212LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLAAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 61
structure length 168
sequence length 168
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 212lA00
1D9WA 3V2YA 1SSYA 1T8FA 196LA 1OVJA 2LZMA 197LA 112LA 1L53A 3DN1A 4ARMA 3HUKA 1L04A 3ODUA 241LA 144LA 1C6PA 240LA 2NTGA 3F9LA 248LA 3C83A 1L95A 4GBRB 1L98A 1L94A 201LA 2O7AA 1OWZA 3FA0A 1L83A 1KS3A 4EPFA 3SBBC 1L33A 3EMLA 4ARLA 1L96A 143LA 2A4TA 2B6YA 2ANXA 1KNIA 4I7NA 2RBPA 3DN0A 224LA 3CDQA 4EKRA 225LA 2OE4X 182LA 1LYHA 3HUAA 4YX7C 4LDEA 1CUQA 4EKSA 1L06A 3CDVA 3SB6A 2CUUA 180LA 1C6TA 1JQUA 120LA 2RAYX 2OTZX 4I7LA 1L80A 1D2YA 1L39A 3HH3A 3HT6A 1PQMA 4ARJA 3DN4A 1G0KA 1LWGA 1L68A 245LA 1L27A 3JR6A 1P2RA 2QB0B 1C6BA 217LA 2HUKA 1C68A 2Q9DA 1QSQA 3GUJA 1SX2A 3GUPA 1G06A 3FI5A 3DMXA 1L79A 3LZMA 4EXMA 115LA 1L55A 2B6TA 2F47A 2QARC 2RB0X 1C6QA 1NHBA 3UONA 3DMZA 108LA 190LA 189LA 1D3NA 3HU9A 1KY0A 159LA 218LA 169LA 1L16A 250LA 145LA 1L14A 177LA 130LA 1QUHA 1CU3A 1L63A 3K2RA 1CV4A 1L89A 183LA 1C61A 4W51A 213LA 1OV7A 118LA 232LA 1QT6A 2L78A 1P37A 1L13A 148LE 2O79A 3SB8A 3QAKA 3SBAA 163LA 1CVKA 222LA 107LA 171LA 3DN6A 3HH6A 3HT9A 1C6MA 1D3JA 3DNAA 170LA 3FADA 231LA 3G3WA 1QSBA 1L73A 2OEAX 1C69A 1PQIA 1L84A 3C7WA 3CDOA 3GUNA 1L48A 212LA 1K28A 3C8RA 4W56A 1QT4A 262LA 181LA 4I7SA 4ARMB 166LA 1L47A 1L65A 1QT7A 2RBQA 239LA 4EPIA 1CU5A 1L0KA 7LZMA 160LA 1L86A 4ARPA 1QS9A 1G0QA 4DKLA 186LA 1C6LA 168LA 1DYDA 1L31A 164LA 102LA 3D4SA 1QTZA 1XJTA 1C6KA 3DN3A 1L28A 2OU9A 2B72A 1LYEA 4DAJA 3C8QA 1G0JA 254LA 3C7ZA 1LWKA 113LA 3GUIA 1G0GA 1C6FA 1C6GA 2RAZX 3OE8A 3DKEX 1D3FA 1LGXA 2B74A 1QUOA 141LA 1L00A 157LA 3GUMA 219LA 233LA 4W59A 1L62A 1L82A 251LA 3V2WA 1QTCA 4I7RA 1P5CA 2ANVA 2RBOA 151LA 1L07A 1C66A 192LA 1C6CA 1L75A 220LA 4W52A 175LA 1T97A 1DYAA 104LA 4W58A 4YXCA 223LA 247LA 1G07A 234LA 4GRVA 1L50A 167LA 3NY8A 1QUGA 1T8AA 1L24A 6LZMA 1LYDA 131LA 1CTWA 1DYGA 1L97A 1G0LA 3PBLA 4E97A 1L61A 260LA 1L44A 259LA 258LA 229LA 206LA 2NTHA 1CU0A 2LCBA 114LA 1OWYA 4AQNA 1P2LA 4I7OA 230LA 1CUPA 176LA 1L87A 1L45A 