212LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
168
structure length
168
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLAAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 61
structure length 168
sequence length 168
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 212lA00
1L18A 1L47A 3FADA 1LI2A 1OVHA 2B74A 129LA 141LA 3JR6A 213LA 1L51A 1QT6A 1L96A 1LI3A 2F32A 1CX7A 2HULA 3HUAA 128LA 1P2RA 233LA 3FI5A 248LA 259LA 1D2YA 2ANVA 3G3XA 4E97A 1L16A 4DKLA 220LA 1SX7A 201LA 107LA 1OWYA 1QTHA 1NHBA 4PJZA 3C8QA 1L98A 1C62A 1D3JA 232LA 2B72A 1L01A 3NY9A 1L33A 1QT4A 1CX6A 1P64A 2O4WA 1ZYTA 174LA 3DKEX 1PQMA 3C82A 1L08A 182LA 171LA 214LA 4PK0A 1JQUA 123LA 1G0JA 1T97A 4ARPA 1G0KA 1L25A 1L0KA 1L39A 1LYJA 215LA 2CUUA 4I7QA 1L35A 4I7OA 1CU3A 189LA 1L53A 3C81A 1L37A 234LA 1L40A 1WTHA 4YXCA 1ZWNA 1XJTA 261LA 1D3FA 191LA 4AQNA 2RAZX 1G0PA 4GRVA 1L93A 167LA 3SB7A 242LA 1L97A 3GULA 3PDSA 1D3MA 1L45A 1CUQA 3OE9A 1PQDA 1P2LA 2O7AA 1L83A 186LA 1L32A 2OU0X 1SSYA 1L70A 115LA 1G06A 1LW9A 1QT5A 1C65A 1L87A 2B73A 126LA 1L67A 2L78A 2O79A 206LA 138LA 4I7LA 1LYFA 246LA 197LA 1QUOA 1L28A 1G07A 4ARJA 1L19A 1C64A 1P36A 1C61A 4EKPA 4DJHA 1L68A 1P37A 1L43A 200LA 2HUMA 3CDRA 1T8GA 240LA 2F47A 1L34A 2B6XA 192LA 3HU8A 114LA 2B70A 3OE8A 243LA 1L72A 1CV1A 4W57A 1OYUA 3OE6A 1L04A 122LA 1L64A 2RBNA 225LA 4EXMA 1P6YA 113LA 2F2QA 2LCBA 2OTYX 3OE0A 1OV7A 2B6TA 1L15A 1LI6A 2B6WA 1L29A 4W53A 1SWZA 1ZURA 1C6JA 1LGWA 1DYAA 4W56A 3C8RA 1SSWA 1QTVA 1QUGA 1L24A 1T8FA 1L74A 158LA 3HUQA 1QSQA 256LA 1L95A 110LA 1XEPA 3ODUA 3HWLA 1LYEA 3RUNA 3GUNA 1L07A 1B6IA 1CV0A 2QARC 2RH1A 180LA 1L91A 1QUDA 3G3WA 3C8SA 3K2RA 4K5YA 1CVKA 1L11A 1PQJA 177LA 3HT9A 218LA 4ARQA 2B75A 1L99A 3V2WA 228LA 125LA 104LA 4S0WA 3GUKA 1C6FA 247LA 1L80A 3UONA 2RAYX 130LA 1L57A 2IGCA 1L31A 4W58A 1L20A 3HT7A 1D9WA 1LYHA 4I7TA 4ARQB 3HTBA 4LDEA 163LA 3VW7A 4I7JA 4EJ4A 148LE 217LA 145LA 1L26A 155LA 224LA 4W54A 3F8VA 1L59A 2LZMA 2Z6BA 1L44A 1L30A 3HH5A 199LA 1G0MA 1L42A 3DN4A 1C6BA 3GUOA 3SN6R 4I7RA 1P46A 142LA 103LA 1C66A 185LA 1QUHA 245LA 1L77A 2RBRA 1L55A 4ARLA 1CV5A 