200LA

Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core-repacking variants of t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMAQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords LYSOZYME
publication title Thermodynamic and structural compensation in "size-switch" core repacking variants of bacteriophage T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1995-11-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 200lA00
1G0MA 4I7OA 4ARLA 175LA 4W51A 1L12A 198LA 1CU0A 253LA 1L62A 2OE9X 150LA 1KNIA 1QT4A 1DYCA 4I7JA 1L29A 2O79A 3OE9A 2B7XA 3ODUA 170LA 2RBQA 180LA 3GUPA 3F9LA 2F47A 223LA 182LA 1SSYA 220LA 1ZWNA 1L01A 1L14A 143LA 1K28A 130LA 144LA 3SB5A 111LA 1L86A 1PQOA 1C6DA 4W57A 1LWGA 1L26A 2HULA 2OTZX 4DKLA 1L0KA 1LI3A 2CUUA 1CU6A 241LA 1C68A 152LA 3DN3A 1C6KA 213LA 127LA 3C7WA 211LA 2QB0B 2OU9A 1DYFA 181LA 1L75A 1LI2A 234LA 1C6EA 137LA 173LA 1L58A 4EKPA 4I7PA 1L18A 1L65A 1C6LA 244LA 1L19A 1KY0A 1C6BA 224LA 237LA 1L91A 2RBSA 1P6YA 1C6FA 1LYFA 176LA 113LA 1QUDA 3C83A 185LA 1QTCA 1OWZA 1L64A 4I7KA 3DN2A 1P3NA 1QTHA 1QUGA 4ARMA 2A4TA 186LA 104LA 2B6WA 1CV3A 109LA 1L10A 3L2XA 1L06A 1LYDA 1C64A 1DYEA 1C6HA 1OVJA 1DYGA 1L04A 200LA 1L05A 221LA 1L74A 1L98A 197LA 3CDVA 2IGCA 2Q9EA 3CDRA 166LA 4GBRB 1L61A 5I14A 2B70A 1L07A 157LA 3G3XA 1CX7A 216LA 1QT6A 1L02A 3HTGA 2RB2X 215LA 2OE4X 3SB8A 118LA 1L72A 1L59A 1G0QA 1L53A 4YX7C 147LA 184LA 131LA 3HDEA 1P2RA 1WTHA 5LZMA 1L52A 2OTYX 1G06A 189LA 1T6HA 1C6GA 1C66A 149LA 1D3MA 1D3FA 2O7AA 1C65A 3GUJA 1KS3A 7LZMA 1C6IA 163LA 2B6TA 3D4SA 4OO9A 1G1VA 126LA 1CU2A 1P56A 3DN8A 3JR6A 178LA 3HUAA 1SWYA 1QSQA 257LA 1L85A 1LW9A 171LA 1CV1A 248LA 1D9WA 1G0PA 4LDOA 2QARC 1L60A 2OE7X 3L64A 4I7MA 1L38A 1D2WA 1L95A 1T8GA 1NHBA 1P2LA 3EMLA 3HH3A 115LA 1L33A 4EKSA 107LA 4ZPUA 236LA 1L83A 165LA 1C6QA 3C7ZA 3RZEA 3HTBA 1DYDA 3C8QA 1L41A 1P37A 4I7NA 1QT7A 1L34A 254LA 196LA 102LA 1L70A 1QT5A 230LA 258LA 260LA 3C7YA 1SX2A 3SB6A 1CVKA 120LA 191LA 1C62A 1CTWA 228LA 4EKRA 3HWLA 246LA 4LDEA 1P64A 3VW7A 4W56A 138LA 1L36A 1ZURA 210LA 3UONA 4PK0A 3HU8A 177LA 1KY1A 139LA 243LA 3NY9A 4EPFA 3HT7A 146LA 2F2QA 2Z6BA 