205LA

How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
165
structure length
159
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTAAKSAAAELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title How amino-acid insertions are allowed in an alpha-helix of T4 lysozyme.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 159
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 205lA00
1L51A 3HT7A 245LA 3HUQA 104LA 236LA 3HTBA 3GUMA 4K5YA 4OO9A 1L22A 1L41A 1QT5A 158LA 197LA 169LA 1CU5A 239LA 2RBSA 2F2QA 3JR6A 113LA 241LA 2ANXA 3FA0A 4W58A 1XJTA 4AQNA 209LA 4I7LA 1L57A 3PBLA 1OYUA 1PQJA 1KY0A 172LA 1P37A 258LA 1WTHA 1TLAA 1SSWA 1L13A 4EKQA 223LA 1L71A 216LA 3CDRA 4W56A 1CVKA 1L68A 1OVJA 3HH3A 1L47A 146LA 3NY9A 1L96A 1QTBA 3L2XA 1B6IA 4W59A 1L45A 215LA 2O4WA 5I14A 230LA 1L39A 1L34A 1ZURA 2B70A 127LA 3DMVA 3HT8A 1CU3A 1L37A 1DYBA 1L48A 1C68A 1L21A 5LZMA 107LA 190LA 3GUIA 185LA 1QT8A 2RAYX 2OE4X 1LI6A 3HTDA 1C6QA 1C6CA 1G1WA 1D9WA 229LA 1SX7A 3HDEA 1LYFA 3GUJA 1G0QA 147LA 1L83A 1LYJA 1L88A 1QUGA 148LE 161LA 1D2YA 4ARLA 1L25A 3SB9A 224LA 1L08A 3G3XA 1C6AA 4DAJA 187LA 1L99A 1LGXA 1C6HA 1LI2A 3DN8A 2B73A 3DMZA 3SBBC 4YXCA 1P7SA 1CV1A 1L30A 4I7KA 2CUUA 4YXAC 242LA 213LA 3GUNA 2RB0X 246LA 1LPYA 170LA 4EKSA 1T8AA 1EPYA 2OTZX 3HDFA 130LA 138LA 1L26A 1JQUA 252LA 1L38A 1OV7A 257LA 3HH6A 4EKRA 2O7AA 142LA 3C81A 1C6GA 1QTDA 164LA 1L64A 4EJ4A 3OE9A 227LA 3C8RA 3QAKA 1D3NA 150LA 1L06A 1L56A 1L80A 1DYEA 1KW7A 1L03A 248LA 3FI5A 195LA 2LC9A 1DYFA 4ARMA 1PQOA 1T6HA 1C67A 196LA 3SB5A 1T8GA 2B74A 1L60A 206LA 232LA 1CTWA 110LA 189LA 1QS9A 2B72A 176LA 2RBNA 1CX6A 234LA 3SN6R 2F47A 1C65A 2NTGA 225LA 120LA 1CUPA 149LA 3V2YA 1C63A 1DYCA 1LYIA 2OU0X 4DJHA 1CUQA 1L52A 119LA 1KNIA 2LZMA 1QT6A 2RBPA 3C7WA 1L55A 251LA 1G1VA 180LA 1C6MA 1L24A 3OE8A 4ZPUA 1L09A 1C6PA 3HTFA 1L75A 1L18A 166LA 1L49A 256LA 1OV5A 1L61A 3NY8A 4ARQA 1G0MA 3C82A 1CV4A 1C6JA 1L16A 1CV3A 1LLHA 1D3JA 1LYEA 1CU6A 1L07A 103LA 2OU9A 1JTMA 1QT4A 2A4TA 1XJUA 4ARPA 4W54A 3CDQA 1T8FA 3SB8A 183LA 131LA 186LA 1G0PA 1C6BA 2RAZX 4DKLA 1C64A 1T97A 1SX2A 4W55A 1L81A 1L70A 1L86A 157LA 2OEAX 4I7JA 3RUNA 