The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
152
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sequence length |
466
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structure length |
466
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Chain Sequence |
RLTELREDIDAILEDPALEGAVSGVVVVDTATGEELYSRDGGEQLLPASNMKLFTAAAALEVLGADHSFGTEVAAESAPGRRGEVQDLYLVGRGDPTLSAEDLDAMAAEVAASGVRTVRGDLYADDTWFDSERLVDDWWPEDEPYAYSAQISALTVAHGERFDTGVTEVSVTPAAEGEPADVDLGAAEGYAELDNRAVTGAAGSANTLVIDRPVGTNTIAVTGSLPADAAPVTALRTVDEPAALAGHLFEEALESNGVTVKGDVGLGGVPADWQDAEVLADHTSAELSEILVPFMKFSNNGHAEMLVKSIGQETAGAGTWDAGLVGVEEALSGLGVDTAGLVLNDGSGLSRGNLVTADTVVDLLGQAGSAPWAQTWSASLPVAGESDPFVGGTLANRMRGTAAEGVVEAKTGTMSGVSALSGYVPGPEGELAFSIVNNGHSGPAPLAVQDAIAVRLAEYAGHQAPE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of the Actinomadura R39 DD-peptidase reveals new domains in penicillin-binding proteins.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Actinomadura sp. r39
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| molecule keywords |
D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
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| total genus |
152
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| structure length |
466
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| sequence length |
466
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
3.4.16.4: Serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase. |
| pdb deposition date | 2004-08-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02113 | Peptidase_S13 | D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bba) Sandwich | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; | D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5CXW A; 4MBF A; 4ZJ2 A; 1YLP A; 1BZA A; 3N6I A; 2JC7 A; 2XLN A; 4GDN A; 1FSW A; 2WUQ A; 4WEL A; 3BLM A; 3GMW A; 3VMA A; 4JLF A; 4U0T A; 3G2Y A; 4B4Z A; 4ZAM A; 3BLS A; 5E2E A; 4N92 A; 5TR7 A; 3WS1 A; 1E4D A; 3V3R A; 1I2S A; 5FI7 A; 4X69 A; 3Q7Z A; 4JXS A; 3ZDJ A; 3MXS A; 2ZC7 A; 3HBR A; 3C4P A; 3FZC A; 2G2W A; 1BUE A; 2Y2J A; 1YM1 A; 2Y2I A; 1SCW A; 1JTD A; 1K4E A; 5CER A; 2WZZ A; 5DF8 A; 4E3M A; 3NC8 A; 3IHA A; 1PWD A; 4GZB A; 2HP5 A; 2Y2L