216LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKWELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 216lA00
1C6KA 1L24A 1L07A 1C6TA 1L98A 1I6SA 1L93A 1L21A 3C7ZA 1L86A 3D4SA 3ODUA 2RB2X 2A4TA 1L10A 3HTGA 219LA 1L08A 4ARLA 222LA 158LA 1C68A 1L47A 3CDOA 3G3XA 1CUPA 1L06A 4I7SA 1P7SA 2B7XA 4K5YA 1C6PA 3HU9A 1L34A 1C64A 155LA 180LA 1ZURA 2OE9X 1C6EA 1P3NA 1L35A 259LA 1DYFA 250LA 1L17A 1SWZA 1LWKA 142LA 184LA 2IGCA 1L94A 2Z6BA 2B6ZA 1L97A 209LA 1L88A 1L29A 1C6HA 218LA 1G0GA 3RUNA 4YXAC 3C7YA 1LGXA 2RH1A 1L71A 2HULA 171LA 1QT4A 3F8VA 199LA 129LA 1LYEA 1P2RA 1T8AA 168LA 1SWYA 141LA 1KY1A 3HH3A 234LA 1P46A 1CV4A 1LYGA 185LA 1L62A 4LZMA 1DYGA 3HT9A 1L38A 1L57A 2QARC 1L20A 1L39A 3HH4A 1QSBA 3NY9A 235LA 107LA 1L09A 1L0KA 1LYHA 1OV7A 3SBAA 1G1VA 1OVJA 1LI3A 1CV0A 1D3FA 2RBNA 3JR6A 195LA 217LA 2RBPA 1G1WA 224LA 1QTZA 4I7JA 4EKRA 192LA 200LA 1L45A 1L95A 1L87A 2Q9DA 3C81A 3DMXA 233LA 1C6FA 1L58A 145LA 165LA 2F47A 1D2WA 4AQNA 144LA 1G0MA 1L49A 1D3JA 196LA 1CU2A 2B6YA 151LA 186LA 119LA 1L55A 1L50A 1L67A 1T97A 3DN6A 210LA 2RAZX 244LA 1CU6A 3HWLA 1T8FA 228LA 236LA 4DAJA 2NTGA 3CDTA 220LA 3HUKA 1QUOA 3FI5A 3DN0A 3HUAA 1L0JA 1C6AA 2OEAX 245LA 1QUHA 2RBQA 1CV3A 1KW7A 6LZMA 1C66A 1C6NA 1QTBA 1L74A 3LZMA 232LA 178LA 1L31A 2OU9A 1L14A 3SB8A 4E97A 1LW9A 4I7RA 4W56A 1CU3A 110LA 4I7QA 205LA 239LA 4YXCA 1G0JA 1JTMA 4I7NA 241LA 1SSYA 4ZPUA 3GULA 1D3MA 2OE7X 1L33A 1T6HA 1KW5A 256LA 3OE8A 3HUQA 197LA 3L2XA 1DYBA 1L30A 4W54A 4PK0A 260LA 1CTWA 1SX2A 4ARQA 128LA 156LA 3C8RA 1ZWNA 1L68A 130LA 5I14A 1L59A 159LA 1L40A 1PQKA 3CDRA 1L41A 1C6LA 254LA 1L48A 4I7OA 1L43A 3CDQA 123LA 2OU0X 166LA 257LA 1OYUA 3DN4A 213LA 149LA 4W53A 108LA 1C6JA 4ARMA 4W58A 1KS3A 252LA 182LA 1G0LA 1LI6A 3QAKA 3GUJA 2F2QA 1LPYA 4W51A 3SB6A 157LA 177LA 2F32A 229LA 206LA 3C7WA 3NYAA 1LI2A 2CUUA 1L23A 1XJTA 160LA 1QTCA 3DMVA 4EPFA 1G0PA 1L91A 4S0WA 1OVHA 1DYEA 3HTBA 176LA 3L64A 1G0KA 2HUMA 3G3VA 1L28A 1C6DA 1L80A 1QSQA 113LA 1LYDA 1L18A 4W55A 1D2YA 226LA 169LA 1L76A 4I7LA 2B70A 1L79A 1SSWA 3C8QA 1L13A 7LZMA 2LC9A 1D9WA 1L92A 