1ZBIA

Bacillus halodurans rnase h catalytic domain mutant d132n in complex with 12-mer rna/dna hybrid
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
EIIWESLSVDVGSQGNPGIVEYKGVDTKTGEVLFEREPIPIGTNNMGEFLAIVHGLRYLKERNSRKPIYSNSQTAIKWVKDKKAKSTLVRNEETALIWKLVDEAEEWLNTHTYETPILKWQTDKWGEIKADYGRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of RNase H Bound to an RNA/DNA Hybrid: Substrate Specificity and Metal-Dependent Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/rna/dna
source organism Bacillus halodurans
molecule keywords 5'-R(*GP*AP*CP*AP*CP*CP*UP*GP*AP*UP*UP*C)-3'
total genus 40
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.26.4: Ribonuclease H.
pdb deposition date 2005-04-08
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 1zbiA00
4KB1A 1CXUA 1FKPA 1HQEA 3DMJA 4CHNA 3P1GA 4AHVA 5J2PA 3SQ4A 1L3SA 4QOZB 1S1UA 2DY4A 3S9HA 4PWDA 4HTUA 4DF8A 1SV5A 4M41A 3FFIA 4CF8A 4OKKA 1EX4A 4BDYA 3KD1E 4FK0A 1KLMA 1RBRA 4M3WA 3OY9A 1ZBLA 4Z4EA 2IAJA 3K2PA 1SL2A 4QCLA 3TAGA 3TABA 3OYKA 2YNGA 4F3TA 3OS1A 4CJFA 4NCBA 2QK9A 2KZZA 1XHXA 3BDPA 1HYSA 3LALA 3TWHA 3LP3A 3AA3A 3OYMA 3E01A 2XY8A 3SI6A 4AHTA 3S3NA 4W5TA 4PQUA 3LZJA 1MU2A 1ZBHA 1RTDA 1G15A 1LW0A 3AVJA 3KLGA 1ASVA 3NDKA 2HW3A 4IG3A 3K58A 3CYMA 2YKNA 4N5SA 1Y97A 1ZBFA 3K5LA 4J2EA 1XI1A 2OPRA 1EP4A 3MXMA 3P83D 3AA2A 1W9HA 1HYZA 2JGUA 4CK2A 3HK2A 4FLYA 1NK8A 3P5JA 3OYEA 1HNIA 1QSYA 3RR8A 4BE0A 3SPYA 4DWIA 3HJFA 3SUNA 1BI4B 2F8TA 1RT3A 3LANA 3ISNC 4MQ3A 3TI0A 1NOYA 2LSNA 3VQCA 3C94A 3PX0A 1RDBA 4G1QA 2ZQBA 4HCCA 4E7JA 3VQBA 4FJ5A 3I8DA 3M8SA 1VRUA 2OA8A 2HMIA 3LPUA 4CF9A 3VQQA 4CJVA 3NH1A 2XRIA 3DOKA 4CJ5A 4XIUA 4I9QA 4DQPA 2HHVA 3QEVA 3RTVA 1BL3A 2G8FA 2OYQA 1HNVA 3L2VA 1HJRA 3V9WA 3VQPA 3ZT0A 4FLWA 3S3MA 1VRTA 3L3UA 2FBXA 