217LA

Structural basis of alpha-helix propensity at two sites in t4 lysozyme
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKEELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Structural basis of amino acid alpha helix propensity.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1993-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 217lA00
113LA 1L84A 1OV5A 249LA 1L32A 1L27A 3HTFA 1L91A 1L0JA 1L34A 1T97A 195LA 155LA 3NYAA 215LA 1LI6A 2HUKA 199LA 1CV5A 214LA 156LA 3G3WA 251LA 166LA 1C6LA 2O7AA 190LA 2HUMA 3DMZA 1C6TA 2F2QA 143LA 1PQOA 1L0KA 4W52A 3SN6R 1L21A 3DN8A 1QTBA 141LA 3FI5A 1TLAA 3HH5A 114LA 2OTZX 1G0JA 1QUDA 1P56A 1NHBA 1P37A 3C8RA 1C62A 222LA 4DJHA 177LA 1CV6A 2A4TA 2B74A 242LA 1L93A 253LA 1L45A 1L77A 1G1WA 1DYBA 3HT9A 3OE8A 4I7PA 209LA 159LA 1L61A 255LA 1C60A 1L40A 4LDLA 4YX7C 1L36A 192LA 1C64A 149LA 1WTHA 3CDVA 2B72A 3NY9A 1L03A 1D3NA 1L42A 1P7SA 2RH1A 1P2LA 2OEAX 1L85A 1L73A 2L78A 1QSQA 3GUPA 175LA 1L44A 1P3NA 1L83A 1L19A 201LA 1L09A 4LDEA 3CDQA 3C81A 3OE6A 157LA 1LGUA 3C82A 111LA 2RBNA 2B75A 1L74A 1QUOA 1L65A 1G0KA 1L23A 1CV3A 4LDOA 7LZMA 240LA 254LA 1C6MA 1L62A 1L22A 232LA 4I7LA 171LA 1L35A 1C6PA 161LA 164LA 1L56A 1LI3A 144LA 107LA 138LA 128LA 110LA 1CU0A 148LE 142LA 1L53A 1L43A 3GUNA 1SWZA 1L64A 1L41A 4I7NA 1KY0A 261LA 1C6AA 3GUMA 1G0QA 2OE7X 112LA 2OU0X 228LA 4ARMB 4E97A 262LA 2Q9EA 1LYHA 139LA 1T8AA 1CV1A 1QTDA 4YXAC 1CV0A 1JQUA 123LA 178LA 1L33A 241LA 1CU5A 235LA 3ODUA 200LA 1L76A 1OWZA 3LZMA 4ZPUA 3C7ZA 3FADA 151LA 1L38A 2RB0X 1XJUA 2RBQA 118LA 2B70A 2NTGA 248LA 1L79A 1QUGA 2NTHA 1CU3A 1L06A 1L20A 1L88A 210LA 3CDOA 1T8GA 1CX6A 1L25A 1L00A 1LYEA 1D9WA 4K5YA 2Z6BA 4I7MA 1P64A 1D3JA 176LA 1L50A 189LA 3DMVA 1SWYA 1D2YA 2RB1X 1QS9A 205LA 150LA 3GUKA 1OVJA 1DYDA 239LA 206LA 3F8VA 3HUQA 130LA 1L57A 1L29A 1C6GA 1L94A 252LA 2OTYX 247LA 218LA 1QT5A 4W57A 1QT6A 1PQDA 2B6XA 2LC9A 174LA 1LYIA 234LA 3HU9A 3SB8A 1PQMA 1OWYA 2LCBA 3V2WA 188LA 1PQKA 2OE9X 1P2RA 4ARLA 3RUNA 1L49A 237LA 183LA 4ARQB 1CUQA 3SBBC 4W55A 167LA 1L59A 1C69A 165LA 231LA 1QS5A 127LA 225LA 1XJTA 3HT6A 186LA 1LWKA 2B73A 3GUJA 1L04A 147LA 