170LA 1L51A 2RAYX 2OTZX 4EXMA 3DNAA 2ANXA 1KY0A 115LA 111LA 3VW7A 227LA 1LYJA 1QTHA 3DKEX 3F9LA 114LA 173LA 1L61A 3DN8A 1CV1A 183LA 1L16A 5LZMA 223LA 1L89A 4EJ4A 1L12A 1LYFA 1L84A 1L54A 181LA 1C65A 3HH5A 3OE9A 1LGUA 4DJHA 172LA 255LA 242LA 201LA 237LA 118LA 1L52A 1QUGA 1L05A 1L99A 1QT7A 4W59A 137LA 167LA 3SB5A 1C6CA 3HDFA 1L60A 1LWGA 1L82A 1PQIA 187LA 1L81A 1JTNA 1OV5A 2HUKA 1CUQA 1C6BA 1C61A 1CX6A 1OWYA 1L42A 1LGWA 4ARQB 104LA 3SB7A 3EMLA 1L77A 2QB0B 4PJZA 1DYAA 1L63A 1CX7A 1P6YA 140LA 1G06A 1P64A 1L64A 3OE0A 211LA 1L36A 248LA 1L69A 2LZMA 2NTHA 3CDVA 1DYDA 3NY8A 103LA 4ARMB 1CU5A 3G3WA 2RB1X 3HU8A 146LA 1L85A 1L27A 1SX7A 161LA 1P36A 1QUDA 1L66A 2B72A 1LYIA 4W52A 148LE 3V2YA 4GRVA 4I7KA 3SB9A 3C82A 1L83A 2LCBA 3GUIA 1C63A 1QT6A 215LA 214LA 112LA 3SN6R 131LA 3FADA 2OE4X 3HTDA 1EPYA 4ARPA 1L02A 1C6IA 2OU8A 1QS5A 4I7MA 1L53A 4EKQA 1L01A 2B73A 3HT8A 3FA0A 1WTHA 2B6XA 120LA 1L11A 2RBOA 1L65A 2B6WA 1OWZA 1P2LA 3DN2A 2O79A 3GUMA 3PBLA 1C6QA 3GUPA 1TLAA 143LA 238LA 2L78A 3V2WA 2OTYX 3C80A 3GUKA 3HT6A 1C69A 1L90A 126LA 1CU0A 189LA 4YX7C 1KNIA 1T8GA 4ARJA 1OVKA 4GBRB 1QTDA 109LA 1QT5A 247LA 1L00A 230LA 1C6MA 1ZYTA 2Q9EA 1DYCA 3UONA 138LA 4EKPA 127LA 4IAPA 3GUNA 1C60A 2B75A 243LA 1L03A 2O7AA 261LA 1CV6A 1PQMA 221LA 4W57A 1L32A 1G07A 1L19A 2RBRA 198LA 3SBBC 1L04A 163LA 240LA 3HDEA 1L26A 1NHBA 216LA 1L15A 3HT7A 152LA 1QS9A 3OE6A 253LA 1LLHA 1L75A 1QT3A 1JQUA 251LA 3HTFA 164LA 3GUOA 1L96A 2RBSA 1QTVA 249LA 2RB0X 1L70A 125LA 1B6IA 175LA 1G0QA 1L25A 4OO9A 4I7TA 1D3NA 122LA 1QT8A 4EPIA 4LDOA 1CVKA 139LA 3C83A 174LA 1PQJA 231LA 1L44A 1L22A 1L73A 4LDEA 3K2RA 1PQDA 1XEPA 225LA 188LA 4EKSA 1XJUA 4DKLA 3DN1A 1C62A 2ANVA 162LA 212LA 1P56A 3HH6A 1K28A 4LDLA 1CV5A 1L37A 2B74A 191LA 3C8SA 2B6TA 1PQOA 1C6GA 246LA 147LA 150LA 1L46A 3DN3A 1P37A 262LA 3DMZA 1P5CA 258LA 1C67A 1L56A 2O4WA 4I7PA 3PDSA 1L72A 102LA 190LA 3RZEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L24A 4DD0A 2YSSC 1GFJA 3ODUA 1LMTA 4NGZA 4YOPA 4ARLA 1L47A 3G3XA 1QQYA 1JSFA 3G3BB 4I7SA 1LZRA 2B7XA 3WUNA 3HU9A 155LA 1RE2A 1NDMC 