4H4MA 2IOCA 4CIEA 4FLXA 2G8VA 3ZSRA 4CHQA 4CK3A 2P51A 1O1WA 3VQ7A 5KRTA 3AA5X 4CJSA 3SYZA 1TK8A 1TL1A 4CJEA 1NJXA 3QO9A 3KLIA 2YNIA 2IGIA 4DSIA 1VSDA 4CFCA 1QSSA 4FK4A 4AHUA 1NKEA 1A5XA 4W5NA 3VQ5A 1IO2A 2VG6A 3TAFA 4B9MA 3DLEA 2XO7A 1TKXA 3AO2A 3LWMA 1JLAA 2BE2A 5HLFA 1QQCA 1TL3A 2HHXA 3LZIA 3KTQA 3NH2A 1S1TA 1BCMA 4OGCA 5FRMA 4JRQA 4FW2A 2G8UA 3WNEA 4FJXA 4LSLA 2RKIA 4Z4FA 4FLVA 5HRSA 2Z1JA 1QSLA 1HMVA 2HB5A 1T03A 4AH9A 3QESA 4O55A 3DLHA 1ZBUA 1JLEA 2OPQA 3LAKA 3AO3A 1RCHA 4LH5A 4E1NA 3NGYA 4B9SA 3HO1A 2HNZA 1SKSA 3QEWA 3NH0A 3RMBA 4KKOA 1NKBA 1WN7A 2XY5A 1RT5A 2FC0A 1U4BA 3V9SA 1I39A 4MFBA 3SPZA 1EKEA 4K8ZA 4OKJA 4FLUA 4LD0A 4B3OA 3AVCA 2W42A 2X74A 3THVA 3B6PA 3OYBA 3ZCMA 3LAMA 3ZT1A 5J1EA 3I0SA 3JSMA 1HRHA 4FM0A 1VSEA 3SZ2A 3HYFA 4DQRA 3QNOA 1L5UA 5T7BA 1LWEA 4CEZA 3HT3A 4DLGA 1L3UA 2X78A 3DM2A 4IBNA 5KI6A 4DSEA 4KRFA 1ZBIA 1FXXA 3QLHA 3KLHA 3AO4A 3T19A 3HM9A 2XHBA 1TK0A 5SZTA 5DK5A 1IKWA 1RT2A 1JLGA 3I0RA 3V6DA 3RRGA 3KLFA 4CFDA 3VN5A 3VA3A 1N5YA 3KD5E 4KPYA 3M8RA 4ELTA 4KO0A 3ZSQA 5J2QA 4EZ6A 3LDSA 1WLJA 3HP6A 2GV9A 1BI4A 1J53A 2FBYA 4LY7A 4CFBA 4N56A 1UAXA 2RPIA 4LH4A 4HUFA 4FLZA 3SV3A 4M3UA 1QS4A 4FLTA 2G8KA 4KV8A 4CHOA 3DRRA 4RW8A 1BCOA 2DFFA 2I5JA 2OPPA 1WSFA 1EXQA 1YT3A 4M3TA 4Q0BA 1S9GA 5I3UA 3BGRA 4LSNA 1NK4A 4BACA 4M3YA 1B9FA 4CJ4A 4ID5A 1SUQA 3OYDA 1RTJA 4HHTA 4I2PA 4M3XA 4RG8A 2GBZA 4FJ9A 3KJVA 4DTUA 5KTQA 1J5OA 1Z26A 3PX4A 1BIZA 1IKYA 1B9DA 4E0DA 2P1JA 3O3GA 3TANA 4B9TA 1TK5A 3SV4A 4KHQA 4DU4A 2RF2A 2YV0X 1JXBA 3O3FA 1A5WA 1S6PA 2E6MA 3C95A 2PZSA 3DOLA 4KTQA 4UQGA 4FXDA 3VQ4A 1KSPA 3OS0A 3NHGA 3HPGA 4NYNA 3AVNA 4JLHA 4DS4A 1R0AA 4KREA 2YKMA 5D3GA 1WAJA 2HHTA 4B8CA 4AHRA 1IH7A 1JLCA 1D5AA 1S1VA 5CZ2A 1FKOA 3V1QA 3U3YA 3NF9A 4DQQA 4DTMA 2XY7A 4Q5VA 3OJSA 3IG1A 