219LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 219lA00
2B6ZA 213LA 3C80A 3HDFA 1T8AA 174LA 216LA 164LA 1QT6A 1L44A 206LA 3DMVA 239LA 2Q9DA 3DN6A 229LA 1L79A 128LA 159LA 3G3VA 1L47A 1L93A 1LWKA 212LA 3G3XA 3PBLA 1C6LA 4S0WA 3F9LA 3OE6A 2ANXA 4LDEA 1C6HA 4I7NA 3OE9A 1SSWA 3DN0A 4ARMB 234LA 141LA 2RAZX 188LA 237LA 1L99A 4ARLA 1ZYTA 226LA 2RB1X 1L09A 4I7LA 2HULA 1C6TA 1G0LA 1L83A 250LA 3DN4A 1LYEA 2OTZX 1QUGA 1L77A 1LW9A 231LA 1CU6A 1L31A 4I7QA 171LA 1C6MA 169LA 181LA 1P2LA 1DYCA 233LA 217LA 243LA 1L49A 1L08A 192LA 1LYHA 3HH5A 3SB8A 3EMLA 1L05A 1ZWNA 3L2XA 148LE 1K28A 191LA 244LA 1T97A 1KY0A 3FA0A 1SX2A 2OEAX 3UONA 1L59A 1L60A 3HUQA 3SB7A 2OU8A 2HUMA 3RUNA 178LA 227LA 4W54A 1L66A 2OE4X 1L55A 1L16A 1L97A 1L14A 4EJ4A 1LPYA 2RB0X 4DJHA 119LA 152LA 1L50A 3DMZA 1LLHA 1NHBA 3VW7A 1P5CA 4PK0A 1L23A 1D2WA 1CX6A 2OTYX 3HTFA 4I7MA 2CUUA 3GUOA 130LA 230LA 3HT9A 147LA 252LA 1C6PA 255LA 144LA 4W57A 1L90A 1CU0A 1OV7A 3SB5A 1T6HA 1L67A 2B73A 4GRVA 2RBOA 1PQIA 1C63A 3GULA 4OO9A 1L71A 3C8RA 2LC9A 104LA 1C62A 3C82A 1L17A 3SB9A 1PQJA 1G0MA 1L33A 2RBNA 1L19A 1P2RA 1XJTA 1C6FA 1L56A 2NTGA 107LA 167LA 1L21A 1T8GA 1L61A 3HWLA 1L65A 186LA 3G3WA 4ARPA 1CU5A 3C8QA 3C81A 189LA 261LA 1L18A 2B6YA 1CV6A 1OWZA 4I7RA 114LA 214LA 225LA 1LI2A 3GUNA 1DYFA 1CVKA 1C6JA 1C67A 4PJZA 3DN3A 1QTZA 149LA 4ARJA 4YXCA 3HH6A 1JQUA 1L69A 2OU9A 1L53A 220LA 2NTHA 2OE9X 3HTGA 4I7SA 4EPFA 1QT7A 1L62A 1L04A 2B6TA 2B70A 4EXMA 146LA 170LA 2QB0B 197LA 3GUMA 3C7WA 1LYJA 1QS5A 2Z6BA 1L41A 4LDOA 1L57A 1C6IA 1QTVA 172LA 2B7XA 1L48A 3HDEA 4I7JA 1L94A 4EKRA 3C7ZA 145LA 1L87A 1L01A 1L88A 3QAKA 253LA 125LA 1D3MA 1L42A 1P56A 1QUOA 209LA 254LA 3C8SA 4EKPA 129LA 3CDTA 3L64A 1L91A 2B72A 111LA 257LA 4GBRB 258LA 1L43A 1CTWA 4I7OA 4ZPUA 1L89A 137LA 1LYDA 1T8FA 1D9WA 1CU2A 3PDSA 112LA 240LA 1L29A 1G0KA 1D3NA 3NY8A 238LA 1QTBA 3HT6A 2RH1A 4DAJA 1L95A 131LA 1XEPA 3FI5A 1L85A 156LA 246LA 3HU9A 2O79A 175LA 1L39A 1CX7A 245LA 1C64A 1QT4A 7LZMA 113LA 211LA 138LA 1OV5A 103LA 1CU3A 3DN1A 1QSQA 3GUKA 205LA 1L13A 2O4WA 4LZMA 1PQOA 