210LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
161
structure length
161
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 57
structure length 161
sequence length 161
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 210lA00
3CDTA 197LA 114LA 1LYGA 109LA 2F47A 2NTHA 4EKPA 1L34A 247LA 226LA 143LA 1K28A 1L04A 1L70A 1CU0A 2LCBA 240LA 1P7SA 1JQUA 1L22A 2A4TA 171LA 1OYUA 189LA 4I7RA 137LA 1P5CA 230LA 1L12A 4EXMA 1C66A 4EKSA 1G1VA 186LA 3HT7A 1L60A 1KNIA 4LZMA 224LA 1XJTA 1LYEA 3FADA 125LA 1C60A 3DN8A 1CV5A 3DMZA 1LI2A 3HUKA 3V2WA 2B75A 1L72A 4I7TA 3DNAA 2RAZX 164LA 1L62A 149LA 180LA 234LA 3GUPA 242LA 1L19A 141LA 3HH5A 1T6HA 1OVJA 1L35A 3HDEA 1SX7A 219LA 2O4WA 4I7LA 187LA 3DN4A 165LA 1L47A 232LA 1L74A 1QT5A 262LA 3HDFA 4W58A 2OU8A 1B6IA 107LA 1CV0A 2LZMA 1L03A 1C68A 2ANXA 2L78A 1C6AA 1L95A 1L0KA 3DMXA 1L49A 1QS5A 3C82A 1L66A 1CU2A 1P46A 2OE7X 1CUQA 3PBLA 188LA 4W57A 118LA 4OO9A 248LA 1C6FA 1LW9A 1L64A 1L77A 1C6BA 3GUJA 1C6NA 1PQDA 2RBQA 1L71A 1DYAA 122LA 181LA 1EPYA 1C64A 1L18A 150LA 184LA 1QSBA 3SBBC 2Q9EA 4W51A 157LA 4ARLA 3OE9A 4I7MA 201LA 1L11A 1L14A 1LWKA 1L63A 120LA 2B6XA 1CV4A 1LYHA 5I14A 1L52A 3SB6A 102LA 1PQOA 2O7AA 1LGXA 4YX7C 4I7QA 113LA 185LA 1SX2A 148LE 3CDRA 1SSYA 2ANVA 1QUDA 244LA 2RB0X 1OWYA 145LA 3GUIA 1G0JA 1QT8A 7LZMA 1L90A 1L40A 1L51A 4DAJA 2OEAX 4DJHA 3RUNA 173LA 4PK0A 3SB9A 1L53A 4I7NA 1SSWA 1D2YA 1C6QA 1L57A 1I6SA 3DN1A 155LA 1LGWA 1LLHA 223LA 4ARQA 1QT4A 256LA 1L30A 1L92A 1P2LA 1LYIA 111LA 174LA 1L15A 1C6MA 2B6TA 3OE8A 6LZMA 1QTHA 1L39A 2LC9A 5LZMA 1L87A 1SWYA 2OTYX 218LA 1WTHA 1CX7A 127LA 1QTVA 3FA0A 250LA 257LA 1L88A 1L55A 1D3NA 1OWZA 4ZPUA 1DYDA 1G0QA 2B72A 4W54A 229LA 1D3FA 3V2YA 1L45A 167LA 1C6IA 1QT6A 4ARJA 1L32A 217LA 3SBAA 1L59A 4EJ4A 1L84A 1C61A 220LA 3NY8A 1CU6A 1L54A 159LA 1L76A 3HH3A 1D9WA 1XEPA 1JTMA 251LA 1DYGA 3C8RA 1T8AA 1L75A 1C67A 1L97A 162LA 3CDOA 1QTCA 3C7WA 2RH1A 1L24A 1L69A 1L07A 255LA 3GUOA 2OU0X 1P56A 4I7KA 1L26A 4EPIA 1L29A 1L56A 1G0KA 3C7YA 3D4SA 3SB7A 1L86A 1TLAA 1OV7A 129LA 3F9LA 3SN6R 108LA 4LDOA 4AQNA 245LA 1OVKA 3G3XA 4LDEA 