219LA

Protein structure plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in t4 lysozyme
Total Genus 59
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
59
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
molecule keywords T4 LYSOZYME
publication title Protein structural plasticity exemplified by insertion and deletion mutants in T4 lysozyme.
pubmed rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 59
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1996-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 219lA00
170LA 1PQDA 2HUMA 1DYEA 234LA 214LA 1JQUA 1L74A 148LE 4W53A 1L11A 123LA 1CU2A 3GUKA 1C6HA 173LA 1L72A 182LA 1L41A 212LA 2B75A 1L45A 1D3FA 1L82A 1LYIA 1L49A 1G0GA 155LA 2OTYX 168LA 1C68A 3SBAA 1QUDA 2F47A 260LA 112LA 127LA 3CDVA 1LYHA 2Z6BA 3HH4A 1QSQA 1LGUA 3HH6A 4W52A 235LA 4I7NA 1QUGA 247LA 1LYEA 1P64A 1C6PA 224LA 1CV6A 2B72A 1L62A 209LA 1OV7A 2O7AA 3GUIA 1SX2A 1CUPA 1L42A 3C7ZA 137LA 3HT7A 3L2XA 1L39A 4W59A 1L03A 1L75A 3L64A 1OV5A 2B6ZA 1L32A 262LA 1G1VA 1NHBA 2QARC 111LA 4EPIA 1CU5A 167LA 1C61A 3DNAA 171LA 259LA 3UONA 4W57A 4I7PA 229LA 1L43A 4YXAC 1G0PA 150LA 1OYUA 1L07A 1L10A 3GULA 175LA 1TLAA 1PQJA 1L06A 188LA 3GUPA 4EKQA 1C6QA 1DYFA 2RB2X 131LA 199LA 250LA 2B73A 3GUJA 1PQKA 1L33A 1QT6A 4EKSA 2OU9A 2RB1X 3HU9A 1XJTA 149LA 114LA 3QAKA 2OE9X 107LA 3GUMA 1QUOA 128LA 2OE4X 4I7RA 1L48A 1L96A 3C81A 3C8SA 1L53A 3K2RA 1C6LA 2RB0X 4PK0A 1SWYA 4I7QA 245LA 1DYAA 3FA0A 1L93A 1P7SA 1L61A 1L47A 3SB6A 1LI3A 1KS3A 3C8RA 1L87A 4K5YA 3OE6A 130LA 138LA 1LGWA 2ANVA 4LDLA 159LA 1L04A 1L35A 1L56A 3HUQA 177LA 1QS9A 172LA 2OU0X 156LA 2Q9DA 3HTGA 1CV3A 2OE7X 1LYGA 2CUUA 3HUKA 125LA 1LYJA 2B6WA 1PQMA 3G3WA 1KY1A 192LA 3OE9A 4W51A 3V2WA 1L20A 144LA 4I7KA 1C6AA 3G3XA 1QT5A 3HU8A 1P56A 1L81A 1P37A 1CVKA 4AQNA 4S0WA 3GUOA 1L65A 4ARPA 3ODUA 2LCBA 3JR6A 4ZPUA 1D9WA 1C64A 240LA 1L95A 157LA 3CDTA 1OWYA 1T8FA 3OE0A 3C80A 1L18A 1P2LA 4GRVA 3EMLA 119LA 1CV4A 198LA 165LA 3DMVA 254LA 1L86A 1L25A 3HTBA 5I14A 246LA 142LA 1XEPA 4ARJA 4ARQA 1CU3A 223LA 164LA 186LA 1L67A 1C66A 1C6DA 4I7SA 143LA 174LA 1L60A 102LA 1L14A 4I7OA 1G0KA 3HH5A 1L02A 115LA 4EPFA 1P36A 3CDOA 169LA 3C7WA 