A; 3ISG A; 3GQZ A; 2ZQ9 A; 5AQA A; 3M6B A; 4S2P A; 1DJB A; 3NBL A; 1JVJ A; 4JXW A; 4UHU A; 5CRF A; 4KZ9 A; 1M40 A; 5FI6 A; 1IEM A; 1MWU A; 2WYX A; 1K25 A; 1XKZ A; 2XR0 A; 3ITB A; 3SOI A; 3ZVW A; 5DTK A; 4WZ5 C; 2UWX A; 5EE8 A; 3ZCZ A; 4DXC A; 4BL3 A; 1O07 A; 3VP2 A; 4P85 A; 4B4X A; 1KDS A; 4JBF A; 4EWF A; 3VP3 A; 2R9W A; 4OKP A; 1W7F A; 1DJC A; 4Y0O A; 4WMC A; 4X56 A; 1MWR A; 3BFF A; 4RA7 A; 3MKE A; 5FQI A; 1PWG A; 4OQG A; 3N8S A; 1ES3 A; 4C6Y A; 1J9M A; 3HLB A; 1PI4 A; 1K57 C; 4X53 A; 3VFF A; 4CJN A; 1MWS A; 3SH7 A; 5E2H A; 2H10 A; 3EQU A; 2XH9 A; 4KZ4 A; 1PYY A; 4OP8 A; 1YLW A; 3HLF A; 4GD8 A; 4Y0T A; 3VSK A; 2Y2O A; 3EQV A; 1I5Q A; 3OCL A; 5GHY A; 3MZE A; 4ZJ1 A; 5FSR A; 3ZGA B; 4RX3 A; 4XUZ A; 1BT5 A; 1YMS A; 4JF5 A; 5F83 A; 4BL2 A; 2WGV A; 3IWQ A; 1FR1 A; 1L2S A; 1CEG A; 3ZHH A; 3HLW A; 1KDW A; 3HL9 A; 1K6R A; 1XXM A; 1K56 D; 4UA7 A; 5AQB A; 4DRT A; 4JXG A; 2E8I A; 2I72 A; 3GSG A; 1PZP A; 4DE0 A; 3HLG A; 2ZMA A; 4LCL A; 3C4O A; 1E3U D; 1SDN A; 4LV3 A; 4S2O A; 5GL9 A; 3PBQ A; 3HUN A; 1IYO A; 4OPY A; 5A93 A; 1JWP A; 3SS5 A; 1ES5 A; 1KE4 A; 1MXO A; 1ES2 A; 1ERQ A; 1NRF A; 1ZKJ A; 1IEL A; 3Q1F A; 3AGE A; 4A5R A; 1YQS A; 3IXD A; 1ESU A; 5CGW A; 5A91 A; 5TFQ A; 2HDQ A; 3TG9 A; 3VP0 A; 5KSC A; 2H5S A; 3OC2 A; 4WZ4 A; 4BQM A; 1SHV A; 1M6K A; 3P98 A; 4KG5 A; 4OP5 A; 5M18 A; 3IXB A; 1Q2Q A; 2XFT A; 1WE4 A; 1TDL A; 4F94 A; 1Z6F A; 1GHM A; 4N9L A; 4D2O A; 2HDR A; 4C75 A; 1OME A; 3N8R A; 1CI9 A; 1FCN A; 4FD8 A; 4OQI A; 5HFO A; 3SH8 A; 5GLB A; 1KVL A; 1YT4 A; 1TVF A; 4BD1 A; 5HL1 A; 1DJA A; 1QME A; 1NYM A; 4KZB A; 4GOG A; 5FQM A; 1H8Y A; 2EX8 A; 3LY3 A; 3ZG7 B; 1HTZ A; 2EX6 A; 3O3V A; 2WKE A; 4GNU A; 4DE2 A; 2ZQ7 A; 1IYP A; 3PBN A; 4O7D A; 1K57 A; 2V2F F; 5FI2 A; 5GHX A; 2Y2Q A; 3S1Y A; 1XP4 A; 4DKI A; 4QJG A; 3ZG8 B; 3AGD A; 3BFE A; 1ONH A; 2EXB A; 1Y54 A; 4K0X A; 3MZF A; 4WEK A; 1CEF A; 3G31 A; 5KZH A; 1BUL A; 1ZC2 A; 3DWK A; 3O87 A; 4U3T A; 1K56 A; 4WBG A; 2A49 A; 1ERM A; 3GTC A; 3WS4 A; 4DE3 A; 2Y2N A; 2HP9 A; 4KZ6 A; 3PAE A; 2WK0 A; 5J8X A; 3Q82 A; 1E3U A; 2XDM A; 2PU4 A; 4Q8I A; 1H5X A; 5FAP A; 3A3I A; 1KGE A; 4BLM A; 4NET A; 5GHZ A; 4IVI A; 3HRE A; 3FKV A; 5EUA A; 3D4F A; 5IHV A; 4R1G A; 1K55 C; 1QMF A; 1RCJ A; 1S6R A; 1XA7 A; 5F1G A; 3VOZ A; 2Q9M