212LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLAAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 168
sequence length 168
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 212lA00
2HUKA 256LA 3GUNA 1L42A 201LA 1QUOA 1WTHA 3JR6A 1CV3A 112LA 1P5CA 1L10A 1D2YA 1G0GA 2HULA 169LA 3C8SA 3SB9A 4ARLA 1LI6A 2OTZX 1L02A 3SB7A 4ARMA 177LA 1L14A 1CUQA 1G1VA 200LA 3HT8A 3HUQA 3G3WA 3DN0A 1CTWA 3DMZA 1C6HA 1L92A 1SX7A 2F47A 1L74A 127LA 1L29A 3V2WA 1L79A 1KY0A 144LA 1C6FA 1LGUA 3FA0A 4I7SA 4I7JA 1CX7A 3C7YA 1L97A 2O7AA 3DN3A 3GUOA 222LA 1L49A 2B75A 1D3NA 1C62A 1L86A 2RB2X 195LA 102LA 1L08A 1G0PA 1L84A 2RB1X 1L46A 1C6LA 2ANXA 182LA 1C6BA 1QS5A 2NTHA 126LA 1L82A 210LA 1DYCA 137LA 1L90A 3HTFA 3V2YA 1T8AA 160LA 3L2XA 3GUIA 1C6DA 149LA 170LA 3HWLA 4EKSA 1KNIA 1L35A 1G1WA 255LA 122LA 2B6YA 253LA 228LA 1LWGA 1C61A 4PK0A 4ARQB 1L16A 3PDSA 103LA 108LA 3F9LA 1CU6A 1CUPA 115LA 3HH4A 191LA 1C6EA 4AQNA 1G06A 1B6IA 3GULA 3HUAA 155LA 2L78A 1KW7A 4W52A 1L22A 1TLAA 3DMXA 230LA 3C80A 3PBLA 4ARJA 167LA 176LA 2RBQA 1SWYA 1SX2A 3VW7A 3C81A 1L65A 2O4WA 4DKLA 216LA 1L64A 1CV5A 1L62A 1L63A 1L98A 3HT9A 1OYUA 3DN6A 3NY9A 4ARMB 259LA 1DYAA 2QB0B 1L80A 3HU9A 1QUGA 175LA 4I7PA 1L57A 6LZMA 5LZMA 1CU5A 1LYJA 1T97A 1LLHA 2Q9EA 139LA 168LA 1P2LA 2OEAX 3GUPA 1P2RA 4EXMA 2OTYX 4GBRB 2F32A 4E97A 114LA 4W56A 1L23A 1XJUA 4YXCA 138LA 1QUHA 211LA 1G0KA 1DYGA 3HH6A 1KS3A 1QT6A 4LDEA 1L95A 1PQIA 3CDQA 2B72A 164LA 120LA 3SB5A 1CU0A 4I7RA 1L76A 3C82A 3DNAA 3SB8A 1JQUA 1L94A 3OE9A 4EPFA 4I7QA 4W58A 1QTZA 233LA 1C68A 1XJTA 1L60A 1L83A 1C65A 2OE9X 1LGXA 1KW5A 1L85A 3DN1A 1L59A 1L28A 199LA 141LA 1L54A 1P36A 3HTGA 4YX7C 1L47A 1L77A 7LZMA 1L0KA 4I7KA 1ZURA 1C6TA 1L75A 4EKRA 1CU2A 1D9WA 1CV4A 1L39A 3DMVA 1L52A 1L66A 3RUNA 1L67A 1L00A 3NY8A 1ZWNA 1CVKA 3C7ZA 4K5YA 3G3VA 1DYBA 1L27A 3SN6R 1LI3A 2B6ZA 1CV1A 3G3XA 251LA 1G07A 1L06A 4DJHA 161LA 197LA 217LA 1L24A 1L51A 1L15A 1SWZA 240LA 2OU0X 4LZMA 1QTCA 1OVJA 4ARPA 1OVHA 1C6JA 1L38A 1L12A 148LE 244LA 1CV0A 1L71A 4S0WA 1C60A 181LA 147LA 4LDLA 206LA 262LA 4PJZA 1LYIA 163LA 1QTHA 3CDOA 1L88A 205LA 