218LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVANLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 163
sequence length 163
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 218lA00
254LA 4I7MA 1SX2A 1L24A 1L87A 4I7RA 3DN3A 1P56A 209LA 3HWLA 1CTWA 2HUKA 2Q9DA 3C8QA 3VW7A 1L25A 1C64A 4EPIA 2RBQA 2OU8A 3FI5A 3RUNA 1G07A 183LA 1C62A 4PJZA 3HH6A 3NY8A 3GUIA 2NTGA 1QUOA 1DYGA 1ZWNA 118LA 188LA 1C61A 1QT7A 201LA 3NYAA 140LA 2B6XA 1LI3A 1C6JA 1P5CA 2F47A 1C6EA 1DYDA 3HH4A 171LA 231LA 110LA 4W51A 1L46A 1L39A 180LA 1LGWA 2B74A 235LA 1OVKA 1SX7A 1L47A 3DMZA 1L40A 3EMLA 3PBLA 1DYFA 3HDEA 2OE7X 3GUJA 1LPYA 234LA 123LA 1LYEA 1G0QA 3C82A 1LGXA 245LA 147LA 195LA 3LZMA 262LA 219LA 1L17A 1L43A 1P6YA 138LA 3SB7A 3GUNA 236LA 174LA 1L88A 228LA 182LA 1D3MA 2RBSA 1L11A 1D9WA 1L42A 2LCBA 4LZMA 226LA 1C6GA 3HT7A 3FA0A 1T97A 232LA 3C8SA 206LA 1L41A 210LA 1L73A 1LI6A 199LA 218LA 1XJTA 1P2RA 1G06A 2RBRA 1L28A 4I7JA 2IGCA 1C66A 3DN4A 3FADA 1L23A 243LA 103LA 1QTCA 247LA 3DNAA 1QTDA 4EPFA 1P64A 1ZURA 137LA 1L68A 2Z6BA 3HUKA 1L67A 1L99A 3SB9A 1L45A 1TLAA 4ARPA 1L44A 162LA 1L61A 6LZMA 3C80A 1QUGA 1L62A 3PDSA 4ZPUA 4YX7C 1XJUA 1L18A 1L12A 2ANXA 115LA 258LA 5LZMA 1L00A 3C83A 4GRVA 2B6WA 3HT8A 3F9LA 4I7LA 2RH1A 1G0PA 1L54A 1L50A 1L55A 2B75A 1C6DA 3V2WA 1CV1A 1L98A 225LA 2OU9A 3C81A 173LA 2B6YA 1D2WA 3C7WA 1L75A 2B70A 4I7QA 3C7YA 1PQDA 1P46A 4ARJA 217LA 4EKQA 1L08A 190LA 142LA 253LA 2ANVA 184LA 1L32A 1LYHA 1OWYA 104LA 241LA 1C68A 1L52A 1P2LA 1I6SA 3C7ZA 4PK0A 1KY0A 4ARQB 181LA 1CU5A 3G3VA 1C6HA 130LA 1JQUA 230LA 3CDOA 3HDFA 4EKSA 1L76A 1LYGA 1C6KA 1QTVA 3HT6A 1L69A 1L63A 1D3FA 192LA 1C6MA 1C63A 1L01A 1LWGA 3GUMA 1C6IA 158LA 151LA 148LE 2L78A 4ARMB 1G1VA 1C60A 178LA 169LA 4EKRA 3HTDA 239LA 1DYEA 1L16A 1KS3A 1L96A 255LA 2B72A 1L91A 111LA 4OO9A 1L51A 1L94A 191LA 3DKEX 129LA 3QAKA 1L13A 1L95A 4EJ4A 1CVKA 172LA 216LA 1P36A 4W53A 2RAZX 2RB0X 2OEAX 205LA 4YXCA 197LA 1L27A 4I7SA 177LA 1QUHA 4W57A 1C6PA 1L38A 4W56A 189LA 4DJHA 1QT4A 198LA 1D2YA 1LWKA 3C8RA 3F8VA 156LA 1G1WA 1D3NA 1CV5A 4YXAC 214LA 1LYJA 2B7XA 1C6CA 