205LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTAAKSAAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 205lA00
1CU6A 240LA 3GUJA 233LA 3DMZA 4W59A 1C62A 217LA 2RBPA 1C6IA 1KY0A 1QSQA 104LA 110LA 4ARMA 1JTMA 1OYUA 1PQJA 1G0KA 1G0LA 147LA 2RBNA 1L99A 1QT6A 1P5CA 218LA 3HT9A 1QSBA 4ARQB 2LCBA 1C6KA 1CV0A 2B7XA 1L38A 1SSYA 1L39A 4GBRB 108LA 1QTBA 1LYGA 4PJZA 197LA 3NYAA 1L18A 1L35A 1CU2A 251LA 2NTGA 4I7KA 1L23A 120LA 1L42A 3PBLA 1SWZA 4W57A 1P7SA 1L89A 163LA 3ODUA 185LA 145LA 3SB7A 1L0JA 4EKSA 1L37A 1I6SA 231LA 262LA 102LA 1QS5A 1L45A 3DN3A 169LA 1DYBA 4YXAC 115LA 2A4TA 2F2QA 1NHBA 138LA 201LA 250LA 2OEAX 1LW9A 178LA 3HUKA 1L98A 259LA 2B6WA 127LA 1L07A 3SB6A 3GUMA 255LA 1L66A 1G0MA 4EJ4A 1L55A 191LA 173LA 1L60A 4I7PA 2RBOA 157LA 1L85A 165LA 2B74A 184LA 209LA 1LI3A 221LA 3VW7A 1CV1A 4W56A 3C7WA 3HU9A 7LZMA 1C6JA 1PQOA 1DYEA 2B6YA 1CV5A 242LA 3FI5A 4I7TA 6LZMA 1L34A 4S0WA 1G1WA 1KNIA 112LA 3GUNA 1C6QA 3HDFA 206LA 160LA 3CDQA 1L58A 161LA 1L77A 1LYDA 224LA 1L40A 236LA 1CVKA 3HTFA 1L67A 1JQUA 166LA 1DYGA 1L31A 1PQKA 1G0PA 1WTHA 1CV6A 1D2YA 237LA 1L69A 3C83A 189LA 1B6IA 3DN4A 1L95A 183LA 1C67A 4W58A 3JR6A 181LA 4OO9A 1T6HA 205LA 1OWZA 1C6GA 2RB0X 4ARPA 109LA 3SB5A 1L13A 3GUPA 3DKEX 1L87A 230LA 248LA 3DMXA 229LA 168LA 4I7RA 1LI2A 1C6MA 1LGUA 5LZMA 3RUNA 1L32A 1L44A 1LYHA 1L90A 119LA 232LA 239LA 257LA 1L81A 1CUPA 3L64A 176LA 1CU0A 2RBSA 1L52A 4W55A 170LA 1L12A 1PQMA 1L97A 1L61A 243LA 3CDRA 4IAPA 2B6ZA 172LA 1C63A 3G3XA 4EKQA 1L70A 1G0GA 1ZYTA 1DYCA 152LA 1CX6A 149LA 1XJTA 4DKLA 1CU5A 2RAZX 4AQNA 1CV4A 3PDSA 3HU8A 4EKRA 212LA 256LA 1T8AA 1LGXA 3DMVA 198LA 1L41A 3HTDA 4ARQA 186LA 192LA 114LA 200LA 1L09A 1OWYA 1L51A 244LA 2RH1A 1C6HA 1C61A 2Q9DA 1P2LA 3C81A 1L80A 213LA 3GUOA 196LA 1QTVA 2OTYX 1PQIA 2IGCA 3G3VA 1L74A 159LA 227LA 1G0QA 2B72A 1L28A 3HH3A 2Z6BA 3DNAA 1DYDA 4YX7C 4W51A 225LA 1G1VA 4LDEA 1KS3A 1C6DA 1QUDA 3FA0A 2RB1X 1L25A 3HH5A 3SN6R 2O4WA 1L10A 215LA 1L91A 3DN6A 3NY9A 1L15A 1C66A 111LA 122LA 188LA 1L05A 1L04A 1LYJA 1L24A 1QS9A 2Q9EA 249LA 3DN8A 261LA 1LWGA 1L27A 