198LA 104LA 1OWYA 1L36A 2A4TA 3GUKA 129LA 238LA 229LA 260LA 1QT7A 1OVKA 1L87A 1L09A 220LA 3DKEX 1L91A 231LA 1L34A 2OU8A 2B73A 1L48A 1L68A 3HTDA 1QT5A 2RH1A 239LA 1C6GA 1L73A 1PQJA 1L01A 1K28A 254LA 4EKPA 218LA 145LA 192LA 4DAJA 248LA 1XEPA 3DN8A 3D4SA 236LA 186LA 196LA 1KY1A 3OE8A 2OE7X 2F2QA 2RBRA 1L26A 1DYDA 1L99A 111LA 1C6MA 156LA 245LA 4W54A 1PQMA 1QTVA 226LA 3HDFA 143LA 1DYEA 1QSQA 1OV5A 171LA 150LA 131LA 3HUKA 3SBBC 221LA 247LA 1P37A 1D3FA 140LA 237LA 3L64A 1P3NA 146LA 1L18A 3EMLA 4GRVA 1L13A 250LA 3FADA 165LA 1L44A 1P46A 1P64A 3OE0A 190LA 1DYFA 1LYHA 2Q9DA 1PQOA 1L32A 1L20A 128LA 1LPYA 242LA 107LA 4W55A 2B6TA 4ZPUA 219LA 1LYEA 1G0MA 1LYFA 1L70A 215LA 1PQKA 1NHBA 172LA 1L72A 1L58A 2ANVA 4I7LA 232LA 234LA 1LYGA 1CX6A 3SBAA 1L07A 3HT6A 1C6NA 3HU8A 252LA 3C7WA 249LA 4I7OA 157LA 3C83A 184LA 2IGCA 162LA 1L43A 2OU9A 1QTBA 1L93A 1JTNA 3SB6A 158LA 243LA 3UONA 1QTDA 1LW9A 1C6KA 1T6HA 223LA 1L37A 166LA 1PQDA 235LA 3DN2A 2Z6BA 2RBPA 1L0JA 4EJ4A 3RZEA 261LA 3HDEA 1ZYTA 1L50A 3HT7A 188LA 2RBNA 119LA 3LZMA 1L25A 5I14A 4W51A 183LA 257LA 225LA 125LA 214LA 4I7MA 151LA 152LA 224LA 2B6XA 1L04A 1L31A 1L96A 1T8FA 2CUUA 4W59A 2RAYX 130LA 213LA 3GUMA 159LA 178LA 1L56A 4YXAC 109LA 1L89A 1OV7A 2HUMA 2B70A 2QARC 212LA 3DN4A 1D3MA 110LA 2RBSA 1L33A 1QS9A 3QAKA 142LA 4EPIA 123LA 1C66A 1L03A 2LC9A 4I7TA 2O79A 1P6YA 4W57A 1G0QA 1T8GA 1G0JA 1C6AA 1QT8A 1L17A 1LGWA 1C6QA 187LA 1L53A 1L81A 209LA 3CDRA 2B74A 1D3JA 1LWKA 1C6CA 1SSYA 3HH5A 246LA 1L40A 1LYDA 1OWZA 185LA 1L21A 2LZMA 3OE6A 2RAZX 241LA 3NYAA 1L30A 1SSWA 1LI2A 1L45A 3HH3A 2NTGA 2LCBA 1L19A 1C6IA 1C64A 3C8QA 3CDTA 227LA 4ARQA 3CDVA 1C63A 4LDOA 3C8RA 189LA 1CU3A 174LA 3F8VA 1JTMA 3ODUA 1L61A 4OO9A 1I6SA 1L69A 1L05A 4IAPA 1QT4A 4I7NA 1C6PA 180LA 2RB0X 1QSBA 1QT3A 1L55A 1L11A 1QUDA 4EKQA 4W53A 1D2WA 113LA 1P56A 1C69A 2B6WA 2OE4X 258LA 1C67A 1EPYA 3HTBA 3K2RA 2B7XA 1G0LA 3FI5A 173LA 2RBOA 1CV6A 3GUJA 1L41A 1P7SA 118LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