131LA 4ARQA 1L72A 186LA 2OE4X 5I14A 1LW9A 1L49A 1LLHA 2QB0B 1C6FA 1CV3A 4LDOA 3DN1A 1L33A 1QT8A 161LA 176LA 1OVHA 1QTHA 1JTNA 2B73A 1KW7A 4I7NA 4ARMA 1L82A 1LI2A 1L70A 185LA 1L37A 1L0KA 1LYFA 157LA 3L64A 150LA 1K28A 1CV4A 1G0GA 109LA 249LA 4I7KA 1QUDA 3HUQA 7LZMA 1SWYA 1L53A 1L65A 163LA 3DMVA 1DYCA 143LA 122LA 1L59A 1L89A 200LA 3DN6A 102LA 3HUAA 4EXMA 1G0KA 2OU0X 1T8GA 4I7OA 4IAPA 4I7PA 3UONA 1DYBA 1L36A 1QSQA 244LA 1XEPA 3V2YA 1L57A 1P7SA 1L20A 1CU6A 1QSBA 1DYAA 155LA 3HTBA 1L06A 1L79A 3CDVA 1L81A 1CV6A 1D3JA 126LA 2QARC 1LGUA 2RBNA 128LA 4EKPA 1L03A 1SSYA 1L74A 1LYIA 2O7AA 1OVJA 120LA 3GUOA 260LA 2B6ZA 1L07A 1C6AA 1CUPA 1G0LA 1L64A 119LA 1EPYA 3HTFA 4S0WA 3SBBC 1CU3A 166LA 2RAYX 1T8FA 1L21A 1L48A 1C69A 261LA 108LA 2RBPA 246LA 1L15A 1KW5A 1L34A 1L93A 1L71A 3G3WA 3HH3A 1QT5A 4GBRB 3GUKA 2NTHA 1WTHA 2OE9X 2OTYX 112LA 1C67A 3HT9A 1L80A 3RZEA 1L19A 1CU2A 1C6QA 4W58A 1PQKA 3SBAA 3G3XA 4E97A 152LA 1L58A 1LYDA 3CDQA 1L0JA 1SWZA 1QS5A 168LA 1PQJA 1KY1A 2CUUA 149LA 3SN6R 3OE0A 1L56A 175LA 1CX7A 250LA 256LA 1QTBA 3HH5A 1OYUA 1PQOA 2LZMA 2OTZX 4LDEA 1L92A 3CDTA 4I7TA 1L04A 1L84A 3SB6A 213LA 1L10A 1ZYTA 4W54A 3OE8A 238LA 1L77A 2RB2X 165LA 1OWZA 1P3NA 145LA 220LA 237LA 164LA 2F32A 141LA 222LA 1C6TA 2O4WA 125LA 2B6TA 227LA 1KNIA 1PQIA 3OE6A 1CX6A 146LA 4DAJA 1QTZA 242LA 4W52A 1CU0A 144LA 3K2RA 170LA 1SSWA 1G0JA 3HTGA 1L31A 1L09A 211LA 107LA 248LA 1C65A 3GUPA 1QS9A 159LA 1L66A 240LA 1L14A 3OE9A 3JR6A 3HU8A 167LA 1P37A 2F2QA 1CUQA 1OV7A 3CDRA 3SB5A 1CV0A 212LA 114LA 223LA 1T6HA 4AQNA 2RB1X 3ODUA 1L30A 1L60A 1L29A 187LA 113LA 4DKLA 1JTMA 1L97A 224LA 3DN0A 3L2XA 1B6IA 1L22A 1PQMA 3DN8A 233LA 229LA 4W55A 1L90A 3NY9A 4ARLA 1L26A 257LA 1C6NA 2RBOA 3DN2A 1L35A 4W59A 4K5YA 259LA 251LA 3DMXA 1C6LA 1QT6A 1L83A 3HU9A 2HUMA 1G0MA 2HULA 1OV5A 3SB8A 252LA 3GULA 1C6BA 139LA 1T8AA 2O79A 1L02A 196LA 3D4SA 1L05A 2A4TA 1QT3A 1L85A 1NHBA 221LA 2Q9EA 127LA 4LDLA 2LC9A 215LA 160LA 1L86A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XBSA 1SX2A 1D0LA 1P56A 1GE2A 3A92A 3HWLA 3VWOA 1JISA 3VW7A 4EPIA 2OU8A 4H93A 4WLXA 183LA 2DQIY 