216LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKWELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
total genus 52
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1994-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 216lA00
3GUPA 3GUIA 192LA 2CUUA 1L18A 2Q9EA 1L64A 141LA 1P2RA 1QTBA 2OEAX 2B72A 4ARMB 3NYAA 1L69A 252LA 4W59A 1JQUA 1C69A 1L27A 1KS3A 1SWYA 1PQOA 236LA 2RH1A 3HDEA 1PQKA 1C6HA 200LA 4YXAC 1DYFA 244LA 4ARMA 3HWLA 151LA 182LA 1T97A 3V2YA 120LA 150LA 2B70A 3DN8A 1L20A 1KY0A 1DYGA 2B6XA 2RBPA 3C80A 3GUMA 161LA 183LA 1LI6A 2OE7X 3NY8A 1C6BA 1L03A 1QTZA 177LA 262LA 1G06A 1L30A 131LA 3LZMA 1DYBA 212LA 1L43A 1P2LA 3DN3A 139LA 1C6LA 1QT7A 3F9LA 210LA 1L54A 3HUAA 1L61A 1C61A 1C67A 1L57A 3FADA 1SX7A 3PDSA 4I7NA 1C6MA 1L59A 4W52A 1L92A 3DNAA 1OWZA 3NY9A 1L96A 3JR6A 230LA 3F8VA 1LGXA 3C83A 1CU5A 129LA 1L13A 1L85A 1LGWA 1B6IA 257LA 1L02A 4I7KA 4LDOA 3HT7A 1C64A 1L66A 1L37A 1L46A 111LA 1C6KA 3G3VA 148LE 4EKSA 1L53A 1D3JA 1KW7A 1L23A 1L15A 1L45A 1LPYA 3C8SA 3DN1A 1L47A 3HH5A 1XJUA 245LA 254LA 1LYEA 2RBSA 4ARLA 160LA 235LA 140LA 3G3WA 1L68A 2Q9DA 228LA 3HU8A 3HU9A 1L51A 4W51A 1L52A 4EJ4A 1L38A 1L0KA 3DMXA 261LA 2NTGA 122LA 1L41A 1CV5A 3SN6R 4W58A 4EKRA 4LDLA 102LA 1L0JA 1QSBA 1CV3A 1DYDA 1LLHA 1L39A 1KY1A 1L01A 1LI2A 1QTVA 1L90A 2HUMA 241LA 1CX7A 1ZWNA 2QB0B 239LA 3ODUA 4LDEA 168LA 1P56A 251LA 147LA 4W56A 1C6DA 1DYAA 1OVKA 3GUKA 173LA 253LA 1L24A 2RB1X 1L87A 1OVHA 1L31A 4GRVA 1QS9A 3DMVA 157LA 1SWZA 2O7AA 128LA 2B74A 1L44A 223LA 3DKEX 2ANVA 3HH6A 155LA 218LA 1L48A 214LA 1C60A 1C6IA 2RBQA 3D4SA 3FI5A 4ARPA 1T6HA 1QUGA 1KNIA 1G1VA 1CTWA 1CV6A 1QT6A 1L17A 186LA 2RBNA 3DN2A 187LA 3OE8A 2F32A 2OE4X 2F47A 4OO9A 1L32A 1P46A 238LA 1SSYA 2L78A 2OTZX 1LYIA 3RUNA 4PK0A 2O79A 143LA 1K28A 2LCBA 2OTYX 1D9WA 225LA 1P7SA 1L07A 2RB2X 4W54A 1OVJA 199LA 1T8GA 1C6AA 3HUQA 1DYEA 4ARQB 1EPYA 4S0WA 1LI3A 4I7TA 1L16A 185LA 144LA 1L25A 1L84A 1LW9A 1L08A 1CVKA 3HUKA 4I7RA 2QARC 3HTBA 1CUQA 130LA 4ZPUA 171LA 112LA 2O4WA 4ARQA 1D2WA 1L55A 4W53A 1T8AA 110LA 1L75A 1LYDA 1L76A 2B73A 3C8QA 1L67A 1QT8A 1NHBA 2OU0X 