1EPYA 3OE6A 1WTHA 2OE9X 1B6IA 3L64A 1L60A 2RBRA 1L99A 3GUKA 109LA 3SB7A 150LA 1SWZA 2F32A 1P6YA 3HU8A 1L77A 210LA 1L37A 1G1VA 2RBNA 244LA 173LA 3HWLA 1T6HA 2B70A 221LA 1C6AA 1L90A 1KW7A 5LZMA 127LA 1L42A 3L2XA 1L17A 256LA 1L43A 214LA 1L66A 1LYFA 1L01A 137LA 1CX7A 1C63A 140LA 1CV6A 1PQJA 1DYFA 246LA 3OE0A 4I7QA 2LC9A 1L51A 4I7MA 2B75A 1SWYA 1CV5A 4EKPA 1L35A 252LA 187LA 3GULA 1L64A 1C60A 4ARQA 1C64A 3HUQA 155LA 3RUNA 3HDFA 3C8SA 1L19A 3C7YA 253LA 1QTVA 227LA 1DYCA 1ZYTA 156LA 209LA 162LA 2Q9EA 1L40A 2RBSA 1L26A 1G1WA 1L30A 1L54A 4YXAC 1DYEA 235LA 1QT3A 4I7KA 4LDOA 1L32A 1XEPA 2B6XA 1LPYA 1P7SA 2OU0X 1G0PA 1I6SA 4W57A 1KW5A 3PDSA 1CU6A 185LA 103LA 3G3XA 1L21A 1OVHA 2OE7X 1KY1A 119LA 1L71A 1ZURA 4W53A 158LA 1L81A 1XJUA 172LA 3HT7A 4S0WA 1CX6A 2RB1X 215LA 1L22A 1L74A 4DJHA 1JTNA 1D3MA 1L67A 1OVKA 4PJZA 1QUDA 1L18A 1C6JA 1P3NA 1G0MA 1C65A 2IGCA 205LA 1C62A 3HTBA 125LA 1L38A 1L76A 1LYGA 1C6DA 1LGWA 3NYAA 1QT8A 1P56A 1QT5A 1L25A 199LA 226LA 3VW7A 1ZWNA 3C80A 1L91A 4W54A 3OE9A 1L09A 3HDEA 1L93A 1P36A 3SB5A 1P64A 1L0JA 3HTFA 1DYBA 1C67A 4EJ4A 2OTYX 178LA 1L23A 1T8GA 2HULA 1L92A 1L11A 5I14A 3SB9A 236LA 4LZMA 3RZEA 1L72A 195LA 123LA 1PQKA 4I7TA 1SSWA 139LA 1L58A 1P46A 3HT8A 243LA 1L49A 1QTBA 1LI3A 261LA 4LDLA 3G3VA 255LA 1L57A 1L59A 4I7JA 1L08A 3DN8A 3SN6R 257LA 4ZPUA 1L41A 1L46A 1L69A 1SX7A 1C6NA 2OU8A 1OV5A 200LA 4I7PA 138LA 2O4WA 1L52A 1LI2A 2Z6BA 191LA 216LA 1LYIA 1L10A 237LA 211LA 2F2QA 1D2WA 1LYJA 184LA 1C6EA 1L29A 3NY9A 1CV0A 122LA 1L88A 174LA 1LI6A 3DN2A 1QTDA 1L12A 228LA 1C6IA 4OO9A 1L70A 1JTMA 2RB2X 1TLAA 1CV1A 4ARQB 149LA 2B7XA 2HUMA 111LA 147LA 1L34A 4IAPA 142LA 146LA 1PQDA 2RH1A 2B6WA 3F8VA 198LA 1L02A 3CDRA 1C6HA 1PQOA 3HTGA 2B6ZA 1QTHA 126LA 3HTDA 1CV3A 3HH4A 161LA 165LA 4EKQA 1QS5A 1OYUA 1LW9A 4PK0A 1LGUA 188LA 242LA 1L85A 1L36A 1L15A 1L05A 3DMVA 1L56A 3C82A 128LA 152LA 129LA 249LA 1CU2A 1LLHA 1L03A 1L20A 3HH5A 110LA 3CDTA 3GUOA 238LA 2B73A 3C81A 4K5YA 4W55A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJFA 1T8FA 1IP4A 4GN4A 5KXSA 3DN1A 4ARMA 1LTMA 240LA 3A93A 5B07A 2HEDA 4N1CC 4GBRB 