4IAPA 120LA 2RB1X 3SB6A 1L02A 231LA 4EKQA 209LA 1LYGA 1C6PA 173LA 1P3NA 3HDFA 1C6TA 1QTBA 1QT7A 4I7PA 4YXAC 219LA 3CDVA 260LA 1JTMA 4EPFA 1DYGA 241LA 152LA 1L52A 3HU9A 1C6EA 3GUIA 1L48A 1L54A 1C60A 1L49A 3SB9A 1QTZA 2HUKA 1L63A 3HTDA 1KW7A 1L41A 183LA 1DYBA 235LA 1K28A 3HDEA 3HH3A 1DYFA 1C6GA 3CDOA 3HT8A 1P5CA 4DAJA 4I7MA 2NTGA 143LA 1L89A 2Q9DA 255LA 4ZPUA 3DN6A 253LA 1L46A 1LYDA 1G1WA 254LA 1L94A 1T6HA 1T8AA 118LA 211LA 1QS5A 1C6IA 1L75A 157LA 4I7SA 2OU9A 3G3VA 1KY0A 166LA 1L06A 1L12A 1L61A 1QT8A 1KW5A 3GUMA 249LA 1L38A 3NYAA 178LA 1OVKA 151LA 147LA 1LGXA 2NTHA 175LA 237LA 1LYIA 2LC9A 1L56A 1L05A 1SX2A 1L92A 1C6CA 4I7NA 1L88A 1C6NA 1TLAA 3QAKA 244LA 1C6DA 252LA 195LA 196LA 127LA 170LA 1DYEA 3HTFA 258LA 3DMVA 159LA 222LA 4LDLA 1L85A 3C80A 3C7ZA 2OEAX 164LA 6LZMA 3RZEA 4EPIA 1L82A 3HUKA 2RB0X 4GBRB 1LLHA 3DMZA 2QB0B 3C7YA 1G0LA 139LA 1CU6A 205LA 1L71A 3C7WA 3DNAA 1LPYA 146LA 1KNIA 2OE9X 2RBPA 1C63A 3HTGA 1P56A 4LZMA 2B7XA 4W52A 3CDQA 181LA 1L84A 1QT3A 1L62A 3LZMA 3DMXA 238LA 3D4SA 1L0JA 1L66A 3V2YA 1L58A 108LA 250LA 1LWGA 251LA 2ANXA 3GUPA 5LZMA 3SB8A 1G1VA 112LA 3L64A 1C6LA 1CV3A 4EKRA 184LA 1C6MA 3SBAA 172LA 1DYCA 4W55A 226LA 156LA 144LA 1G0GA 1L27A 3F9LA 3C83A 1DYDA 1OV5A 3DN0A 1XJUA 161LA 1C68A 1PQKA 4LDOA 140LA 1CU2A 1L14A 3FA0A 1C67A 1C69A 1SWYA 2RBSA 168LA 1CV4A 1QTDA 1L76A 1C6HA 1L60A 190LA 1CV6A 119LA 3DN1A 210LA 4ARMA 262LA 1QSBA 1L10A 1C6KA 216LA 2B6ZA 131LA 150LA 1L09A 2Q9EA 1L22A 3PBLA 165LA 1L65A 160LA 2OTZX 1L69A 4OO9A 227LA 1L36A 4EKSA 4ARMB 1L90A 223LA 1PQOA 137LA 3L2XA 1QTCA 2OE7X 187LA 2OE4X 3HH4A 1CUPA 3CDTA 239LA 1KS3A 1CU0A 1D3NA 1I6SA 3SBBC 1PQIA 3DN3A 1L13A 257LA 1CTWA 2OU8A 2RBOA 1OVJA 169LA 1C6QA 111LA 1QS9A 198LA 2B6YA 1L81A 1L79A 229LA 221LA 1P7SA 3HH6A 7LZMA 3GUJA 1LGUA 109LA 1L73A 3DN8A 162LA 1L50A 1CU5A 2RBQA 4W59A 102LA 3SB5A 3DN2A 1L21A 3NY8A 1L23A 3HT6A 4I7KA 1JTNA 236LA 1KY1A 1L00A 1LWKA 3EMLA 5I14A 4YX7C 1L03A 230LA 1C6AA 2A4TA 1D2WA 188LA 1L17A 1OWZA 1G0QA 4W51A 1EPYA 149LA 1L86A 176LA 2RB2X 212LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RW2A 129LA 1L51A 1L96A 