3KKSA 3VA0A 2ATQA 3NFAA 3O4QA 2D0BA 2QKKA 1UOCA 4ZTFA 4N41A 4B08A 4E7IA 3DLKA 1DLOA 4CJWA 4DSJA 3OJUA 3OYHA 1C0UA 4WE1A 4DFJA 1XC9A 4CGDA 1LAVA 2VWKA 3PO5A 4F4KA 3NF6A 4DMNA 4ICLA 3L2WA 4DSKA 1VSLA 4KHWA 1LV5A 1J54A 1KRPA 3D45A 1KTQA 4KI6A 4CEBA 4YFUA 2KTQA 1WAFA 4CERA 4CHPA 4DS5A 4W5RA 4K8XA 1RDCA 4OLAA 3MEDA 1TGOA 1JLBA 1VSIA 2FBTA 5C24A 4E3SA 4CEEA 4KAZA 1GOAA 4CEOA 3AVBA 1QTMA 2QXFA 1KVCA 4O44A 4GMJB 1C1CA 1U45A 1RBTA 3LP0A 1CZ9A 3RR7A 4HCBA 2D0CA 4N76A 4F8RA 1T05A 1U04A 4DTSA 4CGGA 4CGHA 3QEXA 1WNSA 1X9WA 4DU3A 3IS9A 1BGXT 1L3VA 2G8WA 1NJWA 4JS4A 3C6UA 1NK6A 4Z4CA 4I7FA 3SUPA 4J2DA 1XHZA 4KB0A 5HP1A 1LWFA 4F3OA 4FM1A 4FZXC 2G8IA 4F2SA 1TKTA 1RT6A 4I2QA 4R5PA 1TKDA 3PX6A 4ELVA 5KGWA 4W5QA 1RT4A 4TSXA 3HPHA 4JRPA 1KLNA 4IKFA 1HQUA 2P5OA 3NF7A 3WNFA 1ZYQA 3NAEA 3DLGA 1KFDA 4E7LA 3ULDA 4ZTJA 1K6YA 1A5VA 4KHUA 4C8NA 2KZMA 2D5RA 4M45A 3SCXA 3OS2A 3NBPA 4N47A 4DTXA 3A2FA 3MXIA 3DLBA 1N6QA 3H08A 4F2RA 3MXJA 2EHGA 3MECA 3O4NA 4CEQA 3LP1A 4M42A 4KHYA 4CK1A 1X9SA 2Z1IA 2B5JA 4FJNA 3AVFA 4OPKA 4FJ7A 2Y1JA 1U47A 2P5GA 1RTHA 1DTTA 2JLEA 3VQ9A 4Y1CA 1T8EA 3M8PA 2D0AA 4FCYA 5J2NA 2ZE2A 1IKVA 3OYCA 3ZSXA 1CLQA 5HROA 1RNHA 1NJZA 4OKEA 1BQNA 5CYMA 1TVRA 4B9VA 2QKBA 3HP9A 4DQSA 4OGEA 3VQ8A 4O4GA 4C8OA 1NK0A 1VSJA 1KCFA 1FK9A 4AILC 1BIUA 5I42A 2BANA 3SNNA 5CY4A 1BHLA 1LWCA 2B6AA 3ZT3A 1XWLA 3NCIA 1WSJA 1JLFA 1RDAA 4AHCA 3QEIA 1VSKA 5HRRA 3RMAA 2PYJA 3K5OA 3HL8A 4HVJA 4QAGA 1RTIA 3AO1A 5EU7A 4CJKA 2ITGA 3AO5A 4DTPA 3OVNA 3D0PA 4PY5A 4ID1A 3MAQA 1WSIA 3HXMA 3SQ1A 2Z1HA 1ASWA 1S6QA 3PO4A 4C8KA 2Y1IA 4BDPA 5HRNA 3TAQA 1YTAA 4RW6A 5CZ1A 3QIPA 1U48A 2HHUA 1HYVA 1NJYA 3C6TA 3DI6A 3ASMA 4OVLA 4PA1A 3AV9A 4Z0UA 4CJQA 3SJJA 2OZMA 2XY6A 2WONA 1F21A 4FJIA 2IC3A 2X6NA 1UWBA 4Y1DA 4CGIA 4KFBA 3SUOA 3MEEA 2B4JA 