2B6WA 3G3XA 1G0LA 1DYCA 4EPFA 1L52A 1LLHA 1L75A 1L47A 3HDEA 1L89A 1L46A 185LA 173LA 1L13A 4I7OA 219LA 2RB2X 3DN3A 1C68A 129LA 2CUUA 3L64A 1QTVA 1C6DA 1L92A 2RBRA 1L55A 122LA 4GBRB 1C6NA 3DN1A 6LZMA 4EKRA 230LA 3DNAA 1C6HA 1L15A 3PBLA 5I14A 1L70A 1QTCA 1L12A 1SSWA 246LA 243LA 1L39A 1PQIA 1LGXA 245LA 259LA 3HDFA 3HH4A 1C6CA 4W54A 1ZURA 1C67A 2O4WA 1C6BA 4GRVA 1K28A 3SB6A 1SSYA 1QT4A 3SB7A 1SX2A 3DN4A 115LA 1G0PA 182LA 1OV7A 1L87A 4W53A 3HH3A 1L48A 3F9LA 198LA 1L86A 1DYAA 1CU6A 1JTMA 2ANXA 1QTHA 227LA 5LZMA 1OYUA 1OVHA 244LA 1KW7A 1C61A 1L98A 2ANVA 1P36A 1L01A 4I7KA 4S0WA 4EPIA 2RAYX 1G06A 1L24A 1LWGA 1L90A 1L63A 1C6FA 2IGCA 4EKSA 3C8QA 1QTZA 1L96A 1ZWNA 1L54A 2HULA 1LYGA 1L16A 1L67A 1C6IA 3OE9A 3JR6A 1L05A 217LA 1C66A 2RAZX 1L51A 3V2YA 4I7QA 1OVKA 3RZEA 1SX7A 1L11A 2F47A 1CX7A 211LA 1L18A 3FA0A 1C6QA 1LGWA 4DAJA 256LA 4EJ4A 2LZMA 3HTDA 2OE4X 4PK0A 2OU9A 197LA 1L80A 140LA 4EKPA 3HTBA 2B6TA 1P46A 1L31A 1L95A 3DN6A 1CTWA 3GULA 172LA 3HUAA 1CU2A 4ARPA 168LA 1G0MA 3GUOA 4IAPA 145LA 3SB9A 4ARMA 1L81A 213LA 2RBOA 1G1VA 1DYEA 1XEPA 3K2RA 1L82A 1T6HA 3DN0A 224LA 238LA 3C7YA 3C8SA 220LA 3SBAA 3HTGA 1KW5A 229LA 125LA 2B6ZA 3CDRA 158LA 3CDTA 152LA 1L72A 170LA 250LA 4W51A 1L58A 3GUIA 1L14A 2QB0B 1LYFA 187LA 1ZYTA 2RBSA 131LA 4W58A 260LA 191LA 3C83A 3PDSA 1DYFA 3DKEX 2RBPA 1I6SA 1L60A 4YXCA 236LA 3DN2A 1L28A 1QT7A 233LA 2QARC 3SB5A 3DMXA 1QT8A 4LZMA 1B6IA 1QUHA 3HU8A 1PQJA 1QSBA 3HH6A 1LYDA 221LA 162LA 1L08A 1CVKA 160LA 1QT3A 169LA 3C7WA 2Q9DA 1L66A 104LA 1L10A 4PJZA 1L17A 4DKLA 196LA 212LA 137LA 4ARQA 181LA 1L30A 3VW7A 2F32A 1LI2A 1LPYA 1G0GA 1L37A 3L2XA 3HT8A 1CV4A 1L97A 4I7TA 163LA 126LA 4EKQA 1KY1A 257LA 184LA 4AQNA 4EXMA 3HT7A 1L26A 3C80A 1C65A 1D2WA 3HUKA 3HWLA 3NY8A 1T8FA 1C63A 4W59A 3OE0A 1L99A 1KS3A 1L07A 1LYJA 109LA 226LA 1G07A 2OU8A 120LA 1D3FA 1L69A 3UONA 3QAKA 2B7XA 4I7SA 223LA 4I7JA 180LA 102LA 1C6KA 4W56A 1DYGA 1P5CA 108LA 4I7RA 1CUPA 4ARJA 1LW9A 103LA 1C6JA 258LA 146LA 3G3VA 2B6YA 1L71A 1L68A 3D4SA 119LA 4OO9A 3EMLA 1JTNA 216LA 1EPYA 1KNIA 1L02A 1C6EA 1D3MA 1P6YA 2O79A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A92A 1L84A 