1G0MA 1EPYA 1L76A 1QTDA 3DN3A 1L23A 3F8VA 4ARLA 185LA 1D2YA 178LA 3SB7A 1QT8A 3C83A 1L50A 2RBRA 166LA 3V2YA 222LA 197LA 2LC9A 206LA 1CUQA 1I6SA 4I7JA 1QT7A 183LA 3DN8A 1L58A 141LA 4W55A 1KW7A 3HT6A 4LDOA 1C62A 1ZURA 1D3NA 1D3MA 2RBOA 163LA 249LA 120LA 225LA 228LA 252LA 3HH3A 3GUNA 1C6GA 1L22A 158LA 1L37A 4ARMA 1DYBA 1T6HA 3HTFA 1C6BA 1KY0A 4DAJA 226LA 213LA 1QTHA 2B7XA 145LA 4EJ4A 3FI5A 1L12A 1QTVA 1L34A 221LA 2OEAX 3SBBC 1LI6A 3HDEA 3DMXA 3DN2A 2A4TA 3RUNA 1L69A 162LA 2F2QA 1P6YA 2B6YA 1L55A 4W54A 211LA 1CU0A 236LA 1L0JA 1ZWNA 1DYCA 3SB5A 1G07A 1DYDA 2RBSA 1L51A 3OE8A 4E97A 2OU8A 1L99A 1JTNA 1ZYTA 108LA 1WTHA 1SSYA 1G0JA 1L70A 2ANXA 1G0QA 241LA 2L78A 4ARMB 1L98A 3SB9A 4EXMA 3FADA 1T8AA 1CU6A 1L83A 1P5CA 2NTGA 1LGXA 218LA 1QTBA 1LLHA 160LA 1L91A 4EKPA 2RAZX 2RBPA 3HUAA 180LA 1C6IA 2B70A 3NY8A 237LA 4IAPA 1C6NA 243LA 2HULA 196LA 1LI2A 151LA 253LA 3C8QA 1OVHA 4I7TA 261LA 227LA 1G06A 1G0LA 3DMZA 2F32A 139LA 113LA 1L27A 1SWZA 257LA 232LA 1L71A 216LA 4W58A 1L21A 1OVKA 205LA 1CX7A 1L84A 1L85A 152LA 2HUKA 1P46A 210LA 200LA 1OVJA 3PBLA 4PJZA 7LZMA 3RZEA 1CV5A 2NTHA 1KW5A 118LA 195LA 1C6JA 1SX7A 1L05A 251LA 3DKEX 191LA 2LZMA 181LA 1L30A 1T8GA 1L36A 1L88A 1C6KA 256LA 1L24A 4EKRA 1LPYA 1JTMA 161LA 4ARQB 1L77A 1L64A 1L54A 1L73A 110LA 1L17A 1PQOA 1OWZA 1C6EA 129LA 1CV0A 3NYAA 215LA 1QS5A 190LA 1P2RA 3PDSA 1L38A 1C6TA 4I7LA 3G3VA 201LA 146LA 1D3JA 3HWLA 1L13A 126LA 1L68A 2O4WA 233LA 1L52A 1C65A 1L89A 1L46A 1QTZA 3SN6R 1P3NA 4LDEA 1L28A 1L79A 3HTDA 140LA 239LA 1QT4A 3LZMA 147LA 4YX7C 184LA 1L57A 1L15A 1B6IA 1LWGA 1L16A 1L31A 255LA 3C7YA 104LA 238LA 1L29A 189LA 3CDRA 2B74A 1L66A 1G1WA 1L80A 244LA 1L00A 4OO9A 1CTWA 6LZMA 1L08A 3VW7A 242LA 2O79A 1PQIA 1SSWA 3CDQA 1T97A 3DN4A 3F9LA 1L92A 109LA 1C60A 2RH1A 1LW9A 3HT9A 122LA 176LA 4DJHA 1L90A 217LA 2B6TA 1C63A 1QUHA 3D4SA 1D2WA 3DN1A 1C6CA 2RBNA 1C6MA 248LA 258LA 220LA 1LWKA 2IGCA 1C6FA 1L09A 231LA 187LA 1K28A 3C82A 230LA 3SB8A 103LA 1XJUA 2OTZX 1CV1A 1L44A 2RAYX 1QSBA 5LZMA 1LYFA 4LZMA 4W56A 1DYGA 1KNIA 1L19A 1C69A 1L97A 3HDFA 3HT8A 3DN6A 219LA 4DKLA 2Q9EA 1CX6A 1QTCA 1QT3A 2B6XA 3DN0A 1L63A 1L0KA 2QB0B 4GBRB 1L94A 4I7MA 1L59A 1LYDA 2RBQA 1C67A 