3L8BA 1SL0A 2R7YA 3PV8A 3LPTA 2YNHA 5FDLA 3V4IA 3AVMA 4NYFA 4Z4IA 2BGGA 1BQMA 2ETJA 3L3VA 4M3RA 4H4OA 3TR8A 2O4GA 3CQ8A 3AA4A 4DG1A 3U6FA 3ITHA 4DTOA 4J2BA 4OLBA 4DTRA 3HVRA 1UA0A 3G10A 5C42A 1TAUA 4CF0A 1D8YA 3SQ0A 4RW4A 1SKRA 4NCGA 4CGJA 1LAWA 3VQAA 3L2UA 1Q9YA 3DLRA 1GOBA 1WSGA 2VWJA 2OZSA 3OYIA 4CJRA 4CF1A 2AJQA 3CFPA 4DFPA 1KVAA 5DMRA 1IG9A 4KTWA 1WSHA 1I3AA 1RDDA 3AVGA 4O5BA 4B8AB 3OYAA 3NGZA 4L8RB 1VSFA 1C0TA 4KTZA 5FROA 3ZT4A 3EYZA 5FRNA 4EP5A 1RT7A 2HHWA 1EETA 1B92A 4KHSA 1KVBA 4GW6A 3SUQA 4M3ZA 5JS1A 3M8QA 1DTQA 2YNFA 4IG0A 3WNGA 2PY5A 1VSHA 3QETA 4CF2A 3EY1A 3HVTA 4BWMA 3AVIA 3PY8A 1D9FA 2WOMA 4OPJA 1RT1A 1KFSA 2KQ2A 3G0ZA 1D9DA 4KHNA 1JLQA 5KGXA 3OYLA 2DFEA 2HNDA 4CEAA 4FZYA 4BWJA 4E89A 4DQIA 1S1WA 2FBVA 2KW4A 4YNQA 3QIOA 4CHYA 4DSLA 2VG5A 4B9NA 3V9XA 3OYNA 2KFNA 2HHSA 1UA1A 3L2QA 1GOCA 1C6VA 4CGFA 4I9LA 4DU1A 2HNYA 2E6LA 4CIFA 4B9UA 3B6OA 4DFKA 4CJUA 4DSFA 3TARA 2X6SA 3F9KA 3KKRA 3PUFA 3LWLA 1S5JA 3ALYA 3V81A 2BDPA 5HRPA 4DTJA 3IAYA 1JL2A 4JS5A 4FYDA 4AHSA 3KK2A 4CEDA 1J9AA 2A1SA 4FJGA 3JYTA 3RMCA 4FJLA 4NCAA 5K14A 3VQ6A 3HPOA 1Q9XA 4FJ8A 2VG7A 3CFOA 4HUEA 3CFRA 1QE1A 1RBVA 2F8SA 2RN2A 1NKCA 2HVIA 3V1RA 2YHAA 3S3OA 2YHBA 1ITGA 1REVA 2Q3SA 3RRHA 1SKWA 4GVMA 4BE1A 4CCHA 4CFAA 3OYFA 1RBSA 3MEGA 4E1MA 3VQEA 2ZD1A 1YVUA 3T1AA 3U3GA 3WNHA 1C1BA 1X1PA 4CIGA 1S9EA 5J2MA 1C1AA 3V9UA 4C8LA 4E7KA 5SWMA 3AVLA 4ZHRA 3QINA 1VK0A 4DF4A 3TAEA 1IKXA 4IFYA 3ZSWA 4FJHA 3NF8A 3ZSVA 4Z4GA 3IRXA 3NGIA 4FVMA 3T3FA 2OPSA 1HPZA 4FK2A 4ELUA 1VSMA 3LP2A 4CJLA 4CJTA 1WSEA 3KK1A 3K5MA 4BE2A 4PUOA 3TAMA 4FJKA 1QHTA 2DTUA 3KLEA 3OYJA 1SL1A 2O4IA 4CEFA 2KFZA 1ASUA 3OYGA 2IS3A 1Z25A 4HUGA 4W5OA 2HVHA 1NK9A 4FJJA 1JXEA 1TKZA 4CE9A 3HSTB 4DFMA 3QNNA 4CJPA 4H8KA 3V9ZA 2PYLA 3RMDA 3SQ2A 4Z4HA 4RW9A 4CHZA 