210LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 210lA00
127LA 4LZMA 1G1WA 1PQOA 3HU9A 249LA 4EKRA 4I7QA 1L40A 3C7WA 240LA 236LA 233LA 123LA 1CU0A 1LW9A 1L91A 234LA 2ANVA 3HUKA 1C67A 1C66A 1G06A 235LA 1L29A 2O79A 1PQKA 2B74A 3RUNA 125LA 4W53A 3OE9A 3C7YA 1JTNA 4AQNA 1L04A 1KY0A 1L75A 3SB7A 215LA 2B6YA 1P7SA 1LWKA 222LA 1OV7A 131LA 1CX6A 108LA 1DYEA 1L30A 1OVKA 201LA 261LA 220LA 262LA 1C69A 128LA 3C81A 258LA 1CV5A 2RAZX 1KS3A 1L69A 1KY1A 1QS9A 3G3XA 1L13A 4W52A 1D2WA 1L87A 221LA 4DAJA 3V2WA 1QT5A 1L35A 5I14A 2RH1A 181LA 1L07A 1CVKA 1L03A 1L32A 1CUPA 213LA 1LYIA 162LA 1L94A 1KW5A 2OU9A 1C65A 1SSWA 3GUKA 114LA 2HUKA 4ARQA 1G0MA 1P6YA 1L89A 1L86A 1LI6A 1P64A 163LA 150LA 2HULA 1LPYA 223LA 3V2YA 1DYGA 4W57A 3C7ZA 1LI3A 1EPYA 164LA 3HH4A 1L11A 1C6IA 1PQIA 3OE0A 243LA 1C64A 1P2RA 1LGWA 4EKPA 2RB1X 2B7XA 3HH3A 3DMXA 156LA 1QUOA 2RBSA 3UONA 3GUOA 228LA 4I7KA 1PQMA 3C80A 1L51A 3NYAA 1D2YA 1C61A 112LA 2OTZX 183LA 2B6XA 1C6HA 1L55A 1L33A 1L31A 231LA 1CTWA 1L0KA 4I7JA 3CDVA 171LA 3QAKA 206LA 1QS5A 3SN6R 242LA 1L26A 1CV6A 4I7LA 3F9LA 1L36A 1SSYA 1L56A 4W56A 4ARPA 1TLAA 254LA 196LA 1L16A 142LA 3FI5A 4EJ4A 4K5YA 1QTVA 1T8AA 1L53A 178LA 1CU6A 2RBQA 1G0PA 3CDOA 4LDEA 1L42A 5LZMA 1D3NA 1P2LA 4ARJA 4EXMA 1C6GA 199LA 2B73A 1C6TA 1LI2A 1CU5A 1CV4A 3DN4A 2OTYX 2LZMA 2L78A 1L25A 4I7OA 3SB6A 3SB9A 3CDTA 1C6NA 1PQJA 1QTBA 140LA 3ODUA 1QTZA 3HH5A 1G0QA 1P5CA 1L90A 191LA 3OE6A 145LA 120LA 1LGUA 1P46A 1QSQA 246LA 2RBPA 1L34A 1B6IA 111LA 1L08A 1C68A 2LCBA 4I7MA 113LA 4ARLA 1G0GA 4YXAC 4EPFA 129LA 1SX2A 3G3VA 3HT9A 1C6DA 173LA 1L01A 3C83A 1L63A 1D9WA 1XJUA 1L28A 137LA 187LA 192LA 1L17A 166LA 1L93A 226LA 1L71A 1LYEA 1L95A 3L64A 1C6LA 3EMLA 130LA 257LA 4W51A 1LWGA 1L10A 3HTBA 2F2QA 1QT7A 3GUMA 158LA 1P3NA 3HTFA 2Q9EA 180LA 104LA 1L98A 2ANXA 232LA 1L65A 4LDOA 2RBRA 241LA 1G0JA 1L66A 144LA 2HUMA 4PK0A 3C8QA 1C63A 2CUUA 3HH6A 3HUQA 147LA 118LA 197LA 1DYBA 1C6BA 3GUJA 1DYFA 1L81A 139LA 1L60A 1SWYA 1T6HA 219LA 2LC9A 1LYHA 4ARMB 185LA 1OVJA 4DJHA 4S0WA 175LA 4W55A 256LA 149LA 3GULA 230LA 