2WMI A;  2WCS A;  1CWY A;  2HIS A;  1FFR A;  3CPU A;  3PZV A;  4H7V A;  2OSY A;  1PX8 A;  3A4A A;  1W1P A;  2YL6 A;  4H2C A;  2IUZ A;  4HOZ A;  4QLK A;  1IV8 A;  2EXO A;  3T09 A;  3ARX A;  3MUY 1;  5IXE A;  1A47 A;  1MQP A;  1HJX A;  1UD4 A;  1TMQ A;  2XFY A;  1V02 A;  2JFE X;  2G8Z A;  2ZX5 A;  3OGS A;  4ATW A;  3D5H A;  1DWH M;  3WQ8 A;  5HXM A;  3K46 A;  5FOO A;  3EDJ A;  1VB9 A;  1TZ7 A;  1JXJ A;  4L4P A;  4H41 A;  1V08 A;  3W25 A;  1D3C A;  1WDP A;  2VZO A;  4K68 A;  3WH9 A;  1E6N A;  1BHG A;  1WZA A;  2CXG A;  4UZU A;  1M53 A;  1KGU A;  1EIB A;  1W32 A;  2VR5 A;  2WVV A;  2E40 A;  2OYL A;  4AIO A;  5IHS A;  1UA3 A;  3SCV A;  1JDA A;  1HP4 A;  1MQR A;  3AZR A;  3WDJ A;  4RE4 A;  5AYB A;  8A3H A;  1K9T A;  5D4Y A;  5CGM A;  4HA3 A;  3M46 A;  1PIF A;  1GQK A;  4Z2G A;  2D0G A;  8CGT A;  3AIB A;  3M6D A;  2WAG A;  3BAK A;  3GXI A;  4AD4 A;  4L4O A;  5I0D A;  4Z2I A;  4NF7 A;  4URI A;  1BGG A;  3ARR A;  4X9Y A;  4J3X A;  3EDE A;  1OSE A;  1VEP A;  4YN5 A; 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