209LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAAAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 54
structure length 165
sequence length 165
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 209lA00
2B74A 192LA 1L18A 1L09A 1C61A 3GULA 1L0JA 3VW7A 3UONA 1L36A 232LA 259LA 189LA 2RBPA 4YX7C 1CU5A 3G3XA 4I7NA 165LA 2RBOA 3D4SA 3HH5A 3EMLA 1SSWA 2OE7X 184LA 1LWGA 1L71A 3GUMA 2CUUA 1ZYTA 1C6NA 1CU6A 3HT9A 4EJ4A 3HTDA 3FA0A 1D2WA 1L91A 3NY8A 113LA 3C7YA 1LWKA 1SWZA 111LA 149LA 3C80A 1C6EA 4S0WA 1L38A 1C6GA 1LW9A 3SB7A 1L01A 1OV7A 2LZMA 1CU0A 1D3NA 1QT8A 247LA 2B72A 3V2YA 183LA 1L77A 114LA 1L17A 1C6JA 1L68A 2RB1X 185LA 176LA 143LA 224LA 3DN2A 1L75A 2A4TA 5LZMA 1QT3A 3DN3A 1L40A 1L99A 1L86A 235LA 1LYFA 1G06A 1C6DA 1C6HA 2B6YA 2RBNA 236LA 1C60A 1QTCA 1PQMA 1QTDA 4DAJA 1OV5A 213LA 3G3VA 4I7PA 222LA 4K5YA 1L50A 1EPYA 2Q9EA 3HTGA 1LYIA 3HT8A 4I7TA 1CUQA 212LA 3GUOA 2Z6BA 4ARMB 255LA 156LA 170LA 3F8VA 1C66A 1CV4A 1L72A 3SB8A 1DYDA 171LA 1OVJA 201LA 3C7ZA 242LA 221LA 3HH4A 214LA 254LA 253LA 2IGCA 4EXMA 3HWLA 163LA 223LA 1D2YA 1L04A 1C62A 177LA 2ANXA 2Q9DA 1LYHA 1OVHA 1SWYA 1L35A 3LZMA 1L10A 1QSQA 1T97A 3GUPA 1P37A 1L25A 3G3WA 4EKRA 199LA 3JR6A 1D3FA 150LA 1G0MA 1L26A 1KS3A 244LA 2LCBA 1K28A 142LA 1L85A 3RZEA 3L64A 205LA 3DN6A 158LA 1P7SA 186LA 1C65A 7LZMA 2OU0X 4I7SA 4ZPUA 1C64A 1PQIA 4IAPA 128LA 139LA 155LA 1DYGA 137LA 1L03A 3HUQA 138LA 1DYCA 257LA 225LA 1CV0A 1B6IA 160LA 2B6WA 1G0KA 4ARQA 4EKSA 1P3NA 3SB5A 125LA 1C6TA 1L00A 2O4WA 3GUIA 3FI5A 2QB0B 228LA 252LA 1L44A 1L76A 2RB2X 1QT7A 1T6HA 1L51A 216LA 1LYJA 1L32A 1KY1A 4LDLA 123LA 1C6AA 1QS5A 241LA 1OVKA 4GBRB 151LA 195LA 1JQUA 1L80A 3F9LA 1L15A 1C6MA 4W53A 141LA 1QTHA 1SX2A 1L93A 1T8FA 3CDOA 1L43A 1L55A 3C82A 206LA 178LA 169LA 219LA 3HTBA 1L54A 1T8AA 4E97A 148LE 4PK0A 4YXAC 1L12A 103LA 3GUKA 1WTHA 1KNIA 1L21A 1T8GA 1G07A 1G0QA 4EKQA 1OWZA 4LDOA 1L95A 3NYAA 1KW5A 196LA 4ARLA 152LA 3DN8A 3GUJA 120LA 1QUOA 1DYEA 1L92A 1L08A 144LA 3SBBC 157LA 4OO9A 1L62A 1L45A 173LA 4LDEA 1L34A 6LZMA 1L84A 4I7MA 2RAZX 4EPFA 2HUKA 2RAYX 112LA 1JTNA 161LA 1CX6A 