1L63A 1L76A 2O7AA 2RB2X 3HH4A 3HTGA 151LA 1C6PA 140LA 3NY8A 1LGWA 1L48A 141LA 4I7JA 1D3MA 1P6YA 4ARJA 2OE9X 1C65A 137LA 2ANVA 131LA 1L94A 4GRVA 4I7LA 1CV3A 1L62A 216LA 3DN0A 2RBRA 1KW7A 3HDEA 1C6LA 246LA 143LA 1EPYA 3SB8A 1L68A 3F9LA 2F32A 1C60A 4I7OA 1L83A 156LA 2NTHA 177LA 1L54A 4LDOA 4EKPA 3HWLA 1C6BA 1G07A 3CDVA 3K2RA 247LA 1L0KA 210LA 155LA 3GUIA 1ZWNA 4I7QA 1L33A 1L30A 3OE8A 130LA 3HT6A 1TLAA 1D3NA 1QT7A 158LA 4EPIA 1QUHA 3HTBA 1L53A 2OU0X 1L79A 1C6NA 1CU3A 129LA 1C6EA 1QTCA 3D4SA 1L57A 1L17A 1D3FA 2QB0B 1QT4A 2HUKA 1L88A 1QT3A 1QTZA 182LA 1C6TA 1LYIA 4DAJA 1D9WA 4W52A 4I7NA 1L49A 1L96A 4LZMA 1L75A 1L86A 1CTWA 3SBAA 1L93A 1DYFA 3HUAA 3L2XA 1PQDA 3C7ZA 1L50A 1C6FA 1LLHA 123LA 1QT8A 1KY1A 148LE 258LA 3C8SA 2LZMA 3DN1A 126LA 1L59A 1L02A 3RZEA 1L64A 1C6CA 3DN2A 1L06A 1P36A 2ANXA 139LA 226LA 2L78A 3C80A 1C6AA 223LA 4W53A 260LA 3CDOA 4W54A 4EXMA 1OV5A 1T8FA 3SB9A 150LA 2OU8A 2B6TA 1P64A 2CUUA 4K5YA 4ZPUA 162LA 1P37A 3CDTA 1G06A 190LA 3G3WA 1D2WA 1LYEA 3OE9A 3HT8A 1L03A 195LA 219LA 211LA 1T97A 1SX2A 107LA 187LA 2B70A 3F8VA 1L20A 234LA 1L14A 1P2RA 2B73A 3HH6A 3C8QA 1QUOA 1QTHA 2OTZX 2HUMA 1OVHA 220LA 1SX7A 1OVJA 1L65A 1T8GA 1LI6A 1L29A 4DJHA 4E97A 1L22A 2OE7X 4LDLA 3C82A 1L19A 245LA 3GULA 2LC9A 1LPYA 1D3JA 1L26A 2O79A 1L46A 2HULA 214LA 142LA 254LA 1L08A 222LA 3C8RA 3GUKA 3HT7A 1QT5A 1XEPA 4PK0A 4ARLA 2QARC 1C64A 1CUQA 1L11A 1L71A 144LA 1L43A 1ZURA 4I7MA 1L72A 3QAKA 3V2YA 2OE4X 1P46A 171LA 2RAYX 5I14A 3OE6A 167LA 174LA 1OV7A 1C68A 228LA 2F47A 1OVKA 235LA 3FADA 3LZMA 3HUQA 3C7YA 3EMLA 1JTNA 1LWKA 1G0JA 1KW5A 1P56A 1K28A 1L16A 1L36A 3SBBC 1P3NA 118LA 128LA 3OE0A 1L73A 4I7SA 1QUGA 1DYAA 199LA 1SWYA 4ARMB 4EPFA 1C69A 1L56A 238LA 1L47A 175LA 253LA 1CX7A 2RBQA 252LA 164LA 113LA 125LA 1L82A 103LA 241LA 1QTDA 1L84A 2B6XA 2OU9A 1XJUA 1L01A 4YXCA 1SSWA 180LA 1L00A 1L21A 1L92A 3UONA 2B75A 1LYFA 3V2WA 146LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