1L35A 259LA 2BQGA 1BB7A 1LWKA 5HMJA 1FN5A 3AW6A 4WLXA 3AZ4A 1L88A 4GN5C 3TMUA 4LT3A 133LA 1G0GA 1DZBX 1LGXA 1LHMA 1IP6A 2I25L 1DQJC 2HULA 2N5ZA 171LA 3ATOA 3F8VA 1LZTA 3M18B 3HH3A 234LA 5I54A 4B0DA 4NHPA 2MEIA 1L62A 4RW1A 1CJ9A 1L57A 4LYZA 1GD6A 4NWEA 1DXJA 2GV0A 1LYHA 3SBAA 5APCA 1CV0A 1F0WA 195LA 217LA 1G1WA 192LA 200LA 3DMXA 1C6FA 3AW7A 1YANA 1LMNA 4UWVA 4TTDA 1IWTA 2LHMA 1CU2A 1LJHA 4NIJA 2ZQ3A 151LA 1L55A 210LA 5IDDA 1LZYA 3ZVQB 3HWLA 2DBTA 3FI5A 5APDA 6LYZA 3FI7A 1GPQC 1HSXA 5M1YA 1HFZA 6LZMA 1GF0A 4HPEA 1B7MA 1WQNA 3ZVQA 1L74A 3SB8A 4XADA 5F9UA 2FYDA 4W56A 4I7QA 4I7NA 3TXDA 4ZFPA 1BGIA 5DL9A 2EKSC 256LA 4TUNA 1JUGA 197LA 1IWXA 4W54A 260LA 1SX2A 3WYHA 3A90A 4RDSA 2ZYPA 1ZV5L 1L40A 3CDRA 1L41A 1L43A 3M3UA 3WUMA 4H1PA 5L9JA 3CT1A 1PS5A 4H9HA 1GAZA 3A3RX 1BVKC 4LFXA 3SB6A 1BWHA 5KXKA 1LMAA 206LA 1GWDA 1LI2A 2CUUA 2FBDA 2Z12A 5KXZA 1AT5A 3DMVA 1NQIA 1L91A 1OVHA 1ZVHL 4YEMA 1IR8A 3HTBA 1REMA 1NMMA 1WQOA 1QTEA 1L80A 1QSQA 1LYDA 5KXLA 4NHTA 5B07A 1F10A 4B1AA 2VB1A 1L79A 2B5ZA 1B5VA 2DQCY 2LC9A 1D9WA 1FLUA 2OTZX 4UWUA 5B59A 4EXMA 2ANXA 1KY0A 115LA 1WQPA 1C10A 1QIOA 1EL1A 1D9UA 3A34A 1LYJA 3RW8A 173LA 2BPUA 4ML7A 183LA 4J1AA 1L89A 132LA 4EJ4A 1HENA 4WLYA 1LYFA 3LYMA 1GBSA 4ET9A 1BHZA 1O23A 1C65A 1D0MA 4EOFA 172LA 4TSBA 4BAPA 1GB0A 242LA 4PPOA 4EMNA 4XJIA 3J6KA 1YAQA 1QT7A 167LA 3SB5A 4OWHA 3W3EA 2RSCA 1LWGA 1L82A 1LHKA 4HP0A 1B0DA 1OP9B 2HUKA 4LYTA 1HSWA 1IX0A 1CUQA 4GCBA 5HQ1A 1LJ3A 5LVJA 4HTKA 1IR7A 4PJZA 1L63A 211LA 3GXKA 1LMQA 2LZMA 2G4PA 4ZEEA 3RU5A 4ARMB 1CU5A 4IASA 1QUDA 5HNLA 1LSAA 4QY9A 4BAFA 3SB9A 1LMCA 1I20A 5KXTA 2BQIA 1IWVA 3BKVA 215LA 1OQMA 4WM4A 4LT1A 2OE4X 1GE0A 3W6AA 2C8PA 1YAMA 1L53A 3HT8A 2B73A 1C7PA 4OOTA 120LA 2B6WA 3C80A 1JIYA 2H9KA 126LA 4XJFA 4PRQA 2A7DA 4B49A 1NWGA 4ARJA 1OVKA 1IEEA 1B7PA 1LMOA 4WL7A 3W6CA 5I4YA 1LSPA 2BQDA 1L00A 3HFMY 1JHLA 2Q9EA 1DYCA 138LA 5J7CA 194LA 4TX7A 2BLYA 2DQFC 1GF5A 3GUNA 2O7AA 1CV6A 1J1PY 4NSJA 4G4CA 4W57A 1L32A 1L19A 4PJ2C 1UCOA 3EMSA 3MGWA 1GBYA 1C45A 1L04A 5KXPA 1UBZA 1OUAA 163LA 3HDEA 1GB2A 1GB6A 1KXXA 4DQ7A 3IWRA 1IVMA 