211LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGEATGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 211lA00
1DYEA 1L35A 108LA 168LA 3HDEA 1C6IA 1G07A 164LA 1CUQA 241LA 4EJ4A 1L62A 128LA 1D2YA 236LA 1L89A 251LA 3GUPA 109LA 1KS3A 1P36A 4W54A 4EXMA 1L74A 3G3XA 1QT5A 3GUJA 1L82A 1CVKA 1L07A 1L54A 1C62A 1P6YA 1KY0A 2OE4X 3HU8A 3C82A 1QTDA 242LA 1L56A 1L94A 3SN6R 1CU5A 3DN6A 2B70A 161LA 1G0KA 1L63A 1L83A 162LA 170LA 2Q9DA 1C6FA 2HUKA 1QS5A 1L05A 1L66A 1QUGA 3DN3A 1ZWNA 1QUOA 1L27A 4EPFA 243LA 1OWZA 2ANXA 1C6NA 1L80A 206LA 3C81A 1LYDA 3HTGA 1XEPA 3SB7A 1SWZA 4ARLA 218LA 3HT6A 1L59A 150LA 1L29A 3SB6A 2RBQA 2O79A 1L92A 1C61A 2OTYX 2RBSA 1CV3A 1P64A 2O4WA 187LA 1L51A 110LA 1G0GA 1CV5A 1L69A 165LA 1T97A 257LA 2F32A 229LA 2RBPA 1C64A 1OWYA 228LA 185LA 234LA 3HT7A 143LA 1CX6A 3G3VA 1P56A 1L01A 3HH4A 1QTCA 3OE0A 1L65A 4ARMA 175LA 4EPIA 2ANVA 127LA 1P37A 145LA 177LA 1QT6A 1L40A 183LA 2B6WA 155LA 253LA 4I7PA 2B74A 147LA 149LA 3GUMA 4W55A 1L68A 1L03A 1C6EA 1G06A 220LA 1QTZA 1P7SA 1NHBA 4GRVA 1G0QA 247LA 4DJHA 3DN0A 4IAPA 1L98A 4ARQB 1LYJA 3HUKA 4ARJA 3FI5A 1L18A 3DN4A 1QTVA 1LYIA 249LA 1L00A 114LA 195LA 2Q9EA 123LA 137LA 1P3NA 1LWGA 3VW7A 1L53A 1L81A 180LA 3HU9A 2F2QA 4W58A 140LA 1OVJA 158LA 1L77A 1T8FA 3RZEA 112LA 3OE6A 4E97A 1G1VA 1L58A 1L26A 238LA 1L60A 209LA 3SB8A 4ZPUA 3UONA 1PQIA 4OO9A 1T6HA 2LC9A 152LA 2RBOA 239LA 2OU0X 1LYFA 3C8SA 4YX7C 1LWKA 1CV0A 1L76A 1L91A 2RBRA 1L37A 3SBAA 3GUOA 142LA 2QB0B 151LA 1DYAA 1P46A 160LA 1D3MA 1L49A 186LA 130LA 2OU9A 237LA 4DKLA 3G3WA 1L47A 2NTHA 1L08A 1C6MA 4PK0A 262LA 3CDVA 1SX7A 3FADA 254LA 119LA 3JR6A 1L88A 1L55A 1PQDA 1C67A 3SB9A 1L24A 221LA 200LA 4YXAC 1TLAA 1CV6A 2OE9X 3C80A 1G0MA 138LA 216LA 3SBBC 2IGCA 1QS9A 1DYFA 126LA 210LA 3CDTA 157LA 167LA 1L0KA 231LA 3NY8A 215LA 173LA 1L84A 1QT8A 4EKSA 1L99A 4GBRB 131LA 1KW5A 252LA 2RB1X 1L06A 4LDOA 2Z6BA 4I7QA 156LA 1C6JA 1L86A 169LA 1L12A 1C66A 3HH6A 1L16A 1CU0A 3OE8A 1C63A 1L13A 1KW7A 3DN8A 4I7JA 3HH3A 1C6PA 3K2RA 120LA 1L11A 171LA 3C83A 189LA 3NY9A 111LA 3SB5A 4I7MA 1OVHA 