4PJZA 3K3TA 2FBBA 3HH6A 2FYCA 3WU7A 1QUOA 1ZWNA 201LA 4M4OA 1LZ6A 1VAUA 4QDNA 3WPJA 1G7JC 1C6JA 3G3BB 3AJNA 4QGZA 4ZEEA 231LA 110LA 1JKCA 4G49A 5L9JA 4LYOA 1GAZA 4DYGA 1V7TA 3HBEX 1REZA 3EMLA 5L3HA 4PJ2C 4GN3A 1LPYA 1GFEA 234LA 1G0QA 5B07A 5LVGA 1F10A 3LZMA 262LA 3CSZA 5I5QA 1GFUA 3GUNA 2ZNXY 1LMNA 1UIFA 1L88A 4MSTA 3J4GA 1DI5A 1GAYA 1D9WA 1L42A 2LCBA 2F4AA 1QTKA 1JKDA 4LZMA 4XJBA 3WL2A 1LZ5A 1IOTA 3C8SA 206LA 1DQJC 210LA 1L73A 4MR1A 2LYZA 4WMGA 218LA 2BQNA 3W6AA 1XJTA 1GDXA 3B0IA 3CT5A 1D9UA 4NGOA 2RBRA 1GDWA 1LMAA 4GCBA 2W1YA 4N8ZA 4LGKA 4E3UA 3DNAA 4EPFA 4XJIA 4DWXA 3LN2A 1DPWA 4J1AA 3RNXA 3ZEKA 3HUKA 1L99A 1L45A 4ARPA 5KXSA 5KXXA 1OUHA 1IP1A 1JTPL 1HC0A 3TXKA 1LZYA 2YBHA 1L18A 1YQVY 2FBDA 1L12A 1HEMA 258LA 5LZMA 2B6WA 4B49A 1L54A 4H90A 4KT3A 1L55A 3V2WA 1CV1A 1L98A 225LA 3C81A 173LA 5C6JA 1L75A 2MEAA 3WXTA 5LAFA 4WG1A 1QDTA 217LA 4EKQA 3AB6A 4NEBA 142LA 1VATA 2ZQ3A 4CJ2A 4XADA 3EXDA 1T3PA 3TXBA 1C68A 5F9UA 1I6SA 1P2LA 181LA 1D0KA 2X0AA 5LVIA 4LT3A 1YL0X 4EKSA 1IWUA 1EQEA 1FDLY 1B7OA 2HECA 1L76A 1LYGA 1LMOA 1DKKA 193LA 1L01A 1C63A 158LA 1BHZA 1YAPA 3HTDA 3A34A 5ILCA 1CKGA 1BWHA 1LZ4A 5DL9A 1KS3A 5HNCA 1GB0A 2B72A 1FLYA 5J7CA 4NGYA 2HEDA 191LA 3ULRA 3DKEX 129LA 4D9ZA 3QAKA 1I20A 1HENA 172LA 2RAZX 2D4IA 8LYZA 4H9IA 1YAOA 1D2YA 1G7LC 3QNGA 2I6ZA 4N0JA 2XBRA 1CV5A 4X3BA 5IHGA 4ARQA 2MEBA 1L72A 2BQEA 4Z98A 5KXLA 1L49A 1JUGA 1LLHA 4DD7A 5LYMA 2QB0B 1CV3A 3DN1A 1QTHA 4I7NA 1JSEA 1L82A 1LI2A 1LYFA 157LA 2ZWBA 1BB4A 5F81A 1CV4A 4GCFA 4U3XB 1QUDA 1SWYA 1BWJA 1DYCA 143LA 1GF3A 200LA 2DQEY 2G4QA 102LA 1JTOL 4N9RA 1DYBA 1F6RA 4AXTA 1QSQA 132LA 244LA 5B06A 5KXWA 4P2EA 2C8PA 1IP7A 1LSYA 1IVMA 3IWRA 1XEJA 4DDAA 3WUNA 1CV6A 1D3JA 1VFBC 1BWIA 2Z19A 4TTDA 1P2CC 1L03A 1A4VA 2O7AA 5DN4A 2MEEA 1OVJA 3GXRA 5ILFA 3FE0A 1LJNA 1G0LA 1CUPA 2Z39A 119LA 1BGIA 1B9OA 4WM5A 1L48A 108LA 2Z2FA 4NHQA 4H9CA 1LJ3A 1L34A 1LHIA 1YKZX 2G4PA 3HH3A 1QT5A 2DQAA 3A96A 1C67A 4G4CA 1L80A 1DI3A 3RT5X 4NSHA 1CU2A 2Q0MX 1LZGA 3SBAA 1HSXA 152LA 2MEDA 1LZ8A 4DDBA 3CDQA 1QS5A 1KY1A 1VDQA 4AGAA 2BQDA 3FI7A 5LYTA 250LA 1QTBA 1XEIA 3LYTA 