5APEA 3HTFA 1CNSA 2G4NA 5LYZA 4QDNA 249LA 125LA 1G0QA 175LA 1VAUA 4CGEA 4FJRA 1IP7A 1I1ZA 3LN2A 3W6FA 1B9OA 174LA 2W1MA 1GE3A 1VDPA 3AYQA 4LDEA 3K2RA 1XEPA 1GFTA 1JTOL 3DN1A 4HSFA 3TMXA 162LA 1P56A 1YKXX 1FLYA 1HERA 191LA 3C8SA 4GCEA 3P4ZA 4NGLA 246LA 4ETDA 1L46A 150LA 2ZIKA 1P37A 3TXKA 1L56A 4I7PA 3PDSA 2LYZA 102LA 1JKBA 2D91A 1YAOA 4NSGA 1L98A 1I6SA 2HECA 1GF3A 2Z19A 1P2CC 4XJDA 1C68A 1HC0A 1L06A 1JTTL 1L34A 1C64A 3W6DA 1FLQA 1HF4A 1DYFA 4HTQA 250LA 1L17A 1SWZA 1IIZA 142LA 1L94A 2Z6BA 4NGJA 3D3DA 209LA 1LJJA 1KIRC 218LA 1GFRA 4H94A 4WO9A 1YROA 1L71A 1A4VA 1QT4A 2MEEA 4P2EA 5B06A 2Z38A 168LA 1KY1A 1P46A 1LYGA 185LA 1AT6A 1DYGA 3HT9A 1PZYA 2QARC 4J1BA 3QNGA 1CJ6A 1IC4Y 1B7OA 1L0KA 5LA5A 1FBIX 1OV7A 1OVJA 224LA 4EKRA 1L95A 3C81A 2Q9DA 2F47A 2ZYCA 1CKCA 3WUAA 4HTNA 134LA 1HFXA 1LJGA 1T97A 1XSFA 2RAZX 4GCDA 1CU6A 3CT5A 4M4OA 228LA 4H9BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L24 A;  4DD0 A;  2YSS C;  1GFJ A;  3ODU A;  1LMT A;  4NGZ A;  4YOP A;  4ARL A;  1L47 A;  3G3X A;  1QQY A;  1JSF A;  3G3B B;  4I7S A;  1LZR A;  2B7X A;  3WUN A;  3HU9 A;  155L A;  1RE2 A;  1NDM C;  1L35 A;  259L A;  2BQG A;  1BB7 A;  1LWK A;  5HMJ A;  1FN5 A;  3AW6 A;  4WLX A;  3AZ4 A;  1L88 A;  4GN5 C;  3TMU A;  4LT3 A;  133L A;  1G0G A;  1DZB X;  1LGX A;  1LHM A;  1IP6 A;  2I25 L;  1DQJ C;  2HUL A;  2N5Z A;  171L A;  3ATO A;  3F8V A;  1LZT A;  3M18 B;  3HH3 A;  234L A;  5I54 A;  4B0D A;  4NHP A;  2MEI A;  1L62 A;  4RW1 A;  1CJ9 A;  1L57 A;  4LYZ A;  1GD6 A;  4NWE A;  1DXJ A;  2GV0 A;  1LYH A;  3SBA A;  5APC A;  1CV0 A;  1F0W A;  195L A;  217L A;  1G1W A;  192L A;  200L A;  3DMX A;  1C6F A;  3AW7 A;  1YAN A;  1LMN A;  4UWV A;  4TTD A;  1IWT A;  2LHM A;  1CU2 A;  1LJH A;  4NIJ A;  2ZQ3 A;  151L A;  1L55 A;  210L A;  5IDD A;  1LZY A;  3ZVQ B;  3HWL A;  2DBT A;  3FI5 A;  5APD A;  6LYZ A;  3FI7 A;  1GPQ C;  1HSX A;  5M1Y A;  1HFZ A;  6LZM A;  1GF0 A;  4HPE A;  1B7M A;  1WQN A;  3ZVQ A;  1L74 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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