1QT7A 3DN3A 163LA 1C6EA 4W55A 2B6YA 1QS9A 115LA 169LA 1L43A 190LA 1L05A 1QTDA 1DYBA 2RBOA 214LA 1L89A 1C69A 1L58A 249LA 1L21A 3DN2A 259LA 1L48A 3RZEA 1XJUA 3HTGA 1KY0A 4EKQA 1KW7A 1L0JA 140LA 1D3MA 4ARMA 1LYJA 2RB1X 1L82A 1L25A 1L28A 4I7OA 1CU3A 246LA 1G0PA 213LA 1CU5A 2Q9DA 3NY9A 233LA 1P6YA 1P37A 192LA 216LA 146LA 3GUNA 3SB8A 1L99A 3ODUA 4DKLA 1P2RA 3GUMA 1L42A 170LA 1C6TA 3HT6A 4I7JA 3HT8A 131LA 1P3NA 2NTGA 1D3JA 231LA 239LA 4I7SA 3VW7A 212LA 3C80A 3HU8A 2O79A 4YXAC 4K5YA 3DN0A 200LA 3HWLA 161LA 1ZWNA 152LA 2IGCA 258LA 3DMVA 2B7XA 3SB5A 1L85A 3HH6A 3C8QA 175LA 147LA 1LI3A 1L94A 225LA 2B6WA 1LPYA 1G0MA 2B74A 119LA 130LA 3F8VA 3QAKA 2Z6BA 1L37A 3C81A 2RBSA 253LA 2RBRA 1C63A 1CV1A 128LA 191LA 199LA 183LA 1T8FA 1SWZA 3FI5A 3DN6A 1QUGA 1LGUA 1C6GA 1C62A 110LA 4GBRB 3GUKA 3C8SA 1L80A 254LA 2F2QA 252LA 144LA 1QUOA 241LA 1QTBA 1QUHA 3L64A 4W59A 1L23A 2OE4X 2RBNA 172LA 1C65A 1C6LA 1L73A 1DYCA 1DYEA 236LA 2OU9A 1L67A 1L81A 1L41A 1L61A 1L50A 211LA 4GRVA 177LA 1KY1A 1L44A 126LA 4ARQB 1NHBA 1L17A 3UONA 1C6DA 1L00A 2OTZX 1ZYTA 2CUUA 142LA 1LYDA 2RAYX 1ZURA 2HUMA 158LA 1L65A 1QT3A 1L01A 1T97A 3K2RA 3C7ZA 235LA 4ARPA 243LA 3DKEX 168LA 1KS3A 1L93A 2B70A 1PQJA 1L02A 151LA 196LA 1OVHA 1L83A 2HUKA 3JR6A 1L09A 1CX6A 227LA 2OE9X 1PQIA 182LA 1CVKA 1PQMA 261LA 4EPFA 1T8GA 1L36A 1JTNA 1DYFA 221LA 1C6JA 3EMLA 1G07A 1G0GA 3L2XA 166LA 3NYAA 1C6HA 1LYFA 3G3WA 215LA 139LA 238LA 3OE0A 205LA 4LDLA 2RBPA 4IAPA 112LA 1G06A 2QB0B 1L68A 4W53A 4I7PA 210LA 4S0WA 1L96A 3HH4A 1QTZA 1L79A 3C83A 1G1WA 3G3VA 1CTWA 1CV6A 3CDQA 2B73A 2QARC 1P36A 1L27A 1L46A 2HULA 198LA 4PJZA 4W56A 1CV3A 1L16A 3HUAA 3CDVA 1L98A 1P64A 1L13A 1LI6A 3OE6A 3HU9A 206LA 1L31A 3HUQA 1L91A 3HT9A 1CUPA 104LA 2F32A 1L08A 209LA 1G0LA 156LA 228LA 1L20A 3HTDA 1KW5A 237LA 4YXCA 4EKRA 4ARMB 1L38A 1PQKA 1C6CA 123LA 176LA 3HTFA 2RB2X 1C6KA 1C6PA 178LA 1L10A 3LZMA 3GULA 1L06A 1LWGA 3PDSA 195LA 3HTBA 222LA 4E97A 1L33A 4W52A 138LA 2B6ZA 160LA 1D2WA 103LA 1QSQA 260LA 1OV5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ETDA 3CDTA 1D0MA 4N8ZA 3TXHA 4EKPA 2F4GA 2FBDA 