3HT8A 1QTDA 1PQDA 4YX7C 1C68A 109LA 1LYFA 1L52A 196LA 3HTDA 1LGUA 157LA 1L15A 260LA 1JTMA 1D2YA 3HTBA 1LGWA 1L80A 4EPIA 1L24A 3NYAA 1L92A 4W51A 2F32A 4I7TA 1SWYA 177LA 1L35A 4ARQA 1L96A 1C60A 1L58A 1KW7A 2IGCA 5I14A 3V2WA 161LA 4K5YA 1CUPA 1L34A 1L86A 3SB6A 195LA 3C7YA 1EPYA 2RAYX 150LA 2OU0X 1L40A 3OE0A 1CV4A 1QTHA 1L12A 1C6EA 1QSBA 118LA 162LA 1L72A 151LA 3DMXA 1L74A 1L00A 139LA 1L68A 4W55A 1CV0A 1I6SA 1P3NA 1QUDA 1C6GA 1LYGA 2RBPA 1L75A 143LA 1G0PA 122LA 1P7SA 1D3FA 1L27A 182LA 1G06A 158LA 4YXAC 1L64A 1G0GA 3CDVA 3SBAA 4W53A 1L0JA 222LA 1L45A 1L22A 1C6DA 259LA 173LA 1L36A 215LA 1G07A 142LA 184LA 1TLAA 1WTHA 185LA 110LA 187LA 1C6AA 3V2YA 1L28A 3RZEA 1QT8A 1KS3A 2OE7X 251LA 235LA 5LZMA 1CUQA 1KW5A 1DYEA 3HH4A 2B75A 1L02A 1G0QA 1QTCA 1C6CA 2F2QA 200LA 3DKEX 1KY1A 1L25A 3HT7A 4W56A 4ARMA 2ANVA 2RB2X 1G1VA 1LWGA 3HUKA 1L51A 3GUPA 1DYAA 1QT3A 1SX7A 1G0JA 3HUAA 1LI6A 1L26A 1OVHA 4I7PA 1L11A 1L10A 3CDOA 3GUIA 155LA 1B6IA 219LA 262LA 3DN2A 4AQNA 1L84A 1CV5A 1OWYA 180LA 4EKQA 2Q9EA 160LA 2RBQA 2HUKA 1C61A 1L32A 163LA 1C6NA 1PQKA 218LA 1L07A 1D3JA 2QARC 1P36A 221LA 1L03A 1SSYA 2B74A 3SBBC 1C6QA 3D4SA 3GUJA 1L46A 102LA 108LA 4E97A 2LCBA 176LA 3NY9A 4DKLA 4W52A 3DNAA 4W58A 3CDQA 1G1WA 4I7KA 228LA 1L38A 241LA 4EKSA 1QT5A 166LA 1P46A 1L54A 1LI3A 232LA 2F47A 1OVKA 1QS9A 2RBSA 1L37A 2B6WA 1DYBA 183LA 1OVJA 1QUHA 1C66A 223LA 4ARQB 1P37A 201LA 1P6YA 3LZMA 1L30A 1PQMA 3CDRA 1JTNA 3ODUA 4LDLA 236LA 1C69A 1L73A 3DN8A 1L76A 3HH3A 3HU8A 1ZURA 4IAPA 2B6XA 199LA 198LA 1C6KA 1KNIA 2A4TA 3FADA 1XJUA 3SN6R 247LA 1L82A 1L20A 1LYIA 120LA 126LA 1CV3A 1DYDA 242LA 1L0KA 123LA 256LA 1L98A 2LZMA 3OE8A 1P64A 168LA 1L81A 2O7AA 165LA 127LA 1C6BA 1C65A 1L70A 210LA 115LA 1L63A 3F8VA 1DYGA 3JR6A 3K2RA 140LA 1CV1A 1L06A 224LA 6LZMA 3C83A 249LA 4W59A 2L78A 248LA 2RBRA 1LGXA 190LA 1OYUA 1SWZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4JA 4OWBA 5F81A 3DMVA 239LA 128LA 3G3VA 4DYGA 3G3XA 3PBLA 3F9LA 1UIAA 4LDEA 4I7NA 3IWRA 3DN0A 4UWUA 1BB4A 234LA 1L99A 4NSHA 4CFOA 1IOCA 1L09A 4I7LA 2HULA 1DQJC 