214LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRAMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 60
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 214lA00
3DN8A 3CDRA 1L30A 3ODUA 1P5CA 4I7NA 1T8FA 3HTGA 2LC9A 3SBAA 108LA 1C6HA 3CDQA 174LA 181LA 1L79A 159LA 4GRVA 1L48A 3GUJA 3OE0A 3C7YA 3GUKA 1L99A 1C68A 1DYDA 1L93A 2NTGA 1C6MA 257LA 249LA 1D3MA 149LA 1PQDA 140LA 1QT5A 4PJZA 1L57A 129LA 191LA 1C6CA 1L28A 1SSYA 1TLAA 183LA 2B72A 1OV7A 3GUMA 1T6HA 4E97A 115LA 1KW5A 120LA 4I7JA 1C67A 3L64A 216LA 1CUQA 1L63A 221LA 4ARPA 1P37A 1L40A 1QUGA 1C66A 1QUDA 1DYCA 232LA 1OVKA 185LA 1L53A 1QTDA 1L77A 2IGCA 1L76A 1L06A 109LA 2L78A 3DMVA 4ARJA 3L2XA 1L82A 1L86A 1LI6A 3C7ZA 4EKRA 244LA 1C6IA 4EKPA 1L74A 4W58A 166LA 1PQIA 1QT7A 4W52A 143LA 1L96A 214LA 1CX7A 2LCBA 1P3NA 1L89A 1L07A 4I7SA 1L84A 1LYJA 241LA 2LZMA 4EKQA 2CUUA 3DN4A 1L71A 2QARC 1L67A 1L62A 169LA 3C8RA 1L73A 4DJHA 1L72A 211LA 1QTBA 2OE4X 3LZMA 225LA 3HWLA 1L00A 1QSQA 254LA 4LDLA 1C6EA 164LA 1G1VA 1L70A 4W51A 4DKLA 104LA 1G07A 1CV0A 6LZMA 1L26A 3F8VA 224LA 1L42A 2OEAX 137LA 1DYAA 1L69A 2RH1A 210LA 1PQOA 3DKEX 3SB9A 4YXCA 2NTHA 1G0GA 1L25A 3CDOA 1KY1A 220LA 1L90A 2B73A 4AQNA 1L16A 3RZEA 3V2WA 1L85A 1L18A 3HH5A 148LE 209LA 3HH3A 1PQKA 1CUPA 1L52A 157LA 2O79A 1L95A 3HUKA 1C6QA 197LA 1PQMA 1CU6A 1L61A 2ANVA 1C6PA 3HH6A 2Z6BA 3PBLA 3DN0A 218LA 2RB2X 1C64A 156LA 1EPYA 1C6LA 1C60A 234LA 146LA 1L17A 1C6JA 3G3VA 4I7PA 1XJUA 1L0JA 1G0QA 1QTVA 1CV6A 3HH4A 3D4SA 1SWYA 239LA 1KS3A 1L87A 2RB0X 170LA 4DAJA 4LDOA 1L05A 1LW9A 3F9LA 4I7LA 1L47A 7LZMA 1L11A 139LA 1L0KA 2HUMA 1P6YA 3FA0A 201LA 1LYIA 1L32A 1L13A 238LA 3C8SA 1C61A 1L98A 3K2RA 213LA 128LA 186LA 1L12A 1T8GA 256LA 4I7OA 4IAPA 1QS9A 2RBPA 3HT7A 1D2YA 1D3NA 228LA 1L21A 3RUNA 1K28A 247LA 182LA 2OE9X 1L03A 1CU0A 3CDTA 1P46A 255LA 262LA 1LYGA 1DYGA 1CV3A 1L04A 1D2WA 206LA 1KNIA 1L94A 243LA 162LA 2Q9DA 1LLHA 1D3FA 2HULA 217LA 1LWGA 1L37A 4I7QA 5LZMA 4W53A 4I7MA 4ARQA 1CU2A 233LA 236LA 1L50A 1PQJA 2RBRA 4EXMA 1QUHA 1L58A 1CX6A 2F47A 3EMLA 261LA 1CV4A 1LPYA 188LA 3HDFA 2RBNA 1L49A 3C83A 