1C6QA 168LA 170LA 253LA 3HT8A 1G1VA 1C6EA 1L27A 1SWZA 2RBNA 2Z6BA 217LA 1G07A 1L20A 1L99A 1L0JA 212LA 1LYJA 2NTHA 126LA 1L21A 1L24A 2OU0X 3JR6A 4LDLA 4ZPUA 1L77A 1PQDA 3OE8A 1L79A 3DN6A 200LA 1G0LA 186LA 1L45A 195LA 1L06A 216LA 1D3FA 1L82A 3GUIA 3HUAA 1QT3A 1C6MA 184LA 1C6PA 198LA 1LGXA 3G3WA 190LA 1C6CA 1L12A 4W54A 244LA 3F8VA 148LE 1L92A 1L74A 1L62A 3SBAA 107LA 3HDFA 1L76A 2F47A 1L72A 3HWLA 2NTGA 1C6KA 1L39A 3GUNA 110LA 1CV3A 1K28A 4I7SA 237LA 1LLHA 4I7TA 119LA 1P56A 1L44A 210LA 169LA 4I7NA 1C6FA 2OE7X 2QB0B 1LYFA 1I6SA 3HU8A 1XEPA 3DN0A 165LA 1QSBA 2A4TA 1CU2A 1L00A 3DMZA 4GBRB 1T8GA 103LA 176LA 1L41A 248LA 3GUPA 1L14A 3PDSA 1T8FA 1D3JA 209LA 4EPIA 1L05A 1QTDA 3LZMA 4YX7C 3SB8A 172LA 2O7AA 4W58A 1XJTA 1CV1A 3PBLA 2RBOA 1LYDA 205LA 1C62A 3C82A 1L48A 3DN2A 1L70A 3C8RA 138LA 259LA 6LZMA 3DN1A 1L49A 1QUHA 143LA 188LA 3SB5A 1LYGA 1L19A 3NY8A 1G0KA 4YXCA 1P36A 1ZWNA 3VW7A 1L52A 211LA 1L88A 1WTHA 182LA 3C8SA 3HTGA 2RAYX 1ZURA 2O4WA 109LA 1OWYA 157LA 4ARMA 2OE4X 1L80A 2IGCA 1OVHA 1L43A 2OU8A 247LA 3DKEX 2OEAX 1L67A 1ZYTA 1L46A 4IAPA 1CX7A 1L84A 1C6JA 146LA 3DN8A 4I7PA 1L09A 1QUGA 3CDQA 3L2XA 3DNAA 1L96A 4W59A 141LA 3DMVA 218LA 245LA 4ARQB 115LA 161LA 152LA 1QUDA 3HTDA 155LA 1JTMA 1OV5A 1L22A 1L57A 177LA 167LA 1L15A 1C60A 2F32A 122LA 1P37A 2B6TA 3HT6A 1CV0A 1KNIA 1C6AA 4PJZA 3SBBC 1L64A 2B72A 2OE9X 225LA 1OWZA 1QT8A 1L37A 2QARC 1L38A 2B6ZA 3HT7A 174LA 214LA 2RB2X 2B6WA 239LA 3DN3A 1KW7A 3FA0A 1NHBA 1L50A 189LA 1L47A 3NY9A 1QT4A 3FADA 1L58A 227LA 251LA 1L73A 1CUQA 3D4SA 3RZEA 7LZMA 250LA 260LA 4EKSA 1QTCA 1L97A 252LA 159LA 1SX7A 229LA 255LA 238LA 4DKLA 1DYCA 2B70A 160LA 4OO9A 3HDEA 1L83A 1JQUA 151LA 4E97A 1L18A 1L54A 1QT6A 1L68A 224LA 1L59A 1DYAA 4EKQA 3K2RA 4I7RA 1OYUA 102LA 1CU3A 1L02A 2B75A 2Q9DA 2RB0X 1D3MA 1L85A 3CDRA 4GRVA 1L61A 1DYDA 1T97A 1L23A 1QTHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UA6Y 1LJFA 1CJ7A 1DPWA 2LZTA 1IP6A 3B0OA 3HU9A 4PHIA 249LA 4EKRA 4I8SA 4LFPA 240LA 233LA 5B1GA 2ANVA 234LA 5IHGA 1NWGA 4P2EA 4OOOA 4XJHA 1C66A 4WG7A 1G06A 1AT6A 