5I14A 1CX7A 6LZMA 1L25A 2NTGA 148LE 1KY1A 1WTHA 1JTNA 2HUMA 1B6IA 3L64A 2OU8A 235LA 107LA 103LA 1CU6A 1L70A 1L95A 1XJTA 1C6BA 211LA 2HULA 2B72A 1L19A 3CDQA 1CU2A 1L46A 1L72A 1LPYA 1P2LA 1LI3A 1KNIA 184LA 3V2YA 1L79A 1L17A 225LA 2OTZX 4I7SA 2B75A 224LA 4EKRA 217LA 240LA 3GULA 2B6TA 4EKPA 1L61A 1L21A 1QTHA 118LA 3CDRA 129LA 4W56A 176LA 1LYEA 4W57A 1L85A 3DMZA 102LA 1QT7A 222LA 219LA 1L39A 1QUHA 3LZMA 196LA 1L15A 141LA 1C68A 1I6SA 3HTBA 1L43A 1C6LA 3FA0A 4W52A 166LA 113LA 125LA 1L96A 1SSWA 1P2RA 1C60A 2RAZX 1T8AA 1L34A 1LI2A 1L28A 1L41A 1OYUA 7LZMA 1C65A 1D9WA 1ZURA 3HTFA 2L78A 1L42A 1L50A 1L09A 201LA 104LA 3HH5A 1CU3A 1DYCA 1QTBA 3DNAA 3F8VA 233LA 1QT4A 3F9LA 3C8QA 2B73A 4YXCA 1D3FA 2RB0X 261LA 3EMLA 1P5CA 1L75A 2B6ZA 3HTDA 1L52A 1C6KA 3DN1A 4DAJA 1L44A 1T8GA 1L36A 3C7WA 1L48A 115LA 1OV5A 256LA 182LA 3C7YA 1QSBA 4LDEA 1PQKA 1PQJA 1JQUA 246LA 1QT3A 1L71A 1LLHA 1LW9A 174LA 1L38A 122LA 4S0WA 1LGWA 2F47A 1XJUA 2LZMA 258LA 192LA 230LA 2RAYX 4W53A 3CDOA 1OV7A 3DKEX 159LA 198LA 3HWLA 1G0JA 1LI6A 3HT9A 199LA 1L67A 1LYHA 1ZYTA 2B6XA 4I7NA 4ARPA 1QUDA 3NYAA 1K28A 1L23A 250LA 3D4SA 1L32A 1L64A 1C6QA 1L45A 1EPYA 4I7RA 3DMVA 3GUNA 1L87A 1CTWA 213LA 1SWYA 4W51A 4LZMA 1DYDA 1LGUA 4K5YA 2OE7X 4I7TA 227LA 2RBNA 1L04A 3HUAA 3V2WA 4I7KA 3GUKA 1D3JA 3PDSA 4ARMB 260LA 1L90A 1DYGA 2B7XA 144LA 226LA 1G0LA 3L2XA 172LA 1PQOA 1LYGA 2B6YA 2QARC 4LDLA 1L33A 2O7AA 1PQMA 1L93A 3OE9A 4AQNA 2LCBA 3GUIA 1DYBA 1G1WA 1C6DA 1L57A 1L73A 4W59A 4PJZA 1L22A 1JTMA 1SX2A 1CV4A 1D3NA 205LA 1C6TA 1L30A 232LA 1D2WA 1C69A 1L97A 3RUNA 1G0PA 3HDFA 3PBLA 1L02A 2A4TA 2RH1A 1C6GA 1L31A 4ARQA 163LA 3DMXA 188LA 1L10A 3HUQA 197LA 223LA 245LA 3ODUA 255LA 244LA 2OEAX 4EKQA 3QAKA 259LA 2RB2X 190LA 181LA 1QSQA 1C6HA 3HT8A 1SSYA 191LA 1C6CA 1L20A 5LZMA 248LA 1LGXA 4I7LA 1CV1A 214LA 1C6AA 3C7ZA 4I7OA 1OVKA 3C8RA 178LA 146LA 3DN2A 1L0JA 139LA 2CUUA 1L14A 1CUPA 212LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYEA 2BQHA 4DT3A 168LA 1C6IA 164LA 1CUQA 1BVKC 128LA 236LA 4H90A 3GUPA 1KS3A 4W54A 4HP0A 4EXMA 1E8LA 1NWGA 