1UBZA 3DN4A 1LYEA 4BAFA 4C3WA 1P2LA 3WMKA 5C6JA 1L08A 192LA 1LYHA 4I8SA 4UWVA 1TBYA 3EMLA 1HMLA 244LA 1KY0A 1SX2A 2NWDX 4PRUA 1IP7A 3SB7A 1LZGA 154LA 3RUNA 178LA 5HMVA 1KXXA 1LTMA 227LA 4W54A 2OE4X 1L55A 3ZVQB 4GCCA 3ZVQA 1LPYA 4DJHA 119LA 152LA 1G7HC 3AZ5A 5DN5A 2YBHA 3TMVA 2I26L 3W3EA 1FLYA 3W6FA 3VW7A 1JKCA 4GCEA 130LA 252LA 1C6PA 3WPKA 4TSBA 1FDLY 1L90A 1OV7A 1IC4Y 1H87A 3W6CA 4H93A 4DD2A 5E9RA 1L71A 3C8RA 1KIPC 2XJWA 1XGUC 4H9HA 2HEFA 1GFJA 3SB9A 4WLDA 5HLLA 5LVIA 5I4XA 5L3IA 1L19A 1XJTA 1VEDA 1C6FA 1GBZA 1VATA 1LJ4A 5JENB 5F9UA 167LA 1L21A 1T8GA 1L61A 4NY5A 1L65A 189LA 261LA 2B6YA 1IORA 1OUEA 1OWZA 2DKVA 4UWNA 153LA 1BQLY 1LI2A 2FBDA 3E3DA 1DYFA 1LJEA 5KJ9A 3WUAA 3WXTA 1IP5A 1JKDA 2B5ZA 1CKHA 1JQUA 1LZ8A 1L53A 1LHLA 3HTGA 2DQGY 5FEKA 1CJ7A 2B6TA 3WH1A 1IOSA 4EXMA 8LYZA 4WG7A 5KXZA 2MEFA 4Z41A 3C7WA 1JTPL 1L41A 4LDOA 4NGOA 3CT0A 3TXFA 172LA 1NMMA 5APDA 1L88A 3QAKA 2VB1A 1D3MA 1LZ9A 5KKIA 3GXRA 1BB6A 3L64A 4NWHA 5KXRA 5KXTA 258LA 1CTWA 3D9AC 3W6DA 2LZTA 4HJVA 4X3BA 4ANRA 4H94A 4XENA 1G0KA 1D3NA 1UIHA 1F10A 4DAJA 1XGTC 5I5QA 1REXA 1YKZX 3HU9A 2YVBA 1L39A 1CX7A 3P66A 1LZEA 1C64A 7LZMA 113LA 1OV5A 1JJ3A 1QSQA 3GUKA 4LZMA 3HT8A 3A6BY 3IJUA 4J1AA 1BWHA 109LA 1L52A 1XEJA 3A3QA 1NBYC 1JTMA 1D2YA 1NDGC 1LGWA 4RLMA 3NYAA 1L92A 4PJ2C 4PRQA 4NSGA 4NGVA 4ARQA 4H9EA 2FBBA 1KW7A 1UIDA 3V2WA 4B1AA 3J4GA 2PC2A 1IC5Y 1L86A 3SB6A 2X0AA 2F2NA 3C7YA 5FELA 3OE0A 1CV4A 4WM5A 4PGJB 1NQIA 1F6SA 2BQNA 1QSBA 4OWCA 3TXBA 4OW1A 3N9CA 118LA 1LYOA 2MECA 1D0KA 2DQIY 1FN5A 1IR8A 1LOZA 2RBPA 1GD6A 1G0PA 122LA 1D3FA 2BQCA 4XJFA 2CGIA 182LA 158LA 2Z2FA 3CDVA 1XGPC 193LA 4B0DA 1L45A 5KXWA 1CJ8A 173LA 1JSFA 1EQ4A 2C8OA 1G07A 5HMJA 1C6AA 4N1EI 1HEQA 1QT8A 1KS3A 2OE7X 1AZFA 1RE2A 2ZIKA 3HH4A 4NHTA 1GAZA 5IDDA 2C8PA 1GB9A 1GF4A 3DKEX 4ARMA 3EBAB 1INUA 1YAQA 3HUKA 1L51A 1LKRA 3AB6A 3GUPA 1SX7A 1L26A 1HSWA 1OVHA 1TDYA 3ZEKA 1B6IA 3WUMA 2BQDA 1L84A 2N5ZA 4EKQA 5LAFA 2BQAA 2HUKA 5KXNA 5D5FA 5M1YA 218LA 1D3JA 4H9BA 1B9OA 221LA 1L03A 3TXIA 4QEQA 3A91A 3D4SA 1F6RA 4OOOA 1UIGA 2LCBA 1G7JC 1IOTA 4W58A 1G1WA 