3FI5A 1L20A 1QT6A 112LA 1WTHA 127LA 1L97A 260LA 4W59A 1DYEA 1QS5A 1QUOA 168LA 1KY0A 1I6SA 1ZURA 138LA 1C6KA 2HUKA 3HTFA 1L46A 1P2LA 3C80A 4ARMA 3FADA 3PDSA 2A4TA 1C6AA 1G1WA 1C63A 1L45A 2B6ZA 3DN3A 1C6NA 1CV5A 3CDVA 167LA 3NYAA 1LWKA 1G0JA 2B6XA 253LA 114LA 3HTDA 111LA 102LA 1L56A 1L91A 3DN1A 4I7RA 178LA 1L34A 3SB5A 1C6GA 226LA 180LA 1L43A 1QTZA 150LA 2RAYX 3HUQA 215LA 190LA 198LA 1ZWNA 176LA 155LA 252LA 3HUAA 1KW7A 1L24A 1LGUA 1CVKA 1XEPA 103LA 3DN6A 2B70A 1L01A 3VW7A 175LA 3HT6A 2O7AA 1LYHA 3OE9A 3JR6A 142LA 1QSBA 3DN2A 2RB1X 3SN6R 130LA 3OE6A 240LA 212LA 3OE8A 4EPFA 2QB0B 165LA 4EKSA 1L10A 1T8AA 1L88A 2RBOA 1JTNA 3HU8A 4I7KA 163LA 1L59A 3GUIA 4OO9A 1SSWA 1LI3A 110LA 1JTMA 1QT4A 230LA 1L27A 2RBSA 3HDEA 3SBBC 1P64A 4PK0A 2B6WA 1L64A 1SWZA 2OU9A 4I7TA 237LA 4ARQB 3DNAA 1G0PA 151LA 2Q9EA 242LA 1OWZA 1SX7A 3C82A 1C65A 1L08A 200LA 1L51A 1L80A 1L36A 131LA 258LA 2B6TA 1OVJA 1LYDA 2ANXA 118LA 205LA 2B74A 126LA 2OTZX 1L65A 3DMZA 158LA 2OU8A 177LA 122LA 1L44A 172LA 1G0LA 4W55A 3SB7A 1L41A 1L31A 1OWYA 107LA 1L38A 1LGWA 173LA 4S0WA 1L81A 1OYUA 4ARMB 1L92A 192LA 1QTHA 1L66A 3GULA 4ZPUA 4EPIA 125LA 229LA 1OVHA 1B6IA 1P2RA 1P56A 2OTYX 1L83A 245LA 3V2YA 160LA 1L68A 147LA 3NY8A 1LI2A 2F32A 4LZMA 1CU5A 231LA 2B75A 3HT9A 1G0KA 1L33A 1C6FA 222LA 1C69A 219LA 3QAKA 3HU9A 3SB8A 144LA 1DYFA 3UONA 1QTCA 4EJ4A 1C6TA 1L39A 250LA 171LA 196LA 199LA 4W56A 145LA 141LA 1L54A 1P7SA 2RAZX 1L15A 1C6DA 2B6YA 1OV5A 235LA 1T97A 1DYBA 4W57A 1L35A 1L60A 2RBQA 1LYFA 4ARLA 189LA 1XJTA 119LA 223LA 1L14A 1NHBA 1D3JA 1ZYTA 2OE7X 5I14A 1L75A 259LA 3GUPA 1QT3A 1LGXA 1G06A 195LA 1CTWA 1G0MA 1JQUA 1D9WA 3DMXA 4YXAC 1L29A 3G3WA 184LA 1L22A 1L19A 1SX2A 3C8QA 3SB6A 1L02A 2O4WA 1LYEA 4W54A 248LA 4K5YA 1L23A 1P36A 1L09A 1CV1A 1QT8A 4YX7C 1L55A 1CU3A 161LA 123LA 3HT8A 3GUOA 4GBRB 3HTBA 4LDEA 187LA 227LA 1C6BA 1C62A 246LA 3C81A 113LA 2B7XA 3G3XA 251LA 3C7WA 2OU0X 3NY9A 152LA 2F2QA 3GUNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LYZA 3HTGA 1C6HA 3W6BA 3TMVA 181LA 1L79A 1LOZA 2YBMA 1B9OA 3CSRA 149LA 8LYZA 4PJZA 1L57A 1MELL 4E97A 1T6HA 