3G3XA 4Z98A 4WM6A 1CVKA 1L54A 4H92A 5KXRA 2HU1A 242LA 1L94A 1YIKA 3SN6R 4NGOA 1LSZA 2HEDA 1LJ3A 1GB2A 1L63A 1HEMA 1T3PA 1QS5A 5APFA 4WM1A 1J1OY 1BB3A 1OWZA 5KXPA 2D4IA 3C81A 1LYDA 1QTKA 1BB4A 3TXIA 2YBIA 218LA 1LJ4A 5APCA 1LYSA 1L29A 1IO5A 1L92A 2BLXA 4NWHA 3TXEA 110LA 5KXTA 1AT5A 4HSFA 1CV5A 1RJCB 5KXOA 4XENA 1OWYA 1UCOA 2MEDA 3LN2A 1LMPA 5DM9A 4IASA 4H9EA 1B7NA 2ZQ4A 4ARMA 4HTKA 175LA 1QT6A 3G3BB 3CT5A 2B6WA 1XGTC 253LA 1LMCA 1VFBC 1TEWA 2BQDA 1Z55A 220LA 1P7SA 5KXWA 1NHBA 3DN0A 3AZ7A 4IAPA 1LYJA 4HPEA 4ML7A 2HTXA 3HUKA 4ARJA 1UACY 1YKYX 4LYCA 1C43A 2MEIA 114LA 1LWGA 1GHLA 140LA 1OVJA 4NGIA 1LZTA 5FDJA 3LHMA 4E97A 5D5FA 1L58A 1L26A 209LA 1PQIA 2IFFY 152LA 2BQGA 3T6UA 2OU0X 4NHTA 3LYZA 4XADA 3J4GA 4WM4A 4O34A 1L91A 2RBRA 3SBAA 3P64A 2N5ZA 151LA 5D5CA 1L49A 2YBNA 4DKLA 3A93A 3P68A 4DD1A 2NTHA 5L9JA 1LTMA 1C6MA 4GLVA 262LA 3CDVA 1HMKA 3FADA 3CB7A 1L88A 1IEEA 1C67A 3SB9A 1L24A 221LA 1PS5A 4YXAC 1TLAA 4J0LA 1JTOL 4WG7A 4H9AA 216LA 1IP6A 1LZNA 2IGCA 1G7LC 1LJJA 1QS9A 157LA 167LA 4EKSA 1QT8A 4KPMA 1L99A 1KW5A 4DQ7A 1IR8A 1H6MA 1IP4A 1WVVA 3B0KA 1DPXA 1CU0A 1KW7A 1B5YA 1IWZA 4MCKA 4PJ2C 4I7JA 3QNGA 5DL9A 3AGIA 3WMKA 189LA 3NY9A 111LA 1IP2A 4I7MA 3SB5A 1GFJA 1AM7A 4HJZA 3KAMA 2ZILA 1GWDA 1IY4A 148LE 4WMGA 5I4XA 1WTHA 1HEQA 1GF5A 2OU8A 5DN4A 4H9IA 1L70A 1XJTA 1IWXA 1VDPA 1GF3A 5KXLA 5LVIA 3A67Y 4ETEA 1JUGA 3RZ4A 1L19A 4N5RA 1LI3A 1LSMA 4NHIA 1L17A 154LA 2B75A 4EKRA 4XJDA 240LA 2DQGY 4EKPA 1OUEA 1HHLA 1L61A 1D0MA 1UICA 118LA 3CDRA 1OUBA 4LT3A 222LA 1QT7A 3TMWA 1L15A 1FLWA 141LA 5LA8A 1L43A 113LA 1L41A 4RW1A 4XN6A 2D91A 4DQJA 3W3EA 1HEPA 1ZURA 3J6KA 1L50A 4B4IA 2Z2EA 2BQCA 4W94A 4G4CA 233LA 1JKAA 2BQJA 3WPLA 2XQOA 3HTDA 1C6KA 4PGJB 1T8GA 1L36A 3C7WA 3TXGA 115LA 4I0CA 1OV5A 1QSBA 1OUAA 1LZ4A 246LA 5I53A 1QT3A 1L71A 1LLHA 3WW6A 174LA 3LZTA 1L38A 1LGWA 2F47A 1GBOA 2LZMA 3CDOA 1VATA 159LA 4LYZA 5I4WA 2YVBA 5FELA 2DQCY 4EMNA 4I7NA 1LSDA 3WUAA 5FEKA 208LA 1K28A 1F6RA 2Z18A 2ZYPA 1C08C 1L45A 4N9RA 1CTWA 1GFEA 2RBNA 3TXKA 1DYGA 2H5ZA 4QGZA 226LA 1WQMA 2CWIA 1OUGA 4KXIA 1PQOA 1XGRC 