1DXJA 4NGKA 4HJYA 1GB2A 1RCMA 249LA 1L32A 3HBDA 1HEPA 7LYZA 4RDSA 5F9UA 5LA8A 1BB3A 2DQFC 1YILA 156LA 1LZNA 3ATNA 1LZSA 2Q0MX 1GB7A 166LA 1IORA 1C6TA 2F2QA 1I56A 2X0AA 1L0KA 4W52A 1GB8A 3SN6R 1TLAA 2W1YA 1INUA 2OTZX 4NGLA 1P37A 3LN2A 4YEMA 1OQMA 2RSCA 2FBDA 4H8ZA 1BQLY 1GF6A 2W1LA 2A4TA 2B74A 1TBYA 2MEAA 5D5FA 3OE8A 1FLQA 159LA 1L61A 1ZV5L 1WQMA 4B4JA 4YX7C 1IIZA 3B72A 1L36A 2VB1A 1DQJC 1L03A 1D3NA 1L42A 1IOQA 4XJIA 1GF7A 1LJIA 5I53A 4C5FA 1JPOA 1H87A 3G3BB 4LT3A 134LA 5I4WA 1B2KA 3OE6A 2MEIA 2RBNA 1LCNA 4ML7A 1L74A 1IC7Y 1TDYA 3B0IA 1VDTA 4LDOA 7LZMA 5E9RA 1C6MA 4NSIA 1L62A 232LA 4CFOA 164LA 4H94A 2MEBA 3WPLA 144LA 4HPIA 3RNXA 1LZ8A 138LA 1LYYA 128LA 1JSEA 2ZYCA 3TMVA 2WARA 3AZ6A 1OUAA 1DKJA 5KXYA 1KY0A 1ZVYB 3RT5X 2OE7X 1GFTA 228LA 2BQLA 3ZEKA 1B9OA 4ETDA 1KXXA 1DKKA 139LA 1LJFA 2W1XA 5DL9A 4HV2A 1CU5A 1PS5A 1LSDA 235LA 1L76A 2BLXA 151LA 2RB0X 4H8XA 1XJUA 2B70A 1AT6A 2NTGA 5KXRA 1GB6A 3GXRA 1B7NA 1GE3A 4NGZA 4CFPA 5FEKA 1L25A 4K5YA 5FELA 1P64A 4NHPA 2MEEA 1HEOA 135LA 1JTPL 4O34A 5L9JA 3TXFA 2RB1X 1QS9A 4AXTA 4WMGA 1QSAA 239LA 2ZWBA 130LA 1JEFA 1L29A 1GFKA 1D0MA 1LMAA 1XGPC 1GB0A 1WTNA 4DQ5A 5B59A 4J0LA 2LC9A 1ALCA 2B6XA 1T6VL 3A3RX 1OWYA 1E8LA 1LMPA 1PQKA 2OE9X 1P2RA 4WLDA 4H1PA 237LA 167LA 1C69A 1J1PY 1L04A 4WM6A 2MECA 3G3XA 4ETCA 4HJZA 1L52A 1L75A 1BVXA 1B7PA 3A8ZA 1VEDA 4I7OA 129LA 2CUUA 1HEMA 3W6AA 3L64A 1HMKA 4PJ2C 1L92A 1C6NA 1HEWA 4NHQA 3HBHA 3QY4A 1GAZA 230LA 3DNAA 4HJVA 1L15A 3PBLA 1L70A 1QTCA 1L12A 246LA 1CKGA 1NWGA 1C6CA 1D6QA 1HEQA 2F2NA 1CKFA 1SSYA 4NWEA 4GN5C 115LA 182LA 1OV7A 1LZEA 1HFZA 3F9LA 1XGRC 1DYAA 5I4YA 227LA 5LZMA 3TXKA 2MEHA 4LYMA 2DKVA 3WULA 1JTTL 1OVHA 1L01A 4EPIA 2RAYX 1C7PA 1G06A 2FYCA 1LWGA 3TXGA 1C6FA 2IGCA 3WUAA 4BAFA 1L54A 1LJ3A 4LFPA 1LYGA 3HFMY 4WL7A 4DC4A 3MGWA 4DD0A 1OVKA 1L11A 5II3A 1IWZA 1CJ9A 1YAQA 2DQCY 4FDYA 2HEFA 1L18A 1GF5A 1LGWA 1RJCB 1GE2A 3HBEX 9LYZA 1L80A 3TMUA 1L31A 172LA 4LYCA 5DN4A 4ARPA 2DQEY 1UIFA 5M1YA 4ARMA 4RLNA 4G49A 213LA 2RBOA 224LA 1YIKA 1YQVY 3WXTA 3HTGA 1PZYA 229LA 4OWBA 207LA 158LA 4QEQA 152LA 4Z3MA 4H9AA 3P66A 1LHIA 3TXDA 1LKRA 3RZ4A 1LYFA 1GFEA 2DQGY 1ZYTA 3ZVQA 1IX0A 