2F32A 3HUAA 1LZEA 4LGKA 4PGJB 3FI5A 248LA 2HECA 259LA 1XGTC 2ANVA 3P65A 1B7MA 2HEDA 220LA 201LA 1HSWA 1IWXA 1DPXA 4PJZA 4TTDA 3CT0A 4H93A 1C62A 232LA 4Z98A 4UWUA 1CX6A 5KXPA 2Z19A 1ZYTA 5IHGA 2HEAA 3C82A 4XN6A 4G4CA 1C7PA 1GWDA 3CQLA 214LA 1LMTA 4ETEA 1GDXA 2MEHA 1CKGA 1G0JA 1T97A 4NGWA 1L39A 1DKKA 4NGLA 3J6KA 4G49A 1CU3A 1JUGA 1HNLA 3AZ5A 1WTHA 5I53A 5KXNA 1YROA 5KXZA 1L93A 1KIRC 4UWVA 4TSCA 2MEFA 1D3MA 2XJWA 3OE9A 1PQDA 1L83A 3TMVA 1LZ6A 186LA 2OU0X 4B4IA 5DN5A 2XQOA 5L9JA 3WU8A 2LZ2A 1IOTA 2B73A 2H9KA 3TXIA 5C6IA 1JITA 1QUOA 1L28A 1DI4A 1C61A 4NGYA 1JTTL 4I0CA 1B7OA 3CDRA 1JTPL 3T36A 1T8GA 5K7OA 3WMKA 114LA 1LZBA 1AT5A 2B70A 2FYCA 1HEPA 1L64A 1J1XY 4PRQA 2B6TA 1L15A 2Z18A 1SWZA 1DYAA 3AB6A 1SLYA 1EQ4A 4II8A 1LHLA 2BQCA 2BLXA 1XEPA 3ODUA 133LA 5KY1A 1L91A 4K5YA 1L11A 2B75A 1L99A 1IOCA 104LA 247LA 1IEEA 1L31A 4W58A 1LHKA 1GHLA 1LYHA 4I7TA 3HTBA 5ILFA 163LA 5AMYA 3VW7A 4I7JA 148LE 1FKQA 217LA 1MELL 3HFMY 1IO5A 1L59A 3OJPA 2G4PA 1L44A 3CSQA 4DD0A 1L30A 199LA 1B7PA 4HJZA 3SN6R 2HEFA 3A6CY 3TXBA 1D0MA 1LYYA 4NWEA 1CV5A 3RU5A 4N9RA 4TX7A 3SB6A 1XGUC 3P4ZA 1YANA 4EKQA 4O34A 4EOFA 3W6EA 1QTBA 4I7PA 4ZIXA 1PS5A 2BQMA 2Z38A 1GFTA 1DYGA 1L52A 2VB1A 4M6DA 3GUIA 1LZRA 3E3DA 5LINA 1LKSA 1IY4A 2ZYCA 3SB9A 3HTDA 1GBSA 1KW7A 3HDEA 235LA 183LA 3F6ZA 1DYFA 2DQDY 143LA 1L89A 1H87A 4DYGA 135LA 207LA 3LYTA 5KXYA 253LA 1LYDA 1G1WA 1BB3A 1T6HA 1DZBX 1ZV5L 1QS5A 2I6ZA 5HNCA 1IP5A 1QT8A 1VDPA 2W1YA 1GEZA 4OOTA 3WPKA 6LYTA 3NYAA 178LA 1OVKA 151LA 147LA 1GBZA 1LGXA 1B5YA 2NTHA 4TSBA 1L56A 1IWVA 1OUJA 4L41A 5C6JA 3QAKA 5HLLA 1LYSA 1WTMA 170LA 1DYEA 1FLUA 222LA 1L85A 3C80A 1OUHA 4EPIA 2RB0X 3DMZA 1ZVYB 139LA 5B05A 1CU6A 5LIOA 1LSBA 4HTQA 1GB2A 146LA 2OE9X 2CWIA 2YDGA 4H92A 1GFGA 4LZMA 4WL7A 2B7XA 5LVKA 4N5RA 1QT3A 1IOSA 3LZMA 3DMXA 1L0JA 4H9IA 1UA6Y 5I4YA 1GFAA 5LZMA 5I4WA 1OUEA 4CGEA 1C6MA 4W55A 2DQJY 1JKBA 1OV5A 3DN0A 1REXA 4H91A 1C68A 3WYHA 1SWYA 1KXXA 168LA 3FE0A 1C6HA 1W08A 190LA 1GFKA 4HV1A 3WPLA 131LA 150LA 2Q9EA 3AZ7A 1L69A 4J7VA 5LYTA 1XGRC 1AKIA 3L2XA 4KPMA 1HF4A 1GDWA 1NKHA 2YBIA 1BVXA 187LA 1CUPA 3CDTA 1I6SA 1OUDA 