4ARJA 161LA 3QAKA 4W58A 1L35A 1L66A 233LA 1LLHA 206LA 125LA 1C6MA 2RB0X 1L16A 240LA 3GUIA 1L00A 3DMZA 2B74A 1QS9A 3CDOA 2RBRA 3V2YA 1CX6A 1LI6A 167LA 1L49A 174LA 1L0JA 1LGXA 219LA 4W59A 1L94A 2RH1A 142LA 1CU3A 4I7QA 114LA 1OV7A 205LA 4EXMA 1C6JA 256LA 3SBBC 1L77A 1L28A 1P36A 4ARQB 1LWKA 2Q9DA 3CDQA 255LA 4I7TA 2B75A 1SWZA 3DN6A 2B73A 1L46A 1SSWA 3DNAA 214LA 192LA 1OWYA 3RUNA 2ANVA 3HT9A 2NTHA 1L88A 2RAYX 3NYAA 1OVKA 1QT3A 3PDSA 3C81A 4GRVA 3K2RA 1LGUA 195LA 1CUPA 1L40A 3SB7A 183LA 226LA 229LA 3GUOA 247LA 1QTVA 4EJ4A 169LA 1QSBA 2HUMA 3GUNA 3C82A 249LA 3SBAA 1L71A 1T97A 3HH5A 1ZYTA 212LA 103LA 1L97A 2O4WA 1C6TA 3DMXA 1L92A 3HT8A 1L44A 1L55A 1JQUA 1L90A 1QS5A 1L47A 2OU0X 2B6XA 1L79A 1D3NA 4LZMA 1L80A 4E97A 2ANXA 2B6YA 251LA 156LA 1G0JA 2RBNA 108LA 261LA 1L69A 209LA 2F32A 1JTNA 1L13A 1QUHA 1C67A 4W55A 2L78A 162LA 1JTMA 245LA 3GULA 4W53A 1L89A 1I6SA 164LA 3HUQA 227LA 1P5CA 1QT8A 1G1WA 4W52A 1LGWA 1C6PA 4ARPA 1C63A 1DYBA 3HTDA 1OVHA 4YXCA 1SX7A 1CV0A 2RB1X 1L68A 238LA 3G3VA 1L39A 159LA 145LA 4S0WA 1L08A 2RBOA 123LA 1PQKA 3F8VA 4IAPA 1KW5A 1QTDA 4W54A 1CV6A 1L23A 1L42A 235LA 1QUOA 1L99A 4ARQA 1L87A 122LA 1QTBA 1L84A 2OEAX 188LA 148LE 1P46A 1G0LA 3C8SA 2HUKA 1L57A 3V2WA 4K5YA 1L67A 3FADA 3OE0A 141LA 1PQDA 1L24A 1OYUA 3HU9A 2LZMA 1LYIA 3HUKA 158LA 1LYJA 1P7SA 3FA0A 1G0GA 1QTZA 239LA 3SB9A 1L17A 4PJZA 222LA 1D3JA 1L96A 225LA 1PQJA 3DN1A 3NY8A 3HH6A 1L43A 1L11A 1C6NA 1OV5A 262LA 232LA 3DN4A 1XEPA 2LC9A 110LA 1B6IA 1L03A 1L22A 1KW7A 250LA 1L93A 6LZMA 1TLAA 1L21A 1L30A 1C6AA 1L81A 2B6ZA 1DYAA 172LA 2OU8A 1G07A 1L48A 3OE8A 3GUMA 128LA 218LA 3PBLA 217LA 1CV4A 201LA 252LA 199LA 3DKEX 3DMVA 1C6CA 112LA 1L56A 1PQMA 1PQIA 3CDTA 4DJHA 3C80A 3OE6A 1L31A 140LA 4I7SA 1L09A 1L15A 1T8AA 2NTGA 3GUKA 1L82A 1T8FA 1D2YA 3C8RA 3HH4A 4LDLA 1XJTA 3HTFA 1EPYA 4ARMB 1L76A 2LCBA 2RAZX 3DN0A 1G0KA 4DAJA 1L51A 168LA 2B72A 1CV5A 1L54A 1C61A 4YXAC 160LA 1LYHA 4I7LA 1XJUA 155LA 1L50A 1LPYA 3SN6R 4EKQA 1L63A 1L37A 1L73A 1LYEA 231LA 4AQNA 3FI5A 151LA 242LA 129LA 1C69A 4EPIA 1LYGA 259LA 3G3WA 1L25A 1CUQA 1CU5A 1L27A 187LA 3LZMA 1L45A 1C60A 190LA 119LA 3HDFA 3HT6A 1L32A 4I7RA 1L20A 2RBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1OUAA 1GD6A 1CU0A 253LA 5LYMA 1DYCA 4I7JA 1L29A 1YAPA 3OE9A 3GUPA 4LZTA 2BQLA 1DI4A 1LMCA 223LA 4LGKA 1C45A 1I1ZA 4NGZA 1K28A 1LMTA 3GXRA 1CKDA 3G3BB 4W57A 1LYOA 1L26A 2OTZX 2HEAA 1L0KA 1LYSA 2HECA 241LA 3DN3A 4ETCA 1OUBA 4M4OA 1GE0A 127LA 2BQGA 5KJ9A 4H9IA 5C6JA 4NSGA 1GEZA 181LA 3AYQA 1C6EA 3N9EA 3RZ4A 5HLLA 1L18A 1L65A 244LA 1KY0A 4UWNA 3SP3A 5LVGA 5KXWA 3AB6A 1CKFA 1L91A 1LYFA 176LA 4A7DA 5LA8A 1OWZA 3DN2A 1ZMYL 4ARMA 1IP7A 4DD2A 2A4TA 1JJ3A 1OUGA 1CV3A 1LCNA 1L10A 3IJUA 3L2XA 1JUGA 4OOTA 1QSWA 1F0WA 1GB7A 1O23A 1FBIX 3QNGA 3N9AA 4CFPA 1LSBA 1YQVY 200LA 1IC7Y 3IJVA 197LA 4CJ2A 2IGCA 4WG1A 2Q9EA 166LA 5HMJA 1PS5A 2ZYCA 1OUFA 4WOAA 4QY9A 1YIKA 4ETBA 3HDEA 4NG8A 1QSAA 1CKCA 4R0FA 4YF2A 5FCPA 1UBZA 1C6IA 163LA 3W6DA 1IP3A 126LA 1CU2A 1P56A 2W1LA 1JHLA 1SWYA 257LA 2D4IA 4LYTA 1CV1A 248LA 2GV0A 4I7MA 1JTTL 1LHLA 1REYA 1OUIA 1P2LA 3EMLA 4OWBA 4EKSA 107LA 1L83A 165LA 1GFJA 4I0CA 3C8QA 1L41A 4I7NA 1L34A 3WL2A 1L70A 1LKSA 1CVKA 120LA 5T3FA 4W94A 2EIZC 5E4PA 4EKRA 3N9CA 1LSMA 5APCA 1WVVA 1D0KA 210LA 3FE0A 4ETEA 1YL1X 3UONA 1LJ3A 4DD7A 1C7PA 1C08C 2FYDA 1GF5A 3LYTA 1VFBC 1L35A 1HHLA 1KXYA 5KKIA 1YKYX 3GUIA 1L00A 2B74A 5FSTA 5I5QA 5D5FA 1IOSA 1LI6A 167LA 3WUNA 4W59A 2BQEA 2RH1A 208LA 135LA 2BQCA 4I7QA 4I8SA 114LA 205LA 4DQ7A 1DI5A 256LA 1L28A 1IC4Y 1LSGA 5KXXA 3WXTA 1P2CC 1BVKC 2B75A 1SWZA 1L46A 3DNAA 4P2EA 1UA6Y 1OWYA 1BGIA 3RUNA 2ANVA 2DBTA 1QTKA 3HT9A 2NTHA 3PDSA 4GRVA 1DQJC 3K2RA 4OOOA 1QTEA 4NIJA 2BAAA 247LA 1XSFA 1D6PA 4EJ4A 3SBAA 4H92A 2ZIJA 5L9JA 1L97A 2O4WA 1L44A 4H9FA 3WYHA 2OU0X 1HC0A 1L79A 1WQNA 1FN5A 2B6YA 251LA 2MEHA 261LA 3TXGA 209LA 4NWEA 1V7TA 4DD3A 5KXKA 1GFGA 2F32A 5KXOA 3ZVQA 4YOPA 2L78A 5B06A 5IELA 245LA 4W53A 1CKGA 1JTPL 1BWIA 5IHGA 1LZTA 4GLVA 1KIQC 3W6CA 4ARPA 4EOFA 2DQGY 5LAFA 4HPIA 134LA 2WARA 1HERA 238LA 1L39A 132LA 159LA 3VWOA 4WL7A 3W6FA 145LA 4N8ZA 1L08A 1HNLA 1IOTA 3EBAB 4KT3A 235LA 4H8XA 5EBHA 122LA 1QTBA 1P46A 2HUKA 1L57A 4K5YA 1L67A 5M1YA 3J6KA 2MEAA 1DXJA 3HU9A 1LYIA 1LYJA 1Z55A 2IHLA 1QTZA 2DQCY 5APFA 222LA 4NHPA 1UC0A 2BQFA 1PQJA 5DN4A 4WL6A 1IVMA 4H93A 1B7QA 