3W6DA 1LZSA 1L10A 3OE8A 238LA 2RB2X 3ATOA 1IR9A 2HU1A 1OWZA 1YAQA 220LA 2I25L 3OJPA 227LA 1KNIA 4QY9A 1LZAA 1QTZA 1XGUC 242LA 1REYA 1IWXA 4A7DA 4PRQA 3AZ5A 4WLDA 1BB5A 3AYQA 1I1ZA 1LMTA 3EBAB 1C65A 1GB3A 1UCOA 1WQPA 9LYZA 3OE9A 1LYYA 3G3AB 4M6DA 4H9BA 1HEQA 1OV7A 3CDRA 1IWTA 3SB5A 4H91A 223LA 1LAAA 4AQNA 2RB1X 1L30A 1L60A 2EKSC 3L2XA 5KXPA 5KKIA 2DQCY 2BAAA 1QDRA 4H8ZA 1QSAA 233LA 1L90A 4WM2A 4ET8A 1L35A 251LA 1LZRA 2H9KA 1FKVA 4NHPA 5LVKA 139LA 4ANRA 4WO9A 2O79A 5M1YA 5KXOA 1GF4A 1LKSA 4TX7A 2Q9EA 3WUAA 4NFVA 2EPEA 3B6LA 1CJ8A 4I7RA 1L24A 2BQGA 4H8XA 2RSCA 1TBYA 1LYSA 1L25A 2RBQA 3RUNA 1OUAA 3T6UA 3HFMY 3GXKA 4LFPA 5F16A 2NTGA 3MGWA 3P66A 4OOTA 1RI8B 2Z37A 1YANA 5KXNA 3SP3A 2B6XA 1LI3A 1P5CA 3IJVA 2F47A 1C6EA 3IJUA 1F6SA 4H9AA 1LGWA 5C6IA 3RZ4A 2B74A 1YL1X 235LA 2A7DA 1OVKA 1SX7A 1L47A 1DYFA 2HEBA 1LZEA 3HDEA 4J1BA 2ZYCA 1PZYA 1MLCE 1LGXA 1B5YA 4RW2A 4L41A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XBS A;  1SX2 A;  1D0L A;  1P56 A;  1GE2 A;  3A92 A;  3HWL A;  3VWO A;  1JIS A;  3VW7 A;  4EPI A;  2OU8 A;  4H93 A;  4WLX A;  183L A;  2DQI Y;  4PJZ A;  3K3T A;  2FBB A;  3HH6 A;  2FYC A;  3WU7 A;  1QUO A;  1ZWN A;  201L A;  4M4O A;  1LZ6 A;  1VAU A;  4QDN A;  3WPJ A;  1G7J C;  1C6J A;  3G3B B;  3AJN A;  4QGZ A;  4ZEE A;  231L A;  110L A;  1JKC A;  4G49 A;  5L9J A;  4LYO A;  1GAZ A;  4DYG A;  1V7T A;  3HBE X;  1REZ A;  3EML A;  5L3H A;  4PJ2 C;  4GN3 A;  1LPY A;  1GFE A;  234L A;  1G0Q A;  5B07 A;  5LVG A;  1F10 A;  3LZM A;  262L A;  3CSZ A;  5I5Q A;  1GFU A;  3GUN A;  2ZNX Y;  1LMN A;  1UIF A;  1L88 A;  4MST A;  3J4G A;  1DI5 A;  1GAY A;  1D9W A;  1L42 A;  2LCB A;  2F4A A;  1QTK A;  1JKD A;  4LZM A;  4XJB A;  3WL2 A;  1LZ5 A;  1IOT A;  3C8S A;  206L A;  1DQJ C;  210L A;  1L73 A;  4MR1 A;  2LYZ A;  4WMG A;  218L A;  2BQN A;  3W6A A;  1XJT A;  1GDX A;  3B0I A;  3CT5 A;  1D9U A;  4NGO A;  2RBR A;  1GDW A;  1LMA A;  4GCB A;  2W1Y A;  4N8Z A;  4LGK A;  4E3U A;  3DNA A;  4EPF A;  4XJI A;  4DWX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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