A; 3S4X A; 4N1H A; 1BTL A; 2B5R A; 1EWZ A; 4FH2 A; 4DE1 A; 4LEN A; 3ZFZ A; 4WEJ A; 4QB8 A; 2WKI A; 3UN7 A; 5HAR A; 3W4Q A; 1CK3 A; 1BSG A; 3A3F A; 1XGI A; 3Q07 A; 1O7E A; 1RGZ A; 3C7U A; 2X02 A; 2Y2M A; 3IF5 A; 4HES A; 5FAO A; 4KG6 A; 1LI9 A; 2ZC6 B; 4GDB A; 4DF6 A; 4KQR A; 3JYI A; 4S2J A; 5TGF A; 5AQ7 A; 2Y2P A; 4RVA A; 3HUM A; 1N4O A; 3A3D A; 3M2K A; 3ZG0 A; 2J7V A; 3VFH A; 2XEP A; 4OH0 A; 2GDN A; 4QY6 A; 2C5W B; 2C6W B; 4S2L A; 1KGF A; 1L0D A; 4YIN A; 1K54 C; 1AXB A; 2DNS A; 3UY6 A; 4RX2 A; 3QNC A; 2ZM2 A; 2Y2K A; 3DTM A; 4BEN A; 4H8R A; 1JTG A; 4E6X A; 3WS5 A; 4ZTK A; 1E25 A; 5FQQ A; 5CEC A; 4MLL A; 4KZ5 A; 5EOO A; 5EVI C; 4DXB A; 3FKW A; 3NI9 A; 3RXX A; 3V5M A; 5HAP A; 1PW8 A; 3P09 A; 3PBO A; 1IKI A; 4M3K A; 2ZM0 A; 2OV5 A; 5FA7 A; 3HLD A; 4P87 A; 2XFS A; 2ZQA A; 5FAQ A; 2EFX A; 5EVI D; 2FFY A; 5M1A A; 1G6A A; 2ZD8 A; 3V50 A; 4ZDX A; 5G18 A; 2ZQD A; 3IHB A; 2EX9 A; 3OPH A; 2V20 A; 3IF6 C; 1ONG A; 3OZH A; 3Q7V A; 4OPQ A; 4ZJ3 A; 1ERO A; 4EUZ A; 3E2K A; 3O86 A; 3Q7V B; 1PI5 A; 3UPN A; 4R3J A; 1YLZ A; 1W8Y A; 1GCE A; 3CZD A; 1W8Q A; 2WGW A; 2R9X A; 2WGW B; 1K55 A; 4UA6 A; 4QHC A; 4LCM A; 4BD0 A; 1BLH A; 3IQA A; 1YLJ A; 3MBZ A; 3MKF A; 4MEZ A; 4P6B A; 2RCX A; 4KEN B; 3SS3 A; 5EPH A; 5EOE A; 3NCK A; 5D3O A; 4DDY A; 5DF9 A; 1EI5 A; 3IT9 A; 4XXR A; 3UNW A; 5L2F A; 5DTS A; 4KZ3 A; 1LLB A; 3WRT A; 1SKF A; 4S2N C; 3UE3 A; 3PBS A; 1G68 A; 1L0G A; 2JCH A; 5CHU A; 1ESI A; 4PPR A; 2Y2H A; 2DRW A; 4LV2 A; 1PIO A; 2A3U A; 2WZX A; 3ITA A; 5CHM A; 3BFG A; 1PWC A; 2JBF A; 4FH4 A; 2IWB A; 1NYY A; 3W4P A; 1FSY A; 4E3J A; 1S0W A; 1ES4 A; 3VOY A; 1Q2P A; 4MBH A; 4NK3 A; 3ZNY A; 1IKG A; 4WZ5 A; 1YLT A; 3GRJ A; 3HUO A; 3UPO A; 3W8K A; 3G35 A; 3G2Z A; 4KZ7 A; 1PW1 A; 1GHI A; 2XK1 A; 2ZC5 B; 2Y55 A; 3PBR A; 4HBU A; 4FSF A; 1KVM A; 1VM1 A; 2VGJ A; 2QMI A; 1W5D A; 1C3B A; 2ZQ8 A; 1KE0 A; 3OCN A; 4Y7P A; 3PTE A; 5EVI A; 4E3K A; 5I94 A; 1TDG A; 5EVI B; 1L0F A; 3MZD A; 4OVD A; 3UE0 A; 4MBK A; 1XGJ A; 1RGY A; 1WYC A; 2WGI A; 2X01 A; 1BLC A; 4EQI A; 2ZC3 B; 5E2G A; 5HAI A; 5A92 A; 1N9B A; 2XF3 A; 3A3E A; 4GKU A; 2CC1 A; 4GB7 A; 3VP4 A; 3A3J A; 2WAE A; 1ZG4 A; 3B3X A; 4EBN A; 2H0Y A; 1NJ4 A; 4OQH A; 5AQ9 A; 3IWO A; 2HPB A; 2OSU A; 2WKH A; 1XA1 A; 4GN2 A; 5DVA A; 5CTM A; 2OLV