6LYZA 1CJ6A 4XJBA 1GB8A 112LA 1D2YA 2Z37A 2HULA 3C8SA 4DD7A 3SB9A 1L02A 1NBZC 177LA 1L14A 1CUQA 1G1VA 3DN0A 1CTWA 1C6HA 4NWEA 4UWNA 3RZ4A 5HNCA 1L29A 1KY0A 4I7JA 2O7AA 3EO5A 1JSFA 3GUOA 222LA 1GBZA 2RB2X 5DL9A 1EL1A 1XGRC 1CKDA 2NWDX 3LYOA 1QIOA 2DQIY 5LAGA 2ANXA 1XFPL 4NGJA 1LJKA 4ANRA 5DM9A 2DQGY 137LA 1GF8A 2C8PA 4O34A 1GD6A 3GUIA 149LA 4I0CA 1D0MA 4EKSA 1L35A 3CSQA 253LA 4ARQB 3PDSA 103LA 108LA 3F9LA 115LA 3HH4A 4AQNA 1B6IA 1UIDA 1C10A 4CHXA 230LA 3C80A 2F4GA 5LAFA 3W6CA 1C46A 1HERA 2MEFA 5T3FA 1SX2A 4YOPA 1UCOA 3VW7A 1L65A 1OUAA 1RE2A 1GF5A 4DDAA 1LZ8A 1UBZA 2BLXA 1PS5A 4LT0A 1L98A 208LA 1OYUA 2HTXA 259LA 3MGWA 1W6ZA 1HF4A 1LAAA 4HJVA 1L80A 4BS7A 175LA 3RT5X 5KXSA 1L57A 2BQBA 2XBSA 1T97A 1SLYA 168LA 1P2LA 1B7PA 3ZEKA 1P2RA 5LA8A 114LA 1NHEA 4YM8A 3D3DA 1XJUA 2HEEA 4YXCA 1QUHA 1H87A 1XGUC 1KS3A 1L95A 1YL1X 4I7RA 4NSHA 5KXYA 1JWRA 3N9AA 4W58A 4LYBA 3WPKA 2EIZC 2XBRA 1C68A 1INUA 1L60A 1GE0A 2HU1A 1L85A 2HU3A 3HTGA 4YX7C 3TXDA 1L77A 1LHJA 2I25L 2FYCA 1JJ0A 1L75A 1JITA 1IORA 1CU2A 4GCEA 1QSAA 5I54A 4DD2A 3RUNA 2F2NA 1ZWNA 3N9EA 4K5YA 3G3VA 4NSGA 1HSWA 2PC2A 4HP0A 2HECA 5A3EA 1G07A 2MECA 4DJHA 5KXTA 4GCBA 4GN3A 2BQNA 2D6BA 1HHLA 1LZ1A 1VDTA 2W1LA 1L12A 5HLLA 4ETEA 2BQDA 3TMVA 4LYOA 1YAMA 1P2CC 1CV0A 3B0OA 2XTHA 4XYYA 1GE4A 3P65A 4H9EA 5LVKA 104LA 1OWYA 1L36A 1WQOA 5HMVA 1QT7A 4CFOA 2I26L 2XQOA 4H9HA 2OU8A 2B73A 1L48A 1L68A 2HEBA 1AKIA 3HTDA 1QT5A 5FDJA 2DQEY 4NSIA 1L01A 1UIFA 254LA 4EKPA 2LYOA 2D4KA 236LA 2HEDA 3M18B 1BVXA 2OE7X 1IP7A 1L26A 3B0IA 1GF6A 9LYZA 4U3XB 1J1PY 245LA 4W54A 5DLAA 1PQMA 1QTVA 226LA 5B59A 143LA 1DYEA 171LA 150LA 2GV0A 221LA 247LA 1D3FA 4W94A 4DQ7A 2Z18A 4A7DA 140LA 237LA 4M4OA 3A3QA 3L64A 1L13A 3WMKA 1T3PA 1P64A 4WM3A 1UC0A 1LZSA 1PQOA 1L32A 128LA 4G49A 107LA 4W55A 4DT3A 2BQAA 4LFXA 1L70A 134LA 2ANVA 3CQLA 1LYGA 1WTNA 1GB5A 1LHHA 3KAMA 5KXKA 194LA 4EOFA 1J1OY 5E9RA 4I7OA 4OWEA 1QTBA 1GE1A 1QTKA 1LSEA 243LA 1LW9A 1C6KA 1T6HA 1L37A 166LA 4NHPA 3IJUA 2RBPA 4HJZA 1L0JA 5LVGA 4ETAA 2ZYPA 1XSFA 3HDEA 1FDLY 3G3BB 188LA 3LZMA 4H90A 5I14A 1I1ZA 5K7OA 2DQHY 257LA 3W6DA 2B6XA 1L31A 1B5UA 4WO6A 3TXHA 2RAYX 4QDNA 1LSYA 1OUHA 4WL7A 3LN2A 207LA 4CFPA 2YBNA 2BQGA 2Z2EA 5APEA 109LA 