4I7SA 1L95A 249LA 2HUMA 174LA 3HT6A 3HUAA 4LDOA 182LA 1C62A 3HTGA 1L17A 184LA 1PQIA 1L28A 144LA 1G06A 1LWGA 4I7OA 1L10A 4EPIA 3C8QA 4ARMB 118LA 1OWZA 152LA 214LA 3F9LA 1ZYTA 1L0KA 3SB7A 1L79A 168LA 3DN2A 1L58A 2RB2X 3EMLA 3HUKA 191LA 1L50A 3DNAA 1L04A 3DN3A 201LA 1D2WA 3D4SA 163LA 233LA 2OTYX 1P2RA 4GBRB 1L63A 4EPFA 141LA 2RBOA 1L74A 2B6YA 1L00A 3DMXA 3L64A 3GUOA 211LA 111LA 140LA 1PQKA 1C6DA 171LA 2HULA 108LA 1L44A 1L87A 3PDSA 2B75A 1C6KA 167LA 151LA 1OVKA 3CDOA 1L98A 217LA 4PJZA 1KW5A 237LA 2B6ZA 4ARQB 1LGUA 3SBAA 243LA 1CV6A 240LA 1LYGA 1P6YA 1QUOA 2OE9X 2IGCA 3GUKA 4W57A 3UONA 1L31A 1L90A 1L77A 1G0JA 3G3WA 1L62A 1L40A 1L42A 1L82A 218LA 255LA 2LCBA 159LA 1L36A 1P3NA 1QS5A 1L27A 3HU8A 1JTNA 1C6LA 1L35A 2RH1A 109LA 210LA 1QUDA 1L05A 3FADA 3K2RA 4YX7C 3F8VA 4W53A 1L76A 1CU0A 2O79A 4IAPA 1L43A 1LI3A 115LA 1SWYA 2RBRA 1L29A 3HH5A 1L85A 4LZMA 3ODUA 222LA 228LA 2QB0B 3HWLA 1L20A 1C6IA 220LA 2Z6BA 1P56A 129LA 4I7TA 1C60A 1P46A 2RB1X 1LWKA 2OE7X 4I7QA 125LA 4I7NA 262LA 1P36A 1L59A 181LA 1OVHA 254LA 1SSYA 3GULA 2OU8A 260LA 1L12A 1K28A 198LA 3CDTA 1L32A 2QARC 200LA 192LA 1SWZA 253LA 3SB6A 212LA 235LA 2Q9DA 1D3MA 122LA 1LGWA 3LZMA 1L02A 1L94A 1L89A 1PQDA 2RBQA 1L01A 1OWYA 1C66A 4E97A 1LW9A 177LA 1P2LA 3DKEX 1PQMA 123LA 1I6SA 4GRVA 3GUPA 1QTZA 3HT9A 3HH4A 1L66A 1L53A 1DYGA 1QTVA 2B7XA 3V2WA 4I7PA 238LA 1L46A 1C6FA 1P5CA 1P64A 1LYHA 1QSQA 3DN1A 3DN6A 4EKPA 112LA 221LA 160LA 1L91A 2ANVA 2B6TA 2F32A 2B6XA 6LZMA 4LDEA 1L14A 1L97A 244LA 3OE6A 1G0LA 3C83A 1L23A 3C7YA 1L72A 1DYAA 1XEPA 1C61A 102LA 3DN4A 1KS3A 1G0GA 165LA 259LA 1L67A 1CV5A 1L19A 4W51A 188LA 1L0JA 3G3VA 3C8SA 1QSBA 261LA 3HU9A 4I7RA 139LA 1L73A 247LA 231LA 1QT3A 2L78A 1CX7A 137LA 1QUHA 4PK0A 3C7ZA 7LZMA 1C6NA 1L92A 199LA 128LA 4ARJA 4I7MA 3DN0A 1CV0A 1ZWNA 126LA 1QT7A 4W52A 1L54A 4S0WA 1L11A 162LA 3RZEA 114LA 175LA 1L33A 1L65A 1G0KA 3CDVA 1L93A 3VW7A 155LA 1KY1A 2NTHA 4LDLA 2B6WA 1CU2A 1NHBA 1DYDA 1L69A 1L84A 143LA 1QTHA 250LA 173LA 226LA 3OE0A 156LA 205LA 1QTCA 1C6TA 1G07A 3C80A 2Q9EA 1D3FA 145LA 1LYDA 219LA 1C6EA 1L15A 1C69A 3NYAA 2HUKA 4EXMA 178LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C6JA 