1LSEA 3M3UA 2QARC 5JENB 1DQJC 4PRUA 1G1WA 1L57A 1LZRA 1L22A 4ET8A 1SX2A 1CV4A 3EO5A 4WO9A 1FKVA 1L30A 1B7RA 1V7SA 1L02A 4ARQA 1L31A 4R6CA 4NG8A 3B72A 2W1LA 3ODUA 3CQLA 4H94A 1JTPL 4EKQA 3QAKA 259LA 1LJHA 4DDAA 1L20A 4HTNA 248LA 1YAQA 1FDLY 1QUSA 5F16A 1OVKA 5K7OA 1ZV5L 5I5QA 146LA 139LA 2CUUA 1L14A 9LYZA 1CUPA 4WG1A 1LZCA 4XJGA 1HERA 3HDEA 4EJ4A 1FLQA 1L62A 1D0LA 1IOCA 1LKRA 1B7MA 4N1CC 1GFKA 1OUCA 1DKJA 1CNSA 1LZBA 1BB5A 1LSYA 8LYZA 1P6YA 5F14A 2OE4X 3HU8A 5KY1A 1D0KA 1LMQA 4NEBA 2BQMA 2F4AA 3A92A 4DD3A 1CU5A 1JJ1A 3DN6A 1L83A 4WM5A 2HECA 3WUMA 1XEJA 2Q9DA 3P65A 3A95A 4P2EA 1QUGA 4LGKA 1QUOA 2ANXA 1GF6A 3SB7A 1ALCA 4ARLA 3TXBA 4RLNA 1GE0A 1GDXA 2RBSA 2O4WA 187LA 5LVHA 3WU7A 3QE8A 4DDBA 165LA 1IOTA 3BKVA 257LA 4NIJA 2W1XA 2D4JA 1F6SA 2EQLA 3AB6A 3HT7A 1VDSA 1FKQA 1WTMA 1QTEA 1IIZA 3HH4A 1QTCA 1IP7A 4C3WA 1L65A 5B1GA 2HEBA 1LYOA 2ANVA 3CT1A 4LT0A 3CSZA 3VWOA 4WM2A 2B74A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYE A;  2BQH A;  4DT3 A;  168L A;  1C6I A;  164L A;  1CUQ A;  1BVK C;  128L A;  236L A;  4H90 A;  3GUP A;  1KS3 A;  4W54 A;  4HP0 A;  4EXM A;  1E8L A;  1NWG A;  3G3X A;  4Z98 A;  4WM6 A;  1CVK A;  1L54 A;  4H92 A;  5KXR A;  2HU1 A;  242L A;  1L94 A;  1YIK A;  3SN6 R;  4NGO A;  1LSZ A;  2HED A;  1LJ3 A;  1GB2 A;  1L63 A;  1HEM A;  1T3P A;  1QS5 A;  5APF A;  4WM1 A;  1J1O Y;  1BB3 A;  1OWZ A;  5KXP A;  2D4I A;  3C81 A;  1LYD A;  1QTK A;  1BB4 A;  3TXI A;  2YBI A;  218L A;  1LJ4 A;  5APC A;  1LYS A;  1L29 A;  1IO5 A;  1L92 A;  2BLX A;  4NWH A;  3TXE A;  110L A;  5KXT A;  1AT5 A;  4HSF A;  1CV5 A;  1RJC B;  5KXO A;  4XEN A;  1OWY A;  1UCO A;  2MED A;  3LN2 A;  1LMP A;  5DM9 A;  4IAS A;  4H9E A;  1B7N A;  2ZQ4 A;  4ARM A;  4HTK A;  175L A;  1QT6 A;  3G3B B;  3CT5 A;  2B6W A;  1XGT C;  253L A;  1LMC A;  1VFB C;  1TEW A;  2BQD A;  1Z55 A;  220L A;  1P7S A;  5KXW A;  1NHB A;  3DN0 A;  3AZ7 A;  4IAP A;  1LYJ A;  4HPE A;  4ML7 A;  2HTX A;  3HUK A;  4ARJ A;  1UAC Y;  1YKY X;  4LYC A;  1C43 A;  2MEI A; 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