4NSJA 3TMVA 5C6LA 3LYOA 2B74A 4GCFA 4UWNA 3OE9A 1JTNA 2BQGA 3SB7A 208LA 2B6YA 5B06A 131LA 1CX6A 108LA 3OK0A 1DYEA 1L30A 1OVKA 2Z38A 4XENA 1CV5A 4CJ2A 5LXWA 1KY1A 1LSNA 3V2WA 2CGIA 4WOAA 3AGHA 1CVKA 1BVXA 1L03A 4RW2A 4X3BA 1L94A 1IC4Y 4YM8A 3HFMY 1L89A 1P64A 4MCKA 223LA 3V2YA 4TWSA 1L11A 1C6IA 1PQIA 1D9UA 1JKDA 243LA 1C64A 1P2RA 3EO5A 4NSGA 2BQEA 2B7XA 1J1PY 1JSEA 156LA 1IR7A 1QUSA 1FLUA 3A6CY 1D2YA 1QTEA 1L33A 242LA 3F9LA 4Z98A 2A7DA 1L36A 1OQMA 4B4JA 4O34A 1TLAA 3CB7A 1T8AA 4NGWA 1MLCE 4J7VA 2RBQA 1IR8A 3CDOA 3EMSA 3A3RX 4ARJA 4WM1A 4L41A 1B5WA 2LZMA 4LT0A 3VWOA 1L25A 4I7OA 4NHTA 3SB6A 3SB9A 3CDTA 3LHMA 3EBAB 5KXSA 1ZVHL 3ODUA 1L90A 4DC4A 3OE6A 1LGUA 6LYZA 2RBPA 1GXXA 1LJIA 2HTXA 5DN4A 3HT9A 173LA 3C83A 1LHHA 5L3IA 1XJUA 3B0IA 2H9KA 1NKHA 1GPQC 3AZ4A 2HUBA 1L95A 4HV1A 4HJZA 1B7NA 1LWGA 3AZ7A 1QT7A 3WUAA 3BKVA 4GN5C 1P3NA 4NGVA 3FE0A 3D3DA 3SP3A 5HMVA 1JKAA 2LYOA 2RBRA 2D4JA 1G0JA 1LMPA 2Z2EA 1DPXA 3HH6A 1P2CC 1RJCB 5HNLA 4NGLA 1SWYA 219LA 2LC9A 3OJPA 1YAPA 1GFTA 1G7LC 4C3WA 4H93A 2Z2FA 4LYBA 149LA 3B6LA 3GULA 4HTKA 1C6QA 1C08C 1W08A 4Z46A 1G1VA 1C6EA 3HBHA 1GB7A 2W1MA 1G07A 2NTHA 3T6UA 126LA 3IJVA 4ZPUA 1LZGA 2A7FA 4NGJA 4GCEA 3AYQA 1BB3A 4B0DA 3DN6A 5I5QA 186LA 4WMGA 3A67Y 195LA 2H9JA 2I25L 1QIOA 2YVBA 184LA 1C6PA 4WLTA 1F10A 3G3WA 4M6DA 1GAZA 1JTOL 4W54A 1L92A 3WU8A 2DQHY 1UIAA 5JENB 1L62A 1LYZA 107LA 5FDJA 2N5ZA 1GFAA 4TUNA 1YL1X 2NTGA 4I7SA 1CV3A 237LA 119LA 1VDPA 1HERA 1LZSA 1P56A 2XBSA 169LA 154LA 4I7NA 1DI5A 1LHLA 1I6SA 1LMQA 8LYZA 5DL9A 1IR9A 2NWDX 2EQLA 1LZRA 1HEPA 1D0KA 1IEEA 209LA 1L05A 4RLMA 1QDTA 4W58A 5LIOA 1GB9A 4WLXA 3PBLA 5LVJA 2RBOA 1OUFA 4IJ4A 1L48A 2BLXA 1FKQA 2F30A 1YILA 1L70A 3DN1A 4YOPA 3ZEKA 1QUHA 1GBZA 3SB5A 4WL6A 4YXCA 1P36A 4TTDA 1L52A 211LA 3C8SA 1LKRA 4XYYA 2B5ZA 4KT3A 1HSXA 1GF5A 1A4VA 4OWCA 1L80A 2DBTA 1OVHA 2WARA 5B1FA 3M3UA 247LA 5AMYA 3ZVQA 4N1CC 2CJLA 4GLAA 1L84A 1C6JA 3CDQA 4NHSA 2HECA 3LYTA 3L2XA 5KXWA 4C5FA 2LYZA 1WVUA 4W59A 141LA 2HEDA 4QY9A 4WO6A 2BQJA 115LA 2X0AA 3A93A 1GXV2 2F2NA 1OV5A 1D6QA 3AW7A 4NGKA 1ZV5L 2F32A 