4HJYA 1OUJA 2LYZA 2XTHA 1QT5A 1L54A 1QS9A 2RBSA 1WTNA 1WTMA 7LYZA 4TUNA 1YL0X 1T6VL 3LZMA 1GF9A 2Y8PA 3WU9A 2BQLA 3T36A 1IP2A 236LA 4AGAA 2G4PA 4GN4A 2YSSC 1J1PY 1B7QA 5D5CA 4CHXA 1PS5A 1ZURA 1CKDA 1CKFA 1UACY 1WQOA 2WARA 198LA 1HEPA 1GE4A 4OWEA 1KNIA 5AMYA 5APEA 1BVKC 1E8LA 1L20A 3TXGA 126LA 2D4KA 4QDNA 3RU5A 242LA 4IASA 1L0KA 123LA 3OE8A 5KXYA 165LA 127LA 1C6BA 210LA 1B7PA 1DYGA 3JR6A 4IJ4A 140LA 4PPOA 1IWZA 224LA 6LZMA 1QUTA 4ET9A 4FDYA 248LA 2BQGA 1LSZA 1UIBA 3T6UA 213LA 216LA 1NF5A 2ZILA 4GN5C 4DD3A 3W6AA 1B5YA 2Q9DA 229LA 1IOQA 1L79A 1ZVYB 4WMGA 1L47A 1LWKA 212LA 4S0WA 4WOAA 4DDCA 2ANXA 2HEBA 3OE9A 1SSWA 2LYOA 1KXWA 237LA 2XBRA 5A3ZA 1ZYTA 2CWIA 4NSJA 2YDGA 2MEEA 4H8YA 4P2EA 3B72A 4KXIA 1L31A 171LA 169LA 233LA 1QDRA 217LA 1EL1A 1L49A 4MCKA 1NDMC 1IIZA 1LSPA 1LZYA 1WQQA 4NHPA 1HERA 2OEAX 1L59A 1L60A 3HBHA 1J1OY 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2D4J A;  4OWB A;  5F81 A;  3DMV A;  239L A;  128L A;  3G3V A;  4DYG A;  3G3X A;  3PBL A;  3F9L A;  1UIA A;  4LDE A;  4I7N A;  3IWR A;  3DN0 A;  4UWU A;  1BB4 A;  234L A;  1L99 A;  4NSH A;  4CFO A;  1IOC A;  1L09 A;  4I7L A;  2HUL A;  1DQJ C;  1UBZ A;  3DN4 A;  1LYE A;  4BAF A;  4C3W A;  1P2L A;  3WMK A;  5C6J A;  1L08 A;  192L A;  1LYH A;  4I8S A;  4UWV A;  1TBY A;  3EML A;  1HML A;  244L A;  1KY0 A;  1SX2 A;  2NWD X;  4PRU A;  1IP7 A;  3SB7 A;  1LZG A;  154L A;  3RUN A;  178L A;  5HMV A;  1KXX A;  1LTM A;  227L A;  4W54 A;  2OE4 X;  1L55 A;  3ZVQ B;  4GCC A;  3ZVQ A;  1LPY A;  4DJH A;  119L A;  152L A;  1G7H C;  3AZ5 A;  5DN5 A;  2YBH A;  3TMV A;  2I26 L;  3W3E A;  1FLY A;  3W6F A;  3VW7 A;  1JKC A;  4GCE A;  130L A;  252L A;  1C6P A;  3WPK A;  4TSB A;  1FDL Y;  1L90 A;  1OV7 A;  1IC4 Y;  1H87 A;  3W6C A;  4H93 A;  4DD2 A;  5E9R A;  1L71 A;  3C8R A;  1KIP C;  2XJW A;  1XGU C;  4H9H A;  2HEF A;  1GFJ A;  3SB9 A;  4WLD A;  5HLL A;  5LVI A;  5I4X A;  5L3I A;  1L19 A;  1XJT A;  1VED A;  1C6F A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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