A; 3BEC A; 2PBY A; 2Y2G A; 4L0L A; 3W4O A; 3G4P A; 1BLP A; 2QZ6 A; 4LV0 A; 4X6T A; 1JWV A; 1MY8 A; 5E2F A; 5U47 A; 5CGS A; 3IXH A; 2JE5 A; 4OOY A; 1MWT A; 2XQZ A; 3SH9 A; 4XUX A; 2HDS A; 3NIA A; 3NY4 A; 4S2K A; 2H0T A; 3IXG A; 1LL9 A; 3SS4 A; 4ZBE A; 4KZ8 A; 1K6S A; 5EEC A; 1ZG6 A; 3VSL A; 3HLE A; 4R3B A; 4B88 A; 1CI8 A; 3AGF A; 3BEB A; 3OPL A; 4K91 A; 2ZQC A; 5GLD A; 1LL5 A; 3LEZ A; 2ZJ9 A; 5GLC A; 4YFM A; 2OLU A; 2Y4A A; 3HVF A; 2Y91 A; 3Q81 A; 2DCF A; 3ZVT A; 2ZC4 B; 3WWX A; 5DTT A; 4KQO A; 4OLD A; 1IYQ A; 4S2M A; 4JF6 A; 4OOM A; 3UDF A; 3V3S A; 5F1F A; 3LCE A; 3IH9 A; 3MFD A; 4R4R A; 3WS0 A; 2J9P A; 3M6H A; 3BM6 A; 3HLC A; 2P9V A; 3N7W A; 4PM5 A; 1FOF A; 3O88 A; 2P9V B; 2Y59 A; 5CHJ A; 1FCO A; 1U60 A; 5DF7 A; 1ALQ A; 3QHY A; 3UO9 A; 4EV4 A; 4WYY A; 2HDU A; 5FAS A; 2QPN A; 1H8Z A; 3UDI A; 2XGN A; 4IBX A; 3TOI A; 3NDE A; 1NZU A; 3PAG A; 1HZO A; 2J9O A; 4OLG A; 4R23 A; 4MNR A; 1FQG A; 1YMX A; 3GR2 A; 4S2I A; 3WS2 A; 1NZO A; 5CED A; 2XD5 A; 3G32 A; 3N8L A; 2FFF B; 4E3L A; 5KSH A; 1I2W A; 3DW0 A; 3ZNT A; 1GA0 A; 1K38 A; 4BJP A; 5HAQ A; 3FV7 A; 5F82 A; 4X68 A; 4HBT A; 4X55 A; 4U0X A; 5GLA A; 1HVB A; 4LV1 A; 3VP1 A; 3UPP A; 5JYP A; 2P74 A; 4OOL A; 1LHY A; 3V39 A; 5JYO A; 4E3N A; 5KMW A; 2EX2 A; 4Z9Q A; 2Z2L B; 4QD4 A; 5FQK A; 3NDG A; 4OPZ A; 5E43 A; 3LO7 A; 1IYS A; 2WAD A; 3OPP A; 4E3I A; 4K0W A; 4E3O A; 3UE1 A; 1SDE A; 4JPM A; 4PM8 A; 4QU3 A; 4JXV A; 4OON A; 4R0Q A; 2RL3 A; 2EXA A; 3DWZ A; 1GA9 A; 3GV9 A; 1MPL A; 2XD1 A; 4EBP A; 4JF4 A; 4JKT A; 3G30 A; 1FR6 A; 2IWC A; 1MKI A; 1XPB A; 2G2U A; 4DDS A; 4R4S A; 1VQQ A; 3WRZ A; 4C3Q A; 1DY6 A; 5FQJ A; 1GHP A; 5HX9 A; 2IWD A; 3E2L A; 3G34 A; 1K54 A; 1LI0 A; 3MXR A; 2V1Z A; 5EVL A; 1KGG A; 4IVK A; 1NY0 A; 2ZM8 A; 4P0M A; 3RJU A; 1TEM A; 4FCF A; 2EFU A; 4KZA A; 4N1X A; 1NXY A; 1KE3 A; 3TSG A; 3C5A A; 3LY4 A; 4GD6 A; 4OQ0 A; 3M2J A; 3ZG5 A; 2Q9N A; 4OPR A; 1BLS A; 2PU2 A; 3IWI A; 2VGK A; 2Z2M B; 3CJM A; 4Y0U A; 3C7V A; 1HD8 A; 3OPR A; 1JWZ A; 3GVB A; 3FYZ A; 3UDX A; 3S22 A; 3IH8 A; 3IF6 A; 5CTN A; 3BFC A; 3CG5 A; 3RXW A; 4QY5 A; 1RP5 A; 3IF6 B; 5CEB A; 5CGX A; 2J8Y A; 3FWL A; 3CMZ A; 4CPK A; 2BLS A; 5FAT A; 4PMA A; 4N9K A; 4PM7 A; 4UAA A; 4UA9 A; 1XX2 A; 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