1PQJA 249LA 1P36A 237LA 1QUDA 1C68A 3C8RA 1I6SA 3C8SA 1CV1A 1C67A 209LA 246LA 1LYGA 1L60A 1QT5A 2OU8A 4W59A 2B73A 2RBRA 1L29A 2OE9X 1LYDA 1LGUA 3HTFA 3PDSA 2RB0X 1L67A 3DN0A 3SN6R 3L2XA 180LA 1PQKA 2HUMA 1L97A 4GRVA 3HDFA 159LA 230LA 3CDVA 1C6KA 1L48A 182LA 127LA 210LA 251LA 187LA 261LA 4W56A 1L22A 1SSYA 1XJUA 1PQDA 1SX7A 1CX7A 167LA 4I7QA 3DMZA 1L24A 3PBLA 1L65A 1G0GA 258LA 3HT6A 172LA 245LA 226LA 1L79A 1L56A 3HUKA 1L27A 1NHBA 1L20A 218LA 1LI3A 1L37A 1L41A 1L69A 1C63A 1OWYA 109LA 3C7WA 2B6TA 1L61A 1P46A 229LA 1L47A 233LA 2OE4X 1L83A 2NTGA 4I7KA 1L82A 3FADA 1L66A 1CU3A 4PJZA 1QT4A 131LA 2OU9A 1LI6A 4W54A 1L31A 1L88A 1G0PA 1LI2A 1PQOA 4I7RA 4DKLA 1L49A 1L28A 2RH1A 181LA 1QT6A 4EPIA 3C8QA 2F32A 115LA 1C6IA 140LA 262LA 1ZWNA 104LA 118LA 1DYAA 107LA 1DYFA 2NTHA 1L90A 2RBQA 197LA 1CV3A 1L63A 166LA 3SBAA 147LA 126LA 1G0JA 1L96A 168LA 1P64A 3DN1A 3NY9A 4I7LA 188LA 1CU2A 110LA 1L11A 1XJTA 2L78A 3HT7A 1LPYA 3OE0A 231LA 198LA 1L33A 4ARPA 108LA 4I7OA 3SB6A 3RUNA 243LA 146LA 175LA 3DMVA 1L52A 1JTMA 1C6FA 1CUPA 1LGWA 4ARMA 1ZURA 2B75A 250LA 3ODUA 4W58A 220LA 1QUHA 248LA 1L70A 1L39A 1QSBA 2OTYX 3DMXA 1LLHA 4ARQB 1L57A 122LA 1L06A 2B6XA 3HDEA 3HUAA 1L02A 240LA 256LA 1XEPA 1L14A 1C6BA 3DNAA 1D9WA 260LA 119LA 1G0LA 1L98A 3SB9A 164LA 1L07A 4W52A 1C6PA 238LA 1L94A 3DKEX 1L81A 2F47A 1G1WA 162LA 1C6LA 2LC9A 234LA 2HULA 3C81A 3CDQA 1DYBA 1LGXA 1CV5A 130LA 1QS9A 4W51A 3DN4A 3CDTA 3OE6A 1QTBA 4LZMA 1OYUA 3QAKA 1L87A 1P2LA 3K2RA 190LA 1CTWA 1L89A 3OE8A 217LA 1L19A 1L59A 1L58A 4W57A 1LYEA 2O79A 3HU9A 3HH3A 1KW7A 5I14A 4YXCA 1QTVA 1L46A 1L42A 2B7XA 4W55A 1KY0A 2RBSA 4EKPA 3C83A 1CVKA 1QUGA 2O7AA 1L73A 3CDRA 1P56A 2OTZX 2B6ZA 1L74A 3HU8A 1QTZA 1CV6A 145LA 2F2QA 1P2RA 4I7JA 1L13A 1P6YA 2QARC 200LA 3GUNA 2B70A 102LA 3HH6A 4AQNA 191LA 227LA 1C6QA 2ANVA 1TLAA 215LA 4DJHA 129LA 1G1VA 1L23A 1L0KA 1D3JA 3V2WA 1D3MA 1P5CA 1L05A 1L16A 1L30A 1L53A 1C6CA 239LA 2OEAX 1C69A 1L64A 4ARJA 211LA 174LA 3OE9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HFYA 1HENA 2B74A 1LYOA 2ZYCA 1L0JA 3BKVA 3G3XA 1C7PA 3D4SA 4NGLA 3EMLA 1KXYA 1LWGA 