5F14A 2YBIA 134LA 1L98A 4NSJA 2O7AA 1LJJA 1OWZA 3FA0A 1L83A 4EPFA 2ZNWY 1L96A 4H92A 4WM2A 1CKDA 2A4TA 2ANXA 3B0KA 2RBPA 224LA 225LA 1LMOA 4LDEA 3E3DA 4EKSA 1F6SA 3SB6A 3W6CA 1C6TA 5C6IA 4ARJA 1JTTL 2XBSA 1G0KA 1LJNA 4LFPA 1L68A 1YIKA 245LA 3QNGA 1B5WA 1BB4A 1JPOA 1TDYA 2ZIKA 1C6BA 2HUKA 1SX2A 1OUAA 3DMXA 1L79A 4H8ZA 4NHQA 1LSPA 2QARC 1C6QA 3UONA 108LA 2Z38A 1IIZA 3CT1A 3D3DA 4NGIA 3TXKA 4WOAA 1GXXA 1D3NA 132LA 159LA 218LA 1Z55A 250LA 2BQOA 4I0CA 130LA 1ZMYL 2YVBA 2LYZA 1CU3A 1CV4A 2DQCY 1HC0A 1EQEA 4H9FA 1QT6A 3FE0A 1LJ4A 4UWUA 2IFFY 107LA 3HH6A 3M3UA 2BLYA 4DT3A 1GE4A 1IY3A 1GB9A 3A94A 231LA 3G3WA 1QSBA 1L73A 3A90A 1LZGA 2OEAX 3C7WA 1L48A 212LA 1NF5A 1FN5A 3C8RA 4AXTA 2F4AA 1QDTA 166LA 3WXTA 2RBQA 5B05A 3K3TA 4EPIA 1JSFA 5KXKA 7LZMA 1HSXA 4U3XB 4YOPA 4ARPA 168LA 1DYDA 5FELA 1DZBX 1IC5Y 1L31A 3D4SA 4KL7A 1QTZA 2OU9A 1LZ5A 4DAJA 4HP0A 113LA 2DQGY 1C45A 1RJCB 1D3FA 1QUOA 141LA 2YBMA 157LA 1DPWA 4W59A 1W6ZA 1GF9A 3A92A 5LIOA 4I7RA 4E3UA 4LFXA 3LZTA 192LA 3B0OA 1T97A 4M6DA 2XTHA 4GRVA 4NEBA 3PBLA 1CJ8A 4IJ4A 4H9CA 258LA 1CU0A 4HTKA 1JSEA 1CUPA 4BADA 1JWRA 1IC7Y 1EPYA 1WTHA 1VAUA 2RBRA 3VWOA 1TEWA 3HU8A 1MELL 1L37A 3WW5A 3HWLA 221LA 2DQJY 3SP3A 1KW7A 1L42A 1L17A 4NGJA 2ZQ3A 4NSGA 1GEVA 1C63A 3M18B 140LA 5LVHA 1PQJA 246LA 3W6EA 1LZ4A 5F16A 1OUBA 2B75A 3WW6A 3G3AB 3GXRA 4CFPA 3TXHA 1C60A 1NHEA 1B2KA 3C7YA 1OUCA 1DYCA 1A2YC 1SQ2L 1RCMA 3AZ5A 209LA 2RBSA 3AGIA 1L26A 2D4KA 4CGEA 5KXTA 4YXAC 1L32A 1XEPA 2MEIA 1F10A 1LPYA 1P7SA 1LCNA 185LA 103LA 1QUTA 1IR9A 1LMQA 1FLUA 3N9CA 1L21A 4HPIA 1KY1A 119LA 5HNLA 2CJLA 1H87A 1JTOL 4W53A 1XEKA 158LA 1WQMA 5E9RA 5IDDA 1GE2A 1IWVA 1L74A 2BQCA 4G4BA 4ZIXA 4XN6A 1T3PA 4LT3A 1P3NA 3WPKA 1LZ6A 3TXJA 4TTDA 1AT5A 1CJ9A 2Z39A 3B0IA 1L76A 1LGWA 1QT8A 1P56A 5B06A 5II3A 4II8A 1A4VA 5HNCA 2ZYPA 3P66A 1L09A 3HDEA 3OK0A 1LZCA 1L93A 1ALCA 3HTFA 1C67A 1LZSA 3AZ4A 1GE1A 5I14A 1IWYA 123LA 5L3HA 2N5ZA 243LA 1HERA 1QTKA 261LA 3G3VA 4DD1A 255LA 2LHMA 5C6LA 2BQHA 1L08A 1LZ9A 4B1AA 5LXWA 257LA 1L41A 2BQEA 3TXFA 1HHLA 1GBZA 2OU8A 1GF0A 1OUJA 4WM3A 3AYQA 1L52A 1UIHA 1UUZC 3IJUA 1IO5A 1XFPL 1CKHA 