1L11A 232LA 1LSEA 1XEPA 1XGUC 2LC9A 1L03A 250LA 6LZMA 1GAZA 5ILCA 3M3UA 1IOCA 5LINA 5HMVA 4QEQA 1GBOA 3GUMA 1ALCA 217LA 3P66A 4ZEEA 1L56A 1QQYA 2LYZA 1OUCA 4DJHA 2BQOA 3A90A 3A92A 3OE6A 4KPMA 2NTGA 3GUKA 1L82A 1D2YA 4TX7A 3HTFA 1EPYA 4ARMB 1LJ4A 4DAJA 1C61A 5DN5A 3B0IA 1LSDA 3WXUA 1LZ9A 155LA 1L50A 1LSAA 1L63A 1ZVYB 2W1XA 4CHXA 4B4IA 151LA 2YBMA 1A2YC 1IP4A 3CB7A 4TSBA 1LYGA 4NGLA 1L25A 1CUQA 4Z98A 1GF9A 1HMLA 1UIHA 1DKKA 187LA 190LA 4WLDA 1L20A 3WMKA 4ARLA 4WO6A 4W51A 1UUZC 1L12A 198LA 3HBEX 2OE9X 4GCDA 1YL0X 1LSPA 2DQHY 5B1GA 3ODUA 1LJKA 1LZCA 3CSQA 3GXKA 2HU1A 1EQ5A 1LZEA 182LA 1LZSA 1L14A 143LA 1BB5A 4XJFA 144LA 1IP2A 4NGVA 3EXDA 4YEOA 3WPLA 2EKSC 1LWGA 2HULA 3A3QA 1LI3A 4FDYA 152LA 5KXZA 1C6KA 3C7WA 7LYZA 2QB0B 1D0LA 5C6LA 1HEPA 1WQQA 1LOZA 2ZILA 1LI2A 2ZNWY 4Z3MA 173LA 1B5WA 3ATOA 1C6LA 2DQDY 2B5ZA 1NHEA 1C6BA 1P6YA 4B49A 4MSTA 2Z37A 1UACY 3CSRA 1QUGA 5J7CA 2MEFA 1REMA 3WW6A 2B6WA 1YAOA 4WLYA 109LA 3A95A 4HTKA 1LYDA 3LYOA 1C64A 2HUBA 1DYEA 1D0MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OUA A;  1GD6 A;  1CU0 A;  253L A;  5LYM A;  1DYC A;  4I7J A;  1L29 A;  1YAP A;  3OE9 A;  3GUP A;  4LZT A;  2BQL A;  1DI4 A;  1LMC A;  223L A;  4LGK A;  1C45 A;  1I1Z A;  4NGZ A;  1K28 A;  1LMT A;  3GXR A;  1CKD A;  3G3B B;  4W57 A;  1LYO A;  1L26 A;  2OTZ X;  2HEA A;  1L0K A;  1LYS A;  2HEC A;  241L A;  3DN3 A;  4ETC A;  1OUB A;  4M4O A;  1GE0 A;  127L A;  2BQG A;  5KJ9 A;  4H9I A;  5C6J A;  4NSG A;  1GEZ A;  181L A;  3AYQ A;  1C6E A;  3N9E A;  3RZ4 A;  5HLL A;  1L18 A;  1L65 A;  244L A;  1KY0 A;  4UWN A;  3SP3 A;  5LVG A;  5KXW A;  3AB6 A;  1CKF A;  1L91 A;  1LYF A;  176L A;  4A7D A;  5LA8 A;  1OWZ A;  3DN2 A;  1ZMY L;  4ARM A;  1IP7 A;  4DD2 A;  2A4T A;  1JJ3 A;  1OUG A;  1CV3 A;  1LCN A;  1L10 A;  3IJU A;  3L2X A;  1JUG A;  4OOT A;  1QSW A;  1F0W A;  1GB7 A;  1O23 A;  1FBI X;  3QNG A;  3N9A A;  4CFP A;  1LSB A;  1YQV Y;  200L A;  1IC7 Y;  3IJV A;  197L A;  4CJ2 A;  2IGC A;  4WG1 A;  2Q9E A;  166L A;  5HMJ A;  1PS5 A;  2ZYC A;  1OUF A;  4WOA A;  4QY9 A;  1YIK A;  4ETB A;  3HDE A;  4NG8 A; 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