1D3NA 175LA 3C81A 3V2WA 1L50A 243LA 1L62A 198LA 258LA 1P37A 1PQIA 3HT8A 3SB9A 103LA 176LA 1G0JA 1L33A 206LA 237LA 3CDRA 201LA 1LYJA 1QUHA 4I7PA 1L00A 4AQNA 1CV1A 4I7SA 1ZURA 232LA 1L29A 211LA 1QT4A 167LA 1QT5A 4I7QA 229LA 227LA 1CUPA 4DJHA 1D2YA 3HTFA 4EPFA 1JTNA 1L14A 1L88A 1PQJA 250LA 3HDFA 1DYCA 1C6QA 1L99A 2RBRA 184LA 3EMLA 1C6GA 2RAYX 3QAKA 217LA 1L80A 1G0KA 215LA 248LA 149LA 1CU0A 2B75A 2Z6BA 1L35A 1L60A 256LA 1C66A 1QT3A 163LA 1D3FA 3HTDA 3SB8A 1L04A 195LA 2LZMA 2IGCA 1L09A 1L26A 3HH3A 3SBBC 1L83A 1L91A 1G0LA 1TLAA 162LA 104LA 4ARJA 190LA 1L06A 1L71A 247LA 4I7LA 1L89A 3DN6A 1KW5A 1L77A 1L21A 1XEPA 1QTHA 138LA 164LA 1C6NA 3DN4A 1QTDA 3C7WA 1C6PA 4W57A 6LZMA 4EKQA 1WTHA 1L40A 1L93A 255LA 1L10A 4YXCA 146LA 1OV7A 2RAZX 1L73A 1L11A 1QUOA 1JTMA 1G0PA 2B6ZA 1G0GA 1LGUA 242LA 4K5YA 216LA 1L49A 4GBRB 1QTCA 213LA 246LA 4EXMA 158LA 219LA 1L34A 205LA 197LA 1L81A 1L58A 3DMZA 7LZMA 209LA 3DN0A 1PQMA 4I7MA 170LA 108LA 142LA 1L72A 3CDVA 2HUKA 1L19A 2B6TA 169LA 113LA 1L28A 221LA 165LA 1QUDA 1QS5A 4EKPA 3G3XA 2HULA 1L63A 2F2QA 1L94A 114LA 1C6TA 1G07A 226LA 1L42A 166LA 1LYHA 3PBLA 1OV5A 125LA 189LA 224LA 3RZEA 1L79A 233LA 1LYGA 174LA 3C82A 3OE0A 1LWKA 1D3MA 4PJZA 4W55A 127LA 107LA 109LA 1L97A 3L64A 181LA 191LA 5LZMA 1C6JA 172LA 3GUOA 3K2RA 260LA 1C62A 145LA 2B6YA 3SB7A 1T8FA 1CX6A 4I7OA 1L36A 1P64A 1L56A 222LA 1C68A 1C6FA 1L22A 1C65A 196LA 1L12A 123LA 2LC9A 3HH4A 3UONA 240LA 3CDOA 126LA 1OWYA 1SX2A 1OYUA 1C63A 1LYFA 2OU8A 1G1WA 3SBAA 1ZYTA 4IAPA 249LA 2NTHA 156LA 4I7JA 1C6CA 4DKLA 1G0MA 1L65A 2RBOA 3CDTA 1L05A 159LA 4DAJA 2B7XA 1G0QA 1PQDA 4E97A 1P6YA 4EPIA 1CU2A 5I14A 3HT9A 1XJTA 3SB6A 3C8RA 1CU3A 1L82A 1CV4A 3CDQA 3L2XA 119LA 234LA 1L95A 1P36A 2A4TA 1L74A 115LA 1LWGA 3OE6A 4LZMA 118LA 2RB0X 1L98A 2OU9A 178LA 180LA 1SSWA 1C6EA 2B6WA 3C7YA 3C7ZA 137LA 2OE9X 3HT6A 220LA 259LA 3SB5A 152LA 3VW7A 4YX7C 3GULA 1CU6A 188LA 1L70A 3GUNA 1CV0A 1L86A 231LA 1P3NA 3OE9A 1I6SA 3GUJA 3FA0A 3HTGA 1QSQA 1P5CA 2ANXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GUPA 192LA 1GE1A 4LT0A 4ZEEA 5KXOA 1L64A 1LJ3A 1P2RA 2OEAX 4ARMB 1L69A 