4OWCA 4D9ZA 4YEOA 3PDSA 1NMMA 1I6SA 1L60A 4W94A 4XADA 1HHLA 1F6RA 2QARC 1QT8A 1OUGA 3AGGG 1QTKA 1PQJA 3HH6A 3N9CA 1LYDA 221LA 5KXOA 3T36A 6LYZA 5APEA 1VFBC 2Q9DA 194LA 4GCBA 104LA 4Z46A 1JITA 1GF4A 3CT1A 2F32A 1NKHA 4N1EI 1L37A 1L97A 3CSQA 126LA 1RFPA 1IR8A 1KY1A 257LA 3HT7A 4CHXA 2C8OA 5FCPA 5HLLA 1D2WA 1OUFA 1T8FA 1C63A 1L99A 1JTOL 4PRUA 2OU8A 1D3FA 1C08C 1GXXA 1REZA 2B7XA 102LA 1HF4A 4HV1A 1IR9A 2LZ2A 3GXKA 4LZTA 4OO9A 1KIRC 1EPYA 2MEFA 1WTHA 1C6EA 4DD3A 1GFGA 2IFFY 1L27A 2HECA 1L91A 1L34A 4Z41A 1ZMYL 5FHWA 195LA 215LA 5T3FA 4NSJA 5DLAA 1IOSA 2HEAA 2HUBA 1C6LA 190LA 4J7VA 1PQOA 1L21A 1QTBA 1J1XY 141LA 3FI5A 114LA 1G7MC 177LA 2Z2FA 4LYZA 242LA 1L45A 1L77A 4M6DA 1C45A 3HT9A 4YM8A 209LA 2NWDX 1L40A 192LA 1C64A 149LA 2BAAA 2B72A 3NY9A 2RH1A 2D4IA 1P2LA 1L73A 1QSQA 4H9EA 3B0OA 2XBSA 1JKCA 5ILCA 4QDNA 2ZIKA 3G3AB 1LGUA 1LSYA 3AW7A 111LA 5IHGA 3AJNA 3BKHA 2YDGA 4NGYA 3TXIA 2HEBA 1LZRA 1L23A 1CV3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3A92 A;  1L84 A;  1DXJ A;  4NGK A;  4HJY A;  1GB2 A;  1RCM A;  249L A;  1L32 A;  3HBD A;  1HEP A;  7LYZ A;  4RDS A;  5F9U A;  5LA8 A;  1BB3 A;  2DQF C;  1YIL A;  156L A;  1LZN A;  3ATN A;  1LZS A;  2Q0M X;  1GB7 A;  166L A;  1IOR A;  1C6T A;  2F2Q A;  1I56 A;  2X0A A;  1L0K A;  4W52 A;  1GB8 A;  3SN6 R;  1TLA A;  2W1Y A;  1INU A;  2OTZ X;  4NGL A;  1P37 A;  3LN2 A;  4YEM A;  1OQM A;  2RSC A;  2FBD A;  4H8Z A;  1BQL Y;  1GF6 A;  2W1L A;  2A4T A;  2B74 A;  1TBY A;  2MEA A;  5D5F A;  3OE8 A;  1FLQ A;  159L A;  1L61 A;  1ZV5 L;  1WQM A;  4B4J A;  4YX7 C;  1IIZ A;  3B72 A;  1L36 A;  2VB1 A;  1DQJ C;  1L03 A;  1D3N A;  1L42 A;  1IOQ A;  4XJI A;  1GF7 A;  1LJI A;  5I53 A;  4C5F A;  1JPO A;  1H87 A;  3G3B B;  4LT3 A;  134L A;  5I4W A;  1B2K A;  3OE6 A;  2MEI A;  2RBN A;  1LCN A;  4ML7 A;  1L74 A;  1IC7 Y;  1TDY A;  3B0I A;  1VDT A;  4LDO A;  7LZM A;  5E9R A;  1C6M A;  4NSI A;  1L62 A;  232L A;  4CFO A;  164L A;  4H94 A;  2MEB A;  3WPL A;  144L A;  4HPI A;  3RNX A;  1LZ8 A;  138L A;  1LYY A;  128L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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