5ILFA 184LA 1L29A 4NWHA 122LA 4WLTA 4YM8A 4OO9A 228LA 1KXYA 1V7SA 1TLAA 2XQOA 4H8XA 4DQJA 3TXIA 2HUMA 2HEEA 4IAPA 142LA 146LA 4B4EA 1VATA 1GAYA 4FDYA 198LA 2B6ZA 1QTHA 4WG1A 1HMLA 2DQAA 1CJ6A 188LA 1L15A 1L05A 1IEEA 152LA 1XGRC 2LYOA 1QQYA 1GFGA 2MEAA 4YENA 3HH5A 110LA 3GUOA 1D9WA 3V2YA 1SSYA 2G4QA 2AUBA 1LSYA 4N9RA 1L04A 3ODUA 1REXA 3CT0A 4ML7A 1C43A 133LA 4TX7A 3C83A 4LYCA 3MGWA 4OWAA 1UCOA 1L94A 1T6VL 1LYZA 1LMCA 1YILA 1UIFA 2WARA 4I8SA 1UIAA 1B5UA 1L33A 1TBYA 1WQRA 4ARLA 143LA 1BB6A 4XJIA 3CDQA 2BQMA 3J6KA 1IOQA 4EKRA 1KXXA 2OE4X 182LA 1IWZA 3ZVQB 4YX7C 5I4XA 1OUGA 4CJ2A 1L06A 3CDVA 2CUUA 1GHLA 2OTZX 4ETCA 1GFJA 1D2YA 1L39A 3HH3A 4TWSA 1LSDA 1RE2A 1B7NA 5B1GA 4TSBA 1LJ3A 1GBYA 2Q9DA 3WULA 3GUPA 1GBXA 1G06A 3A67Y 3FI5A 1GF6A 2ZWBA 4EXMA 1KIPC 2BQAA 5FEKA 1NHBA 5KXPA 5APFA 190LA 1IR7A 3HU9A 1B7PA 169LA 1L16A 5LVJA 145LA 4KT3A 4WL7A 1LJHA 2Z2EA 5A3ZA 3CSRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LJF A;  1T8F A;  1IP4 A;  4GN4 A;  5KXS A;  3DN1 A;  4ARM A;  1LTM A;  240L A;  3A93 A;  5B07 A;  2HED A;  4N1C C;  4GBR B;  5F14 A;  2YBI A;  134L A;  1L98 A;  4NSJ A;  2O7A A;  1LJJ A;  1OWZ A;  3FA0 A;  1L83 A;  4EPF A;  2ZNW Y;  1L96 A;  4H92 A;  4WM2 A;  1CKD A;  2A4T A;  2ANX A;  3B0K A;  2RBP A;  224L A;  225L A;  1LMO A;  4LDE A;  3E3D A;  4EKS A;  1F6S A;  3SB6 A;  3W6C A;  1C6T A;  5C6I A;  4ARJ A;  1JTT L;  2XBS A;  1G0K A;  1LJN A;  4LFP A;  1L68 A;  1YIK A;  245L A;  3QNG A;  1B5W A;  1BB4 A;  1JPO A;  1TDY A;  2ZIK A;  1C6B A;  2HUK A;  1SX2 A;  1OUA A;  3DMX A;  1L79 A;  4H8Z A;  4NHQ A;  1LSP A;  2QAR C;  1C6Q A;  3UON A;  108L A;  2Z38 A;  1IIZ A;  3CT1 A;  3D3D A;  4NGI A;  3TXK A;  4WOA A;  1GXX A;  1D3N A;  132L A;  159L A;  218L A;  1Z55 A;  250L A;  2BQO A;  4I0C A;  130L A;  1ZMY L;  2YVB A;  2LYZ A;  1CU3 A;  1CV4 A;  2DQC Y;  1HC0 A;  1EQE A;  4H9F A;  1QT6 A;  3FE0 A;  1LJ4 A;  4UWU A;  2IFF Y;  107L A;  3HH6 A;  3M3U A;  2BLY A;  4DT3 A;  1GE4 A;  1IY3 A;  1GB9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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