252LA 1LMNA 4W59A 1KS3A 1HELA 5L3HA 3A90A 4NSHA 1QTEA 3A3QA 1PQKA 2HECA 200LA 4CGEA 3CT5A 3RZ4A 2EQLA 151LA 2HEEA 3V2YA 1GDWA 4UWVA 4I8SA 3T6UA 120LA 3DN8A 135LA 4BS7A 5L9JA 5LVGA 5FDJA 3C80A 3GUMA 161LA 183LA 1LI6A 5I4XA 3B0OA 4UWNA 3P68A 1IOQA 1LSBA 1I20A 177LA 262LA 1L30A 1B7PA 4OOOA 5DLAA 4NGWA 1P2LA 133LA 139LA 1QT7A 1QDTA 3F9LA 1HFXA 2BQFA 1QSAA 5II3A 1OWZA 1L96A 1I1ZA 3JR6A 4WG7A 1GFUA 3F8VA 1GB6A 1UIFA 1CU5A 4H8ZA 3W6EA 3TXGA 2D6BA 5I4WA 4I7KA 1LHLA 3W6CA 1L66A 4II8A 1GFVA 1C6KA 4TX7A 2I26L 3G3VA 4EKSA 1L53A 1KW7A 3DN1A 5D5FA 5LVKA 4NIJA 1LYEA 3WU8A 1KXWA 1MLCE 140LA 1L68A 2Q9DA 3HU8A 1L52A 3QY4A 2NTGA 4YENA 1OUEA 1FDLY 4D9ZA 1GXXA 4EKRA 1L0JA 1LJGA 1QSBA 1CV3A 1DYDA 1LI2A 241LA 3LYZA 1LZAA 239LA 4KT3A 1LZDA 1IR9A 4H9IA 3GUKA 5KY1A 1VEDA 5APCA 5KXMA 1L24A 2RB1X 1L87A 4YF2A 2PC2A 4GRVA 4B0DA 1QS9A 132LA 1JISA 157LA 4ML7A 4NG1A 1NMMA 5HMVA 1B7OA 1L44A 2LYOA 1G7IC 1A4VA 3DKEX 3B0KA 3HH6A 1CJ9A 3M3UA 3WU7A 214LA 3FI5A 1T6HA 5F9XA 3QNGA 1G1VA 4NGYA 1CV6A 1JTTL 3EO5A 2RBNA 3DN2A 1GEVA 1GXV2 2F47A 2MEBA 2OTZX 1HERA 2Z2FA 4TTDA 4B4EA 1IP2A 143LA 5M1YA 2LCBA 4HTKA 225LA 1JKCA 2RB2X 2BQIA 2D91A 1DYEA 1EPYA 1B5YA 4I7TA 1L16A 1L25A 1GBWA 2W1XA 1UIBA 1L84A 4IJ4A 1LW9A 2I25L 1ZVYB 2ZYCA 4ZPUA 112LA 5LIOA 1EQ5A 1TCYA 1LSPA 1T8AA 1PZYA 1LYDA 2BLXA 3WXTA 1L76A 1C10A 5B06A 1NHBA 1IR8A 3N9CA 1D3NA 1OUCA 2YDGA 175LA 3C81A 4WLXA 5ILFA 5KKIA 4H9HA 1B2KA 198LA 258LA 5LVHA 1PQIA 5F81A 1BWHA 3A96A 1FKQA 1UIDA 2Z18A 4XJDA 1LZ1A 1LYJA 4I7PA 1L00A 2F2NA 1CKGA 1CV1A 1WVVA 1JJ3A 1VAUA 229LA 4I7QA 1LYZA 4OWBA 1SQ2L 4DD9A 1C6GA 3QAKA 3ZEKA 4PRUA 215LA 4E3UA 3A91A 3FI7A 4MR1A 5JENB 1QT3A 163LA 1V7SA 2MEHA 195LA 4A7DA 2LZMA 1I56A 4YOPA 1L09A 1LHJA 1GFTA 3HH3A 1LOZA 1G0LA 4Z46A 104LA 1YKXX 1BB6A 1BWIA 4I7LA 1L89A 1KW5A 1EQEA 1L77A 1XEPA 4NGKA 2MEGA 1WVUA 1DPXA 3SP3A 2HEDA 4LYMA 3DN4A 1F10A 3AGGG 4MSTA 4RLMA 3IJUA 146LA 1UIAA 2RAZX 4GCCA 1G0PA 1G0GA 1HEMA 1JKDA 1UACY 1L49A 4N5RA 4GBRB 4WO9A 4QEQA 1JSFA 213LA 1NBYC 2ZYPA 158LA 197LA 3DMZA 7LZMA 1PQMA 4I7MA 1G7MC 170LA 4YEMA 108LA 1L72A 1UIGA 2B6TA 1JEFA 169LA 113LA 1L28A 221LA 