4WG1A 5LAFA 115LA 4HPEA 1C67A 4DYGA 4ARPA 1L40A 1G7HC 1JJ1A 4WG7A 4ANRA 1L77A 1L76A 4DD2A 1YAMA 1LYSA 1GFVA 3L2XA 1QQYA 1L82A 1V7TA 4TX7A 5K7OA 4EKRA 1GBOA 1L74A 166LA 1BB3A 1QUSA 2WARA 4LT3A 5KXXA 5B59A 214LA 2LCBA 1CX7A 2CJLA 4H8YA 1IP1A 1L89A 4I7SA 1L84A 2CUUA 1GF8A 3A6BY 1XEIA 1L67A 1VAUA 3C8RA 4HSFA 1QTBA 1HF4A 4HP0A 4ET9A 1J1XY 1L00A 5LVKA 254LA 1C6EA 1LZNA 4NG1A 1G1VA 2B5ZA 4MR1A 1LJFA 4RLNA 5EBHA 6LZMA 1GBSA 1UIHA 3F8VA 224LA 1G7MC 2OEAX 4H9EA 1FKQA 135LA 4YXCA 1OUJA 5KXNA 2B73A 4GN5C 1BB6A 3HH5A 148LE 1IWWA 209LA 1PQKA 5HNLA 2CWIA 157LA 1JWRA 4N1EI 5B1GA 4HTQA 4IASA 1YL1X 218LA 1EPYA 1JSEA 1C6LA 2X0AA 1C60A 4H1PA 5KXPA 1L17A 4DQ7A 4I7PA 1G0QA 1CV6A 2AUBA 2ZIKA 170LA 1LSDA 4IJ4A 5T3FA 1LW9A 2LHMA 2ZYPA 3A67Y 4HTNA 5LVIA 1IX0A 2BQHA 4KXIA 2Z19A 1LZ6A 1RFPA 5KXZA 238LA 2MEEA 3K2RA 1GWDA 186LA 1T8GA 4IAPA 5F9UA 4X3BA 1GB8A 1INUA 1KXXA 1L03A 4OWEA 262LA 1DI3A 1LYGA 1CV3A 3ATOA 1D2WA 1FN5A 4HJZA 1GEVA 1ZV5L 243LA 2Q9DA 4HJYA 1B7OA 2HULA 2Z39A 217LA 4I0CA 4EMNA 5HMJA 4XJIA 4NHSA 1L37A 4OWBA 4AXTA 4W53A 4I7MA 1CU2A 1OUFA 2RBRA 4EXMA 1QUHA 4XN6A 5LXWA 1UIDA 2F47A 1IR9A 261LA 3LYMA 194LA 1C46A 1LZRA 5A3ZA 3P65A 2RBNA 5KXKA 1L49A 3C83A 208LA 1YKYX 4ETDA 1QDTA 112LA 127LA 3WPJA 1QS5A 4G4CA 2HUKA 3HTFA 1UUZC 1BB4A 5LYMA 4ARMA 1WQOA 3N9EA 1C63A 1L45A 3DN3A 1WVUA 4EOFA 1OUDA 4OOOA 1LWKA 1G0JA 1NBZC 114LA 111LA 4I7RA 178LA 4NHPA 1L34A 1C45A 180LA 1OUAA 150LA 1IC4Y 2I26L 215LA 1H6MA 3CQLA 155LA 1LMPA 1LGUA 1CVKA 3AZ4A 1IP2A 1HNLA 2O7AA 3TXEA 1QSBA 2XQOA 2QB0B 1IP3A 1L10A 4H9BA 1JTNA 1L59A 1SSWA 4HV2A 5HNCA 1QT4A 1L27A 1CJ6A 3SBBC 2DQHY 2B6WA 5FSTA 4ZIXA 1ZVHL 1SQ2L 3DNAA 1OWZA 1SX7A 2EKSC 1BHZA 1YAOA 3W6FA 1HFXA 3WMKA 2YBLA 1MLCE 1VDSA 1LHKA 2F30A 172LA 1L41A 1OWYA 4GLVA 2MEFA 4G49A 1EL1A 1L38A 1G7JC 1E8LA 4NHTA 192LA 1QTHA 4WL6A 1C10A 3GULA 1XEJA 1A2YC 1UIGA 3CT1A 4H90A 4PRQA 1LJEA 2C8OA 1HERA 4PGJB 1LI2A 1OP9B 3A92A 1UA6Y 1C6FA 222LA 1IWTA 4NSGA 5F14A 3QAKA 3HU9A 133LA 1GFKA 2BQBA 1UIFA 250LA 2Z2FA 4ETAA 4PRUA 199LA 1B7SA 4W56A 3LYOA 1NDMC 5FELA 1FLWA 3HBEX 4CFPA 1XSFA 2H9KA 1DI5A 1GFTA 1GF5A 