1PQIA 1IP6A 1QSWA 257LA 1LJHA 1D9UA 3LYOA 4BAFA 5JENB 1IC7Y 111LA 1HEOA 4W94A 2N5ZA 3LHMA 3HBDA 4TWSA 7LZMA 2MEEA 1JHLA 1B7RA 109LA 1L73A 3DN8A 1LJ4A 2ZILA 1L50A 2RBQA 1BB7A 3NY8A 4I7KA 1YL0X 1LHHA 1JTNA 1LSPA 1B5UA 3WU9A 1LSDA 1D2WA 1L17A 1G0QA 1EPYA 5F81A 4NY5A 1VDSA 3T6UA 2RB2X 4DD1A 1L18A 3FADA 1WQRA 1OVHA 4NGIA 3A91A 1B7NA 5C6LA 3JR6A 1GE4A 2DKVA 3LN2A 1CX7A 2HULA 3WXUA 1P2RA 5EBHA 2MEAA 4DQJA 3G3XA 3ATOA 1GEVA 1SX7A 1OWYA 5F16A 3A90A 2CJLA 1OP9B 4XADA 5KXLA 3C8QA 1L98A 1D3JA 3SP3A 2B72A 1L01A 4J1AA 1L33A 2Q0MX 1WQNA 1P64A 1UBZA 3CSZA 174LA 3DKEX 3WULA 1UIEA 2A7DA 1LAAA 2C8OA 1CNSA 2GV0A 1LHJA 4ARPA 3RZ4A 1G0KA 4LFPA 1IC4Y 4J0LA 1L35A 1B5VA 4ANRA 4DD2A 1GB8A 2YBHA 189LA 3AYQA 234LA 1L40A 1IWWA 1XJTA 2MEBA 3A92A 2BQDA 1D6QA 1KXWA 167LA 1BWHA 3SB7A 1GE0A 4EMNA 4YOPA 4DD7A 1L45A 3P64A 1P2LA 4FDYA 1CKHA 1GD6A 115LA 3CB7A 1TCYA 5II3A 126LA 3A3RX 2L78A 2O79A 206LA 1LSFA 197LA 1LKRA 1LMQA 1P36A 4PJ2C 1HEMA 1P37A 1L43A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4RW2 A;  129L A;  1L51 A;  1L96 A;  2F32 A;  3HUA A;  1LZE A;  4LGK A;  4PGJ B;  3FI5 A;  248L A;  2HEC A;  259L A;  1XGT C;  2ANV A;  3P65 A;  1B7M A;  2HED A;  220L A;  201L A;  1HSW A;  1IWX A;  1DPX A;  4PJZ A;  4TTD A;  3CT0 A;  4H93 A;  1C62 A;  232L A;  4Z98 A;  4UWU A;  1CX6 A;  5KXP A;  2Z19 A;  1ZYT A;  5IHG A;  2HEA A;  3C82 A;  4XN6 A;  4G4C A;  1C7P A;  1GWD A;  3CQL A;  214L A;  1LMT A;  4ETE A;  1GDX A;  2MEH A;  1CKG A;  1G0J A;  1T97 A;  4NGW A;  1L39 A;  1DKK A;  4NGL A;  3J6K A;  4G49 A;  1CU3 A;  1JUG A;  1HNL A;  3AZ5 A;  1WTH A;  5I53 A;  5KXN A;  1YRO A;  5KXZ A;  1L93 A;  1KIR C;  4UWV A;  4TSC A;  2MEF A;  1D3M A;  2XJW A;  3OE9 A;  1PQD A;  1L83 A;  3TMV A;  1LZ6 A;  186L A;  2OU0 X;  4B4I A;  5DN5 A;  2XQO A;  5L9J A;  3WU8 A;  2LZ2 A;  1IOT A;  2B73 A;  2H9K A;  3TXI A;  5C6I A;  1JIT A;  1QUO A;  1L28 A;  1DI4 A;  1C61 A;  4NGY A;  1JTT L;  4I0C A;  1B7O A;  3CDR A;  1JTP L;  3T36 A;  1T8G A;  5K7O A;  3WMK A;  114L A;  1LZB A;  1AT5 A;  2B70 A;  2FYC A;  1HEP A; 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