1L01A 4YXCA 1L26A 3NY9A 1L40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DYEA 1JQUA 1LTMA 1GE0A 148LE 1HNLA 1L74A 123LA 1KXXA 3E3DA 1L45A 3P4ZA 4NY5A 3SBAA 1WQNA 133LA 1LYHA 2MECA 1LSZA 2Z6BA 3HH4A 1QSQA 5I4WA 1LZYA 5B1GA 3HH6A 1JKBA 235LA 247LA 1C6PA 1LHLA 209LA 4FDYA 4QGZA 3C7ZA 137LA 1L75A 1OV5A 4H90A 1L32A 262LA 1CU5A 4WL6A 1C61A 3DNAA 3UONA 1NDMC 1L43A 1DI4A 2GV0A 1CKDA 1OYUA 1L07A 4NHIA 1N4FA 3FE0A 1L10A 1GBWA 1LMNA 1XGTC 4YOPA 1L06A 1VATA 4EKQA 4EKSA 2OU9A 1JTTL 1MELL 3OJPA 1XJTA 1LJJA 3LYTA 4NGLA 1KIPC 1QUOA 4I7RA 2ZNXY 1L48A 3C81A 3C8SA 3T36A 1DYAA 1GDWA 3FA0A 3LHMA 2YBIA 4XN6A 1KS3A 2D91A 1GFHA 4K5YA 4O34A 3KAMA 4LDLA 1L04A 193LA 1JJ0A 4HV1A 2BQKA 1QS9A 2OU0X 2LHMA 156LA 2Q9DA 4FJRA 1YIKA 2YSSC 4XJFA 4EOFA 3G3WA 1KY1A 3OE9A 4W51A 1XGUC 1L20A 4YENA 4I7KA 4WO9A 2DQJY 3CSRA 4AQNA 4S0WA 4NG1A 1GBXA 4HPEA 1YL1X 1HENA 4ZPUA 1T8FA 1L18A 3WXUA 1CJ8A 1P2LA 1IOTA 3DMVA 1GB5A 5I5QA 3LZTA 4R6CA 246LA 142LA 1CU3A 3D3DA 3HBEX 1GBYA 1DKJA 1AM7A 4CJ2A 1IWYA 4GCDA 1L76A 1L23A 207LA 1LZRA 2YDGA 3F8VA 185LA 3SB7A 4OOTA 2RBRA 4YF2A 197LA 2Z2EA 6LYZA 2DKVA 1IOSA 2D4IA 4X3BA 1KW7A 3HT6A 1DPXA 1VFBC 4ETBA 4UWNA 1LJ4A 1D3MA 4WLDA 3SP3A 249LA 1GBOA 4DYGA 5LA8A 2BQCA 1TCYA 3GUNA 4ZFPA 1C10A 5B05A 158LA 154LA 1OUIA 1T6HA 1LHHA 2Z39A 4DAJA 2MEEA 226LA 2BLXA 1QTHA 4I0CA 1L34A 1YAOA 3HDEA 3DMXA 4WG1A 2A4TA 4H9HA 1EL1A 1P6YA 1IC4Y 4J7VA 1ZV5L 5LYZA 1WVUA 3IWRA 5KKJA 4WO6A 2DBTA 1G07A 1CJ9A 4W94A 2DQIY 1CKHA 1TEWA 2D4KA 4TTDA 1WTHA 1IP2A 1L70A 1LSYA 3B0IA 2ANXA 1BWHA 4YEMA 2MEHA 1E8LA 1L83A 1P5CA 4NIJA 1FN5A 1V7TA 3WPJA 1GFEA 160LA 4NSGA 4EKPA 180LA 2B70A 4G4HA 5I54A 2HULA 5E9RA 3VWOA 196LA 151LA 4C3WA 253LA 4TSCA 1OVHA 3WH1A 4IASA 227LA 3ZEKA 2BQJA 1KXYA 4W58A 1OVKA 205LA 2DQDY 1IVMA 1B7QA 1LZEA 4G49A 4GLAA 2BQFA 1CV5A 3CQLA 1LJHA 2PC2A 1SX7A 1D0KA 251LA 1HHLA 1LHJA 5DL9A 3DKEX 1GFUA 2LZMA 4LYTA 1UIAA 1ZMYL 1L24A 1LPYA 1L77A 1L64A 1L73A 4W96A 110LA 3AZ6A 1UCOA 3N9EA 5LINA 3P65A 4H1PA 1AT5A 1OUAA 1QS5A 1L38A 4I7LA 3G3VA 201LA 1D3JA 1L13A 126LA 1L68A 4U3XB 1UIBA 5F14A 1L28A 3WUMA 1L79A 1IWXA 2CGIA 3LZ2A 147LA 184LA 1L31A 4LYMA 3C7YA 3HBDA 4B0DA 1L29A 1GHLA 2Z38A 1L66A 3LYZA 1L80A 3CSZA 2MEDA 