3HUQA 3LYOA 1DI5A 1L22A 1L41A 1UIGA 1KXYA 1NBYC 197LA 5DLAA 1XGPC 3FA0A 2HUBA 3AGHA 4AQNA 1LHKA 4I7LA 4LYBA 3WXTA 4CHXA 1L57A 1FLQA 3PBLA 5FEKA 1SQ2L 2MECA 4NSGA 4H90A 223LA 5FELA 1L71A 216LA 1G7IC 1F10A 1IY4A 3CSRA 3HH3A 2BQGA 146LA 1QUSA 1GF8A 1L45A 1INUA 1ZURA 3DMVA 3HT8A 1GBWA 1LKRA 1CKDA 2D91A 2WARA 2VB1A 185LA 1QT8A 1C6CA 1G1WA 3HDEA 1G0QA 1LYJA 2MEFA 4ARLA 3SB9A 3AW6A 5LYZA 1KIPC 4DAJA 1YIKA 1C6HA 3J4GA 3DMZA 3M18B 3TXDA 3A6BY 3EO5A 4HJZA 1D9UA 3CT1A 5KXLA 4LGKA 130LA 1L26A 1VDTA 4WM1A 1JQUA 1UBZA 4WL7A 3HH6A 1CKCA 1QDRA 3C81A 3WYHA 5APFA 1ZMYL 4PRQA 1IP2A 1LSFA 3D3DA 4XJDA 1DYEA 5F9UA 1CJ8A 195LA 4HV1A 1NMMA 5IDDA 2NWDX 207LA 1C67A 196LA 4GCFA 1B7PA 4NSIA 189LA 4NGJA 1QS9A 2LYZA 1NBZC 5L9JA 1QUTA 234LA 3SN6R 1D0MA 120LA 1QDTA 5HMVA 1C63A 4GN4A 4C3WA 2OU0X 3N9CA 1G7HC 1FN5A 4WG1A 3ULRA 1CUQA 1MELL 4LYZA 1L52A 4I0CA 2HEFA 1GF0A 1DQJC 1QT6A 1GFHA 4M4OA 4N1CC 1YKZX 1L09A 1IWUA 3TMXA 1IVMA 2DQJY 1L18A 3E3DA 4TX7A 166LA 4J0LA 1L49A 1LJGA 1C6JA 1LZ8A 1GB5A 4J1BA 1B5ZA 1D3JA 2ZYPA 5KXOA 4BAPA 103LA 2A4TA 1GPQC 4UWVA 1XJUA 4IASA 4W54A 1AT5A 3CB7A 3SB8A 4ZIXA 2Z2EA 131LA 186LA 1G0PA 1WTMA 2RAZX 1LZBA 1T97A 1QSWA 1L81A 1WQNA 3IWRA 2DQFC 4I7JA 1LOZA 1TDYA 1GB6A 1BB3A 3WUNA 5LA8A 3HT6A 4LDOA 1VDSA 2GV0A 4PRUA 1LZ9A 1GFUA 1C62A 1EL1A 3ZVQA 1L28A 1B7QA 4DD3A 1V7TA 1B9OA 1JKAA 1QSAA 1IIZA 1IR7A 135LA 1OUBA 4QDNA 8LYZA 1L58A 3EMLA 5LIOA 1L50A 1AT6A 201LA 1IO5A 163LA 2OTYX 1L63A 3A67Y 5LINA 1IWZA 1C7PA 2BQNA 3GUOA 211LA 1PQKA 3MGWA 4WM3A 1REXA 4XJIA 1LZ1A 3TXEA 2HULA 1L44A 1VAUA 4NFVA 1WQRA 4WM2A 2Z39A 2EIZC 1LSGA 4B4IA 1KW5A 5EBHA 2C8PA 2CDSA 1P6YA 3QE8A 1JPOA 4W57A 1EQEA 1L77A 4B1AA 1G0JA 1JJ3A 2Z19A 1L62A 1L42A 1LMOA 1LSNA 1QIOA 4NGLA 2LCBA 1LJEA 3CSZA 1GB3A 1L36A 4Z3MA 4IJ4A 5I53A 3RW8A 1C6LA 109LA 1L05A 1XEIA 4DD9A 1L76A 4WM5A 2HECA 5B06A 1SWYA 4CGEA 3WU7A 4ZFPA 4LZMA 1BB5A 3ODUA 4DD1A 222LA 1I1ZA 1GFVA 3HWLA 3RU5A 4WO9A 1C6IA 4XJBA 1BVKC 6LYZA 4LZTA 129LA 4I7TA 5LXWA 1LSYA 1LWKA 2CWIA 1P36A 2LHMA 1OVHA 3WU8A 1NDGC 2G4NA 3GULA 198LA 1IWYA 1IR9A 253LA 5FDJA 1D3MA 122LA 1LMQA 1L02A 1L94A 1L01A 4E97A 123LA 1REYA 1L66A 1L53A 3LZTA 238LA 