1QUDA 1QS5A 1D6QA 3G3XA 4B4JA 2HEFA 1LJJA 114LA 1C6TA 1G07A 1F6SA 1IWXA 125LA 4XENA 224LA 1IWUA 233LA 4G49A 174LA 1LZGA 193LA 3C82A 2Z12A 3OE0A 1D3MA 5ILCA 4PJZA 5J7CA 3A6CY 127LA 1JJ0A 4GLVA 5HNCA 2DQAA 1L97A 191LA 5LZMA 3GUOA 2ZILA 260LA 207LA 1JTPL 1IEEA 4LYCA 1L36A 1JPOA 4XJBA 1C6FA 4LYBA 196LA 1RE2A 2LC9A 5KXXA 1ZMYL 3UONA 1GFRA 1SX2A 4IAPA 3B0IA 4HPEA 1C6CA 159LA 2C8PA 1IX0A 2ZNWY 4E97A 4HTQA 1IOSA 4J0LA 3AYQA 1XJTA 3D9AC 1GPQC 1QDRA 2BQEA 1W6ZA 3L2XA 2LZTA 3IWRA 1LJHA 2D4JA 3GXRA 3LHMA 115LA 5E9RA 1A2YC 1L98A 1QUTA 2H5ZA 1C6EA 3WPKA 4WM5A 3C7ZA 3SB5A 259LA 1HEOA 2BQBA 1CU6A 188LA 2EPEA 3GUNA 1CV0A 4NHSA 4Z3MA 1LSEA 1JUGA 1XEJA 3OE9A 1KIPC 3FA0A 1D0KA 2XQOA 5F9UA 3W3EA 1B5UA 3GUIA 4NHTA 1C45A 1LMTA 2CUUA 1N4FA 4EMNA 141LA 2HUBA 2B72A 4NGOA 1GF7A 1C69A 4RLNA 1SWYA 4DYGA 2RH1A 3HDEA 1HFYA 1KXXA 4IASA 4GN5C 1BVXA 1WTMA 1LJNA 182LA 1Z55A 2B70A 1KY0A 1GE3A 1OUFA 5DN5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GUP A;  192L A;  1GE1 A;  4LT0 A;  4ZEE A;  5KXO A;  1L64 A;  1LJ3 A;  1P2R A;  2OEA X;  4ARM B;  1L69 A;  252L A;  1LMN A;  4W59 A;  1KS3 A;  1HEL A;  5L3H A;  3A90 A;  4NSH A;  1QTE A;  3A3Q A;  1PQK A;  2HEC A;  200L A;  4CGE A;  3CT5 A;  3RZ4 A;  2EQL A;  151L A;  2HEE A;  3V2Y A;  1GDW A;  4UWV A;  4I8S A;  3T6U A;  120L A;  3DN8 A;  135L A;  4BS7 A;  5L9J A;  5LVG A;  5FDJ A;  3C80 A;  3GUM A;  161L A;  183L A;  1LI6 A;  5I4X A;  3B0O A;  4UWN A;  3P68 A;  1IOQ A;  1LSB A;  1I20 A;  177L A;  262L A;  1L30 A;  1B7P A;  4OOO A;  5DLA A;  4NGW A;  1P2L A;  133L A;  139L A;  1QT7 A;  1QDT A;  3F9L A;  1HFX A;  2BQF A;  1QSA A;  5II3 A;  1OWZ A;  1L96 A;  1I1Z A;  3JR6 A;  4WG7 A;  1GFU A;  3F8V A;  1GB6 A;  1UIF A;  1CU5 A;  4H8Z A;  3W6E A;  3TXG A;  2D6B A;  5I4W A;  4I7K A;  1LHL A;  3W6C A;  1L66 A;  4II8 A;  1GFV A;  1C6K A;  4TX7 A;  2I26 L;  3G3V A;  4EKS A;  1L53 A;  1KW7 A;  3DN1 A;  5D5F A;  5LVK A;  4NIJ A;  1LYE A;  3WU8 A;  1KXW A;  1MLC E;  140L A;  1L68 A;  2Q9D A;  3HU8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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