1LKSA 1GE2A 1CU0A 1LSBA 240LA 4QY9A 1BB7A 5KKJA 1JQUA 4XJBA 1OYUA 189LA 1FLQA 4EKSA 1KNIA 2X0AA 1XJTA 3V2WA 1CV5A 4HJYA 1NKHA 5IHGA 1L72A 3DNAA 2F4AA 1ZMYL 1L62A 149LA 234LA 3GUPA 3OJPA 242LA 1DI4A 141LA 1IC5Y 4H90A 1NHEA 2Z2FA 1OVJA 3HDEA 5KXZA 2ZQ3A 4I7LA 187LA 3AZ5A 5HQ1A 4IASA 4W58A 2OU8A 1CV0A 1IP4A 3ZVQA 2L78A 1KIRC 5LVJA 1I20A 4HTKA 4BAFA 1LPIA 3WXTA 188LA 1L77A 2RBQA 1L71A 4BADA 4WLXA 4H9BA 184LA 3A3QA 201LA 1BGIA 1XGTC 1L63A 4H9IA 120LA 2B6XA 3W6EA 3TXBA 1NDMC 1WQOA 4DD3A 4I0CA 3A96A 4PRQA 2O7AA 2IHLA 4YX7C 4I7QA 5LXWA 4G9SA 1VDPA 1SX2A 2BQOA 1IP7A 4G49A 2BQHA 2ANVA 2RB0X 2G4QA 4G4HA 1IOSA 4N9RA 1L90A 1YAQA 3AYQA 4LYOA 2HU1A 1TBYA 5LYMA 173LA 4ET9A 1LZGA 1D2YA 1C6QA 1I6SA 3DN1A 4WO9A 1GB9A 4ARQA 1QT4A 256LA 5APDA 1YIKA 2ZNXY 4TTDA 2XBRA 4J1BA 3WU7A 1C6MA 1QTHA 1IX0A 2ZWBA 2LC9A 5LZMA 1GBYA 2N5ZA 3N9CA 1G7MC 1JKCA 4DDAA 1WTHA 4Z3MA 1G7HC 1JUGA 208LA 1L88A 5E9RA 1L55A 132LA 1OWZA 229LA 1D3FA 4XJIA 3W6AA 4ARJA 1QT6A 1AKIA 217LA 4EJ4A 1L84A 4I8SA 1HMKA 1HF4A 1L54A 3BKHA 1IC7Y 1IC4Y 5LYZA 3ATOA 1DYGA 1QQYA 3C8RA 1C67A 5T3FA 1QTCA 2RH1A 9LYZA 2CDSA 2OU0X 1G0KA 1UIBA 1NBZC 5EBHA 5DLAA 3SB7A 1CJ6A 1GWDA 1HNLA 3CSQA 3ULRA 1D9UA 1N4FA 4BAPA 2BQJA 1DXJA 2B6YA 3HBEX 193LA 1QS9A 3LYOA 2F30A 2PC2A 1DYBA 1F10A 214LA 3TMUA 2ZYPA 1L89A 1C69A 1UC0A 1LJHA 1L58A 1L21A 2DQHY 3DN2A 1L48A 4OOOA 134LA 3RZEA 3B0KA 1SLYA 4EKQA 1KW7A 4NEBA 4HSFA 2Q0MX 1L82A 1L28A 4I7OA 1UIGA 1WQRA 1G0PA 1LMTA 1IR7A 5I54A 4N1EI 1G7LC 5DL9A 4H94A 1WQPA 1LSMA 1HEQA 4X3BA 4DKLA 1INUA 3LYMA 1GEZA 1L42A 3HT6A 1HFYA 1GFUA 4I7JA 2NTGA 3TMVA 3EO5A 2Z19A 1GE4A 3WVYA 2DQIY 1ZWNA 1JKBA 4YEOA 2IGCA 2HEAA 1L85A 3HH6A 1CKCA 1OUIA 1L94A 1D6QA 2B74A 1LZ1A 2XJWA 1REMA 2EIZC 1CV1A 2HU3A 1T8FA 3AZ6A 3FI5A 3DN6A 1LGUA 2A7FA 2CWIA 110LA 1F6SA 4NG1A 5DN4A 3QE8A 1JWRA 4LYTA 2DBTA 1VFBC 1B7SA 1LMQA 3WUAA 1L23A 2OE4X 4YEMA 2B5ZA 172LA 1DYEA 4RW2A 236LA 1LZNA 3RW8A 2BQBA 2OU9A 1YQVY 2DQGY 3B0IA 1NHBA 3UONA 4J0LA 1L00A 1B5VA 2OTZX 1DKJA 1B5XA 1OUEA 4HP0A 1ZYTA 1LYDA 1JISA 1B5YA 1LSDA 1QT3A 4Z98A 1B7QA 1CJ7A 3C7ZA 4OWBA 3G3BB 1PQJA 2BQFA 5LAGA 1L02A 3B72A 