233LA 1IP5A 217LA 3WUAA 1B5UA 3CB7A 1OYUA 4NSHA 4HTQA 1G0LA 1XGTC 2YBJA 2C8OA 4IATA 1DI5A 218LA 3HT9A 1F0WA 1GF5A 4LFXA 1CV0A 1IY4A 4Z41A 1HERA 1L38A 1SSYA 108LA 4NGKA 1LYGA 1RJCB 251LA 1L23A 1L42A 4WLXA 1WQQA 2ZQ4A 3ZVQA 1LSCA 1L89A 163LA 3A94A 4J7VA 2B5ZA 2FYCA 2I26L 1B7NA 2AUBA 145LA 3SB7A 4LGKA 2LZTA 3B0KA 1YROA 1IIZA 1OUGA 3HBEX 4U3XB 250LA 4Z3MA 1LW9A 4LYOA 3LN2A 259LA 4ETEA 2B6WA 1LTMA 3SB6A 3GUMA 3AGGG 1DXJA 1KXXA 1L55A 3M18B 4H9FA 2G4PA 1JISA 4NGWA 1HEMA 2XBRA 1IR7A 3W6CA 221LA 1BVKC 1W6ZA 1DKJA 3RNXA 242LA 4I7TA 3A95A 1L34A 1KNIA 1TDYA 1ZVHL 160LA 3WPLA 4DD0A 5KXWA 1LYDA 5F9UA 4MSTA 2HUBA 4ET9A 236LA 3D3DA 5A3EA 1L67A 1IWZA 1WQNA 2W1LA 1D2YA 1LSFA 3CT5A 1FLYA 3QY4A 1C67A 4W58A 4GCCA 1I56A 3TXHA 1T6HA 3AYQA 1JHLA 1RI8B 1GFUA 1XEIA 3BKVA 4ARPA 1NWGA 2I25L 1L13A 4XJIA 3DMXA 1LYHA 3OK0A 1OP9B 239LA 2DBTA 1L81A 176LA 1CU0A 2RBSA 1L52A 1L97A 1CNSA 4NSJA 3WW6A 3CDRA 4IAPA 4NGIA 172LA 1GBOA 3G3XA 5C6LA 4DQ5A 5APCA 4GN5C 1HELA 4AQNA 4PPOA 256LA 3DMVA 198LA 1IWVA 1B9OA 4G49A 4LT2A 1D0LA 2W1MA 1GDWA 1OUFA 1JTOL 1UACY 3GUOA 1GEVA 4BS7A 2OTYX 1PQIA 1ZVYB 4LYBA 1GF3A 3G3VA 1LCNA 5I54A 4W94A 159LA 227LA 1JEFA 1L28A 1V7SA 4CGEA 5F16A 3W6DA 4H9HA 1LHJA 4LDEA 1GXV2 1QUDA 5E9RA 3HH5A 2G4NA 2O4WA 3A91A 5B59A 111LA 1LZ1A 4DDBA 2Q9EA 151LA 140LA 3NY8A 4HJVA 1L48A 1CJ6A 1J1OY 1D3MA 1HEQA 1P6YA 4XJHA 131LA 4GRVA 3TMWA 4RW1A 1C6LA 1A4VA 2F32A 4I7OA 1VEDA 4LDOA 1UIDA 2DKVA 1VAUA 1WQRA 1C6BA 2XJWA 3K2RA 1L0KA 155LA 3GUIA 4J0LA 1BB7A 1HFZA 4B4EA 1TLAA 4EPIA 1QUHA 3J6KA 2LYOA 3N9EA 1QTCA 3AZ7A 1L57A 2HUKA 1WVUA 1B7OA 3TXJA 182LA 4DDCA 1T6VL 4DAJA 1D9WA 1VDQA 1GHLA 4W52A 4ETAA 1L86A 2NWDX 1DYFA 5IDDA 3C7ZA 2W1YA 3ZVQB 3A3QA 3QE8A 1WVVA 1WTNA 135LA 1P36A 1LSAA 1GE4A 1LZ8A 2ANXA 2L78A 4J1BA 4WO9A 4B4IA 1ZMYL 223LA 4W53A 1CJ7A 2ZYCA 2CUUA 4K5YA 1P37A 3CDTA 1REZA 3A34A 1DPXA 5KY1A 5FDJA 1LYEA 3OE9A 1L03A 4XN6A 4BAPA 2MEDA 4HTNA 3C8QA 4NGZA 3W6FA 2G4QA 132LA 220LA 4NSIA 1GWDA 4GCEA 1GDXA 1LI6A 2Z37A 3P68A 1L22A 1L19A 1L26A 2O79A 1FKVA 214LA 4TWSA 4I0CA 222LA 4PGJB 3C8RA 1QT5A 3WH1A 1NBYC 4PK0A 2QARC 7LYZA 1CUQA 3WU7A 1LHMA 5LYZA 1L71A 1ZURA 3QAKA 1LMQA 5LVHA 4XADA 5I14A 2CGIA 2F47A 3G3BB 3LZMA 1LMNA 3EMLA 1LWKA 1YL0X 1K28A 4CFOA 