2CUUA 1ZYTA 2G4NA 3FA0A 4XJIA 1W08A 1D2WA 1GXV2 1JSEA 4N5RA 133LA 1SWZA 1IP5A 1C6GA 3ZVQB 4BS7A 4YOPA 5B05A 3TXIA 1L01A 1OV7A 4OWAA 1XGRC 2LZMA 4HTKA 1CU0A 1UIHA 4O34A 1QT8A 2B72A 183LA 1L68A 5DM9A 3AW6A 1HSWA 1L75A 2A4TA 5LZMA 5C6IA 3A92A 1L99A 3IJUA 1C6HA 5E9RA 1GF7A 1QTCA 1IP6A 3G3VA 1B5ZA 1GEVA 3SP3A 3WU7A 2W1YA 4W94A 4Z41A 3HTGA 1GFHA 5F9UA 2HTXA 1DKKA 1YKZX 1CUQA 2Q0MX 4ARMB 4DD7A 156LA 1C10A 1CV4A 1OVJA 201LA 242LA 221LA 1XEIA 4AXTA 2IGCA 4NGZA 3HWLA 1D2YA 1LJIA 177LA 5KXNA 1I20A 2ANXA 2Q9DA 4H93A 4H1PA 1OVHA 4LT2A 3GXRA 3LZMA 1T97A 1G7JC 5KJ9A 2YVBA 5HQ1A 1D3FA 150LA 1SLYA 1KS3A 2LCBA 4WM1A 3WU9A 1YIKA 2IFFY 1L85A 205LA 1YAQA 1P7SA 1YANA 7LZMA 4I7SA 4IASA 137LA 4DQ5A 1LSZA 1DYCA 5FEKA 257LA 3W6FA 1B6IA 1G0KA 2D4IA 1WQQA 252LA 1LSGA 2EKSC 1E8LA 1T6HA 4XENA 4N9RA 4QEQA 3WUMA 1L32A 1IP3A 5B07A 2MECA 5B1FA 5KXYA 1L15A 2ZNWY 141LA 3WW5A 2BQGA 5DN4A 1L43A 194LA 1LOZA 3HTBA 1B5XA 1L54A 1GBYA 1LZDA 3P68A 4PK0A 1IWUA 4LYTA 4OOTA 5KXWA 3WW6A 1G07A 1JUGA 1G0QA 4DWXA 1KW5A 2CGIA 120LA 2YBNA 4GCBA 4DD1A 157LA 5ILFA 5F16A 2LYOA 2HUKA 1IWVA 2RAYX 1JTNA 1OUHA 3M18B 161LA 1PQJA 249LA 1C68A 2YBIA 3C8SA 4OWBA 1CV1A 4IJ4A 4RLNA 3CB7A 5F81A 246LA 4GCCA 1UIGA 1LHLA 1L29A 3TXBA 1JEFA 2RB0X 4ZFPA 4UWUA 3DN0A 1HMKA 2HUMA 4C5FA 4GRVA 3HDFA 1LZRA 2BQBA 5LA5A 1QQYA 5B1GA 2YBJA 4LFPA 1LZEA 4ETBA 1XFPL 4PHIA 167LA 4LYCA 4I7QA 3TMVA 258LA 4XYYA 5K7OA 5LINA 3HUKA 1NHBA 218LA 1L37A 1L69A 2FYDA 109LA 3TMWA 5L3HA 2NTGA 4GLAA 4NEBA 1B7PA 3WUNA 1N4FA 1B5VA 3AZ6A 4RDSA 1L28A 1V7TA 2F32A 1XGUC 115LA 4DQJA 1ZWNA 104LA 118LA 1DYFA 166LA 2GV0A 147LA 4YM8A 5D5CA 168LA 1P64A 2HEAA 3DN1A 1LMAA 1OUCA 1L11A 1XJTA 5IHGA 3AW7A 3AZ4A 231LA 1P2CC 3SB6A 2BLXA 1H6MA 1JTMA 1HELA 1B7RA 4B4JA 4FDYA 2B75A 1IP1A 220LA 248LA 2BQOA 5E4PA 1HEPA 3DMXA 3N9CA 4PJ2C 3WVXA 2HEDA 2B6XA 3HDEA 1QTEA 4H9AA 1XEPA 1IIZA 2YBMA 1L14A 2BQDA 3DNAA 1D9WA 3VWOA 1XGQC 119LA 1L98A 3SB9A 164LA 4LZTA 1B5WA 238LA 3DKEX 1G7HC 1GF9A 5HMJA 162LA 2LC9A 1B7LA 4MCKA 3C81A 3CDQA 1Z55A 1LZNA 1OUEA 1QS9A 4QGZA 1A4VA 4LZMA 1LHJA 1G7MC 5F9XA 1LHHA 1FLQA 2X0AA 5FCPA 1XGPC 3B72A 3HH3A 