196LA 1GFJA 1OVHA 3K3TA 4H8YA 5B1FA 2G4NA 1L09A 227LA 182LA 2HEDA 4WM6A 1FBIX 4MR1A 1C6JA 1O23A 1G07A 3EMLA 4OWAA 166LA 3NYAA 4B4JA 2YVBA 1LYFA 1B7LA 4LDLA 4N5RA 2RBPA 1LZ9A 1EQ5A 1G06A 2QB0B 1BWJA 4W53A 1OUDA 2MEFA 1IR9A 1IWVA 3G3VA 1G1WA 1UIHA 4QEQA 4TUNA 1CV6A 1P36A 1AZFA 1IWTA 1IOCA 1XEJA 1WQMA 2HULA 3A94A 1CV3A 5LA5A 1L16A 3HUAA 1L98A 4HV1A 3ZEKA 1IEEA 1LI6A 3HU9A 4R0FA 4U3XB 1NDGC 3LN2A 2F32A 3WL2A 1IWWA 4H9AA 1G0LA 1LYOA 3HTDA 5KXMA 1FLUA 4PHIA 4DQJA 3B6LA 1C6PA 1LSPA 1L10A 2I25L 3HTBA 2Y8PA 4RDSA 1LZCA 160LA 1D2WA 1QSQA 260LA 4NSGA 3CQLA 1JJ1A 1LJNA 4GCBA 4NIJA 109LA 2F47A 1YAMA 2BQAA 5LVGA 1LHIA 1TDYA 226LA 143LA 1HMLA 4L41A 3T36A 3TXKA 1HENA 2LYMA 1D0KA 1C7PA 3A34A 5D5FA 171LA 4WG1A 1B7NA 4I7RA 1YKYX 1P5CA 1B5WA 1AT6A 1FN5A 3P64A 1WVVA 4E3UA 5B1GA 3FADA 125LA 2LYZA 3DMZA 3HUKA 1LI2A 2B75A 2RAZX 1IP3A 1JTPL 180LA 1QDTA 5L3IA 1TAYA 1LJEA 2O4WA 3N9AA 5ILFA 2MEDA 1FDLY 1ZV5L 1L74A 1QT5A 1D6PA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ETD A;  3CDT A;  1D0M A;  4N8Z A;  3TXH A;  4EKP A;  2F4G A;  2FBD A;  1LKS A;  1GE2 A;  1CU0 A;  1LSB A;  240L A;  4QY9 A;  1BB7 A;  5KKJ A;  1JQU A;  4XJB A;  1OYU A;  189L A;  1FLQ A;  4EKS A;  1KNI A;  2X0A A;  1XJT A;  3V2W A;  1CV5 A;  4HJY A;  1NKH A;  5IHG A;  1L72 A;  3DNA A;  2F4A A;  1ZMY L;  1L62 A;  149L A;  234L A;  3GUP A;  3OJP A;  242L A;  1DI4 A;  141L A;  1IC5 Y;  4H90 A;  1NHE A;  2Z2F A;  1OVJ A;  3HDE A;  5KXZ A;  2ZQ3 A;  4I7L A;  187L A;  3AZ5 A;  5HQ1 A;  4IAS A;  4W58 A;  2OU8 A;  1CV0 A;  1IP4 A;  3ZVQ A;  2L78 A;  1KIR C;  5LVJ A;  1I20 A;  4HTK A;  4BAF A;  1LPI A;  3WXT A;  188L A;  1L77 A;  2RBQ A;  1L71 A;  4BAD A;  4WLX A;  4H9B A;  184L A;  3A3Q A;  201L A;  1BGI A;  1XGT C;  1L63 A;  4H9I A;  120L A;  2B6X A;  3W6E A;  3TXB A;  1NDM C;  1WQO A;  4DD3 A;  4I0C A;  3A96 A;  4PRQ A;  2O7A A;  2IHL A;  4YX7 C;  4I7Q A;  5LXW A;  4G9S A;  1VDP A;  1SX2 A;  2BQO A;  1IP7 A;  4G49 A;  2BQH A;  2ANV A;  2RB0 X;  2G4Q A;  4G4H A;  1IOS A;  4N9R A;  1L90 A;  1YAQ A; 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