5JS2A 3K5NA 3K57A 3QERA 3AVAA 3UIQA 4DTNA 1CZBA 3L2RA 3ZSYA 1NK7A 2HHQA 4O0IA 2G8HA 3TAPA 1CXQA 4J2AA 4FZZA 4E7HA 2DFHA 2GUIA 4IDKA 4BDZA 4CECA 1TAQA 3CG7A 3DRSA 5C25A 4EZ9A 3KK3A 1RBUA 4IFVA 4C8MA 3V1OA 3AVKA 4FM2A 4E19A 1TV6A 2E4LA 4FW1A 2F96A 1T7PA 3RWUA 3ZT2A 1LW2A 2Z1GA 1U49A 4KI4A 1W0HA 3F73A 1BISA 4EP4A 1JKHA 1Q8IA 3O3HA 1NOZA 2NUBA 3DYAA 4O0JA 4FJMA 3KIOA 1S1XA 1YTUA 3DRPA 4CESA 4CJ3A 1X9MA 5KRSA 3QEPA 5HBMA 1RILA 4OJRA 3VQDA 1C0MA 1JL1A 2EX3A 3CM5A 3CM6A 4RW7A 3ZSZA 3NE6A 3K59A 1NK5A 5CYQA 3ZSOA 3EZ5A 4DLEA 2A1RA 2IDOA 1L3TA 4B9LA 5E41A 3AVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EKUA 1L3SA 4M41A 4WFAL 4JK9A 1EX4A 3KZBA 4BDYA 4A5AA 4GV9A 4JKAA 1ZBLA 3HI0A 3CJ9A 4QCLA 4A62A 1Y64A 3OS1A 5FLXO 2QM1A 4H5VA 4IOXA 2XY8A 4AHTA 4W5TA 4MLHA 2HOEA 1ASVA 3G4SN 3K58A 4N5SA 1BA0A 4XH1A 4JI6K 5C0YA 2OPRA 1EP4A 3I8BA 3MXMA 3P83D 2JGUA 5GAHP 3SPYA 2F8TA 2A5XA 3VPZA 3LANA 4MQ3A 3VQCA 1RDBA 2QA4N 3M8SA 4DCHA 3CCSN 1HPMA 1JCEA 3VQQA 2XRIA 4I9QA 1NWKA 2NRTA 4FOIA 3K9KA 1OH7A 2G8FA 2OYQA 1QQNA 1X3MA 1HJRA 2A3ZA 2O8DA 1K8AO 2IOCA 3I55N 3ENBA 5LJVA 4CK3A 3AA5X 3SYZA 3QO9A 2P9IB 4H0YB 4CVNE 1VSDA 4DSIA 2NLXA 4DV1K 1NMNA 3VTIA 2XO7A 3CCMN 4JK8A 1TL3A 4BG9A 3NH2A 1S1TA 1BCMA 3LDNA 2PAVA 4LC9B 5FRMA 3CMEN 4FJXA 2RKIA 4Z4FA 3CMAN 2Z1JA 4IJAA 3MCPA 4QS9A 5ADXA 3AAPA 1T03A 1JLEA 3C6HA 2Q0UA 1IV0A 4B9SA 1YXQA 4B3TK 3NH0A 4JD2A 1WN7A 1ATRA 2XY5A 1U4BA 3SPZA 1EKEA 1YUWA 4OKJA 4YOXA 4B3OA 4BRNA 5BR9A 3HYFA 2ITMA 1RDWX 5T7BA 1BWFO 4DLGA 5AQIA 1BUPA 3DM2A 2ASMA 3DXKB 4DSEA 1E3MA 3AO4A 1RT2A 3RRGA 2QWRA 3KD5E 1N5YA 5J2QA 1WLJA 3HP6A 1J53A 3U9ZA 4N56A 4HUFA 3SV3A 2V51B 1VQ5N 5AQPA 5M1KA 5FPNA 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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