1B7NA 3WYHA 4MSTA 1KW7A 4HJVA 5I14A 4YXCA 3WXUA 1L46A 2Z12A 1GAZA 1OQMA 2RBSA 2VB1A 3A67Y 3C83A 1HFXA 1DPXA 1REXA 3CDRA 2Z39A 1RFPA 9LYZA 4NSJA 2DQDY 1L74A 1MELL 1CV6A 4CFPA 1DZBX 1L13A 7LYZA 200LA 2B70A 3ZVQA 4NIJA 1FBIX 3P65A 227LA 1BB6A 4DJHA 4D9ZA 5B59A 1P5CA 1JIYA 2Y8PA 1L30A 3EXDA 2C8PA 5A3ZA 4XJHA 4LGKA 3A34A 3P64A 4ARJA 174LA 1RCMA 2LZ2A 1JJ3A 1L09A 1LYYA 3OK0A 1C61A 3GULA 3VW7A 1L36A 259LA 4YX7C 1C46A 4J1AA 4I7NA 2RBOA 3KAMA 184LA 4DD2A 1L71A 3TXFA 1CU6A 3HTDA 1KXXA 3F6ZA 1LWKA 111LA 5KXTA 3C80A 1VFBC 1L38A 1LW9A 3A3QA 1HHLA 1LMCA 3QNGA 247LA 1ALCA 3V2YA 1L77A 5T3FA 114LA 1L17A 2RB1X 1JTPL 224LA 1GDXA 1QTKA 1GF6A 1UIDA 3DN3A 1LMOA 1L86A 1LYFA 1GFVA 1C6DA 2B6YA 1LMNA 1B9OA 2DQGY 1DI5A 3IJVA 1PQMA 1UUZC 1LZ6A 4G4HA 213LA 1LAAA 1GBSA 1I1ZA 4K5YA 1EPYA 2HEBA 4HTQA 1OUIA 1HEQA 4XJGA 1HERA 5B06A 4RLMA 212LA 1GFJA 1JTOL 255LA 1C66A 2G4PA 171LA 214LA 1VDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HFY A;  1HEN A;  2B74 A;  1LYO A;  2ZYC A;  1L0J A;  3BKV A;  3G3X A;  1C7P A;  3D4S A;  4NGL A;  3EML A;  1KXY A;  1LWG A;  2CUU A;  1ZYT A;  2G4N A;  3FA0 A;  4XJI A;  1W08 A;  1D2W A;  1GXV 2;  1JSE A;  4N5R A;  133L A;  1SWZ A;  1IP5 A;  1C6G A;  3ZVQ B;  4BS7 A;  4YOP A;  5B05 A;  3TXI A;  1L01 A;  1OV7 A;  4OWA A;  1XGR C;  2LZM A;  4HTK A;  1CU0 A;  1UIH A;  4O34 A;  1QT8 A;  2B72 A;  183L A;  1L68 A;  5DM9 A;  3AW6 A;  1HSW A;  1L75 A;  2A4T A;  5LZM A;  5C6I A;  3A92 A;  1L99 A;  3IJU A;  1C6H A;  5E9R A;  1GF7 A;  1QTC A;  1IP6 A;  3G3V A;  1B5Z A;  1GEV A;  3SP3 A;  3WU7 A;  2W1Y A;  4W94 A;  4Z41 A;  3HTG A;  1GFH A;  5F9U A;  2HTX A;  1DKK A;  1YKZ X;  1CUQ A;  2Q0M X;  4ARM B;  4DD7 A;  156L A;  1C10 A;  1CV4 A;  1OVJ A;  201L A;  242L A;  221L A;  1XEI A;  4AXT A;  2IGC A;  4NGZ A;  3HWL A;  1D2Y A;  1LJI A;  177L A;  5KXN A;  1I20 A;  2ANX A;  2Q9D A;  4H93 A;  4H1P A;  1OVH A;  4LT2 A;  3GXR A;  3LZM A;  1T97 A;  1G7J C;  5KJ9 A;  2YVB A;  5HQ1 A;  1D3F A;  150L A;  1SLY A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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