1L35A 1L60A 1XJTA 223LA 4LYOA 1L14A 2OE7X 5I14A 1LHHA 3GUPA 2F4GA 3IWRA 1G0MA 1JQUA 1D9WA 3DMXA 1REMA 4J1AA 5APFA 1B7NA 3N9CA 3WVYA 1BWHA 1L22A 1HEPA 1NHEA 4RW1A 153LA 1BWJA 1DKJA 4K5YA 1CV1A 1L55A 1CU3A 1YANA 3P66A 1LJJA 4H93A 2YVBA 3HTBA 3W6EA 1LMNA 1KXYA 1WQQA 246LA 3C81A 2I6ZA 3C7WA 2OU0X 3NY9A 2BQMA 1GXV2 1F6SA 3GUNA 4G4HA 1P5CA 4WL7A 1T8FA 3TXKA 1J1PY 3WXUA 1GAZA 2VB1A 3SBAA 4CJ2A 5I53A 2ZNXY 1L48A 4H94A 3C7YA 3GUKA 1L99A 1L93A 2NTGA 4XJHA 249LA 2NWDX 3AB6A 3TMUA 4LT0A 1UCOA 3A3RX 1QT5A 129LA 4OWCA 1L28A 1SSYA 4NSIA 183LA 1REYA 2B72A 3GUMA 2IHLA 1KW5A 2ZYCA 120LA 4XJFA 1L63A 9LYZA 4DWXA 2Z12A 1BGIA 3AZ6A 4WO9A 2MEDA 3TXIA 1B2KA 2IGCA 1J1OY 4DT3A 1FLUA 2DQAA 1B5ZA 1DI4A 4EKPA 1PQIA 1LZCA 1QT7A 2BLYA 1L96A 2BQCA 2BQIA 1IIZA 3BKHA 1LYJA 7LYZA 2LZMA 4EKQA 5FHWA 2QARC 3WUNA 3AGHA 4YEOA 1L73A 2EIZC 4P2EA 2BQLA 5I5QA 1IY3A 4LT1A 1LJNA 1CKGA 1KXWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5LYZ A;  3HTG A;  1C6H A;  3W6B A;  3TMV A;  181L A;  1L79 A;  1LOZ A;  2YBM A;  1B9O A;  3CSR A;  149L A;  8LYZ A;  4PJZ A;  1L57 A;  1MEL L;  4E97 A;  1T6H A;  4WG1 A;  5LAF A;  115L A;  4HPE A;  1C67 A;  4DYG A;  4ARP A;  1L40 A;  1G7H C;  1JJ1 A;  4WG7 A;  4ANR A;  1L77 A;  1L76 A;  4DD2 A;  1YAM A;  1LYS A;  1GFV A;  3L2X A;  1QQY A;  1L82 A;  1V7T A;  4TX7 A;  5K7O A;  4EKR A;  1GBO A;  1L74 A;  166L A;  1BB3 A;  1QUS A;  2WAR A;  4LT3 A;  5KXX A;  5B59 A;  214L A;  2LCB A;  1CX7 A;  2CJL A;  4H8Y A;  1IP1 A;  1L89 A;  4I7S A;  1L84 A;  2CUU A;  1GF8 A;  3A6B Y;  1XEI A;  1L67 A;  1VAU A;  3C8R A;  4HSF A;  1QTB A;  1HF4 A;  4HP0 A;  4ET9 A;  1J1X Y;  1L00 A;  5LVK A;  254L A;  1C6E A;  1LZN A;  4NG1 A;  1G1V A;  2B5Z A;  4MR1 A;  1LJF A;  4RLN A;  5EBH A;  6LZM A;  1GBS A;  1UIH A;  3F8V A;  224L A;  1G7M C;  2OEA X;  4H9E A;  1FKQ A;  135L A;  4YXC A;  1OUJ A;  5KXN A;  2B73 A;  4GN5 C;  1BB6 A;  3HH5 A;  148L E;  1IWW A;  209L A;  1PQK A;  5HNL A;  2CWI A;  157L A;  1JWR A;  4N1E I; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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