4GCBA 5KKIA 118LA 1GD6A 3CSZA 1GFJA 1LZDA 1IOTA 4ARMB 5T3FA 5LA5A 4PHIA 1LSZA 3TMVA 1CX7A 1LJHA 125LA 2IFFY 1IR8A 1L84A 1QDTA 3B0OA 5M1YA 1UCOA 1LZGA 1GFTA 1JWRA 3TXEA 180LA 1IOQA 1B2KA 1LZAA 3WPKA 3GUJA 1XGUC 3DMZA 2D4JA 1KY0A 1LYSA 104LA 4XJDA 2Z38A 1G0KA 2RBNA 4LT1A 3T36A 1LJNA 1QT6A 1P5CA 4WO6A 1QSBA 2LCBA 5KXRA 5AMYA 1HMKA 1L39A 5LXWA 5LA8A 1C45A 3A67Y 3NYAA 4WM1A 1HSXA 1SWZA 1FDLY 4W57A 2LHMA 1GB3A 1LYOA 3RW8A 5IELA 1L0JA 1IR9A 1L37A 231LA 5KXMA 1GF9A 4YXAC 1NHBA 1GE0A 4ANRA 1LJJA 1JKDA 4LT3A 4LYCA 2OEAX 2BQLA 5KKJA 1IEEA 4WM6A 1I1ZA 4B4JA 3SP3A 1L07A 1UIGA 1YKZX 255LA 1JJ0A 1L66A 4G4HA 5E4PA 1LZYA 4EJ4A 1CKFA 3RZ4A 1LYYA 4WM3A 5C6JA 1XEKA 4I7PA 4KT3A 2BLYA 165LA 2B74A 3A93A 2ZIJA 2Z19A 4OWBA 3E3DA 1RFPA 3P64A 1GF6A 1LI3A 1EQEA 3VW7A 4TSBA 6LYTA 3AZ4A 3HU9A 7LZMA 1C6JA 1PQOA 1DYEA 3CSRA 3TXIA 3FI5A 6LZMA 2D6BA 1HFXA 1GB0A 2MEHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 233L A;  1IP5 A;  217L A;  3WUA A;  1B5U A;  3CB7 A;  1OYU A;  4NSH A;  4HTQ A;  1G0L A;  1XGT C;  2YBJ A;  2C8O A;  4IAT A;  1DI5 A;  218L A;  3HT9 A;  1F0W A;  1GF5 A;  4LFX A;  1CV0 A;  1IY4 A;  4Z41 A;  1HER A;  1L38 A;  1SSY A;  108L A;  4NGK A;  1LYG A;  1RJC B;  251L A;  1L23 A;  1L42 A;  4WLX A;  1WQQ A;  2ZQ4 A;  3ZVQ A;  1LSC A;  1L89 A;  163L A;  3A94 A;  4J7V A;  2B5Z A;  2FYC A;  2I26 L;  1B7N A;  2AUB A;  145L A;  3SB7 A;  4LGK A;  2LZT A;  3B0K A;  1YRO A;  1IIZ A;  1OUG A;  3HBE X;  4U3X B;  250L A;  4Z3M A;  1LW9 A;  4LYO A;  3LN2 A;  259L A;  4ETE A;  2B6W A;  1LTM A;  3SB6 A;  3GUM A;  3AGG G;  1DXJ A;  1KXX A;  1L55 A;  3M18 B;  4H9F A;  2G4P A;  1JIS A;  4NGW A;  1HEM A;  2XBR A;  1IR7 A;  3W6C A;  221L A;  1BVK C;  1W6Z A;  1DKJ A;  3RNX A;  242L A;  4I7T A;  3A95 A;  1L34 A;  1KNI A;  1TDY A;  1ZVH L;  160L A;  3WPL A;  4DD0 A;  5KXW A;  1LYD A;  5F9U A;  4MST A;  2HUB A;  4ET9 A;  236L A;  3D3D A;  5A3E A;  1L67 A;  1IWZ A;  1WQN A;  2W1L A;  1D2Y A;  1LSF A;  3CT5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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