1OV7A 4NGIA 1BB3A 1D6PA 2HUMA 4NHSA 2DQAA 1OP9B 110LA 2YDGA 1KIRC 3QAKA 4EPIA 2W1YA 1UIHA 1IP4A 2BPUA 4NGVA 4W57A 1G0QA 1T8GA 1G0JA 1C6AA 1LSMA 1L17A 4PGJB 4XJDA 1L81A 1F0WA 2B74A 1WTMA 1LZEA 1BGIA 1DKJA 3HH5A 246LA 1L40A 3LYTA 3A92A 1XEKA 1L30A 1FBIX 2MEHA 3HH3A 2NTGA 1PZYA 1IY4A 2LZ2A 3CDTA 4PPOA 227LA 3CDVA 4QY9A 3AZ5A 3C8RA 189LA 4ET9A 2BQIA 1L61A 1GAYA 1GPQC 4IAPA 1MLCE 2RB0X 1LMQA 1QSBA 1HENA 1L55A 4FDYA 4DDCA 2B6WA 4RLNA 258LA 2C8OA 4R6CA 1B7SA 1GFJA 3K2RA 3A96A 4XJHA 3CT0A 3GUJA 4MSTA 3AGHA 1P7SA 118LA 1JEFA 1YKYX 3GUNA 4DD1A 1UUZC 1QUOA 5APCA 1LZ4A 4H9AA 1CNSA 4LT1A 169LA 1LI6A 2OTZX 3TXKA 2LHMA 4DD9A 2EKSC 3HT8A 1LTMA 1YAQA 4W96A 127LA 2YBMA 1L79A 1IC7Y 4I7SA 144LA 1LGUA 3DN3A 4J1AA 1B5VA 1A4VA 1L49A 2B75A 195LA 1GBSA 4YENA 4J1BA 1LMNA 5M1YA 1C6LA 5KXZA 1LZDA 2G4NA 1LSFA 1LHKA 1DYCA 3A6BY 1HSXA 1IC4Y 1L90A 2YBLA 3HTFA 3WPLA 3V2YA 1T8AA 1LMOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 6LYZ A;  1CJ6 A;  4XJB A;  1GB8 A;  112L A;  1D2Y A;  2Z37 A;  2HUL A;  3C8S A;  4DD7 A;  3SB9 A;  1L02 A;  1NBZ C;  177L A;  1L14 A;  1CUQ A;  1G1V A;  3DN0 A;  1CTW A;  1C6H A;  4NWE A;  4UWN A;  3RZ4 A;  5HNC A;  1L29 A;  1KY0 A;  4I7J A;  2O7A A;  3EO5 A;  1JSF A;  3GUO A;  222L A;  1GBZ A;  2RB2 X;  5DL9 A;  1EL1 A;  1XGR C;  1CKD A;  2NWD X;  3LYO A;  1QIO A;  2DQI Y;  5LAG A;  2ANX A;  1XFP L;  4NGJ A;  1LJK A;  4ANR A;  5DM9 A;  2DQG Y;  137L A;  1GF8 A;  2C8P A;  4O34 A;  1GD6 A;  3GUI A;  149L A;  4I0C A;  1D0M A;  4EKS A;  1L35 A;  3CSQ A;  253L A;  4ARQ B;  3PDS A;  103L A;  108L A;  3F9L A;  115L A;  3HH4 A;  4AQN A;  1B6I A;  1UID A;  1C10 A;  4CHX A;  230L A;  3C80 A;  2F4G A;  5LAF A;  3W6C A;  1C46 A;  1HER A;  2MEF A;  5T3F A;  1SX2 A;  4YOP A;  1UCO A;  3VW7 A;  1L65 A;  1OUA A;  1RE2 A;  1GF5 A;  4DDA A;  1LZ8 A;  1UBZ A;  2BLX A;  1PS5 A;  4LT0 A;  1L98 A;  208L A;  1OYU A;  2HTX A;  259L A;  3MGW A;  1W6Z A;  1HF4 A;  1LAA A;  4HJV A;  1L80 A;  4BS7 A;  175L A;  3RT5 X; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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