4PJZA 1OUGA 1CJ8A 1A2YC 1OWZA 1OUEA 1L37A 2QARC 2Z37A 1L38A 1TCYA 135LA 1LZCA 1REYA 174LA 1J1OY 1DZBX 1L50A 1L47A 1IWWA 1E8LA 1IP5A 2DQGY 3D4SA 1B5XA 7LZMA 4ZFPA 1YIKA 3HBEX 238LA 4DKLA 1DYCA 151LA 1LHIA 5FSTA 2HU1A 1FKVA 224LA 7LYZA 1L59A 3CT0A 4EKQA 4H9AA 2B75A 2RB0X 1IWVA 4CFOA 4ET8A 1DYDA 4KL7A 5T3FA 5DN5A 2Z19A 4NWHA 1L40A 1SLYA 1YKZX 153LA 3B0KA 4H94A 2O79A 4WM4A 5K7OA 125LA 4H90A 3C7YA 1KY0A 4NFVA 1IWXA 1XEJA 4M4OA 261LA 220LA 5ILFA 1C69A 1BWJA 1ALCA 1L69A 2H5ZA 3WMKA 4W52A 4DQJA 4H8YA 4NGZA 181LA 5LAFA 2PC2A 213LA 2MECA 1VFBC 1KW5A 1JJ1A 1SSWA 114LA 1LSPA 5B59A 1P6YA 1DKJA 2DQDY 194LA 1GE0A 1HENA 4DDBA 1I56A 2HULA 1LPYA 1QSAA 1YAMA 1DYGA 4W57A 3C7ZA 2G4NA 4HP0A 4DYGA 5F9UA 3RU5A 1LGWA 4EKPA 2RB1X 4GCBA 2YBLA 4NGOA 3HH3A 3TXKA 1QUOA 1GFKA 4TSBA 4I7KA 228LA 1PQMA 3C80A 1L51A 4BAFA 1LJNA 1UACY 5KXXA 1C6HA 1JJ0A 1CTWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1UA6 Y;  1LJF A;  1CJ7 A;  1DPW A;  2LZT A;  1IP6 A;  3B0O A;  3HU9 A;  4PHI A;  249L A;  4EKR A;  4I8S A;  4LFP A;  240L A;  233L A;  5B1G A;  2ANV A;  234L A;  5IHG A;  1NWG A;  4P2E A;  4OOO A;  4XJH A;  1C66 A;  4WG7 A;  1G06 A;  1AT6 A;  4NSJ A;  3TMV A;  5C6L A;  3LYO A;  2B74 A;  4GCF A;  4UWN A;  3OE9 A;  1JTN A;  2BQG A;  3SB7 A;  208L A;  2B6Y A;  5B06 A;  131L A;  1CX6 A;  108L A;  3OK0 A;  1DYE A;  1L30 A;  1OVK A;  2Z38 A;  4XEN A;  1CV5 A;  4CJ2 A;  5LXW A;  1KY1 A;  1LSN A;  3V2W A;  2CGI A;  4WOA A;  3AGH A;  1CVK A;  1BVX A;  1L03 A;  4RW2 A;  4X3B A;  1L94 A;  1IC4 Y;  4YM8 A;  3HFM Y;  1L89 A;  1P64 A;  4MCK A;  223L A;  3V2Y A;  4TWS A;  1L11 A;  1C6I A;  1PQI A;  1D9U A;  1JKD A;  243L A;  1C64 A;  1P2R A;  3EO5 A;  4NSG A;  2BQE A;  2B7X A;  1J1P Y;  1JSE A;  156L A;  1IR7 A;  1QUS A;  1FLU A;  3A6C Y;  1D2Y A;  1QTE A;  1L33 A;  242L A;  3F9L A;  4Z98 A;  2A7D A;  1L36 A;  1OQM A;  4B4J A;  4O34 A;  1TLA A;  3CB7 A;  1T8A A;  4NGW A;  1MLC E;  4J7V A;  2RBQ A;  1IR8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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