1L46A 2DKVA 3FI7A 2YVBA 1YAMA 2YBHA 4XJFA 160LA 1L91A 4I8SA 4LDEA 1L14A 2W1LA 2A7DA 1W08A 1B7SA 3OE6A 3LYMA 4N8ZA 3C7YA 1DYAA 3DN4A 4CFOA 1LZSA 1L19A 2BLYA 4NHTA 3TMVA 2ZNXY 5APCA 3C8SA 3LHMA 1L73A 231LA 1VEDA 1HEMA 193LA 5HLLA 4NWHA 1CX7A 1KIRC 1JHLA 3C7ZA 2YBLA 4ARJA 4I7MA 3FE0A 1ZWNA 3AZ6A 1IC7Y 3RZEA 114LA 3ZEKA 1B7NA 1GD6A 1LZAA 4DT3A 3TXFA 4OWAA 4H91A 5KXWA 1G07A 1GBOA 3C80A 2B5ZA 5J7CA 2YBNA 1L51A 3HT7A 2I6ZA 4OO9A 1LZTA 1QT5A 4NGYA 1GE1A 2F2QA 3JR6A 1GB0A 9LYZA 2ANXA 2BQFA 4RLNA 2LYOA 2FBBA 1JTPL 1PQJA 1LHIA 4H93A 172LA 1P37A 2F4GA 1LYSA 1SSWA 1L13A 4XJGA 4GLAA 1HELA 1JITA 4LYOA 4W56A 3P65A 4HTQA 1CVKA 1GEVA 1LYYA 2DQGY 2BLXA 4WO6A 5KY1A 4CJ2A 4KPMA 3QNGA 1NDMC 5I14A 1JKDA 1GF3A 4TWSA 2MEIA 2B70A 2BAAA 1CU3A 1C43A 3WULA 1L48A 3BKHA 1L21A 5LZMA 1LI6A 1CJ9A 1D9WA 147LA 1L83A 1LJFA 4NGKA 1DXJA 3BKVA 1G7LC 5LVKA 4G4HA 1HMKA 4YM8A 187LA 1L99A 1LI2A 1T6VL 5B1FA 4B4JA 3CT0A 4DQ5A 3GUNA 170LA 3AB6A 4CFPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5C6J A;  3HUQ A;  3LYO A;  1DI5 A;  1L22 A;  1L41 A;  1UIG A;  1KXY A;  1NBY C;  197L A;  5DLA A;  1XGP C;  3FA0 A;  2HUB A;  3AGH A;  4AQN A;  1LHK A;  4I7L A;  4LYB A;  3WXT A;  4CHX A;  1L57 A;  1FLQ A;  3PBL A;  5FEK A;  1SQ2 L;  2MEC A;  4NSG A;  4H90 A;  223L A;  5FEL A;  1L71 A;  216L A;  1G7I C;  1F10 A;  1IY4 A;  3CSR A;  3HH3 A;  2BQG A;  146L A;  1QUS A;  1GF8 A;  1L45 A;  1INU A;  1ZUR A;  3DMV A;  3HT8 A;  1GBW A;  1LKR A;  1CKD A;  2D91 A;  2WAR A;  2VB1 A;  185L A;  1QT8 A;  1C6C A;  1G1W A;  3HDE A;  1G0Q A;  1LYJ A;  2MEF A;  4ARL A;  3SB9 A;  3AW6 A;  5LYZ A;  1KIP C;  4DAJ A;  1YIK A;  1C6H A;  3J4G A;  3DMZ A;  3M18 B;  3TXD A;  3A6B Y;  3EO5 A;  4HJZ A;  1D9U A;  3CT1 A;  5KXL A;  4LGK A;  130L A;  1L26 A;  1VDT A;  4WM1 A;  1JQU A;  1UBZ A;  4WL7 A;  3HH6 A;  1CKC A;  1QDR A;  3C81 A;  3WYH A;  5APF A;  1ZMY L;  4PRQ A;  1IP2 A;  1LSF A;  3D3D A;  4XJD A;  1DYE A;  5F9U A;  1CJ8 A;  195L A;  4HV1 A;  1NMM A;  5IDD A;  2NWD X;  207L A;  1C67 A;  196L A;  4GCF A;  1B7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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