6LZMA 2O79A 4QDNA 3DN4A 3CDQA 4ANRA 1JJ3A 4DJHA 4H8XA 2YVBA 1BB3A 3M18B 2HEEA 1C6CA 4DD2A 4NSJA 1LJEA 248LA 258LA 3G3AB 2ZQ3A 1B7RA 4WM3A 5LA5A 231LA 1JKAA 1LMOA 230LA 3C82A 103LA 3A6CY 2OTZX 4HJZA 1WTNA 5APFA 2RAYX 4HJYA 5LZMA 2LYMA 4W56A 1KNIA 1L19A 1L97A 3HT8A 2BQGA 1GB7A 219LA 4BAPA 5ILFA 135LA 3P64A 3DN0A 4NG8A 1B5WA 4CGEA 1LYDA 5LVKA 3B72A 170LA 1LZTA 1LYYA 234LA 3QY4A 1GF0A 1LAAA 4NWEA 1IP1A 4NFVA 1HFYA 5ILCA 1C6HA 2XTHA 1DKKA 1ZVYB 1L72A 1JPOA 4B49A 1L82A 1CJ6A 1LYIA 1FDLY 1L49A 3WU7A 2Q0MX 1LJFA 260LA 3CDVA 3W6EA 4DD7A 1PZYA 2WARA 4N1EI 4R0FA 1LYEA 4XYYA 1GF6A 1GF8A 1L62A 1OV7A 3M3UA 5JENB 4MR1A 1FBIX 3QE8A 1B5ZA 1OUDA 1GEZA 1QUTA 2G4NA 4LFPA 1IP4A 1L03A 2B6ZA 2YBNA 1NHBA 4EPIA 111LA 1LJGA 3A8ZA 1FLWA 259LA 1HMLA 4ET9A 1B7SA 2X0AA 4YXAC 1FLUA 1LZBA 2EQLA 6LYTA 1GF7A 1IEEA 1CKGA 175LA 1TLAA 1PQJA 1LSEA 5HMVA 1NKHA 188LA 1IWTA 4G4BA 3GUPA 1DYFA 2NWDX 4B4EA 1WQOA 250LA 2B73A 4M4OA 4TX7A 1QT6A 4NGJA 2RB1X 2BQMA 114LA 2OE9X 3RU5A 3GUMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1DYE A;  1JQU A;  1LTM A;  1GE0 A;  148L E;  1HNL A;  1L74 A;  123L A;  1KXX A;  3E3D A;  1L45 A;  3P4Z A;  4NY5 A;  3SBA A;  1WQN A;  133L A;  1LYH A;  2MEC A;  1LSZ A;  2Z6B A;  3HH4 A;  1QSQ A;  5I4W A;  1LZY A;  5B1G A;  3HH6 A;  1JKB A;  235L A;  247L A;  1C6P A;  1LHL A;  209L A;  4FDY A;  4QGZ A;  3C7Z A;  137L A;  1L75 A;  1OV5 A;  4H90 A;  1L32 A;  262L A;  1CU5 A;  4WL6 A;  1C61 A;  3DNA A;  3UON A;  1NDM C;  1L43 A;  1DI4 A;  2GV0 A;  1CKD A;  1OYU A;  1L07 A;  4NHI A;  1N4F A;  3FE0 A;  1L10 A;  1GBW A;  1LMN A;  1XGT C;  4YOP A;  1L06 A;  1VAT A;  4EKQ A;  4EKS A;  2OU9 A;  1JTT L;  1MEL L;  3OJP A;  1XJT A;  1LJJ A;  3LYT A;  4NGL A;  1KIP C;  1QUO A;  4I7R A;  2ZNX Y;  1L48 A;  3C81 A;  3C8S A;  3T36 A;  1DYA A;  1GDW A;  3FA0 A;  3LHM A;  2YBI A;  4XN6 A;  1KS3 A;  2D91 A;  1GFH A;  4K5Y A;  4O34 A;  3KAM A;  4LDL A;  1L04 A;  193L A;  1JJ0 A;  4HV1 A;  2BQK A;  1QS9 A;  2OU0 X;  2LHM A;  156L A;  2Q9D A;  4FJR A;  1YIK A;  2YSS C;  4XJF A;  4EOF A;  3G3W A;  1KY1 A;  3OE9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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